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◤ DIAGNÓSTICO IMUNOLÓGICO E MOLECULAR DAS DOENÇAS INFECCIOSAS ◤ Diagnóstico Molecular ▪ Os testes moleculares tem oferecido uma ampla gama de exames que auxiliam a: ▪ prever, ▪ predizer, ▪ fazer triagem ▪ diagnosticar ▪ e no prognóstico de diversas doenças. Importante por sua rapidez e eficácia ◤ Para que são usados os exames diagnósticos moleculares: ▪ mapear doenças de natureza genética, tal como o câncer; ▪ na triagem pré-natal ou Teste Pré-Natal Não Invasivo (NIPT) que detecta, além do sexo do bebê, possíveis alterações cromossômicas e as trissomias mais comuns nos bebês. ▪ diagnóstico e prognóstico de doenças infecciosas ▪ na medicina de precisão para tratamentos personalizados ◤ Importância ▪ Precisão ▪ sensibilidade ▪ e especificidade de seus resultados. ◤ Amostras ▪ saliva, ▪ sangue, ▪ plasma, ▪ medula, ▪ líquor ▪ Outros.. ▪ Na maior parte dos testes genéticos - sangue ou saliva. ◤ Aplicações do Diagnóstico molecular • Identificação de doenças hematológicas como trombofilias, hemocromatose, entre outras; • Identificação de mutações relacionadas à leucemia, • Alterações moleculares que indiquem a ocorrência de câncer, como o de mama, o de pulmão e o câncer colorretal; • Nas doenças genéticas raras. • Identificação e diagnóstico de doenças infecciosas, tais como hepatites, HIV e outras; • Identificação de infecções respiratórias e identificação de agentes, como Influenza A, B e C, Coronavírus, entre outros. ◤ Tipos de testes de diagnóstico molecular ▪ Amplificação de DNA pela reação em cadeia da DNA polimerase - A reação em cadeia da polimerase (PCR) é uma técnica rotineira de laboratório usada para fazer muitas cópias (milhões ou bilhões) de uma região específica do DNA. ▪ Western blot - Diagnóstico de Doenças: detecta anticorpos contra vírus ou bactérias no soro. A técnica de Western blotting é o teste confirmatório para o HIV. Detecta anticorpos anti-HIV no soro do paciente. Útil para detectar proteínas defeituosas. ▪ Sequenciamento de ácidos nucleicos - identifica o organismo ao qual pertence uma amostra, determina diagnostico uma doença genética e diferencia cepas de microrganismos patogênicos. ◤ Outra técnica associada ▪ Eletroforese - A eletroforese consiste em um método de separação de macromoléculas, como DNA, RNA e proteínas e enzimas com tamanhos e cargas diferentes, por aplicação de corrente elétrica. ▪ Os fragmentos de DNA provenientes das extrações ou amplificações com diferença grande de comprimento são geralmente visualizados em géis de agarose horizontal e sequenciamento de DNA são realizados em géis verticais de poliacrilamida. ◤ Como preparar para realizar essas técnicas: ◤ Como iniciar os testes de diagnóstico molecular: ▪ Para a realização das análises moleculares com eficiência é necessária a separação dos ácidos nucleicos do restante dos constituintes das células, utilizando técnicas de extração de DNA ou RNA. ▪ Existem vários protocolos de extração de DNA e RNA. O mais adequado deve levar em consideração a molécula desejada (DNA e/ou RNA), o tipo de amostra, o grau de pureza e o rendimento desejado, além da disponibilidade de recursos para a sua realização. ◤ Acondicionamento das amostras ▪ O acondicionamento adequado das amostras após a coleta é essencial para a sua preservação até o momento da extração. ▪ O DNA apresenta estabilidade maior, enquanto o RNA é rapidamente degradado após a coleta. ▪ Isso pode ser evitado por meio do congelamento das amostras em nitrogênio líquido ou do uso de reagentes conservantes. ◤ Preparação das amostras ▪ Amostras líquidas, como sangue, urina ou líquor, geralmente são centrifugadas para a separação de células nucleadas, no precipitado, ou de partículas virais, no sobrenadante. ▪ Já os tecidos sólidos, músculos ou pedaços de outros órgãos, precisam passar por uma etapa de quebra das estruturas rígidas, com o objetivo de aumentar a superfície de contato para a ação dos reagentes nas etapas seguintes ◤ Lise celular ▪ A lise celular envolve o rompimento das células e deve ser realizada em soluções tamponadas, geralmente contendo um detergente e os reagentes tris-hidroximetil aminometano (Tris), cloreto de sódio (NaCl) e ácido etileno diamino tetra-acético (EDTA). ◤ Funções dos reagentes ▪ O reagente Tris mantém o pH da solução tampão de lise estável (próximo a 8,0), evitando que o DNA, ao ser liberado, sofra o ataque das enzimas desoxirribonucleases (DNases) endógenas que o degradam, as quais atuam em pH ótimo de 7,8. ▪ A adição do agente quelante EDTA também auxilia na inibição da ação das DNases por se ligar aos cofatores Ca+2 e Mg+2 da enzima DNase. ▪ O NaCl contribui rompendo ligações iônicas das cadeias peptídicas, auxiliando na desnaturação das proteínas e adicionalmente promove a aglomeração das moléculas de DNA. ◤ Separação dos constituintes: ▪ Os ácidos nucleicos são liberados na solução aquosa juntamente com outros constituintes celulares dos quais devem ser isolados. ▪ Para esse fim, são utilizados solventes orgânicos, como o fenol ou clorofórmio, que desnaturam proteínas. Nessa etapa, após a centrifugação, o DNA permanecerá solúvel na fase aquosa (sobrenadante). ◤ Precipitação do DNA ▪ Em condições de baixa temperatura e elevada concentração salina (devido ao NaCl presente no tampão de lise), a adição de etanol absoluto, isopropanol ou soluções acetatos de amônio ou sódio resulta na precipitação do DNA. ◤ Lavagem e ressuspensão do DNA ▪ A lavagem do DNA é realizada com etanol 70% para a remoção dos sais, detergentes e de outras impurezas. Após a secagem por evaporação, o DNA é solubilizado preferencialmente em solução tampão TE (Tris-HCl e EDTA). https://core.ac.uk/download/pdf/37451202.pdf https://core.ac.uk/download/pdf/37451202.pdf ◤ Depois de feita a extração do DNA ou RNA pode seguir para as técnicas: ◤ Eletroforese ◤ Eletroforese ◤ PCR ◤ PCR e suas etapas: Os resultados de uma reação PCR são geralmente visualizados (tornam-se visíveis) através do uso da eletroforese em gel. https://pt.khanacademy.org/science/biology/biotech-dna-technology/dna-sequencing-pcr-electrophoresis/a/gel-electrophoresis ◤▪ As três etapas da PCR são repetidas, geralmente, de 20 a 30 ciclos. ▪ A PCR é realizada em um equipamento denominado termociclador, que permite variações de temperatura de forma rápida. ▪ No termociclador são colocados microtubos contendo os reagentes necessários para que ocorra a reação enzimática. ▪ As reações incluem ▪ água ultrapura, ▪ moléculas de DNA a serem duplicadas (DNA molde), ▪ desoxirribonucleotídeos trifosfatos (dNTPs), ▪ primers, ▪ enzima DNA polimerase, ▪ solução de cloreto de magnésio (cofator da enzima DNA polimerase) ▪ e solução tampão para a DNA polimerase. ◤ Western blot ▪ Separação das proteínas por peso molecular através de uma eletroforese, seguindo-se da transferência para uma membrana e a detecção da proteína de interesse com um anticorpo específico. ◤ Etapas 1. extração e quantificação das proteínas 2. eletroforese em gel de poliacrilamida 3. transferência das proteínas para uma membrana 4. incubação da membrana com um anticorpo para detectar a proteína específica a ser analisada 5. revelação dessa membrana para análise dos dados ◤ Western blot ▪ As proteínas e glicoproteínas virais, que atuam como antígenos, são separadas por eletroforese – em gel de poliacrilamida, segundo seus pesos moleculares – e transferidas para a membrana de nitrocelulose. ▪ A reação entre o antígeno adsorvido à membrana de nitrocelulose e os anticorpos da amostra é revelada por um processo enzimático. Adiciona-se o conjugado 1, composto por uma anti-imunoglobulina humana conjugada com biotina. ▪ Adiciona-se o conjugado 2, que é composto de avidina1 ou estreptavidina ligada a uma enzima. Notas: 1 - avidina – proteína (obtida da clara do ovo) que se ligafortemente à molécula de biotina. ▪ Em seguida, adiciona-se o substrato (4-cloro-1-naftol). A degradação do substrato origina um produto insolúvel e corado que permite, a olho nu, a visualização da reação sobre a fita. Reatividade (presença de bandas), em pelo menos duas das seguintes proteínas: p24, gp41 e/ou gp120/gp160. Amostra indeterminada: qualquer padrão de reatividade (presença de bandas) diferente do item anterior. Amostra não reagente: ausência de reatividade (ausência de bandas), independentemente da proteína viral utilizada no ensaio. ◤ Sequenciamento ▪ A determinação da sequência nucleotídica é possível graças à técnica desenvolvida por Sanger e colaboradores na década de 1970 e se tornou acessível por meio dos avanços recentes na fabricação de equipamentos automáticos. ▪ equipamentos automatizados de sequenciamento utilizam capilares extremamente finos nos quais, por meio da migração por eletroforese capilar, os fragmentos são alinhados com base no seu tamanho, do menor ao maior, e são detectados por um feixe de laser. ▪ A marcação de cada um dos quatro ddNTPs (A, T, C ou G) com uma molécula fluorescente diferente permite identificar qual foi o nucleotídeo adicionado em cada posição terminal dos fragmentos, construindo-se assim a sequência da molécula de DNA alvo A amostra de DNA a ser sequenciada é combinada em um tubo com primer, DNA polimerase e nucleotídeos de DNA (dATP, dTTP, dGTP, and dCTP). Os quatro nucleotídeos terminadores de cadeia marcados com corantes são adicionados também. A mistura é primeiro aquecida para a desnaturação do DNA molde (separar as fitas), então resfriadas para que os primers possam se ligar ao molde de fita simples. Uma vez que o primer se ligou, a temperatura é aumentada novamente, permitindo que a DNA polimerase sintetize um novo DNA a partir do primer. A DNA polimerase continuará a adicionar nucleotídeos à cadeia até que aconteça a adição de um dideoxinucleotídeo ao invés de um normal. Nesse ponto, os nucleotídeos não podem mais ser adicionados, e portanto a fita terminará em um dideoxinucleotídeo. ◤ Diagnósticos Imunológicos ◤ Para que sevem os testes imunológicos? ▪ Os testes detectam a presença de anticorpos contra parasitas, fungos, bactérias ou vírus. ▪ Podem também detectar a presença dos antígenos desses agentes, indicando diretamente a sua presença no hospedeiro. ◤ Imunocromatografia ▪ Detecção ANTÍGENO • Para detectar antígeno, emprega-se um anticorpo de captura, ligado à matriz e um anticorpo marcado com partículas coloridas que é específico para o antígeno pesquisado; ▪ Detecção ANTICORPO • Para detectar anticorpo, utiliza-se um antígeno específico ligado à matriz e um anticorpo antiimunoglobulina marcado com partículas coloridas; ◤ Hemaglutinação ◤ ELISA Enzyme-Linked Immunosorbent Assay ▪ Etapas do ELISA ▪ sensibilização (ou cobertura) da fase sólida: ▪ adição de Ag ou do Ac ▪ bloqueio (proteína inerte: soro fetal bovino, leite desnatado) ∗ ▪ adição da amostra (em diluente) * ▪ adição do conjugado: anticorpo purificado marcado com enzima (ex: peroxidase) ∗ ∗ lavagens ◤ Teste rápido ◤ Hibridização in situ ◤ VDRL Venereal Disease Research Laboratory ◤ HTLV ◤ HEPATITE B
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