Prova Info II comentada

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1.Considere o trecho de pseudocódigo a seguir. Ao final da execução do trecho 
abaixo, os valores de x e y são iguais, respectivamente, a: algoritmo “teste” 
var 
x, y: inteiro 
início 
x <- 2 
y <- 1 
enquanto y<10 faça 
x <- x + 2 
y <- y + 3 
fimenquanto 
escreva(x) 
escreva(y) 
 
Escolha uma opção: 
Resposta d) 8 e 10 
2. Texto da questão sobre a estrutura de genes procariotos e eucariotos e sobre o 
alinhamento de sequências biológicas, assinale Falso (F) ou verdadeiro (V) para as 
seguintes afirmativas: 
(F) A estrutura básica do gene de procariotos e eucariotos não é a mesma, porque os 
genes procarióticos não possuem sequências regulatórias. Falso porque procariotos possuem 
sequencias regulatórias no OPERON. 
 
(V) Uma das unidades organizacionais mais importantes no genoma de procariotos é o 
operon, que leva à otimização da maquinaria e economia de espaço nesses genomas. 
 
(F) Os genes procarióticos não possuem regiões intergênicas, já os eucariotos possuem. 
Falso porque procariontes possuem regiões intergênicas, eles não possuem INTRONS. 
 
(V) Os genomas de eucariotos possuem regiões codificadoras e regulatórias mais 
complexas, com a presença de éxons e íntrons. 
 
(F) O tamanho de um éxon em um genoma de eucarioto é maior do que um gene de um 
genoma procariótico. Falso porque os éxons tendem a ser curtos (cerca de 150 nucleotídeos). 
 
(V) A anotação estrutural de um gene se refere à identificação da estrutura gênica (ORFs, 
éxons, íntrons, promotores, por exemplo), já a anotação funcional leva à identificação das 
funções dos genes ou sequências. 
 
(V) Os principais algoritmos de predição gênica são (1) por similaridade e (2) ab initio, 
sendo que no primeiro são comumente realizadas análises comparativas com sequências 
presentes em bancos de dados biológicos e o segundo é dependente de sinais gênicos, 
tais como códon de início, códon de parada e sítios de splicing. 
 
X <- 2 
Y <- 1 
Enquanto y<10 
 
X<-2+2=4 
Y<-1+3=4 
 
X<- 4+2=6 
Y<- 4+3=7 
 
X<- 6+2= 8 
Y<- 7+3=10 ---→ y<10 
 
(F) A programação dinâmica pode ser usada para realizarmos o alinhamento de um 
grande número de sequências biológicas e trata-se de um algoritmo heurístico. 
 
(V) Uma das principais aplicações dos alinhamentos de sequências biológicas é a busca 
em bancos de dados biológicos, usando ferramentas como BLAST. 
 
(V) O algoritmo de Needleman-Wunsch serve para realizarmos alinhamento global de 
sequências, já o algoritmo de Smith-Waterman para alinhamentos locais. 
 
(F) O algoritmo do BLAST funciona em três etapas principais que acontecem na ordem em 
que estão apresentadas a seguir: (1) extensão, (2) seeding e (3) avaliação. Falso porque é 1. 
Seeding, 2. Extensão e 3. avaliação 
3.Texto da questão Considerando o Score e o E-value, ordena por relevância: 
(a) Score = 155 bits (393), Expect = 4e-37 ( ) Identities = 79/150 (52%), Positives = 
101/150 (67%), Gaps = 1/150 (0%) 
(b) Score = 74.3 bits (181), Expect = 2e-12 ( ) Identities = 36/105 (34%), Positives = 
57/105 (54%), Gaps = 0/105 (0%) 
(c) Score = 347 bits (889), Expect = 1e-94 ( ) Identities = 167/167 (100%), Positives = 
167/167 (100%), Gaps = 0/167 (0%) 
(d) Score = 189 bits (480), Expect = 3e-47 ( ) Identities = 88/151 (58%), Positives = 
114/151 
(75%), Gaps = 1/151 (0%) 
(e) Score = 89.7 bits (221), Expect = 4e-17 ( ) Identities = 52/127 (40%), Positives = 
68/127 (53%), Gaps = 5/127 (3%) 
Resposta: e) a3 - b5 - c1 - d2 - e4 
 
 
 
4.Texto da questão: Os algoritmos são compostos por estruturas de controle de três 
tipos: sequencial, condicional e de repetição. 
A alternativa que apresenta apenas um tipo de estrutura de controle é: Resposta letra C. 
...var 
nome: literal 
idade: inteiro 
inicio 
escreva (“Digite seu nome:”) leia 
(nome) 
escreva (“Digite sua idade: “) 
leia (idade) 
escreva (“Seu nome é:”) 
escreva (nome) 
escreva (“Sua idade é:) 
escreva (idade) 
fim... 
Considerar evalue e score: 
Evalue (quanto menor, melhor, menor acaso) 
 C – B – D – E – A 
 
Score (do maior ao menor) 
C – D – A – E – B 
 
5. Em relação aos comandos em pseudocódigo correspondentes às estruturas de 
decisão e repetição dos algoritmos, correlacione as colunas a seguir: 
Comando (pseudocódigo) 
I. Se...então (III) Estrutura de repetição com teste no final 
II. Escolha...Caso (I) Estrutura de seleção simples 
III. Repita...Até (IV) Estrutura de repetição com variável de controle 
IV. Para...Até...Faça (II) Estrutura de seleção de múltipla escolha 
6.Texto da questão Sobre Bancos de Dados Biológicos, assinale Falso (F) ou 
verdadeiro (V) para as seguintes afirmativas: 
(F) O GenBank é gerenciado pelo NCBI (National Center for Biotechnology Information) e 
possui somente sequências de genes e genomas. Falso pois tbm permite modelos de 
alinhamento, id de domínio conservados... 
 
(F) O banco de dados EMBL-Bank possui dados referentes a proteínas e genomas, mas 
não possui sequências nucleotídicas. Enquanto o DDBJ (DNA Database of Japan) possui 
dados de DNA e proteína. Falso pois o EMBL possui sequencias nucleotidicas (acho) 
 
(F) Os operadores lógicos (AND, OR e NOT) auxiliam na delimitação dos resultados das 
buscas realizadas nos Bancos de Dados Biológicos quando buscamos por proteínas, mas 
não quando buscamos por sequências nucleotídicas. 
 
(V) No SRA (Sequence read archive) do NCBI são disponibilizadas as sequências 
resultantes de corridas de sequenciamento utilizando as plataformas Illumina, Pacific 
Biosciences SMRT, entre outras. 
 
(V) A maior parte das sequências de proteínas disponíveis nos bancos de dados são 
provenientes de traduções das sequências de nucleotídeos. 
 
(F) O UniProtKB é formado pelo Swiss-Prot e pelo TrEMBL, sendo que no TrEMBL todas 
as sequências foram manualmente anotadas e submetidas pelo autor. Falso, isso ocorre no 
GenBank (ncbi) 
 
(F) Ao compararmos o GenBank com o Banco de Dados do RefSeq, podemos dizer que as 
sequências do RefSeq não são revisadas e não são submetidas pelo autor, enquanto que 
as sequências do GenBank são revisadas e há limitação das espécies incluídas nesse 
banco de dados. Falso. É ao contrário. 
No refseq, as sequencias são revisadas e inseridas apenas pelo autor, ncbi, e não há 
compartilhamento. 
no genbank, são autores, múltiplas entradas e não há revisão das sequências. 
 
(F) A maior parte dos dados depositados no Protein Data Bank (PDB) são referentes à 
estrutura tridimensional de proteínas determinadas pelo método experimental de 
ressonância magnética nuclear. É Cristalografia de raios-X, não ressonância magnética. 
 
(V) O formato de arquivo FASTA representa a estrutura primária de uma proteína ou uma 
sequência de nucleotídeos, enquanto o formato PDB contém as coordenadas atômicas de 
resíduos de aminoácidos e nucleotídeos. 
 
(V) O BLASTp é uma ferramenta para realizar a busca de sequências de proteínas e trata-
se de um algoritmo heurístico. 
 
(F) Considerando os resultados de uma busca em Bancos de Dados Biológicos utilizando a 
ferramenta BLAST podemos dizer que os resultados que obtiveram o maior E-value (valor 
E) têm menor chance de terem sido obtidos ao acaso. Falso, pois o certo é quanto menor o e-
value, menor acaso. 
7.Sobre estrutura de proteínas e métodos de determinação da estrutura de proteínas, 
assinale Falso (F) ou verdadeiro (V) para as seguintes afirmativas: 
(F) A estrutura geral de um aminoácido é formada pelo carbono alfa, o grupo amino e a 
cadeia lateral. Falso, é formado pelo grupo amino, cadeia lateral, carbono alfa e grupo R. 
 
(V) O gráfico de Ramachandran possui informações importantes sobre os ângulos psi e phi 
dos aminoácidos e com base nele podemos avaliar a qualidade estrutural de modelos 
obtidos por modelagemmolecular comparativa por homologia. 
 
(F) Existe um número menor de sequências de proteínas do que de estruturas 
tridimensionais de proteínas disponíveis nos bancos de dados biológicos. Falso, pois há um 
maior número de sequencias (estruturas primárias, do que tridimensionais). 
 
(V) A sequência primária de uma proteína contém a informação necessária para seu correto 
dobramento (também chamado de folding) e as chaperonas são capazes de acelerar esse 
dobramento. 
 
(F) O efeito hidrofóbico não é a principal força motriz do dobramento de uma proteína. 
Falso, pois é a principal força motriz. 
 
(V) Os três principais métodos teóricos para a predição da estrutura de uma proteína são: 
(1) modelagem molecular comparativa por homologia, (2) threading e (3) ab initio. 
 
(V) A modelagem molecular comparativa por homologia pode ser utilizada quando há, no 
mínimo, 25% de identidade entre a sequência alvo e a sequência molde e quando tais 
sequências se referem a proteínas homólogas. 
 
(F) Os principais passos da modelagem molecular comparativa por homologia são na 
ordem: (1) encontrar molde, (2) construção do modelo da proteína alvo, (3) alinhamento 
entre alvo e molde, (4) validação do modelo. Ordem correta: encontrar molde, alinhar alvo e 
molde, construir, validar modelo. 
 
(F) Na modelagem molecular comparativa por homologia, se as cadeias laterais são 
distintas entre a sequência alvo e a sequência molde, transferimos as cadeias laterais da 
sequência molde para o arquivo de coordenadas da sequência alvo. 
 
(V) Os erros mais comuns nos modelos de estrutura de proteínas são: (1) posicionamento 
errôneo da cadeia lateral, (2) distorções em regiões alinhadas, (3) regiões sem molde, (4) 
alinhamentos ineficientes e (5) escolha errada do molde. 
8. O pseudocódigo consiste em analisar o enunciado do problema e escrever, por 
meio de regras predefinidas, os passos a serem seguidos na resolução. Os 
algoritmos também podem ser escritos na forma de fluxograma. Sobre os símbolos 
utilizados no fluxograma da construção de algoritmos, relacione adequadamente as 
colunas. 
 
Resposta a) 3, 6, 4, 2, 1, 5. 
9. Suponha que a árvore filogenética abaixo foi obtida utilizando o método Neighbor-
Joining (figura abaixo) com base na identificação de ortólogos nos genomas de 
animais. Os números acima de cada ramo da árvore filogenética representam o 
suporte estatístico, chamado de bootstrap. Considere que um bom suporte 
estatístico deve ser um número igual ou acima de 80. 
 
 
A respeito da árvore filogenética acima, assinale Falso (F) ou verdadeiro (V) para as 
seguintes afirmativas: 
(V) Ortólogos são genes em diferentes espécies que evoluíram a partir de um ancestral 
comum por meio de eventos de especiação. 
 
(V) O método Neighbor-Joining de reconstrução filogenética utilizado para construção da 
árvore é considerado um método de distância e o método de Máxima Verossimilhança é 
um método probabilístico. 
 
(F) Human, Lemur, Colugo e Tree shrew formam um grupo monofilético, assim como 
Mouse e Rat. Falso, pois são parafiléticos. 
 
(F) Mouse, Rat e Rabbit formam um grupo polifilético, assim como Human, Lemur, Colugo 
e Tree shrew. 
 
(V) Chicken é um grupo externo e está mais próxima de Platypus e Echidna. 
 
(V) Os grandes grupos Eutheria, Metatheria e Prototheria são monofiléticos, com bom 
suporte estatístico. 
 
(F) Os principais passos de uma análise filogenética são, nessa ordem: 1. iniciar com uma 
questão biológica de interesse, 2. buscar os ortólogos nos bancos de dados, 3. identificar 
um modelo evolutivo para descrever a distância genética entre os genes e/ou espécies, 4. 
realizar o alinhamento múltiplo e 5. construir a árvore filogenética. Falso, deve-se realizar o 
alinhamento antes, para aí identificar um modelo evolutivo e descrever a distância genética. 
 
(F) A distância genética, que é uma medida de divergência genética entre espécies ou 
sequências biológicas, está representada na legenda da árvore por meio de um número de 
substituição por sítios igual a 0.1 e é sempre esse mesmo para o grupo de mamíferos. 
 
(F) Podemos dizer que os organismos que são visualmente (fenotipicamente) mais 
parecidos serão sempre geneticamente mais similares. 
10. Analise o algoritmo abaixo e responda. 
Algoritmo "cálculo" 
var 
a, b, c: inteiro 
d, e, f: logico 
início 
a <- 2 
b <- 33 
c <- 15 
d <- ((a + b * a) < ((b / c + a) - (-a + b - c))) OU NÃO(((a + b + b - a)) <= (a + b)) 
 
e <- NÃO(a + b <= b - c) E NÃO((b - c * a) <> ((b - c) + a)) 
f <- NÃO(((a + c) * a)>(c + b / a)) OU NÃO((b - c * a) = ((b - c) + a)) 
escreval (d,e,f) 
fim 
 
Os valores contidos nas variáveis d, e e f que serão impressos são, respectivamente: 
c. true, false e true.