PROVA BIOINFORMÁTICA isciplina

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isciplina: BIOINFORMÁTICA AV 
Aluno: ANDREZZA DA CRUZ RODRIGUES 202108386499 
Professor: DJULI MILENE HERMES 
 
Turma: 9001 
SDE4449_AV_202108386499 (AG) 24/10/2022 10:21:37 (F) 
 
Avaliação: 
4,0 
Nota SIA: 
 
 
 
 
 
 
02265 - ANÁLISE FILOGENÉTICA 
 
 
 1. Ref.: 6069489 Pontos: 0,00 / 1,00 
 
Na figura a seguir vemos uma matriz com 3 táxons (A ao C) e 4 caracteres (1 ao 3). 
 
A seguir são listadas 5 topografias de árvores diferentes (A ao E). Analise a alternativa que está de acordo com a matriz 
táxon × caractere. 
 
 
 
javascript:alert('C%C3%B3digo%20da%20quest%C3%A3o:%206069489.');
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 2. Ref.: 6069594 Pontos: 0,00 / 1,00 
 
A seguir são apresentadas diferentes árvores filogenéticas (de A ao E). Analise os gráficos e responda: 
javascript:alert('C%C3%B3digo%20da%20quest%C3%A3o:%206069594.');
 
Imagem: Leandro Pederneiras 
Qual dos gráficos acima (a, b, c, d ou e) é um filograma e um cronograma, respectivamente? 
 
 
Árvore d e e 
 Árvore e e b 
 
Árvore d e a 
 Árvore b e e 
 
Árvore a e c 
 
 
 
 
02925 - NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 
 
 
 3. Ref.: 6045464 Pontos: 0,00 / 1,00 
 
Pesquisadores do Grupo Pardini em parceria com a UFMG desenvolveram um teste de genotipagem para as variantes P.1 
(Manaus), P.2 (RJ) e B.1.1.7 (Reino Unido) do SARS-CoV-2. A partir da sequência genética de cada uma das variantes do 
vírus causador da covid-19, eles desenvolveram um par de primers que vão "grudar" naquela sequência exata do vírus. 
(Fonte: https://www1.folha.uol.com.br/equilibrioesaude/2021/04/laboratorio-lanca-teste-capaz-de-identificar-variantes-
do-coronavirus.shtml). 
Qual das características abaixo contribui para que os primers usados sejam bastante específicos para a região do genoma 
que contém a mutação? 
 
 Comprimento suficientemente grande, maior que vinte nucleotídeos. 
 Porcentagem baixa de guanina (G) e citosina (C) ao longo da sequência (menor que 40%). 
 
Temperatura de anelamento baixa, menor que 50°C. 
 
Temperatura de melting baixa, menor que 55°C. 
 
Produtos amplificados maiores que 100pb. 
 
 
 4. Ref.: 6045362 Pontos: 0,00 / 1,00 
 
O programa BLAST é uma ferramenta disponível em vários bancos de dados como uma opção de busca. O portal do NCBI 
também conta com essa opção para que o usuário possa fazer buscas em bancos como GenBank e RefSeq. Qual tipo de 
dado biológico é usado pelo BLAST em suas execuções? 
 
 
Número da atividade enzimática de proteínas. 
 
Anotação de função de proteínas. 
 
Estrutura tridimensional de proteínas. 
 Artigos científicos. 
 Sequências de nucleotídeos ou aminoácidos. 
 
 
 5. Ref.: 6045329 Pontos: 1,00 / 1,00 
 
Observe o alinhamento entre quatro sequências de proteínas mostrado na figura. Existem algumas posições que estão 
representadas com um traço (-), isso significa que nessas posições existem gaps. Marque a alternativa que apresenta o 
significado biológico correto de regiões de gaps. 
 
Fonte: Wikimedia.org/CC by 3.0 
 
 
Gaps são mutações por substituição, representam troca de um aminoácido por outro. 
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javascript:alert('C%C3%B3digo%20da%20quest%C3%A3o:%206045362.');
javascript:alert('C%C3%B3digo%20da%20quest%C3%A3o:%206045329.');
 
Gaps são posição no alinhamento em que o resíduo é diferente entre as sequências comparadas. 
 Gaps são regiões de deleções ou inserções, em que algumas das sequências perderam ou ganharam uma nova 
"parte". 
 
Gaps são regiões conservadas entre as sequências. 
 
Gaps é o total do somatório de matches subtraídos do número de mismatches ao longo do alinhamento. 
 
 
 
 
03015 - ANOTAÇÃO GÊNICA 
 
 
 6. Ref.: 6054908 Pontos: 1,00 / 1,00 
 
Os dados biológicos produzidos por várias técnicas experimentais e análises computacionais precisam ser armazenados em 
arquivos para posterior utilização. É um exemplo de formato de arquivo utilizado para guardar o resultado do processo de 
anotação gênica: 
 
 
JPEG (.jpeg). 
 
TEXTO (.txt). 
 GenBank (.gbk). 
 
PDB (.pdb). 
 
FASTA (.fasta). 
 
 
 7. Ref.: 6055045 Pontos: 0,00 / 1,00 
 
A Doença dos Legionários é causada por bactérias do gênero Legionella, principalmente por Legionella pneumophila, sendo 
caracterizada por uma pneumonia severa que afeta geralmente pessoas suscetíveis, tais como idosos e fumantes, por meio 
da inalação de aerossóis que contenham a bactéria. Um surto da Doença dos Legionários ocorrido em Vila Franca de Xira, 
Portugal, ganhou notoriedade pelo fato de ter estado associado à primeira forte evidência de transmissão pessoa a pessoa 
dessa doença. 
As mais de 400 pessoas infectadas no período do surto revelaram ser moradoras ou trabalhadoras da Vila Franca de Xira, 
ou ter estado naquela região no período do surto. No entanto, uma mulher de 74 anos, moradora da zona do Porto (outra 
região de Portugal), que contraiu a Doença dos Legionários nesse período, revelou não sair da sua zona de residência há 
muitos meses. O inquérito epidemiológico permitiu saber, no entanto, que o seu filho, trabalhador em Vila Franca de Xira e 
um dos responsáveis pela manutenção de uma torre de refrigeração indiciada como potencial causa do surto, tinha contraído 
a Doença dos Legionários uns dias antes e tinha se deslocado para a casa da mãe durante o período agudo da 
doença.Amostras respiratórias de mãe e filho foram enviadas para o laboratório, e a bactéria isolada foi sujeitada a estudo 
detalhado de sequenciamento. Foi possível verificar que as amostras de L. pneumophila isoladas dos dois doentes (mãe e 
filho) eram idênticas e não apresentavam qualquer mutação no DNA quando comparado às amostras do surto de Vila Franca 
de Xira. A ausência, na casa, de equipamentos potencialmente geradores de aerossóis, os resultados negativos 
para Legionella após coleta das amostras nas torneiras e chuveiro, associados ao elevado tempo de contato entre mãe e 
filho numa casa pequena e com pouco arejamento, permitiram concluir como única explicação possível para a infecção da 
mãe a existência de transmissão pessoa a pessoa da Doença dos Legionários. O estudo detalhado feito para desvendar esse 
caso da Doença dos Legionários contou com um tipo de análise ômica. Qual foi ela? 
 
 
Metabolômica. 
 Transcriptômica. 
 
Lipidômica. 
 Genômica. 
 
Proteômica. 
 
 
 
 
03017 - INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA 
 
 
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 8. Ref.: 6075099 Pontos: 0,00 / 1,00 
 
Adaptada de UPENET/IAUPE - 2017 - UPE ¿ Biólogo) Ao compararmos um gene e uma proteína, ficamos restritos a tratar 
da sequência de DNA, que se estende entre os pontos correspondentes às extremidades da proteína. O processo pelo qual 
um gene dá origem a uma proteína é chamado expressão gênica. Nesse contexto, observe as sequências selvagem 
(esquerda) e mutante (direita) da cadeia β da hemoglobina. 
 
Para responder, utilize a tabela de códons a seguir: 
 
Após analisar as sequências de nucleotídeos normal e selvagem e a tabela de códon, analise a relação entre as assertivas a 
seguir: 
I. A diferença entre o DNA selvagem e mutante da cadeia β da hemoglobina, é devido a uma mutação silenciosa após a 
troca do nucleotídeo A pelo T. 
PORQUE 
II. A alteração no nucleotídeo de A pelo T não altera o aminoácido que é adicionado na cadeia peptídica, sendo nos dois 
casos adicionados a alanina. 
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: 
 
 
A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. 
 As asserções I e II são proposições falsas. 
 A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I. 
 
 
 9. Ref.: 6074929 Pontos: 1,00/ 1,00 
 
javascript:alert('C%C3%B3digo%20da%20quest%C3%A3o:%206075099.');
javascript:alert('C%C3%B3digo%20da%20quest%C3%A3o:%206074929.');
Um gene hipotético apresente a seguinte sequência de nucleotídeos: 
...CGT GCG TGT ACG GAA GCG ATG GGC ATA CTG TAA CCA ATA ATT ..... 
Uma mutação ocorreu na décima terceira base nitrogenada, da sequência apresentada, da esquerda para a direita, 
substituindo-a por uma citosina. 
Assinale a alternativa que apresenta a sequência de bases CORRETA após ocorrida a transcrição deste gene: 
 
 
...GTA CGC ACA TGC GTT CGC TAC CCT TAT GAC GGT TAT TAA ... 
 ...GCA CGC ACA UGC GUU CGC UAC CCG UAU GAC AUU GGU UAU UAA ... 
 
...GCT CGC UCU UGC CAA CGC AUC CCG AUC GAC UUA GGA AUA AUU ... 
 
...GCA CGC ACA UCC CUU CGC UAC CCG UAU GAC AUU GGU UAU UAA ... 
 
...GTA CGC ACA TGC CTT CGC TAC CCT TAT GAC GGT TAT TAA ... 
 
 
 10. Ref.: 6075100 Pontos: 1,00 / 1,00 
 
(adaptado de CESPE -2013-Química) O excesso de peso e uma alimentação rica em gordura podem causar alterações 
genéticas, segundo um estudo que analisou o genoma de 703 pessoas obesas, magras e com excesso de peso. Nesse 
estudo, os pesquisadores mostraram que o gene LY86, possível contribuidor da obesidade, sofreu uma metilação sobre 
vários substratos. Os resultados revelam uma mudança química no genoma, como se o organismo se adaptasse ao "novo" 
ambiente. Considerando as informações apresentadas, é correto afirmar que a alteração sofrida pelo gene LY86 está 
relacionada. 
 
 À taxa de transcrição gênica. 
 
Ao número de cópias de DN. 
 
À replicação. 
 
À sequência de bases nitrogenadas. 
 
Ao aumento do splicing. 
 
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