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Silvia R.T. Prado 0 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA CARTA DO EDITOR Entender os conceitos sobre a estrutura, função e regulação das enzimas é fundamental para compreender o metabolismo celular para depois transportar esse conhecimento para o entendimento do organismo vivo como um todo. Desta forma, o objetivo em propor essa atividade aos estudantes de graduação foi de que colocá-los em contato com os dados disponíveis sobre as enzimas em banco de dados de proteínas possibilitando visão real dos dados que eles encontram nos livros didáticos e, assim, associar com o que é discutido em sala de aula. Este material foi criado a partir dos trabalhos individuais produzidos pelos estudantes do segundo período do curso de Fisioterapia da UFPR que cursaram a disciplina regular de Bioquímica durante o segundo semestre de 2019 e sua elaboração teve o objetivo de incentivá-los a produzir um material como trabalho da disciplina que seria disponibilizado por meio desta publicação, experimentando o sentimento de ver sua produção publicada. Os trabalhos apresentados nesta publicação foram minimamente editados e, portanto, podem conter alguns conceitos e formatação na forma da apresentação das referências bibliográficas incorretos. Profa. Silvia R.T. Prado doutora em Bioquímica (UFPR) Elaboração: Profa Dra Silvia R.T. Prado Alunos do curso de Fisioterapia – disciplina de Bioquímica 2º semestre/2019 Departamento Técnico e Criativo: Produção: profa Dra Silvia R.T. Prado Design e formatação: profa. Silvia R.T. Prado Apoio: Setor de Ciências Biológicas - UFPR Diretor: Prof. Dr. Edvaldo da Silva Trindade Vice-diretor: Prof. Dr. Emanuel Maltempi Depto. de Bioquímica e Biologia Molecular Chefia: Profa. Dra.Sheila Winnischofer Vice-chefia: Prof. Dr. Diogo R. B. Ducatti 1 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA INTRODUÇÃO Silvia R.T. Prado AS ENZIMAS As enzimas são biomoléculas que atuam como catalizadoras das reações bioquímicas que ocorrem em todas as células e correspondem ao principal ponto de regulação de todo o metabolismo. Todas as enzimas, com raras exceções, são proteínas e, portanto formadas por aminoácidos, cuja composição vai definir a estrutura tridimensional dessas biomoléculas e esta estrutura tridimensional adquirida pela enzima depende das interações intramoleculares que ocorre entre os grupos R dos aminoácidos que as compõem e está diretamente relacionada com sua função na célula. Essas enzimas apresentam níveis estruturais terciário ou quartenário e necessitam de cofatores para que possa exercer sua função. Esses cofatores podem ser íons ou moléculas mais complexas, neste caso chamadas de coenzimas, de modo que a molécula da enzima funcional corresponde à enzima propriamente dita (parte protéica) associada ao cofator. As enzimas são classificadas em 6 grupos principais, de acordo com o tipo de reação que catalisam (tabela 1) e internacionalmente por um código que corresponde ao grupo, classe, ... de acordo com a Comissão de Enzimas (EC) da União Internacional de Bioquímica (IUB), de acordo com um critério numérico, a exemplo da ATP-creatina fosfotransferase, cujo número de classificação é EC 2.7.3.2, onde: - o primeiro dígito, 2 : a Classe (transferase); - o segundo dígito, 7, a Subclasse (fosfotransferase); - o terceiro dígito, 3, a Sub-subclasse em que a fosfotransferase apresenta um grupo nitrogenado como aceptor; - o quarto dígito, 2, designa uma creatina quinase. Tabela 1 As enzimas possuem especificidade sobre as moléculas sobre as quais atuam, o substrato, de modo que os organismos vivos possuem vasto número de enzimas diferentes. Esta especificidade pode ser relativa, uma vez que muitas enzimas podem atuar sobre mais de um substrato, porém com diferente afinidade para cada um, ou seja, ela terá maior afinidade por um dos substratos que corresponderá ao substrato preferencial desta enzima. A enzima tem um local (sítio) específico para a ligação do substrato, chamado de sítio catalítico ou sítio ativo. 2 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA Mas... qual a importância do fato das enzimas acelerarem a velocidade das reações? E, como elas fazem isso? As enzimas aumentam a velocidade da reação reduzindo a energia de ativação necessária para que uma reação ocorra. Explicando... toda reação para ocorrer, tem um período entre o início e o final no qual há formação de compostos intermediários reativos que permitem a transformação química. Esse período intermediário é que define a velocidade da reação e corresponde ao período de energia de ativação o qual depende da capacidade das moléculas em solução se “encontrarem” e interagirem possibilitando o seguimento da reação. Então, o que a enzima faz é reduzir o tempo e a energia necessária para que isso ocorra, facilitando o processo de interação entre os reagentes (que são os substratos da enzima) e, consequentemente permite que a reação ocorra muito mais rapidamente. A ligação do substrato no seu sítio ativo requer grupos químicos que permitam a interação entre o substrato e o sítio ativo da enzima. Esses grupos que interagem com o substrato correspondem a átomos presentes nos radicais dos aminoácidos e, muitas vezes do cofator presentes na enzima. O mecanismo de ligação entre o substrato e enzima é conhecido como mecanismo de ajuste induzido, o qual significa que inicialmente, a forma e tamanho do sítio ativo da enzima não é exatamente correspondente ao substrato, porém, a partir do momento que algum ponto da molécula do substrato interage com um local específico do sítio catalítico, há uma mudança conformacional (ajuste) do sítio ativo para que o substrato possa “encaixar” perfeitamente neste local da enzima e, desta forma, possibilitar a catálise. As reações catalisadas pelas enzimas ocorreriam sem as enzimas, uma vez que são termodinamicamente viáveis. Contudo, a velocidade com que elas ocorrem é incompatível com o metabolismo de um ser vivo. Ou seja, só existe vida, porque as enzimas conseguem fazer com que as reações necessárias para sua manutenção ocorram em maior velocidade e esse aumento está na ordem de 106 – 1012 vezes. Desta forma, conhecer o funcionamento das enzimas nos permite compreender como o metabolismo bioquímico ocorre e é regulado. Tendo o objetivo de proporcionar aos estudantes uma diferente maneira de estudar este assunto, foi proposto que cada estudante escolhesse uma enzima e deveriam elaborar um material contendo os tópicos de estudo do tema para a enzima escolhida. Assim, cada aluno deveria incluir no material elaborado os itens abaixo como conteúdo mínimo a ser abordado: 1. Nome e classificação da enzima (incluindo o número referente à classificação internacional) 2. A reação catalisada pela enzima e sua função no organismo. 3. Importância da enzima. 4. Dados cinéticos da enzima e cofatores. 5. Estrutura primária e tridimensional. 6. Regulação da enzima. 7. Bibliografia. Os trabalhos produzidos pelos estudantes estão reunidos nesse material, cuja finalidade é tornar acessível a todos e que possa servir de consulta e modelo de trabalho, especialmente na área acadêmica. Além disso, com a publicação de seus trabalhos, incentivar os estudantes de primeiro período a elaborarem bons trabalhos, uma vez que estarão disponíveis para que todos tenham acesso a sua primeira publicação acadêmica. 3 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ACETIL-COA CARBOXILASE (ACC) André Bonfim Ferreira 1. NOME: acetyl-CoA carboxylase; HFA1 (nome do gene); ACC1 (nome do gene); acetyl coenzyme A carboxylase; acetyl-CoA:carbon-dioxide ligase (ADP-forming) 1.1. CLASSIFICAÇÃO : 6. - Ligases 6.4 - Formada por ligações de carbono - Carbono; 6.4.1 - Ligases que formam ligações carbono-carbono (apenas sub-subclasse identificada até o momento) 6.4.1.2 - acetyl-CoA carboxylase 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA : EC 6.4.1.2 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA Ala - Arg - Asn - Asp - Cys - Gln - Glu - Gly - His - Ile - Leu - Lys - Met - Phe - Pro- Ser - Thr - Trp - Tyr - Val 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL Estrutura da apo-biotina carboxílica carregadora de proteína (apo- bccp87) de Escherichia coli, acetil-CoA carboxilase, NMR. 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA A acetil-coa Carboxilase (ACC) é um polipeptídio de múltiplos domínios que catalisa três atividades diferentes: 4 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 1) Proteína transportadora de biotina carboxila (BCCP). (IntEnz, 2019) 2) Uma biotina carboxilase que catalisa a transferência de um grupo carboxila do bicarbonato para a molécula de biotina transportada pela proteína transportadora e a transferência do grupo carboxila da biotina à acetil-CoA. (IntEnz, 2019) 3) Catalisa a primeira e irreversível etapa da síntese de ácidos graxos, realizando a formação do Malonil-CoA a partir de acetil-coa. (Meades et al., 2010) A ACC é uma enzima pertencente da família das carboxilases dependentes de biotina, as proteínas desta falia são amplamente distribuídas na natureza e estão presentes em bactéria, archaeas, algas, fungos, plantas e animais realizando importantes papeis na síntese de lipídeos, aminoácidos e carboidratos (Tong, 2013) 4.1. COFATORES Seu cofator é a Biotina: A biotina é uma vitamina do complexo B que se apresenta como cristais esbranquiçados, solúveis em água e em álcool, mas insolúveis em solventes orgânicos. É um ácido mono-carboxilico cuja fórmula estrutural é apresentada ao lado. É considerado um aminoácido não essencial pois é obtida através da alimentação e produzida pelo ficado. Formula: C10H16N2O3S 4.2. SUBSTRATOS e CONSTANTE DE MICHAELIS (Km) Seus substratos são: Acetil Coa Adenosina Trifosfato (ATP) Formula: C23H38N7O17P3S Formula: C10H16N5O13P3 Bicarbonato Formula: HCO3- 4.3. CINÉTICA ENZIMÁTICA 5 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ATP + acetyl-CoA + hydrogencarbonate = ADP + phosphate + malonyl-CoA Grafico duplo recíproco de velocidade de Enzima Acetil-CoA ativada por por CoA. Enzima parcialmente purificada na ausência de citrato foi pré incubada na presença ou ausência de 0,12mM de CoA. Num meio contendo Tris-HCL 50mM (pH 7,5) Ditiotreitol 1 mM, fluoreto de fenilmetilsulfonil 0,2 mM, teofilina 1 mM a 371C durante 30 min. O efeito de diferentes concentrações de determinado acetil-CoA na velocidade de acetil-coa carboxilase; Enzima Controle CoA enzima ativada Constante de Michaelis (Km): 0,4 m.M (Yeh & Kim., 1980) 5. REGULAÇÃO Insulina estimula a atividade de citrato liasse (transporte de acetil para citosol) também estimula uma proteína fosfatase que ativa a acetil-CoA Carboxilase por desfosforilação. Glucagon e epinefrina inibem a acetil-CoA carboxilase (formação de malonil) por ativarem PKA que fosforila está enzima. Citrato ativa a acetil-CoA carboxilase (formação de malonil). Palmitato e malonil-CoA bloqueiam a acetil-CoA carboxilase(formação de malonil). (Lehninger, 2014) 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS Brenda The Comprehesive Enzyme information System. Information on EC 6.4.1.2 - acetyl-CoA carboxylase. Disponível em:https://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=6.4.1.2 Acesso em: 11 de setembro de 2019 EC-PDB. EC 6.4.1.2 Acetyl-CoA carboxylase. Disponível em: https://www.ebi.ac.uk/thornton- srv/databases/cgi-bin/enzymes/GetPage.pl?ec_number=6.4.1.2 Acesso em: 11 de setembro de 2019 6 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ExPASy Bioinformatics Resource Portal. ENZYME entry: EC 6.4.1.2. Disponível em: https://enzyme.expasy.org/EC/6.4.1.2 Acesso em: 11 de setembro de 2019 EC 6.4.1.2 Acetyl-CoA carboxylase. (s.d.). Fonte: EC-PDB: https://www.ebi.ac.uk/thornton- srv/databases/cgi-bin/enzymes/GetPage.pl?ec_number=6.4.1.2 Nelson, David L.; COX, Michael M. Princípios de bioquímica de Lehninger. Porto Alegre: Artmed, 2011. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2014. Meades, G., Jr, Benson, B.K., Grove, A., and Waldrop, G.L. (2010) A tale of two functions: enzymatic activity and translational repression by carboxyltransferase. Nucleic Acids Res 38: 1217–1227. Tong, L. (2013) Structure and function of biotin-dependent carboxylases. Cell Mol Life Sci 70: 863– 891. Yeh LA, Kim KH. Regulation of acetyl-coA carboxylase: properties of coA activation of acetyl-coA carboxylase. Proc Natl Acad Sci U S A. 1980;77(6):3351–3355. doi:10.1073/pnas.77.6.3351 7 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ACIL CoA DESIDROGENASE Kethelyn Domingues Terra 1. NOME Acil-CoA Desidrogenase de cadeia curta 1.1. CLASSIFICAÇÃO Oxidorredutases. 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA EC 1.3.8.1 EC 1 Oxidorredutases. EC 1.3 Atuação no grupo de doadores CH-CH EC 1.3.8 Com um flavino como aceitador. EC 1.3.8.1 Acil-CoA desidrogenase de cadeia curta. 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA Um Acil-CoA de cadeia curta + Flavoproteína de transferência eletrônica = Um trans-2,3-desidroacil-CoA de cadeia curta + Flavoproteína de transferência eletrônica reduzida. 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL 8 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA A acil-CoA desidrogenase (ACDH) dos mamíferos são enzimas contendo flavina adenina dinucleotídeo (FAD) que participam ativamente na primeira etapa da oxidação beta dos ácidos graxos. (S et al., 1995) Nessa reação ela irá catalisar a oxidação de tioésteres de acil-CoA de cadeia curta saturados, o produto gerado dessa catálise será trans 2,3-insaturado, onde ocorre a eliminação de dois átomos de pró-R- hidrogênio. Além disso, a acil-CoA-desidrogenase irá regular a desaturase lipídica FAT-7, participando da adaptação do calor para a reação. A ACDH sequestra ácidos graxos e isso impede que os mesmos possam ativar possíveis receptores de hormônios nucleares e direcionam a expressão da gordura-7. Logo esse mecanismo regula o calor, respondendo nos níveis de desaturase lipídica e na fluidez da membrana por envolver a sinalização de ácidos graxos. (DK et al., 2015) A oxidação de ácidos graxos desempenha um papel importante no metabolismo energético. Os desvios metabólicos nessa via podem causar reações de acúmulo de substratos específicos. Pode ser notada a importância dessa enzima quando é observado enzimopatias e suas consequências no organismo. (OSPRIAN et al., 2009) No caso da deficiência de ACDH humano, pode causar síndromes relacionadas com a hipertermia; hipoglicemia hipocetótica episódica provocada por estresse catabólico; falência de múltiplos órgãos; fraqueza muscular ou cardiomiopatia hipertrófica. (Z; RKJ; N, 2017) 5. COFATORES Flavina adenina dinucleotídeo (FAD) A flavoproteína de transferência de elétrons humana heterodimérica, tem a função de transferir elétrons aos 13 diferentes desidrogenases de flavina (entre eles a acil CoA desidrogenase de cadeia curta), para a cadeia mitocondrial através do cofator FAD, que fica não covalentemente ligado à enzima. (AUGUSTIN et al., 2018) 6. REGULAÇÃO A atividade da acil-CoA desidrogenase de cadeia curta mais alta foi observada em butanoil-CoA ou pentanoil-CoA. A temperatura ótima para o funcionamento da enzima no ser humano é de 37° e o Ph ótimo é 7. Existe alguns inibidores para a ação da ACDH que causam consequências sérias na atividade metabólica dos homo sapiens. Um exemplo é a inibição do 1-azepam-1-il-2-fenil-2- (4-dioxo-1,4-di-hidro- pirazolo [3,4-d] pyrimidin-5-il)-etanona, que é um inibidor específico de SCHAD, que forma um aducto covalente com NAD+ por um mecanismo catalítico de suicídio. Outro inibidor, o isovaleril-CoA desidrogenase E254G, inibe SCAD de tipo selvagem foi encontrado na literatura. 9 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA Segue lista de revisão bibliográfica sobre todas as relações de substratos e produtos em seres humanos que a enzima acil CoA desidrogenase participa: 1. 2-metilbutanoil-CoA + aceitador 2-metil-2-butenoil-CoA + aceitador reduzido 2. Aceitador reduzido de butanoil-CoA + aceitador reduzido de 2-butenoil-CoA + 3. Aceitador de butanoil-CoA + aceitador de but-2-enoil-CoA + 4. Butanoil-CoA + FAD but-2-enoil-CoA + FADH2 5. Butanoil-CoA + FAD trans-2,3-desidrobutanoil-CoA+ FADH2 6. Aceitador de elétrons butiril-CoA + aceitador reduzido de 2-butenoil-CoA + 7. Flavoproteína de transferência eletrônica de butiril-CoA + 2-butenoil-CoA + flavoproteína de transferência eletrônica reduzida 8. Butiril-CoA + transferência de elétrons flavoproteína crotonil-CoA + aceitador reduzido 9. Aceitador oxidado de butiril-CoA + aceitador reduzido de crotonil-CoA + 6.1 ATIVIDADE ENZIMÁTICA DA ACIL-COA DESIDROGENASE COM E SEM DEFICIÊNCIA. (A) Distribuição da atividade de quatro acil-CoA desidrogenases distintas em relação ao comprimento da cadeia de carbono de ácidos graxos. Acil-CoA desidrogenase de cadeia curta (SCAD), de cadeia média (MCAD), de cadeia longa (LCAD) e de cadeia muito longa (VLCAD) é definida de acordo com a atividade específica do complexo enzimático que catalisa a desidratação de curto, médio, ácidos graxos de cadeia longa e muito longa. A atividade total de todas as quatro acil-CoA desidrogenases é mostrada em vermelho (Total). (OSPRIAN et al., 2009) (B) Atividade total de acil-CoA desidrogenase em função do comprimento da cadeia de carbono sem deficiências na atividade enzimática (Controle). A atividade reduzida de acil-CoA desidrogenases produz diferentes atividades totais, refletindo deficiências de acil-CoA desidrogenase de cadeia curta (SCADD), de cadeia média (MCADD), de cadeia longa (LCADD) e de cadeia muito longa (VLCADD) e de cadeia muito longa (VLCADD), respectivamente. (OSPRIAN et al., 2009) 7. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS DK, Ma et al. Acyl-CoA Dehydrogenase Drives Heat Adaptation by Sequestering Fatty Acids. Cell. United States, maio 2015. Disponível em: <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25981666>. Acesso em: 12 set. 2019. 10 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA S, Djordjevic et al. Three-dimensional structure of butyryl-CoA dehydrogenase from Megasphaera elsdenii. Biochemistry. United States, fev. 1995. Disponível em: <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7857927?dopt=Abstract>. Acesso em: 12 set. 2019. OSPRIAN, Robert Modre et al. Dynamic simulations on the mitochondrial fatty acid Beta-oxidation network. Bmc Syst Biol. England, jan, 2009. Disponível em: <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2633313/>. Acesso em: 12 set. 2019. Z, Nochi; RKJ, Olsen; N, Gregersen. Short-chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency: from gene to cell pathology and possible disease mechanisms. J Inherit Metab Dis. United States, maio 2017. Disponível em: <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28516284>. Acesso em: 12 set. 2019. AUGUSTIN, Peter et al. Oxidation of the FAD cofactor to the 8-formyl-derivative in human electron- transferring flavoprotein. The Journal Of Biological Chemistry. jan. 2018. Disponível em: <http://www.jbc.org/content/293/8/2829>. Acesso em: 12 set. 2019. SIB SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS. ENZYME. Disponível em: <https://enzyme.expasy.org/EC/1.3.8.1>. Acesso em: 12 set. 2019. EMBL-EBI. Enzyme Structures Database. Disponível em: <https://www.ebi.ac.uk/thornton- srv/databases/enzymes/>. Acesso em: 12 set. 2019. 11 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ALANINA AMINOTRANSFERASE Ana Luiza dos Santos Fiebrantz 1. NOME Alanina Aminotransferase; Alanina Transaminase; Glutâmico – alanina transaminase; Transaminase glutâmico-pirúvica 1.1. CLASSIFICAÇÃO Transferases; Transferência de grupos nitrogenados; Transaminases 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA ALT EC 2.6.1.2 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA P24298|alanine transaminase|EC 2.6.1.2|Homo sapiens|Swiss-Prot MASSTGDRSQAVRHGLRAKVLTLDGMNPRVRRVEYAVRGPIVQRALELEQELRQGVKKF TEVIRANIGDAQAMGQRPITFLRQVLALCVNPDLLSSPNFPDDAKKRAERILQACGGHSL GAYSVSSGIQLIREDVARYIERRDGGIPADPNNVFLSTGASDAIVTVLKLLVAGEGHTRT GVLIPIPQYPLYSATLAELGAVQVDYYLDEERAWALDVAELHRALGQARDHCRPRALCVI NPGNPTGQVQTRECIEAVIRFAFEERLFLLADEVYQDNVYAAGSQFHSFKKVLMEMGPPY AGQQELASFHSTSKGYMGECGFRGGYVEVVNMDAAVQQQMLKLMSVRLCPPVPGQAD VVSPPAPTDPSFAQFQAEKQAVLAELAAKAKLTEQVFNEAPGISCNPVQGAMYSFPRVQL PPRAVERAQELGLAPDMFFCLRLLEETGICVVPGSGFGQREGTYHFRMTILPPLEKLRLL LEKLSRFHAKFTLEYS 50-alanina +2-oxoglutarato=piruvato+50-TPP https://www.brenda-enzymes.org/ligand.php?brenda_ligand_id=103 https://www.brenda-enzymes.org/ligand.php?brenda_ligand_id=34 https://www.brenda-enzymes.org/ligand.php?brenda_ligand_id=31 https://www.brenda-enzymes.org/ligand.php?brenda_ligand_id=41 12 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA As enzimas transferases geralmente transferem o grupo amino de vários aminoácidos para o α- cetoglutarato, para a conversão em NH4 +, sendo assim, a Alanina Aminotransferase catalisa a conversão dos aminoácidos alanina em piruvato. A importância biológica se relaciona com o fato da alanina aminotransferase converter alanina em ácido pirúvico para então a alanina entra no ciclo TCA. A glicose sintetizada a partir do ácido pirúvico no fígado é convertida em alanina pelo ácido pirúvico no músculo. A alanina é transportada para o fígado e novamente convertida em glicose. Por esta via, que é chamada de ciclo glicosealanina, o nitrogênio do músculo é transportado para o fígado. A alanina também é conhecida como um importante aminoácido glicogênico. A taxa de síntese de glicose a partir da alanina no fígado é maior do que aquela a partir de qualquer outro aminoácido. Além da transaminação a alanina aminotransferase também faz interconversões entre os aminoácidos, possibilitando que o balanço da quantidade intracelular de aminoácidos seja mantido. Por participar dessas reações importantes para o organismo, essa enzima tem uma grande importância em diagnósticos clínicos, encontrada principalmente no fígado e em músculo, quando apresenta mudanças em sua concentração no plasma sanguíneo do indivíduo, pode sinalizar diversos prognósticos, como lesão hepática (hepatite infeccioso e tóxica, trauma, neoplasia primária, amiloidose, esteatose), indução por drogas (anticonvulsivos, glicocorticoides, mebendazol, paracetamol), miocardite, regeneração hepatocelular. Além de que alterações no ciclo da alanina que levam ao aumento dos níveis de alanina aminotransferase estão associadas ao desenvolvimento de diabetes tipo II. 5. REGULAÇÃO A atividade da enzima pode ser regulada, isto é, as enzimas podem ser ativadas ou inibidas de modo que a velocidade de formação do produto responda as necessidades da célula. O Piridoxal-5’- fosfato, derivado da vitamina B6, representa um cofator biológico para alanina aminotransferase, logo a adição do mesmo sob condições que favoreçam sua recombinação com a enzima, 13 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA habitualmente produz um aumento na atividade da mesma. Essa suplementação das reações de transaminação com piridoxal fosfato garante a total utilização da enzima durante seu doseamento. 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS DALPAI, D., & Barschak, A. G. (2018). Bioquimica Médica para iniciantes. Porto Alegre: Editora da UFCSPA FILIPPIN, F.B., Reis, K., Cemin, L., Duzzioni, M., Hermes, E.M., Souza, L. C., 2004. Novo intervalo de referência para alanina aminotransferase usando o sistema automatizado de bioquímica Dade Behring Ar Dimension. NewsLab 65, 148-160 GONZALEZ, F.H.D. & Scherer, J.F.S.2001. Perfil sanguíneo: ferramenta de análise clínica, metabólica e nutricional. In: Gonzalez F.H.D.(Ed). Avaliação metabólica-nutricional de vacas leiteiras por meio de fluidos corporais. Porto Alegre: UFRGS, pp. 5-15. LTDA, A. D. (s.d.). Alanina. aminoscience. NELSON, D., & Cox, M. (2018). Princípios da Bioquímica de Lehninger. Artmed. OLIVEIRA, T. T. de; NAGEM, T. J.; RIBEIRO, J. N. Análise sérica das enzimas aspartato aminotransferase, alanina aminotransferase e gama glutamiltranspeptidase de coelhos adultos tratados com extrato bruto de própolis. Revista de Ciências Farmacêuticas Básica e Aplicada, São Paulo, v. 26, n.1, p. 25-28, 2005. Disponível em: <http://serv- bib.fcfar.unesp.br/seer/index.php/Cien_Farm/article/view/395>. Acesso em: 10 de setembro de 2019. PINTO, Samanta B., Comparação entre as dosagens de AST (AspartatoAminotransferase) e ALT (Alanina Aminotransferase) em presença e na ausência de piridoxal fosfato.2010. 34f. Trabalho de Conclusão de Curso. Universidade do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, 2010. RODRIGUES, J. (22 de agosto de 2013). disponível em Site da fciencias < https://www.fciencias.com/2013/08/22/alanina-molecula-semana/> Acesso em 11 de setembro de 2019 the comprehensive enzyme information system . (s.d.). Acesso em 13 de setembro de 2019, disponível em BRENDA < https://www.brenda-enzymes.org/sequences.php?ID=71306> VOET , D., & Voet, J. (2013). Bioquímica. Artmed. 14 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA AMILASE Ayla Colmenarez 1. NOME: Nome comum: alfa-amilase ou α-amilase. Nome sistemático de acordo com a União Internacional de Bioquímica Molecular (IUMBM): 4-α-D- glucan glucanohydrolase. 1.1. CLASSIFICAÇÃO: É uma enzima da classe das hidrolases 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA: EC 3.2.1.1 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA: 1 mkfflllfti gfcwaqyspn tqqgrtsivh lfewrwvdia lecerylapk gfggvqvspp 61 nenvaihnpf rpwweryqpv syklctrsgn edefrnmvtr cnnvgvriyv davinhmsgn 121 avsagtsstc gsyfnpgsrd fpavpysgwd fndgkcktgs gdienyndat qvrdcrlvg 181 ldlalekdyv rskiaeymnh lidigvagfr ldaskhmwpg dikaildklh nlnsnwfpag 241 skpfiyqevi dlggepikss dyfgngrvte fkygaklgtv irkwngekms ylknwgegwg 301 fmpsdralvf vdnhdnqrgh gaggasiltf wdarlykmav gfmlahpygf trvmssyrwp 361 rqfqngndvn dwvgppnnng vikevtinpd ttcgndwvce hrwrqirnmv nfrnvvdgqp 421 ftnwydngsn qvafgrgnrg fivfnnddwt fsltlqtglp agtycdvisg dkingnctgi 481 kiyvsddgka hfsisnsaed pfiaihaeskl 1.1. REAÇÃO: (alpha-D-glucopyranosyl-(1-4))n-alpha-D-glucopyranose+H2O= (alpha-D-glucopyranosyl-(1-4))n-m-alpha-D- glucopyranose+ (alpha-D-glucopyranosyl-(1-4))m-alpha-D-glucopyranose 15 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL: 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA: As α-amilases são enzimas que catalisam a hidrólise das ligações O-glicosídicas do amido, do glicogênio e outros oligossacarídeos ingeridos na dieta. Nesse sentido, possui um papel muito importante no processo de digestão, devido que a função desta enzima consiste na quebra de açúcares. A ingestão de carboidratos ativa o funcionamento da amilase, já que ele começa estimulando as glândulas salivares, na saliva a amilase, chamada também de Ptialina, transforma fontes de amido em maltose e glicose. Mas é somente a amilase produzida no pâncreas (Amilase Pancreática) que consegue quebrar o amido em unidades menores, quando o alimento já está no trato digestivo e o processo de digestão está adiantado. 5. REGULAÇÃO: A atividade enzimática pode diminuir ou aumentar com a presença ou ausência de substâncias capazes de provocar mudanças na estrutura tridimensional da mesma. No caso da α- amilase o sıt́io ativo é localizado na interface entre o domıńio A e o domıńo B, na região C-terminal das fitas-β do barril TIM. Isso leva ao envolvimento de dois resíduos catalíticos no sítio ativo: um resıd́uo de ácido glutâmico e um resıd́uo de aspartato. Estes resíduos são provenientes do mecanismo catalítico que possui uma dupla substituição. 16 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA Nesse sentido, a participação de íons inorgânicos é muito importante pois atuam como cofatores e também atuam na estabilização da estrutura secundária da enzima e cooperam com algumas enzimas a alcançar sua máxima atividade. A maioria das α-amilases conhecidas se caracteriza por presentar um ou mais ıóns de cálcio (Ca+2) por molécula, que são imprescindíveis para a atividade enzimática e para a estabilidade. O número de sıt́ios varia de um a dez, sendo a afinidade das α-amilases ao Ca+2 muito maior do que a outros ıóns. O cálcio liga o barril (α/β)8 ao domıńio B, estabilizando, dessa forma, a estrutura do sıt́io ativo. Algumas α-amilases apresentam um sıt́io de ligação ao cálcio no sıt́io ativo e isso justifica a inibicão da atividade em concentrações elevadas desse ıón. Além da inibição que o Ca+2 faz para a essa enzima, existem outras substâncias que inibem a atividade dela, como é o caso da Faseolamina, uma glicoproteína de origem vegetal, obtida da planta do feijão branco (Phaseolus vulgaris), a qual diversas pesquisas demonstraram diversos benefícios gerados com o uso da Faseolamina, especialmente na saúde do ser humano, pois inibindo a atividade da α-amilase há uma redução do pico de glicose pós-prandial importante principalmente em pacientes diabéticos, já que tem um efeito hipoglicemiante, ela também ajuda na perda de peso do indivíduo. 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS: Beauregard JM, Lyon JA, Slovis C. Using the literature to evaluate diagnostic tests: amylase or lipase for diagnosing acute pancreatitis? J Med Libr Assoc. 2007; Motta, Valter T. Bioquímica clínica para o laboratório - princípios e interpretações. 5º ed. Rio de Janeiro: MedBook 2009. Santos JS, Elias Júnior J, Scarpelini S, Sankarankutty AL. Pancreatite aguda: atualização de conceitos e condutas. Medicina (Ribeirão Preto). 2003; Prakash, O.; Jaiswal, N. «α-Amylase: An Ideal Representative of Thermostable Enzymes». Appl. Biochem. Biotechnol. (em inglês). 160. Humana Press Inc. pp. 2401–14. ISSN 1559-0291. doi:10.1007/s12010-009-8735-4. Consultado em 10 de setembro de 2011 INGLATERRA. EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY FROM CAMBRIDGE UNIVERSITY. Enzyme Structures Database. 2018. Disponível em: <https://www.ebi.ac.uk/thornton- srv/databases/cgi-bin/enzymes/GetPage.pl>. Acesso em: 11 set. 2019. GRENZI, Ana Paula; RODRIGUES, Nicolas Gomes; STEUCK, Sarah. AMILASE SALIVAR. 2015. Disponível em: <https://www.passeidireto.com/arquivo/18761683/trabalho- alfa_amilase_bioquimica_ifc_anapaula>. Acesso em: 11 set. 2019. BRENDA THE COMPREHENSIVE ENZYME INFORMATION SYSTEM. Information on EC 3.2.1.1 - alpha- amylase. 2019. Disponível em: <https://brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=3.2.1.1>. Acesso em: 11 set. 2019. CURITIBA. PRISCILA CAON COLAÇO. . Repositório Digital Institucional UFPR: BENEFÍCIOS DA FASEOLAMINA (Phaseolus vulgaris L.) - UMA REVISÃO. 2014. Disponível em: <https://revistas.ufpr.br/academica/article/view/36501/22499>. Acesso em: 11 set. 2019. 17 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ASPARTATO TRANSAMINASE Caroline de Medeiros 1. NOME Nome aceito: Aspartato Transaminase. Nomes alternativos: Aspartato aminotransferase, Transaminase glutâmico-aspártica, Transaminase glutâmico-oxaloacética, Transaminase A. 1.1. CLASSIFICAÇÃO As enzimas são proteínas especializadas, que funcionam na aceleração de reações químicas, atuando na maior parte das vezes, como catalisadoras, ou seja, diminuindo a energia de ativação de determinada reação química. A enzima Aspartato Transaminase é classificada como uma enzima transferase. Enzimas transferases realizam a transferência de grupos funcionais, como: Amina, Fosfato, Acil e Carboxi. Mais especificamente falando sobre a Aminotranferase, ela realiza a interconversão de metabólitos de carboidratos. 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA Como sistema de nomenclatura das enzimas, cada número EC (Enzyme Comission Numbers) é um esquema de classificação numérica para as enzimas, baseado nas reações químicas que elas catalisam. Cada código de enzimas consiste nas letras EC seguidas de 4 números separados por pontos. Esses números representam uma classificação progressivamente mais específica. EC 2. 6. 1. 1 – Aspartato Aminotransferase Reação catalisada por uma aminotransferase. Fonte: Unesp 18 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 2. COFATOR Os cofatores são moléculas orgânicas ou inorgânicas necessárias para a função de uma enzima. Esses cofatores não estão ligados permanentemente a molécula da enzima, porém, na ausência deles, a enzima é considerada inativa. Os cofatores podem ser íons metálicos ou coenzimas. No caso da enzima aspartato aminotransferase: 5’-Fosfato de piridoxal. 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL A estrutura tridimensional é determinada pela sequência de aminoácidos presentes na proteína que formama enzima. Sendo assim, a função da proteína e consequentemente da enzima, dependem da sua estrutura. 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA Em alguns processos patológicos, as determinações enzimáticas contribuem significativamente para estabelecer a causa, localização e grau de extensão da lesão, para fazer o controle do tratamento e ainda para determinar a cura. Assim sendo, as dosagens enzimáticas são extremamente importantes para a compreensão e controle de inúmeras doenças. A coordenação muscular, a força e a resistência são capacidades decorrentes da evolução do sistema muscular. O exercício induz mudanças reversíveis na ultraestrutura do musculoesquelético, como: a elevação da permeabilidade do sarcolema e das proteínas musculares, tais como a mioglobina, creatinaquinase (CK) e a aspartato aminotransferase (AST) que são liberadas na circulação. Os aumentos discretos dessas enzimas após o exercício não estão associados com lesão da célula muscular, mas com o aumento da permeabilidade da membrana. Porém, caso haja lesões em níveis ultraestruturais durante o exercício, haverá um aumento marcante na concentração dessas proteínas. As concentrações séricas de ALT, AST e CK são determinadas pela taxa de entrada no compartimento plasmático, distribuição no compartimento extracelular e taxa de catabolismo Cofator da enzima. Fonte: Protein Data Bank in Europe Estrutura tridimensional da enzima Aspartato Aminotranferase. Fonte: Protein Data Bank in Europe 19 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ou depuração. Sua concentração relativa no tecido determina parcialmente suas taxas de entrada no plasma como resultado de dano tecidual. A enzima aspartato aminotransferase, é portanto, uma enzima comumente usada para identificar lesões musculares e essencial para a produção de energia no Ciclo de Krebs. Os valores de AST podem ser induzidos a alterações em várias doenças, como: Hipóxia, acúmulo de lipídeos hepáticos, doenças bacterianas e virais, inflamações, neoplasias hepáticas, endo e exotoxinas, além de intoxicações medicamentosas. Seus níveis também podem estar elevados em exercício intenso e em deficiência de vitamina E e selênio. Esta enzima está presente em muitos tecidos como duas isoformas, no citosol e na mitocôndria, sendo mais abundante no fígado, nos eritrócitos e nos músculos esquelético e cardíaco. A descoberta da utilização da dosagem de aspartato aminotransferase (AST) na doença cardíaca humana junto à quase simultânea descoberta de que a AST se eleva na doença hepática, forneceu o impulso para o crescimento da enzimologia clínica. As enzimas predominantemente mitocondriais, como a AST, normalmente aparecem no sangue após uma lesão severa, já que elas estão aprisionadas e precisam atravessar duas ou mais membranas. 5. REGULAÇÃO A enzima tem por ação, catalisar a transaminação reversível de aspartato e 2-cetoglutarato em oxalacetato e glutamato (Figura 2). A regulação enzimática pode ser: Regulação Alostérica: A atividade da enzima é controlada pela ligação de pequenas moléculas em sítios regulatórios sobre a enzima. O termo "regulação alostérica" vem do fato de que a molécula reguladora não se liga ao sítio catalítico, mas em um outro local sobre a proteína (allo = "outro" estérico = "local"). A ligação da molécula reguladora muda a Reação da enzima. Fonte: USP Portal de Revistas Fonte: The Cell , 2ª edição - Uma abordagem molecular 20 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA conformação da proteína, que por sua vez altera a forma do sítio ativo e sua atividade catalítica. A ligação da molécula reguladora pode inibir a atividade enzimática e em outros casos, moléculas regulatórias podem servir como ativadores, estimulando a enzima alvo. Regulação por Fosforilação: A atividade das enzimas é regulada por modificações covalentes, tais como a adição de grupos fosfato a resíduos de serina, treonina ou tirosina. A fosforilação é um mecanismo muito comum na regulação da atividade enzimática, a adição de grupos fosfato estimula ou inibe as atividades de muitas enzimas. Por exemplo, células musculares respondem à epinefrina (adrenalina) quebrando o glicogênio em glicose, fornecendo assim energia para a atividade muscular aumentada. A quebra do glicogênio é catalisada pela enzima Glicogênio Fosforilase, que é ativada por fosforilação em resposta à ligação de epinefrina a um receptor na superfície da célula muscular. Fosforilação de proteínas desempenha um papel central no controle de muitas outras funções celulares, incluindo o crescimento e diferenciação celular. 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS Expasy. (2019). Bioinformatics Resourse Portal [Banco de dados]. Disponível em: <https://enzyme.expasy.org/cgi-bin/enzyme/enzyme-search-ec> Acesso em: 10, setembro de 2019. NICOLETTI, José L. M.; HUSSNI, Carlos A.; ALVES, Ana L. G.; SILVEIRA, Veridiana F.; WATANABE, Marcos J.; CARVALHO, Fernanda d.; THOMASSIAN, Armen. (2007). Atividades séricas da aspartato aminotransferase, creatina quinase e lactato desidrogenase de equinos submetidos ao teste padrão de exercício progressivo em esteira. USP PORTAL DE REVISTAS. Disponível em: <https://www.revistas.usp.br/bjvras/article/view/26637/28420> Acesso em: 10, setembro de 2019. Brenda. (2019). The Comprehensive Enzyme Information System [Banco de dados]. Disponível em: https://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=2.6.1.1> Acesso em: 10, setembro de 2019. Unesp – Campus Gracena. Slides Bioquímica Animal. Disponível em: http://www2.dracena.unesp.br/graduacao/arquivos/bioquimica_animal/enzimas.pdf > Acesso em: 10, setembro de 2019. ALMEIDA, M.R. Enzimas clínicas: ação, fundamento e aplicações. Seminário apresentado na disciplina Bioquímica do Tecido Animal, Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, 2015. 16 p. Disponível em: <https://www.ufrgs.br/lacvet/site/wp-content/uploads/2015/07/enzimas_clinicas.pdf> Acesso em: 12, setembro de 2019. Fonte: The Cell , 2ª edição - Uma abordagem molecular 21 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA EMBL- EBI.(2019). European Bioinformatics Institute [Banco de dados]. Disponível em: <https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1aam > Acesso em: 12, setembro de 2019. BATISTA, Ch. Indicadores de lesão e função hepática. Seminário apresentado na disciplina Bioquímica do Tecido Animal, Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, 2016. p. 10. Disponível em: https://www.ufrgs.br/lacvet/site/wp- content/uploads/2016/07/seminario_Chester.pdf > Acesso em: 13, setembro de 2019. KOHLI, Rohit; C, David Harris; WHITINGTON, Peter. Elevações relativas do soro alanina e aspartato aminotransferase na distrofia muscular. Journal Of Pediatric Gastroenterology And Nutrition. p. 121-124. 10 jul. 2005. Disponível em: <https://journals.lww.com/jpgn/fulltext/2005/07000/Relative_Elevations_of_Serum_Alanine_and_ Aspartate.23.aspx>. Acesso em: 13 set. 2019 BARINI, Anúzia Cristina. BIOQUÍMICA SÉRICA DE BOVINOS (Bos taurus) SADIOS DA RAÇA CURRALEIRO DE DIFERENTES IDADES. 2007. 104 f. TCC (Graduação) - Curso de Medicina Veterinária, Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2007. Disponível em: <https://ppgca.evz.ufg.br/up/67/o/Dissertacao2007_Anuzia_Cristina.pdf>. Acesso em: 13 set. 2019. COOPER, Geoffrey M. The cell: Uma abordagem molecular. 2. ed. Boston University, 2000. Acesso em: 17, setembro de 2019. 22 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA CATALASE Luana Gonçalves Dias 1. NOME Nome aceito: Catalase; Nome sistemático: oxidoredutase de peróxido de hidrogênio; Outros nomes: hidroperoxidase; equilíbrio; caperase; optidase; catalase-peroxidase. 1.1. CLASSIFICAÇÃO A catalase pertence a classificação das oxidoredutases ou seja o grupo de enzimas que é capaz de catalisar reações de oxidação e redução. 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA EC: 1. 11. 1. 6 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA Estrutura primariada catalase no homo sapiens: 10 20 30 40 50 MADSRDPASD QMQHWKEQRA AQKADVLTTG AGNPVGDKLN VITVGPRGPL 60 70 80 90 100 LVQDVVFTDE MAHFDRERIP ERVVHAKGAG AFGYFEVTHD ITKYSKAKVF 110 120 130 140 150 EHIGKKTPIA VRFSTVAGES GSADTVRDPR GFAVKFYTED GNWDLVGNNT 160 170 180 190 200 PIFFIRDPIL FPSFIHSQKR NPQTHLKDPD MVWDFWSLRP ESLHQVSFLF 210 220 230 240 250 SDRGIPDGHR HMNGYGSHTF KLVNANGEAV YCKFHYKTDQ GIKNLSVEDA 260 270 280 290 300 ARLSQEDPDY GIRDLFNAIA TGKYPSWTFY IQVMTFNQAE TFPFNPFDLT 310 320 330 340 350 KVWPHKDYPL IPVGKLVLNR NPVNYFAEVE QIAFDPSNMP PGIEASPDKM 360 370 380 390 400 LQGRLFAYPD THRHRLGPNY LHIPVNCPYR ARVANYQRDG PMCMQDNQGG 410 420 430 440 450 APNYYPNSFG APEQQPSALE HSIQYSGEVR RFNTANDDNV TQVRAFYVNV 460 470 480 490 500 LNEEQRKRLC ENIAGHLKDA QIFIQKKAVK NFTEVHPDYG SHIQALLDKY 510 520 NAEKPKNAIH TFVQSGSHLA AREKANL Fonte: https://www.uniprot.org/uniprot/P04040 23 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL A catalase é uma molécula composta por quatro subunidades idênticas, cada uma das subunidades liga um grupo photoheme IX. Fonte: https://www.uniprot.org/uniprot/P04040 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA O processo de liberação do peroxido de hidrogênio (H2O2) ocorre em quase todos os organismos que executam respiração aeróbica. Sendo essa uma substancia toxica para o organismo é necessário que haja uma degradação rápida para que não haja problemas decorrentes desse composto químico. Nesse caso a catalase que é a enzima presente nos peroxissomos age catalisando a esta reação 2 H2O2 O2 + 2 H2O, acelerando-a e impedindo assim que haja algum dano ás células que são sensíveis ao H2O2. Substrato da catalase: peróxido de hidrogênio. Fonte: http://www.campusvirtual.ufsj.edu.br 5. REGULAÇÃO A atividade de uma enzima é regulada pela sinalização de ativadores e inibidores enzimáticos ou seja substâncias que interferem na capacidade de catalização de uma enzima. Entre essas substâncias reguladoras estão os cofatores, que são moléculas ligadas permanentemente a enzima e na ausência deles a enzima fica inativa. Os cofatores da catalase são o grupo prostético heme e o Mn2+. Se esse cofator for uma molécula orgânica recebe o nome de coenzima. As coenzimas da catalase são o NADPH e as espécies reativas do oxigênio (ROS). 24 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA NADPH: ROS: Fonte: https://prezi.com/ld08vlsrgegg/cofatores-e-inibidores-na-catalase/ Os inibidores são moléculas que diminuem ou interrompem a reação enzimática. As moléculas orgânicas que agem como inibidores da enzima catalase são: - Cianeto, azida, hidroxilamina, aminotriazol e mercaptoetanol; - Ascorbato sozinho e com Cu2+; - Sulfato de cobre; - Compostos nitro e nitroso. 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS BRENDA. Information on EC 1.11.1.6 - catalase. Disponível em: <https://www.brenda- enzymes.org/enzyme.php?ecno=1.11.1.6#>. Acesso em: 16 set. 2019. COSTA, Maria. Cofatores e inibidores na catalase. 2015. Disponível em: <https://prezi.com/ld08vlsrgegg/cofatores-e-inibidores-na-catalase/>. Acesso em: 16 set. 2019. SIB, Instituto Suíço de Bioinformática da. Assinaturas e perfil do Catalase. 2008. Disponível em: <https://prosite.expasy.org/PDOC00395>. Acesso em: 16 set. 2019. UNIPROTKB. P04040 (CATA_HUMAN). 2008. Disponível em: <https://www.uniprot.org/uniprot/P04040>. Acesso em: 16 set. 2019. MCDONALD, Andrew G.; BOYCE, Sinéad; TIPTON, Keith F. ExplorEnz: a fonte primária da lista de enzimas IUBMB. Nucleic Acids Research, [s.i.], v. 37, n. 1, p.593-597, 1 jan. 2009. 25 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA DNA POLIMERASE Mylena Oliveira Viana 1. NOME DNA polimerase (podendo ser abreviada como DNA pol); DNA-desoxinucleotidiltransferase (direcionada ao DNA); Nucleotidiltransferase de DNA (direcionada ao DNA) (1). 1.1. CLASSIFICAÇÃO A enzima DNA polimerase catalisa a reação em que, fundamentalmente, ocorre a transferência de um grupo transferência do grupo fosforil, fazendo-a ser classificada como uma transferase (2). 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA E.C. 2.7.7.7 (1). 1.3. SUBDIVISÕES DAS DNA POLIMERASES EM EUCARIONTES E PROCARIONTES As DNA polimerases em eucariontes são classificadas diferentemente das encontradas em procariontes. Em eucariontes, existem as seguintes subdivisões: DNA polimerase alfa, DNA polimerase beta, DNA polimerase delta, DNA polimerase épsilon, DNA polimerase gama e DNA polimerase iota. Em procariontes, existem as seguintes subdivisões: DNA polimerase I, DNA polimerase II, DNA polimerase III (holoenzima com 10 subunidades polipeptídicas), DNA polimerase IV e DNA polimerase V (3). 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA A estrutura primaria da enzima, que define o mais simples de seus níveis, pode ser representada como a sequência de seus aminoácidos em uma cadeia polipeptídica. Abaixo, encontra-se demonstrada a representação da estrutura primária da DNA polimerase α (alfa) de um Homo sapiens, que seria correspondente à holoenzima de DNA polimerase III de procariontes: 26 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA FIGURA 1- Estrutura primária da DNA-pol α (Homo sapiens). 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL Segue abaixo uma representação estrutura terciária, ou seja, a conformação específica da cadeia polipeptídica secundária que resulta na estrutura mais compacta onde seus átomos ocupam posições específicas, da DNA polimerase α (alfa) de um Homo sapiens. FIGURA 2- Estrutura tridimensional (ou terciária) da DNA-pol α (Homo sapiens). 27 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA Como previamente mencionado, a DNA-pol pode ser subdividida tanto mediante estudo de eucariontes como de procariontes. Entretanto, há certas características do processo de síntese do DNA que são comuns do mecanismo de praticamente todas as DNA polimerases. A replicação do DNA ocorre de forma semi-conservativa, ou seja, requer que desoxirribonucleotídeos sejam posicionados sobre uma cadeia polinucleotídica molde e unidos entre si, de modo a formar uma nova cadeia complementar à cadeia da molécula mãe que lhe serve de molde. Essa reação se faz possível pois o desoxirribonucleotídeo é trisfosfatado, pois contém três grupos fosfato ligados ao carbono 5` da desoxirribose. Os dois grupos terminais são removidos, fazendo com que piruvato seja liberado no meio, fornecendo energia que será usada para formar uma nova ligação covalente entre o grupo fosfato que restou no carbono 5` e o grupo 3`-OH da cadeia crescente de DNA (3). Principalmente, a enzima que “empilha” os nucleotídeos, um a um, a fim de formar a nova fita de DNA é a DNA polimerase – assim também conhecida como Nucleotildiltransferase de DNA. Portanto, a reação que ela catalisa, ou seja, 2`-desoxirribonucleosideo 5` trifosfato + DNAn (substrato) = difosfato + DNAn+1(produto) (1), pode ser representada da seguinte maneira: FIGURA 3- Representação da reação catalisada pela DNA pol (1). O mecanismo catalítico com a finalidade de um novo nucleotídeo de DNA ser adicionado, envolve dois íons Mg²+, de modo que um deles facilita o ataque do grupo 3`-OH da cadeia crescente ao 5`- fosfato do desoxirribonucleotídeo trifosfato; o outro íon Mg²+ facilita o deslocamento do pirofosfato. A atividade da DNA polimerase precisa de uma fita simples não pareada para atuar como molde e um primer, ou seja, uma fita iniciadora que forneça o grupo -OH livre na extremidade 3`, onde será inserido o nucleotídeo de DNA. A reação irá gerar um produto que possui uma nova hidroxila 3` livre, o que permite a adição de outro nucleotídeo. Estruturalmente, são encontrados na enzima o sítio de inserção, que é onde ocorre a adição de nucleotídeos, e o sítio de pós-inserção, que é o local para onde o par de bases recentemente formado migra após aparecer (3). FIGURA 4- Demonstração do envolvimento dos íons Mg² no mecanismo catalítico da DNA polimerase (2). + 28 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 5. REGULAÇÃOOs reguladores influenciam no desempenho catalítico da DNA polimerase, com também fazem em outras enzimas. Dentre eles, alguns participam como ativadores (Homo sapiens), como a Fap endonuclease 1 (FAP1) e o antígeno nuclear de proliferação celular (PCNA), aumentando a afinidade enzima-substrato. Outros atuam como inibidores (Homo sapiens), como o trifosfato de 2-tiometil-6- fenil-4- (4'-hidroxibutil) -1,2,4, -triazol (5,1-C) (1,2,4) triazina-7-ona e o trifosfato de N- (2,4-dinitro-5- fluorofenil) -4-aminobutil – ambos sendo classificados como inibidores competitivos, ou seja, se ligam à DNA polimerase no seu sítio de ligação – reduzindo a afinidade enzima-substrato (1). A cinética enzimática é relevante em se tratar da regulação de uma enzima, por explicitar detalhes do mecanismo catalítico enzimático. Sua análise, pode considerar dados tais quais a constante de Michaelis (Km), sendo um deoxinucleosídeo trifosfatado de Escherichia coli, em um pH 7.8 e na temperatura 25oC, possui um Km de 0.037 (1). 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS 1. BRENDA. Information on EC 2.7.1.11 - DNA-directed DNA polymerase and Organism(s) Homo sapiens . Disponível em:<https://www.brendaenzymes.org/enzyme.php?ecno=2.7.7.7&Suchword=&reference=&UniProtAcc =&organism%5B%5D=Homo+sapiens >. Acesso em: 15 set. 2019. 2. KLUG, W.S.; CUMMINGS, M.R.; SPENCER, C.A.; PALLADINO, M.A. Conceitos de genética. 9ª Edição. Artmed, Porto Alegre, 2010. Páginas 278 a 299 3. NELSON, D.L.; COX, M.M. Principles of Biochemistry. New York: W.H. Freeman, 2012. 29 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA FOSFOFRUTOQUINASE Alyssa Cristine de Oliveira Elias 1. NOME Fosfofrutoquinase (PFK, do inglês phosphofructokinase) ou ATP: :D-fructose-6-phosphate 1- phosphotransferase. 1.1. CLASSIFICAÇÃO Sendo esta uma enzima que catalisa a transferência de um grupo fosfato, a Fosfofrutoquinase é classificada como transferase. (COELHO; BIANCONI, 2019) 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA E.C. 2.7.1.11. (COELHO; BIANCONI, 2019) 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA Sabendo-se que a função de uma enzima está diretamente ligada à sua estrutura, para uma análise mais aprofundada, divide-se sua estrutura em primaria, secundaria, terciaria e quaternária. A estrutura primaria da enzima é, também, seu nível mais simples, sendo apenas a sequência de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica. 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL Para seu eficaz funcionamento, a enzima deve ter sua estrutura tridimensional conservada. Em temperatura e pH ideais, a estrutura tridimensional da Fosfofrutoquinase está representada abaixo: (PROTEIN DATA BANK, 2019) 30 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA Enzimas são substâncias catalisadoras, o que significa que diminuem a energia de ativação de uma reação química e facilitam o controle de sua velocidade. Sabendo disso, a fosfofrutoquinase é uma enzima alostérica primordial no processo da glicólise que consiste da conversão de frutose-6-fosfato (F6P) em frutose-1,6-bisfosfato, na presença de ATP e do íon Mg2+, ou de MgATP2-. Sua atividade é otimizada pelo aumento da concentração de ADP, porém é inibida pela queda do pH. Seu processo é irreversível em condições fisiológicas (ΔG0 ’= + 22,6 KJ/mol). A enzima não possui cofator, seus substratos são o ATP e a F6P. Apesar de o ATP ser substrato da fosfofrutoquinase, também é o principal produto da via glicolítica, ou seja, quando atinge-se níveis desejáveis desse nucleotídeo, ele liga-se a um sitio alostérico da enzima e muda sua conformação, inibindo sua atividade e diminuindo sua afinidade por seu outro substrato, F6P. Entretanto, o ADP e o AMP (Adenosina 5’- difosfato e Adenosina 5’-monofosfato, respectivamente), podem atuar como ativadores da fosfotrutoquinase visto que o aumento de sua concentração indica alta atividade metabólica com consumo de ATP. Frente a tal cenário, o ADP e o AMP agem ligando-se a sítios alostéricos revertendo a inibição da fosfofrutoquinase por ATP. Nos mamíferos, o citrato também funciona como um inibidor da fosfotrutoquinase. (NUNES, 2008) 5. REGULAÇÃO Alguns fatores podem influenciar no desempenho catalítico das enzimas, um exemplo é atuação de outras enzimas que irão regular a atuação da molécula em questão. O principal regulador da atividade da Fosfofrutoquinase é a Frutose 2,6-bisfosfato (F2, 6BP), sendo reguladora tanto da glicolise quanto da glicogenese, apesar de não ser intermediário de nenhuma das duas reações. A molécula F2, 6BP é um produto da fosforilação da F6P por ATP, catalisada pela enzima binfuncional Frutose 2,6-bisfosfato fosfatase (PFK2) e é um potente ativador da fosfofrutoquinase e, ao mesmo tempo, um potente inibidor da frutose-1,6-bifosfatofosfatase. (NUNES, 2008) A cinética enzimática é um estudo importante no quesito regulação enzimática por permitir a elucidação dos detalhes do mecanismo catalítico da enzima e estuda, em especial, a velocidade da reação, medida sobre uma escala de concentração de substrato (S), a velocidade da reação (V) aumenta com o acréscimo de S. Ao passo que a quantidade de S substrato aumenta, a enzima satura-se, momento este em que a velocidade atinge o ponto de valor Maximo Mmáx. No modelo da cinética de Michaelis-Menten, existe uma reação biomolecular inicial entre enzima (E) e o substrato (S) para formar o complexo ES. A constante de Michaelis (Km) define a concentração para a qual a velocidade da reação enzimática é metade de Vmax. Sendo o ATP seu substrato, a fosfofrutoquinase humana, em um pH 7.1 e na temperatura 25oC, possui um Km de 0.037. (NUNES, 2008; BRENDA, 2019). Segue abaixo uma ilustração da atividade enzimática da Fosfofrutoquinase, com seu regulador Frutose-6-fosfato, em diferentes situações de inibição e ativação: 31 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS BRENDA. Information on EC 2.7.1.11 - 6-phosphofructokinase and Organism(s) Homo sapiens. Disponível em: <https://www.brendaenzymes.org/enzyme.php?ecno=2.7.1.11&Suchword=&reference=&UniPr otAcc=&organism%5B%5D=Homo+sapiens>. Acesso em: 15 set. 2019. COELHO, Ana Amália; BIANCONI, M. Lucia. Classificação das Enzimas: com exemplos das que participam na glicólise e na gliconeogênese. Disponível em: <http://www.bioqmed.ufrj.br/wp- content/uploads/2015/03/Classifica%C3%A7%C3%A3o-das-Enzimas.pdf>. Acesso em: 15 set. 2019. NUNES, Rodrigo Dutra. Fosfofrutoquinase de Aedes aegypti: Caracterização e perfil de atividade ao longo do ciclo de vida. 2008. Disponível em: <file:///C:/Users/Administrador/Downloads/275-RodrigoDutraNunes.pdf>. Acesso em: 16 set. 2019. PROTEIN DATA BANK. Crystal structure of human muscle phosphofructokinase (dissociated homodimer). Disponível em: <https://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/4omt/analysis>. Acesso em: 15 set. 2019. 32 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA FOSFOLIPASE Fernanda Vargas Lima 1. NOME: FOSFOLIPASE Fosfolipase (1) - nome alternativo - Fosfolipase A1. Fosfolipase A(2) - nomes alternativos - Lecitinase A, Fosfatidase, Fosfatidolipase, Fosfatidilcolina 2- acil-hidrolase e Fosfolipase A2 Fosfolipase C - nomes alternativos - Clostridium oedematiens toxinas beta e gama, Alfa-toxina de Clostridium welchii, Lecitinase C e Lipofosfodiesterase. 1.1. CLASSIFICAÇÃO As fosfolipases são classificadas em quatro tipos principais: fosfolipase A (PLA), fosfolipase B (PLB), fosfolipase C (PLC) e fosfolipase D (PLD). Sendo as fosfolipases pertencentes ao grupo de enzimas conhecidas como hidrolases. 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA Fosfolipase A1 - 3.1.1.32; Fosfolipase A2 3.1.1.4; Fosfolipase C. 3.1.4.3. 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA ● FOSFOLIPASE A1 - (POLYBIA PAULISTA) 0 MNFKYSILFI CFGTLDRGLI PECPFNEYDI LFFVYTRQQR DGIVLTEETL QNYDLFKKST 60 ISRQVVFIDH GFLSNGNNEN FIAMAKALIE KDNFLVISVD WKKGACNAFA STLDYLGYST 120 AVGNTRHVGK YVADFTKLLV EQYKVSMSNI RLIGHSLGAH TSGFAGKEVQ ELKLNKYSNI 180 DGLDPAGPSF DSNDCPERLC ETDAEYVQII HTSNILGVYS KIGTVDFYMN YGSHQPGCGR 240 FFSPSCSHTK AVKYLTECIK HECCLIGTPW KKYFSTPKPISQCTKDTCVC VGLNAKSYPA 300 RGSFYVPVEA TAPYCHNEGI KL ● FOSFOLIPASE A2 - (BOTHROPS JARARACUSSU) 0 MRTLWIMAVL LVGVEGDLWQ FGQMILKETG KLPFPYYTTY GCYCGWGGQG QPKDATDRCC 60 FVHDCCYGKL TNCKPKTDRY SYSRENGVII CGEGTPCEKQ ICECDKAAAV CFRENLRTYK 120 KRYMAYPDVL CKKPAEKC ● FOSFOLIPASE C - (BACILLUS CEREUS) 0 MKKKVLALGA AITLVAPLQS VAFAHENDGG QRFGVIPRWS AEDKHKEGVN SHLWIVNRAI 60 DIMSRNTTLV KQDRVALLNE WRTELENGIY AADYENPYYD NSTFASHFYD PDNGKTYIPY https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipase-a https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipase-b https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipase-c https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipase-c https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipase-d https://enzyme.expasy.org/EC/3.1.1.32 https://enzyme.expasy.org/EC/3.1.1.4 https://enzyme.expasy.org/EC/3.1.4.3 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=1396 33 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 120 AKQAKETGAK YFKLAGESYK NKDMKQAFFY LGLSLHYLGD VNQPMHAANF TNLSYPQGFH 180 SKYENFVDTI KDNYKVTDGN GYWNWKGTNP EDWIHGAAVV AKQDYAGIVN DNTKDWFVRA 240 AVSQEYADKW RAEVTPMTGK RLMDAQRVTA GYIQLWFDTY GNR 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL Figura 1 Figura 2 Figura 3 Figura 1 - Modelo tridimensional para a proteína PLA1 do veneno da vespa P. paulista (PEREIRA, 2012) Figura 2 - Estrutura cristalina de um inibidor da agregação plaquetária ácida dimérica e fosfolipase hipotensiva A2 de Bothrops Jararacussu (MAGRO et al. 2004) Figura 3 - Fosfolipase C específica para fosfatidilinositol em complexo com glucosamina- (alfa-1-6) - mio-inositol (HEINZ et al. 1996). 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA As fosfolipases são enzimas que hidrolisam os fosfolipídios. Sendo elas classificadas de acordo com o seu local de clivagem da ligação éster nos substratos fosfolipídicos. As fosfolipases hidrolisam fosfolipídios em vários produtos de sinalização, incluindo ácido fosfatídico (PA), diacilglicerol (DAG), https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipase https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/enzymatic-hydrolysis https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phospholipids https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/gene-linkage https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/phosphatidic-acid https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/diacylglycerol https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/free-fatty-acids 34 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA ácidos graxos livres (AGLs) e lisofosfolipídios(LPLs). Esses produtos de sinalização regulam numerosos processos, como dinâmica citoesquelética, crescimento, homeostase, remodelação de membranas, aquisição de nutrientes, secreção, transdução de sinal, tolerância ao estresse, desenvolvimento sexual e virulência em vários organismos, incluindo fungos . Devido a esses papéis celulares essenciais, as fosfolipases também são alvos promissores em aplicações diagnósticas e terapêuticas. 4.1. COFATORES As fosfolipases A1 e A2 tem o Ca(2+) como cofator e a fosfolipase C tem o Zn(2+) como cofator. 4.2. SUBSTRATOS e CONSTANTE DE MICHAELIS (Km) Fosfolipase A1 = 1-oleoil-2-estearoil-3-sn-glicerofosforilcolina + H2O Fosfolipase A2 = Ácido (3E) -3 - [(3aS, 7aS) -3-metil-2-oxo-6- (propan-2-ilideno) hexa-hidro-1- benzofuran-7 (4H) -ilideno] propanóico + H2O Fosfolipase C= 1,2-di-hexanoil-sn-glicero-3-fosfo-L-serina Km da fosfolipase A1 = Não encontrado. Km da fosfolipase A2 = 0,742 Mm Km da fosfolipase C = 4.5 Mm 4.3. CINÉTICA ENZIMÁTICA No estudo de KEMPKA et al. 2018 foi verificado as melhores condições operacionais para a hidrólise de lipídeos em um frigorífico de suínos, comparando uma fosfolipase comercial livre e uma imobilizada, assim como o potencial para reutilização da fosfolipase imobilizada nas reações de hidrólise e sua manutenção de capacidade lipolítica em condições de armazenamento. Analisaram- se a influência da temperatura, o pH e a concentração da fosfolipase na hidrólise, obtendo-se como valores ótimos 36ºC, 8,5 e 1,1% (m.v-1), respectivamente. Sendo que os valores de ácidos graxos livres obtidos para a enzima livre e imobilizada diferiram significativamente (p<0,05), sendo os valores para a enzima imobilizada superiores, com máximo de 34 µmol.mL https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/free-fatty-acids https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/homeostasis https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/signal-transduction https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/sexual-development https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/fungus 35 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 5. REGULAÇÃO Conforme encontrado no estudo de SONG & RHEE (2001) a enzima fosfolipase A1 (PLA1), está distribuída em diversos tecidos e organismos possuindo importante função fisiológica na hidrólise de glicerofosfolipídeos, além de possuir importante interesse do ponto de vista industrial, devido a produção de 2- acilfosfolipídeos de elevado valor comercial. Já os lisofosfolipídeos resultantes da ação da PLA1 possuem propriedades emulsificantes e desempenham grande importância para a indústria de alimentos, farmacêuticas e de cosméticos. Santos et al., (2007) constataram a presença de PLA1 no veneno de P. paulista, e a caracterizaram bioquímica, funcional e estruturalmente. Demonstraram a existência de diferentes isoformas para esta enzima, indicando que a purificação de uma isoforma específica seria quase que impossível devido às similaridades bioquímicas e físico- químicas. Segundo os autores, a existência de várias isoformas pode ser um mecanismo de atribuição de diferentes funções a mesma enzima durante os envenenamentos. As fosfolipases de veneno induzem a síntese de IgE específica e agem sinergisticamente com outras toxinas, causando efeitos farmacológicos como a hipotensão, podendo inibir a coagulação sanguínea e o aumento da permeabilidade vascular. De acordo com King et al. (2003), em veneno de vespas, a ação da fosfolipase A1, está relacionada a respostas associadas aos processos inflamatórios, sendo potencializada com a degranulação de mastócitos, por um mastoparano (MCD). As fosfolipases A2 podem ser divididas em cinco grupos principais: as Ca2+ dependentes - PLA2 secretórias (sPLA2), citosólicas (cPLA2), acetilhidrolases fator de agregação plaquetária (PAF-AH) e as lisossômicas, e as Ca2+ independentes, todas elas divididas de acordo com o mecanismo catalítico e suas características funcionais e estruturais. As PLA2 secretórias foram subdivididas em quatorze grupos, de acordo com o número de resíduos de aminoácidos e posição das ligações dissulfeto, sendo que as PLA2 dos venenos de serpentes estão incluídas nos grupos I e II. Essas enzimas são pequenas, com massa molecular variando de 13 a 18 kDa, e causam destruição celular pela interferência nos processos fisiológicos normais da vítima. As fosfolipases A2 catalisam a hidrólise da posição sn-2 dos glicerofosfolipídios de membrana, produzindo 1- acilfosfolipídios e ácidos graxos livres. Quando o ácido graxo gerado é o ácido araquidônico, representa importante reação, já que este é convertido por enzimas metabólicas em vários compostos bioativos, como as prostaglandinas e os leucotrienos. Outros produtos da reação, como por exemplo, o ácido lisofosfatídico e a lisofosfatidilcolina também são importantes compostos reativos, sendo precursores de outros mediadores bioativos tais como o fator de ativação plaquetária(PAF). Estudos indicam que a PLA2 também possui função na apoptose, homeostase de Ca2+ e isquemia 36 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA do miocárdio. As fosfolipases A2 pertencem à superfamília de proteínas que hidrolisam os grupos sn-2 acil de fosfolípidos de membrana para liberar ácido araquidônico e lisofosfolípidos. Uma fosfolipase ácida A2 isolada do veneno de serpente Bothrops jararacussu apresenta alta inibição catalítica da agregação plaquetária e atividades hipotensivas (MAGRO et al. 2004) As fosfolipases C são compostas por uma família de fosfodiesterases, importantes no metabolismo de fosfolipídios inositólicos e tem como substrato fosfatidilinositol 4,5- bifosfato [PI(4,5)P2], gerando dois produtos intracelulares: inositol 1,4,5-trifosfato (InsP3), um reconhecido mensageiro mobilizador de cálcio, e diacilglicerol (DAG), um ativador da quinase C (REBECCHI; PENTYALA, 2000). As fosfolipases C desempenham importante papel no mecanismo de sinalização celular em mamíferos e apresentam função reconhecida na ação de muitos hormônios, neurotransmissores e fatores de crescimento(HARDEN; SONDEK, 2006) Diversas proteínas que estão na superfície externa da membrana plasmática são ancoradas por derivados glicosilados de fosfatidilinositol (GPI), ao contrário de aminoácidos hidrofóbicos incorporados na bicamada fosfolipídica. Essas âncoras GPI são clivadas por fosfolipases C específicas para fosfatidilinositol (PI-PLCs) para liberar uma proteína solúvel em água com uma porção de glicosilinositol e diacilglicerol expostos, que permanecem na membrana. A estrutura cristalina do Bacillus cereus PI-PLC, é uma enzima bastante utilizada para liberar proteínas ancoradas em GPI das membranas, como enzima livre e também em complexos com mio- inositol. A porção mio- inositol de GlcN (α1 → 6) Ins é bem definida e ocupa essencialmente a mesma posição no sítio ativo que o mio- inositol livre , o que fornece evidências expressivas de que a enzima utiliza o mesmo mecanismo catalítico para a clivagem de fosfatidilinositol(IP) e fosfatidilinositol glicosilados (GPI). A porção myo-inositol faz várias interações específicas de ligação de hidrogênio com resíduos do sítio ativo. Em comparação a porção de glucosamina que fica exposta ao solvente na entrada do local ativo com contatos específicos mínimos de proteína. A porção de glucosamina também é bem menos definida, apresentando maior flexibilidade conformacional. Com base no posicionamento de GlcN (α1 → 6) Ins no local ativo, é pressuposto que o restante do GPI-glicano faça pouca ou nenhuma interação específica com o PI- PLC de B. cereus, esclarecendo por que o B. cereus PI-PLC pode clivar âncoras GPI com estruturas variáveis de glicano (HEINZ et al. 1996) 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS HARDEN, T. K.; SONDEK, J. Regulation of Phospholipase C Isoenzymes by Ras Superfamily GTPases. Ann Rev Pharmacol Toxicol, v. 46, p. 355-379, 2006. HEINZ, D. W.; RYAN, M.; SMITH, M. P.; WEAVER, L. H.; KEANA, J. F.; GRIFFTH, O. H. Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C In Complex With Glucosamine-(Alpha-1-6)-Myo- Inositol.Biochemistry. v. 35, n.1, p.9496-504, 1996. KEMPKA, A. P.; FAGUNDES. E.; SANTOS, G. P.; MAFESSONI, K.; HEIZEN, V. D. Fosfolipase imobilizada na hidrólise da fração lipídica de efluente de frigorífico de suínos: comparação com a enzima livre. Eng Sanit Ambient. v.23, n.2, p. 395-403, 2018. KING, T. P.; JIM, S. Y.; WITTKOWSKI, K. M. Inflammatory role of two venom components of yellow jackets (Vespula vulgaris): a mast cell degranulating peptide mastoparan and phospholipase A1. Int Arch Allergy Immunol, v. 131, n. 1, p. 25- 32, 2003. 37 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA MAGRO, A. J.; MURAKAMI, M. T.; MARCUSSI, S.; SOARES, A. M.; ARNI, R. K.; FONTES, M. R. Estrutura cristalina de um inibidor de agregação plaquetária ácida e fosfolipase A2 hipotensora nos estados monomérico e dimérico: insights sobre seu estado oligomérico.Biochem Biophys Res Commun.2004; v. 323, n. 1 p. 24-31, 2004. PEREIRA, F. D. C. CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR E EXPRESSÃO HETERÓLOGA DO ALÉRGENO FOSFOLIPASE A1 DO VENENO DE Polybia paulista (HYMENOPTERA: VESPIDAE). 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Instituto de Biociências, Universidade Estadual Paulista, São Paulo. REBECCHI, M. J.; PENTYALA, S. N. Structure, Function, and Control of phosphoinositide- specific phospholipase C. Physiol Rev, v. 80, n. 4, p. 1291- 1335, 2000. SANTOS, L. D.; SANTOS, K. S.; SOUZA, B. M.; ARCURI, H. A.; CUNHA-NETO, E.; CASTRO, F. M.; KALIL, J. E.; PALMA, M. S. Purification, Sequencing and structural characterization of the phospholipase A1 from the venom of the social wasp Polybia paulista (Hymenoptera, Vespidae). Toxicon, v. 50, p. 923- 937, 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15351695 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15351695 38 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA FRUTOSE 1-6-BIFOSFATASE Anna Carolina Alencar dos Santos 1. NOME FRUTOSE 1-6-BIFOSFATASE 1.1. CLASSIFICAÇÃO A enzima Frutose 1-6 bifosfatase consiste em uma hidrolase com a presença de dois fosfatos. As hidrolases são enzimas em que a água participa na ligação covalente, já as reações catalíticas do fosfato, sofrem desfosforilização. 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA EC 4.1.2.13 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA 1 kkdgadfakw rcvlkigeht psalaimena nvlaryasic qqngivpive peilpdgdhd 61 lkrcqyvtek vlaavykals dhhiylegtl lkpnmvtpgh actqkfshee iamatvtalr 121 rtvppavtgi tflsggqsee easinlnain kcpllkpwal tfsygralqa salkawggkk 181 enlkaaqeey vkralansla cqgkytpsgq agaaaseslf vsnhay 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA A enzima frutose 1-6-bifosfatase tem grande importância na via gliconeogênese, por ser uma enzima que tem uma regulação alostérica e modificações covalentes (fosforilação), onde há a conversão de piruvato em glicose. A via gliconeogênese ocorre principalmente no fígado e as vezes no rim, na qual há a síntese de glicose a partir de substâncias que não sejam carboidratos, deste modo utilizam glicerol, 39 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA aminoácidos e lactato, podendo ser separada em três etapas, porém a enzima frutose 1-6-bifosfatase está inserida apenas na segunda etapa. Há a conversão da frutose 1-6-bifosfatase em frutose-6-fofosfato. Esta reação é catalisada pela frutose- 1-6-bifosfatase. Pacientes que apresentam a falta desta enzima, (deficiência da enzima frutose 1-6-bifosfatse), podem acarretar hipoglicemia e acidose metabólica, podendo ser provocados por um jejum prolongado ocasionando febre. Logo, pessoas com esta deficiência apresentam tolerância a quantidades normais de frutose ou sacarose em sua digestão, ao contrário as pessoas que apresentam intolerância hereditária a frutose. 4.1. COFATORES Zn(2+). 4.2. SUBSTRATOS e CONSTANTE DE MICHAELIS (Km) KM=52 µM for fructose 1,6-bisphosphate (at 30 degrees Celsius) 5. REGULAÇÃO O controle da gliconeogênese é concretizado pelo glucagon, na qual sinaliza para que o fígado produza e libere glicose, e também pela insulina, que age de maneira oposta, fazendo que use a glicose como combustível, quando há a presença de alta concentração de açúcar no sangue. Glicólise e gliconeogênese não ocorrem ao mesmo tempo, para prevenir o gasto de energia que as duas poderiam ocasionar caso atuassem juntas. 40 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA A regulação das duas vias é constituída pelo ATP e pelo AMP (atuando em enzimas alostéricas) e pela frutose 2-6-bifosfatase. Quando a concentração de ATP é alta a de AMP é baixa, deste modo, quando a concentração de AMP é alta a de ATP vai ser baixa. A frutose 1-6-bifosfatase (na via gliconeogênese) é uma enzima alostéica inibida por AMP. 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS BARREIROS, Rodrigo Crespo; BOSSOLANII, Grasiela; TRINDADEII, Cleide Enoir Petean. Frutose em humanos: efeitos metabólicos, utilização clínica e erros inatos associados. 2005. Disponível em: <http://www.scielo.br/> Acesso em: 12 set. 2019.BORGES, Júlio César. Glicólise. São Paulo: Universidade de São Paulo, 2010. 40 slides, color. Disponível em: <https://edisciplinas.usp.br/ >. Acesso em: 20 set. 2019. BORGES, Júlio César. Gliconeogênese Glicogênio: Glicogenólise, Síntese e Regulação. São Paulo: Universidade de São Paulo, 2010. 44 slides, color. Disponível em: <https://edisciplinas.usp.br/ >. Acesso em: 20 set. 2019. ExPASy. BIOINFORMATICS RESOURCE PORTAL. Disponível em: < https://enzyme.expasy.org/EC/4.1.2.13>. Acesso em 12 set. 2019. GLICONEOGENESE. Disponível em: <https://adm.online.unip.br >. Acesso em: 20 set. 2019. HOMO sapiens (human): 226. 0000. Disponível em: <https://www.genome.jp/ >. Acesso em: 12 set. 2019. Nelson, David L.; COX, Michael M. Princípios de bioquímica de Lehninger. Porto Alegre: Artmed, 2011. 6. ed. Porto Alegre: Artmed, 2014. Acesso em: 13 set. 2019. HENRIQUE, Pedro. Gliconeogênese. Disponível em: <https://www.passeidireto.com >. Acesso em: 20 set. 2019. UNIPROTKB - P04075 (ALDOA_HUMAN). Disponível em: <https://www.uniprot.org/uniprot/P04075>. Acesso em: 12 set. 2019. 41 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA FUMARASE HIDRATASE Anna Luiza Scherer Lino 1. NOME: Fumarase Hidratase (FH). 1.1. CLASSIFICAÇÃO: Hidrolase. 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA: 4.2.1.2 ESTRUTURA PRIMÁRIA: C4H2O4-2 Sequencia primária dos aminoácidos da Fumarase Hidratase (FUMH) dentro do organismo humano: 0 MYRALRLLAR SRPLVRAPAA ALASAPGLGG AAVPSFWPPN AARMASQNSF RIEYDTFGEL 60 KVPNDKYYGA QTVRSTMNFK IGGVTERMPT PVIKAFGILK RAAAEVNQDY GLDPKIANAI 120 MKAADEVAEG KLNDHFPLVV WQTGSGTQTN MNVNEVISNR AIEMLGGELG SKIPVHPNDH 180 VNKSQSSNDT FPTAMHIAAA IEVHEVLLPG LQKLHDALDA KSKEFAQIIK IGRTHTQDAV 240 PLTLGQEFSG YVQQVKYAMT RIKAAMPRIY ELAAGGTAVG TGLNTRIGFA EKVAAKVAAL 300 TGLPFVTAPN KFEALAAHDA LVELSGAMNT TACSLMKIAN DIRFLGSGPR SGLGELILPE 360 NEPGSSIMPG KVNPTQCEAM TMVAAQVMGN HVAVTVGGSN GHFELNVFKP MMIKNVLHSA 420 RLLGDASVSF TENCVVGIQA NTERINKLMN ESLMLVTALN PHIGYDKAAK IAKTAHKNGS 480 TLKETAIELG YLTAEQFDEW VKPKDMLGPK 2. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL: Figura 2 – Estrutura tridimensional da Fumarase (Fonte: Protein Data Bank (RCSB PDB, 2019). 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA A fumarase é uma enzima envolvida no ciclo do ácido cítrico, ou ciclo de Krebs, ela catalisa a hidratação (adição de uma molécula de água a uma ligação covalente) reversível de fumarato em L- https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/#query=C4H2O4-2 https://www.wikiwand.com/pt/Enzima https://www.wikiwand.com/pt/Ciclo_de_Krebs https://www.wikiwand.com/pt/Hidrata%C3%A7%C3%A3o_(qu%C3%ADmica) https://www.wikiwand.com/pt/Liga%C3%A7%C3%A3o_covalente https://www.wikiwand.com/pt/Fumarato 42 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA malato, no qual o acetil-CoA produz CO2, portadores de elétrons reduzidos (FADH2 e NADH) e ATP, como está ilustrado abaixo, nas figuras 3 e 4. Figura 3 – Reação de hidratação do fumarato (Fonte: Google Imagens, 2019). Figura 4 – Ciclo de Krebs (Fonte: Google Imagens, 2019). A Fumarase é encontrada tanto nos tecidos fetais quanto nos adultos, sendo mais comumente identificada na pele, paratireóide, linfa e cólon -segundo os perfis de maior expressão do Centro Nacional de Informações Biotecnológicas (NCBI)- e é detectada também em alguns tipos de tumores malignos, como nos carcinomas de células renais papilares, por exemplo. Existem duas isoformas dessa enzima, a citosólica e a mitocondrial. Os seus produtos têm sequências de aminoácidos praticamente idênticas, diferindo apenas no terminal amino e em relação à mobilidade eletroforética (técnica de separação de moléculas biológicas que se baseia na migração de íons em um campo elétrico). A isoforma mitocondrial (P07954-1, comprimento 510, massa 54.637 Da) a qual o presente trabalho se refere, possui um terminal N mais amplificado, se diferenciando quanto ao local de início de sua tradução. Uma vez presente na mitocôndria, esta extensão é retirada, gerando a mesma forma que no citoplasma. https://www.wikiwand.com/pt/Malato 43 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 5. REGULAÇÃO As fumaratos liases apresentam em sua estrutura uma curta sequencia conservada em volta de uma metionina, provavelmente relacionada na atividade catalítica desse tipo de enzima. Como já citado anteriormente, a Fumarase está envolvida no Ciclo de Krebs e tem como produto final o L- Malato, este último é importante não apenas para esse ciclo mas também para os processos de neoglicogênese, fixação de gás carbônico e carbono além do metabolismo celular. Os valores abaixo foram definidos com base no substrato L-Malato da enzima estudada, no organismo do Homo Sapiens, com gene H318Y, nas condições de pH 7.4 e 23°C: Valor do KM (constante de Michaelis) =1.9 [mM]; Valor do KM (constante de Michaelis) = 2 [mM]; • O KM pode ser também no valor de 1,9 no Homo Sapiens, no caso do gene ser do tipo selvagem (que prevalece entre indivíduos em condições naturais, distinta de um tipo de mutante atípico); Valor do Kcat = 0.041[1/s]; Valor da relação kcat/KM = 0.021 [1/mMs-1]; 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS BRENDA: The Comprehensive Enzyme Information System, 2019. Disponível em: <https://www.brenda- enzymes.org>. Acesso em: 18 Set. 2019. U.S. NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE: National Center for Biotechnology Information, 2019. Disponível em: <https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Fumarate>. Acesso em: 18 Set. 2019. THE EUROPEAN BIOINFORMATICS INSTITUTE: The home for big data in biology, 2019. Disponível em: <https://www.ebi.ac.uk>. Acesso em: 18 Set. 2019. RCSB PDB: Protein Data Bank, 2019. Disponível em: <https://www.rcsb.org/>. Acesso em: 18 Set. 2019. https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Fumarate https://www.ebi.ac.uk/ https://www.rcsb.org/ 44 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA GLICEROL QUINASE Milene Alves Ramos 1. NOME : Glicerol Quinase 1.1. CLASSIFICAÇÃO EC.-Classificação enzimática EC.2- Transferases EC.2.7- Transferencia de grupos contendo fósforo. E.C.2.7.1-Fototransferases com um grupo álcool como aceitador. E.C.2.7.1.30-Glicerol Quinase (BRENDA: EC2.7.1.30) 1.2. CÓDIGO INTERNACIONAL DA ENZIMA EC 2.7.1.30 (BRENDA: EC2.7.1.30) 2. ESTRUTURA PRIMÁRIA Organismo: Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus.) Gene glpK1- Glicerol Quinase (SIB-SWISS-MODEL) 45 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA 3. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DA GLICEROL QUINASE (SIB-SWISS-MODEL) 4. FUNÇÃO E IMPORTÂNCIA DA ENZIMA A proteína Glicerol quinase (GK) é uma enzima metabólica encontrada em órgãos e tecidos de animais e também em vários microorganismos (BRISSON et al., 2001). Sendo que, em mamíferos é mais encontrada no fígado, rim e em menores quantidades, na mucosa intestinal, tecido adiposo e músculos. A GK é essencial na interface do metabolismo de carboidratos e lipídios, sua principal função e catalisar a reação química de fosforilação do glicerol em glicerol-3-fosfato. ATP + glicerol = ADP + glicerol 3-fosfato Esta reação ocorre da seguinte forma: O organismo precisa de energia para se manter quando há déficit calórico ou praticando alguma atividade física que demanda gasto energético por períodos prolongados. E para isso inicialmente no adipócito ocorre o processo da lipólise, no qual duas enzimas lipolíticas principais, a Lipase sensível a hormônio (LSH) que recebe esse nome por ser sensível a vários hormônios lipolíticos, tais como: adrenalina, noradrenalina, hormônio tireoidiano, cortisol, leptina, dentre outros e a lipoproteína Lipase (LPL) que atuam respectivamente no interior do adipócito e nas 46 ENZIMA: UMA SENHORA BIOMOLÉCULA lipoproteínas ricas em triglicérides (SANT'ANA, 2013) . A ação da LSH causa liberação do ácido graxo e glicerol livre no sangue. Depois da captação, no fígado o glicerol é irreversivelmente convertido pela ação catalítica da enzima glicerol quinase, dependente de Trifosfato de adenosina (ATP) liberando
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