bioinformatica

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07/11/2023, 23:58 Estácio: Alunos
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Exercício
 avalie sua aprendizagem
A bioinformática é uma disciplina interdisciplinar que apresenta diferentes aplicabilidades e tem sido bastante
empregada para o desenvolvimento de novas metodologias de análise e garantindo diferentes avanços cientí�cos.
A seguir são listadas algumas técnicas da bioinformática. Assinale a alternativa que indica a técnica que tenta
prever a atividade biológica de um composto baseado em equações estatísticas.
As proteínas são biomoléculas construídas a partir de ligações peptídicas formadas no ribossomo, com a sua
sequência dada pela ordem dos códons de RNAm, que foram transcritos do DNA. A forma que as proteínas se
consolidam depende dos resíduos de aminoácidos que as compõem. Dentre os aminoácidos existem quatro classes:
BIOINFORMÁTICA
Lupa  
 
SDE4449_202008692407_TEMAS
Aluno: ELAINE DA SILVA SANTOS Matr.: 202008692407
Disc.: BIOINFORMÁTICA  2023.3 FLEX (G) / EX
Prezado (a) Aluno(a),
Você fará agora seu EXERCÍCIO! Lembre-se que este exercício é opcional, mas não valerá ponto para sua avaliação. O
mesmo será composto de questões de múltipla escolha.
Após responde cada questão, você terá acesso ao gabarito comentado e/ou à explicação da mesma. Aproveite para se
familiarizar com este modelo de questões que será usado na sua AV e AVS.
03017INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA
 
1.
Dinâmica molecular
Modelagem molecular
QSAR
Alinhamento molecular
Ancoramento molecular
Data Resp.: 07/11/2023 23:46:35
Explicação:
O QSAR é uma técnica estatística de tratamento de dados a partir de descritores, visa buscar uma equação que
quando resolvida tenta prever a atividade de uma molécula nova contra determinado receptor. O alinhamento
molecular visa identi�car genes que compartilham funções ou determinada ancestralidade, podemos também
usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de modelagem molecular. O ancoramento
molecular infere a modelagem molecular, para construir um modelo tridimensional e é utilizado para obter uma
pose do ligante com o alvo e a dinâmica molecular para analisar como as interações acontecem, mimetizando o
organismo.
 
2.
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:diminui();
javascript:diminui();
javascript:aumenta();
javascript:aumenta();
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com carga (positivo ou negativo), polares (sem carga), apolares e os casos especiais (que se comportam de forma
única). Sobre esse assunto analise as a�rmativas a seguir:
I. Os aminoácidos são classi�cados em dois grandes grupos, são eles polares ou apolares.
II. O conjunto total das interações entre os resíduos forma a conformação �nal da proteína (basicamente a forma
tridimensional que ela assume) e esta é fundamental para sua função.
III. A interação entre os aminoácidos ligações de hidrogênio formando α-hélices ou dobrando sua estrutura.
 É correto o que se a�rma em:
O alinhamento molecular é a técnica importante dentro da bioinformática e para o desenvolvimento de um novo
alvo terapêutico representa a primeira etapa a ser realizada. Com relação ao alinhamento molecular marque a
alternativa correta:
II, apenas.
I, apenas.
I e III, apenas.
I e II, apenas.
II e III, apenas.
Data Resp.: 07/11/2023 23:48:24
Explicação:
Existem quatro classes que os aminoácidos podem se incluir são eles: com carga polares (positivo ou negativo),
polares sem carga, apolares e os casos especiais (que se comportam de forma única). Dependendo da carga dos
aminoácidos que compõem uma sequência de peptídeos pode ocorrer uma interação do tipo ligação de
hidrogênio e assim formar uma α-hélice ou dobrar a sua estrutura, ou uma repulsão. Essas interações podem irão
fornecer a estrutura de cada proteína. Cada conformação tridimensional é de extrema importância para o
funcionamento da proteína, pois irá possibilitar interação com enzimas, cofatores, funcionar como um canal para
a passagem seletiva de alguma substância, entre outras funções.
 
3.
 O alinhamento é capaz de modelar proteínas tridimensionais, que irão auxiliar em diversas outras técnicas de
bioinformática.
É a técnica responsável por combinar duas sequencias de DNA ou proteínas para que possamos identi�car
qual é a correta.
É capaz de identi�car se diferentes espécies possuem alguma relação evolutiva ou gene com função em
comum.
É a técnica responsável por alinhar proteínas que serão utilizadas em uma simulação, dentro de um ambiente
virtual, o mais próximo possível da realidade.
O alinhamento é capaz de armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em RNAm.
Data Resp.: 07/11/2023 23:49:24
Explicação:
O alinhamento molecular é feito pela correlação de duas ou mais sequencias de DNA ou proteínas, a partir de
um algoritmo de pontuação. Assim podemos identi�car genes que compartilham funções ou determinada
ancestralidade, podemos também usar o alinhamento para encontrar proteínas moldes, durante a etapa de
modelagem molecular. O alinhamento não armazenar informações que serão usadas para transcrever o DNA em
RNAm, não compara sequencias para dizer qual é a correta, não realiza o modelamento de proteínas e não
realiza a modelagem molecular, etapa posterior ao alinhamento e não tem a �nalidade de alinhar proteínas o
mais próximo da realidade, e sim encontrar os melhores alinhamentos entre as proteínas já cadastradas no
banco de dados.
02925NCBI E ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS
 
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Considere o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de
genes associados ao desenvolvimento de câncer usando a ferramenta BLAST. A partir dessa situação, são
descritas algumas características desse programa. Assinale a alternativa que retrata a utilização correta dessa
ferramenta.
 (UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são essenciais para realização da ampli�cação do DNA por PCR. Associe a
segunda coluna com a primeira.
 
1. de 0°C a 10°C
2. de 35°C a 65°C
3. 72°C
4. 82°C
5. de 90°C a 96°C
(  ) Maior probabilidade de alinhamento dos primers com a �ta molde.
(  ) Formação de �tas-molde a partir de todos os seguimentos.
(  ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-polimerase.
(  ) Ideal para extensão dos primers a partir da extremidade 3'.
(  ) Estabelecimento de ligações - pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers.
 
4.
A opção de BLASTn deve ser escolhida, uma vez que compara sequência de aminoácidos contra um banco de
dados de proteínas.
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o alinhamento deve ser desconsiderado, pois ocorreu ao acaso.
Caso encontre o e-value igual a 100%, a sequência desconhecida será idêntica à sequência no banco de dados.
Quanto menor o valor de e-value, menor a probabilidade de o alinhamento ter sido obtido ao acaso com uma
sequência do banco de dados.
A variação da ferramenta indicada nesse caso é o BLASTp, que compara sequência de nucleotídeos contra um
banco de dados de proteínas.
Data Resp.: 07/11/2023 23:51:51
Explicação:
O valor de e-value diz respeito à signi�cância estatística do alinhamento realizado com a ferramenta BLAST.
Valores iguais ou muito próximos de zero são desejados, pois indicam que a chance daquele alinhamento ter
ocorrido ao acaso é muito pequena. A variante BLASTn usa sequências de nucleotídeos para buscar em banco de
nucleotídeos, enquanto a variante BLASTp usa sequências de aminoácidos para buscar em bancos de proteínas.
 
5.
2 - 3 - 1 - 3 - 4.
2 - 5 - 3 - 3 - 2.
4 - 2 - 3 - 2 - 1.
3 - 4 - 5 - 4 - 2.
5 - 4 - 1 - 5 - 3.
Data Resp.: 07/11/2023 23:53:13
Explicação:
Durante a etapa de desnaturação, a temperatura está entre 90-96°C e a dupla �ta do DNA se separa, por
desnaturação, etapa em que ocorre a formação de �tas-molde a partir de todos os seguimentos. O anelamento
ocorre entre 35°C a 65°C, quando os primers se anelam na região complementardo molde, esse é o momento de
estabelecimento de ligações ¿ pontes de hidrogênio, o DNA da amostra e os primers. Após, a DNA polimerase
pode adicionar os nucleotídeos, em 72°C, essa é a temperatura ideal para extensão dos primers a partir da
extremidade 3¿. Durante o ciclo do PCR, a faixa entre 0°C a 10°C e as temperaturas de 82°C não são utilizadas.
07/11/2023, 23:58 Estácio: Alunos
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Aline é biomédica e trabalha em um laboratório para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos genes mais
pesquisados é o brca1, que quando sofre mutações especí�cas está associado ao risco aumentado de câncer. Para
identi�car as mutações, é necessário comparar a sequência obtida do paciente com uma sequência referência não
mutada. Qual banco de dados, disponível no NCBI, Aline pode consultar para conseguir uma sequência referência
curada para o gene brca1?
(CESPE/UNB - INMETRO - 2010- Biotecnologia Molecular)
Microarranjo é uma técnica empregada em biologia molecular que permite medir os níveis de expressão de
transcritos em larga escala. Com relação a essa técnica, assinale a opção correta.
Julgue as a�rmativas abaixo usando seus conhecimentos sobre bancos de dados biológicos.
I - Existem diversos bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de informação disponível costuma ser
diferente, como sequências, estruturas e vias metabólicas.
II - Os bancos de dados biológicos só podem ser acessados mediante o pagamento de uma mensalidade pelo
usuário.
 
6.
PubMed.
BLAST.
KEGG.
RefSeq.
GenBank.
Data Resp.: 07/11/2023 23:54:20
Explicação:
O RefSeq é um banco de dados de sequências de nucleotídeos de referência, curado por funcionários do NCBI,
que é o banco que a biomédica deveria usar para conseguir comparar a sequência obtida do paciente com uma
sequência referência não mutada de forma curada. O GenBank também é um banco de dados de sequências de
nucleotídeos, mas ele não é curado. O PubMed é banco de dados de textos biomédicos. O KEGG é um banco de
dados de vias metabólicas, principalmente. Já o BLAST não é um banco de dados, e sim uma ferramenta para
alinhamento de sequências.
03015ANOTAÇÃO GÊNICA
 
7.
O microarranjo de DNA consiste em um arranjo prede�nido de moléculas de DNA quimicamente ligadas a
uma superfície sólida.
A técnica em questão é empregada em estudos proteômicos, visto que permite a identi�cação direta das
proteínas expressas.
A expressão dos genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com brometo de etídio.
A detecção é realizada por meio de eletroforese em gel de agarose.
As lâminas de vidro utilizadas são revestidas por moléculas de lipídios.
Data Resp.: 07/11/2023 23:56:06
Explicação:
A técnica em questão é empregada em estudos transcriptômicos, visto que permite a identi�cação direta das
RNAs expressas. Para a técnica, são utilizadas lâminas de vidro revestidas com sondas de DNA. A expressão dos
genes é acompanhada com o emprego de sondas marcadas com corantes �uorescentes. A detecção é realizada
por meio de detecção da �uorescência.
 
8.
07/11/2023, 23:58 Estácio: Alunos
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III - Quanto mais detalhado o processo de curadoria dos dados disponibilizados por um banco, mais con�áveis eles
são.
Observe o cladograma abaixo:
Imagem Leandro Pederneiras
A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um
grupo para�lético.
As a�rmativas I e III são proposições verdadeiras, e a II é uma proposição falsa.
As a�rmativas I e II são proposições verdadeiras, enquanto a III é falsa.
As a�rmativas I, II e III são proposições verdadeiras.
A a�rmativa I é uma proposição verdadeira, e II e III são proposições falsa.
A a�rmativa III é uma proposição verdadeira, enquanto I e II são proposições falsas.
Data Resp.: 07/11/2023 23:57:12
Explicação:
A maioria dos bancos de dados biológicos mais conhecidos e utilizados são aqueles cujo acesso é livre, isto é,
qualquer um pode acessar e obter os dados armazenados. Eles são muito úteis para o compartilhamento de
informações e veri�cação da veracidade de dados divulgados por cientistas. No entanto, existem diversos
bancos de dados biológicos disponíveis, e o tipo de informação disponível costuma ser diferente, como
sequências, estruturas e vias metabólicas, e quanto mais detalhado for o processo de curadoria dos dados
disponibilizados por um banco, mais con�áveis eles são.
02265ANÁLISE FILOGENÉTICA
 
9.
O conjunto de espécies G H I.
O conjunto de espécies P Q R.
O conjunto de espécies J K L M.
O conjunto de espécies A F.
O conjunto de espécies U V H.
Data Resp.: 07/11/2023 23:57:48
Explicação:
Gabarito: O conjunto de espécies J K L M.
07/11/2023, 23:58 Estácio: Alunos
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Para compreender o que diz uma árvore �logenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A seguir
são listados diferentes conceitos sobre a �logenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito
das árvores �logenéticas:
Justi�cativa: Grupos para�léticos são aqueles que faltam poucos descendentes, menos da metade, para se
transformar em mono�lético. Assim, na imagem da árvore �logenética, o grupo para�lético é o conjunto de
espécies J K L M porque para ser mono�lético só falta uma espécie I. O conjunto de espécies G, H, I; A e F; P, Q, R;
U, V e H, precisariam incluir muito mais grupos para ser um grupo mono�lético, pois alguns espécies do conjunto
não apresentam um ancestral comum próximo, como é o exemplo do conjunto de espécies J K L M. Lembre-se
que para descobrir o ancestral comum de dois táxons basta caminhar sempre para trás da �logenia iniciando do
terminal (onde está o nome da espécie).
 
10.
O ponto no qual o grá�co se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore �logenética dizemos que existe um grupo
irmão.
Topologia signi�ca o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore �logenética.
Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e
colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Terminal, num cladograma, signi�ca um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
Data Resp.: 07/11/2023 23:58:50
Explicação:
Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos
e colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Justi�cativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore �logenética, também podendo ser nomes
de genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um
conjunto de descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a
árvore inicia. Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore �logenética. Um cladograma
só possui uma topologia que pode ser con�gurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu
próprio eixo não muda as relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da
árvore, a topologia muda.
    Não Respondida      Não Gravada     Gravada
Exercício inciado em 31/10/2023 10:33:07.