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TESTE CONHECIMENTO - BIOINFORMÁTICA

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Disc.: BIOINFORMÁTICA 2023.1 FLEX (G) / EX 
 
 
 
 
 
 
 
03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA 
 
 
1. 
 
 
Sobre a técnica de modelagem molecular analise a relação entre as afirmativas a seguir: 
I. O método de modelagem a ser escolhido depende da igualdade. 
PORQUE 
II. Uma igualdade superior a 25% podemos optar pela modelagem por homologia. Se for abaixo desse 
valor e tivermos o enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por ab initio, caso não, 
optamos pela modelagem threading. 
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta: 
 
 
As asserções I e II são proposições falsas. 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I. 
 
 
A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa. 
 
 
A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira. 
 
 
As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:47:05 
 
Explicação: 
O método de modelagem a ser escolhido depende da identidade, caso seja acima de 25% 
podemos optar pela modelagem por homologia, se for abaixo desse valor e tivermos o 
enovelamento do molde conhecido usamos modelagem por treading, caso não realizamos a 
modelagem por ab initio. 
 
 
 
 
 
2. 
 
 
O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de 
um novo alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento 
molecular marque a alternativa correta: 
 
 
É capaz de identificar se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene 
com função em comum. 
 
 
O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o 
DNA em RNAm. 
 
 
É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que 
possamos identificar qual é a correta. 
 
 
É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, 
dentro de um ambiente virtual, o mais próximo possível da realidade. 
 
 
 O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em 
diversas outras técnicas de bioinformática. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:47:29 
 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
Explicação: 
O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA ou 
proteínas, a partir de um algoritmo de pontuação. Assim podemos identificar genes que 
compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento 
para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O alinhamento não 
armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm, não compara 
sequencias para dizer qual é a correta, não realiza o modelamento de proteínas e não realiza a 
modelagem molecular, etapa posterior ao alinhamento e não tem a finalidade de alinhar 
proteínas o mais próximo da realidade, e sim encontrar os melhores alinhamentos entre as 
proteínas já cadastradas no banco de dados. 
 
 
 
 
 
3. 
 
 
A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido 
bastante empregada para o desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes 
avanços científicos. A seguir são listadas algumas técnicas da bioinformática. Assinale a alternativa que 
indica a técnica que tenta prever a atividade biológica de um composto baseado em equações 
estatísticas. 
 
 
Dinâmica molecular 
 
 
Alinhamento molecular 
 
 
Modelagem molecular 
 
 
Ancoramento molecular 
 
 
QSAR 
Data Resp.: 15/03/2023 15:48:31 
 
Explicação: 
O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar 
uma equação que quando resolvida tenta prever a atividade de uma molécula nova contra 
determinado receptor. O alinhamento molecular visa identificar genes que compartilham funções 
ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas 
moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento molecular infere a 
modelagem molecular, para construir um modelo tridimensional e é utilizado para obter uma 
pose do ligante com o alvo e a dinâmica molecular para analisar como as interações acontecem, 
mimetizando o organismo. 
 
 
 
 
 
 
02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 
 
 
4. 
 
 
Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados 
de genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, 
são descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização 
correta dessa ferramenta. 
 
 
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu 
ao acaso. 
 
 
Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido 
ao acaso com uma sequência do banco de dados. 
 
 
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos 
contra um banco de dados de proteínas. 
 
 
Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à 
sequência no banco de dados. 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
 
 
A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de 
nucleotídeos contra um banco de dados de proteínas. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:50:14 
 
Explicação: 
O valor de e-value diz respeito à significância estatística do alinhamento realizado com a 
ferramenta BLAST. Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a 
chance daquele alinhamento ter ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa 
sequências de nucleotídeos para buscar em banco de nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp 
usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas. 
 
 
 
 
 
5. 
 
 
(PR4 - UFRJ - Biólogo -UFRJ - Biologia Molecular - 2016) 
Um pesquisador e sua equipe acabam de obter a sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo 
antes desconhecido. Querendo saber se esse gene ou um gene similar está presente no genoma humano, 
ele deve recorrer à seguinte ferramenta de bioinformática: 
 
 
 
BLAST. 
 
 
Velvet. 
 
 
Mega. 
 
 
GenBank. 
 
 
Multialignm. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:51:20 
 
Explicação: 
O BLAST é um software para alinhamento simples e local de sequências biológicas. Essas 
sequências podem ser de nucleotídeos ou aminoácidos. Como o pesquisador quer descobrir se a 
sequência de nucleotídeos de um gene de camundongo antes desconhecido está presente no 
genoma humano, essa é a ferramenta mais aplicada, pois ele vai comparar sequências simples. 
O Mega é um software para análises filogenéticas. Multialignm é um programa para alinhamento 
múltiplo de sequências. Velvet é um algoritmo para montagem de genomas. GenBank é um 
banco de dados. 
 
 
 
 
 
6. 
 
 
Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes 
mais pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações específicas está associado ao risco aumentado 
de câncer. Para identificar as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma 
sequência referência não mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para 
conseguir uma sequência referência curada para o gene brca1? 
 
 
KEGG. 
 
 
PubMed. 
 
 
GenBank. 
 
 
BLAST. 
 
 
RefSeq. 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
Data Resp.: 15/03/2023 15:52:54 
 
Explicação: 
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por 
funcionários do NCBI, que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a 
sequência obtidado paciente com uma sequência referência não mutada de forma curada. O 
GenBank também é um banco de dados de sequências de nucleotídeos, mas ele não é curado. O 
PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de dados de vias 
metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para 
alinhamento de sequências. 
 
 
 
 
 
 
03015ANOTAÇÃO GÊNICA 
 
 
7. 
 
 
Um grande avanço da bioinformática aconteceu durante a execução do Projeto Genoma Humano, que 
durou mais de 10 anos e teve como objetivo principal determinar a ordem dos nucleotídeos de todo 
genoma da nossa espécie. Essa empreitada científica estimulou o aprimoramento de computadores e de 
programas para lidar com a grande quantidade de dados que começou a ser gerada. Hoje vivemos o que 
é chamado de ¿era pós-genômica¿, como o desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas e programas 
que permitem estudar outras ciências ômicas. De acordo com as ciências ômicas, analise as afirmativas a 
seguir: 
 
I. Genética é o estudo de todo o DNA de um indivíduo. 
II. Metabolômica estuda moléculas de baixo peso molecular produzidas por uma célula. 
III. Para investigar o genoma de um indivíduo, precisamos de uma amostra de seu RNA. 
 
Quais são as afirmativas corretas? 
 
 
Somente a afirmativa 2 está correta. 
 
 
As afirmativas 1 e 3 estão corretas. 
 
 
As afirmativas 1 e 2 estão corretas. 
 
 
Somente a afirmativa de número 1 está correta. 
 
 
Somente a afirmativa de número 3 está correta. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:51:36 
 
Explicação: 
O estudo de todo o DNA de um indivíduo é chamado de genômica. A genética é a parte da 
ciência que estuda a hereditariedade, a estrutura e a função dos genes e a variação dos seres 
vivos. Na genética estudamos genes individuais. Às vezes, genética e genômica são usadas 
indistintamente, mas têm significados diferentes. Para investigar o genoma de um indivíduo, 
precisamos de uma amostra de seu DNA. 
 
 
 
 
 
8. 
 
(Adaptado de VUNESP - 2020 - EBSERH - Farmacêutico) A revolução biotecnológica tem fornecido 
informações extremamente úteis para a descoberta de fármacos. O sufixo "ômica" indica uma série de 
novas disciplinas e procedimentos que visam à identificação funcional e/ou estrutural de tecidos, de 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
 
células, de padrões de expressão gênicos e de características metabólicas (Bhogal & Balls, 2008), dentre 
elas: 
BHOGAL, N.; BALLS, M. Translation of new technologies: from basic research to drug discovery and 
development. Curr. Drug Discov. Technol., v.5, n.3, p.250-62, 2008. 
 
 
Genômica, transcriptômica e biônica. 
 
 
Genômica, dicotômica e proteômica. 
 
 
Genômica, lipidômica e biônica. 
 
 
Proteômica, lipidômica e dicotômica. 
 
 
Genômica, transcriptômica e metabolômica. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:53:45 
 
Explicação: 
Genômica, transcriptômica e metabolômica são exemplos de ciências ômicas. Segundo o 
Dicionário Priberam da Língua Portuguesa, a palavra "dicotômica" significa "que se divide ou 
subdivide em dois", enquanto "biônica" significa "ciência que tem por fim o estudo de certos 
processos biológicos com vista a aplicar processos análogos para fins militares, tecnológicos 
etc." As demais palavras são ciências ômicas (lipidômica). 
 
 
 
 
 
 
02265ANÁLISE FILOGENÉTICA 
 
 
9. 
 
 
Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore filogenética. Todas estas abordagens são 
fundamentais para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação 
do neighbor-joining. Qual é a melhor definição desta técnica? 
 
 
Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares. 
 
 
Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre 
as distâncias observadas e previstas. 
 
 
Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima 
verossimilhança. 
 
 
A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta. 
 
 
Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:54:58 
 
Explicação: 
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares. 
Justificativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética 
calculada a partir de uma matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é 
aquela que minimiza a diferença entre as distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim 
como outros métodos de distância, o método neighbor-joining conduz uma serie de cálculos 
em cima da matriz a partir de um algoritmo. Esse é um método rápido. As outras alternativas 
não se enquadram como definições dessa metodologia. 
 
 
 
 
 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
10. 
 
 
Analise a figura a seguir: 
 
Imagens: Leandro Pederneiras 
Analisando as árvores da esquerda e direita é possível afirmar que: 
 
 
São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes. 
 
 
São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos 
giraram em seu próprio eixo. 
 
 
Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita. 
 
 
O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda 
do que na da direita. 
https://simulado.estacio.br/bdq_simulados_exercicio_ensineme.asp
 
 
Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos. 
Data Resp.: 15/03/2023 15:54:22 
 
Explicação: 
Gabarito: São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos 
giraram em seu próprio eixo. 
Justificativa: As duas imagens correspondem a um cladograma, nesse tipo de árvore não é 
possível saber a profundidade exata dos nós porque não possui uma escala de tempo. As duas 
árvores são idênticas em seus relacionamentos (topologia), apenas com ramos torcidos em seus 
próprios eixos, pela alteração da forma (retangular e diagonal, respectivamente). Os grupos A B 
C D E e I J K L M estão na mesma posição nas árvores, apenas com ramos torcidos, sendo assim 
não mudam a relação de proximidade. Não houve corte nas árvores que justificaria a mudança 
de topografia entre as árvores.

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