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PCR Reação em Cadeia da Polimerase Atua e ajuda: na realização de Exames laboratoriais identificar e quantificar substâncias e agentes patogênicos BIOLOGIA MOLECULAR A Sorologia sempre funciona ? Infecções fulminantes por vírus, infecções com risco de evolução maligna necessitam de um diagnóstico precoce Sangue Urina Outros fluidos corporais Bulbo capilar Cortes de tecidos (biópsias frescas ou em blocos de parafina). Quais AMOSTRAS usar? Surgimento da PCR Kary Mullis, geneticista Nobel Prize em Química (1993) pelo desenvolvimento de um método que permite sintetizar, em poucas horas e in vitro, uma grande quantidade de um determinado fragmento de DNA. Seus estudos em 1985 permitiram amplificar o DNA Saiki, R., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K., Horn, G., and Erlich, H. (1985). Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 230: 1350-54 Mullis, K. and Faloona, F. (1987). Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase- catalyzed chain reaction. Methods Enzymol 155: 335-35 a técnica e vendeu para a empresa Karl Mullis (1987) – Patenteou Hoffmann-La Roche em 1991. Quais foram as limitações? Síntese de oligonucleotídeos (primers) Purificação de DNA polimerase Mullis inovou: Conseguiu especificidade na cópia de segmentos específicos, introduzindo o conceito de primer de PCR, e na utilização de uma DNA polimerase termoestável. Fig. 1: Kary Mullis, inventor da PCR, em foto de 1994 (Nobel Academy) Mullis Taq DNA polimerase Thermus aquaticus P e r m i t e mudança na temperatura Primer Especificidade da reação Mimetizar a replicação do DNA em regiões específicas do genoma São pequenas sequências de oligonucleotídeos DNA molde Primer Especificidade da Reação Primers PCR – Reação em Cadeia da Polimerase 3. TAQ POLIMERASE Thermus aquaticus Thermus acquaticus JOURNAL OF BACTERIOLOGY, Aug. 1969, p. 289-297 Vol. 98, No. I Thermus aquaticus gen. n. and sp. n., a Nonsporulating Extreme Thermophile THOMAS D. BROCK AND HUDSON FREEZE Department of Microbiology, Indiana University, Bloomington, Indiana 47401 The isolation of a new thermophilic bacterium, Thermus aquaticus gen. n. And sp. n., is described. Successful enrichment requires incubation at 70 to 75 C, and the use of nutrient media relatively dilute with respect to the organic components. Strains of T. aquaticus have been isolated from a variety of thermal springs in Yellowstone National Park and from a thermal spring in California. The organism has also been isolated from man-made thermal habitats, such as hot tap water, in geographical locations quite distant from thermal springs. Isolates of T. Aquaticus are gram-negative nonsporulating nonmotile rods which frequently form long filaments at supraoptimal temperatures or in the stationary phase. The optimum temperature for growth is 70 C, the maximum 79 C, and the minimum about 40 C. The generation time at the optimum is about 50 min. PCR DNA Aquecer Inserir os Primers Sintetize da fita de DNA 1. Desnaturação 2. Anelamento 3. Extensão Etapas Anelamento 37°C - 65°C Extensão 72°C 25-35 ciclos Desnaturação 93°C - 95°C Desnaturação 93°C - 95°C Polymerase Chain Reaction (reação em cadeia da polimerase) Reação enzimática de polimerização de DNA in vitro É uma reação cíclica na qual os produtos de um ciclo são substratos para o ciclo seguinte Amplificação de sequências específicas de DNA, permitindo sua visualização e/ou análise posterior É um processo termodinâmico e enzimático PCR Reação para amplificação de segmento específico de DNA Exon especifico de um gene humano Quais são as aplicações da PCR? Diagnósticos moleculares Identificação e isolamento de genes Marcadores moleculares Expressão gênica Aplicações Teste de Identificação de indivíduos polimorfismo Elementos da PCR DNA amostra, DNA polimerase, Termociclador – substitui a helicase e dNTPs – nucleotídeos trifosfatados Elementos da PCR (dNTPs) PCR – Reação em Cadeia da Polimerase Sequência alvo Sequência alvo 1. MOLDE DE DNA PCR – Reação em Cadeia da Polimerase 2. PRIMERS DE DNA – 2 (“SENSE” E “ANTI-SENSE”) ATTCCAGAGC CGTCAATGGT 5’ 3’ TAAGGTCTCG 5’ 3’ GCAGTTACCA prim er prim er PCR – Reação em Cadeia da Polimerase 3. TAQ POLIMERASE Thermus aquaticus PCR – Reação em Cadeia da Polimerase 4. NUCLEOTÍDEOS dAT P dTTP dCT P dGT P PCR – Reação em Cadeia da Polimerase 5. TERMOCICLADOR Bloco aqueci do Painel de controle microtu bos Ciclos de PCR Temp (oC) tempo 90oC 50-60oC 70oC Temperatura de desnaturação Temperatura de anelamento Temperatura de extensão Ciclos de PCR ATTCCAGAGC CGTCAATGGT 90oC CGTCAATGGT ATTCCAGAGC Ciclos de PCR CGTCAATGGT ATTCCAGAGC 50- 60oC CGTCAATGGT ATTCCAGAGC 5’ 3’ GCAGTTACCA 5’ TAAGGTCTCG 3’ Ciclos de PCR CGTCAATGGT ATTCCAGAGC 5’ 3’ GCAGTTACCA 5’ TAAGGTCTCG 3’ CGTCAATGGT ATTCCAGAGC 5’ 3’ GCAGTTACCA 5’ TAAGGTCTCG 3’ 70oC Ciclos de PCR Ciclos de PCR Termocicladores Amplificação Exponencial Ao sair do termociclador a aparência é a mesma – revelação da região amplificada http://teach.genetics.utah.edu / Eletroforese Eletroforese Interpretando os Resultados Trabalhando com PCR convencional 1. Etapas Pré- PCR: Coleta da Amostra Estabilização Extração do Ácido Nucleico 2. PCR ou Ciclagem: Preparo da Reação Termociclagem 3. Pós-PCR: Análise em Gel