Prévia do material em texto
TUTORIA 1 – GENÉTICA PERGUNTAS: 1. O que é o DNA? É um polímero que contém a informação hereditária das células. DNA é compactado em cromossomos, os quais se tornam visíveis como estruturas distintas somente quando se condensam, na preparação para a divisão celular Alberts et al. Fundamentos da biologia celular. 4 ed. Porto Alegre: Artmed, 2017. Cap.6. p.172 2. Qual a estrutura do DNA? O ácido desoxirribonucleico consiste em duas cadeias polinucleotídicas unidas por ligações de hidrogênio entre pares de bases complementares que assumem um formato de dupla-hélice, sendo cada uma composta por 4 tipos de subunidades nucleotídicas. Os nucleotídeos são formados por um grupo fosfato, uma base nitrogenada, que pode ser do tipo purina (Adenina e Guanina) ou pirimídica (Timina e Citosina), e um açúcar desoxirribose. 3. Quais os tipos de DNA? O DNA pode ser dividido em Nuclear e Mitocondrial, repetitivo (dividido em moderamente repetitivo e altamente repetitivo) ou não repetitivo. 4. Caracterize os tipos de DNA (funções de cada tipo). DNA nuclear 33% do conteúdo de DNA na forma de genes estruturais e sequências a eles relacionadas; (67%) é encontrada como DNA extragênico, isto é, o conteúdo de DNA que não faz parte dos genes. A maior parte do DNA do genoma consiste em sequências de DNA repetitivo, sem função codificadora. Os genomas maiores não contêm mais genes, mas maiores quantidades de DNA repetitivo. DNA não repetitivo – sequências individuais presentes em apenas uma cópia por genoma, contendo os genes estruturais (55 Mb) e sequências relacionadas (945 Mb). Os genes estruturais codificam polipeptídeos que integram enzimas, hormônios, receptores e proteínas estruturais e reguladoras. Os pseudogenes são genes não funcionais. DNA repetitivo – Esse tipo de sequência constitui o DNA extragênico, que abrange 2.000 Mb sem informação genética conhecida: 1 – DNA moderadamente repetitivo, que consiste em sequências relativamente pequenas que se repetem de 10 a mil vezes. Famílias multigênicas: (a) famílias gênicas clássicas, que apresentam alto grau de homologia. (1) Numerosos genes que codificam os diversos RNAs ribossômicos nas regiões organizadoras de nucléolos; (2) as famílias gênicas que codificam os diferentes RNAs transportadores; (b) superfamílias gênicas, compostas por genes com funções muito semelhantes. (1) superfamília do sistema HLA (human leukocyte antigen), localizada no braço curto do cromossomo 6; (2) superfamília dos receptores das células T, que têm homologia estrutural com os genes para as imunoglobulinas. 2 – DNA altamente repetitivo, que consiste em sequências muito curtas (geralmente com menos de 100 pares de bas es), presentes em milhares (cerca de 1.400 Mb) e não transcritas. Entre as repetições dispersas (não em tandem), muitas são elementos de transposição, que são móveis, podendo movimentar-se para diferentes regiões do genoma: 2.1. Longos elementos nucleares dispersos ou elementos intercalares longos (LINEs, do inglês long interspread nuclear elements) – abrangendo cerca de 640 Mb do genoma humano, a sequência L1 é transcrita em uma molécula de RNA, que serve de molde para a síntese do DNA complementar, usando a enzima transcriptase reversa (enzima que transcreve inversamente o RNA em DNA, codificada por uma parte da sequência L1). A nova cópia de L1 é integrada ao DNA do cromossomo em um novo sítio. Devido à semelhança desse mecanismo de transposição ao utilizado pelos retrovírus, os LINEs são referidos também como retrotransposons. 2.2. Pequenos elementos nucleares dispersos ou elementos intercalares curtos (SINEs, do inglês short interspread nuclear elements) – abrangem cerca de 420 Mb, têm menos de 500 pb de extensão e consistem em mais de 500 mil cópias dispersas pelo genoma. Um dos tipos mais importantes de SINE é a família Alu ou repetições Alu, cuja característica é sua capacidade de autoduplicação, podendo inserir-se em outras regiões do genoma, interrompendo, às vezes, um gene que codifica uma dada proteína e acarretando, assim, uma doença genética. Postula-se que tanto as repetições Alu como os elementos L1 acarretariam mutações patogênicas, encontradas em várias doenças humanas hereditárias, como, por exemplo, a hipercolesterolemia familiar. 2.3. Repetições terminais longas (LTRs, do inglês long terminal repeats) – abrangem cerca de 250 Mb do genoma e dispõem de repetições diretas em ambas as extremidades. Como os retrovírus, as LTRs dos retrotransposons têm promotores para iniciar a transcrição da RNA-polimerase II e sinais de polia-denilação para processamento do mRNA. 2.4. Transposons de DNA – abrangem cerca de 90 Mb do genoma e apresentam várias classes (autônomas e não autônomas). Os transposons de DNA movem-se de uma parte a outra do genoma por meio de um mecanismo de corte-e-colagem, mediado pela enzima transposase. Ao contrário das LTRs, esses elementos contêm repetições terminais com extremidades invertidas. As repetições em tandem (nas quais o início de uma repetição ocorre imediatamente adjacente ao final de outra) consistem em muitas repetições de sequências de DNA não codificadoras, que podem estar concentradas em locais restritos ou muito dispersas no genoma: 1. DNA-satélite – abrange uma proporção variável do DNA total dos eucariotos (inexistindo em procariotos) e consiste em repetições curtas em tandem. Em humanos, uma das sequências de DNA-satélite mais conhecidas é a família alfoide, com 171 pb, que é encontrada em arranjos de repetições em tandem do início ao fim e chega a totalizar 1 milhão de pares de bases. Não se conhece o papel exato desse tipo de DNA altamente repetitivo, mas se sabe que ele não é transcrito. 2. Minissatélites – consistem em duas famílias de repetições curtas em tandem: (a) DNA telomérico, situado na porção terminal das extremidades cromossômicas (telômeros), consistindo em 10 a 15 kb de repetições em tandem de uma sequência de DNA de 6 pb (TTAGGG); esse DNA é necessário para a integridade cromossômica na replicação e é adicionado ao cromossomo por uma enzima específica denominada telomerase; (b) DNA minissatélite hipervariável, que ocorre nas proximidades dos telômeros e em outros locais dos cromossomos. Um de seus exemplos é o DNA descrito como número variável de repetições em tandem (VNTR, do inglês variable number tandem repeats), que consiste em repetições curtas (15 a 100 pares de bases) encontradas no interior dos genes e entre eles. É altamente polimórfico, variando de um indivíduo para outro e criando regiões localizadas de 1 a 20 kb de extensão. Muitos grupamentos desse tipo estão dispersos ao longo do genoma, sendo referidos também como minissatélites. A variação em comprimento dessas regiões entre os humanos serviu de base para a técnica denominada impressões digitais de DNA (finger-printing), que se aplica à identificação de indivíduos e à medicina forense. 3. Microssatélites – consistem em repetições curtas em tandem (< de 10 nucleotídeos, geralmente 1 a 5 nucleotídeos), dispersas no genoma e com alto grau de polimorfismo. São conhecidas também como STRs (do inglês short tandem repeats), utilizadas como marcadores moleculares na análise genômica. Raramente ocorrem no interior das sequências codificadoras, mas repetições de três nucleotídeos próximos aos genes estão associadas a certas doenças hereditárias, como a doença de Huntington, a deficiência mental ligada ao X frágil e a distrofia miotônica. Além dessas sequências, existem sequências de DNA com 1 a 4 pares de bases, altamente polimórficas e de ampla distribuição no genoma, chamadas repetições de sequências simples e utilizadas como marcadores moleculares em diversos métodos. DNA mitocondrial(mtDNA) O DNA mitocondrial é uma molécula circular de fita dupla, com 16.569 pares de bases, existente no interior das mitocôndrias, organelas oriundas de bactérias e produtoras de energia localizadas no citoplasma de praticamente todas as células eucarióticas. Esse DNA não apresenta íntrons (exceção: leveduras, que contêm grandes íntrons), nem crossing-over, arcabouço de histonas e sistema de reparo eficiente; existe em muitas cópias por mitocôndria e por célula, é de herança materna e sofre alta exposição aos radicais livres de oxigênio. A taxa de mutação do mtDNA é quase 20 vezes mais alta do que a do DNA nuclear, provavelmente devido à grande produção de radicais livres de oxigênio (mutagênicos) nas mitocôndrias e à sua limitada capacidade de reparo. Algumas doenças genéticas de origem mitocondrial seguem as leis de Mendel, enquanto as doenças puramente mitocondriais seguem somente a herança materna. Dado que o mtDNA se replica de forma independente do DNA nuclear e as mitocôndrias segregam-se nas células-filhas também de forma independente dos cromossomos nucleares, a proporção de mitocôndrias que porta uma mutação no mtDNA pode diferir entre as células somáticas. Essa heterogeneidade é denominada heteroplasmia e tem importante papel no fenótipo variável das doenças mitocondriais. As doenças mitocondriais caracterizam-se com mais frequência por miopatias e encefalopatias, problemas dos músculos e do encéfalo, respectivamente. Por fim, a fosforilação oxidativa declina com a idade, talvez devido ao acúmulo de mutações no mtDNA. Assim, o fenótipo clínico, nas doenças mitocondriais (como LHON), cardiomiopatia hipertrófica com miopatia e diabetes com surdez de herança materna, não está direta ou simplesmente relacionado ao genótipo do mtDNA, mas reflete vários fatores, como os já mencionados. (BORGES OSÓRIO, p. 16-21) 5. O que é transcrição? -- Processo pelo qual o RNA é sintetizado a partir do molde de DNA. THOMPSON 54 -- Cópia da sequência nucleotídica de um gene sob a forma de RNA. ALBERTS 225 6. Descreva as etapas da transcrição. RNA polimerase-> encontra a região promotora-> TATA BOX-> abre a fita de DNA-> percorre a fita molde de DNA copiando-a-> une nucleotídeos presentes no núcleo-> processo de formação do RNAmensageiro (cópia da fita molde de DNA). - Leitura do DNA 3’ - 5’ / Fabricação do RNAm 5’ - 3’. Figura 1.18 Etapas da transcrição do RNA a partir do DNA. A – A RNA-polimerase liga-se à sequência de DNA em um sítio promotor. B – A RNA-polimerase adiciona nucleotídeos à fita de RNA em crescimento, à medida que o DNA se desenrola. C – A transcrição cessa e a nova molécula de RNA é separada de seu molde. Fonte: Lewis. (BORGES OSÓRIO, p. 29, 31) - Começa geralmente com a ligação do fator geral de transcrição TFIID a um segmento curto da dupla-hélice do DNA constituído principalmente por nucleotídeos T e A, devido a sua composição, essa porção do promotor é conhecida como TATA box (não é a única sequência promotora, mas é a mais importante). - O TFIID possui uma subunidade TBP que reconhece o TATA box e a ligação entre o TFIID e o TATA box provoca uma grande distorção na dupla-hélice de DNA. - O TFIIB posiciona o RNA polimerase no início da transcrição. - O TFIIF estabiliza a interação entre a RNA polimerase e o DNA e ajuda o TFIIE (atrai e regula o TFIIH) e TFIIH (desespiraliza o DNA, pois possui como uma subunidade uma helicase e fosforila a RNA polimerase e libera a RNA polimerase do promotor). - Os fatores se ligam junto a RNA polimerase II para formar um complexo de iniciação de transcrição completo. - Depois da RNA-polimerase II ter sido posicionada no promotor, ela deve ser liberada do complexo de fatores gerais de transcrição para começar sua tarefa de síntese de uma molécula de RNA. - Adição de grupos fosfato em sua cauda (ação do TFIIH). - A liberação da RNA-polimerase é iniciada pelo fator TFIIH, que contém uma de suas subunidades com atividade de proteína-cinase. - A transcrição se inicia e muitos fatores gerais de transcrição irão se dissociar do DNA, tornando-se, em seguida, disponíveis para iniciar outro ciclo de transcrição com uma nova molécula de RNA-polimerase. - Quando a RNA-polimerase termina a transcrição de um gene, ela é liberada do DNA, os fosfatos da cauda são removidos por proteínas fosfatases e a polimerase está disponível para buscar um outro promotor. 7. O que é RNA polimerase? A RNA-polimerase é uma enzima que participa do processo de transcrição e é responsável pela síntese de RNA a partir de DNA. As RNA-polimerases catalisam a formação das ligações fosfodiéster que ligam os nucleotídeos e formam a cadeia principal de açúcar-fosfato de uma cadeia de RNA. A RNA-polimerase se move aos poucos sobre o DNA, desenrolando a hélice à sua frente e expondo a nova região da fita molde para que aconteça o pareamento por complementaridade de bases. Dessa forma, a cadeia de RNA em crescimento é estendida nucleotídeo a nucleotídeo na direção 5’ para 3’. Os trifosfatos de ribonucleosídeos recém-chegados (ATP, CTP, UTP e GTP) fornecem a energia necessária para a continuidade da reação. Como podemos ver na figura, a fita de RNA vai se deslocando e a fita de DNA molde vai se ligando novamente à sua fita antiga. Isso permite que muitas cópias de RNA possam ser feitas a partir de um único gene e em um intervalo de tempo relativamente curto. Diferenças entre a RNA-polimerase e a DNA-polimerase: a) A RNA-polimerase usa ribonucleosídeos como substrato para fosfatos, então ela catalisa a ligação de ribonucleotídeos e não de desoxirribonucleotídeos. b) A RNA-polimerase pode dar início à síntese de uma cadeia de RNA na ausência de um iniciador, diferentemente da DNA-polimerase que precisa dos primers para começar a replicação do DNA. EXPLICAÇÃO DA FIGURA: A RNA-polimerase (azul-claro) se move lentamente ao longo do DNA, desespiralizando a hélice de DNA à sua frente. À medida que a polimerase avança, ela adiciona ribonucleotídeos, um a um, à cadeia de RNA, utilizando uma fita exposta do DNA como molde. O transcrito de RNA resultante é, portanto, uma fita simples e complementar a essa fita molde (ver Figura 7-6). Conforme a polimerase se move ao longo do DNA molde (no sentido 3’ para 5’), ela desloca o RNA recém- formado, permitindo que as duas fitas de DNA atrás da polimerase se associem novamente. Uma região curta de hélice híbrida DNA/ RNA (com cerca de nove nucleotídeos de comprimento) é formada temporariamente, fazendo com que uma “janela” da hélice DNA/RNA se mova ao longo do DNA junto à polimerase. 8. Quais os tipos de RNA polimerase? As células de eucariotos possuem três tipos de RNA polimerase: RNA-polimerase I, RNA-polimerase II e RNA-polimerase III. Essas polimerases são responsáveis pela transcrição de diferentes tipos de genes. As RNA-polimerases I e III transcrevem os genes que codificam os RNAs transportadores, os RNAs ribossômicos e vários outros RNAs que desempenham papéis estruturais e catalíticos nas células. A RNA-- polimerase II transcreve a ampla maioria dos genes de eucariotos, incluindo todos aqueles que codificam proteínas e miRNAs. 9. Qual a função de cada tipo de RNA polimerase? 10. O que é promotor? Região do gene constituída por uma sequência específica de nucleotídeos posicionada imediatamente a montante do ponto de início da transcrição. Além de determinar o ponto de iniciação da síntese de RNA, o promotor determina em que direção o gene será transcrito. (Alberts. Fundamentos da biologia celular. 4. Ed – Cap. 7 – página 228) 11. O que é o TATA box? O processo de montagem começa geralmente com a ligação do fator geral de transcrição TFIID a um segmento curto da dupla-hélice do DNA constituído principalmente por nucleotídeos T e A, devido à sua composição,essa porção do promotor é conhecida como TATA box. (Alberts. Fundamentos da biologia celular. 4. Ed – Cap. 7 – página 232) 12. O que é gene? Os genes são sequências de DNA que contêm a informação para codificar uma molécula de RNA funcional servindo de molde, por exemplo, para as cadeias polipeptídicas de uma proteína, sendo os responsáveis pela transmissão hereditária das características de uma geração para outra. Tais sequências nem sempre são contínuas, podendo ser interrompidas por segmentos de DNA não relacionados com a codificação de uma cadeia polipeptídica específica. Os genes estão organizados em um número relativamente pequeno de cromossomos. O material genético de cada cromossomo consiste em uma fita muito longa de DNA, contendo muitos genes em uma ordem linear, embora nem sempre contínua. O conceito de gene modificou-se ao longo do tempo; atualmente, o gene é definido como o segmento de DNA que codifica uma cadeia polipeptídica e inclui regiões flanqueadoras que antecedem (sequência-líder) e que seguem (cauda) a região codificadora, bem como sequências que não são traduzidas (íntrons) e que se intercalam com as sequências codificadoras individuais (éxons). Borges-Osório, M. R.; Robinson.W. M. Genética Humana – 3. ed. – Dados eletrônicos. – Porto Alegre: Artmed, 2013. Capítulo 1. Página 9. No glossário do Alberts: Unidade hereditária que contém instruções que determinam as características, ou fenótipo, de um organismo; ou em termos moleculares, é um segmento de DNA que determina a produção de uma proteína ou de uma molécula funcional de RNA. 13. O que é genoma? O genoma humano é composto por grandes quantidades de ácido desoxirribonucleico (DNA), o qual contém na sua estrutura a informação genética necessária para especificar todos os aspectos da embriogênese, do desenvolvimento, do crescimento, do metabolismo e da reprodução — essencialmente todos os aspectos que fazem do ser humano um organismo funcional. Toda célula nucleada do corpo carrega sua própria cópia do genoma humano, que contém, de acordo com as estimativas atuais, cerca de 20.000 a 50.000 genes. THOMPSON 20 14. Qual a estrutura de um gene? Um gene possui sequências codificantes de nucleotídeos reais e sequências de nucleotídeos adjacentes que fornecem sinais moleculares de início e parada para a síntese do RNAm. O gene é composto por uma região flanqueadora antecedente – que constitui o sítio ou a região promotora da transcrição do gene –, o códon de iniciação ou iniciador da transcrição, os éxons e os íntrons, o códon de finalização ou finalizador, e a região flanqueadora subsequente, com o sinal para a poliadenilação do RNA mensageiro (mRNA). 15. Quais as outras estruturas, além do promotor, que fazem parte do controle da expressão gênica? (2) Os elementos reguladores são os fatores gerais de transcrição, acentuadores, insuladores, metilação e as regiões de controle do locus. 16. Qual a função de cada uma das estruturas envolvidas no controle da expressão Fatores gerais de transcrição: proteínas que se associam ao promotor e regulam a transcrição. Reguladores da transcrição: atuam em conjunto com proteínas modificadoras da cromatina e se associam ao promotor pela ação do Mediador Mediador: metilas associadas aos nucleotídeos, inativando gene/ segmento cromossômico. Enhancer/acentuadores: sítios de DNA aos quais os ativadores de genes eucariotos se ligam, estimulam promotores em sua vizinhança. Insulador: regulam a ação dos acentuadores. Região de controle do locus(RCL): essenciais para o estabelecimento adequado da da cromatina. 17. O que é splicing? Antes de sair do núcleo como mRNA, o pré-mRNA sofre várias modificações, conjuntamente denominadas processamento pós-transcricional. A primeira delas é o encadeamento (splicing) ou recomposição do mRNA, que consiste na remoção de todos os íntrons do pré-mRNA e junção dos éxons não contíguos, formando, ao fim dessa etapa, uma molécula de mRNA muito menor, funcional, com uma sequência codificadora ininterrupta composta só de éxons, que sai do núcleo pelos poros da membrana nuclear e se localiza junto aos ribossomos, no citoplasma. Figura 1.19 Encadeamento, recomposição ou splicing do mRNA, que consiste na remoção de todos os íntrons do pré-mRNA e junção dos éxons não contíguos. GU e AG, sequências de consenso; snRNP, pequena ribonucleoproteína nuclear; A, adenina. Fonte: Modificada de Alberts e colaboradores. Ainda que nos diferentes organismos existam vários tipos de encadeamento ou splicing, nos eucariotos superiores os íntrons apresentam pequenas sequências de nucleotídeos iguais ou muito semelhantes, situadas nas suas extremidades ou próximas a elas, denominadas pequenas sequências de consenso, que atuam como sinal para a sua remoção. As extremidades dos íntrons consistem em um sítio de splicing 5' (ou sequência doadora), formado pelo dinucleotídeo GU (também representado por GT, no DNA) e um sítio de splicing 3' (ou sequência aceptora), formado pelo dinucleotídeo AG. A presença constante desses nucleotídeos nas duas primeiras posições (GU no RNA, GT no DNA) e nas duas últimas (AG em ambos) dos íntrons dos genes nucleares é denominada regra GU-AG (originalmente chamada regra GT-AG). Essas e outras sequências de consenso dos íntrons atraem moléculas específicas, que formam um complexo molecular essencial, denominado encadeossomo (ou spliceossomo). O encadeossomo contém cinco pequenas ribonucleoproteínas nucleares (snRNPs, do inglês small nuclear ribonucleoproteins, snurps), 70 fatores de encadeamento necessários à montagem do complexo e cerca de 70 proteínas associadas, parte delas com atividades em outros estágios da expressão gênica. A função dos snRNPs é aproximar as duas extremidades de um íntron, para removê-lo. (BORGES OSÓRIO, p. 30-32) 18. O que é splicing alternativo? O splicing alternativo ocorre quando os transcritos de diversos genes eucarióticos podem ser processados por splicing sob diferentes formas, cada uma delas levando à produção de uma proteína distinta. Esse tipo de splicing alternativo permite, portanto, que diferentes proteínas sejam produzidas a partir de um mesmo gene, elevando astronomicamente o potencial de codificação de seus genomas. Acredita-se que cerca de 95% dos genes humanos sofram splicing alternativo. 19. Diferencie os íntrons e os éxons. Na maioria dos genes, as sequências codificantes são interrompidas por uma ou mais regiões não codificantes (Fig. 3-4). Essas sequências interpostas, chamadas de íntrons, são inicialmente transcritas em RNA no núcleo, mas não estão presentes no RNAm maduro no citoplasma, porque são removidas (“spliced out”) por um processo que discutiremos adiante. Assim, a informação de sequências intrônicas não é, normalmente, representada no produto final da proteína. Os íntrons são alternados com éxons, os segmentos de genes que determinam, por fim, a sequência de aminoácidos da proteína. (THOMSON, pág. 55, 8ª edição). 20. O que é o RNA? O RNA é o ácido ribonucleico, ele é um polímero linear composto por quatro subunidades nucleotídicas diferentes que se unem entre si por ligações fosfodiéster. Os nucleotídeos do RNA são ribonucleicos, ou seja, possuem o açúcar ribose em vez da desoxirribose do DNA. Além disso, o RNA contém as bases nitrogenadas iguais ao do DNA, com exceção da Timina, que tem como substituta a Uracila. O RNA é responsável pela síntese de proteínas e também está envolvido em funções estruturais, reguladoras e catalíticas. 21. Qual a estrutura do RNA? O RNA é uma fita simples, mas frequentemente contém pequenos segmentos de nucleotídeos que podem sofrer pareamento com sequências complementares encontradas em outras regiões da mesma molécula. Essas interações, junto a algumasinterações de pares de base “não convencionais”, permitem que uma molécula de RNA se dobre em uma estrutura tridimensional que é determinada pela sua sequência de nucleotídeos. Os nucleotídeos no RNA são ribonucleotídeos – ou seja, eles contêm o açúcar ribose. O RNA contém as bases adenina (A), guanina (G), citosina (C), e contém uracila (U) em vez da timina (T) encontrada no DNA. 22. Quais os tipos de RNA? PRINCIPAIS: RNAm, RNAr, RNAt, miRNAs, siRNAs, snRNAs 23. Caracterize os tipos de RNA. (funções de cada tipo) Resposta nas tabelas da questão 22 24. O que é síntese proteica? A síntese proteica é o processo que ocorre em todas as células do organismo de formação de proteínas. Ocorre em duas etapas: transcrição e tradução. Para que a síntese ocorra, é necessária a leitura do RNA mensageiro e a união de aminoácidos correspondentes à sequência de códons do RNA. 25. O que é ribossomo? Produzidos no nucléolo (o DNA ribossômico [DNAr] é transcrito em RNAr, e este é envolvido por proteínas para formar as subunidades ribossômicas), são organelas citoplasmáticas situadas nas paredes do retículo endoplasmático e local da síntese proteica. Borges-Osório, M. R.; Robinson.W. M. Genética Humana – 3. ed. – Dados eletrônicos. – Porto Alegre: Artmed, 2013. Capítulo 1. Página 32. Grande complexo macromolecular composto de RNAs ribossômicos e proteínas ribossomais, que traduzem o RNA mensageiro em proteína. Os ribossomos de eucariotos e procariotos são bastante semelhantes em estrutura e função. Em eucariotos, os ribossomos são livres ou associados ao retículo endoplasmático, o coeficiente de sedimentação do ribossomo: 80S (subunidades ribossômicas: 60S+40S); em procariotos são livres, coeficiente de sedimentação do ribossomo: 70S (subunidades ribossômicas: 50S+30S). Ambos são compostos por uma subunidade grande e uma subunidade pequena que se encaixam para a formação do ribossomo completo. A subunidade ribossômica pequena pareia os tRNAs aos códons do mRNA, ao passo que a subunidade grande catalisa a formação das ligações peptídicas que unem os aminoácidos uns aos outros, formando a cadeia polipeptídica. Alberts et al. Fundamentos da biologia celular. 4 ed. Porto Alegre: Artmed, 2017. Capítulo 7. Página 244. 26. Qual a estrutura do ribossomo? Os ribossomos eucarióticos e bacterianos têm estruturas e funções semelhantes, sendo compostos por uma subunidade maior e uma menor que se associam para formar um ribossomo completo. A subunidade menor fornece uma região sobre a qual os tRNAs são pareados de maneira correspondente aos códons do mRNA, enquanto a subunidade maior catalisa a formação das ligações peptídicas que unem os aminoácidos, formando uma cadeia polipeptídica. Cada ribossomo possui um sítio de ligação ao mRNA e três sítios de ligação ao tRNA: os sítios A, P e E. Os ribossomos são compostos por RNA (ribossômico) que participa da catalisação da formação das ligações peptídicas e também por proteínas 27. Descreva as etapas da tradução. Iniciação A tradução de um mRNA inicia com um códon AUG, e um tRNA especial é necessário para iniciar a tradução. Esse tRNA iniciador sempre carrega o aminoácido metionina, portanto todas as proteínas recém-formadas possuem metionina como seu primeiro aminoácido em suas extremidades N-terminal, a extremidade de uma proteína que é sintetizada primeiro. O tRNA iniciador pode ser especificamente reconhecido pelos fatores de iniciação, pois tem uma sequência nucleotídica distinta do tRNA que normalmente carrega a metionina. Nos eucariotos, o complexo iniciador-metionina (Met- tRNAi) é inicialmente depositado sobre a subunidade ribossomal pequena, juntamente com proteínas adicionais denominadas fatores de iniciação eucarióticos ou eIFs. Apenas o tRNA carregado com metionina é capaz de se ligar firmemente à subunidade ribossomal pequena, sem a presença do ribossomo completo, sendo capaz de ligar diretamente ao sítio P. A seguir, a subunidade ribossomal pequena se liga à extremidade 5’ de uma molécula de mRNA, a qual é reconhecida em virtude de seu quepe 5’ e de seus dois fatores de iniciação ligados, o eI-F4E e o eIF4G. A subunidade ribossomal pequena então se move para frente (5’ para 3’) sobre o mRNA, fazendo uma varredura e procurando pelo primeiro AUG. Esse movimento é facilitado pelos fatores de iniciação adicionais, que agem como helicases, impulsionados por ATP. A tradução então se inicia no primeiro AUG encontrado pela subunidade pequena. Nesse ponto, os fatores de iniciação dissociam-se, permitindo que a subunidade ribossomal grande se associe ao complexo e complete o ribossomo. O tRNA iniciador encontra-se, nesse momento, ligado ao sítio P, deixando o sítio A livre. A síntese de proteína está, portanto, pronta para iniciar. Alongamento Passo 1 do alongamento, um tRNA carregando o próximo aminoácido da cadeia liga- se ao sítio A ribossomal, formando pares com o códon do mRNA lá posicionado. Dessa forma, o sítio P e o sítio A contêm tRNAs adjacentes ligados. No passo 2, a extremidade carboxila da cadeia polipeptídica é liberada do tRNA no sítio P pelo rompimento da ligação altamente energética entre o tRNA e seu aminoácido. A carboxila é, então, ligada ao grupo amino livre do aminoácido ligado ao tRNA no sítio A, formando uma nova ligação peptídica. Essa reação central da síntese de proteínas é catalisada por uma peptidil-transferase contida na subunidade ribossomal grande. No passo 3, a subunidade grande se move em relação ao mRNA que está preso à subunidade pequena, o que interfere nas hastes aceptoras dos dois tRNAs que se encontram nos sítios E e P da subunidade grande. No passo 4, outra série de modificações conformacionais move a subunidade pequena e o mRNA a ela conectado exatamente três nucleotídeos, reposicionando o ribossomo de tal forma que ele está pronto para receber o próximo aminoacil-tRNA. O passo 1 é então repetido com a chegada de um novo aminoacil-tRNA, e assim por diante. Terminação O final da mensagem codificadora de uma proteína é sinalizado pela presença de um de três códons de terminação: UAA, UAG ou UGA. Eles são reconhecidos por um tRNA e não determinam um aminoácido. Em vez disso, sinalizam para o ribossomo o final da tradução. 28. Quais são os códons de início e de parada da transcrição e da tradução? O códon iniciador é a metionina (AUG) e os códons de parada são UGA, UAA, UAG, que não são traduzidos e apenas estimulam o término da tradução. 29. O que é uma proteína? É uma macromolécula formada por associação de 50+ aminoácidos em ligação peptídica e desempenha papel na maioria dos processos celulares (catalizadores, ac, coagulação, etc). Pode exibir 4 tipos de arranjos diferentes. 30. O que é proteoma? O proteoma é o conjunto total de proteínas expressas, codificadas pelo genoma de um organismo, em um dado período de tempo; mas esse termo também é usado para designar o conjunto total de proteínas de uma célula ou de um tecido. O estudo do proteoma, com a identificação e a caracterização de todas as proteínas codificadas pelo genoma, constitui a proteômica. Apesar do pequeno aumento no número de genes, os vertebrados têm maior diversidade de proteínas do que os invertebrados. Por exemplo, o proteoma humano pode incluir, no mínimo, 100 mil proteínas diferentes, codificadas por menos de 25 mil genes, graças ao encadeamento alternativo e ao processamento pós-traducional de proteínas. Cada célula contém a mesma sequência completa de genes, mas células diferentes expressam várias proteínas também distintas, em quantidades e momentos diversos. (BORGES OSÓRIO, p. 619) 31. Quais as estruturas que compõe a proteína? Figura 1.15 Os quatro níveis estruturais de uma proteína. Fonte: Champe e colaboradores. A Figura 1.15 mostra os quatro níveis estruturais deuma proteína. A sequência de aminoácidos que forma uma cadeia polipeptídica constitui a estrutura primária da proteína. A estrutura secundária é produzida por dobramentos da sequência primária, devido a ligações químicas entre aminoácidos muito próximos entre si, criando sítios ativos ou aspecto estrutural. Essa estrutura secundária confere organização espacial ao esqueleto polipeptídico, dando funcionalidade à molécula. A estrutura terciária é a organização completa em três dimensões de todos os átomos na cadeia polipeptídica, em decorrência da interação entre os aminoácidos e a água circulante, incluindo os grupos laterais, bem como o esqueleto polipeptídico. Um grau mais alto de organização é encontrado nas proteínas multiméricas, formadas por agregados de mais de uma cadeia polipeptídica. A conformação assumida pela proteína multimérica é sua estrutura quaternária. A hemoglobina, por exemplo, uma proteína carreadora de oxigênio situada nas hemácias, apresenta quatro cadeias polipeptídicas; a ferritina, uma proteína do fígado, tem 20 polipeptídeos idênticos, com 200 aminoácidos cada um; em compensação, a mioglobina, uma proteína muscular, apresenta uma única cadeia polipeptídica. (BORGES OSÓRIO, p. 28) 32. Como a proteína assume outras estruturas? (forças intermoleculares) As ligações não covalentes que ajudam as proteínas a se enovelarem e que mantêm a sua conformação incluem as ligações de hidrogênio, atrações eletrostáticas, e atrações de van der Waals. Como uma ligação não covalente é muito mais fraca do que uma ligação covalente, são necessárias diversas ligações não covalentes para manter unidas duas regiões de uma cadeia polipeptídica, com alta afinidade. A estabilidade de cada conformação enovelada é grandemente influenciada pela força combinada de um grande número de ligações não covalentes. Uma quarta força, a interação hidrofóbica, desempenha também um papel central na determinação da forma de uma proteína. Em um ambiente aquoso, moléculas hidrofóbicas, incluindo cadeias laterais de resíduos de aminoácidos apolares, tendem a agrupar-se para minimizar o efeito disruptivo na rede de ligações de hidrogênio das moléculas da água circundante. Portanto, um fator importante que rege o enovelamento de qualquer proteína é a distribuição de aminoácidos polares e apolares ao longo da sua cadeia polipeptídica. (ALBERTS, pág. 125, 4ª edição). A estrutura final enovelada, ou conformação, adotada pela cadeia polipeptídica, é determinada por fatores energéticos: uma proteína geralmente se enovela na forma cuja energia livre e minimizada. 33. O que é mucopolissacaridose tipo II? A mucopolissacaridose do tipo II é uma doença hereditária de caráter recessivo ligada ao cromossomo X. Na mucopolissacaridose do tipo II ocorre uma disfunção na atividade da enzima idunorato-2-sulfatase (IDS), que realiza o catabolismo de dois glicosaminoglicanos (GAGs), ou também chamados de mucopolissacarídeos. Então os GAGs vão se acumular nas células de todo o corpo. Como a doença é de caráter recessivo e ligada ao cromossomo X, a maioria dos acometidos é do sexo masculino, em mulheres é raro e caracterizado ou por uma translocação anormal ou uma inativação não aleatória do cromossomo X5. 34. Quais os sinais e sintomas da mucopolissacaridose tipo II? Entre os principais sintomas da mucopolissacaridose tipo II podem ser identificados: macrocefalia, aumento do abdome, perda auditiva, espessamento das válvulas cardíacas, distúrbios respiratórios, dificuldade motora e, em alguns casos, problemas de desenvolvimento psicomotor. Figura 10.7 A – Fotografias de um indivíduo com síndrome de Hunter (herança recessiva ligada ao X). B – Fotografias de indivíduos com síndrome de Hurler (herança autossômica recessiva). Em ambas as síndromes, o crânio apresenta-se escafocefálico, com cristas supraorbitárias proeminentes, ponte nasal baixa, narinas amplas, sobrancelhas cerradas, lábios grossos, baixa estatura ou nanismo, abdome proeminente devido à hepatoesplenomegalia e mãos defeituosas. A opacidade progressiva da córnea está presente apenas na síndrome de Hurler. (BORGES OSÓRIO, p. 316) 35. Qual a patogênese da mucopolissacaridose tipo II?