Pode o tribunal, em julgamento de apelação interposta contra sentença de extinção, julgar o mérito sem que este tenha sido julgado pelo juiz a quo?...

Não, o tribunal não pode julgar o mérito sem que este tenha sido julgado pelo juiz a quo. O julgamento do mérito é de competência exclusiva do juiz de primeira instância, e o tribunal só pode analisar a sentença proferida pelo juiz a quo. Caso o tribunal julgue o mérito sem que este tenha sido julgado pelo juiz de primeira instância, isso pode implicar em reformatio in pejus, que é a situação em que a decisão do tribunal prejudica o recorrente em relação à decisão proferida pelo juiz de primeira instância.