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Design de Primers Profa. Dra. Mariana Melo Faculdade Maurício de Nassau Primer (Iniciador) • Sequência de nucleo=deos u>lizada em técnicas como PCR e sequenciamento de DNA • Sinte>zados em laboratórios • Função: assim como os primers sinte>zados pela enzima primase durante o processo de replicação, os primers sinté>cos têm a função de fornecer uma extremidade 3’ a par>r da qual a DNA polimerase (Taq polimerase) pode iniciar a adição de nucleo=deos O que levar em consideração ao fazer o design do primer? • Tm – temperatura de desnaturação: temperatura em que metade da fita dupla se dissocia e forma ssDNA – Existem programas específicos para calcular Tm • Probabilidade de pareamentos não-‐desejados – loops, hairpins – dímeros • Comprimento: entre 17 e 28 nucleo=deos – Especificidade • Evitar sequências poliA, poliT, poliC, poliG, polipirimidinas (T,C) e polipurinas (A,G) – 50% GC • Final 3’ do primer deve sempre ser G ou C – Pontes de Hidrogênio O que levar em consideração ao fazer o design do primer? Programas de Computador • Sequência a ser amplificada – Genes de interesse – GeneBank: banco de dados com sequências de genomas já conhecidos • Cálculo das temperaturas – De desnaturação – De anelamento • Determinação da especificidade do primer – BLAST – Basic Local Alignment Search Tool
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