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Iniciativa 
 
 
Abertura do I Ciclo de Capacitação em Bioinformátic a – UNESP Araraquara 
 
 
 
Palestra aberta aos interessados (Docentes, Pós-graduandos e Graduandos) Sem inscrição ou reserva 
 
Integração de dados visando a extração de conhecime nto biológico: 
Por quê capacitar-se em Bioinformática? 
 
Dia 25/07/2018 17:30 – 18:30H 
Anfiteatro 1 - Faculdade de Odontologia de Araraquara-UNESP 
 
26 e 27/07/2018 - Pré-curso de Nivelamento em Biologia Molecular (1 crédito regular) 
Profa. Dra. Raquel M. Scarel-Caminaga (Disciplina condensada: manhã e tarde) 
 
Disciplina de Pós-Graduação (Odontologia) (3 crédit os regulares) 
Princípios de Bioinformática voltados à integração de dados ômicos 
De 30/07/2018 a 04/08/2018 (Aulas Teórico-Práticas, Disciplina condensada) 
Coordenador(es): Dr. Jeronimo Conceição Ruiz (IRR), Dra. Daniela M. Resende (IRR) 
 
26 e 27/07 e 07 e 08/08/2018: Possibilidade de Agendamento de Reuniões com o Dr. 
Jeronimo para estabelecimento de potenciais parceri as 
(mediante contato por email com a Dra Raquel M.Scarel-Caminaga – raquel@foar.unesp.br) 
 
Disciplina de Pós-Graduação (Odontologia) (2 crédit os regulares) 
Princípios de Revisão Sistemática e Metanálise apli cadas à Saúde 
De 07 a 11/08/2018 (Aulas Teórico-Práticas, Disciplina condensada, manhã e tarde) 
Coordenador(es): Prof. Dr. Rafael Nepomuceno e Profa. Dra. Raquel M. Scarel-Caminaga 
 
Maiores informações: http://www.foar.unesp.br/ 
Website do curso Bioinformática: http://bioinfounesp.minas.fiocruz.br 
 
Dr. Jeronimo Conceição Ruiz 
Pesquisador titular da Fundação Oswaldo Cruz 
(Instituto René Rachou -IRR) em Belo Horizonte - MG. 
 
Bolsista de Produtividade CNPq Nível 2 
 
Interesses em Pesquisa/ Expertise 
Experiência na área de Bioinformática (Biologia de 
Sistemas, Bioinformática Integrativa, Bioinformática 
Translacional, Imunoinformática e Redes de Interação). 
 
 
 
 
 
Maiores Informações 
 
Outras informações Biográficas Dr. Jeronimo C. Ruiz 
• Graduação em Química pela Universidade Federal de São Carlos (1995) 
• Doutorado em Bioquímica pela Universidade de São Paulo (2001) com ênfase em Bioinformática. 
• Pós-Doutoramento realizado no The Wellcome Trust Sanger Institute (PSSU) na Inglaterra na montagem e 
anotação do genoma de Leishmania braziliensis. 
• Em 2015-2016 realizou estágio sabático na Harvard T.H. Chan School of Public Health na área de integração de 
dados genômicos. 
 
 
Algumas Publicações Dr. Jeronimo C. Ruiz 
1. LATORRE-ESTIVALIS, JOSE MANUEL ; ROBERTSON, HUGH M. ; WALDEN, KIMBERLY K. O. ; RUIZ, 
JERÔNIMO ; GONÇALVES, LEILANE OLIVEIRA ; GUARNERI, ALESSANDRA A. ; LORENZO, MARCELO 
GUSTAVO . The molecular sensory machinery of a Chagas disease vector: expression changes through imaginal 
moult and sexually dimorphic features. Scientific Reports , v. 7, p. 40049, 2017. 
Citações: 1| 1 
 
2. BRITO, RORY ; GUIMARÃES, FREDERICO ; VELLOSO, JOÃO ; CORRÊA-OLIVEIRA, RODRIGO ; Ruiz, 
Jeronimo ; REIS, ALEXANDRE ; RESENDE, DANIELA . Immunoinformatics Features Linked to Leishmania Vaccine 
Development: Data Integration of Experimental and In Silico Studies. International Journal of Molecular Sciences 
(Online) , v. 18, p. 371, 2017. 
 
3. MÁRCIA DE OLIVEIRA, LUCIANA ; NOGUEIRA DE BRITO, RAISSA ; ANDERSON SOUZA GUIMARÃES, PAUL ; 
VITOR MASTRÂNGELO AMARO DOS SANTOS, RÔMULO ; GONÇALVES DIOTAIUTI, LILÉIA ; DE CÁSSIA 
MOREIRA DE SOUZA, RITA ; CONCEIÇÃO RUIZ, JERONIMO . TriatoKey: a web and mobile tool for biodiversity 
identification of Brazilian triatomine species. Database-The Journal of Biological Databases and Curation , v. 2017, 
p. 1-6, 2017. 
 
4. GONCALVES, L. O. ; Oliveira, L. M. ; PESSOA, G. C. D. ; ROSA, A. C. ; BUSTAMANTE, M. G. ; BELISARIO, C. J. 
; RESENDE, D. M. ; DIOTAIUTI, L. ; RUIZ, J. C. . Insights from tissue-specific transcriptome sequencing analysis of 
Triatoma infestans. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ , v. 112(4), p. 1-2, 2017. 
Citações: 1| 2 
 
5. CARVALHO, GARDENIA B. F. ; Resende, Daniela M. ; SIQUEIRA, LILIANE M. V. ; LOPES, MARCELO D. ; Lopes, 
Débora O. ; COELHO, PAULO MARCOS Z. ; TEIXEIRA-CARVALHO, ANDRÉA ; Ruiz, Jeronimo C. ; FONSECA, 
CRISTINA T. . Selecting targets for the diagnosis of Schistosoma mansoni infection: An integrative approach using 
multi-omic and immunoinformatics data. PLoS One , v. 12, p. e0182299, 2017. 
 
6. LOPES, RALF ; CERDEIRA, LOUISE ; TAVARES, GRACE S. ; Ruiz, Jeronimo C. ; BLOM, JOCHEN ; HORÁCIO, 
ELVIRA C. A. ; MANTOVANI, HILÁRIO C. ; QUEIROZ, MARISA VIEIRA DE . Genome analysis reveals insights of the 
endophytic Bacillus toyonensis BAC3151 as a potentially novel agent for biocontrol of plant pathogens. WORLD 
JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY , v. 33, p. 1-15, 2017. 
 
7. DOS SANTOS, PAULA F. ; MOREIRA, DOUGLAS S. ; BABA, ELIO H. ; VOLPE, CAROLINE M.O. ; Ruiz, Jerônimo 
C. ; Romanha, Alvaro J. ; MURTA, SILVANE M.F. . Molecular characterization of lipoamide dehydrogenase gene in 
Trypanosoma cruzi populations susceptible and resistant to benznidazole. Experimental Parasitology , v. 170, p. 1-
9, 2016. 
Citações: 1| 2 
 
8. Oliveira, Luciana M. ; Resende, Daniela M. ; DORNELES, ELAINE M. S. ; HORÁCIO, ELVIRA C. A. ; ALVES, 
FERNANDA L. ; GONÇALVES, LEILANE O. ; TAVARES, GRACE S. ; STYNEN, ANA PAULA R. ; LAGE, ANDREY P. 
; Ruiz, Jeronimo C. . Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. fetus ATCC 27374. 
Genome Announcements, v. 4, p. e01344-16, 2016. 
 
9. AZEVEDO, ANALICE C. ; BENTO, CLÁUDIA B. P. ; Ruiz, Jeronimo C. ; QUEIROZ, MARISA V. ; MANTOVANI, 
HILÁRIO C. . Draft Genome Sequence of Streptococcus equinus (Streptococcus bovis) HC5, a Lantibiotic Producer 
from the Bovine Rumen. Genome Announcements, v. 3, p. e00085-15, 2015. 
 
10.SOARES, MARCO AURÉLIO ; ARAÚJO, ROBERTA AMÁLIA DE CARVALHO ; MARINI, MARJORIE MENDES ; 
OLIVEIRA, LUCIANA MÁRCIA DE ; LIMA, LEONARDO GOMES DE ; ALVES, VIVIANE DE SOUZA ; FELIPE, MARIA 
SUELI SOARES ; BRIGIDO, MARCELO MACEDO ; SOARES, CELIA MARIA DE ALMEIDA ; SILVEIRA, JOSE 
FRANCO DA ; RUIZ, JERONIMO CONCEIÇÃO ; CISALPINO, PATRÍCIA SILVA . Identification and characterization 
of expressed retrotransposons in the genome of the Paracoccidioides species complex. BMC Genomics , v. 16, p. 
376, 2015. Citações: 2| 2 
 
 
 
 
 
Agendamento de reuniões para os pesquisadores inter essados 
Mediante solicitação por e-mail à Profa. Dra Raquel M. Scarel-Caminaga (raquel@foar.unesp.br), 
os docentes interessados da FOAr/UNESP e de outras instituições poderão agendar reuniões 
individuais para contato/discussão de dados, propostas e possíveis colaborações com o Dr. 
Jeronimo. Cada horário reservado para essas entrevistas terá a duração máxima de 30 min nos 
seguintes dias: 
 
 26/07 (5a f) 27/07 (6ª f) 07/08 (3 a f) 08/08 (4a f) 
Manhã 9:00 - 12:00 9:00 - 12:00 9:00 - 12:00 9:00 - 12:00 
Tarde 15:00 – 17:00 15:00 – 17:00 15:00 – 17:00 ------- 
 
 
Disciplina de Pós-Graduação 
Princípios de Bioinformática voltados à integração de dados ômicos 
(3 créditos regulares) 
De 30/07/2018 a 04/08/2018 (Aulas Teórico-Práticas) 
Coordenador(es): Dr. Jeronimo Conceição Ruiz (IRR), Dra. Daniela M. Resende (IRR) 
e Dra. Raquel M. S. Caminaga (Unesp-Araraquara) 
 
30 vagas (prioridade 1- Pós-graduandos do Programa de Pós-Graduação em Odontologia, 2-
Docentes, 3- Pós-graduandos outros Programas de Pós-Graduação FOAr-UNESP, 4- Pós-
graduandos Programas de Pós-Graduação FCFAr e IQ-UNESP) 
 
 
PRÉ-REQUISITO(S) 
• Ter cursado o Pré-curso de Nivelamento em Biologia Molecular (1 crédito regular) 
26 e 27/07/2018 – Coordenadora:Profa. Dra. Raquel M. Scarel-Caminaga 
(Ou ter notório conhecimento na área de Biologia Molecular). 
• Noções de uso básico de computadores. 
• Necessário levar laptop próprio para utilizar nas aulas práticas. 
 
Objetivo central desta disciplina é capacitar os alunos nas diferentes análises e 
protocolos de bioinformática associados aos estudos genômicos. Conjuntos de dados 
e protocolosserão construídos especificamente para a proposta didática do curso 
integrando interesses plurais e serão utilizados de forma a induzir um caminho lógico 
de análise genômica que tem origem na obtenção de fragmentos genômicos (Sanger 
e NGS), análise de qualidade de dados, passando pelas metodologias de clusterização 
de sequências biológicas, buscas por similaridade de sequência, alinhamento global, 
predição gênica por similaridade e ab initio, e finalizando na anotação estrutural e 
funcional, que viabilizam análises genômicas comparativas e integração de dados 
ômicos. Tópicos teóricos serão sucedidos por etapas práticas que catalisam a 
construção do conhecimento em cada um dos blocos conceituais. 
CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO 
Os alunos serão avaliados em função da participação nas aulas teóricas e da resolução dos exercícios 
específicos relacionados a cada tópico teórico nas aulas práticas. 
 Visita com apoio 
 
(Processo 2018 /09629-2) 
 
 
 
CONTEÚDO PROGRAMÁTICO (informar dias e horários): 
 
Pré-curso de Nivelamento em Biologia Molecular (1 crédito) 
 
 
AULA DATA HORÁRIO SALA ASSUNTO / ATIVIDADE 
01 26/07 08:30h às 12:00h Sala 10 ● Principais avanços obtidos do Projeto Genoma 
Humano 
● Organização do Genoma Humano 
● Revisão: Ácidos Nucleicos 
● Replicação DNA 
02 26/07 14:30h às 18:00h Sala 10 ● Transcrição em RNA, Tradução RNA 
● Estrutura e Função das Proteínas ● Polimorfismos e Mutações 
03 27/07 08:30h às 12:00h Sala 10 ● Extração DNA e RNA ● PCR convencional 
● Sequenciamento Sanger e Nova Geração (Illumina) 
04 27/07 14:30h às 18:00h Sala 10 ● Expressão Genica (comparação RT-qPCR, 
microarray, NGS) 
● Proteoma (princípios e principais etapas) 
 
 
 
 Princípios de Bioinformática voltados à integração de dados ômicos (3 créditos) 
AULA DATA HORÁRIO SALA ASSUNTO / ATIVIDADE 
01 Seg 30/07 9:00h às 
18:00h 
Sala de aula com 
acesso à Internet 
● Apresentação do curso 
● Breve histórico do software livre e do GNU/Linux 
● Atividade prática: Acesso remoto a um servidor 
Linux através de um terminal, ambiente Shell, 
variáveis de ambiente e manipulação de arquivos e 
processos (documentação, comandos básicos) 
● Bancos de dados biológicos de acesso público 
● Formatos de arquivos de dados de sequências 
biológicas ● Atividade prática: voltada ao emprego e 
formatação de sequências biológicas e ao 
tratamento básico de dados de forma automatizada 
02 Ter 31/07 9:00h às 
18:00h 
Sala de aula com 
acesso à Internet 
● Tecnologias de sequenciamento de ácidos 
nucléicos (Sanger e NGS) 
● Atividade prática: análise de qualidade de dados Sanger, geração de sequências consenso e pacote 
Phred/Phrap/Consed 
● Atividade prática: análises de dados Sanger e 
NGS e análise da qualidade e pré-processamento 
de dados NGS 
03 Qua 
01/08 
9:00h às 
18:00h 
Sala de aula com 
acesso à Internet 
● Busca por similaridade de sequências 
● Atividade prática: atividade prática envolvendo 
buscas por similaridade de sequência integrando: 
bancos de dados locais, bancos de domínios 
funcionais e bancos de espectros (MS/MS) 
(Proteoma) 
04 Qui 02/08 9:00h às Sala de aula com ● Alinhamento múltiplo (local e global), matrizes de 
 
 
 
 
AULA 
04 
Qui 02/08 9:00h às 
18:00h 
Sala de aula com 
acesso à Internet 
● Alinhamento múltiplo (local e global), matrizes de 
alinhamento 
● Atividade prática: análise de dados de Exoma e 
RNA-Seq; algoritmos, estratégias e desenho 
experimental; anotação estrutural e funcional de 
sequências biológicas 
AULA 
05 
Sex 03/08 9:00h às 
18:00h 
Sala de aula com 
acesso à Internet 
● Conceitos de integração de dados 
● Redes biológicas 
● Atividade prática: integração de dados utilizando 
bancos de dados públicos; redes de interação e 
construção de planilhas hiperligadas utilizando 
dados de diferentes origens 
AULA 
06 
Sab 04/08 9:00h às 
12:30h 
Sala de aula com 
acesso à Internet 
● Fechamento do curso 
● Avaliação diagnóstica por parte dos alunos 
 05/08 DOMINGO 
 DATA HORÁRIO Local ASSUNTO / ATIVIDADE 
 06/08 8:00 – 12:00h 
15:00 – 18:00h 
A definir Reuniões Agendadas com o grupo de pesquisa da Profa. Dra. Raquel M. Scarel Caminaga 
 07/08 9:00 – 12:00h 
15:00 – 17:00h 
A definir Reuniões Agendadas com Professores e Pesquisadores da FOAr sobre Possíveis Parcerias Reuniões Agendadas com Professores e Pesquisadores da Faculdade de Ciências Farmacêuticas sobre Possíveis Parcerias 
 08/08 9:00 – 11:00h A definir Reuniões Agendadas com Professores e Pesquisadores do Instituto de Química - UNESP sobre Possíveis Parcerias 
 
 
 
 
Disciplina de Pós-Graduação (Odontologia) (2 crédit os regulares) 
Princípios de Revisão Sistemática e Metanálise apli cadas à Saúde 
De 07 a 11/08/2018 (Aulas Teórico-Práticas, Disciplina condensada, manhã e tarde) 
Coordenador(es): Prof. Dr. Rafael Nepomuceno e Profa. Dra. Raquel M. Scarel-Caminaga 
 
30 vagas (prioridade 1- Pós-graduandos do Programa de Pós-Graduação em Odontologia, 2-
Docentes, 3- Pós-graduandos outros Programas de Pós-Graduação FOAr-UNESP, 4- Pós-
graduandos Programas de Pós-Graduação FCFAr e IQ-UNESP) 
 
Curso condensado Teórico-Prático, contará 2 créditos regulares aos alunos do Programa de Pós-
Graduação em Odontologia que frequentarem as atividades e obtiverem aprovação ao seu final. 
 
PRÉ-REQUISITO(S) 
• Necessário levar laptop próprio para utilizar nas aulas práticas. 
 
Objetivo Específico 
Capacitar os alunos nas diferentes análises e protocolos que envolvem a revisão sistemática com 
metanálise associadas à saúde. O conjunto de dados e protocolos serão construídos de forma 
personalizada especificamente para cada objetivo de revisão sistemática com ou sem metanálise 
 
 
 
apresentados pelos alunos previamente no pedido de matrícula. A proposta didática do curso 
integrando conhecimentos teóricos e aplicações práticas especificas para cada aluno serão 
utilizados de forma a induzir um caminho lógico e crítico da definição de uma pergunta clara para 
desenvolvimento de uma revisão sistemática, da seleção e análise da literatura existente, da 
extração de informações e dados numéricos dos estudos e das diversas análises estatísticas que 
envolvem a metanálise, incluindo análises de viés e meta-regressão. 
 
Sistema de avaliação 
Os alunos serão avaliados em função da participação nas aulas teóricas e do desenvolvimento da 
revisão sistemática e metanálise relacionados a cada tópico teórico nas aulas práticas. Aprovação 
por conceito mínimo “C”. Presença mínima em 75% das aulas. 
 
 
AULA DATA HORÁRIO ASSUNTO / ATIVIDADE 
01 Terça 
 
07/08 
8h30 às 12h - Apresentação do curso 
- Apresentação das diretrizes PRISMA e MOOSE 
- Atividade prática: Análise do checklist PRISMA e definição da 
pergunta principal seguindo os princípios “PICO” ou “PECO” 
02 Terça 
 
07/08 
14h30 às 
18h 
- Apresentação das estratégias de pesquisa em revisão sistemática 
- Apresentação dos softwares EndNote a Mendeley 
- Atividade prática: Pesquisas eletrônicas nos diversos bancos de 
dados utilizando os softwares EndNote / Mendeley 
03 Quarta 
08/08 
8h30 às 12h - Apresentação das estratégias de seleção dos estudos e avaliação 
da qualidade dos estudos 
- Atividade prática: Avaliação da qualidade dos estudos 
- Quarta 
08/08 
14h30 às 
18h 
PLANTÃO TIRA DUVIDAS individualizado para cada dupla/trio, 
sanando as duvidas referentes às aulas 1-3 
04 Quinta 
09/08 
8h30 às 12h - Metanálise: Forest plots 
- Apresentação do software RevMan 
- Atividade prática: Construção do Forest Plot utilizando o software 
RevMan 
- Quinta 
09/08 
14h30 às 
18h 
PLANTÃO TIRA DUVIDAS individualizado para cada dupla/trio, 
sanando as duvidas referentes à aula 4 
05 Sexta 
10/08 
8h00 às 12h - Meta-regressão 
- Apresentação do software OpenMetaAnalyst 
- Atividade prática: Meta-regressão utilizando o software 
OpenMetaAnalyst 
06 Sexta 
10/08 
14h30 às 
18h 
- Análise de sensibilidadee viés de publicação 
- Atividade prática: Análise de sensibilidade utilizando o software 
OpenMetaAnalyst 
- Sábado 
11/08 
8h às 12h PLANTÃO TIRA DUVIDAS individualizado para cada dupla/trio, 
sanando as duvidas referentes às aulas 5 e 6