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@LSTUDYMED 1 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano Nucleo e genoma OBJETIVOS DE APRENDIZAGEM • Caracterizar o núcleo e conhecer suas funções; • Conceituar gene, cromatina e cromossomo; • Compreender como o material genético está organizado; • Explicar as estruturas dos ácidos nucleicos. • Diferenciar DNA de RNA. • Compreender o projeto genoma humano (PGH). INTRODUÇÃO NÚCLEO: Todas as células eucarióticas possuem um núcleo. O núcleo é normalmente a organela mais proeminente em uma célula eucariótica. Ele está envolvido por duas mem- branas concêntricas que formam o envelope nuclear e contém moléculas de DNA – polímeros extremamente lon- gos que codificam as informações genéticas do organismo. O núcleo responsabiliza-se por todas as funções celulares, ou seja, é ele o responsável por comandar as células, prin- cipalmente as reações químicas. O DNA fica localizado no núcleo celular, por tanto, é no núcleo que está contida todas as informações genéticas. DNA: O DNA constitui a sequência de subunidades individu- ais, denominadas genes. A molécula do ácido desoxirribo- nucleico (DNA) consiste em duas longas cadeias polinu- cleotídicas. Cada cadeia ou fita é composta de quatro tipos de subunidades nucleotídicas, e as duas fitas são unidas por ligações de hidrogênio entre as bases dos nucleotídeos GENES: Os genes são sequências de DNA que contêm a in- formação para codificar as cadeias polipeptídicas de uma proteína, sendo os responsáveis pela transmissão hereditá- ria das características de uma geração para outra. Os ge- nes são definidos como o segmento de DNA que codifica uma cadeia polipeptídica e inclui regiões flanqueadoras que antecedem (sequência-líder) e que seguem (cauda) a região codificadora, bem como sequências que não são traduzidas (íntrons) e que se intercalam com as sequên- cias codificadoras individuais (éxons). A função dos genes é armazenar e codificar as informações genéticas que se- rão utilizadas para a produção das cadeias polipeptídicas das proteínas que compõem as células, tecidos e órgãos dos organismos. GENOMA: O genoma contém o conjunto completo de infor- mações hereditárias de qualquer organismo, consistindo em uma longa sequência de um ácido nucleico, denomi- nado ácido desoxirribonucleico, ou DNA, composto de nu- cleotídeos formados por bases nitrogenadas, açúcar e fos- fato. Em resumo: em conjunto, a informação genética total contida em todos os cromossomos de uma célula ou orga- nismo consiste em seu genoma. ESTRUTURA NUCLEAR Basicamente, o núcleo é composto por: carioteca (enve- lope nuclear), cromatina (eucromatina e heterocroma- tina), nucleoplasma, poros nucleares e nucléolo. ENVELOPE NUCLEAR: O envelope nuclear, que envolve o DNA nuclear e define o compartimento nuclear, é formado a partir de duas membranas concêntricas. A membrana nu- clear interna contém algumas proteínas que atuam como sítios de ligação para os cromossomos e outras que forne- cem sustentação para a lâmina nuclear, uma malha tecida de filamentos proteicos que se dispõe sobre a face interna dessa membrana e fornece um suporte estrutural para o envelope. A composição da membrana nuclear externa se assemelha muito à membrana do RE, com a qual é contí- nua PORO NUCLEAR: Em todas as células eucarióticas, o envelope nuclear é perfurado por poros nucleares, os quais formam canais por onde todas as moléculas entram ou saem do núcleo. Um poro nuclear é uma estrutura grande e elabo- rada composta de um complexo de cerca de 30 proteínas diferentes (Figura). Muitas das proteínas que revestem o poro nuclear contêm extensas regiões não estruturadas nas quais as cadeias polipeptídicas estão bastante desordena- das. Esses segmentos desordenados formam uma rede delicada – como algas no oceano – que preenche o centro do canal, impedindo a passagem de grandes moléculas, mas permitindo que pequenas moléculas hidrossolúveis @LSTUDYMED 2 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano transitem livremente e de maneira não seletiva entre o nú- cleo e o citosol. NUCLEOPLASMA: Refere-se a um soluto com água, íons, ami- noácidos, metabólitos e precursores diversos, receptores para hormônios, enzimas para a síntese de RNA e DNA, mo- léculas de RNA e outros componentes. Figura. Estrutura nuclear (ALBERTS). Figura. Poro nuclear: O complexo do poro nuclear forma uma passagem pela qual macromoléculas selecionadas e complexos maiores entram ou saem do núcleo. (A) Desenho de uma pequena região do envelope nuclear mostrando dois poros. Fibrilas proteicas se projetam para ambos os lados do complexo do poro; na face nuclear, elas convergem para formar uma estrutura semelhante a uma cesta. O espa- çamento entre as fibrilas é grande o suficiente para não obstruir o acesso aos poros. (ALBERTS). Figura. Poros nucleares: A membrana nuclear externa é contínua à membrana do RE. A membrana dupla do envelope nuclear é transpassada por poros nucleares. Os ribossomos que estão normalmente ligados à superfície citosólica da membrana do RE e à membrana nuclear externa não estão representados. @LSTUDYMED 3 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano NUCLÉOLO: (“A fábrica”)O nucléolo é onde estão agrupadas as regiões contendo os genes que codificam os RNAs ribos- sômicos dos diferentes cromossomos. Aqui, os RNAs ribos- sômicos são sintetizados e combinados com proteínas para formar os ribossomos, a maquinaria de síntese pro- teica das células. Grande estrutura dentro do núcleo onde o RNA ribossômico é transcrito e as subunidades ribosso- mais são associadas. Região especial em que o DNA forma as proteínas e os RNA ribossomais. Figura. Nucléolo: O nucléolo é a estrutura mais evidente no núcleo interfásico. Micrografia eletrônica de uma fina secção do núcleo de um fibroblasto humano. O núcleo é circundado pelo envelope nu- clear. No interior do núcleo, a cromatina aparece como uma massa difusa, com regiões especialmente densas, denominadas hetero- cromatina (coloração escura). A heterocromatina contém poucos genes e situa-se, principalmente, na periferia do núcleo, logo abaixo do envelope nuclear. As grandes regiões escuras são os nu- cléolos, que contêm os genes para os RNAs ribossômicos, os quais estão localizados em vários cromossomos que se agrupam no nu- cléolo (ALBERTS). Figura. Nucléolo. CROMATINA: O complexo de DNA e proteínas é denominado cromatina. Genes (codificam RNA e proteínas) e não genes associados à proteínas (e por vezes à RNAs) temos a cro- matina. CROMOSSOMOS Cromatina condensada (individualização das cromatinas). Em células eucarióticas, longas moléculas de DNA de fita dupla são compactadas em cromossomos. Portanto, os cromossomos são moléculas de DNA que contém a infor- mação genética de um organismo. A estrutura cromossô- mica é composta pelo DNA do organismo e proteínas es- peciais para formar a arquitetura densa e espiralada. A es- trutura condensada do cromossomo é um componente crucial na regulação da transcrição, replicação celular e di- visão. Cada cromossomo consiste em uma única e enorme molécula de DNA linear associada a proteínas que com- pactam e enovelam o fino cordão de DNA em uma estru- tura mais compacta. O DNA de eucariotos é empacotado em múltiplos cromossomos. HERANÇA DOS CROMOSSOMOS Com exceção das células germinativas (espermatozoides e óvulos) e das células altamente especializadas que não possuem DNA (como os eritrócitos), cada célula humana contém duas cópias de cada cromossomo, uma herdada da mãe e a outra herdada do pai. Os cromossomos ma- ternos e paternos de um par são denominados cromosso- mos homólogos (ou simplesmente homólogos). O único par de cromossomos não homólogos é o dos cromosso- mos sexuais nos homens, cromossomo Y é herdado do pai e o cromossomo X é herdado da mãe. Em umacélula so- mática típica possui 23 pares de cromossomos ou 46 cro- mossomos (23 do genitor e 23 da genitora) FUNÇÃO A função mais importante dos cromossomos é a de portar os genes, a unidade funcional da hereditariedade. Um gene é geralmente definido como um segmento de DNA que contém as instruções para produzir uma determinada pro- teína ou molécula de RNA. A maioria das moléculas de RNA codificadas pelos genes é subsequentemente usada para produzir uma proteína. HISTONAS E A CONDENSAÇÃO CROMOSSÔMICA As proteínas que se ligam ao DNA para formar os cromos- somos eucarióticos são tradicionalmente divididas em duas classes gerais: as histonas e as proteínas cromossô- micas não histonas. As histonas estão presentes em enor- mes quantidades. O complexo das duas classes de proteí- nas com o DNA nuclear é denominado cromatina. CICLO CELULAR E A CONDESAÇÃO CROMOSSÔMICA A duplicação e a segregação dos cromossomos ocorrem de maneira ordenada durante o ciclo celular nas células em proliferação. @LSTUDYMED 4 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano INTERFASE: Durante a interfase, a célula expressa muitos de seus genes e, durante parte dessa fase, duplica os cromos- somos. Uma vez que a duplicação cromossômica esteja concluída, a célula pode entrar na fase M, quando então ocorre divisão nuclear, ou mitose. A célula passa a maior parte da vida na interfase. Durante a interfase, os cromos- somos estão distendidos como longas e finas fitas emara- nhadas de DNA no núcleo e não podem ser facilmente vi- sualizados ao microscópio. Referimo-nos aos cromosso- mos nessa forma relaxada como cromossomos interfási- cos. MITOSE: Na mitose, os cromossomos duplicados se conden- sam, a expressão gênica cessa, o envelope nuclear é de- gradado, e o fuso mitótico é formado pelos microtúbulos e outras proteínas. Os cromossomos condensados são então capturados pelo fuso mitótico, um conjunto completo é pu- xado para cada extremidade da célula, e um envelope nu- clear se forma em torno de cada conjunto cromossômico. Na etapa final da fase M, a célula divide-se para produzir duas células-filhas. METÁFASE: Nessa fase, os cromossomos atingem seu grau máximo de condensação. Enquanto os centrossomos en- contram-se no polo da célula, os cromossomos ficam or- ganizados no meio, formando a placa metafásica ou equa- torial. Figura. Divisão celular (ALBERTS). CARIÓTIPO O cariótipo refere-se ao conjunto completo de cromosso- mos de um indivíduo. Figura. O típico cromossomo duplicado mitótico é altamente com- pactado. (ALBERTS). Figura. O DNA dos cromossomos na interfase é menos compacto que nos cromossomos mitóticos. (A) Micrografia eletrônica mos- trando um grande emaranhado de cromatina (DNA com suas pro- teínas associadas) saindo do núcleo interfásico lisado. (B) Dese- nho esquemático de um cromossomo mitótico humano na mesma escala. CARIOGRAMA HUMANO Um cariograma ou idiograma é uma representação gráfica de um cariótipo, em que os cromossomos são geralmente organizados em pares, ordenados por tamanho e posição do centrômero para cromossomos do mesmo tamanho. Visualização na fase de metáfase (ápice da condensação para visualização do cariograma). Figura. Cariograma (ALBERTS). COMPONENTES DOS CROMOSSOMOS DE EUCARIOTOS ORIGEM DE REPLICAÇÃO: Um tipo de sequência de nucleotídeos atua como uma origem de replicação, onde inicia a repli- cação do DNA; os cromossomos eucarióticos contêm mui- tas origens de replicação, para garantir que as longas mo- léculas de DNA sejam rapidamente replicadas. TELÔMEROS: Outra sequência de DNA forma os telômeros em cada uma das extremidades dos cromossomos. Os telô- meros contêm sequências repetidas de nucleotídeos que são necessárias para que as extremidades dos cromosso- mos sejam replicadas. Eles também protegem as extremi- dades da molécula de DNA, impedindo que sejam @LSTUDYMED 5 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano confundidas pela célula como uma quebra no DNA exigindo reparo. CENTRÔMEROS: Os cromossomos eucarióticos também con- têm um terceiro tipo de sequência especializada de DNA, chamada de centrômero, que permite que os cromosso- mos duplicados sejam separados durante a fase M. Du- rante essa fase do ciclo celular, o DNA enrola-se, formando uma estrutura cada vez mais compacta, em última análise formando os cromossomos mitóticos altamente compac- tados ou condensados. Esse é o estado em que os cromos- somos duplicados podem ser mais facilmente visualizados. Uma vez que os cromossomos se condensaram, o centrô- mero liga o fuso mitótico a cada cromossomo duplicado, de modo a permitir que uma cópia de cada cromossomo seja segregada para cada célula-filha. Figura. Partes do cromossomo: Três elementos das sequências de DNA são necessários para produzir um cromossomo eucariótico que pode ser replicado e depois segregado durante a mitose. Cada cromossomo possui múltiplas origens de replicação, um centrômero e dois telômeros. No desenho esquemático, está des- crita a sequência de eventos que um cromossomo típico sofre du- rante o ciclo celular. O DNA replica-se na interfase, a partir das ori- gens de replicação e seguindo bidirecionalmente por todo o cro- mossomo. Na fase M, o centrômero liga os cromossomos duplica- dos ao fuso mitótico, de modo que uma cópia de cada cromos- somo seja distribuída para cada célula-filha após a divisão celular. Antes da divisão celular, o centrômero também ajuda a manter unidos os cromossomos duplicados compactados, até que este- jam prontos para serem separados. Os telômeros, que formam as estruturas especiais nas pontas dos cromossomos, auxiliam na re- plicação dessas extremidades. (ALBERTS). CROMATINA O complexo de DNA e proteínas é denominado cromatina. Genes (codificam RNA e proteínas) e não genes associa- dos à proteínas (e por vezes à RNAs) temos a cromatina. NUCLEOSSOMO E O “COLAR DE CONTAS” As histonas são responsáveis pelo primeiro nível funda- mental de compactação da cromatina, o nucleossomo. O nucleossomo, também chamado de nucleossoma, trata-se da unidade fundamental da cromatina dos seres eucarió- ticos. Consiste em uma unidade de DNA dividida em duas espirais, que se enrosca em torno de um disco proteico, composto por 8 moléculas de histonas. Figura. Nucleossomos (SNUSTAD). @LSTUDYMED 6 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano Figura. Nucleossomos visualizados por meio de microscopia eletrônica. (A) A cromatina isolada diretamente de um núcleo interfásico apa- rece ao microscópio eletrônico como uma fibra de cromatina; (B) Esta micrografia eletrônica mostra o comprimento de uma fibra de cro- matina que foi experimentalmente desempacotada, ou descondensada, após o isolamento, para mostrar o aspecto de “colar de contas” dos nucleossomos Figura. Nucleossomo Figura. Nucleossomo ESTADOS DA CROMATINA Embora sejam formadas longas fitas de nucleossomos na maior parte do DNA cromossômico, a cromatina, nas célu- las vivas, raramente adota a forma estendida de colar de contas. Em vez disso, os nucleossomos são adicionalmente empacotados em cima uns dos outros, formando uma es- trutura mais compacta. Figura Estados da cromatina: Sucessivos graus de enovelamento da cromatina (ALBERTS). TIPOS DE CROMATINA: Na interfase, a cromatina não está uni- formemente compactada. Nas regiões que contêm os ge- nes que estão sendo expressos, geralmente ela está mais relaxada, ao passo que nas regiões com genes silenciados ela está mais condensada. HETEROCROMATINA: A forma mais altamente condensada da cromatina interfásica é denominada heterocromatina (do grego heteros, que significa “diferente”, e cromatina). A he- terocromatina normalmente compõe cerca de 10% do cro- mossomo interfásico e, nos cromossomos de mamíferos, concentra-seao redor da região dos centrômeros e nos te- lômeros, nas extremidades dos cromossomos. Os genes nessa região (coloração escura) estão inativos. A hetero- cromatina constitutiva: sempre inativa e condensada. A he- terocromatina facultativa: pode existir tanto na forma ge- neticamente ativa (descondensada) como na forma ativa (condensada) EUCROMATINA: O restante da cromatina interfásica é denomi- nado eucromatina (do grego eu, significando “verdadeiro” ou “normal”, e cromatina). Apesar de usarmos o termo eu- cromatina para a cromatina que existe em um estado mais descondensado do que o da heterocromatina, agora está claro que tanto a eucromatina como a heterocromatina são compostas por misturas de diferentes estruturas de cromatina. Aqui os genes são ativos e se expressam (regi- ões de coloração clara) Figura. Heterocromatina e eucromatina @LSTUDYMED 7 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano Figura. A estrutura da cromatina varia ao longo de um único cromossomo interfásico. Figura. Esquema hero x eucromatina GENES Os genes são definidos como o segmento de DNA que co- difica uma cadeia polipeptídica e inclui regiões flanque- adoras que antecedem (sequência-líder) e que seguem (cauda) a região codificadora, bem como sequências que não são traduzidas (íntrons) e que se intercalam com as sequências codificadoras individuais (éxons). Figura Gene (SNUSTAD). Figura. Genes no cromossomo: A sequência do cromossomo 22 mostra como os cromossomos humanos são organizados. (A) O cromos- somo 22, um dos menores cromossomos humanos, contém 48 × 106 pares de nucleotídeos e corresponde a aproximadamente 1,5% do total do genoma humano. A maior parte do braço esquerdo (braço curto) do cromossomo 22 consiste em pequenas sequências repetidas de DNA que são empacotadas em uma maneira particularmente compacta de cromatina (heterocromatina). (B) Uma expansão de dez vezes de uma parte do cromossomo 22 mostra em torno de 40 genes. Genes conhecidos estão mostrados em marrom-escuro; genes preditos estão em vermelho. (C) Uma porção expandida de (B) mostra o comprimento total de vários genes. (D) O arranjo íntron-éxon de um gene típico é mostrado após uma expansão adicional de dez vezes. Cada éxon (laranja) codifica uma porção da proteína, e a sequência de DNA dos íntrons (amarelo) (ALBERTS). GENOMA HUMANO O genoma da célula − isto é, toda a sequência de nucleotí- deos do DNA de um organismo − fornece um programa ge- nético que instrui a célula a respeito de como se comportar. Para as células de embriões de plantas e animais, o ge- noma determina o crescimento e o desenvolvimento de um organismo adulto com centenas de tipos diferentes de cé- lulas. Em conjunto, a informação genética total contida em Eucromatina Menos condensada DNA ativo Heterocromatina Mais condensada DNA inativo Construtiva x facultativa @LSTUDYMED 8 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano todos os cromossomos de uma célula ou organismo con- siste em seu genoma. A primeira sequência do genoma hu- mano foi apenas o começo. Avanços espetaculares em tecnologias de sequenciamento, junto a novas ferramentas poderosas para manipular vastas quantidades de dados, estão levando a genômica a um nível completamente novo. O custo do sequenciamento de DNA reduziu-se em torno de 100.000 vezes desde que o Projeto Genoma Humano foi lan- çado, em 1990, tanto que um genoma humano inteiro agora pode ser sequenciado em alguns dias e por aproximada- mente 1.000 dólares. A primeira característica notável do genoma humano é o quão pouco dele – menos de 2% – codifica proteínas (Figura). Além disso, quase metade de nosso DNA é constituído de elementos genéticos móveis que colonizaram nosso genoma ao longo da evolução. Visto que esses elementos acumularam mutações, a mai- oria não pode mais se mover; em vez disso, eles se torna- ram relíquias de uma era evolutiva anterior, quando o mo- vimento dos transpósons era frequente em nosso genoma. Foi uma surpresa descobrir que nosso genoma na verdade contém tão poucos genes que codificam proteínas. Figura A maior parte do genoma humano é constituída de sequên- cias de nucleotídeos repetidas e outro DNA não codificador. Os LI- NEs (que incluem a sequência L1), SINEs (elementos intercalares curtos, que incluem a sequência Alu), retrotranspósons e trans- pósons de DNA são elementos genéticos móveis que se multiplica- ram em nosso genoma, replicando-se e inserindo as novas cópias em diferentes posições. As repetições simples são sequências nu- cleotídicas curtas (com menos de 14 pares de nucleotídeos) que são repetidas muitas vezes por longas regiões. As duplicações de segmentos são grandes blocos do genoma (1.000 a 200.000 pares de nucleotídeos) que estão presentes em dois ou mais locais no genoma. As sequências únicas que não fazem parte de nenhum íntron ou éxon (verde-escuro) incluem sequências gênicas regu- ladoras, sequências que codificam RNA funcional e sequências cu- jas funções ainda são desconhecidas. A maioria dos blocos de DNA altamente repetidos presentes na heterocromatina ainda não foi completamente sequenciada (ALBERTS). PROJETO GENOMA HUMANO (PSG) O Projeto Genoma Humano foi um projeto de pesquisa ci- entífica internacional com o objetivo de determinar os pares de bases que compõem o DNA humano e de identificar, mapear e sequenciar todos os genes do genoma humano do ponto de vista físico e funcional. Continua sendo o maior projeto biológico colaborativo do mundo. Figura. Projeto Genoma Humano Figura. PGH: estatísticas importantes (ALBERTS). CONSÓRCIO T2T (TELÔMERO A TELÔMERO) O consórcio T2T (telômero a telômero) teve o objetivo de sequenciar regiões do genoma humano ainda desconhe- cidas através de novas técnicas de sequenciamento ÁCIDOS NUCLÉICOS Os ácidos nucléicos são substâncias ácidas presentes no núcleo das células, e estão envolvidas no armazenamento, na transmissão e no processamento das informações ge- néticas de uma célula. Em outras palavras, ácidos nucleicos são polímeros longos nos quais as subunidades nucleotídi- cas são ligadas pela formação de ligações fosfodiéster co- valentes entre grupos fosfato ligados ao açúcar de um nu- cleotídeo com um grupo hidroxila do açúcar do nucleotídeo seguinte. NUCLEOTÍDEOS Existem dois tipos principais de ácidos nucleicos, que se di- ferenciam quanto ao tipo de açúcar presente nas suas res- pectivas cadeias principais açúcar-fosfato: DNA (ácido desoxirribonucléico) e RNA (ácido ribonucléico). Tanto o DNA como o RNA são polímeros longos e lineares de nucle- otídeos. O RNA geralmente ocorre nas células sob a forma de uma cadeia polinucleotídica de fita simples, mas o DNA praticamente sempre está na forma de uma molécula de @LSTUDYMED 9 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano fita dupla: a dupla-hélice de DNA é composta por duas ca- deias polinucleotídicas dispostas em direções opostas e são mantidas unidas entre si por ligações de hidrogênio formadas entre as bases das duas cadeias RNA: Os nucleotídeos com base no açúcar ribose são co- nhecidos como ácidos ribonucleicos, ou RNA, e contêm as bases A, G, C e U. DNA: Aqueles com base na desoxirribose são conhecidos como ácidos desoxirribonucleicos, ou DNA, e contêm as ba- ses A, G, C e T (T é quimicamente semelhante a U do RNA). IMPORTANTE: A sequência linear dos nucleotídeos no DNA e no RNA codifica a informação genética. Os dois ácidos nu- cleicos, entretanto, possuem papéis diferentes nas células. O DNA, que é mais estável, com suas hélices mantidas por ligações de hidrogênio, funciona como depositário da infor- mação hereditária de longo prazo, e o RNA de fita simples geralmente é um carreador transitório de instruções mole- culares. A capacidade que as bases das moléculas dos di- ferentes ácidosnucleicos têm em se reconhecerem aos pares por meio de ligações de hidrogênio (denominada pareamento de bases) − G com C, e A tanto com T quanto com U – constitui-se no fundamento de toda a hereditari- edade e evolução, Figura. DNA e RNA. ESTRUTURA DOS NUCLEOTÍDEOS Um nucleotídeo consiste em uma base contendo nitrogênio, um açúcar de cinco carbonos e um ou mais grupos fosfato. O conjunto de base + açúcar denomina-se nucleosídeo, chamando-se nucleotídeo ao conjunto de base + açúcar + fosfato. Os nucleotídeos são ligados por ligações fosfodi- éster entre os átomos de carbono 5’e 3’ do anel do açúcar, através de um grupo fosfato, formando ácidos nucleicos Figura. AMP (SINUSTAD). FOSFATOS: Os fosfatos tornam um nucleotídeo carregado ne- gativamente. Os fosfatos estão normalmente ligados à hi- droxila C5 do açúcar ribose ou do açúcar desoxirribose AÇUCAR: é uma pentose, desoxirribose, no DNA; ribose, no RNA BASE NITROGENADA: uma base nitrogenada, que pode ser uma purina (adenina ou guanina) ou uma pirimidina (timina ou citosina, no DNA; uracil ou citosina, no RNA). As bases, tanto purinas quanto pirimidinas, são compostos em anéis con- tendo nitrogênio. Figura. Bases nitrogenadas (ALBERTS). DNA E SUA ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL A molécula do ácido desoxirribonucleico (DNA) consiste em duas longas cadeias polinucleotídicas. Cada cadeia ou fita é composta de quatro tipos de subunidades nucleotídicas, e as duas fitas são unidas por ligações de hidrogênio entre as bases dos nucleotídeos. Nos casos dos nucleotídeos do DNA, o açúcar é uma desoxirribose (por isso, o nome ácido desoxirribonucleico), e a base pode ser adenina (A), cito- sina (C), guanina (G) ou timina (T). Cada célula humana contém cerca de 2 metros de DNA, e o núcleo celular tem somente 5 a 8 μm de diâmetro. Duplicar todo esse material em um espaço tão pequeno é o equivalente a tentar enrolar 40 km de um fio extremamente fino em uma bola de tênis. EXTREMIDADE 3’-5’: As duas extremidades da fita são facil- mente distinguíveis, pois uma possui a depressão (hidroxila 3’), e a outra, a protuberância (fosfato 5’). Essa polaridade da fita de DNA é indicada como extremidade 3’ e extremi- dade 5’, respectivamente. COMPLEMENTARIDADE: As duas fitas polinucleotídicas da du- pla-hélice de DNA são unidas por ligações de hidrogênio entre as bases das diferentes fitas. Entretanto, as bases não pareiam ao acaso: A sempre pareia com T, e C sempre pa- reia com G. Em cada caso, uma base maior formada por dois anéis (uma purina) pareia com uma base de um único anel (uma pirimidina). Esses pares de purina-pirimidina são denominados pares de bases, e essa complementari- dade do pareamento de bases permite que esses pares de bases sejam compactados em um arranjo mais favorável energeticamente no interior da dupla-hélice. @LSTUDYMED 10 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano ANTIPARALELAS: Os membros de cada par de bases podem encaixar perfeitamente na dupla-hélice, porque as duas hélices são antiparalelas, isto é, elas são orientadas com polaridades opostas. Uma consequência desses requisitos para o pareamento das bases é que cada dupla-hélice de DNA contém uma sequência de nucleotídeos que é exata- mente complementar à sequência nucleotídica da fita an- tiparalela. Um A sempre pareia com um T na fita oposta, e um C sempre pareia com um G na fita oposta. Essa com- plementaridade é de crucial importância para a cópia e o reparo do DNA Figura. Estrutura tridimensional do DNA (KLUG). Figura. As duas fitas da dupla-hélice de DNA são unidas por liga- ções de hidrogênio entre os pares de bases complementares. (A) A forma e a estrutura química das bases permitem que a formação de ligações de hidrogênio seja eficiente somente entre A e T e entre C e G, onde os átomos que são capazes de formar ligações de hidrogênio podem aproximar-se sem perturbar a dupla-hélice. Duas ligações de hidrogênio se formam entre A e T, e três entre C e G. As bases podem parear dessa forma apenas se as duas ca- deias polinucleotídicas que as contêm estiverem na posição anti- paralela, isto é, orientadas em direções opostas. Os nucleotídeos estão ligados por ligações fosfodiéster entre um grupo 3’-hidroxila (–OH) de um açúcar e o 5’-fosfato (–OPO3) do nucleotídeo se- guinte. Essa ligação confere polaridade química a cada fita poli- nucleotídica, isto é, as duas extremidades são quimicamente dife- rentes. A extremidade 3’ possui um grupo –OH livre ligado à posição 3’ do anel do açúcar. A extremidade 5’ possui um grupo fosfato livre ligado à posição 5’ do anel do açúcar. @LSTUDYMED 11 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano Figura. DNA: A molécula de DNA é composta de duas ca- deias polinucleotídicas (fitas de DNA) unidas por ligações de hidrogênio entre os pares de bases. Adenina + timina = 2 pontes de hidrogênio. Guanina + citosina = 3 pontes de hidrogênio. As setas nas fitas de DNA indicam a polaridade das duas fitas, que são antiparalelas na molécula de DNA. (D) Embora o DNA esteja representado na forma linear em (C), na realidade, ele se organiza em uma dupla-hélice (D). Figura. Fitas de DNA: antiparalelas e complementares (WATSON). PERGUNTA 01: Qual o tamanho aproximadamente total do DNA presente nos cromossomos de uma célula diploide? a)25 cm b)50 cm c)1 m d)2 m RESPOSTA: Aproximadamente 2m. “Equivalente a dobrar 40 km de fio em um bola de tênis.” (Alberts) PERGUNTA 02: Como o DNA cabe em uma célula? RESPOSTA: Isso acontece pois o DNA possui um alto nível de organização e estão enroladas em proteínas especiais. Em células eucarióticas, longas moléculas de DNA de fita dupla são compactadas em cromossomos. Essas moléculas de DNA não apenas cabem facilmente no núcleo, mas, depois da replicação, podem ser facilmente divididas entre as duas células-filhas a cada divisão celular. A tarefa com- plexa da compactação do DNA é realizada por proteínas especializadas que se ligam ao DNA e o dobram, produ- zindo uma série de espirais e alças que fornecem níveis cada vez mais elevados de organização, impedindo que o DNA se torne um emaranhado confuso. Figura. DNA (SNUSTAD). CÓDIGO GENÉTICO O código genético pode ser definido como a relação entre as trincas (códons) encontradas no RNAm e os aminoáci- dos encontrados em uma proteína. Em outras palavras: o código genético é a relação entre a sequência de bases no DNA e a sequência correspondente de aminoácidos, na proteína. Em outras palavras: O código genético é a "men- sagem" contida no DNA capaz de ser lida para haver pro- dução de proteínas. Portanto, é um código para a produção de diferentes tipos de proteínas. A palavra-chave do código para um aminoácido consiste em uma sequência de três bases nitrogenadas adjacentes, que formam a unidade de informação genética ou códon. Os códons são lidos em se- quência seguindo o códon de início até que um códon de parada seja alcançado. A síntese das proteínas é realizada no interior das células, no citoplasma, em duas etapas: transcrição e tradução. O código genético apresenta as se- guintes características: • Leitura em códons: Sua leitura é feita em trincas de bases ou de nucleotídeos. • É degenerado ou redundante: Um mesmo aminoácido pode ser codificado por diferentes códons • É não ambíguo: uma trinca só pode codificar um amino- ácido • É universal: os mesmos aminoácidos são codificados pe- los mesmos códons em quase todos os organismos per- mitindo que um RNA mensageiro seja traduzido em uma célula de outra espécie, o que possibilitou a técnica do DNA recombinante RNA Quando uma determinada proteína é necessária para a célula, a sequência de nucleotídeos do segmento apropri- ado de uma molécula de DNA é inicialmente copiada para outra forma de ácido nucleico – o RNA (ácido ribonucleico). Esse segmento deDNA é denominado gene, e as cópias de RNA resultantes são utilizadas para dirigir a síntese da pro- teína. As células copiam o DNA em RNA (um processo de- nominado transcrição) e, a seguir, utilizam a informação presente no RNA para a produção de proteína (um pro- cesso denominado tradução). ESTRUTURA DO RNA Assim como o DNA, o RNA é um polímero linear composto por quatro diferentes subunidades nucleotídicas unidas en- tre si por ligações fosfodiéster. Ele se diferencia do DNA, em termos químicos, sob dois aspectos: (1) os nucleotídeos no RNA são ribonucleotídeos – ou seja, eles contêm o açúcar ribose (origem do nome ácido ribonucleico), em vez de de- soxirribose; (2) embora, como o DNA, o RNA contenha as bases adenina (A), guanina (G) e citosina (C), ele contém @LSTUDYMED 12 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano uracila (U) em vez da timina (T) encontrada no DNA. Ape- sar de apresentarem composição química bastante seme- lhante, a estrutura geral do DNA e do RNA difere drastica- mente. Enquanto o DNA sempre ocorre nas células sob a forma de uma hélice de fita dupla, o RNA se apresenta como fita simples. Essa diferença tem importantes conse- quências funcionais. Visto que a cadeia de RNA é de fita simples, ela pode dobrar-se sobre ela própria, adquirindo diferentes conformações, exatamente como ocorre com o dobramento de uma cadeia polipeptídica na estruturação fina de uma proteína; o DNA de fita dupla não pode dobrar- se desse modo. Enquanto as funções do DNA limitam-se ao estoque de informação, alguns RNAs possuem funções es- truturais, reguladoras ou catalíticas. Figura. A estrutura química do RNA se diferencia ligeiramente da estrutura do DNA. (A) O RNA contém o açúcar ribose, o qual difere da desoxirribose, o açúcar utilizado no DNA, pela presença de um grupo -OH adicional. (B) O RNA contém a base uracila, a qual di- fere da timina, a base equivalente no DNA, pela ausência de um grupo -CH3. (C) Um pequeno segmento de RNA. A ligação química entre os nucleotídeos no RNA − uma ligação fosfodiéster − é a mesma que no DNA (ALBERTS). MANIPULAÇÃO DIFERENCIAL: DNA EM RNA Procariotos e eucariotos “manipulam” diferentemente seus transcritos de RNA. (A) Em células eucarióticas, a molécula de pré-RNA, pro- duzida pela transcrição, contém tanto sequências de ín- trons quanto de éxons. Suas duas extremidades sofrem modificações, e os íntrons são removidos pelo splicing do RNA. A seguir, o mRNA resultante é transportado do núcleo para o citoplasma, onde é traduzido em proteína. Embora esses passos estejam representados como ocorrendo em sequência, um de cada vez, na realidade eles ocorrem si- multaneamente. Por exemplo, a adição do quepe do RNA costuma ocorrer antes de a transcrição estar concluída. O mesmo se dá com o início do splicing do RNA. Devido a essa sobreposição, transcritos inteiros do gene (incluindo todos os íntrons e éxons) em geral não são encontrados na célula. (B) Em procariotos, a produção de moléculas de mRNA é mais simples. A extremidade 5’ de uma molécula de RNA é produzida na iniciação da transcrição pela RNA-polime- rase, e a extremidade 3’ é produzida pelo término da trans- crição. Visto que células procarióticas não possuem núcleo, a transcrição e a tradução ocorrem em um mesmo com- partimento. Assim, a tradução de um mRNA bacteriano tem início antes que sua síntese esteja completa. Tanto em pro- cariotos quanto em eucariotos, a quantidade de uma pro- teína em uma célula depende das taxas de cada uma des- sas etapas, bem como das taxas de degradação do mRNA e das moléculas de proteína. Figura. Procariotos e eucariotos “manipulam” diferentemente seus transcritos de RNA. (ALBERTS) @LSTUDYMED 13 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano FORMAÇÃO DE ESTRUTURAS ESPECÍFICAS DE DNA O RNA é uma fita simples, mas frequentemente contém pe- quenos segmentos de nucleotídeos que podem sofrer pa- reamento com sequências complementares encontradas em outras regiões da mesma molécula. Essas interações, junto a algumas interações de pares de base “não conven- cionais” (p. ex., A-G), permitem que uma molécula de RNA se dobre em uma estrutura tridimensional que é determi- nada pela sua sequência de nucleotídeos. Figura. Pareamento intramolecular. As moléculas de RNA podem formar pares de bases intramolecularmente e se dobrar em estruturas específicas. A) Um diagrama de uma estrutura de RNA hipotética dobrada, mostrando apenas in- terações convencionais de pares de bases (G-C e A-U). (B) A incorporação de interações de pares de bases não convencionais (verde) altera a estrutura do RNA hipotético ilustrado em (A). (C) Estrutura de uma molécula de RNA real que está envolvida no splicing de RNA. Esse RNA contém uma quantidade considerável de estruturas em dupla-hé- lice. A cadeia principal de açúcar-fosfato está indicada em azul e as bases em vermelho; as interações convencionais de pares de bases estão indicadas por “degraus” vermelhos contínuos, e os pares de bases não convencionais estão in- dicados por degraus vermelhos interrompidos (ALBERTS). TIPOS DE RNA As células produzem vários tipos de RNA. A grande maioria dos genes presentes no DNA de uma célula determina as sequências de aminoácidos das proteínas. As moléculas de RNA codificadas por esses genes − que em última instância dirigem a síntese das proteínas − são chamadas de RNAs mensageiros (mRNAs), que possui informação para a pro- dução de diferentes proteínas. Em eucariotos, cada mRNA geralmente contém a informação transcrita a partir de um único gene, que codifica uma única proteína. Já RNAs não mensageiros desempenham papéis fundamentais, por exemplo, na tradução da mensagem genética em proteína: os RNAs ribossômicos (rRNAs) formam o núcleo estrutural e catalítico dos ribossomos, que traduzem os mRNAs em proteína, e os RNAs transportadores (tRNAs) atuam como adaptadores que selecionam aminoácidos específicos e os posicionam adequadamente sobre um ribossomo para se- rem incorporados em uma proteína. Outros pequenos RNAs, denominados microRNAs (miRNAs), atuam como impor- tantes reguladores da expressão gênica em eucariotos Figura. Tipos de RNA (ALBERTS). EXPRESSÃO GÊNICA Em seu sentido mais amplo, o termo expressão gênica se refere ao processo pelo qual a informação codificada na sequência de DNA é traduzida em um produto que desen- cadeia um efeito determinado em uma célula ou orga- nismo. Nos casos em que o produto final do gene é uma proteína, a expressão gênica inclui tanto a transcrição quanto a tradução. DNA – RNA - PROTEÍNAS O fluxo da informação genética nas células segue, portanto, uma rota do DNA para o RNA e deste para a proteína (Fi- gura). Todas as células, de bactérias a seres humanos, ex- pressam suas informações genéticas dessa forma. A trans- crição e a tradução são os processos pelos quais as células leem, ou expressam, as instruções escritas em seus genes. @LSTUDYMED 14 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano Várias cópias idênticas de RNA podem ser feitas a partir de um mesmo gene, e cada molécula de RNA pode direcionar a síntese de várias cópias idênticas de uma molécula pro- teica. Figura. A informação genética direciona a síntese de proteínas. O fluxo de informação genética do DNA ao RNA (transcrição) e do RNA à proteína (tradução) ocorre em todas as células vivas. Os segmentos de DNA que são transcritos em RNA são chamados de genes. (ALBERTS). Datas importantes: 1953 – Estrutura tridimensional DNA 2003 – Projeto Genoma Humano 2022 – Consórcio T2T ROTEIRO DE ESTUDO 1. Quais as estruturas e funções do núcleo? O núcleo responsabiliza-se por todas as funções celulares, ou seja, é ele o responsável por comandar as células, principalmente as re- ações químicas. O DNA fica localizado no núcleo celular, por tanto,é no núcleo que está contida todas as informações genéticas. Ba- sicamente, o núcleo é composto por: carioteca (envelope nuclear), cromatina (eucromatina e heterocromatina), nucleoplasma, poros nucleares e nucléolo. 2. Diferencie DNA de RNA, destacando suas estruturas e suas unidades formadoras. Tanto o DNA como o RNA são polímeros longos e lineares de nu- cleotídeos. O RNA geralmente é uma fita simples, mas o DNA pra- ticamente sempre está na forma de uma molécula de fita dupla: a dupla-hélice de DNA, dispostas em direções opostas e são manti- das unidas entre si por ligações de hidrogênio formadas entre as bases das duas cadeias RNA: Os nucleotídeos com base no açúcar ribose são conhecidos como ácidos ribonucleicos, ou RNA, e contêm as bases A, G, C e U. DNA: Aqueles com base na desoxirribose são conhecidos como ácidos desoxirribonucleicos, ou DNA, e contêm as bases A, G, C e T (T é quimicamente semelhante a U do RNA). A sequência linear dos nucleotídeos no DNA e no RNA codifica a informação genética. Os dois ácidos nucleicos, entretanto, possuem papéis diferentes nas células. O DNA, que é mais estável, com suas hélices mantidas por ligações de hidrogênio, funciona como depositário da informação hereditária de longo prazo, e o RNA de fita simples geralmente é um carreador transitório de ins- truções moleculares. A capacidade que as bases das moléculas dos diferentes ácidos nucleicos têm em se reconhecerem aos pa- res por meio de ligações de hidrogênio (denominada pareamento de bases) − G com C, e A tanto com T quanto com U – constitui- se no fundamento de toda a hereditariedade e evolução. 3. Como uma molécula tão grande como o DNA pode caber no núcleo? Isso acontece pois o DNA possui um alto nível de organização e estão enroladas em proteínas especiais. Em células eucarióticas, longas moléculas de DNA de fita dupla são compactadas em cro- mossomos. Essas moléculas de DNA não apenas cabem facil- mente no núcleo, mas, depois da replicação, podem ser facilmente divididas entre as duas células-filhas a cada divisão celular. A ta- refa complexa da compactação do DNA é realizada por proteínas especializadas que se ligam ao DNA e o dobram, produzindo uma série de espirais e alças que fornecem níveis cada vez mais eleva- dos de organização, impedindo que o DNA se torne um emara- nhado confuso. 4. O que leva a cromatina a formar uma estrutura de “colar de contas”? Explique a estrutura envolvida nesse processo. As histonas são responsáveis pelo primeiro nível fundamental de compactação da cromatina, o nucleossomo. O nucleossomo, tam- bém chamado de nucleossoma, trata-se da unidade fundamental da cromatina dos seres eucarióticos. Consiste em uma unidade de DNA dividida em duas espirais, que se enrosca em torno de um disco proteico, composto por 8 moléculas de histonas, formando estruturas semelhantes a um “colar de contas” 5. Defina cromatina. O complexo de DNA e proteínas é denominado cromatina. Genes (codificam RNA e proteínas) e não genes associados à proteínas (e por vezes à RNAs) temos a cromatina. 6. Diferencie eucromatina de heterocromatina. Na interfase, a cromatina não está uniformemente compactada. Nas regiões que contêm os genes que estão sendo expressos, ge- ralmente ela está mais relaxada, ao passo que nas regiões com genes silenciados ela está mais condensada. A forma mais alta- mente condensada da cromatina interfásica é denominada hete- rocromatina. O restante da cromatina interfásica é denominado eucromatina. 7. Diferencie heterocromatina constitutiva de facultativa. A heterocromatina constitutiva: sempre inativa e condensada. A heterocromatina facultativa: pode existir tanto na forma genetica- mente ativa (descondensada) como na forma ativa (conden- sada) 8. Defina genoma. @LSTUDYMED 15 Letícia Cavalcante - UFDPar Aula 3 | Núcleo e organização do genoma humano O genoma da célula − isto é, toda a sequência de nucleotídeos do DNA de um organismo − fornece um programa genético que instrui a célula a respeito de como se comportar. Para as células de em- briões de plantas e animais, o genoma determina o crescimento e o desenvolvimento de um organismo adulto com centenas de tipos diferentes de células. Em conjunto, a informação genética total contida em todos os cromossomos de uma célula ou organismo consiste em seu genoma. 9. Qual a definição molecular de gene? Os genes são definidos como o segmento de DNA que codifica uma cadeia polipeptídica e inclui regiões flanque-adoras que an- tecedem (sequência-líder) e que seguem (cauda) a região codi- ficadora, bem como sequências que não são traduzidas (íntrons) e que se intercalam com as sequências codificadoras individuais (éxons). 10. O que foi o Projeto Genoma Humano? O Projeto Genoma Humano foi um projeto de pesquisa científica internacional com o objetivo de determinar os pares de bases que compõem o DNA humano e de identificar, mapear e sequenciar todos os genes do genoma humano do ponto de vista físico e fun- cional. REFERÊNCIAS Capítulo 5 do livro ALBERTS, Bruce. Fundamentos da biologia celular. Porto Alegre: Grupo A, 2017.