BIOINFORMATICA TEMA 1

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03017 - INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA
	 
		
	
		1.
		Nos organismos __________ a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as ___________ regulam essa compactação. A reação de _________ ocorre o maior enovelamento, já a reação de ____________ faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. 
	
	
	
	 procariotos / polimerase /acetilação / metilação
	
	
	eucariotos / polimerases / acetilação / metilação
	
	
	procariotos / polimerase / metilação / acetilação
	
	
	procariotos / histona / metilação /acetilação
	
	
	 eucariotos / histona / metilação / acetilação
	Data Resp.: 18/07/2023 14:53:40
		Explicação:
Nos organismos eucariotos a expressão de um determinado gene é dependente do quão enovelado o DNA está, as histonas regulam essa compactação. A reação de metilação ocorre o maior enovelamento, já a reação de acetilação faz com que o DNA fique mais relaxado, possibilitando sua expressão. Os organismos procariotos apresentam outro tipo de regulação, como a presença do operon lac. As polimerases são enzimas responsáveis enzima que catalisa a reação de polimerização de ácidos nucleicos a partir dos seus monômeros.
	
	
	 
		
	
		2.
		A determinação da estrutura do Ácido Desoxirribonucléico foi um marco importante para a Biologia, esclarecendo como a informação hereditária é codificada em sequências de nucleotídeos de DNA nas células. A respeito desse tema, analise as alternativas a seguir:
I. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA, que codificam proteínas (íntrons), intercalados com longos segmentos de DNA não codificantes (éxons).
II. As sequências de íntrons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de éxons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing.
III. O dogma central da biologia nos mostra o fluxo de informações que vai do DNA até a formação de uma unidade proteica, na ordem DNA > transcrição > RNAm > tradução > proteína
IV. Eucromatina é o nome dado ao padrão de cromatina desenovelado do DNA.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	III e IV.
	
	
	I e II.
	
	
	I e III.
	
	
	II e IV.
	
	
	II e III.
	Data Resp.: 18/07/2023 14:57:47
		Explicação:
As sequências de éxons são transcritas em RNAm enquanto as sequências de íntrons são removidas por meio de um processo conhecido como splicing de RNA. Os genes humanos são de grande tamanho e são constituídos de segmentos relativamente curtos de DNA. Durante a regulação de quais genes irão ser transcritos, temos a formação de regiões mais condensadas, que não são transcritos a heterocromatina e regiões com padrão de cromatina desenovelado que o DNA assume quando está aberto para a chegada da maquinaria de expressão ou replicação. O padrão desnovelado recebe o nome de eucromatina.
	
	
	 
		
	
		3.
		A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido bastante empregada para o desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes avanços científicos. A seguir são listadas algumas técnicas da bioinformática. Assinale a alternativa que indica a técnica que tenta prever a atividade biológica de um composto baseado em equações estatísticas.
	
	
	
	Ancoramento molecular
	
	
	Modelagem molecular
	
	
	Alinhamento molecular
	
	
	Dinâmica molecular
	
	
	QSAR
	Data Resp.: 18/07/2023 14:58:52
		Explicação:
O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar uma equação que quando resolvida tenta prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor. O alinhamento molecular visa identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento molecular infere a modelagem molecular, para construir um modelo tridimensional e é utilizado para obter uma pose do ligante com o alvo e a dinâmica molecular para analisar como as interações acontecem, mimetizando o organismo.
	
	
	 
		
	
		4.
		O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de um novo alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a alternativa correta:
	
	
	
	 O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em diversas outras técnicas de bioinformática.
	
	
	É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que possamos identificar qual é a correta.
	
	
	É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, dentro de um ambiente virtual, o mais próximo possível da realidade.
	
	
	É capaz de identificar se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene com função em comum.
	
	
	O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm.
	Data Resp.: 18/07/2023 14:59:58
		Explicação:
O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA ou proteínas, a partir de um algoritmo de pontuação. Assim podemos identificar genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O alinhamento não armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm, não compara sequencias para dizer qual é a correta, não realiza o modelamento de proteínas e não realiza a modelagem molecular, etapa posterior ao alinhamento e não tem a finalidade de alinhar proteínas o mais próximo da realidade, e sim encontrar os melhores alinhamentos entre as proteínas já cadastradas no banco de dados.
	
	
	 
		
	
		5.
		Na era pós-moderna, com o advento e a consolidação da revolução robótica no século XX, foi possível aprimorar a criação de tecnologias computacionais nas mais variadas áreas do conhecimento, o que tem provocado profundas mudanças sociais em âmbito individual e coletivo. Nesse cenário, a bioinformática ou biocomputação surge na década de 1980, a fim de superar as fronteiras das ciências pelo desenvolvimento de novas abordagens capazes de promover a análise e a apresentação de dados biológicos, bem como de garantir a investigação de novos métodos para a resolução de complexas perguntas.
Fonte: ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática analise as afirmativas a seguir:
I. A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que combina diferentes disciplinas, com destaque para a Estatística, biologia, química, informática e física.
II. A bioinformática possibilitou a interpretação da linguagem dos de genes por algoritmos.
III. Atualmente, os programas de computadores estão muito modernos, e é possível realizar todas grandes análises de forma rápida e precisa, como prever a ligação de diferentes átomos em uma molécula.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	II.
	
	
	I.
	
	
	III.
	
	
	I e III.
	
	
	I e II.
	Data Resp.: 18/07/2023 15:08:31
		Explicação:
Existem diversas ciências envolvidas com a bioinformática, que desfrutam do seu avanço, entretanto as áreas mais intimamente ligadas de acordo com a questão 17 são: Estatística, biologia, química, informática e física. Essa nova ciência permitiu que algoritmos fossem criados auxiliando na interpretação de genes, alinhamentos dos genes, descobrir sequências e funções de genes desconhecidas. No entanto, ainda precisamos de programas de computadores mais avançados, para por exemplo, analisar as dinâmicas moleculares (interação de átomos de diferentes proteínas), mas complexas e mais longas.
	
	
	 
		
	
		6.
		Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maiorfluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....).
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8.
A seguir são listadas algumas aplicações da bioinformática.  Analise as afirmativas a seguir:
I. Identificação de alvos proteicos com potencial para serem modificados diretamente pela interação com fármacos.
II. A identificação de moléculas que poderão atuar como princípio ativo na elaboração de produtos terapêuticos, inibindo ou acelerando certas reações bioquímicas, poderá apresentar efeitos sobre a cura ou a atenuação da doença.
III. Proporcionar melhor entendimento dos processos evolutivos e das relações filogenéticas.
IV. Amplificação do material genético para a verificação quantitativa e qualitativa de um determinado DNA em uma amostra biológica. 
V. Identificar a expressão gênica durante um tumor, identificar suas alterações para que genes defeituosos, ausentes ou superativados sejam reconstruídos ou desligados, para garantir o desenvolvimento de medidas terapêuticas ou preventivas contra tumores e agentes infecciosos.
Assinale a opção correta.
	
	
	
	I, II e III.
	
	
	Apenas II.
	
	
	Apenas I.
	
	
	Apenas III e IV.
	
	
	I, II, III e V.
	Data Resp.: 18/07/2023 15:07:03
		Explicação:
A bioinformática é a ciência integra essencialmente o desenvolvimento de programas computacionais para tratar dados biológicos preexistentes e identificar sequências de genes, predizer a configuração tridimensional das proteínas, identificar inibidores enzimáticos, promover o agrupamento de proteínas, estabelecer árvores filogenéticas e analisar experimentos da expressão gênica. No entanto, ela não amplifica o DNA para a sua detecção em uma amostra biológica, essa análise é realizada pela reação de polimerase da cadeia, que pode apenas detectar a presença (qualitativa) ou então verificar a concentração (quantitativa). As demais alternativas estão corretas.
	
	
	 
		
	
		7.
		(adaptada de IBADE - 2018 - Prefeitura de Presidente Kennedy - ES - Biólogo ) As informações genéticas nos seres vivos são codificadas por bases nitrogenadas que constituem os ácidos nucléicos. Analise as sequências de nucleotídeos a seguir.
Fita 1 - CCCTATACGCTAGCATGACTT
Fita 2 - GGGATATGCGATCGTACTGAA
A seguir são listadas algumas características sobre as fitas de nucleotídeo 1 e 2. Assinale a alternativa correta:
	
	
	
	As fitas 1 e 2 são complementares, formando juntas um segmento do DNA.
	
	
	Na fita 1 e 2 existem 21 códons e 07 nucleotídeos
	
	
	As fitas analisadas constituem um segmento de uma molécula de RNA.
	
	
	Se considerarmos a fita 1 como a fila molde, o RNAm formado por esta sequência apresentará as mesmas bases nitrogenadas da fita 2.
	
	
	Na fita 1 existem 30 códons e 15 nucleotídeos.
	Data Resp.: 18/07/2023 15:01:56
		Explicação:
Tanto a sequência de nucleotídeos 1 e 2 apresentam 21 nucleotídeos e 7 códons (um códon equivale a 3 nucleotídeos). Como ambas as fitas apresentam as bases C, G, A e T elas são representativas do DNA e não do RNA. Para ser uma fita de RNA deveria apresentar as bases C, G, A e U. Além disso, se observarmos as fitas vemos que 1 e 2 são complementares, ou seja, no lugar que temos uma base C na outra fita equivale a G, e no lugar que temos uma base A na outra fita equivale a t e vice-versa, representando as duas fitas de DNA, que são complementares entre si.
	
	
	 
		
	
		8.
		(ADAPTADA DE ENADE 2013- biomedicina)
Os mecanismos envolvidos na expressão e interação dos genes, assim como a compreensão das redes funcionais estabelecidas pelas proteínas, fazem com que, no cenário científico atual, a genômica e a proteômica estejam cada vez mais em evidência. Quatro são os principais bancos de dados utilizados para as diferentes análises de nucleotídeos. Um deles é o INSDC (INTERNATIONAL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE), que disponibiliza um repertório de sequências e é resultado da associação de três bancos de dados parceiros, o DDBJ (DATA BANK OF JAPAN), o EMBL (EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE) e o GenBank. Devido à sua designação como provedor de dados primários, EMBL/DDBJ/GenBak é fonte inicial de muitos bancos de dados em biologia molecular. Como exemplos de bancos de dados de sequências genômicas secundárias, pode-se citar o Ensembl, o RefSeq e o Genome Review, que representa uma versão da sequência original de um cromossomo ou plasmídeo, com informações importadas de fontes que incluem o UniProt (UNIVERSAL PROTEIN RESOURCE), o Gene Ontology (GO), o projeto GOA (GO ANNOTATION), o InterPro e o HoGenom, além de serem disponibilizadas referências cruzadas com 18 bancos de dados.
Fonte: ESPINDOLA, F. S. et al. Recursos de bioinformática aplicados às ciências ômicas como genômica, transcriptômica, proteômica, interatômica e metabolômica. Bioscience Journal, Uberlândia, v. 26, n. 3, p. 463-477, Maio/Junho 2010 (adaptado).
I. As informações disponíveis nos bancos de dados de sequências possibilitam o desenvolvimento de pesquisas in sílico (realizadas em programas de computador), dependendo dos métodos interpretativos e programas de análises envolvidos.  
PORQUE
II. Os bancos de dados de sequências fornecem informações sobre diversos genes, que podem ser utilizadas de forma rápida, independentemente do tipo de processamento.
A respeito dessas asserções, assinale a opção correta:
	
	
	
	A asserção I é uma proposição verdadeira enquanto a II é falsa.
	
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras, mas a II não é uma justificativa da I.
	
	
	A asserção I é uma proposição falsa e a II é uma proposição verdadeira.
	
	
	As asserções I e II são proposições falsas.
	
	
	As asserções I e II são proposições verdadeiras e a II é uma justificativa da I.
	Data Resp.: 18/07/2023 15:04:19
		Explicação:
Em relação a proposição I e II são verdadeiras, pois as informações disponíveis nos bancos de dados, como sequências de genes, quanto proteínas) possibilitam a sua utilização em pesquisa in sílico de forma rápida.
	
	
	 
		
	
		9.
		Desde a descoberta da estrutura do DNA e do desenvolvimento da biologia molecular, o homem vem buscando novas alternativas que o auxiliem na busca por maior fluidez nos trabalhos de pesquisa, acelerando a geração de processos e produtos. A bioinformática tem contribuído para avanços na pesquisa básica, mas também na ciência aplicada (....).
Fonte: adaptado de ARAÚJO, N. D.; et al. A era da bioinformática. Estud Biol. 2008 jan/dez;30(70/71/72):143-8. Sobre a bioinformática, analise as afirmativas a seguir:
I. O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a detecção dos genes que compõem o DNA humano. Concluído em 1990, esse projeto contou com o apoio decisivo da bioinformática.
II. A biologia computacional é um campo de pesquisa diferente ao da bioinformática.
III. Uma das aplicações da bioinformática é o alinhamento de sequencias que tem como objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
É correto o que se afirma em:
	
	
	
	I e II.
	
	
	I e III.
	
	
	I. 
	
	
	II. 
	
	
	III. 
	Data Resp.: 18/07/2023 15:07:12
		Explicação:
Bioinformática e a biologia computacional são duas utilizadas como sinônimos e tem como objetivo a aplicação de ferramentas computacionais para coletar, armazenar, analisar, manipular, apresentar e compartilhar dados biológicos. Mas é importante ressaltar que segundo o NCBI a Biologia computacional é uma área de pesquisa que tem como foco principal problemas de pesquisa específicos em biologia. O projeto genoma foi iniciado na década de 90, e tinha como objetivo o desvendar por completo o DNA do ser humano. Após 13 anos para a conclusão desse projeto, a bioinformática mais uma vez foi essencial, pois a partir de programas de computador específicos, os pequenos trechos sequenciados eramadicionados a um grande banco de dados e encaixados no seu devido lugar, formando um único arquivo editável em que todos os participantes do trabalho.
	
	
	 
		
	
		10.
		As proteínas são biomoléculas construídas a partir de ligações peptídicas formadas no ribossomo, com a sua sequência dada pela ordem dos códons de RNAm, que foram transcritos do DNA. A forma que as proteínas se consolidam depende dos resíduos de aminoácidos que as compõem. Dentre os aminoácidos existem quatro classes: com carga (positivo ou negativo), polares (sem carga), apolares e os casos especiais (que se comportam de forma única). Sobre esse assunto analise as afirmativas a seguir:
I. Os aminoácidos são classificados em dois grandes grupos, são eles polares ou apolares.
II. O conjunto total das interações entre os resíduos forma a conformação final da proteína (basicamente a forma tridimensional que ela assume) e esta é fundamental para sua função.
III. A interação entre os aminoácidos ligações de hidrogênio formando α-hélices ou dobrando sua estrutura.
 É correto o que se afirma em:
	
	
	
	I e II, apenas.
	
	
	II, apenas.
	
	
	I e III, apenas.
	
	
	II e III, apenas.
	
	
	I, apenas.
	Data Resp.: 18/07/2023 15:00:49
		Explicação:
Existem quatro classes que os aminoácidos podem se incluir são eles: com carga polares (positivo ou negativo), polares sem carga, apolares e os casos especiais (que se comportam de forma única). Dependendo da carga dos aminoácidos que compõem uma sequência de peptídeos pode ocorrer uma interação do tipo ligação de hidrogênio e assim formar uma α-hélice ou dobrar a sua estrutura, ou uma repulsão. Essas interações podem irão fornecer a estrutura de cada proteína. Cada conformação tridimensional é de extrema importância para o funcionamento da proteína, pois irá possibilitar interação com enzimas, cofatores, funcionar como um canal para a passagem seletiva de alguma substância, entre outras funções.