Baixe o app para aproveitar ainda mais
Prévia do material em texto
Página 1 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ Separação e Purificação de Produtos Biotecnológicos 1ª Atividade Avaliativa – 2022 / 1 Valor = 25 Valor = (alunos matriculados em RER / Regime Especial) = 35 Nome: Nota: Disponibilizada: 20/05/2022 às 17:30 , horário de Brasília Data limite para envio: 23/05/2022 às 17:30 horas, horário de Brasília Atenção: 1. Analise as figuras e leia atentamente o que a questão está solicitando. 2. Gentileza, responder dentro da área demarcada para tal fim. Utilize os retângulos para responder. 3. Respostas fora da área demarcada não serão corrigidas. 4. Cada questão terá um máximo de palavras que poderá ser utilizada na sua resolução. Fique atento para não ultrapassar o limite máximo de palavras estabelecido para cada questão. As palavras excedentes não serão incluídas na correção. 5. As questões deverão ser resolvidas na ordem! E o enunciado das questões não deverá ser apagado, ele deverá constar na resolução enviada para correção. 6. Conforme o plano de ensino, as avaliações deverão ser enviadas exclusivamente via portal didático. Não poderão ser enviadas como rascunho! Atente-se ao prazo para a entrega da avaliação. Certifique-se de anexar o arquivo correto. Não será permitido envio após o término do prazo, em hipótese alguma. 7. Avaliações enviadas para o e-mail da docente não serão corrigidas. 8. Atenção ao anexar o arquivo, certifique-se de que o arquivo enviado é o correto. 9. Apenas justificativas técnicas serão consideradas. Falta de verba, falta de tempo, erro experimental, troca de reagentes não são justificativas plausíveis. 10. Cite as fontes consultadas para responder as questões, não esqueça de: i) Reescrever com suas próprias palavras, ii) Utilizar o tempo verbal adequado, iii) Avaliar criticamente a informação, iv) Sempre citar a fonte. 11. Reflita sobre o que você leu na literatura, responda com suas palavras de forma objetiva e com informações pertinentes a questão. Utilize linguagem clara, objetiva e empregue corretamente os termos técnicos. 12. Caso haja respostas iguais” as questões serão anuladas. “iguais” significam respostas com semelhanças significativas, como: A mesma frase escrita trocando a ordem do sujeito e predicado, será considerada igual, apenas a ordem foi invertida. 13. A interpretação das questões faz parte da avaliação. Nenhuma dúvida será esclarecida durante o período determinado para a realização da avaliação. Caso alguma questão não tenha sido formulada corretamente, ela será anulada e o valor correspondente a questão será redistribuído igualmente entre as demais questões da avaliação. Página 2 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ Questão 01. Você está trabalhando no desenvolvimento do processo de purificação de um biopolímero hidrofóbico, insolúvel em água, produzido e armazenado no citoplasma da bactéria Gram positiva XTM 94 . O objetivo do protocolo é extrair o biopolímero e duas enzimas; sendo uma enzima intracelular e a outra enzima ligada a membrana celular da bactéria. Para escolher as melhores condições de extração do biopolímero e das duas enzimas foram realizados alguns experimentos, conforme apresentado na Figura 1.1. Figura 1.1 Fluxograma dos métodos de rompimento celular utilizados para romper a bactéria XTM 94 e extrair as biomoléculas: Biopolímero, proteína e proteína ligada á membrana. Recuperação obtida para cada um dos dois métodos de rompimento para as três biomoléculas de interesse. Os resultados apresentados para concentração de células viáveis, proteína total, e biopolímero foram realizados no homogeneizado celular, ou seja no material obtido após o rompimento celular. Os experimentos de rompimento celular utilizando o moinho de bolas e o método químico foram realizados conforme descrito na literatura. Os parâmetros que afetam o rompimento celular foram considerados e escolhidos corretamente pela equipe envolvida no desenvolvimento do protocolo. Ao analisar os resultados obtidos na Figura 1.1, o Gestor da equipe pediu para melhorar a extração do biopolímero e das duas enzimas. A equipe se reuniu e discutiu como melhorar a extração das três biomoléculas de interesse. Foi decidido que as células seriam submetidas a uma etapa de permeabilização celular, utilizando enzimas antes de serem submetidas ao rompimento celular. Resultados obtidos a partir do material resultante do rompimento celular 90 Página 3 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ Figura 1.2 Fluxograma utilizando o método de permeabilização enzimática anterior aos métodos de rompimento celular mecânico e químico utilizados para romper a bactéria XTM 94 e extrair as biomoléculas: Biopolímero, proteína e proteína ligada á membrana. Recuperação obtida para cada um dos dois métodos de rompimento para as três biomoléculas de interesse. Os resultados apresentados para concentração de células viáveis, proteína total, e biopolímero foram realizados no homogeneizado celular, ou seja no material obtido após o rompimento celular. Considere que todos os parâmetros empregados no método mecânico, químico e enzimático foram corretos, as enzimas não desnaturaram durante o processo, e o método para quantificação do biopolímero e proteína total foram realizados adequadamente e os resultados estão corretos. A porcentagem de proteína total foi calculada levando em consideração a massa total de proteína da bactéria XTM94. Após analisar, atentamente, os dados da Figura 1.2, o gestor solictou que vocês utilizassem um detergente não iônico no tampão de lise celular. Ele disse para vocês verificarem na literatura a faixa de concentração do detergente aniônico utilizada para este fim e refazerem o rompimento celular. Ele pediu que novo experimento utilizasse o melhor método de rompimento celular, aquele que foi mais efetivo para o rompimento celular. Ainda de acordo com o gestor, o novo tampão de lise utilizado, provavelmente, não aumentará a taxa de rompimento celular, mas favorecerá a recuperação do biopolímero e da enzima ligada à membrana. Questão 1.2 - Qual método apresentou maior eficiência de rompimento celular? (0,5 ponto) Qual ou quais dados permitem concluir que este método é mais eficiente para o rompimento celular? (4,5 pontos) Página 4 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ Número máximo de palavras = 200 Um dos seus colegas de trabalho, após deixar a sala do gestor , lhe pediu para explicar: Questão 1.2 Por que a adição do surfactante não iônico irá melhorar a extração do biopolímero e da proteína adsorvida à membrana? Descreva o mecanismo pelo qual o novo tampão de lise irá aumentar a recuperação das duas biomoléculas citadas anteriormente? (5 pontos) Número máximo de palavras = 200 Questão 2 Você estava participando de uma reunião para discutir as melhores condições para purificar um lipopolissacarídeo obtido a partir do cultivo submerso de uma nova espécie de fungo filamentoso. Uma das propostas apresentadas foi utilizar um sistema de duas fases aquosas formadas por etanol e Na2HPO4. A Figura 2.1 apresenta as fases do sistema. Figura 2.1 Diagrama de fases do sistema formado por etanol e Na2HPO4 . a) Após a proposta de utilizar um sistema formado por etanol e Na2HPO4, foi questionado o seguinte: Um sistema de duas fases aquosas pode ser formado a partir de etanol e Na2HPO4? (0,5 ponto) Justifique (valor 4,5 pontos). Número máximo de palavras = 200 Questão3 Anticorpos monoclonais são medicamentos utilizados para o tratamento de diversas doenças como câncer e doenças autoimunes. Você está trabalhando no processo de purificação de um anticorpo monoclonal humanizado TP a partir do cultivo de células CHO. O anticorpo TP é expresso e secretado pela célula para o meio de cultivo. A operação unitária utilizada para clarificar o anticorpo TP, foi o sistema aquoso de duas Página 5 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ fases formado por sal e polietilenoglicol. O sistema aquoso de duas fases foi formado utilizando polietilenoglicol 5000 e fosfato monobásico de sódio. Diferentes condições utilizando diferentes concentrações de NaCl e pH, pH 6 e 8 foram testadas para verificar a melhor condição. O coeficiente de partição (Kp) do anticorpo monoclonal TP foi calculado. A Figura 3.1 apresenta o Log Kp obtido nas diferentes condições utilizadas. Figura 3.1 Influência do pH e da concentração de NaCl na extração do anticorpo monoclonal TP utilizando o sistema de duas fases aquosas formado por PEG 5000 e tampão fosfato de sódio. Retângulos preto representam o sistema de duas fases com pH 6,0, e retângulos cinza representam o sistema de duas fases aquosas com pH 8,0. A) De acordo com a Figura 3.1, qual foi a melhor condição, pH e força iônica, para purificar o anticorpo TP (0,5 pontos)? Justifique (4,5 pontos) Número máximo de palavras = 200 B) Para qual fase o anticorpo monoclonal TP migrou? (0,5 pontos) Como você concluiu isto? Justifique utilizando, Apenas, os dados da Figura 3.1. (valor 4,5 pontos). Número máximo de palavras = 200 C) De acordo com os dados da figura 3.1 a adição de NaCl ao sistema favoreceu a migração do anticorpo monoclonal para qual fase? (0,5 pontos) Justifique (4,5 pontos) Número máximo de palavras = 200 Página 6 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ D) Explique o provável mecanismo pelo qual o NaCl exerceu o efeito na partição do anticorpo monoclonal (5,0 pontos) Número máximo de palavras = 100 E) Utilizando os dados do enunciado da questão e as respostas ao questionamento desenvolva o fluxograma de purificação do anticorpo monoclonal TP, desde o cultivo celular até o final do sistema aquoso de duas fases. Uma parte do fluxograma já foi apresentado na figura abaixo. Você deverá finalizar o fluxograma utilizando os retângulos à direita, informe em qual fase estará presente o anticorpo monoclonal TP. (valor 5,0 pontos) Apenas finalize o fluxograma Questão 04 Você está desenvolvendo um protocolo para purifica a enzima XTZ, conforme a literatura a enzima é uma hidrolase com massa molar de 45 kDa, ponto isoelétrico 7,0, a faixa de pH de estabilidade da enzima é de 5 a 9,0, a temperatura de estabilidade é de 20 a 40 oC. A enzima foi expressa em Escherichia Coli, e a localização da enzima é intracelular. O cultivo foi realizado em biorreator com agitação mecânica e regime de alimentação batelada alimentada. As células foram recuperadas utilizando a microfiltração tangencial, e após a recuperação a lise foi efetuada utilizando o homogeneizador de alta pressão e o tampão de lise escolhido foi o tampão fosfato de sódio 50 mM pH 8,0. A precipitação utilizando sulfato de amônio foi escolhida para clarificar a enzima XTZ. Como você não sabia a concentração de sulfato de amônio necessária para precipitar a enzima XTZ. Você realizou uma extensa pesquisa bibliográfica. A literatura, descreve o seguinte protocolo para precipitação da enzima XTZ a partir do extrato celular, Quadro 3.1. Página 7 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ Quadro 3.1 Procedimento descrito na literatura para precipitar a enzima XTZ A enzima XTZ foi extraída a partir de cultivo de Escherichia coli utilizando tampão fosfato de sódio 50 mM pH 7,0 e homogeneizador de alta pressão. O material proveniente do rompimento celular foi centrifugado e o sobrenadante foi denominado de extrato bruto. O extrato Bruto foi submetido a precipitação fracionada com sulfato de amônio. Foram utilizadas duas concentrações de sulfato de amônio 30 e 80%. A quantidade de sal necessária para atingir a concentração de 30% foi adicionada ao extrato bruto, homogeneizado e mantido em agitação a 20 oC durante 6 horas. Decorrido o tempo, a mistura foi centrifugada (10.000 x g, 20 min, 4 oC). O precipitado foi separado do sobrenadante, e ambos foram denominados precipitado 1 e sobrenandante 1, respectivamente. Ao sobrenadante 1 foi adicionado a quantidade de sulfato de amônio necessária para atingir a concentração de 80%. Essa mistura foi homogeneizada e mantida em agitação a 20 oC durante 6 horas. Ao término do tempo, a mistura foi centrifugada (10.000 x g, 20 min,4 oC). O precipitado e sobrenadante obtidos a partir desta etapa foram denominados de precipitado 2 e sobrenadante 2. A Tabela 3.1 apresenta a recuperação da enzima XTZ. Tabela 3.1 Atividade enzimática total da enzima XTZ obtida durante a precipitação com sulfato de amônio. Amostra Atividade enzimática total Proteína total Extrato bruto 10.000 500.000 Sobrenadante 1 9.900 450.000 Precipitado 1 100 50.000 Sobrenadante 2 350 5.000 Precipitado 2 9.500 445.000 Após analisar os dados da literatura você decidiu realizar a centrifugação conforme descrito na literatura, Quadro 3.1. Brevemente, o extrato celular obtido por você (10.000 L) foi precipitado com 30 e 80% de sulfato de amônio, cada etapa da precipitação foi realizada durante 6 H a 20 oC. Os precipitados foram separados do sobrenadante utilizando as mesmas condições da centrifugação descritas na literatura (10.000 x g, 20 min, 4 oC). A concentração de proteína e atividade enzimática específica das amostras foram calculadas e a partir destes dados foram determinadas a atividade enzimática total e proteína total. As análises foram realizadas corretamente. Os dados obtidos estão apresentados na Tabela 3.2. Tabela 3.2 Atividade enzimática total da enzima XTZ obtida durante a precipitação com sulfato de amônio, obtida por você durante o experimento Amostra Atividade enzimática total Proteína total Extrato bruto 10.000 500.000 Sobrenadante 1 9.950 495.000 Precipitado 1 50 5.000 Sobrenadante 2 4.500 490.000 Precipitado 2 4.000 5.000 A) A partir dos dados da questão e da teoria de precipitação por salting out, calcule a quantidade de sulfato de amônio para cada uma das precipitações utilizadas por você a partir do volume de extrato bruto utilizado (conforme descrito no enunciado da Página 8 de 8 SEPARAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE PRODUTOS BIOTECNOLÓGICOS DEPARTAMENTO DE QUÍMICA, BIOTECNOLOGIA E ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS - UFSJ questão). Considere que o sobrenadante 1 sofreu um acréscimo de 15 em relação ao volume do extrato bruto. Atenção!! deixe TODOS os cálculos REALIZADOS POR VOCÊ de forma clara e organizada. Respostas apenas com a quantidade final não serão CONSIDERADAS. (valor 5 pontos) Apresente os cálculos de forma organizada e completa B) Considerando que não houve erro de procedimento durante o processo de precipitação, e quantificação da atividade enzimática e proteínas totais, ou seja, o resultado obtido e apresentado na Tabela 3.2 está correto. Como você pode explicar o resultado apresentado na Tabela 2, com base no mecanismo de precipitação por salting out? (valor 5 pontos) Número máximo de palavras = 200
Compartilhar