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1 Prof. Dr. Marcos Sousa 1 Material genético DNA e Estrutura Molecular dos Cromossomos Prof. Dr. Marcos Sousa 2 Ácidos Nucléicos Toda a informação que uma célula necessita durante a sua vida e a de seus descendentes, está organizada em forma de código nas fitas dos ácidos nucléicos Constituem os armazenadores e transmissores de informação nos seres vivos Existem dois tipos de ácidos nucléicos Ácido desoxirribonucléico ou DNA Ácido ribonucléico ou RNA Ambos são polímeros lineares de nucleotídeos conectados entre si via ligações covalentes denominadas ligações fosfodiéster Prof. Dr. Marcos Sousa 3 Proteínas A forma e o funcionamento de qualquer célula são decorrentes direta ou indiretamente da presença de um arsenal de proteínas. As proteínas são macromoléculas informacionais sintetizadas sob o comandos de instruções específicas presentes nos ácidos nucléicos. Alterações nos genes podem acarretar em mudanças na conformação e na atuação das nossas proteínas De maneira simplista, cada gene (parte funcional do DNA) codifica uma proteína Prof. Dr. Marcos Sousa 4 Proteínas:níveis de complexidade estrutural Prof. Dr. Marcos Sousa 5 Qual molécula possui a informação genética? 1928, Griffith, F. Prof. Dr. Marcos Sousa 6 •1952: Alfred D. Hershey e Martha Chase 2 Prof. Dr. Marcos Sousa 7 DNA: material genético Núcleo sob forma de cromossomos; Mitocôndrias; Cloroplastos de células vegetais. Bactérias Vírus Prof. Dr. Marcos Sousa 8 Funções do Material Genético Replicação – função genotípica Expressão gênica – função fenotípica Mutações – função evolutiva Prof. Dr. Marcos Sousa 9 DNA: Estrutura e Composição Prof. Dr. Marcos Sousa 10 DNA: composição Grupo fosfato Açúcar com cinco carbonos (pentose) Bases nitrogenadas Pirimidinas Purinas Prof. Dr. Marcos Sousa 11 Bases Nitrogenadas As bases nitrogenadas são de dois tipos: Púricas: Adenina (A) e Guanina (G) Pirimídicas: Timina (T), Citosina (C) e Uracil (U) As purinas são constituídas de dois anéis fundidos de 5 e 6 átomos e as pirimidinas de um único anel de 6 átomos Apenas quatro tipos diferentes de bases são encontrados em um dado polímero de ácido nucléico No DNA as bases constituintes são A, G, C, e T enquanto no RNA são A, G, C, e U Uracila e Timina são moléculas bastante relacionadas, diferindo apenas pelo grupo metila encontrado no átomo C5 do anel pirimídico da Timina Prof. Dr. Marcos Sousa 12 Bases Nitrogenadas (a) Bases Pirimidinas (b) Bases Purinas DNA: A, T, G, C RNA: A, U, G, C (2 anéis de Carbono e Nitrogênio) (1 anel de Carbono e Nitrogênio) 3 Prof. Dr. Marcos Sousa 13 DNA: Composição Prof. Dr. Marcos Sousa 14 Ácidos nucléicos Nucleotídeo: grupo fosfato + pentose + base nitrogenada • Composição química DNA RNA Prof. Dr. Marcos Sousa 15 Erwin Chargaff Prof. Dr. Marcos Sousa 16 Descobertas que ajudaram na elucidação da estrutura do DNA 1953 – Rosalind Franklin e Maurice Hugh Frederick Wilkins 1920 - 1958 1916 - 2004 Prof. Dr. Marcos Sousa 17 1953: James Watson Francis Crick Estrutura do DNA 2003: James Watson Born 1928 Francis Crick Born 1916 Died 2004 Nobel Prize in Physiology or Medicine 1962 Prof. Dr. Marcos Sousa 18 Estrutura do DNA 4 Prof. Dr. Marcos Sousa 19 Estrutura do DNA James Watson e Francis Crick (1953) modelo tridimensional para a estrutura do DNA baseando-se em estudos de difração de raio-X Duas cadeias helicoidais de DNA, enroladas ao longo de um mesmo eixo, formando uma dupla hélice de sentido rotacional à direita. Na dupla hélice as duas fitas de DNA estão em direção opostas, isto significa que são anti-paralelas. Prof. Dr. Marcos Sousa 20 Estrutura do DNA O grupo fosfato e o açúcar (parte hidrofílica) - estão localizados na parte externa da molécula As bases nitrogenadas (parte hidrofóbica) - estão localizadas na parte interna da molécula O pareamento das bases de cada fita se dá de maneira padronizada, sempre uma purina com uma pirimidina, especificamente: adenina com timina e citosina com guanina A proximidade destas bases possibilita a formação de pontes de hidrogênio Adenina forma duas pontes de hidrogênio com a timina e a citosina forma três pontes com a guanina Prof. Dr. Marcos Sousa 21 DNA: Estrutura Prof. Dr. Marcos Sousa 22 O B-DNA é o predominante em condições fisiológicas A Dupla Hélice 1 volta = 11 pb 1 volta=10 pb 1 volta=12pb Prof. Dr. Marcos Sousa 23 O DNA A é formado em condições com pouca água. O DNA B é o mais frequente, mas o DNA Z também é encontrado na célula, quando existe alta concentração de cátions. Admite-se que o DNA Z é "silencioso", isto é, não pode ser transcrito. A transição B-Z seria, assim, um recurso para silenciar grandes blocos de genes. (Metilação!) Já existem 21 estruturas de DNA conhecidas! Prof. Dr. Marcos Sousa 24 A forma predominante de torção da espiral do DNA é para a direita ou sentido horário A e BZ 5 Prof. Dr. Marcos Sousa 25 Estabilidade do DNA A estabilidade da dupla hélice resulta em parte do grande número de pontes de hidrogênio entre os pares de bases A estabilidade e regularidade estrutural da molécula de DNA, deve-se principalmente ao fato dos anéis de desoxirribose não possuirem grupos hidroxila no C2’ Isto é uma característica desejável para uma molécula que tem armazenado e transmitido a informação genética durante milhões de anos de evolução. Prof. Dr. Marcos Sousa 26 Propriedades Químicas e Físicas do DNA PH=7,0 PH alcalino para separar as fitas Prof. Dr. Marcos Sousa 27 Temperatura oC T’m Desnaturação de DNA Temperatura de fusão (melting) metade das fitas está separada Prof. Dr. Marcos Sousa 28 Desnaturação em função do conteúdo de GC T’m Prof. Dr. Marcos Sousa 29 DNA x RNA As diferenças entre RNA e DNA não se restringem aos tipos de monômeros constituintes Na maioria das vezes o DNA apresenta-se como uma longa hélice dupla com uma estrutura secundária regular e simples Os RNAs são, geralmente, moléculas de fita única bem menores que o DNA, apresentando uma enorme diversidade de estruturas secundárias Estas características estruturais estão relacionadas às funções destas duas macromoléculas na célula Prof. Dr. Marcos Sousa 30 Flexibilidade do RNA O RNA, constituído de riboses é muito mais reativo e flexível que o DNA Além disto, o fato de ser fita simples permite um emparelhamento intramolecular de bases, gerando estruturas bastante complexas Ao adquirir diferentes conformações numa estrutura tridimensional, as moléculas de RNA podem, inclusive, apresentar sítios ativos que catalisem reações químicas da mesma forma que as enzimas protéicas A grande flexibilidade dos RNAs que lhes permite executar uma atividade fundamental na célula Interpretar o código contido na linguagem de nucleotídios e descodificá-lo para a linguagem de aminoácidos A molécula de RNA é o intermediário no fluxo de informações dentro da célula, do DNA às proteínas 6 Prof. Dr. Marcos Sousa 31 A hidrólise básica depende de uma desprotonização do grupo 2'-OH da ribose, com formação de um composto cíclico intermediário A falta da hidroxila 2' na deoxirribose torna o DNA muito mais resistente à hidrólise em meio aquoso Este é o provável motivo pelo qual o DNA e não o RNA evoluiu como arquivo genético Ao contrário do DNA, o RNA pode hidrolisado por base Figure 10.1 General structure of viruses 10-5 DNA Viral Fita simples ou fita dupla bicamada lipídica quando o vírus sai da célula hospedeira Dna bacteriano Prof. Dr. Marcos Sousa 35 Organização Molecular da Cromatina Prof. Dr. Marcos Sousa 3636 O envelope nuclear e a cromatina 7 Prof. Dr. Marcos Sousa 37 O corpo de um humano adulto contém aproximadamente 1014 células, e portanto, um DNA total de 2 x 1011km! Circunferência da Terra – 4x10 4 km; Distância entre a Terra e o sol – 1,5x108km; A E. coli mede 2 mm e seu DNA, 1,7mm! 850x maior... Prof. Dr. Marcos Sousa 3838 CROMATINA INTERFÁSICA E CROMOSSOMO MITÓTICO Prof. Dr. Marcos Sousa 3939 Organização do DNA em Cromossomos Cromossomos DNA e Proteínas Telômero, centrômero Procariotos Um único cromossomo (DNA circular) Plasmídeos (moléculas menores de DNA extracromossomais) Eucariotos Vários cromossomos (DNA linear) Prof. Dr. Marcos Sousa 40 Procariontes x Eucariontes Um único Cromossomo. Uma molécula de DNA circular. Mecanismo de compactação distinto dos eucariontes. Vários cromossomos. Uma molécula de DNA linear em cada cromátide. Compactado com o auxílio de proteínas. Prof. Dr. Marcos Sousa 41 Cromossomo Bacteriano Única molécula de Dna circular localizada na região nucleóide da célula. Prof. Dr. Marcos Sousa 42 Compactação procariontes 8 Prof. Dr. Marcos Sousa 43 Prof. Dr. Marcos Sousa 4444 1/3 Dna 2/3 proteínas Proteínas: 1. Histonas : a) H1 b) Nucleossômicas: (H2a, H2b, H3 e H4) 2. Não- histônicas Componentes do Núcleo de Eucariontes Prof. Dr. Marcos Sousa 4545 Cromossomo Compactação do DNA 1,8 m de DNA em 6 mm de núcleo. Mudanças no estado de compactação têm influência na atividade dos genes. Complexo DNA + Proteínas = cromossomo Prof. Dr. Marcos Sousa 4646 Proteínas Proteínas que participam do cromossomo - Histonas Proteínas com carga + (presentes em grandes quantidades). H1 - H2A - H2B - H3 - H4 Nucleosomo: 200 pb + histonas Proteínas não histonas Regulatórias, polimerases, etc. Prof. Dr. Marcos Sousa 47 Histonas Principais proteínas estruturais dos cromossomos eucarióticos Associam-se com o DNA para formar nucleossomos – unidades que formam os cromossomos Relativamente pequenas com massa aproximada ao do DNA Tipos – Histonas nucleossômicas e histonas H1. Unidade fundamental de compactação 60 milhões de moléculas por cada tipo de célula. Prof. Dr. Marcos Sousa 48 Histonas: Histona Peso Mol. No. de Porcent. Amino Ac Lys + Arg H1 22,500 244 30.8 H2A 13,960 129 20.2 H2B 13,774 125 22.4 H3 15,273 135 22.9 H4 11,236 102 24.5 As histonas tem aminoácidos carregados positivamente (básicos) que se ligam aos nucleotídeos carregados negativamente (ácidos) do DNA. 9 Prof. Dr. Marcos Sousa 4949 Proteínas Não histônicas (Proteínas ácidas, proteínas cromossomais não histônicas) Ajudam a regular a transcrição e a replicação do DNA Mais de 30 tipos Polimerases, etc. Prof. Dr. Marcos Sousa 5050 Fibras sem enovelamento Prof. Dr. Marcos Sousa 51 Nucleossomo Prof. Dr. Marcos Sousa 5252 As fibras de nucleoproteínas de 10 nm – Nucleossomos + 60 (approx) bp DNA Prof. Dr. Marcos Sousa 53Prof. Dr. Marcos Sousa 53 Prof. Dr. Marcos Sousa 54 10 Prof. Dr. Marcos Sousa 5555 Fibras de 30 nm Prof. Dr. Marcos Sousa 5656 Cromossomo mitótico H1 aumenta o grau de enovelamento - maior nível de fosforilação. Cromossomos formam grandes alças (35 - 100 kb) ao redor de uma matriz protéica. Matriz composta de várias proteínas - topoisomerase II Prof. Dr. Marcos Sousa 5757 Prof. Dr. Marcos Sousa 58 Núcleo Heterocromatina Eucromatina. Organização para a ativação de genes. Prof. Dr. Marcos Sousa 59 Graus de Compactação do DNA Cromatina Eucromatina Heterocromatina menos compactada mais compactada Cromossomos Estado mais condensado na Mitose ou Meiose associado com proteínas Prof. Dr. Marcos Sousa 60 Eucromatina e Heterocromatina 11 Prof. Dr. Marcos Sousa 61 Material genético Replicação do DNA Prof. Dr. Marcos Sousa 62 Duplicação da fita garante a manutenção da informação Genética Duplicação do DNA Prof. Dr. Marcos Sousa 63 Como é a Replicação? 3 possibilidades: Experimentos para verificar a replicação do DNA Prof. Dr. Marcos Sousa 64 •Meselson-Stahl A replicação é semi-conservativa Prof. Dr. Marcos Sousa 65 DNA: Replicação semi-conservativa A partir de cada uma fita de DNA molde, é formada uma fita de DNA filha Prof. Dr. Marcos Sousa 66 Início da Replicação Origem de replicação Ricas em AT E. coli Cromossomo 4.6 x 106 pares de nucleotídeos Forquilha de replicação: 500-1000 nucleotídeos/seg 30-40 minutos Eucariontes Cromossomo linear – 150 x 106 pares de nucleotídeos 50 nucleotídeos por segundo Devido as múltiplas origens de replicação levam o mesmo tempo que os procariontes. 12 Prof. Dr. Marcos Sousa 67 Origens de replicação 1 origem em procariontes Prof. Dr. Marcos Sousa 68 Origens de replicação Múltiplas origens em eucariontes Prof. Dr. Marcos Sousa 69 REPLICAÇÃO BIDIRECIONAL Um experimento através da autoradiografia de moléculas de DNA marcadas de culturas de células mamárias revelou grupos de replicons (unidades de replicação) com um ponto de origem de replicação central OR OR Prof. Dr. Marcos Sousa 70 PROCESSO DE REPLICAÇÃO Os mecanismos celulares responsáveis pela replicação do DNA foram descobertos primeiramente em bactérias. A replicação em eucariotos ocorre através de proteínas análogas e com processos semelhantes à replicação do DNA de E. coli Prof. Dr. Marcos Sousa 71 Polimerização do DNA: DNA polimerase 1957 Usa desoxiribonucleotídeos trifosfatados livres Necessita de uma fita simples de DNA molde Sentido 5’-3’ Prof. Dr. Marcos Sousa 72 Adição nucleotídeo à fita nascente 13 Prof. Dr. Marcos Sousa 73 Adição nucleotídeo à fita nascente Prof. Dr. Marcos Sousa 74 Prof. Dr. Marcos Sousa 75 ENZIMAS Início DNA helicase Proteínas SSB RNA primase DNA topoisomerases tipo I e tipo II Elongação DNA polimerase DNA topoisomerases tipo I e tipo II Finalização DNA ligase Prof. Dr. Marcos Sousa 76 ENZIMAS ENVOLVIDAS NO PROCESSO DE REPLICAÇÃO HELICASES – constituem uma classe de enzimas que podem se mover ao longo da fita dupla de DNA utilizando a energia da hidrólise de ATP para separar as duas fitas da molécula. TOPOISOMERASES – Responsáveis por aliviar a torção na parte da fita que não está sendo replicada. SSB (“single-strand-binding”) – ligam-se a cada uma das fitas impedindo o reanelamento das mesmas. PRIMASE – RNA polimerase que sintetiza pequenas moléculas de RNA utilizadas como iniciadores durante o processo de replicação do DNA. POLIMERASE – DNA polimerase sintetiza as novas cadeias. Elas capturam os nucleotídeos levam ao dna molde e os ligam ao nucletídeo anterior. Prof. Dr. Marcos Sousa 77 A replicação Todas as enzimas DNA polimerases promovem o crescimento da fita de DNA somente na direção de 5’para 3’, isto porque estas enzimas só agem na hidroxila da extremidade 3’ livre adicionando os nucleotídeos. Se o DNA é antiparalelo ou seja, uma fita ocorre no sentido 5’ → 3’ e a outra no sentido 3’ → 5’ Como ocorre então a replicação nos dois sentidos? Prof. Dr. Marcos Sousa 78 Replicação em cada fita é assimétrica Ambas as cadeias são sintetizadas no sentido 5´ => 3´. A cadeia leading (líder) é sintetizada continuamente, enquanto a cadeia lagging (atrasada) é sintetizada descontinuamente. 14 Prof. Dr. Marcos Sousa 79 Prof. Dr. Marcos Sousa 80 Prof. Dr. Marcos Sousa 81 As enzimas e suas ações Polimerases: todas podem tanto adicionar como remover nucleotídeos, somente no sentido 5’ → 3’. Quando removem do final do filamento são chamadas de exonucleases. Se os removem em algum outro lugar do filamento, são chamadas de endonucleases. A remoção é feita no sentido inverso, ou seja 3’ → 5’) Prof. Dr. Marcos Sousa 82 DNA Polimerase em E. coli (procariotos) Tipo Função DNA Polimerase I Catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5´3´ Atividade de exonuclease 3´5´ e 5´3´ Preenche pedaços pequenos de DNA durante a replicação e processo de reparo DNA Polimerase II Polimerase alternativa de reparo, mas também pode replicar DNA quando o filamento molde é danificado DNA Polimerase III Catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5´3´. É a polimerase primária durante a replicação normal do DNA Prof. Dr. Marcos Sousa 83 Término da Replicação Terminação ocorre na região ter do cromossomo de E. coli. Região ter rica em Gs e Ts, sinaliza o fim da replicação. Substância de utilização de terminação (Tus) liga-se à região ter. Tus previne forquilha de replicação através da inibição da atividade de helicase. Prof. Dr. Marcos Sousa 84 E. coli 15 Prof. Dr. Marcos Sousa 85 Nos eucariotos existem outras DNA polimerase análogas às dos procariotos DNA Polimerase em eucariotos Função DNA Polimerase α (alfa) Replicação do cromossomo nuclear (fita lagging) DNA Polimerase β (beta) Reparo de DNA no preenchimento de espaços do cromossomo nuclear. Análoga a Polimerase I DNA Polimerase γ (gama) Replicação de DNA mitocondrial DNA Polimerase δ (sigma) Replicação do filamento leader a da lagging do cromossomo nuclear DNA Polimerase ε (epsilon) Reparo do DNA do cromossomo nuclear DNA Polimerase ζ (dzeta) Aparentemente reparo de DNA Prof. Dr. Marcos Sousa 86 A replicação em eucariotos Nos fragmentos de Okasaky, os primers de RNA são removidos por uma Rnase que é complementado por uma polimerase de reparo. A finalização da replicação é feita com a formação de estruturas complexas no topo do cromossomo, os telômeros Prof. Dr. Marcos Sousa 87 Reparo do DNA Células requerem um meio p/ reparar perdas, bases alteradas ou incorretas, erros devido a inserção ou deleção de bases, dímeros de pirimidina induzidos por UV, quebras de fitas ou crosslinks (lig. cruzada). Esta revisão e a capacidade de correção é muito importante pelo fato de que erros na replicação comprometem toda a espécie enquanto que erros na transcrição ou na tradução comprometem apenas uma proteína de determinada célula. Prof. Dr. Marcos Sousa 88 Telômeros e Telomerase • A síntese da fita “leading” continua até o término da fita molde de DNA, no entanto, no telômero a extremidade feita pela RNA primase na fita “lagging” não é digerida. • Como o iniciador é instável, ele se degrada com o tempo diminuindo, assim, o tamanho do cromossomo. •Nas células germinativas e da medula óssea o gene da telomerase está ativo e assim não ocorre o encurtamento dos telômeros. Nas outras células a telomerase não está ativa. Transcriptase Reversa ribonucleoproteína (RNP) Prof. Dr. Marcos Sousa 89 Telômeros Complexos de DNA - proteínas que se encontram nas extremidades dos cromossomos lineares; Formados por repetidas sequências simples de DNA: 5’ TTAGGG 3’ Protege e caracteriza as extremidades cromossômicas Prof. Dr. Marcos Sousa 90 A Telomerase Reconhece a extremidade rica em G do telômero Aumenta por complementaridade (molde de RNA) o comprimento dos telômeros Espaço necessário para a adição de um primer de RNA continuação da replicação
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