Busca Eficiente no PubMed

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Verifique o seu desempenho e continue
treinando! Você pode refazer o exercício
quantas vezes quiser.
A
1
O PubMed é um dos bancos de dados
disponíveis no portal do NCBI. A partir dele,
podemos buscar por artigos científicos da área
biomédica publicados por cientistas em todo o
mundo. Caso você queira direcionar a sua
busca para obter artigos mais adequados ao
seu interesse, o que poderia ser feito?
Utilizar os filtros de busca, que
incluem ano e tipo de artigo, por
exemplo, ou, ainda, optar pela busca
avançada.
Questão de 10
Em branco
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6 7 8 9 10
Feedback
Ncbi e Alinhamento De
Sequências
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Pagar uma assinatura mensal ao
PubMed para que ele direcione
automaticamente suas buscas de
acordo com os critérios que você
deseja.
Não existe a possibilidade de
direcionar a busca, é necessário
avaliar todos os títulos que aparecem
como resultado para escolher aqueles
mais adequados.
Cadastrar seus dados profissionais e
receber uma autorização para acessar
a parte restrita do PubMed que
permite buscas avançadas.
Acessar o PubMed por meio de rede
de Internet de instituição pública,
como universidades ou bibliotecas. Só
assim é possível direcionar a busca
por artigos.
Opa! A alternativa correta é a letra
A. Confira o gabarito comentado!
O PubMed, disponível no portal do NCBI,
permite que qualquer usuário realize
buscas direcionadas utilizando filtros ou o
modo avançado. Esses recursos
possibilitam a personalização da busca,
tornando-a mais eficiente e adequada ao
interesse do usuário. Vale ressaltar que aFeedback
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A
B
disponibilidade completa de alguns artigos
pode variar, pois isso depende da política
da revista em que o artigo foi publicado, e
não do próprio PubMed. Portanto, a
alternativa correta é a A, que sugere a
utilização dos filtros de busca e a opção
pela busca avançada.
2
Considere o alinhamento de uma sequência
nucleotídica desconhecida em relação a um
banco de dados de genes associados ao
desenvolvimento de câncer usando a
ferramenta BLAST. A partir dessa situação,
são descritas algumas características desse
programa. Assinale a alternativa que retrata
a utilização correta dessa ferramenta.
A variação da ferramenta indicada
nesse caso é o BLASTp, que compara
sequência de nucleotídeos contra um
banco de dados de proteínas.
Quanto menor o valor de e-value,
menor a probabilidade de o
alinhamento ter sido obtido ao acaso
com uma sequência do banco de
dados.
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A opção de BLASTn deve ser
escolhida, uma vez que compara
sequência de aminoácidos contra um
banco de dados de proteínas.
Se o valor de e-value for igual a 0.0, o
alinhamento deve ser desconsiderado,
pois ocorreu ao acaso.
Caso encontre o e-value igual a 100%,
a sequência desconhecida será
idêntica à sequência no banco de
dados.
Opa! A alternativa correta é a letra
B. Confira o gabarito comentado!
O valor de e-value é um indicador da
significância estatística do alinhamento
realizado com a ferramenta BLAST. Valores
iguais ou muito próximos de zero são
desejáveis, pois indicam que a
probabilidade de o alinhamento ter ocorrido
por acaso é extremamente baixa. Portanto,
quanto menor o valor de e-value, mais
confiável é o alinhamento. A alternativa B
está correta, pois afirma que um valor de e-
value menor indica uma menor
probabilidade de o alinhamento ter ocorrido
ao acaso. As variantes BLASTn e BLASTp
são usadas para comparar sequências de
nucleotídeos e aminoácidos,
respectivamente, com bancos de dados
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correspondentes.
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Escolha a opção que justifique por que é
importante que o comprimento do produto
amplificado pela reação de PCR seja maior que
150 pares de bases (pb).
Estabelecer um comprimento mínimo
do produto aumenta a especificidade
da reação.Primers que se ligam ao
redor de regiões menores que 150pb
formam estruturas secundárias com
maior facilidade.
Primers que se ligam ao redor de
regiões menores que 150pb formam
estruturas secundárias com maior
facilidade.
A enzima Taq DNA polimerase não
consegue amplificar segmentos de
DNA menores que 150pb.
A temperatura de anelamento para
amplificar uma região menor que
150pb é maior que 72°C.
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Produtos amplificados menores que
150pb podem se confundir com restos
de primers que não se ligaram ao DNA
e ficam no final da eletroforese.
Opa! A alternativa correta é a letra
E. Confira o gabarito comentado!
O comprimento do produto amplificado
pela reação de PCR é um fator crucial para
a eficácia do processo. O tamanho ideal do
produto da PCR está entre 150 e 1.000
pares de bases (pb). Produtos amplificados
menores que 150pb podem ser
confundidos com restos de primers que
não se ligaram ao DNA e aparecem no final
do gel da eletroforese. Isso pode levar a
resultados imprecisos ou enganosos. Além
disso, se a região amplificada for muito
grande, a DNA polimerase pode não
conseguir adicionar todos os nucleotídeos
necessários, o que pode resultar em uma
reação de PCR ineficaz. A enzima Taq DNA
polimerase, em particular, tem dificuldade
para amplificar produtos maiores que
1000pb. Portanto, é importante garantir que
o comprimento do produto amplificado
esteja dentro do intervalo ideal para
garantir a precisão e a eficácia da reação
de PCR.
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�PR4 � UFRJ � Biólogo - UFRJ � Biologia
Molecular - 2016�
Um pesquisador e sua equipe acabam de obter
a sequência de nucleotídeos de um gene de
camundongo anteriormente desconhecido.
Querendo saber se esse gene ou um gene
similar está presente no genoma humano, ele
deve recorrer à seguinte ferramenta de
bioinformática:
Mega.
Multialignm.
Velvet.
GenBank.
BLAST.
Opa! A alternativa correta é a letra
E. Confira o gabarito comentado!
O BLAST é um software utilizado para
alinhamento local e simples de sequências
biológicas, que podem ser de nucleotídeos
ou aminoácidos. No contexto da questão, oFeedback
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pesquisador deseja verificar se a sequência
de nucleotídeos de um gene de
camundongo, até então desconhecido, está
presente no genoma humano. Para isso, o
BLAST é a ferramenta mais adequada, pois
permite a comparação de sequências
simples. As demais opções apresentadas
na questão têm funções diferentes: o Mega
é um software para análises filogenéticas;
o Multialignm é um programa para
alinhamento múltiplo de sequências; o
Velvet é um algoritmo para montagem de
genomas; e o GenBank é um banco de
dados.
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�UFSM, 2006, Biólogo) As temperaturas são
essenciais para a realização da amplificação do
DNA por PCR. Associe a segunda coluna com a
primeira.
1. de 0°C a 10°C
2. de 35°C a 65°C
3. 72°C
4. 82°C
5. de 90°C a 96°C
( ) Maior probabilidade de alinhamento dos
primers com a fita molde.
( ) Formação de fitas-molde a partir de todos os
segmentos.
( ) Ideal para ação da enzima Taq-DNA-
polimerase.
( ) Ideal para extensão dos primers a partir da
extremidade 3'.
( ) Estabelecimento de ligações - pontes de
hidrogênio, o DNA da amostra e os primers.
3 � 4 � 5 � 4 � 2.
5 � 4 � 1 � 5 � 3.
4 � 2 � 3 � 2 � 1.
2 � 3 � 1 � 3 � 4.
2 � 5 � 3 � 3 � 2.
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Opa! A alternativa correta é a letra
E. Confira o gabarito comentado!
Na técnica de amplificação do DNA por
PCR, diferentes temperaturas são utilizadas
para diferentes etapas do processo. Na
etapa de desnaturação, a temperatura está
entre 90�96°C �5�, momento em que a
dupla fita do DNA se separa, formando
fitas-molde a partir de todos os segmentos.
A etapa de anelamento ocorre entre 35°C a
65°C �2�, quando os primers se anelam na
região complementar do molde,
estabelecendo ligações - pontes de
hidrogênio, entre o DNA da amostra e os
primers. Após essa etapa, a enzima Taq-
DNA-polimerase atua, adicionando os
nucleotídeos, em uma temperatura de 72°C
�3�, que é ideal para a extensão dos
primers a partir da extremidade 3'. As
faixas de temperatura entre 0°C a 10°C �1) e
82°C �4) não são utilizadas durante o ciclo
do PCR.
6
Durante um noticiário na televisão que falava
sobre notícias na área de ciência e
tecnologia, o repórter citou o termo NCBI.
Dona Rosângela, curiosa, perguntou a seu
neto o significado daquele termo. Qual seria
a resposta correta que o neto de DonaFeedback
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Rosângela deveria dar?
O NCBI é um banco de dados de
sequências de nucleotídeos curadas e
sem redundância.
O NCBI é uma ferramenta usada para o
alinhamento de sequências biológicas.
O NCBI se trata apenas de um banco
de dados de artigos científicos da área
biomédica.
O NCBI é um portal que apresenta
bancos de dados e ferramentas
importantes para a área
biotecnológica.
O NCBI é um programa on-line para o
desenho de primers.
Opa! A alternativa correta é a letra
D. Confira o gabarito comentado!
O NCBI �Centro Nacional para Informação
Biotecnológica) é uma organização que
gerencia um portal amplamente
reconhecido no campo da bioinformática.
Este portal disponibiliza diversos bancos de
dados biológicos e ferramentas para sua
análise. O objetivo do NCBI é centralizar os
resultados de pesquisas realizadas porFeedback
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cientistas ao redor do mundo, facilitando o
acesso e a manipulação desses registros.
Esta iniciativa contribui significativamente
para o avanço do conhecimento na área
biotecnológica. Dentro do NCBI,
encontramos o GenBank e o PubMed, que
são bancos de dados disponíveis no portal.
Além disso, a ferramenta BLAST, utilizada
para o alinhamento de sequências, também
está implementada neste portal. Portanto, o
NCBI não se limita a ser apenas um banco
de dados, mas sim um portal abrangente
que oferece diversas ferramentas e
recursos para a área biotecnológica.
7
Em uma análise utilizando a PCR, Lucas
encontrou como resultado a amplificação de
várias regiões diferentes do DNA das
amostras analisadas. O que ele esperava era
encontrar apenas uma região amplificada,
somente nas amostras positivas. Para
solucionar o problema, seu chefe sugeriu,
então, que ele desenhasse um novo par de
primers e prestasse atenção no
comprimento em nucleotídeos, para
melhorar a especificidade. Você diria para
Lucas desenhar um novo par de primers
com um comprimento maior ou menor que o
par de primers que ele havia usado primeiro?
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Maior, pois assim aumenta a chance
dos primers se ligarem somente na
região alvo.
Menor, pois assim aumenta a chance
dos primers se ligarem somente na
região alvo.
Maior, dessa forma os primers podem
se ligar a diferentes regiões ao longo
do genoma.
Menor, dessa forma os primers podem
se ligar a diferentes regiões ao longo
do genoma.
Igual, pois o comprimento não
interfere na especificidade dos
primers.
Opa! A alternativa correta é a letra
A. Confira o gabarito comentado!
A especificidade de um primer é crucial
para garantir que a região do DNA que será
copiada seja exatamente a desejada. No
cenário apresentado, ocorreu a
amplificação de várias sequências
indesejadas. Para aprimorar a
especificidade, é recomendado aumentar o
número de nucleotídeos. Isso ocorre
porque quanto maior o comprimento de umFeedback
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primer, mais específico ele se torna.
Sequências curtas de primers podem
ocorrer de forma aleatória ao longo do
DNA, e não apenas na região de interesse.
Portanto, ao utilizar um número maior de
nucleotídeos, a especificidade do alvo é
aprimorada, permitindo que a amplificação
ocorra apenas na região desejada.
8
Aline é biomédica e trabalha em um laboratório
para diagnóstico de doenças genéticas. Um dos
genes mais pesquisados é o brca1, que quando
sofre mutações específicas está associado ao
risco aumentado de câncer. Para identificar as
mutações, é necessário comparar a sequência
obtida do paciente com uma sequência
referência não mutada. Qual banco de dados,
disponível no NCBI, Aline pode consultar para
conseguir uma sequência referência curada
para o gene brca1?
PubMed.
GenBank.
BLAST.
RefSeq.
Feedback
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E KEGG.
Opa! A alternativa correta é a letra
D. Confira o gabarito comentado!
O banco de dados que Aline deve consultar
para obter uma sequência referência
curada para o gene brca1 é o RefSeq. Este
é um banco de dados de sequências de
nucleotídeos de referência, que é
cuidadosamente curado por funcionários
do NCBI. Diferentemente do GenBank, que
também é um banco de dados de
sequências de nucleotídeos, o RefSeq é
curado, o que significa que as sequências
são verificadas e atualizadas regularmente
para garantir sua precisão. O PubMed é um
banco de dados de textos biomédicos,
enquanto o KEGG é um banco de dados de
vias metabólicas. O BLAST, por outro lado,
não é um banco de dados, mas sim uma
ferramenta para alinhamento de
sequências. Portanto, para a tarefa de
Aline, o RefSeq é a opção mais adequada.
9
Julgue as afirmativas a seguir sobre a
ferramenta BLAST, usada para alinhamento de
sequências e disponível no portal do NCBI.
I. Muito usada para sequências com apenasFeedback
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alguns trechos/locais conservados.
II. Importante utilizá-la quando duas sequências
têm tamanhos próximos, pois toda extensão da
sequência será comparada.
III. O alinhamento é feito par a par, comparando
apenas duas sequências por vez.
IV. Usada para busca em banco de dados de
sequências.
É correto o que se afirma em:
I, III e IV.
II e III.
II e IV.
II, III e IV.
I e II.
Opa! A alternativa correta é a letra
A. Confira o gabarito comentado!
A ferramenta BLAST é amplamente
utilizada para o alinhamento de sequências,
especialmente quando estas possuem
apenas alguns trechos ou locais
conservados, conforme afirmado na opção
I. Além disso, o alinhamento é realizado de
maneira par a par, ou seja, compara-seFeedback
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apenas duas sequências por vez, como
mencionado na opção III. A ferramenta
também é utilizada para busca em bancos
de dados de sequências, como afirmado na
opção IV. Portanto, as afirmações I, III e IV
estão corretas. A opção II não está correta,
pois a ferramenta BLAST não
necessariamente compara toda a extensão
da sequência, especialmente quando as
sequências têm tamanhos distintos. Ela
foca nas regiões de maior similaridade,
tornando-a ideal para sequências mais
divergentes.
10
Muitos programas de computador já foram e
continuam sendo desenvolvidos para auxiliar
no desenho de primers usados na PCR
�Reação em Cadeia de Polimerase). Dentre
eles, podemos citar o Primer3,que pode ser
usado de forma on-line por qualquer pessoa.
Qual das opções abaixo contém uma
informação essencial que o usuário precisa
fornecer obrigatoriamente, para que um
programa consiga desenhar primers?
Temperatura de melting.
Temperatura de anelamento.
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Sequência de nucleotídeos do alvo no
DNA.
Conteúdo GC.
Tamanho do produto amplificado.
Opa! A alternativa correta é a letra
C. Confira o gabarito comentado!
Os primers são sequências de nucleotídeos
que são complementares à sequência
molde que desejamos amplificar. Essas
sequências moldes podem ser obtidas em
bancos de dados biológicos de sequências
de nucleotídeos, como o GenBank e o
RefSeq, disponíveis no portal do NCBI. Nos
programas utilizados para desenhar esses
oligonucleotídeos, é imprescindível ter essa
sequência para desenhar uma sequência
complementar de primers. As outras
alternativas da questão são todos
parâmetros para o desenho de primers,
mas o usuário não precisa necessariamente
alterar as configurações do programa, a
menos que ele considere necessário.
Portanto, a alternativa correta é a 'C', pois a
sequência de nucleotídeos do alvo no DNA
é a informação essencial que o usuário
precisa fornecer obrigatoriamente para que
um programa consiga desenhar primers.
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