Avaliação II Individual - Biologia Molecular

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Avaliação II – Individual
Biologia Molecular
1. No processo de digestão in gel, os spots contendo as proteínas de interesse são submetidos a um processo de hidrólise química e enzimática, formando fragmentos proteicos menores, capazes de migrar pela malha do gel e se difundir no sobrenadante, formando a amostra que será analisada por espectrometria de massas. De acordo com a digestão in gel, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) As proteínas são apenas separadas de acordo com sua massa molecular, embora, nesse caso, as bandas obtidas do gel representem populações de proteínas com massas similares.
(    ) A análise no espectrômetro de massas necessita que a carga líquida se torne negativa, ou seja, o processo de ionização não é necessário.
(    ) A cromatografia líquida é utilizada como método de fracionamento, em que os peptídeos presentes na amostra são dissolvidos em uma fase líquida, bombeadas para passar por uma fase estacionária e direcionadas para espectrometria de massas.
(    ) As amostras podem ser submetidas a outro fracionamento prévio à análise por MS, com o objetivo de reduzir a complexidade da amostra ou apenas complementar o fracionamento já realizado na eletroforese.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A)  F - F - V - F.B)  V - V - F - V.C)  V - F - F - V.D)  V - F - V - V.
2. Embora a frequência de variações no genoma não seja alta, quando uma determinada variação ocorre em pelo menos cerca de 1% da população, o que a torna uma variação comum, essa variação passa a ser tratada como um polimorfismo genético. Com base nos polimorfismos, analise as sentenças a seguir:
I- Os polimorfismos genéticos podem ser gerados por mudanças como deleção, duplicação ou inversão de apenas um ou vários pares de bases nitrogenadas na sequência do DNA.
II- As alterações no DNA podem ocorrer na região codificadora (éxon) e na região não codificadora (íntron) de um gene.
III- Os polimorfismos em regiões reguladoras não podem afetar o fenótipo do indivíduo.
Assinale a alternativa CORRETA:
A)  As sentenças I e II estão corretas.B)  As sentenças I e III estão corretas.C)  Somente a sentença III está correta.D)  Somente a sentença II está correta.
3. As informações obtidas no processo de digestão proteica são relativas à m/z dos diferentes peptídeos. Contudo, é de grande interesse que as sequências de aminoácidos que compõem as proteínas sejam também identificadas. De acordo com a detecção da sequência dos aminoácidos de uma proteína, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) No processo de fragmentação dos íons peptídicos, são utilizadas técnicas que favorecem a formação de fragmentos que sejam opostos e complementares.
(    ) A sequência de aminoácidos dos peptídeos pode ser deduzida por softwares apropriados para o sequenciamento, que podem formar a sequência completa da proteína.
(    ) Os processos de dissociação induzida por colisão (CID) ou por transferência de elétrons (ETD) formam íons de massa molecular elevada, que são aplicados ao primeiro ciclo de cromatografia líquida.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A)  V - V - F.B)  V - F - V.C)  F - F - V.D)  V - F - F.
4. A interação entre proteínas e o DNA é de extrema importância na genômica funcional, especialmente pelo fato de que diversas proteínas são reguladoras da expressão gênica. Com base nas técnicas utilizadas para identificar os locais de interação, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas:
(    ) A MNase (nuclease microcócica), uma nuclease específica, capaz de clivar o DNA em pequenos fragmentos, é modificada com a adição de uma proteína, a proteína A (pA) no sequenciamento CUT & RUN.
(    ) A MNase modificada com a pA forma regiões de interação entre a proteína e o DNA que podem ser imunoprecipitadas, formando uma amostra rica de precipitados de regiões de interação da proteína de interesse com o DNA.
(    ) No sequenciamento ChIP, a proteína de interesse é reticulada ao DNA, ou seja, são formadas ligações covalentes entre a proteína e o DNA por meio da adição de anticorpos específicos para essa proteína.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) V - F - V.
B) F - F - V.
C) F - V - F.
D) V - V - F.
5. Com a biotecnologia da transcriptômica, proteômica e metabolômica, tornou-se possível analisar todo o conjunto que esteja sendo expresso em um determinado tipo celular em diferentes fases de desenvolvimento de um organismo. Sobre as funções das e"ômicas", avalie as asserções a seguir e relação proposta entre elas:
I- As "ômicas" permitem obter informações relativas à progressão de doenças, à influência de fatores ambientais sobre os processos biológicos que estejam sendo investigados, ou ainda, determinar biomarcadores específicos para uma determinada condição.
PORQUE
II- Com o desenvolvimento e aplicação das "ômicas" obtêm-se informações ou dados em larga escala, capazes de elucidar respostas biológicas complexas.
Assinale a alternativa CORRETA:
A)  A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira.
B)  As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I.
C)  As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.D)  As asserções I e II são proposições falsas.
6. As ciências ômicas buscam o entendimento do funcionamento celular dos organismos e suas alterações biológicas.  A era das diferentes ciências "ômicas" está intimamente relacionada entre si. Sobre as "ômicas", associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Transcriptoma.
II- Proteoma.
III- Metaboloma.
(    ) Estudo das proteínas e enzimas expressas.
(    ) Estudo dos metabólitos resultantes de processos biológicos.
(    ) Estudo do RNA mensageiro, ou seja, quais genes são lidos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A)  I - II - III.B)  II - III - I.C)  II - I - III.D)  I - III - II.
7. A sigla CRISPR vem do inglês Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats e pode ser traduzida como grupos de repetições palindrômicas curtas e regularmente interespaçadas. Já o Cas 9 se refere à nuclease que se encontra associada ao sistema CRISPR. Com base na técnica CRISPR-Cas9, analise as sentenças a seguir:
I- Uma molécula de RNA guia (gRNA) é inserida em uma sequência maior de RNA. Quando em contato com o DNA, o gRNA se liga uma a sequência específica do DNA, indicando para a enzima Cas9 onde o DNA deve ser cortado.
II- Os mecanismos de reparo de DNA presentes na célula é ativado e utilizado para a inserção, exclusão de pares de bases do DNA ou para efetuar a substituição de segmentos inteiros de DNA por segmentos de DNA personalizados.
III- Os efeitos da edição do genoma em células e animais experimentais, pois essa ferramenta se mostra bastante promissora para o tratamento de doenças relacionadas a determinados genes, como a fibrose cística e a hemofilia, e para auxiliar no tratamento de outras doenças, como o câncer.
Assinale a alternativa CORRETA:
A) Somente a sentença II está correta.B) Somente a sentença III está correta.
C)  Somente a sentença I está correta.D) As sentenças I, II e III estão correta
8. Os polimorfismos genéticos têm se mostrado uma importante descoberta, o que despertou um grande interesse no mapeamento desse tipo de variação, bem como no estudo das associações genótipo-fenótipo em que elas possam estar envolvidas. Sobre os polimorfismos, associe os itens, utilizando o código a seguir:
I- Polimorfismos de nucleotídeo único (SNP).
II- Polimorfismo no número de cópias (CNP).
III- Polimorfismo repetido em tandem curta (STRP).
IV- Polimorfismo de repetição em tandem de número variável (VNTR).
(    ) O polimorfismo ocorre em apenas um nucleotídeo.
(    ) É caracterizado por sequências curtas de DNA, entre 2 e 4 nucleotídeos, que podem estar repetidas (em tandem) até algumas dezenas de vezes, sendo essas sequências chamadas de microssatélites
(    ) Esse tipo de polimorfismo pode ser resumidocomo uma variação no número de cópias de segmentos relativamente extensos do DNA, entre 200 pb até cerca de 2 Mb, os quais podem estar ausentes ou presentes em um determinado alelo ou podem estar presentes em variados números de cópias em tandem em cada um dos alelos, representando uma vasta gama de alelos possíveis com esse tipo de variação.
(    ) Os DNA minissatélites são formados por sequências com cerca de 10 até 100 nucleotídeos repetidos em tandem por centenas a milhares de vezes.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A) III - IV - II - I.B) IV - II - I - III.C) I - II - III - IV.D) I - III - II - IV.
9. Durante o Projeto Genoma Humano, duas grandes frentes de trabalho independentes foram organizadas, uma formada por cerca de 5.000 cientistas em um consórcio público e a segunda por meio da iniciativa privada da empresa Celera Genomics, cujo objetivo era patentear os genes sequenciados. Com base nas técnicas utilizadas para o sequenciamento, analise as sentenças a seguir:
I- O shotgun hierárquico sequenciava através da fragmentação do DNA total, que era clonado a partir de diferentes tamanhos de fragmentos de 2 mil, 10 mil e 130 mil pares de base.
II- O shotgun de genoma inteiro formava três bibliotecas de DNA, com diferentes tamanhos de fragmentos.
III- O shotgun hierárquico utilizava como vetor plasmídeos bacterianos comuns, a fim de sequenciar diferentes tamanhos de fragmentos do genoma completo.
Assinale a alternativa CORRETA:
A
Somente a sentença III está correta.
B
As sentenças I e II estão corretas.
C
As sentenças I e III estão corretas.
D
Somente a sentença II está correta.
10. A grande vantagem da utilização do RNA-seq é que, nesta tecnologia, não é necessário que se tenha prévio conhecimento do genoma ou dos transcritos que serão avaliados. Algumas das aplicações relacionadas a essa técnica são: a avaliação da expressão gênica diferencial, análise do perfil do transcriptoma e a investigação de SNPs. Com base nas etapas para do método da transcriptoma RNA-seq, ordene os itens a seguir:
I- Fragmentar as moléculas por ação de enzimas de restrição, sonicação ou nebulização, formando fragmentos que serão ligados a adaptadores (pequenas sequências de nucleotídeos que indicam onde o sequenciamento deve ser iniciado em cada molécula).
II- Isolar e fragmentar o RNA a ser sequenciado e convertê-lo em cDNA.
III- Aplicar métodos de sequenciamento para sequenciar pequenas porções, compostas por 30 a 200 pb (pares de bases), de cada um dos fragmentos.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA:
A
II - I - III.
B
I - II - III.
C
II - III - I.
D
I - III - II.