Atividade de Autoaprendizagem 3 - Química Medicinal Avançada

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Atividade de Autoaprendizagem 3 
Pergunta 1 
Dentre as inúmeras contribuições que a interdisciplinaridade constituída pela Química e a Informática, certamente a mais significativa tem sido o suporte tecnológico para a compreensão dos problemas da química experimental. Em ‘quimioinformática destaca-se a importância do uso de descritores moleculares para a representação de uma estrutura química. Qual seria a maior vantagem, em relação a outros métodos, com o uso desses descritores?
A possibilidade de representação tridimensional
A demonstração da disposição dos átomos envolvidos
 
Aumento da capacidade de incorporar informações
Resposta correta 
O suporte de informações relevantes
A aplicação de similaridade química
Pergunta 2 
Em modelagem Molecular de Proteínas existe a opção de se empregar um método muito eficiente para a análise da complementariedade e efetividade no processo de interação entre o fármaco e a proteína receptora, trata-se da ‘docagem molecular’. Aponte, entre as alternativas abaixo, aquela que revela a principal vantagem desse método, em relação ao tempo de acoplamento.
O tempo computacional não interfere nesse caso
A vantagem consiste na rapidez dos cálculos paramétricos
 
Apresenta menor tempo computacional que as demais técnicas
Resposta correta 
Apresenta igual tempo computacional às demais técnicas
A vantagem consiste na obtenção da estrutura 3D do receptor
Pergunta 3 
A complementariedade, na interação fármaco-receptor, foi explicada por vários modelos, hoje sendo compreendida por meio das propriedades interativas características da estrutura molecular da micromolécula que definem o grau de afinidade pela molécula receptora e o percentual de resposta que determinará as condições para que a resposta terapêutica esperada aconteça. Assinale abaixo a alternativa que indica o fenômeno responsável para que os grupamentos funcionais e as propriedades estruturais do fármaco exerçam a complementariedade no sítio receptor da macromolécula.
A natureza química do fármaco
Os ângulos de torção do fármaco
A natureza química da molécula receptora
A estereoespecificidade da molécula bioativa
Resposta correta 
O pH do meio reacional
Pergunta 4 
A aplicação da técnica por homologia em estudos e predição de compostos bioativos se desenvolve a partir do uso de ferramentas computacionais para determinação de estruturas 3D de proteínas. Em que ponto esse método é baseado para justificar essa denominação?
Na similaridade entre moléculas proteicas
Resposta correta 
Em confluência de dados parametrizados
Em função da densidade eletrônica
Em propriedades físico-químicas da micromolécula
Na função de cada proteína
Pergunta 5 
Em uma situação real na qual o pesquisador precisa escolher a melhor estratégia, em termos da química computacional, para iniciar o processo de modelagem, qual seria o um dos pontos fundamentais a serem considerados, em relação à infraestrutura?
Criação da base de dados
Quantidade de máquinas
Resposta correta 
Custo computacional
Especificação de métodos para a extração de características
Tamanho do sistema a ser estudado 
Pergunta 6 
Para que se possa descobrir e estudar a forma como atua um fármaco no organismo, é necessário conhecer também a estrutura da macromolécula receptora que se constitui no alvo farmacológico. Qual é a estratégia ‘in silico’ mais utilizada para esse estudo atualmente?
ISIS
CADD
SBDD
Resposta correta
 
PDB
LBDD
Pergunta 7 
A complexidade da estrutura proteica depende do tipo e da quantidade de aminoácidos constituintes. Existem proteínas constituídas por uma única cadeia polipeptídica, já outras podem ser constituídas por duas ou mais cadeias polipeptídicas. Quando essas cadeias são idênticas, a proteína é dita oligomérica, e as subunidades são chamadas de protômeros. Dois fatores limitam o tamanho da proteína, assinale a alternativa que apresente um fator que embora ocorra em baixa quantidade pode representar um problema complicado na síntese de proteínas grandes.
A precisão da síntese proteica
O percentual de aminoácidos aromáticos
A frequência de erros durante a síntese
Resposta correta 
A fonte de informações biológicas para a síntese
A capacidade genética da célula
Pergunta 8 
Avançando-se para o processo de otimização e visualização da molécula proposta, ainda que tenham sido utilizados programas que atenderam à qualidade pretendida, frequentemente se faz necessário usar recursos de minimização de energia e análise conformacional interativamente para otimizar essa molécula. Assinale, entre as alternativas abaixo, aquela que justifica esse procedimento.
A incapacidade do programa em gerar figuras
O desconhecimento da estrutura tridimensional
Instabilidade do banco de dados
Distorções frequentes na estrutura da molécula gerada
Resposta correta 
Ambiguidade de geometrias para as moléculas geradas
Pergunta 9 
O enovelamento da proteína será definido pelos ângulos de torção anteriores e posteriores ao carbono central (o alfa) na cadeia peptídica, sendo de fundamental importância o programa identificar esses ângulos. Qual das alternativas aponta a contribuição do Diagrama de Ramachandran para a identificação dos ângulos de torção.
O cálculo angular
O sistema facilitado de diagramação
A facilidade de decodificação do diagrama
A esquematização em gráficos para cada resíduo de aminoácido
Resposta correta 
A disponibilidade de informações de ângulos diedros
Pergunta 10 
O formato PDB permite armazenamento de informações sobre a técnica experimental usada para determinação da estrutura, detalhes sobre a macromolécula, origem, fonte, forma de obtenção, referências dos artigos relacionados à estrutura depositada e as coordenadas atômicas, devido a qual característica das listadas abaixo?
Por ser rígido
Resposta correta 
Domínio público
Pela flexibilidade do formato
Capacidade de restringir informações
Por ser o mais utilizado