Bioinformática teste de conhecimento e simulado

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Bioinformática teste de conhecimento e simulado
	03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA
	 
		
	
		1.
		(ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina)
Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim como a compreensão das redes funcionais estabelecidas pelas proteínas, fazem com que, no cenário científico atual, a genômica e a proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os principais bancos de dados utilizados para as diferentes análises de nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências e é resultado da associação de três bancos de dados parceiros, o DDBJ (DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE) e o GenBank. Devido à sua designação como provedor de dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de muitos bancos de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancos de dados de sequências genômicas secundárias, pode-se citar o Ensembl, o RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações importadas de fontes que incluem o UniProt (UNIVERSAL PROTEIN RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO ANNOTATION), o InterPro e o HoGenom, além de serem disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados.
Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às ciências ômicas como genômica, transcriptômica, proteômica, interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 3, p. 463-477, Maio/Junho 2010 (adaptado).
I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências possibilitam o desenvolvimento de pesquisas in sílico (realizadas em programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos e programas de análises envolvidos.  
PORQUE
II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre diversos genes, que podem ser utilizadas de forma rápida, independentemente do tipo de processamento.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
	
	
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	
	
	As asserções I e II são proposições falsas.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:32:29
		Explicação:
Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, como sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de forma rápida.
	
	
	 
		
	
		2.
		Em 2017 a revista "Nature" publicou o artigo "Physical properties of the HIV-1 capsid from all-atom molecular dynamics simulations" de Perilla & Schulten (2017), onde um supercomputador conseguiu fazer uma simulação de todos os átomos presentes no capsídeo do vírus HIV-1 por 400 nanossegundos, foram cerca de 4 milhões de átomos. Qual técnica da bioinformática permite realizar essa análise?
	
	
	
	Dinâmica molecular
	
	
	Alinhamento molecular
	
	
	Ancoramento molecular
	
	
	Modelagem molecular
	
	
	QSAR
	Data Resp.: 24/08/2022 00:37:36
		Explicação:
A dinâmica molecular é um modelo de ajuste induzido que tenta mimetizar o que acontece no ambiente real. Na dinâmica molecular cada átomo, seja da proteína, do ligante ou da água é levado em consideração para calcular a movimentação de todo o sistema por alguns nano ou milissegundos e entender as movimentações existentes e assim concluir como as interações acontecem. O ancoramento molecular utiliza o modelo chave-fechadura, pois a variável tempo não é levada em consideração. O alinhamento molecular visa identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor.
	
	
	 
		
	
		3.
		Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....).
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática, analise as afirmativas a seguir:
I. O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a detecção dos genes que compõem o DNA humano. Concluído em 1990, esse projeto contou com o apoio decisivo da bioinformática.
II. A biologia computacional é um campo de pesquisa diferente ao da bioinformática.
III. Uma das aplicações da bioinformática é o alinhamento de sequencias que tem como objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	II. 
	
	
	I. 
	
	
	III. 
	
	
	I e II.
	
	
	I e III.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:45:10
		Explicação:
Bioinformática e a biologia computacional são duas utilizadas como sinônimos e tem como objetivo a aplicação de ferramentas computacionais para coletar, armazenar, analisar, manipular, apresentar e compartilhar dados biológicos. Mas é importante ressaltar que segundo o NCBI a Biologia computacional é uma área de pesquisa que tem como foco principal problemas de pesquisa específicos em biologia. O projeto genoma foi iniciado na década de 90, e tinha como objetivo o desvendar por completo o DNA do ser humano. Após 13 anos para a conclusão desse projeto, a bioinformática mais uma vez foi essencial, pois a partir de programas de computador específicos, os pequenos trechos sequenciados eram adicionados a um grande banco de dados e encaixados no seu devido lugar, formando um único arquivo editável em que todos os participantes do trabalho.
	
	
	02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS
	 
		
	
		4.
		Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1?
	
	
	
	KEGG.
	
	
	PubMed.
	
	
	GenBank.
	
	
	BLAST.
	
	
	RefSeq.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:48:36
		Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI, que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para alinhamento de sequências.
	
	
	 
		
	
		5.
		Em uma análise utilizando a PCR, Lucas encontrou como resultado a amplificação de várias regiões diferentes do DNA das amostras analisadas. O que ele esperava era encontrar apenas uma região amplificada, somente nas amostras positivas. Para solucionar o problema, seu chefe sugeriu, então, que ele desenhasse um novo par de primers e prestasse atenção no comprimento em nucleotídeos, para melhorar a especificidade. Você diria para Lucas desenhar um novo par de primers com um comprimento maior ou menor que o par de primers que ele havia usado primeiro?
	
	
	
	Igual, pois o comprimento não interfere na especificidadedos primers.
	
	
	Menor, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
	
	
	Maior, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
	
	
	Menor, pois assim aumenta a chance dos primers se ligarem somente na região alvo.
	
	
	Maior, dessa forma os primers podem se ligar a diferentes regiões ao longo do genoma.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:48:44
		Explicação:
A especificidade de um primer garante que a região copiada seja realmente a que você deseja, e não outra qualquer. No caso exposto, houve amplificação de várias sequências não desejadas e, para melhorar a especificidade, faz-se necessário aumentar o número de nucleotídeos, pois quanto maior o comprimento de um primer, mais específico ele é. Sequências pequenas de primers podem ocorrer aleatoriamente ao longo do DNA, e não somente na região de interesse. Quando você usa mais nucleotídeos, você específica melhor o alvo e permite que ele seja amplificado apenas na região desejada.
	
	
	 
		
	
		6.
		Julgue as afirmativas a seguir sobre a ferramenta BLAST, usada para alinhamento de sequências e disponível no portal do NCBI.
I. Muito usada para sequências com apenas alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências têm tamanhos próximos, pois toda extensão da sequência será comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de sequências.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	I, III e IV.
	
	
	II e IV.
	
	
	I e II.
	
	
	II e III.
	
	
	II, III e IV.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:48:48
		Explicação:
O BLAST é uma ferramenta utilizada para o alinhamento de sequências simples (duas sequências) e local (comparadas regiões de maior similaridade). É indicado para sequências mais divergentes e com tamanhos distintos. O BLAST é aplicado em vários bancos de dados de sequência de nucleotídeos ou aminoácidos como uma ferramenta de busca.
	
	
	03015ANOTAÇÃO GÊNICA
	 
		
	
		7.
		(Adaptado de UFCE - 2015 - Engenheiro - Área Engenharia de Pesca)
A transcritômica ou transcriptômica é a ciência que estuda o transcritoma produzido por determinada célula, tecido ou organismo. Sobre esse tema, é correto afirmar que:
	
	
	
	Independente de estágio de desenvolvimento, o transcriptoma é o mesmo.
	
	
	A transcriptômica estuda o conjunto de proteínas.
	
	
	Apesar de sua aplicação em diversos campos da biologia, a transcriptômica não pode ser pesquisada a partir de técnicas de alto desempenho e sequenciamento de nova geração (NGS).
	
	
	Podem haver vários transcriptomas em um único organismo.
	
	
	O transcriptoma é o mesmo em todos tecidos e órgãos.
	Data Resp.: 01/09/2022 22:44:28
		Explicação:
O transcriptoma estuda o conjunto de RNAs, que varia de acordo com a condição a qual a célula está exposta, portanto, se estudar diferentes tipos de células o transcriptoma será distinto. Além disso, o transcriptoma depende do estágio de desenvolvimento e em cada indivíduo pode haver vários transcriptomas. O transcriptoma pode ser estudado pelo sequenciamento de nova geração, realizando a pré-etapa de síntese do DNA complementar.
	
	
	 
		
	
		8.
		A química de produtos naturais tem empregado novas metodologias com o objetivo de acelerar a descoberta e o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com fins terapêuticos. Entre eles, técnicas de separação associadas às espectrométricas de alto desempenho, assim analisando o extrato bruto de uma planta, ou seja, sem prévio isolamento de um composto único, uma vez que esses estudos são realizados para a obtenção das informações qualitativas e quantitativas acerca da maior quantidade possível de tipos diferentes de constituintes de cada amostra. Esse tipo de estudo emprega qual abordagem ômica?
	
	
	
	Genômica.
	
	
	Proteômica.
	
	
	Lipdômica.
	
	
	Transcriptômica.
	
	
	Metabolômica.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:51:04
		Explicação:
O enunciado aponta que as análises são voltadas para a maior quantidade possível de constituintes da amostra e para o isolamento de novos compostos que são originários das plantas e que podem ser empregados com fins terapêuticos, ou seja, produtos (metabólitos) derivados do metabolismo. Além disso, cita a espectrometria como metodologia, uma das técnicas empregadas nesse tipo de estudo ômico. As demais abordagens apontadas nas opções são focadas em um determinado tipo de molécula biológica.
	
	
	02265ANÁLISE FILOGENÉTICA
	 
		
	
		9.
		Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore filogenética. Todas estas abordagens são fundamentais para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação do neighbor-joining. Qual é a melhor definição desta técnica?
	
	
	
	Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima verossimilhança.
	
	
	Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
	
	
	Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados.
	
	
	Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as distâncias observadas e previstas.
	
	
	A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta.
	Data Resp.: 24/08/2022 00:59:37
		Explicação:
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
Justificativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética calculada a partir de uma matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é aquela que minimiza a diferença entre as distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim como outros métodos de distância, o método neighbor-joining conduz uma serie de cálculos em cima da matriz a partir de um algoritmo. Esse é um método rápido. As outras alternativas não se enquadram como definições dessa metodologia.
	
	
	 
		
	
		10.
		Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese filogenética com uma matriz de táxons × caractere. Dentre as possibilidades temos a máxima verossimilhança. Qual das alternativas a seguir define melhor este conceito?
	
	
	
	A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos.
	
	
	A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados.
	
	
	A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
	
	
	A probabilidade de que um evento ocorra.
	
	
	A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas.
	Data Resp.: 24/08/2022 01:00:33
		Explicação:
Gabarito: A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
Justificativa: Para calcular a probabilidade de um evento ocorrer entre outros é necessário usar o teorema de Bayes. O método dos mínimos quadrados é utilizado em métodos de distância e não em probabilidades. A máxima verossimilhança procura a probabilidade de cada hipótese fornecida os dados. A quantidade de passos é utilizada na parcimônia. A inferência Bayesiano é um método que avaliar a probabilidade posterior de uma árvore e incorporam informações prévias sobre a probabilidade de hipóteses alternativas.
		1a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Na era pós-moderna, com o advento e a consolidação da revolução robótica no século XX, foi possível aprimorar a criação de tecnologias computacionais nas mais variadas áreas do conhecimento, o que tem provocado profundas mudanças sociais em âmbito individual e coletivo. Nesse cenário, a bioinformática ou biocomputação surge na década de 1980, a fim de superar as fronteiras das ciências pelo desenvolvimento de novas abordagens capazes de promover a análise e a apresentação de dados biológicos, bem como de garantir a investigação de novos métodos para a resolução de complexas perguntas.
Fonte: ARAÚJO,N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática analise as afirmativas a seguir:
I. A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que combina diferentes disciplinas, com destaque para a Estatística, biologia, química, informática e física.
II. A bioinformática possibilitou a interpretação da linguagem dos de genes por algoritmos.
III. Atualmente, os programas de computadores estão muito modernos, e é possível realizar todas grandes análises de forma rápida e precisa, como prever a ligação de diferentes átomos em uma molécula.
É correto o que se afirma em:
		
	
	I e III.
	 
	I e II.
	
	III.
	
	I.
	
	II.
	Respondido em 10/09/2022 23:23:33
	
	Explicação:
Existem diversas ciências envolvidas com a bioinformática, que desfrutam do seu avanço, entretanto as áreas mais intimamente ligadas de acordo com a questão 17 são: Estatística, biologia, química, informática e física. Essa nova ciência permitiu que algoritmos fossem criados auxiliando na interpretação de genes, alinhamentos dos genes, descobrir sequências e funções de genes desconhecidas. No entanto, ainda precisamos de programas de computadores mais avançados, para por exemplo, analisar as dinâmicas moleculares (interação de átomos de diferentes proteínas), mas complexas e mais longas.
	
		2a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....).
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8.
A seguir são listadas algumas aplicações da bioinformática.  Analise as afirmativas a seguir:
I. Identificação de alvos proteicos com potencial para serem modificados diretamente pela interação com fármacos.
II. A identificação de moléculas que poderão atuar como princípio ativo na elaboração de produtos terapêuticos, inibindo ou acelerando certas reações bioquímicas, poderá apresentar efeitos sobre a cura ou a atenuação da doença.
III. Proporcionar melhor entendimento dos processos evolutivos e das relações filogenéticas.
IV. Amplificação do material genético para a verificação quantitativa e qualitativa de um determinado DNA em uma amostra biológica. 
V. Identificar a expressão gênica durante um tumor, identificar suas alterações para que genes defeituosos, ausentes ou superativados sejam reconstruídos ou desligados, para garantir o desenvolvimento de medidas terapêuticas ou preventivas contra tumores e agentes infecciosos.
Assinale a opção correta.
		
	
	Apenas I.
	
	Apenas II.
	
	Apenas III e IV.
	
	I, II e III.
	 
	I, II, III e V.
	Respondido em 10/09/2022 23:30:28
	
	Explicação:
A bioinformática é a ciência integra essencialmente o desenvolvimento de programas computacionais para tratar dados biológicos preexistentes e identificar sequências de genes, predizer a configuração tridimensional das proteínas, identificar inibidores enzimáticos, promover o agrupamento de proteínas, estabelecer árvores filogenéticas e analisar experimentos da expressão gênica. No entanto, ela não amplifica o DNA para a sua detecção em uma amostra biológica, essa análise é realizada pela reação de polimerase da cadeia, que pode apenas detectar a presença (qualitativa) ou então verificar a concentração (quantitativa). As demais alternativas estão corretas.
	
		3a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Sobre a técnica de modelagem molecular analise a relação entre as afirmativas a seguir:
I. O método de modelagem a ser escolhido depende da igualdade.
PORQUE
II. Uma igualdade superior a 25% podemos optar pela modelagem por homologia. Se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por ab initio, caso não, optamos pela modelagem threading.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
		
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	 
	As asserções I e II são proposições falsas.
	Respondido em 20/09/2022 10:25:16
	
	Explicação:
O método de modelagem a ser escolhido depende da identidade, caso seja acima de 25% podemos optar pela modelagem por homologia, se for abaixo desse valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por treading, caso não realizamos a modelagem por ab initio.
	
		4a
          Questão
	Acerto: 0,0  / 1,0
	
	Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa ferramenta.
		
	 
	Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
	
	Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
	 
	A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de proteínas.
	
	Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados.
	
	A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas.
	Respondido em 20/09/2022 11:00:45
	
	Explicação:
O valor de e-value diz respeito à significância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas.
	
		5a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	(PR4 - UFRJ - Biólogo  -UFRJ - Biologia Molecular - 2016)
Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está presente no genoma humano, ele deve recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática:
 
		
	 
	BLAST.
	
	Mega.
	
	GenBank.
	
	Velvet.
	
	Multialignm.
	Respondido em 11/09/2022 00:41:39
	
	Explicação:
O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas. Essas sequências podem ser de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador quer descobrir se a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido está presente no genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada, pois ele vai comparar sequências simples. O Mega é um software para análises filogenéticas. Multialignm é um programa para alinhamento múltiplo de sequências. Velvet é um algoritmo para montagem de genomas. GenBank é um banco de dados.
	
		6a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Escolha a opção que justifique por que é importante que o comprimento do produto amplificado pela reação de PCR seja maior que 150 pares de bases (pb).
		
	 
	Produtos amplificados menores que 150pb podem se confundir com restos de primers que não se ligaram ao DNA e ficam no final da eletroforese.
	
	A temperatura de anelamento para amplificar uma região menor que 150pb é maior que 72°C.
	
	A enzima Taq DNA polimerase não consegue amplificar seguimentos de DNA menores que 150pb.
	
	Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade.Estabelecer um comprimento mínimo do produto aumenta a especificidade da reação.Primers que se ligam ao redor de regiões menores que 150pb formam estruturas secundárias com maior facilidade.
	Respondido em 20/09/2022 11:12:33
	
	Explicação:
O tamanho do produto amplificado não interfere na especificidade, na formação de estruturas secundárias ou na temperatura de anelamento. O tamanho ideal do produto da PCR está entre 150 e 1.000 pares de bases (pb). Fragmentos muito pequenos podem ser confundidos com restos de primers que não se ligaram ao alvo e aparecem no final do gel da eletroforese. Por outro lado, se a região amplificada for muito grande, a DNA polimerase pode não conseguir adicionar todos os nucleotídeos necessários, e nesses casos a PCR não vai funcionar. A Taq tem dificuldade para amplificar produtos maiores que 1000pb.
	
		7a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Um grande avanço da bioinformática aconteceu durante a execução do Projeto Genoma Humano, que durou mais de 10 anos e teve como objetivo principal determinar a ordem dos nucleotídeos de todo genoma da nossa espécie. Essa empreitada científica estimulou o aprimoramento de computadores e de programas para lidar com a grande quantidade de dados que começou a ser gerada. Hoje vivemos o que é chamado de ¿era pós-genômica¿, como o desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas e programas que permitem estudar outras ciências ômicas. De acordo com as ciências ômicas, analise as afirmativas a seguir:
 
I. Genética é o estudo de todo o DNA de um indivíduo.
II. Metabolômica estuda moléculas de baixo peso molecular produzidas por uma célula.
III. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu RNA.
 
Quais são as afirmativas corretas?
		
	
	Somente a afirmativa 2 está correta.
	
	As afirmativas 1 e 2 estão corretas.
	 
	Somente a afirmativa de número 3 está correta.
	
	As afirmativas 1 e 3 estão corretas.
	
	Somente a afirmativa de número 1 está correta.
	Respondido em 20/09/2022 10:29:04
	
	Explicação:
O estudo de todo o DNA de um indivíduo é chamado de genômica. A genética é a parte da ciência que estuda a hereditariedade, a estrutura e a função dos genes e a variação dos seres vivos. Na genética estudamos genes individuais. Às vezes, genética e genômica são usadas indistintamente, mas têm significados diferentes. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu DNA.
	
		8a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	(CESPE/UNB - INMETRO - 2010- Biotecnologia Molecular)
Microarranjo é uma técnica empregada em biologia molecular que permite medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. Com relação a essa técnica, assinale a opção correta.
		
	 
	O microarranjo de DNA consiste em um arranjo predefinido de moléculas de DNA quimicamente ligadas a uma superfície sólida.
	
	A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com brometo de etídio.
	
	A detecção é realizada por meio de eletroforese em gel de agarose.
	
	A técnica em questão é empregada em estudos proteômicos, visto que permite a identificação direta das proteínas expressas.
	
	As lâminas de vidro utilizadas são revestidas por moléculas de lipídios.
	Respondido em 20/09/2022 10:30:22
	
	Explicação:
A técnica em questão é empregada em estudos transcriptômicos, visto que permite a identificação direta das RNAs expressas. Para a técnica, são utilizadas lâminas de vidro revestidas com sondas de DNA. A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com corantes fluorescentes. A detecção é realizada por meio de detecção da fluorescência.
	
		9a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), o que determina quando uma cadeia se move da árvore atual para uma nova árvore?
		
	
	A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o estado atual.
	
	A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado atual e proposto.
	 
	A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual.
	
	A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior.
	
	A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é fixada no início da pesquisa.
	Respondido em 20/09/2022 10:31:09
	
	Explicação:
Gabarito: A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual.
Justificativa: Uma geração MCMC sempre aceita o novo estado se a probabilidade, ou log, for maior que o estado atual. A geração MCMC não é calculada por uma razão, nem possui uma probabilidade fixada de início. Na cadeia Markoviana, o novo estado é sempre aceito quando possui melhor probabilidade. As vezes a cadeia Markoviana Monte Carlo pode aceitar um ponto pior do que o anterior. Isso ocorre raramente.
	
		10a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9 caracteres (de 1 ao 9):
Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9) da matriz de dados fornecida?
		
	
	A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais.
	
	A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor.
	 
	A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
	
	A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor.
	
	A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta.
	Respondido em 20/09/2022 10:32:55
	
	Explicação:
Gabarito: A topologia de árvore ideal definitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
Justificativa: Os caracteres que estão na posição 1, 2 e 9 na matriz de dados não possui variação de estados, ou seja, ao analisar a matriz de dados vemos que em todas as espécies (de A a I) na posição 1 temos a base C, na posição 2 a base G e na posição 9 a base C. Isso significa que elas não trazem informações que possam diferenciar um táxon ou um conjunto de táxons. Assim, a retirada destes caracteres, por tanto, não modifica a topologia e o comprimento de ramos, pois não houve alteração. A modificação na topografia só seria obtida caso tivesse alteração nos carateres entre os táxons, assim todas as outras alternativas estão falsas.
		1a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A determinação da estrutura do Ácido Desoxirribonucléico foi um marco importante para a Biologia, esclarecendo como a informação hereditária é codificada em sequências de nucleotídeos de DNA nas células. A respeito desse tema, analise as alternativas a seguir:
I. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA, que codificam proteínas (íntrons), intercalados com longos segmentos de DNA não codificantes (éxons).
II. As sequências de íntrons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de éxons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing.
III. O dogma central da biologia nos mostra o fluxo de informações que vai do DNA até a formação de uma unidade proteica, na ordem DNA > transcrição > RNAm > tradução > proteína
IV. Eucromatina é o nome dado ao padrão de cromatina desenovelado do DNA.
É correto o que se afirma em:
		
	
	II e IV.
	
	I e II.
	
	I e III.
	 
	III e IV.
	
	II e III.
	Respondido em 25/09/2022 21:16:36
	
	Explicação:
As sequências de éxons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de íntrons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing de RNA. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA. Durante a regulação de quais genes irão ser transcritos, temos a formação de regiões mais condensadas, que nãosão transcritos a heterocromatina e regiões com padrão de cromatina desenovelado que o DNA assume quando está aberto para a chegada da maquinaria de expressão ou replicação. O padrão desnovelado recebe o nome de eucromatina.
	
		2a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A informação da sequência completa de aminoácidos de uma proteína purificada de um organismo eucarioto seria suficiente para se deduzir a sequência exata de bases dos códons presentes RNAm que foi traduzido durante a síntese dessa proteína?
		
	 
	Não, pois o código genético é degenerado.
	
	Sim, pois o RNA traduzido já havia passado pelo processo de splicing e estava maduro quando foi traduzido.
	
	Sim, pois o código genético além de universal e pode sofrer oscilações.
	
	Sim, já que o código genético é universal e os códons já foram todos decifrados.
	
	Não, pois o mRNA dos organismos eucariotos passa por modificações pós transcricionais com a retirada dos éxons.
	Respondido em 25/09/2022 19:22:23
	
	Explicação:
Não, pois durante a tradução a cada 1 códon (3 bases de nucleotídeos) temos a inserção de um aminoácido à cadeia de polipeptídio que está sendo sintetizada. No entanto, o código genético é degenerado, ou seja, um aminoácido é representado por diferentes códons. Assim, ficaria difícil a partir de uma proteína descobrir os códons existentes no RNAm. O código genético é dito universal, pois os códons têm o mesmo significado em quase todos os organismos. Oscilações é a tolerância para sofrer alterações na terceira base nitrogenada sem alterar o códon garantindo assim que ele seja degenerado. O splicing com a retirada dos íntrons acontece na transcrição e não na tradução, não estando assim relacionada com o enunciado da questão.
	
		3a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Nos organismos __________ a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as ___________ regulam essa compactação. A reação de _________ ocorre o maior enovelamento, já a reação de ____________ faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. 
		
	
	eucariotos / polimerases / acetilação / metilação
	
	procariotos / polimerase / metilação / acetilação
	
	 procariotos / polimerase /acetilação / metilação
	
	procariotos / histona / metilação /acetilação
	 
	 eucariotos / histona / metilação / acetilação
	Respondido em 25/09/2022 22:08:15
	
	Explicação:
Nos organismos eucariotos a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as histonas regulam essa compactação. A reação de metilação ocorre o maior enovelamento, já a reação de acetilação faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. Os organismos procariotos apresentam outro tipo de regulação, como a presença do operon lac. As polimerases são enzimas responsáveis enzima que catalisa a reação de polimerização de ácidos nucleicos a partir dos seus monômeros.
	
		4a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Durante um noticiário na televisão que falava sobre notícias na área de ciência e tecnologia, o repórter citou o termo NCBI. Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu neto o significado daquele termo. Qual seria a resposta correta que o neto de Dona Rosângela deveria dar?
		
	
	O NCBI se trata apenas de um banco de dados de artigos científicos da área biomédica.
	
	O NCBI é uma ferramenta usada para o alinhamento de sequências biológicas.
	 
	O NCBI é um portal que apresenta bancos de dados e ferramentas importantes para a área biotecnológica.
	
	O NCBI é um programa on-line para o desenho de primers.
	
	O NCBI é um banco de dados de sequências de nucleotídeos curadas e sem redundância.
	Respondido em 25/09/2022 21:59:10
	
	Explicação:
O NCBI (Centro Nacional para Informação Biotecnológica) é uma organização que controla o portal mais famoso da bioinformática. Dentro desse portal, estão disponíveis diferentes bancos de dados biológicos e ferramentas para analisá-los. O NCBI se propõe a reunir o resultado do trabalho de pesquisadores ao redor do mundo em um só lugar, facilitando o acesso e manipulação desses registros. Essa iniciativa impulsiona o avanço do conhecimento na área biotecnológica.  Dentro do NCBI, temos o GenBank e PubMed, que são bancos de dados disponíveis no portal do NCBI, mas esse não é o único propósito desse portal. A ferramenta BLAST, usada para o alinhamento de sequências, também está implementada nesse portal.
	
		5a
          Questão
	Acerto: 0,0  / 1,0
	
	 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da amplificação do DNA por PCR. Associe a segunda coluna com a primeira.
 
1. de 0°C a 10°C
2. de 35°C a 65°C
3. 72°C
4. 82°C
5. de 90°C a 96°C
(  ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a fita molde.
(  ) Formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos.
(  ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase.
(  ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'.
(  ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers.
 
		
	
	5 - 4 - 1 - 5 - 3.
	
	3 - 4 - 5 - 4 - 2.
	 
	2 - 3 - 1 - 3 - 4.
	 
	2 - 5 - 3 - 3 - 2.
	
	4 - 2 - 3 - 2 - 1.
	Respondido em 25/09/2022 21:15:48
	
	Explicação:
Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla fita do DNA se separa, por desnaturação, etapa em que ocorre a formação de fitas-molde a partir de todos os seguimentos. O anelamento ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região complementar do molde, esse é o momento de estabelecimento de ligações ¿ pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase pode adicionar os nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não são utilizadas.
	
		6a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa ferramenta.
		
	 
	Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
	
	Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados.
	
	A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de dados de proteínas.
	
	Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
	
	A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas.
	Respondido em 25/09/2022 21:35:25
	
	Explicação:
O valor de e-value diz respeito à significância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas.
	
		7a
          Questão
	Acerto: 0,0  / 1,0
	
	O aluno Pedro está começando agora uma nova iniciação científica. Sua orientadora lhe disse que ele irá trabalhar com a enzima mieloperoxidase (MOP), mas ele ainda não compreende a importância do seu projeto. Ele precisa acessar um banco de dados biológico que reúna uma grande variedade de informações sobre essa proteína, como vias metabólicas e doenças associadas a ela. Qual banco de dados você recomendaria a ele?
		
	
	PubMed.
	 
	GenBank.
	
	Swiss-Prot.
	
	PDB.
	 
	KEGG.
	Respondido em 25/09/2022 21:31:09
	
	Explicação:
O KEGG é banco de dados biológico que envolvediferentes tipos de dados biológicos, possibilitando a compreensão da funcionalidade e utilidade de moléculas biológicas em nível elevado de complexidade. Os demais bancos focam em um determinado tipo de dados, como anotação de proteínas (Swiss-Prot), literatura científica (PubMed), estrutura de proteínas (PDB) ou sequências de nucleotídeos (GenBank).
	
		8a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A sequência de Shine-Delgarno e as sequências das ¿pontas¿ dos íntrons são exemplos de sinais na sequência de DNA. Esses sinais são sequências características conservadas, que marcam as regiões necessárias para que a transcrição e tradução ocorram. Qual processo de bioinformática inclui a identificação desses sinais?
		
	 
	Predição gênica.
	
	Construção de árvore filogenética.
	
	Sequenciamento do genoma.
	
	Montagem do genoma.
	
	Extração do DNA.
	Respondido em 21/09/2022 18:31:39
	
	Explicação:
Durante a etapa de predição gênica, uma das formas de identificar a região de um gene ao longo da sequência de DNA é a busca por sinais que indiquem que aquela sequencias será transcrita e traduzida. Alguns desses sinais são diferentes entre procariotos e eucariotos, uma das razões de diferentes programas serem usados para predição gênica desses grupos de organismos. Montagem de genomas é o processo de unir pequenos fragmentos sequenciados na intensão de obter sequências maiores. Extração do DNA é o método que visa extrair o DNA da célula para futura análise, como, por exemplo, o PCR e, posteriormente, o sequenciamento de uma determinada região desse material genético, o que permite se chegar à sequência de nucleotídeos que estamos buscando. Árvores filogenéticas representam hipóteses sobre as relações evolutivas em um grupo de organismos. Uma árvore filogenética pode ser construída usando-se características morfológicas (formato do corpo), bioquímicas, comportamentais ou moleculares de espécies ou outros grupos.
	
		9a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	Para compreender o que diz uma árvore filogenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A seguir são listados diferentes conceitos sobre a filogenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das árvores filogenéticas:
		
	
	Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore filogenética dizemos que existe um grupo irmão.
	
	Topologia significa o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore filogenética.
	
	O ponto no qual o gráfico se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
	 
	Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
	
	Terminal, num cladograma, significa um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
	Respondido em 25/09/2022 21:55:07
	
	Explicação:
Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Justificativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore filogenética, também podendo ser nomes de genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um conjunto de descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a árvore inicia. Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore filogenética. Um cladograma só possui uma topologia que pode ser configurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu próprio eixo não muda as relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da árvore, a topologia muda.
	
		10a
          Questão
	Acerto: 1,0  / 1,0
	
	A árvore filogenética é uma hipótese sobre relações evolutivas, mas para construir precisamos usar características que sejam indicadores confiáveis de ancestralidade comum. Nesse contexto utilizamos para construção das árvores as características homólogas. A seguir estão listadas algumas propriedades das características ditas homólogas. Analise a alternativa que NÃO se refere a essa característica:
		
	
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