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1a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 As proteínas são biomoléculas construídas a partir de ligações peptídicas formadas no ribossomo, com a sua sequência dada pela ordem dos códons de RNAm, que foram transcritos do DNA. A forma que as proteínas se consolidam depende dos resíduos de aminoácidos que as compõem. Dentre os aminoácidos existem quatro classes: com carga (positivo ou negativo), polares (sem carga), apolares e os casos especiais (que se comportam de forma única). Sobre esse assunto analise as afirmativas a seguir: I. Os aminoácidos são classificados em dois grandes grupos, são eles polares ou apolares. II. O conjunto total das interações entre os resíduos forma a conformação final da proteína (basicamente a forma tridimensional que ela assume) e esta é fundamental para sua função. III. A interação entre os aminoácidos ligações de hidrogênio formando α- hélices ou dobrando sua estrutura. É correto o que se afirma em: I e II, apenas. I e III, apenas. II e III, apenas. II, apenas. I, apenas. Respondido em 05/09/2022 18:50:02 Explicação: Existem quatro classes que os aminoácidos podem se incluir são eles: com carga polares (positivo ou negativo), polares sem carga, apolares e os casos especiais (que se comportam de forma única). Dependendo da carga dos aminoácidos que compõem uma sequência de peptídeos pode ocorrer uma interação do tipo ligação de hidrogênio e assim formar uma α-hélice ou dobrar a sua estrutura, ou uma repulsão. Essas interações podem irão fornecer a estrutura de cada proteína. Cada conformação tridimensional é de extrema importância para o funcionamento da proteína, pois irá possibilitar interação com enzimas, cofatores, funcionar como um canal para a passagem seletiva de alguma substância, entre outras funções. Disc.: BIOINFORMÁTICA Acertos: 2,0 de 10,0 05/09/2022 2a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de um novo alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a alternativa correta: O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm. É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que possamos identificar qual é a correta. É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, dentro de um ambiente virtual, o mais próximo possível da realidade. É capaz de identificar se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene com função em comum. O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em diversas outras técnicas de bioinformática. Respondido em 05/09/2022 18:04:12 Explicação: O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA ou proteínas, a partir de um algoritmo de pontuação. Assim podemos identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O alinhamento não armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm, não compara sequencias para dizer qual é a correta, não realiza o modelamento de proteínas e não realiza a modelagem molecular, etapa posterior ao alinhamento e não tem a finalidade de alinhar proteínas o mais próximo da realidade, e sim encontrar os melhores alinhamentos entre as proteínas já cadastradas no banco de dados. 3a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 (adaptada de IBADE - 2018 - Prefeitura de Presidente Kennedy - ES - Biólogo ) As informações genéticas nos seres vivos são codificadas por bases nitrogenadas que constituem os ácidos nucléicos. Analise as sequências de nucleotídeos a seguir. Fita 1 - CCCTATACGCTAGCATGACTT Fita 2 - GGGATATGCGATCGTACTGAA A seguir são listadas algumas características sobre as fitas de nucleotídeo 1 e 2. Assinale a alternativa correta: Se considerarmos a fita 1 como a fila molde, o RNAm formado por esta sequência apresentará as mesmas bases nitrogenadas da fita 2. Na fita 1 existem 30 códons e 15 nucleotídeos. As fitas analisadas constituem um segmento de uma molécula de RNA. As fitas 1 e 2 são complementares, formando juntas um segmento do DNA. Na fita 1 e 2 existem 21 códons e 07 nucleotídeos Respondido em 05/09/2022 18:49:50 Explicação: Tanto a sequência de nucleotídeos 1 e 2 apresentam 21 nucleotídeos e 7 códons (um códon equivale a 3 nucleotídeos). Como ambas as fitas apresentam as bases C, G, A e T elas são representativas do DNA e não do RNA. Para ser uma fita de RNA deveria apresentar as bases C, G, A e U. Além disso, se observarmos as fitas vemos que 1 e 2 são complementares, ou seja, no lugar que temos uma base C na outra fita equivale a G, e no lugar que temos uma base A na outra fita equivale a t e vice-versa, representando as duas fitas de DNA, que são complementares entre si. 4a Questão Acerto: 1,0 / 1,0 O PubMed é um dos bancos de dados disponíveis no portal do NCBI. A partir dele, podemos buscar por artigos científicos da área biomédica publicados por cientistas em todo o mundo. Caso você queira direcionar a sua busca para obter artigos mais adequados ao seu interesse, o que poderia ser feito? Não existe a possibilidade de direcionar a busca, é necessário avaliar todos os títulos que aparecem como resultado para escolher aqueles mais adequados. Utilizar os filtros de busca, que incluem ano e tipo de artigo, por exemplo, ou, ainda, optar pela busca avançada. Cadastrar seus dados profissionais e receber uma autorização para acessar a parte restrita do PubMed que permite buscas avançadas. Acessar o PubMed por meio de rede de Internet de instituição pública, como universidades ou bibliotecas. Só assim é possível direcionar a busca por artigos. Pagar uma assinatura mensal ao PubMed para que ele direcione automaticamente suas buscas de acordo com os critérios que você deseja. Respondido em 05/09/2022 18:49:45 Explicação: Qualquer usuário pode acessar ao PubMed, via NCBI, e fazer buscas direcionadas usando filtro ou o modo avançado. Pode acontecer de alguns dos artigos que aparecem como resultados não estejam disponíveis para leitura de todo o conteúdo, mas isso depende da revista em que o artigo foi publicado, e não do PubMed. 5a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro? Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma. Igual, pois o comprimento não interfere na especificidade dos primers. Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma. Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo. Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo. Respondido em 05/09/2022 18:49:08 Explicação: A especificidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve amplificação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a especificidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimentode um primer, mais específico ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos, você específica melhor o alvo e permite que ele seja amplificado apenas na região desejada. 6a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da amplificação do DNA por PCR. Associe a segunda coluna com a primeira. 1. de 0°C a 10°C 2. de 35°C a 65°C 3. 72°C 4. 82°C 5. de 90°C a 96°C ( ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a fita molde. ( ) Formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. ( ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase. ( ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'. ( ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. 2 - 5 - 3 - 3 - 2. 3 - 4 - 5 - 4 - 2. 4 - 2 - 3 - 2 - 1. 2 - 3 - 1 - 3 - 4. 5 - 4 - 1 - 5 - 3. Respondido em 05/09/2022 18:40:40 Explicação: Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla fita do DNA se separa, por desnaturação, etapa em que ocorre a formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. O anelamento ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região complementar do molde, esse é o momento de estabelecimento de ligações ¿ pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase pode adicionar os nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não são utilizadas. 7a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Julgue as afirmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos de dados biológicos. I - Existem diversos bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de informação disponível costuma ser diferente, como sequências, estruturas e vias metabólicas. II - Os bancos de dados biológicos só podem ser acessados mediante o pagamento de uma mensalidade pelo usuário. III - Quanto mais detalhado o processo de curadoria dos dados disponibilizados por um banco, mais confiáveis eles são. As afirmativas I e II são proposições verdadeiras, enquanto a III é falsa. As afirmativas I e III são proposições verdadeiras, e a II é uma proposição falsa. A afirmativa III é uma proposição verdadeira, enquanto I e II são proposições falsas. A afirmativa I é uma proposição verdadeira, e II e III são proposições falsa. As afirmativas I, II e III são proposições verdadeiras. Respondido em 05/09/2022 17:57:53 Explicação: A maioria dos bancos de dados biológicos mais conhecidos e utilizados são aqueles cujo acesso é livre, isto é, qualquer um pode acessar e obter os dados armazenados. Eles são muito úteis para o compartilhamento de informações e verificação da veracidade de dados divulgados por cientistas. No entanto, existem diversos bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de informação disponível costuma ser diferente, como sequências, estruturas e vias metabólicas, e quanto mais detalhado for o processo de curadoria dos dados disponibilizados por um banco, mais confiáveis eles são. 8a Questão Acerto: 1,0 / 1,0 Diferentes tipos de dados biológicos podem ser armazenados em bancos de dados computacionais. Em relação aos tipos de bancos de dados biológicos, relacione as duas colunas. 1. Curado. 2. Acesso livre. 3. Especializado 4. Primário. ( ) Armazenam informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos. ( ) Banco que contém informações processadas por um profissional com uma boa experiência no assunto. ( ) Reúnem todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV. ( ) Está disponível para qualquer tipo de usuário, sem restrição de acesso. Qual a sequência correta? 4-1-3-2. 4-3-2-1. 1-2-3-4. 2-4-1-3. 1-3-2-4. Respondido em 05/09/2022 18:25:07 Explicação: Os bancos de dados podem ser categorizados de acordo com a disponibilidade de acesso, com o conteúdo dos dados armazenados e com a qualidade deles. O acesso pode ser livre ou restrito; o conteúdo pode ser de dados brutos ou processados, referindo-se a sequências biológicas, estruturas 3D, anotação funcional de proteínas, dentre outros. No que diz respeito à qualidade, um banco curado é aquele que passou pela análise de profissionais especialistas no assunto. Um banco primário é aquele que armazena informações biológicas originais, resultados de experimentos científicos, e um banco especializado reúne todo conteúdo que atende a um interesse em particular, por exemplo, sobre o HIV. 9a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Observe o caldograma abaixo: Imagem: Leandro Pederneiras A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um grupo polifilético. O conjunto de espécies A B C D O conjunto de espécies H I O conjunto de espécies N O P O conjunto de espécies W X Y O conjunto de espécies S T Respondido em 05/09/2022 18:45:31 Explicação: Gabarito: O conjunto de espécies H I Justificativa: O grupo polifilético é um conjunto de táxons que não inclui o ancestral comum de todos os seus membros. Ao analisar as alternativas, aquela que representa um grupo prolifilético, é o conjunto de espécies H I porque possuem origem em linhagens amplamente desconexas. Os conjuntos de espécies listados nas outras alternativas (conjunto de espécies N, O, P; conjunto de espécies W X Y; conjunto de espécies A B C D e o conjunto de espécies S T) apresentam um ancestral comum. 10a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Analise a figura a seguir: Imagens: Leandro Pederneiras Analisando as árvores da esquerda e direita é possível afirmar que: São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo. Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos. São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes. O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda do que na da direita. Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita. Respondido em 05/09/2022 18:46:52 Explicação: Gabarito: São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo. Justificativa: As duas imagens correspondem a um cladograma, nesse tipo de árvore não é possível saber a profundidade exata dos nós porque não possui uma escala de tempo. As duas árvores são idênticas em seus relacionamentos (topologia), apenas com ramos torcidos em seus próprios eixos, pela alteração da forma (retangular e diagonal, respectivamente). Os grupos A B C D E e I J K L M estão na mesma posição nas árvores, apenas com ramos torcidos, sendo assim não mudam a relação de proximidade. Não houve corte nas árvores que justificaria a mudança de topografia entre as árvores. BIOINFORMÁTICA Acertos: 4,0 de 10,0 06/09/2022 1a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Na era pós-moderna, com o advento e a consolidação da revolução robótica no século XX, foi possível aprimorar a criação de tecnologias computacionais nas mais variadas áreas do conhecimento, o que tem provocado profundas mudanças sociais em âmbito individual e coletivo. Nesse cenário, a bioinformática ou biocomputação surge na década de 1980, a fim de superar as fronteiras das ciências pelo desenvolvimento de novas abordagens capazes de promover a análise e a apresentação de dados biológicos, bem como de garantir a investigação de novos métodos para a resoluçãode complexas perguntas. Fonte: ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática analise as afirmativas a seguir: I. A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que combina diferentes disciplinas, com destaque para a Estatística, biologia, química, informática e física. II. A bioinformática possibilitou a interpretação da linguagem dos de genes por algoritmos. III. Atualmente, os programas de computadores estão muito modernos, e é possível realizar todas grandes análises de forma rápida e precisa, como prever a ligação de diferentes átomos em uma molécula. É correto o que se afirma em: I e II. III. I. I e III. II. Respondido em 06/09/2022 22:09:03 Explicação: Existem diversas ciências envolvidas com a bioinformática, que desfrutam do seu avanço, entretanto as áreas mais intimamente ligadas de acordo com a questão 17 são: Estatística, biologia, química, informática e física. Essa nova ciência permitiu que algoritmos fossem criados auxiliando na interpretação de genes, alinhamentos dos genes, descobrir sequências e funções de genes desconhecidas. No entanto, ainda precisamos de programas de computadores mais avançados, para por exemplo, analisar as dinâmicas moleculares (interação de átomos de diferentes proteínas), mas complexas e mais longas. 2a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....). Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. A seguir são listadas algumas aplicações da bioinformática. Analise as afirmativas a seguir: I. Identificação de alvos proteicos com potencial para serem modificados diretamente pela interação com fármacos. II. A identificação de moléculas que poderão atuar como princípio ativo na elaboração de produtos terapêuticos, inibindo ou acelerando certas reações bioquímicas, poderá apresentar efeitos sobre a cura ou a atenuação da doença. III. Proporcionar melhor entendimento dos processos evolutivos e das relações filogenéticas. IV. Amplificação do material genético para a verificação quantitativa e qualitativa de um determinado DNA em uma amostra biológica. V. Identificar a expressão gênica durante um tumor, identificar suas alterações para que genes defeituosos, ausentes ou superativados sejam reconstruídos ou desligados, para garantir o desenvolvimento de medidas terapêuticas ou preventivas contra tumores e agentes infecciosos. Assinale a opção correta. Apenas III e IV. I, II e III. I, II, III e V. Apenas II. Apenas I. Respondido em 06/09/2022 22:12:50 Explicação: A bioinformática é a ciência integra essencialmente o desenvolvimento de programas computacionais para tratar dados biológicos preexistentes e identificar sequências de genes, predizer a configuração tridimensional das proteínas, identificar inibidores enzimáticos, promover o agrupamento de proteínas, estabelecer árvores filogenéticas e analisar experimentos da expressão gênica. No entanto, ela não amplifica o DNA para a sua detecção em uma amostra biológica, essa análise é realizada pela reação de polimerase da cadeia, que pode apenas detectar a presença (qualitativa) ou então verificar a concentração (quantitativa). As demais alternativas estão corretas. 3a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Sobre a técnica de modelagem molecular analise a relação entre as afirmativas a seguir: I. O método de modelagem a ser escolhido depende da igualdade. PORQUE II. Uma igualdade superior a 25% podemos optar pela modelagem por homologia. Se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por ab initio, caso não, optamos pela modelagem threading. A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I. A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. As asserções I e II são proposições falsas. As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. Respondido em 06/09/2022 22:01:34 Explicação: O método de modelagem a ser escolhido depende da identidade, caso seja acima de 25% podemos optar pela modelagem por homologia, se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por treading, caso não realizamos a modelagem por ab initio. 4a Questão Acerto: 1,0 / 1,0 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da amplificação do DNA por PCR. Associe a segunda coluna com a primeira. 1. de 0°C a 10°C 2. de 35°C a 65°C 3. 72°C 4. 82°C 5. de 90°C a 96°C ( ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a fita molde. ( ) Formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. ( ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase. ( ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'. ( ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. 2 - 3 - 1 - 3 - 4. 2 - 5 - 3 - 3 - 2. 3 - 4 - 5 - 4 - 2. 5 - 4 - 1 - 5 - 3. 4 - 2 - 3 - 2 - 1. Respondido em 06/09/2022 21:12:29 Explicação: Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla fita do DNA se separa, por desnaturação, etapa em que ocorre a formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. O anelamento ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região complementar do molde, esse é o momento de estabelecimento de ligações ¿ pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase pode adicionar os nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não são utilizadas. 5a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro? Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo. Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma. Igual, pois o comprimento não interfere na especificidade dos primers. Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo. Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma. Respondido em 06/09/2022 22:27:39 Explicação: A especificidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve amplificação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a especificidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um primer, mais específico ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos,você específica melhor o alvo e permite que ele seja amplificado apenas na região desejada. 6a Questão Acerto: 1,0 / 1,0 (PR4 - UFRJ - Biólogo -UFRJ - Biologia Molecular - 2016) Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está presente no genoma humano, ele deve recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática: BLAST. Mega. Velvet. Multialignm. GenBank. Respondido em 06/09/2022 22:20:47 Explicação: O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas. Essas sequências podem ser de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador quer descobrir se a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido está presente no genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada, pois ele vai comparar sequências simples. O Mega é um software para análises filogenéticas. Multialignm é um programa para alinhamento múltiplo de sequências. Velvet é um algoritmo para montagem de genomas. GenBank é um banco de dados. 7a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Um grande avanço da bioinformática aconteceu durante a execução do Projeto Genoma Humano, que durou mais de 10 anos e teve como objetivo principal determinar a ordem dos nucleotídeos de todo genoma da nossa espécie. Essa empreitada científica estimulou o aprimoramento de computadores e de programas para lidar com a grande quantidade de dados que começou a ser gerada. Hoje vivemos o que é chamado de ¿era pós- genômica¿, como o desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas e programas que permitem estudar outras ciências ômicas. De acordo com as ciências ômicas, analise as afirmativas a seguir: I. Genética é o estudo de todo o DNA de um indivíduo. II. Metabolômica estuda moléculas de baixo peso molecular produzidas por uma célula. III. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu RNA. Quais são as afirmativas corretas? Somente a afirmativa de número 1 está correta. Somente a afirmativa 2 está correta. As afirmativas 1 e 3 estão corretas. As afirmativas 1 e 2 estão corretas. Somente a afirmativa de número 3 está correta. Respondido em 06/09/2022 22:24:31 Explicação: O estudo de todo o DNA de um indivíduo é chamado de genômica. A genética é a parte da ciência que estuda a hereditariedade, a estrutura e a função dos genes e a variação dos seres vivos. Na genética estudamos genes individuais. Às vezes, genética e genômica são usadas indistintamente, mas têm significados diferentes. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu DNA. 8a Questão Acerto: 1,0 / 1,0 (CESPE/UNB - INMETRO - 2010- Biotecnologia Molecular) Microarranjo é uma técnica empregada em biologia molecular que permite medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. Com relação a essa técnica, assinale a opção correta. A técnica em questão é empregada em estudos proteômicos, visto que permite a identificação direta das proteínas expressas. As lâminas de vidro utilizadas são revestidas por moléculas de lipídios. A detecção é realizada por meio de eletroforese em gel de agarose. A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com brometo de etídio. O microarranjo de DNA consiste em um arranjo predefinido de moléculas de DNA quimicamente ligadas a uma superfície sólida. Respondido em 06/09/2022 21:43:57 Explicação: A técnica em questão é empregada em estudos transcriptômicos, visto que permite a identificação direta das RNAs expressas. Para a técnica, são utilizadas lâminas de vidro revestidas com sondas de DNA. A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com corantes fluorescentes. A detecção é realizada por meio de detecção da fluorescência. 9a Questão Acerto: 0,0 / 1,0 Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), o que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para uma nova árvore? A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior. A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o estado atual. A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual. A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é fixada no início da pesquisa. A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado atual e proposto. Respondido em 06/09/2022 22:27:01 Explicação: Gabarito: A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual. Justificativa: Uma geração MCMC sempre aceita o novo estado se a probabilidade, ou log, for maior que o estado atual. A geração MCMC não é calculada por uma razão, nem possui uma probabilidade fixada de início. Na cadeia Markoviana, o novo estado é sempre aceito quando possui melhor probabilidade. As vezes a cadeia Markoviana Monte Carlo pode aceitar um ponto pior do que o anterior. Isso ocorre raramente. 10a Questão Acerto: 1,0 / 1,0 O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 9): Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de dados fornecida? A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento. A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais. A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor. A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta. A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor. Respondido em 06/09/2022 22:27:24 Explicação: Gabarito: A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento. Justificativa: Os caracteres que estão na posição 1, 2 e 9 na matriz de dados não possui variação de estados, ou seja, ao analisar a matriz de dados vemos que em todas as espécies (de A a I) na posição 1 temos a base C, na posição 2 a base G e na posição 9 a base C. Isso significa que elas não trazem informações que possam diferenciar um táxon ou um conjunto de táxons. Assim, a retirada destes caracteres, por tanto, não modifica a topologia e o comprimento de ramos, pois não houve alteração. A modificação na topografia só seria obtida caso tivesse alteração nos carateres entre os táxons, assim todas as outras alternativas estão falsas. 03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA 1. A informação da sequência completa de aminoácidos de uma proteína purificada de um organismo eucarioto seria suficiente para se deduzir a sequência exata de bases dos códons presentes RNAm que foi traduzido durante a síntese dessa proteína? Sim, já que o código genético é universal e os códons já foram todos decifrados. Não, pois o código genético é degenerado. Sim, pois o RNA traduzido já havia passado pelo processo de splicing e estava maduro quando foi traduzido. Não, pois o mRNA dos organismos eucariotos passa por modificações pós transcricionais com a retirada dos éxons. Sim, pois o código genético além de universal e pode sofrer oscilações. Data Resp.: 05/09/2022 17:06:22 Explicação: Não, pois durante a tradução a cada 1 códon (3 bases de nucleotídeos) temos a inserção de um aminoácido à cadeia de polipeptídio que está sendo sintetizada. No entanto, o código genético é degenerado, ou seja, um aminoácidoé representado por diferentes códons. Assim, ficaria difícil a partir de uma proteína descobrir os códons existentes no RNAm. O código genético é dito universal, pois os códons têm o mesmo significado em quase todos os organismos. Oscilações é a tolerância para sofrer alterações na terceira base nitrogenada sem alterar o códon garantindo assim que ele seja degenerado. O splicing com a retirada dos íntrons acontece na transcrição e não na tradução, não estando assim relacionada com o enunciado da questão. 2. A determinação da estrutura do Ácido Desoxirribonucléico foi um marco importante para a Biologia, esclarecendo como a informação hereditária é codificada em sequências de nucleotídeos de DNA nas células. A respeito desse tema, analise as alternativas a seguir: I. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA, que codificam proteínas (íntrons), intercalados com longos segmentos de DNA não codificantes (éxons). II. As sequências de íntrons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de éxons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing. III. O dogma central da biologia nos mostra o fluxo de informações que vai do DNA até a formação de uma unidade proteica, na ordem DNA > transcrição > RNAm > tradução > proteína IV. Eucromatina é o nome dado ao padrão de cromatina desenovelado do DNA. É correto o que se afirma em: II e IV. I e II. I e III. II e III. https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 III e IV. Data Resp.: 05/09/2022 17:07:56 Explicação: As sequências de éxons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de íntrons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing de RNA. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA. Durante a regulação de quais genes irão ser transcritos, temos a formação de regiões mais condensadas, que não são transcritos a heterocromatina e regiões com padrão de cromatina desenovelado que o DNA assume quando está aberto para a chegada da maquinaria de expressão ou replicação. O padrão desnovelado recebe o nome de eucromatina. 3. Nos organismos __________ a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as ___________ regulam essa compactação. A reação de _________ ocorre o maior enovelamento, já a reação de ____________ faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. procariotos / polimerase /acetilação / metilação procariotos / polimerase / metilação / acetilação eucariotos / polimerases / acetilação / metilação eucariotos / histona / metilação / acetilação procariotos / histona / metilação /acetilação Data Resp.: 05/09/2022 17:08:43 Explicação: Nos organismos eucariotos a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as histonas regulam essa compactação. A reação de metilação ocorre o maior enovelamento, já a reação de acetilação faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. Os organismos procariotos apresentam outro tipo de regulação, como a presença do operon lac. As polimerases são enzimas responsáveis enzima que catalisa a reação de polimerização de ácidos nucleicos a partir dos seus monômeros. 02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 4. Julgue as afirmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para alinhamento de sequências e disponível no portal do NCBI. I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados. https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será comparada. III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez. IV. Usada para busca em banco de dados de sequências. É correto o que se afirma em: II e III. I e II. I, III e IV. II e IV. II, III e IV. Data Resp.: 05/09/2022 17:09:44 Explicação: O BLAST é uma ferramenta utilizada para o alinhamento de sequências simples (duas sequências) e local (comparadas regiões de maior similaridade). É indicado para sequências mais divergentes e com tamanhos distintos. O BLAST é aplicado em vários bancos de dados de sequência de nucleotídeos ou aminoácidos como uma ferramenta de busca. 5. Escolha a opção que justifique por que é importante que o comprimento do produto amplificado pela reação de PCR seja maior que 150 pares de bases (pb). Estabelecer um comprimento mínimo do produto aumenta a especificidade da reação.Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade. A temperatura de anelamento para amplificar uma região menor que 150pb é maior que 72°C. A enzima Taq DNA polimerase não consegue amplificar seguimentos de DNA menores que 150pb. Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade. Produtos amplificados menores que 150pb podem se confundir com restos de primers que não se ligaram ao DNA e ficam no final da eletroforese. Data Resp.: 05/09/2022 17:11:08 Explicação: O tamanho do produto amplificado não interfere na especificidade, na formação de estruturas secundárias ou na temperatura de anelamento. O tamanho ideal do produto da PCR está entre 150 e 1.000 pares de bases (pb). Fragmentos muito pequenos podem ser confundidos com restos de primers que não se ligaram ao alvo e aparecem no final do gel da eletroforese. Por outro lado, se a região amplificada for muito grande, a DNA polimerase pode não conseguir adicionar todos os nucleotídeos necessários, e nesses casos a PCR não vai funcionar. A Taq tem dificuldade para amplificar produtos maiores que 1000pb. https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 6. Muitos programas de computador já foram e vêm sendo desenvolvidos para auxiliar no desenho de primers usados na PCR (Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre eles, podemos citar o Primer3, que pode ser usado de forma on-line por qualquer pessoa. Qual das opções abaixo contém uma informação essencial que o usuário precisa fornecer obrigatoriamente, para que um programa consiga desenhar primers? Sequência de nucleotídeos do alvo no DNA. Conteúdo GC. Temperatura de melting. Temperatura de anelamento. Tamanho do produto amplificado. Data Resp.: 05/09/2022 17:12:12 Explicação: Os primers são uma sequência de nucleotídeos que é complementar à sequência molde, que queremos amplificar. Essas sequências moldes podem ser obtidas em bancos de dados biológicos de sequências de nucleotídeos, como GenBank e RefSeq, disponíveis no portal no NCBI. Nos programas utilizados para desenhar esses oligonucleotídeos, é impossível desenhar uma sequência complementar de primers sem ter essa sequência. As outras alternativas da questão são todos parâmetros para o desenho de primers, mas o usuário não precisa alterar as configurações do programa, só se ele achar necessário.03015ANOTAÇÃO GÊNICA 7. O aluno Pedro está começando agora uma nova iniciação científica. Sua orientadora lhe disse que ele irá trabalhar com a enzima mieloperoxidase (MOP), mas ele ainda não compreende a importância do seu projeto. Ele precisa acessar um banco de dados biológico que reúna uma grande variedade de informações sobre essa proteína, como vias metabólicas e doenças associadas a ela. Qual banco de dados você recomendaria a ele? GenBank. PubMed. KEGG. PDB. Swiss-Prot. Data Resp.: 05/09/2022 17:14:48 Explicação: O KEGG é banco de dados biológico que envolve diferentes tipos de dados biológicos, possibilitando a compreensão da funcionalidade e utilidade de moléculas biológicas em nível https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 elevado de complexidade. Os demais bancos focam em um determinado tipo de dados, como anotação de proteínas (Swiss-Prot), literatura científica (PubMed), estrutura de proteínas (PDB) ou sequências de nucleotídeos (GenBank). 8. A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das ¿pontas¿ dos íntrons são exemplos de sinais na sequência de DNA. Esses sinais são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a transcrição e tradução ocorram. Qual processo de bioinformática inclui a identificação desses sinais? Sequenciamento do genoma. Predição gênica. Montagem do genoma. Extração do DNA. Construção de árvore filogenética. Data Resp.: 05/09/2022 17:16:17 Explicação: Durante a etapa de predição gênica, uma das formas de identificar a região de um gene ao longo da sequência de DNA é a busca por sinais que indiquem que aquela sequencias será transcrita e traduzida. Alguns desses sinais são diferentes entre procariotos e eucariotos, uma das razões de diferentes programas serem usados para predição gênica desses grupos de organismos. Montagem de genomas é o processo de unir pequenos fragmentos sequenciados na intensão de obter sequências maiores. Extração do DNA é o método que visa extrair o DNA da célula para futura análise, como, por exemplo, o PCR e, posteriormente, o sequenciamento de uma determinada região desse material genético, o que permite se chegar à sequência de nucleotídeos que estamos buscando. Árvores filogenéticas representam hipóteses sobre as relações evolutivas em um grupo de organismos. Uma árvore filogenética pode ser construída usando-se características morfológicas (formato do corpo), bioquímicas, comportamentais ou moleculares de espécies ou outros grupos. 02265ANÁLISE FILOGENÉTICA 9. Para compreender o que diz uma árvore filogenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A seguir são listados diferentes conceitos sobre a filogenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das árvores filogenéticas: Topologia significa o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore filogenética. Terminal, num cladograma, significa um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades. O ponto no qual o gráfico se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore. Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore filogenética dizemos que existe um grupo irmão. https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449 Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou. Data Resp.: 05/09/2022 17:17:57 Explicação: Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou. Justificativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore filogenética, também podendo ser nomes de genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um conjunto de descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a árvore inicia. Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore filogenética. Um cladograma só possui uma topologia que pode ser configurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu próprio eixo não muda as relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da árvore, a topologia muda. 10. A árvore filogenética é uma hipótese sobre relações evolutivas, mas para construir precisamos usar características que sejam indicadores confiáveis de ancestralidade comum. Nesse contexto utilizamos para construção das árvores as características homólogas. A seguir estão listadas algumas propriedades das características ditas homólogas. Analise a alternativa que NÃO se refere a essa característica: Linhagens diferentes com traços similares Ponto de origem em local similar Funções similares Estrutura e composição similar Desenvolvimento similar Data Resp.: 05/09/2022 17:19:02 Explicação: Gabarito: Linhagens diferentes com traços similares Justificativa: A homologia é o estudo das semelhanças entre a estrutura de diferentes organismos que apresentam. Dois caracteres são ditos homólogos quando apresentam a posição (ponto) de origem, estrutura, composição, desenvolvimento e função similares. A homologia é observada em caracteres, e não em linhagens, por isso que diferentes linhagens com traços similares não podem ser classificadas como homólogas. https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp?num_seq_aluno_turma=169045297&cod_hist_prova=292355324&num_seq_turma=7228071&cod_disc=SDE4449
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