Um dos mecanismos que essas moléculas promovem é o de estimular/inibir o início da transcrição.Proteínas ativadoras podem se ligar a um sítio relacionado a região promotora e estimular a transcrição,porém se uma molécula efetora inibidora se ligar a ela, vai inibir a ação da proteína ativadora. Um indutor irá estimular a ação da ativadora. As Proteínas repressoras poderão se ligar a algum sítio relacionado à região promotora e impedir a transcrição. Também pode haver a presença de uma molécula efetora do tipo inibidor que se liga à repressora e bloqueia a sua atividade de controle negativo, já um indutor irá auxiliar no bloqueio do processo de transcrição, estimulando a ação da repressora.