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WBA1116_v1.0 Engenharia Genética Manipulando a informação genética Manipulação, isolamento e purificação do DNA Bloco 1 André Vessoni Alexandrino Introdução • Você já ouviu falar de Organismos Geneticamente Modificados (OGM)? • 1º OGM: 1983 – planta do tabaco resistente a antibiótico. • Início da comercialização na China: década de 1990. • OGM não é sinônimo de transgênico. • Importância: • Resistência a herbicidas, inseticidas, pragas e doenças. • Aumento da produtividade. • Enriquecimento nutricional. • Riscos conhecidos e desconhecidos. (BAWA; ANILAKUMAR, 2013) Introdução Figura 1 - Base molecular das ciências da vida Bioquímica Biologia Molecular Compreensão da vida com base nos processos químicos Fonte: elaborado pelo próprio autor. A manipulação da informação genética Figura 2 - Projeto genoma humano e seus impactos Projeto Genoma Humano Causas de doenças Tratamento de doenças Edição de DNA Compreensão do metabolismo Fonte: elaborada pelo autor. Isolamento e purificação do DNA Figura 3 - Etapas gerais envolvidas na extração de DNA de células ou tecidos Homogeneização de células e/ou tecidos. Lise celular. Uso de agentes quelantes (exemplo: EDTA). Uso de proteases (exemplo: protease K). Extração com fenol ou fenol/ clorofórmio. Precipitação com etanol 70 a 100%. Redissolução do DNA em tampão (exemplo: TRIS-EDTA). Fonte: elaborado pelo próprio autor. Isolamento e purificação do DNA Figura 4 - Kit para extração de DNA baseado em colunas de sílica Fonte: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:DNA_Extraction_Kit.jpg. Acesso em: 20 jul. 2022. Manipulando a informação genética Eletroforese de DNA e PCR Bloco 2 André Vessoni Alexandrino Eletroforese de DNA Figura 5 - A separação de moléculas de DNA por eletroforese Fonte: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Gel_Electrophoresis_in_DNA_Fingerprinting.svg. Acesso em: 20 jul. 2022. Eletroforese de DNA Figura 6 - Imagem real de um gel de agarose corado com brometo de etídeo e irradiado com luz ultravioleta Fonte: piola666 /iStock.com. Polymerase Chain Reaction (PCR) • Reação em cadeia da Polimerase. • Amplificação de fragmentos gênicos de interesse. • Componentes: • DNA molde. • Oligonucleotídeos (primers). • Taq DNA polimerase. • Desoxirribonucleotídeos (dNTPs). • Mg2+. (WATSON et al., 2015) Polymerase Chain Reaction (PCR) Figura 7 - Esquema geral da PCR Fonte: adaptada de https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Polymerase_chain_reaction- en.svg#/media/File:Polymerase_chain_reaction-en.svg. Acesso em: 20 jul. 2022. Polymerase Chain Reaction (PCR) Figura 8 - Aplicações da PCR PCR Clonagem molecular Deleção gênica Análise da expressão gênica Bibliotecas genômicas Genotipagem Diagnóstico molecular Fonte: elaborada pelo próprio autor. Manipulando a informação genética Sequenciamento de DNA e bibliotecas genômicas Bloco 3 André Vessoni Alexandrino Sequenciamento de Sanger • Método pioneiro. • Sequenciamento do primeiro genoma humano. • Didesoxinucleotídeos (ddNTPs): terminadores da reação em cadeia da polimerase (PCR). • Separação dos fragmentos gerados por eletroforese em gel de poliacrilamida. (SCHLEIF; WENSINK, 2012) Sequenciamento de Sanger Figura 9 - Esquema ilustrativo do sequenciamento de Sanger, realizado de forma manual por eletroforese em gel de poliacrilamida Fonte: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Sanger_dd_DNA_sequencing_method.gif. Acesso em: 20 jul. 2022. Resultado do sequenciamento: 5´ TACAGTTTCAGGA 3´; Leitura deve ser feita de baixo para cima. Sequenciamento de Sanger Figura 10 - Eletroferograma resultante do sequenciamento de Sanger automatizado Fonte: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Sanger_sequencing_read_display.png. Acesso em: 20 jul. 2022. Sequenciamento de próxima geração • Utilização de vários fragmentos aleatórios ao mesmo tempo. • Captura em uma célula de fluxo por oligonucleotídeos complementares ligados à superfície. • dNTPs marcados com fluorescência. • Escaneamento por câmeras fotográficas. Bibliotecas genômicas Construção a partir de DNA cromossômico. Digestão parcial com enzimas de restrição. Geração de fragmentos de tamanhos médios. Clonagem dos fragmentos em vetores. Montagem da biblioteca genômica. Teoria em Prática Bloco 4 André Vessoni Alexandrino Situação-problema Um gene presente na bactéria fictícia da espécie Covid killer foi identificado como sendo codificante de uma proteína, que é capaz de neutralizar a infecção de humanos pelo vírus SARS-CoV-2. Você, pesquisador(a) especialista em Engenharia Genética, é responsável pelo projeto que permitirá a clonagem desse gene em Escherichia coli para fins de produção em larga escala da proteína codificada por esse gene. Para isso, o gerente de pesquisa sugere que, primeiramente, o gene seja isolado e amplificado por PCR. Considerando que a região codificante desse gene apresenta a sequência abaixo, qual seria o par de oligonucleotídeos adequado para a amplificação por PCR? 5´TACCAGAATGAGTACTACCATTCCAGGCAATGACGTAGGATTCAT 3´ 3´ATGGTCTTACTCATGATGGTAAGGTCCGTTACTGCATCCATTGTA 5´ 5´TACCAGAATGAGTACTACCATTCCAGGCAATGACGTAGGATTCAT 3´ 3´ATGGTCTTACTCATGATGGTAAGGTCCGTTACTGCATCCATTGTA 5´ Desenhando os oligonucleotídeos Os oligonucleotídeos são moléculas de DNA de fita simples, com tamanho entre 15 e 30 nucleotídeos, em média. Oligonucleotídeos hibridizam nas extremidades do fragmento gênico de interesse. O DNA molde está representado em fonte preta e os oligonucleotídeos em vermelho. 5´TACCAGAATGAGTAC 3´ 3´ACTGCATCCATTGTA 5´ Oligonucleotídeo Reverse Oligonucleotídeo Forward Dicas do(a) Professor(a) Bloco 5 André Vessoni Alexandrino Prezado aluno, as indicações a seguir podem estar disponíveis em algum dos parceiros da nossa Biblioteca Virtual (faça o login através do seu AVA). Algumas indicações também podem estar disponíveis em sites acadêmicos como o Scielo, repositórios de instituições públicas, órgãos públicos, anais de eventos científicos ou periódicos científicos, acessíveis pela internet. Isso não significa que o protagonismo da sua jornada de autodesenvolvimento deva mudar de foco. Reconhecemos que você é a autoridade máxima da sua própria vida e deve, portanto, assumir uma postura autônoma nos estudos e na construção da sua carreira profissional. Por isso, te convidamos a explorar todas as possibilidades da nossa Biblioteca Virtual e além! Sucesso! Leitura Fundamental Indicação de leitura 1 Neste artigo científico, os autores destacam a importância do sequenciamento do genoma do vírus SARS-CoV-2 no gerenciamento da pandemia da COVID-19 e no conhecimento sobre as características virais, como seus mecanismos de infecção, as taxas de reprodução e transmissão, bem como as origens evolutivas das linhagens circulantes predominantes. Referência: CAMARGO, C. H. et al. Um ano de pandemia da COVID-19: diversidade genética do SARS-CoV-2 no Brasil. BEPA - Boletim Epidemiológico Paulista, v. 18, n. 207, p. 12- 33, 2021. Indicação de leitura 2 Este artigo científico retrata uma das aplicações da técnica de PCR no âmbito das análises clínicas, especificamente no diagnóstico de uma doença infecciosa de particular interesse na obstetrícia, a toxoplasmose. Os autores descrevem o gene B1 como o principal alvo utilizado no diagnóstico por PCR e exploram as potencialidades de um teste que detecta o material genético do protozoário causador da doença. Referência: DA SILVA, J. S. et al. A importância do diagnóstico de Toxoplasma gondii em gestantes utilizando a polymerase chain reaction (PCR). Brazilian Journal of Animal and Environmental Research, v. 4, n. 1, p. 67-76, 2021. Dica do(a) Professor(a) O desenho dos oligonucleotídeos destinados à amplificação de regiões específicas de DNA, é um passo crucial para o sucesso da PCR. Nesse sentido, diversas ferramentas de bioinformática têm sido desenvolvidas com o intuitode facilitar e otimizar o desenho dos oligonucleotídeos. Além disso, essas ferramentas possibilitam a simulação in silico da reação, de modo que possíveis erros no desenho possam ser identificados antes do início do experimento propriamente dito. Um software de uso gratuito que apresenta essas potencialidades é o UGENE, que pode ser obtido por meio do site do Ugene. Referências ALBERTS, B.; JOHNSON, A.; LEWIS, J. et al. Biologia molecular da célula. 5. ed. Porto Alegre: Artmed, 2010. BAWA, A. S.; ANILAKUMAR, K. R. Genetically modified foods: safety, risks and public concerns: a review. Journal of food science and technology, v. 50, n. 6, p. 1035-1046, 2013. CAMARGO, C. H. et al. Um ano de pandemia da COVID-19: diversidade genética do SARS-CoV-2 no Brasil. BEPA - Boletim Epidemiológico Paulista, v. 18, n. 207, p. 12- 33, 2021. DA SILVA, J. S. et al. A importância do diagnóstico de Toxoplasma gondii em gestantes utilizando a polymerase chain reaction (PCR). Brazilian Journal of Animal and Environmental Research, v. 4, n. 1, p. 67-76, 2021. SCHLEIF, R. F.; WENSINK, P. C. Practical methods in molecular biology. [s.l.], Springer Science & Business Media, 2012. WATSON, J. D.; BAKER, T. A.; BELL, S. et al. Biologia molecular do gene. 7. ed. Porto Alegre: Artmed, 2015. Bons estudos!