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[Laboratório Virtual - Hibridização] Segundo o roteiro de hibridização, o sucesso dessa prática depende da capacidade do DNA de se anelar às sequências complementares após a desnaturação (período em que a fita de DNA é simples). Dessa forma, o ponto de fusão do DNA, ou seja, o momento em que ocorre a ruptura das pontes de hidrogênio e a abertura da dupla fita de DNA, varia de um organismo para outro. O ponto de fusão do DNA também depende da quantidade de pares de base G-C e A-T, sendo que, quanto mais pares G-C, maior o ponto de fusão do genoma. Isso ocorre porque o par G-C é mais estável, apresentando três pontes de hidrogênio, enquanto o par A-T conta apenas com duas. Após o anelamento da sonda com sua sequência-alvo complementar, o padrão de hibridização é visto em microscópio de fluorescência. Além do ponto de fusão, outros fatores podem interferir na hibridização da sonda de DNA. Sobre esses fatores, analise as opções a seguir: I- Temperatura de fusão. II- pH alto para produzir condições de hibridização. III- Concentração de cátions monovalentes. IV- Presença de solventes orgânicos. Assinale a alternativa CORRETA: A As opções I, II, III e IV estão corretas. B Somente a opção III está correta. C Somente a opção I está correta. D Somente a opção II está correta. 2 [Laboratório Virtual - Hibridização] Segundo o sumário da aula prática, a hibridização é uma técnica que tem o princípio da complementariedade das bases nitrogenadas dos ácidos nucleicos como base (adenina com timina e citosina com guanina). Essa técnica consiste, de forma básica, em localizar sequências de interesse no genoma de quaisquer organismos, hibridizando-as ao próprio DNA da espécie. Considerando a aula prática de hibridização, assinale a alternativa CORRETA: A A técnica de FISH utiliza a marcação de vários genes. B A técnica de CGH array é avaliada diretamente no microscópio, sem o uso de scanner. C Ao final da reação é possível visualizar as células marcadas com pontos verdes e vermelho. D O reagente DAPI é adicionado logo no início da reação, junto à sonda na técnica de FISH, sem necessidade de incubação. 3Para construir uma biblioteca de DNA, utiliza-se técnicas de clivagem com enzimas de restrição e clonagem em vetor. Com base nas etapas para construção de uma biblioteca de DNA, ordene os itens a seguir: I- Fragmentos de DNA são inseridos em vetores idênticos e ligados através da DNA ligase. II- Clivado do DNA com uma enzima de restrição, formando centenas a milhares de fragmentos de DNA. III- Inserção do vetor em células hospedeiras, produzindo a clonagem dos diferentes fragmentos. IV- Extrair e isolar o DNA genômico de uma célula, tecido ou até mesmo de um organismo. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A I - IV - III - II. B I - III - II - IV. C IV - II - III - I. D IV - II - I - III. 4Os ciclos do PCR (reação em cadeia da polimerase) são críticos para o sucesso da técnica. Em torno de 20-40 ciclos são programados no termociclador, a fim de se obter milhares de cópias de DNA. Sobre os ciclos do PCR associe os itens, utilizando o código a seguir: I- Desnaturação. II- Anelamento. III- Extensão. ( ) Estágio em que os primers se ligam à fita do DNA na sua sequência complementar. ( ) Estágio inicial, em que ocorre abertura da dupla fita, liberando os nucleotídeos de cada uma das fitas simples. Esta etapa ocorre em uma alta temperatura, em cerca de 95º C. ( ) Estágio correspondente à adição de nucleotídeos pela DNA polimerase específica, denominada como Taq DNA polimerase, em uma temperatura de 72º C. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A I - II - III. B III - II - I. C I - III - II. D II - I - III. 5A descoberta da estrutura do DNA, por James Watson, Francis Crick, Maurice Wilkins e Rosalind Franklin, em 1950, possibilitou o entendimento a respeito da replicação e transmissão da informação genética de uma célula à outra. Sobre o DNA, assinale a alternativa CORRETA: A O DNA é uma estrutura em dupla hélice, composta pela pentose, denominada desoxirribose, os nucleotídeos, adenina, timina, citocina e guanina, e fosfato. B O DNA é uma estrutura em fita simples, composta pelos nucleotídeos adenina, timina, citosina e guanina. C O DNA é composto por cinco nucleotídeos, adenina, uracila, timina, guanina e citosina. D O DNA é formado por duas fitas que não se complementam entre si. 6Uma das técnicas essenciais em biologia molecular é a capacidade de sequenciar o gene de um organismo. Esse sequenciamento é importante, pois identifica possíveis mutações, cadeias de transmissão e origem da chegada do vírus a uma região específica. De acordo com as técnicas empregadas para o sequenciamento de DNA, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) Os didesoxinucleotídeos (ddNTP) são utilizados para o sequenciamento com o método de Sanger, em que, posteriormente, faz-se a identificação da sequência com eletroforese. ( ) O pirosequenciamento tem como base a formação de pirofosfato a cada novo nucleotídeo adicionado à nova fita. ( ) O método empregado na plataforma Illumina foi a base para o desenvolvimento dos testes de sequenciamento que conhecemos atualmente, sendo a primeira geração de sequenciamento de DNA. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A F - F - V. B V - V - F. C V - F - V. D V - F - F. 7 "A PCR pode ser precedida por uma reação de transcrição reversa (RT) para a obtenção de cDNA a partir de RNA (RT-PCR), representando, por exemplo, uma possibilidade de análise de expressão gênica em células ou tecidos" (SANTOS, 2004, s.p.). Sobre os componentes essenciais para a realização da técnica de PCR e RT-PCR, analise as sentenças a seguir: I- Para o processo de PCR convencional, utiliza-se a fita molde de DNA, os nucleotídeos ou dNTPs, os primers e a Taq DNA polimerase. II- Para o processo de RT-PCR, é utilizada uma enzima denominada como termoestável, como a Taq DNA polimerase. III- Para o processo de RT-PCR, utiliza-se a fita molde de mRNA, os nucleotídeos ou dNTPs, primers oligodT e enzima transcriptase reversa. Assinale a alternativa CORRETA: Fonte: SANTOS, Carlos Ferreira dos et al. Transcrição reversa e reação em cadeia da polimerase: princípios e aplicações em odontologia. J. Appl. Oral Sci., v. 12, n. 1, p.1-11, 2004. A As sentenças I e III estão corretas. B Somente a sentença I está correta. C As sentenças II e III estão corretas. D As sentenças I e II estão corretas. 8O uso de bibliotecas de DNA ou cDNA permitem a manutenção e replicação do material genético em grandes coleções mantidas em colônias de bactérias, nas quais um fragmento específico de DNA ou um gene podem ser procurados. Sobre as bibliotecas de DNA e cDNA, avalie as asserções a seguir e a relação proposta entre elas: I- A bactéria E. coli é a principal célula hospedeira utilizada no processo de clonagem em vetores, inclusive na construção de bibliotecas de DNA e cDNA, em que cada bactéria irá internalizar apenas um vetor. PORQUE II- Assim que o vetor é inserido, em condições adequadas de diluição e meio de cultivo, em poucas horas corre a formação de diversos clones dos fragmentos inseridos, sendo cada um encontrado em uma colônia diferente de crescimento bacteriano. Assinale a alternativa CORRETA: A As asserções I e II são proposições falsas. B As asserções I e II são proposições verdadeiras, e a II é uma justificativa da I. C A asserção I é uma proposição falsa, e a II é uma proposição verdadeira. D As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I. 9O gráfico a seguir ilustra uma curva de amplificação da PCR em tempo real. De acordo com a interpretação do gráfico, classifique V para as sentenças verdadeiras e F para as falsas: ( ) A amostra A possui maior quantidade do gene avaliado, uma vez que possui menorCt. ( ) A amostra C possui maior quantidade de amostra, pois quanto maior o Ct, maior a quantidade de material disponível para iniciar a amplificação do gene de interesse. ( ) A amostra B ultrapassou o Threshold após o ciclo 20, apresentando uma quantidade intermediária de amostra, quando comparadas às amostras A e C. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A V - F - V. B V - V - F. C F - F - V. D V - F - F. 10Existem diferentes formas de sequenciar um genoma, sendo que cada uma se aplica dependendo da realidade do pesquisador em questão, podendo ser técnicas recentes, que são mais robustas e sofisticadas, ou então, técnicas mais antigas, que, ainda assim, demonstram um excelente resultado, apesar de serem mais complicadas e menos automatizadas. Sobre essas técnicas, associe os itens, utilizando o código a seguir: I- Sequenciamento de Sanger. II- Next Generation Sequencing. III- Sequenciamento de terceira geração. ( ) Método de primeira geração, mais conhecido por utilizar nucleotídeos terminados de cadeia (ddNTP). ( ) Método que permite a análise da sequência de nucleotídeos em uma única molécula de DNA, sem a necessidade de amplificação dessa molécula, em tempo real. ( ) São métodos de nova geração, que não utilizam nucleotídeos terminadores de cadeia para o processamento das amostras. Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA: A I - III - II. B III - II - I. C I - II - III. D II - I - III.
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