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DNA - ácido desoxirribonucleicos Nucleotídeo é uma molécula composta por três componentes: uma pentose, uma base nitrogenada e um ou mais grupos fosfato. RNAs ribossomais ( RNArs): são componentes dos ribossomos, os complexos que executam a síntese proteíca. RNAs mensageiros (RNAms): são intermediários, carregam a informação genética de um ou poucos genes para o ribossomo onde as proteínas correspondentes podem ser sintetizadas. RNAs tranportadores (RNAts): são moléculas adaptadoras que traduzem fielmente a informação no RNAm em uma sequência específica. A molécula sem o grupo fosfato é denominada nucleosídeo. Nucleotídeos e ác. nucleicos Emanuelly Carvalho RNA- ácido ribonucleico Os nucleotídeos são os constituintes dos ácidos nucleicos repositórios moleculares da informação genética Um segmento de uma molécula de DNA que contém a informação necessária para a síntese de um produto biologicamente funcional, seja uma proteína ou um RNA, é denominado GENE. RNA tem ampla variedade de funções: DNA tendem a ser muito grande, suas únicas funções são: armazenamento e transmissão da informação biológica As bases nitrogenadas são derivadas de dois compostos, a Piridina (citosina e timina) e a Purina ( adenina e guanina). A base púrica ou pirimídica está ligada ao carbono 1' linha da pentose. E no carbono 5' da pentose está ligado o grupo fosfato. Ambos DNA ou RNA contêm duas bases púricas principais, a adenina (A) e guanina (G), e duas bases piridinas. Uma das piridinas é a citosina (C), mas a segunda piridina não é nos dois, a timina (T) no DNA e a uracila (U) no RNA. Embora o DNA e do RNA pareçam ter duas diferenças – pentoses diferentes e a presença de uracila no RNA e timina no DNA – é a pentose que define a identidade do ácido nucleico. Se o ácido nucleico contém 29- desoxi-D-ribose, é DNA por definição, embora possa apresentar alguma uracila. Da mesma forma, se o ácido nucleico contém D-ribose é RNA, independentemente da sua composição de base. 01 nucleotídeos: Em an ue lly C arv alh o Pentose São monossacarídeos (OSES) de 5 carbono na cadeia. Ác. nucleicos tem dois tipos de pentose: Ribose no DNA Desoxirribose no DNA AMBAS AS PENTOSES ESTÃO NA FORMA β–FURANOSE (ANEL FECHADO COM 5 ÁTOMOS Desoxirribonucleotídeos Ribonucleotídeos As bases de um nucléotídeo é ligada covalentemente no N-1 das piridinas e noN-9 das purinas Embora os nucleotídeos que contém as principais purinas e pirimidinas sejam as mais comuns, ambos DNA e RNA também contém algumas bases secundárias. Apresentam funções na regulação ou na proteção da informação genética. Nucleotídeos com grupos fosfato em posições diferentes do carbono 5'. São produtos finais de hidrólise do RNA por certas ribonucleases. 02 Ligações fosfodiéster ligam nucleotídeos consecutivos nos ácidos nucleicos Emanuelly Carvalho Purinas e pirimidinas livres são compostos fracamente básicos e por isso são chamados de bases. São moléculas aromáticas- uma propriedade com consequências importantes, como a absorção dos elétrons e a absorção de luz. O deslocamento dos elétrons entre os átomos no anel confere à maioria das ligações caráter parcial de ligação dupla. Todas as bases nucleotídicas absorvem luz UV, e os ác. nucleicos são caracterizados por uma forte absorção em comprimentos de onda próximo a 260nm. 03 Os nucleotídeos de ambos (DNA e RNA) são ligados covalentemente por "pontes" de grupos fosfato, onde 5'-fosfato é ligado ao 3'-hidroxil do próximo nucleotídeo, criando a ligação fosfodiéster. ligação covalente A orientação 5' para 3' de uma fita de ácido nucleico refere-se a uma extremidade da fita, não orientação da ligação fosfodiéster individual. Esqueleto covalente doa ácidos nucleicos: fosfato e resíduos de pentose alternados. Altamente polar. Bases nitrogenadas podem ser consideradas como grupos laterais. DNA e RNA são hidrofílicos. Os grupos hidroxil dos resíduos de açúcar formam ligações de hidrogênio com a água. Os grupos fosfato, com um pka próximo a 0, são completamente ionizados e carregados negativamente em pH7, e as cargas negativas são neutralizadas pela interações iônicas com cargas positivas nas proteínas, nos íons metálicos e nas poliaminas. Oligonucleotídeo: é um ácido nucleico pequeno, contendo 50 nucleotídeos pequenos ou menos. Polinucleotídeo: é um ácido nucleico maior. Propriedades das bases nucleotídicas afetam a estrutura tridimensional dos ácidos nucleicos O resultado é que as pirimidinas são moléculas planares e as purinas são muito próximas de uma estrutura planar. Bases púricas ou pirimídicas são hidrofóbicas e relativamente insolúveis em água perto do pH neutro da célula. Em pH ácido ou alcalino, as bases tornam-se carregadas e sua solubilidade em água aumenta. Interações de empilhamento hidrofóbicas em que duas ou mais bases são posicionadas com os planos de seus anéis em paralelo é uma das formas mais importantes entre bases nos ác. nucleicos. Emanuelly Carvalho 04 Envolve as combinações de interações (dipolo-dipolo) e Van der Waals entre as bases. Ajuda a minimizar o contato da base com a água. São importantes na estabilização da estrutura tridimensional dos ác. nucleicos. EMPILHAMENTO Os padrões mais comuns de ligações de hidrogênio são aqueles definidos po Watson e Francis, onde A liga-se especificamente a T (ou U) Adenina- Timina (ou Uracila) Citosina- Guanina Esse pareamento que permite a duplicação da informação genética. funções: Componentes dos ác. nucleicos- DNA e RNA- reservatório da informação genética. Compostos ricos em energia Funcionam como sinas químicos- respondem a hormônios e outros estímulos do cAMP. Componentes estruturais de vários cofatores enzimáticos e de intermediários metabólicos. Direcionam os processos metabólicos de todas as células ATP (adenosina trifosfato). ácidos nucleicos: Descobertos em 1968 por Frederich Miescher. Acreditando que estas substâncias fossem encontradas apenas nos núcleos das células, denominou-as ácidos nucleicos. Atualmente sabe-se que são encontrados também em cloroplastos e nas mitocôndrias. São macromoléculas constituída por unidades de "nucleotídeos" . Ou seja, são polímeros de nucleotídeos, ou ainda, são polinucleotídeos. Coordenam a síntese das enzimas ( e proteínas). Determinam as características dos indivíduos, como cor dos olhos, estatura, tendências de comportamento, doenças hereditárias (diabetes hemofilia, daltonismo), etc. Controlam o metabolismo, a reprodução e constituem o material genético ou hereditário de todos os seres vivos. funções: Tipos: DNA: A pentose é uma desoxirribose e as bases pirimídicas comuns são Timina e Citosina e as púricas são Adenina e Guanina. RNA: A pentose é uma ribose e as bases comuns são Uracila e Citosina e as púricas são Adenina e Guanina. Estrutura dos ác. nucleicos Emanuelly Carvalho A composição de bases do DNA, em geral varia de uma espécie para a outra. A composição do DNA de tecidos da mesma espécie tem a mesma composição de bases. A composição de uma base de DNA em uma espécie não muda com a idade do organismo, seu estado nutricional ou a mudança de ambientes. Em todos os DNAs celulares, o número de resíduos da adenosina é igual ao número de resíduos da timina (A=T) e o número de resíduos da guanina é igual ao número de resíduos da citosina (G=C). A soma dos resíduos de purina é igual à soma dos resíduos de pirimidina, A+G=T+C. 05 Regras de Chargaff Em 1953, Rosalind e Maurice postularam o modelo tridimensional, que consiste em duas cadeias de DNA helicoidais enroladas em torno do mesmo eixo para formar uma hélice dupla de orientação para a direita. 2 cadeias independentes • Dupla hélice, sentido direito • Hélices antiparalelas • Complementariedade das bases • Bases (hidrofóbicas e planas) no interior • Bases interfitas ligadas por pontes de hidrogênio • Eixo externo hidrofílico – fosfato e desoxirriobose alternados – orientados para água circundante • Bases púricas e pirimídicas das fitas estãoempilhadas dentro da dupla hélice, com suas estruturas hidrofóbicas em forma de anel e quase planares muito perto uma da outra e perpendiculares ao eixo longitudinal Pareamento perfeito das duas fitas- Sulco maior e sulco menor. 3 LIGAÇÕES DE HIDROGÊNIO ENTRE G E C 2 LIGAÇÕES DE HIDROGÊNIO ENTRE A E T É importante lembrar que podem ser formadas três lig. de hidrogênio entre G e C , mas apenas duas entre A e T. Duas cadeias polinucleotídicas antiparalelas da hélice dupla de DNA não são idênticas nem na sua sequência de bases e nem na sua composição. Elas são complementares uma à outra. Sempre que a adenina está presente em uma cadeia, a timina é encontrada na outra; da mesma forma, com a guanina e citosina. Lig. de hidrogênio entre os pares complementares. Interações de empilhamento de bases (determinam a estabilidade da hélice). A hélice dupla de DNA, é mantida unida por duas forças: O DNA pode ocorrer em formas tridimensionais diferentes O DNA é uma molécula extremamente flexível- importantes no metabolismo. Rotação considerável é possível em torno de vários tipos de ligações no esqueleto açúcar-fosfato. Flutuação térmica pode produzir dobramento, alongamento e desnaturação (fusão) nas cadeias. Variações estruturais geralmente não afetam as propriedades-chave do DNA, como: Complementaridade das cadeias Cadeias antiparalelas Exigência do paramento A=T e G = C Emanuelly Carvalho Diferentes conformações possíveis da dexirribose; Rotação em torno das ligações contíguas que constituem o esqueleto da fosfodesoxirribose; Rotação livre em torno da ligação C-1'-N- glicosídica Variação da estrutura do DNA se deve: Outras variações estruturais dependentes de sequência. Podem ocorrer curvaturas na hélice de DNA, sempre que quatro ou mais resíduos de adenosina apare�cem sucessivamente em uma cadeia. Um tipo de sequência de DNA bem comum é um pa�líndromo. Um palíndromo é uma palavra ou frase escrita de forma idêntica se for lida da esquerda para a direita ou vice-versa; dois exemplos são OMISSÍSSIMO e LUZ AZUL. A curvatura observada nessa e em outras sequências pode ser importante na ligação de algumas proteínas ao DNA. O termo é aplicado a regiões de DNA com repetições invertidas de sequências de bases tendo simetria dupla nas duas cadeias de DNA A estrutura de Watson e Crick também é conhecida como forma B do DNA ou B-DNA. A forma B é a estrutura mais estável para uma molécula de DNA de sequência aleatória sob condições fisiológicas, sendo, desta forma, o ponto de referência padrão em qualquer estudo das propriedades do DNA. Estruturas incomuns Tais sequências são autocomplementares dentro de cada cadeia e, conse�quentemente, têm potencial para formar estruturas cru�ciformes (em formato de cruz) ou em grampo. As repetições de ima�gem especular não têm sequências complementares den�tro da mesma cadeia e não formam grampos ou estruturas cruciformes. 06 Características e propriedades do DNA RNA atua como intermediário pelo uso da informação codificada no DNA para especificar a sequência de aminoácidos da proteína funcional. É encontrado tanto no núcleo quanto no citoplasma e um aumento na síntese proteica, é acompanhado por um aumento na quantidade de RNA citoplásmico e um aumento da sua taxa de renovação. Carrega a informação genética do DNA. rRNAmRNA tRNA mRNA Carrega a informação genética do DNA para os ribossomos, para a síntese proteíca. Fornecem os moldes que especificam as sequências de AA nas cadeias polipeptídicasEm an ue lly C arv alh o • MONOCISTRÔNICO – EUCARIOTOS • POLICISTRÔNICO – PROCARIOTO Moléculas adaptadoras na síntese proteica. São logados covalentemente a um AA na extremidade. Pareiam com um mRNA de forma que os AA são unidos a um polipeptídio na sequência correta. Traduzem informação do mRNA em AA. tRNA rRNA São componentes dos ribossomos. RNAs de função especial- ribozimas- possuem atividade enzimática. As funções diversas refletem a diversidade de uma estrutura muito mais rica do que a observada em moléculas de DNA. As funções diversas e muitas vezes complexas desses RNAs refletem a diversidade de uma estrutura muito mais rica do que a observada em moléculas de DNA. O produto de transcrição do DNA é sempre RNA de fita simples. A cadeia simples tende a assumir a conformação helicoidal à direita dominada por interações de empilha�mento de bases, as quais são mais fortes en�tre duas purinas. O pareamento de bases é igual ao padrão para DNA: G pareia com C e A pareia com U (ou com o ocasional resíduo de T em alguns RNA). As cadeias pareadas no RNA ou nos duplex RNA- DNA são antiparale�las, como no DNA. As estruturas tridimensionais de muitos RNAs, Inte�rações fracas, especialmente interações de empilhamento, ajudam a estabilizar as estruturas de RNA. Quebras na hé�lice normal de forma A causadas pelo pareamento incorreto ou não pareamento de bases em uma ou ambas as cadeias são comuns e resultam em protuberâncias ou alças inter�nas. Alças do tipo grampos formam-se entre sequências autocomplementares (palindrômicas) vizinhas. como aquelas das proteínas, são complexas e únicas. Química dos ácidos nucleicos O papel do DNA como repositório da informação genética depende em parte da sua estabilidade inerente. As transformações químicas que ocorrem geralmente são muito lentas na ausência de um catalisador enzimático. Processos como carcinogênese e envelhecimento podem estar intimamente ligados ao acúmulo lento e irreversível de alterações no DNA. Outras alterações, não destrutivas, também ocorrem e são essenciais para a função, como a separa�ção das cadeias que deve preceder a replicação do DNA ou a transcrição. Soluções de DNA nativo isolado cuidadosamente podem ser muito viscosas em pH 7,0 e em temperatura ambiente (25ºC). Calor e valores de pH extremos desnaturam proteínas globulares, eles também causam desnaturação, ou fusão, da dupla-hélice do DNA. DNA e RNA podem ser desnaturados 07 Emanuelly Carvalho Nenhuma ligação covalente no DNA é rompida. A renaturação da molécula do DNA é um processo rá�pido de uma etapa, contanto que um segmento helicoidal duplo de pouco mais de uma dúzia de resíduos ainda mantenham as duas cadeias unidas. Quando a temperatura ou o pH retornam para a faixa em que a maioria dos organis�mos vivem, os segmentos desenrolados das duas cadeias espontaneamente se enrolam, ou pareiam, para produzir o duplex intacto. A renaturação pode ocor�rer em duas etapas: 1- relativamente lenta, as duas cadeias “acham” uma à outra por colisões aleatórias e formam um segmento pequeno de dupla-hélice comple�mentar. 2- etapa é muito mais rápida: as bases não pareadas remanescentes vêm sucessivamente se apresen�tando como pares de bases, e as duas cadeias se unem, como se fosse o fechamento de um zíper, para formar a dupla-hélice. Rompimento das ligações de hidrogênio entre pares de bases e de bases empilhadas causam desenrolamento da dupla hélice para formar duas cadeias simples, completamente separadas uma da outra. Nucleotídeos e ácidos nucleicos sofrem transformações não enzimática Purinas e pirimidinas, juntamente com os nucleotídeos dos quais elas são parte, sofrem alterações espontâneas na sua estrutura covalente. muito lento Alterações na estrutura do DNA que produzem mudanças permanentes na informação genética codificadas pelo DNA são chamadas de mutações o acúmulo de mutações em um organismo individual e os processos de envelhecimento e carcinogênese. Várias bases nucleotídicas sofrem perda espontânea de seus grupamentos amino exocíclicos (desaminação) A depurinação de ribonucleotídeos e do RNA é muito mais lenta e, em geral, não é considerada fisiologicamente significativa Outras reações são promovidas pela radiação. A luz UV induz a condensação de dois grupos etilenos para formar um anel ciclobutano. Na célula, a mesma reação entre bases pirimídicas adjacentes nos ácidos nucleicos forma dímeros pirimídicos ciclobutanos.Isso ocorre mais frequentemente entre resíduos de timina adjacentes na mesma hélice de DNA O DNA também pode ser danificado por reagentes quí�micos introduzidos no ambiente como produtos de ativida�de industrial. Tais produtos podem não ser prejudiciais por si só, mas podem ser metabolizados pelas células em formas que o são. Existem duas classes principais desses compos�tos: (1) agentes desaminantes, especial�mente ácido nitroso (HNO2) ou compostos que podem ser metabolizados a ácido nitroso ou nitritos e (2) agentes al�quilantes. 08Emanuelly Carvalho
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