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Tipos de Eletroforese
Há diversos tipos de eletroforese como:
( Eletroforese livre (frente móvel)
( Eletroforese de zona
( Eletroforese em papel
( Eletroforese em acetato de celulose
( Eletroforese em gel (SDS-PAGE)
( Focagem ou focalização isoeléctrica
( Eletroforese bidimensional
Eletroforese livre (frente móvel)
Nesse método realizado por Tiselius em 1937, as substâncias a separar introduzem-se num tubo em formato de U, dissolvidas num tampão de pH adequado. Estabelece-se um limite entre a dissolução protéica e o tampão eletroforético. Ao aplicar-se a corrente, a frente protéica desloca-se por ação do campo. O avanço da frente pode seguir-se mediante observação ultravioleta.
Eletroforese capilar de zona (CZE) 
A eletroforese de zona em solução livre é a técnica mais utilizada e tem esta denominação devido ao fato de que o capilar e os reservatórios contendo os eletrodos são cheios com um tampão (denominado eletrólito carreador), o qual conduz a corrente elétrica e fornece a capacidade tamponante. A amostra, contendo uma mistura iônica, é introduzida no capilar como uma banda de pequena espessura. Sob a influência do campo elétrico, as espécies iônicas da amostra e do tampão migram para o eletrodo correspondente, isto é, cátions em direção ao cátodo e ânions em direção ao ânodo, como é mostrado na Figura 1.
Eletroforese em papel
O papel de filtro foi o primeiro suporte utilizado nos métodos eletroforéticos de zona. O papel empapa-se com a solução tampão e coloca-se de modo conveniente entre os eletrodos. A amostra aplica-se no centro ou em qualquer das extremidades do papel, dependendo das substâncias a separar e do pH do tampão.
Quando se quer separar substâncias de baixo peso molecular, como aminoácidos ou peptídeos, a difusão produzida pode evitar-se aumentando a diferença de potencial entre os eletrodos reduzindo o tempo de separação. Este tipo de eletroforese chama-se eletroforese de alta voltagem.
A eletroforese em papel pode também utilizar-se para o cálculo de pontos isoelétricos.
O papel apresenta os inconvenientes de uma grande evaporação, maior na eletroforese de alta voltagem, pelo que é necessário refrigerar o dispositivo de separação. Outro inconveniente é o fluxo eletroendosmótico, movimento de arraste originado pelos íons do tampão de separação.
A eletroforese em papel não é útil na separação de ácidos nucléicos, pois a quantidade de cargas por massa molar de ácido nucléico é praticamente constante, independentemente do tamanho ou da seqüência de nucleotídeos da molécula. Sendo assim, todas as moléculas de ácido nucléico em uma solução sofreriam a mesma atração eletrostática pelo pólo positivo. Mas, como o suporte de papel não apresenta grande capacidade de separar moléculas com base no tamanho molecular, os diferentes fragmentos de ácido nucléico não seriam separados nesse suporte.
Eletroforese em Acetato de Celulose
É um meio de fracionamento de substâncias	 que se processa com rapidez e eficiência. As vantagens dessa técnica são: A absorção das substâncias analisadas se processa homogeneamente (microporosidade e composição química relativamente pura); Fracionamento rápido; aplicação de pequenas quantidades de amostra e transparentização.
A eletroforese em acetato de celulose pH alcalino é de importância central no estabelecimento da presença das hemoglobinopatias mais comuns, por exemplo. Esta metodologia separa as hemoglobinas comuns em cinco grupos em função da sua mobilidade: grupo C (HbC, A2, E, Oarábica), grupo S (HbS, D, G, Lepore),  grupo A (HbA, M, algumas instáveis e algumas com afinidade aumentada pelo O2), grupo J (HbJ, K, NBaltimore), grupo H (HbH, I, Bart).  Para distinguir estas hemoglobinas que migram no mesmo grupo, procede-se ulteriormente a eletroforese em agar citrato pH ácido, na qual há uma separação diferente  como mostra o quadro:
 
Eletroforese em Gel de Poliacrilamida - SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulfate Polycrylamide Gel Electrophoresis Laemmli)
O objetivo do SDS é desnaturar a proteína, isto é, converter a proteína numa estrutura linear (a sua forma nativa é, geralmente, globular) e conferir-lhe densidade de carga uniforme, de forma a poderem ser separadas por eletroforese, somente, em função do tamanho (massa molecular). O SDS tem uma alta carga negativa e pH 7 e tem uma cauda hidrofóbica que interage com as cadeias das proteínas (polipeptídeos). O número de moléculas de SDS que se ligam às proteínas é proporcional ao número de aminoácidos que constituem as mesmas, pois se liga na razão de uma molécula por ligação peptídica.
Se as proteínas desnaturadas são postas num campo elétrico, todas elas se moverão para o pólo positivo, na mesma proporção, sem possibilidade de avaliar a distância migrada. Então, é necessário colocá-las num ambiente que permita que proteínas de variados tamanhos se desloquem a velocidades diferentes, sendo o meio adequado o gel de poliacrilamida (polímero de monômeros de acrilamida).
	De seguida, aplica-se uma corrente elétrica e, como tal, as moléculas movem-se ao longo do gel de poliacrilamida (a todo este processo chama-se Eletroforese em Gel de Poliacrilamida), migrando mais rapidamente as de menores dimensões. 
Foto do gel de poliacrilamida após separação das proteínas
Eletroforese Bidimensional
Como as bandas protéicas tendem a sobrepor-se, os métodos unidimensionais de separação, como a eletroforese em gel de poliacrilamida (SDS), podem apenas separar um número relativamente pequeno de proteínas (geralmente menos de 50), a eletroforese de um gel bidimensional, ao combinar dois processos de separação distintos, pode ser usado para separar mais de 1000 proteínas.
Em uma primeira etapa as proteínas são separadas em função da sua carga nativa. As cadeias polipeptídicas são, então, separadas por um processo de focagem isoelétrica. Em uma etapa posterior o gel de poliacrilamida com forma de cilindro que contém as proteínas separadas por focagem isoelétrica é sujeito, novamente, a eletroforese, mas em uma direção em ângulo reto àquela usada na primeira etapa. O gel original é mergulhado em SDS e depois colocado numa extremidade de um “slab” de gel de poliacrilamida SDS, através do qual cada cadeia polipeptídica migra em função do seu tamanho observando-se no resultado final como um ponto “sptot”.
As únicas proteínas que não são separadas serão aquelas que terão idêntico tamanho e ponto isoelétrico, uma situação relativamente rara. Até quantidades vestigiais de cada cadeia polipeptídica pode ser detectada no gel por vários processos de coloração – ou por autor-radiografia se a amostra da proteína tiver sido previamente marcada por um radioisótopo. 
O poder de separação é tão grande que duas proteínas que diferem em apenas um aminoácido carregado podem ser prontamente distinguidas.
Fontes: http://www.biology.arizona.edu/immunolo/activities/western_blot/west3html
http://www.biology.arizona.edu/immunolo/activities/western_blot/west3html
http://www.iacs.com.br/txt/inf108.htm 
http://www.proead.unit.br/professor/wanessa/arquivos/textos/AULA%20DE%20ELETROFORESE.pdf
http://www.dbio.uevora.pt/LBM/Foco/Electroforese/electrofores.html#_Toc485280663
http://pt.scribd.com/doc/14171715/Relatorio-aula-pratica-Eletroforese

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