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Programa de Educação Continuada a Distância Curso de DNA Forense Aluno: EAD - Educação a Distância Parceria entre Portal Educação e Sites Associados 2 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Curso de DNA Forense MÓDULO I Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para este Programa de Educação Continuada. É proibida qualquer forma de comercialização do mesmo. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores descritos na bibliografia consultada. 3 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores SUMÁRIO Módulo I Introdução Breve histórico do DNA forense Fundamentos de biologia molecular Módulo II DNA genômico x DNA mitocondrial Marcadores de variação genética Análise do DNA forense: aspectos gerais Estudo da metodologia aplicada à identificação humana Exame pericial em local de crime Módulo III Coleta do material biológico Extração de DNA Quantificação de DNA Reação de amplificação pela polimerase - PCR Módulo IV Eletroforese e detecção dos fragmentos de DNA Gel de agarose Gel de poliacrilamida Eletroforese capilar 4 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Módulo V Interpretação dos resultados Análise de outros perfis genéticos Cromossomo Y DNA mitocondrial Controle de qualidade dos laboratórios Controle de qualidade externo: testes de proficiência em genética forense Considerações finais Glossário Referências bibliográficas 5 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores MÓDULO I Introdução A identificação humana pelo estudo do perfil genético é amplamente utilizada em casos de caracterização de vínculo genético familiar, seja em processos cíveis (ex.: exclusão ou não da paternidade), como também em processos criminais (ex.: cadáveres e materiais biológicos encontrados na cena do crime). Atualmente, a mídia tem contribuído de forma significativa para a divulgação e popularização dessa tecnologia, que vem evoluindo sobremaneira nas últimas duas décadas. No entanto, algumas considerações sobre essa tecnologia não passam de mito, pois não se pode concluir que “o DNA resolve tudo”, mas que a análise do perfil genético pode auxiliar na identificação humana fazendo parte das provas periciais de um determinado caso criminal ou civil. Segundo Butler (2005), os testes de DNA para identificação humana podem ser utilizados para: Casos forenses: análise do DNA do suspeito com aquele obtido da evidência biológica encontrada na cena do crime ou nas vítimas; Teste de paternidade ou caracterização de vínculo genético familiar: exclusão ou não de supostos pais, filhos, mães e outros membros da família; Desastres em massa: identificação dos fragmentos humanos e dos corpos encontrados em um desastre com inúmeras vítimas; Investigações históricas; Investigações de pessoas desaparecidas; 6 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Identificação de militares; Banco de DNA de criminosos ou de evidências biológicas. Para isso, é necessário que alguns conhecimentos sejam adquiridos para sua posterior realização laboratorial. Tais conhecimentos teóricos serão ensinados nesse curso, que englobará desde os fundamentos básicos da biologia molecular até a elaboração de protocolos para a realização do estudo do DNA forense. 7 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Breve Histórico do DNA Forense Antes da utilização do DNA para identificação humana, os genes e suas estruturas foram estudados para outras finalidades, sendo resumidamente descrito a seguir: 1856-1863: Gregor Mendel Figura 1: Gregor Mendel → Considerado o “pai da genética moderna” → Estabeleceu as regras da herança genética → Realizou experimentos com 21.000 plantas híbridas para estabelecer o conceito de herança genética (Figura 2). 8 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 2: Resumo dos experimentos realizados por Mendel, com diversos tipos de plantas e sua herança genética, com a presença de genes dominantes YY e recessivos yy. 1900-1933: Thomas Hunt Morgan (Figura 3) Figura 3: Thomas Hunt Morgan contribuiu para a genética moderna ao descobrir a herança cromossômica e a recombinação genética. 9 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores → Descobriu a herança cromossômica (Figura 4) e a recombinação genética, na qual os ocorre a troca de fragmentos cromossômicos antes da divisão celular (Figura 5). Figura 4: Representação esquemática dos resultados dos experimentos de Morgan: herança de genes ligados ao cromossomo X. Figura 5: Esquema ilustrativo do método de recombinação genética dos cromossomos. 10 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores 1944: Avery, MacLeod e McCarty (Figura 6) → Atribuíram ao DNA a herança genética Figura 6: Fotografias dos pesquisadores que estudaram a herança genética do DNA. 11 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Grupos sanguíneos: Antes dos testes utilizando-se ácidos nucléicos, muitos tipos de exames sanguíneos eram utilizados para auxiliar na investigação de paternidade. Esses testes, baseados em diferentes sistemas de grupos sanguíneos ofereciam resultados de até 70 a 90%, se todos fossem analisados e combinados. Os grupos sanguíneos recomendados pela Associação Médica Americana eram os sistemas eritrocitários: ABO, Rh, MNs, Kell, Duffy, Kidd e o sistema sanguíneo leucocitário HLA (PAGE-BRIGHT, 1982). 1953: James Watson e Francis Crick (Figura 7). → Descoberta da estrutura do DNA (Figuras 8 e 9) Figura 7: Watson e Crick. 12 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 8: Fórmula química de uma cadeia simples de ácido nucléico e diagrama da molécula de DNA. Figura 9: Modelo original da molécula de DNA descrita por Watson e Crick em 1953.13 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores 1985 – Alec Jeffreys (Figura 10): Figura 10: Alec Jefreys em seu laboratório – a origem da análise do perfil de DNA. → DNA fingerprint ou impressão digital de DNA (Figura 10 e 11) foi descrito pela primeira vez por Alec Jeffreys, em 1985, e revolucionou a análise do DNA visando a caracterização de vínculo genético. A identificação das regiões polimórficas é realizada empregando-se Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (Restriction Fragment length polymorphism – RFLP), no qual o DNA é submetido à digestão utilizando-se enzimas de restrição específicas que cortam a dupla fita de DNA em regiões determinadas. Os fragmentos são separados eletroforeticamente, e posteriormente desnaturados, neutralizados e transferidos do gel de eletroforese para uma membrana de nylon, em um processo denominado Sourthen blotting. Mediante a presença de uma solução de hibridização com sondas específicas contendo fósforo radioativo, os fragmentos de DNA fita simples irão 14 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores hibridizar e aqueles não correspondentes serão removidos. Após a autorradiografia, os VNTRs poderão ser visualizados para análise (Figura 11 e 12) (COMMITTEE ON DNA TECHNOLOGY IN FORENSIC SCIENCE, 1992; JEFFREYS, 1985). Figura 11: Análise da impressão digital de DNA por Alec Jeffreys. 15 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 12: Representação esquemática da análise de Repetições Consecutivas de Número Variável ou VNTR. Desde então, algumas tecnologias foram desenvolvidas incluindo a análise de Repetições Consecutivas Curtas ou STRs (Edwards et al, 1991) por gel de poliacrilamida corados por prata (Nelleman et al, 1994) ou analisados por equipamentos semiautomáticos que utilizam gel de poliacrilamida e realizam a leitura por laser dos fragmentos amplificados pela PCR com iniciadores marcados com fluoróforos que emitem fluorescência (Kimpton et al, 1993; Gill et al, 1995). Atualmente, a eletroforese por capilar (Pearce et al, 1993) é amplamente utilizada e possui o mesmo princípio que a eletroforese em gel analisados por laser, com a 16 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores diferença de que possui capilares para a separação eletroforética dos fragmentos de DNA (Butler, 2005). Há também relatos da utilização de microchips de DNA para a análise de STRs (Radtkey et al, 2000; Huang et al, 2004; Divine e Allen, 2005; Bienvenue et al, 2005), podendo também ser um potencial para a análise futura dos STRs (Figura 13). Figura 13: Eventos históricos no mundo e no Brasil relacionados à análise de DNA forense. O Projeto Genoma concluído agora pode identificar pelo sequenciamento do DNA humano a localização de genes, revelando que há provavelmente cerca de 20.500 genes humanos. Tal fato revelou ao mundo informações detalhadas sobre a estrutura, organização e funcionamento do conjunto completo de genes humanos. O Consórcio 17 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Internacional para Sequenciamento do Genoma Humano publicou o primeiro rascunho do genoma humano na revista Nature, em fevereiro de 2001, com a sequência de todo o genoma de três milhões de pares de bases, cerca de 90% completo. A surpreendente conclusão desta primeira versão era de que o número de genes humanos pareceu ser significativamente menor do que estimativas anteriores, a qual variou de 50.000 genes a 140.000 (NATIONAL HUMAN GENOME RESEARCH INSTITUTE, 2008). A sequência completa foi concluída e publicada em abril de 2003. Após a publicação da maioria do genoma, em fevereiro de 2001, Francis Collins, diretor do Instituto Nacional de Pesquisa do Genoma Humano (National Human Genome Research Institute – NHGRI), observou que o genoma poderia ser pensado em termos de um livro com várias utilizações: “Trata-se de um livro de história, uma narrativa da viagem da nossa espécie através do tempo. É um trabalho manual, com um projeto para construção incrivelmente detalhado de cada célula humana. E é um livro-texto transformador da medicina, com informações que darão aos profissionais da saúde novos poderes para tratar, prevenir e curar as doenças” (NATIONAL HUMAN GENOME RESEARCH INSTITUTE, 2008). As ferramentas criadas através do Projeto Genoma também estão sendo utilizadas para caracterizar o genoma de outros organismos usados extensivamente em pesquisa biológica como ratos, moscas e frutas. Tal pesquisa é importante porque a maioria dos organismos tem genes muito semelhantes ou “homólogos”, possuindo funções similares. Estes objetivos são necessários e continuarão a exigir uma variedade de novas tecnologias que tornarão possível e relativamente rápido construir um primeiro esboço do genoma humano, assim como aperfeiçoar este projeto (NATIONAL HUMAN GENOME RESEARCH INSTITUTE, 2008). 18 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores As técnicas utilizadas no projeto genoma incluem: → Sequenciamento de DNA; → O emprego da técnica de análise de Fragmentos de Restrição dos Polimorfismos de Comprimento (RFLP); → Cromossomos artificiais em levedura (YAC); → Cromossomos artificiais em bactéria (TAS); → A reação em cadeia da polimerase (PCR); → Eletroforese. Fonte: An Overview of the Human Genome Project. Disponível em http://www.genome.gov/12011238 19 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fundamentos de Biologia Molecular O DNA (ácido desoxirribonucléico) armazena toda a informação genética, sendo encontrado nos cromossomos do núcleo e nas mitocôndrias, a maior parte localizada no primeiro (Figuras 14 e 15). Figura 14: A célula é a unidade básica de todos os indivíduos vivos. 20 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 15: DNA a molécula da vida: do cromossomo a cadeia dupla de DNA. 21 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores O DNA pode ser extraído de amostras de sangue, de esfregaços bucais, de saliva, de osso, de dente, de tecidos e órgãos, de fios de cabelos, de sêmen, entre outros materiais biológicos (Brettell et al, 2005) (Figura 16). Figura 16: Amostras biológicas para análise do DNA forense. 22 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores As moléculas de DNA caracterizam-sepor polímeros de alto peso molecular, compostos de unidades básicas de nucleotídeos contendo 2-desoxirribose ligados entre as posições 3’ e 5’ de carbonos por ligações fosfodiéster. A estrutura do DNA é uma dupla hélice de cadeias complementares opostas, na qual as duas moléculas são mantidas juntas por fracas pontes de hidrogênio (Figuras 17 e 18) (Watson & Crick, 1953). A) 23 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores B) Figura 17: A) Representação esquemática da dupla hélice da molécula de DNA segundo Watson & Crick, 1953; B). Estrutura química da molécula de DNA, com sua natureza antiparalela com o carbono 3’ com o carbono 5’. As bases C e G são ligadas por três pontes de hidrogênio e as A e T, por duas. 24 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 18: Representação esquemática da molécula de DNA. A base adenina liga-se com timina e citosina com a guanina através de duas ou três uniões de hidrogênio respectivamente. Essas bases nitrogenadas (adenina - A, timina - T, citosina - C e guanina – G ou g) (Figura 19), ao se ligarem com o açúcar, constituem o nucleosídeo; sendo que o último ligado com um grupamento fosfato, constitui o nucleotídeo, que é a unidade básica de repetição na fita de DNA (Watson & Crick, 1953) (Figura 20). 25 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 19: Estrutura química das bases nitrogenadas e suas respectivas pontes de hidrogênio. 26 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 20: O nucleotídeo e par de bases (“base pair” - bp) Determinados fragmentos de DNA especificam a síntese de RNA em um processo denominado transcrição. O ácido ribonucléico (RNA) é um polímero linear composto de cadeia de unidades de ribose ligadas pelas posições 3’ e 5’ por intermédio de grupamentos fosfodiéster, tendo como função a síntese protéica e também pode constituir o genoma de alguns vírus. O gene é uma unidade de transcrição que consiste de um segmento de DNA específico que se estende do início do sítio de transcrição ao sítio de término de transcrição. O RNA especifica a síntese de polinucleotídeos que formarão as proteínas, sendo tal processo denominado tradução, ocorrendo nos ribossomos, nas mitocôndrias e cloroplastos (Figuras 21, 22 e 23) (Beard & Armentrout, 1967; Srinivasan & Yathindra, 1977). 27 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 21: Fluxograma da transcrição e translação. 28 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 22: Mecanismo de produção de aminoácidos pelas células. 29 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 23: Ilustração da transcrição e translação. As regiões de um gene que codificam proteínas são denominadas éxons e aquelas que não a realizam, íntrons. Cada éxon codifica uma porção específica da proteína completa. Em algumas espécies, incluindo a humana, os éxons são separados por longas regiões de DNA denominadas íntrons ou DNA “lixo”, que aparentemente não estão associadas à codificação de DNA (National Human Genome Research Institute, 2008) (Figura 24 e 25). 30 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 24: Diferenças entre os éxons e íntrons. Observe a remoção da parte amarela, correspondente ao íntron. 31 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 25: Diferenças entre os éxons e íntrons. 32 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Os alelos constituem as variantes de um gene em uma região particular, ou lócus, em um cromossomo. Diferentes alelos produzem variações nas características individuais como, por exemplo, cor do cabelo ou tipo sanguíneo (National Human Genome Research Institute, 2008) (Figura 26). Figura 26: Alelos correspondentes à cor dos olhos, ligados ao cromossomo X. 33 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A duplicação celular ocorre através da mitose (Figura 27) e a formação de gametas masculinos e femininos ocorre através da meiose (Figura 28). Figura 27: A mitose é responsável pelo crescimento e desenvolvimento dos indivíduos, bem como a reposição de células injuriadas ou destruídas do corpo. 34 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 28: A meiose é um processo de divisão celular pelo qual uma célula diplóide (pares de cromossomos, sendo um materno e outro paterno) origina quatro células haplóides (um cromossomo), reduzindo à metade o número de cromossomos constante de uma espécie. 35 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A transferência das informações genéticas de uma geração a outra ocorre através da replicação do DNA, catalisada por enzimas denominadas DNA polimerases. Essas enzimas mediam a síntese da nova fita de DNA in vivo, utilizando como molde (template) a fita complementar da molécula existente. Inicialmente, a molécula de DNA tem as suas fitas separadas pelo rompimento das ligações de hidrogênio que mantêm a dupla hélice, em um processo denominado desnaturação, que ocorre in vivo em pH alcalino. Além da fita molde, é necessária a presença de um oligonucleotídeo iniciador ou primer, ou seja, um pequeno fragmento de DNA simples, complementar a fita molde, desoxinucleotídeos trifosfatados (dATP, dCTP, dGTC, dTTP), que serão incorporados à fita duplicada. A replicação do DNA ocorre em regiões específicas denominadas origem de replicação (Marmur & Doty, 1959). Sucintamente, a replicação ocorre com a adição de um nucleotídeo à fita de DNA pela ligação de seu grupo fosfórico, presente no carbono 5' da desoxirribose, com a hidroxila do carbono 3' da desoxirribose do último nucleotídeo presente na cadeia replicada. Por esse motivo, descreve-se que a síntese de DNA ocorre no sentido 5´-> 3´ (Figura 29) (Marmur & Doty, 1959;). Todo o processo descrito acima será a base do princípio da amplificação do DNA in vitro denominada reação em cadeia pela polimerase (PolymeraseChain Reaction – PCR), que será estudado nos tópicos adiante. 36 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 29: Posição 5´- 3´das fitas de DNA. ----------------FIM DO MÓDULO I--------------- Ate este mes desc nção: O ma e Programa smo. Os cré critos na Bib D aterial deste de Educaçã éditos do co bliografia Con Cu DNA M módulo está ão Continuad onteúdo aqu nsultada. urso A For ÓDU á disponível da. É proibid ui contido sã de rense ULO I apenas com da qualquer ão dados a e II mo parâmetro forma de co os seus res o de estudos omercializaçã spectivos au s para ão do utores 38 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores MÓDULO II DNA Genômico X DNA Mitocondrial O conjunto completo de sequências no material genético de um organismo é denominado genoma, incluindo todos os cromossomos mais qualquer DNA presente nas organelas. O genoma nuclear humano possui cerca de 3300 Mb, distribuídos em 22 cromossomos autossômicos e 2 sexuais (Figura 30 e 31), compostos de 30 a 35 mil genes, caracterizando por 1,5% a 2% de DNA codificante de proteínas, sendo que 46% do total constitui-se de sequências de DNA repetitivas (Wiemann, 2001; Szymasky, 2005). Figura 30: Cromossomos humanos. 39 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 31: Cariótipo de um humano do sexo masculino. A finalização do sequenciamento do DNA humano (Tabela 1) trouxe alguns dados que alteraram os valores esperados pela comunidade científica, como por exemplo, a quantidade de genes. Estimava-se que o genoma humano possuía mais de 80.000 genes, mas após o Projeto Genoma, estima-se que existam de 20.000 a 25.000 genes (Figura 32). 40 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tabela 1: Quantidade de nucleotídeos em cada cromossomo humano. 41 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 32: Resumo das características básicas do genoma humano. 42 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores O genoma mitocondrial possui particularidades que o diferenciam do genoma cromossômico, sendo sua herança materna. Sua estrutura circular de 16,5Kb lhe fornece maior resistência à digestão enzimática de uma única célula há a presença de milhares de mitocôndrias, cada qual com uma cópia de DNA mitocondrial, sendo que 93% do seu genoma é codificante, não possuindo íntrons e com poucas regiões repetitivas (Anderson et al, 1981). Dentro de uma única célula há inúmeras cópias do genoma mitocondrial, ao contrário do genoma nuclear, que possui uma cópia por célula (Budowle et al, 2003) (Figura 33, 34 e 35). Adaptado de http://www.fbi.gov/hq/lab/fsc/backissu/july1999/dnaf1.htm. Acessado em 28/09/2008 Figura 33: Diferenças básicas entre o DNA genômico ou nuclear e mitocondrial. 43 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 34: Representação esquemática do DNA genômico ou nuclear e do DNA mitocondrial (mtDNA). 44 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 35: Representação esquemática do DNA mitocondrial (mtDNA), de acordo com as suas regiões hipervariáveis. 45 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Marcadores de Variação Genética A variabilidade do DNA humano confere a diferença entre cada ser vivo, sendo que pode ser denominada por polimorfismo se a variação genética possuir frequência acima de 1% em determinada população e mutação abaixo desse valor (Beiguelman, 2006). Jeffreys et al. (1985) foi um dos primeiros a analisar as regiões de minissatélites do DNA humano, possibilitando a investigação de paternidade e a identificação em casos criminais. O polimorfismo dos minissatélites permite que ocorra a diferenciação dos indivíduos, aumentando a possibilidade de termos uma quantidade maior de alelos na população, desde que não sejam gêmeos idênticos, posto que terão o mesmo perfil genético. Para a análise do minissatélite, Jeffrey et al. desenvolveram o DNA fingerprint (impressão digital de DNA). Ao utilizar a tecnologia de Southern blot, obtiveram um padrão de bandas específico para cada indivíduo, como se fosse uma impressão digital. Os Single Sequence Length Polymorphism (SSLP) ou polimorfismo de comprimento de sequência única englobam os VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) ou repetições consecutivas de número variável (Wyman e White, 1980; Jeffreys et al,1985; Wolff et al,1989) ou minissatélites descritos no parágrafo anterior, e também os STR (Short Tandem Repeats) ou repetições consecutivas curtas ou microssatélites (Edward et al, 1991; Edward et al, 1992) (Figuras 36, 37 e 38). A diferença entre eles é o tamanho da sequência que se repete, sendo que nos microssatélites essa estrutura é menor, pois possuem repetições constituídas de 2 a 9 pares de bases, e o minissatélite, de 10 a 64 pares de bases. Esse DNA satélite na maioria das vezes não é transcrito, consequentemente não está associado com a expressão da informação genética (Nelleman et al, 1994; Hamond et al, 1994; Gill et al, 1994; Urquart et al, 1994; Chakraborty et al, 1999). 46 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 36: Representação esquemática comparando as VNTRs das STRs, segundo sua unidade de repetição. Figura 37: Representação esquemática das repetições consecutivas do STR TPOX e seus respectivos alelos. 47 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Os Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ou polimorfismo de nucleotídeo único é uma variação na sequência de DNA que ocorre quando um nucleotídeo é alterado por outro em sequências de DNA que podem ou não codificar genes (Delahunty, 1996; Sobrino et al, 2005; Butler, 2005) (Figuras 38 e 39). Figura 38: Representação esquemática comparando os polimorfismos de sequência com os de comprimento. 48 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 39: Representação esquemática de sequências de DNAde três indivíduos distintos com a presença de um SNP (polimorfismo de sequência) e um STR (polimorfismo de comprimento), mostrando suas diferenças. Atualmente, os STRs e SNPs são empregados amplamente para a identificação humana e possuem diferenças relevantes (Gill et al, 2004; Butler, 2005) (Quadro 1). 49 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Quadro 1: Comparação entre os STRs e SNPs (adaptado de Butler, 2005). STR SNP Variam de 2 a 9 nucleotídeos que se repetem consecutivamente Troca de bases A/T, A/G, A/C, C/T, C/G, T/G. Apresentam-se em diversos alelos, normalmente mais de 5 Normalmente 2 Detectado por separação eletroforética em gel ou capilar Análise por sequenciamento ou hibridização em microchip. O FBI preconiza 13 STRs Estima-se que mais de 50 SNPs seriam necessários para a análise (Gill et al, 2004) Vantagens: • Banco de dados populacionais realizado no mundo todo • A presença de vários alelos facilita a identificação de mutações e misturas de DNA. Vantagens: • Os produtos de PCR podem ser menores, resultado em maior chance de amplificação, principalmente em amostras biológicas degradadas. • Após devidamente otimizados e estudados, pode-se analisar mais de 1000 SNPs em um mesmo microchip, mas essa tecnologia ainda não é amplamente empregada. 50 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A análise dos SNPs também pode estar associada aos fenótipos individuais, havendo uma possibilidade futura de identificação de traços físicos como, por exemplo, a cor da íris (Frudakis et al, 2003). Sua grande aplicação na atualidade se dá nas pesquisas de farmacogenética e na indústria farmacêutica, na caracterização de doenças de origem genética e bioquímica (Wang et al, 1998). Jobim et al. (2006) relata que os melhores STRs utilizados na identificação humana são aqueles com maior polimorfismo (maior número de alelos), menor tamanho (100 a 200 pares de bases), elevado índice de discriminação e heterozigose, e baixa frequência de mutações. Para isso, há a necessidade dos laboratórios realizarem a frequência genética em pelo menos 100 indivíduos não relacionados. Análise do DNA Forense: Aspectos Gerais Para analisar uma amostra de material biológico visando caracterização de vínculo genético, seja familiar ou em casos criminais, qualquer contaminação de DNA estranho, ou mesmo a inadequação das metodologias aplicadas, pode resultar tanto na impossibilidade de estabelecer os perfis genéticos como na inutilização da amostra, posto que principalmente em casos forenses a amostra pode ser única. A primeira preocupação no estudo do perfil genético, visando à identificação humana, é avaliar o quanto as metodologias de detecção utilizadas pelos laboratórios são válidas, assim como seus princípios moleculares e genéticos. Tendo em vista assegurar uma geração de dados corretos e tecnologias adequadas, um apropriado programa de controle de qualidade é essencial para os laboratórios de análises clínicas que realizam identificação humana pelo DNA. Todas as metodologias de análise de DNA forense devem ser submetidas a um programa de validação visando assegurar a segurança, a reprodutibilidade e robustez da técnica (Klosterman, 2001). Resumidamente, a análise de DNA forense ocorre da seguinte maneira (Figura 40): 51 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 40: Esquema da sequência dos métodos a serem utilizados para o estudo do DNA forense, englobando os estudos da Biologia, da Tecnologia envolvida e da Genética aplicada. Desde 1989, a Sociedade Internacional de Hemogenética Forense (ISFG), que atualmente é denominada de Sociedade Internacional de Genética Forense (ISFG), publica recomendações envolvendo polimorfismos de DNA, demonstrando o interesse em avaliar a reprodutibilidade e exatidão das metodologias utilizadas. O FBI acrescenta alguns itens para o controle de qualidade dos laboratórios que trabalham com evidências de DNA forense, que inclui, além desses cuidados, a realização de periódicos testes de proficiência (a cada 180 dias) e auditorias anuais, para a manutenção da garantia de qualidade. O teste de proficiência é utilizado para monitorar o rendimento e identificar 52 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores tópicos que devem ser aperfeiçoados e a auditoria para averiguar a qualidade das atividades realizadas pelo laboratório (DNA Advisory Board, 2000). Os exercícios propostos para laboratórios que realizam caracterização de vínculo genético normalmente são constituídos de amostras biológicas de indivíduos mãe, filho e suposto pai, com o intuito de comparar as estratégias utilizadas, seus protocolos metodológicos, assim como os resultados obtidos entre os participantes (Bjerre et al, 1997; Hallengerb e Morling; 2001). No Brasil, tais testes de proficiência em identificação humana pelo DNA são realizados pelo Grupo Espanhol e Português da Sociedade Internacional de Genética Forense (Grupo Español Y Portugués - International Society for Forensic Genetics), não havendo um grupo específico que realize testes de proficiência no país. Esses testes consistem na análise de amostras de sangue e outro fluido biológico que simulam um caso forense para a manutenção da qualidade na análise do DNA de amostras (ISFG, 2000). As contaminações das amostras pelos investigadores e pessoas do laboratório podem resultar em uma incorreta interpretação do perfil genético. Dessa maneira, o desenvolvimento e cumprimento de normas de procedimentos e treinamentos específicos para o exame de DNA tornaram-se imprescindíveis (Neumayer, 1998; INTERPOL, 2001). Nos EUA o FBI implantou o CODIS - Combined DNA Index System, que tornou-se operacional em 1998, e combina a ciência forense com a tecnologia eletrônica, formando um banco de dados de perfis genéticos de DNA extraído de evidências biológicas coletadas na cena do crime e DNA de criminosos condenados por agressão sexual e outros tipos de violência física (Figura 41). Todos os estados americanos podem ter acesso a esse banco de DNA e, dessa maneira, há a possibilidade de comparar os perfis genéticos de um suspeito em um crime com os perfis contidos no CODIS, averiguando se o mesmo cometeu anteriormente outra infração (FBI, 2002). 53 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 41: Inspeção visual de evidência forense. O CODIS selecionou 13 STRs para a análise do perfil genético: CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, e D21S11 (Budowle & Moretti, 1999) (Figura 42 e Tabela 2). Esse conjunto de loci transformou-se uma referência para outros países do mundo, no que se refere à ciência forense (Sun et al, 2003). 54 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 42: STRs recomendados pelo Banco de DNA, vinculadoao FBI (CODIS), segundo a sua distribuição nos cromossomos humanos. Fonte: http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/fbicore.htm. 55 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tabela 2 – Informação dos 13 STRs recomendados pelo CODIS. Nome do Lócus Localização do cromossomo Unidade de repetição Acesso GenBank http://www.n cbi.nih.gov/ Genbank/in dex.html Variação dos alelos Número de alelos observados CSF1PO 5q33.1 c-fms pronto- oncogene, 6° intron TAGA X14720 6-16 15 FGA 4q31.3 α-fibrinogênio 3° intron CTTT M64982 15-51,2 69 TH01 11p15.5 Tirosina hidroxilase 1° intron TC|AT D00269 3-14 20 TPOX 2p25.3 Tiroide peroxidade 10° intron GAAT M68651 6-13 10 VWA 12p13.31 von Willebrand factor 40° intron [TCTG] [TCTA] M25858 10-24 28 D3S1358 3q21.31 [TCTG] [TCTA] NT_005997 9-20 20 D5S818 5q23.2 AGAT G08446 7-16 10 D7S820 7q21.11 GATA G08616 6-15 22 D8S1179 8q24.13 [TCTA] [TCTG] G08710 8-19 13 D13S317 13q31.1 TATC G09017 5-15 14 D16S539 16q24.1 GATA G07925 5-15 10 D18S51 18q21.33 AGAA L18333 7-27 43 D21S11 21q21.1 [TCTA] [TCTG] complexo AP000433 24-38 70 Adaptado de Butler et al, 2005 O DNA working group of the European Network of Forensic Science Institutes (ENFSI) e Scientific Working Group on DNA Analysis Methods (SWGDAM) (Gill et al, 2004) levantam a possibilidade futura da substituição do banco de dados de DNA atualmente contendo os 13 STRs indicados pelo CODIS do FBI por um banco de dados 56 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores de DNA contendo informações de SNPs. Entretanto, os autores citam que a curto e médio prazo não haverá a substituição dos bancos de dados, inclusive das tecnologias utilizadas, e sim a incorporação dos mesmos em estudos forenses visando à padronização do seu uso assim como de sua análise. Essa normatização possibilita maior facilidade em comparar tanto as frequências alélicas populacionais como os resultados dos perfis genéticos, mesmo que seja realizada em outros países. Visando futuramente implantar um banco de perfis genéticos de criminosos como o CODIS, o governo federal brasileiro já adotou os STRs sugeridos pelo CODIS como referência em perícias criminais em seu Manual de Padronização de Exames de DNA em Perícias Criminais (Secretaria Nacional de Segurança Pública - SENASP, 2006), que está sendo utilizado como referência para os laboratórios que trabalham com identificação humana. 57 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Estudo da Metodologia Aplicada à Identificação Humana A análise do DNA em caracterização do vínculo genético engloba desde o domínio da metodologia de coleta do material biológico até a interpretação dos resultados obtidos (Butler, 2004) (Figura 43). Cada qual possui sua particularidade e cuidados inerentes à técnica que podem oferecer vantagens e desvantagens, de acordo com o objetivo almejado. Figura 43: Esquema de todos os procedimentos envolvidos em caracterização do vínculo genético. Este material de A ser empr TECHNO inclui: 1) c amostras; interpreta N eve ser utilizado a análise d regada e LOGY IN coleta de a ; 3) análi ção e anál o entanto, Re Elet apenas como parâ o DNA co do tipo d FORENS amostras; se dos lo lise compa para fins d Exam Col ação de a troforese e Inte C âmetro de estudo mpreende de amostr SIC SCIEN 2) extraçã oci; 4) vis arativa dos didáticos, o e pericial eta do ma Extraçã Quantific amplificaç e detecçã erpretação Controle d 58 deste Programa diversas ra que se NCE, 1992 o, purificaç sualização s resultados os tópicos em local aterial bio ão de DNA ação de D ão pela po o dos frag o dos resu de qualida . Os créditos dest etapas, in erá analisa 2; BONAC ção e quan dos frag s (INTERP serão divi de crime ológico A DNA olimerase gmentos d ultados ade te conteúdo são d dependent ada (COM CCORSO, ntificação d gmentos e POL, 2001) didos em: e ‐ PCR de DNA dados aos seus re te da meto MMITTEE 2005). O do DNA de e caracteri ). espectivos autores odologia a ON DNA processo e todas as ização; 5) s a A o s ) 59 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Exame Pericial no Local do Crime Em 2000, a Agência Federal de Investigação dos Estados Unidos (EUA), mais conhecida como FBI (Federal Bureau of Investigation), elaborou um guia para a investigação da cena do crime (TWGCSI – Grupo de trabalho técnico da investigação da cena do crime, 2000). Esse manual visa à padronização das práticas adotadas para a investigação da cena do crime dos policiais e peritos americanos, tornando-se referência em investigação da cena do crime, seja para o exame de DNA forense ou não. Eles elaboraram esse manual dividindo em cinco sessões distintas: chegada à cena do crime, documentação preliminar, avaliação da cena, processando a cena, finalizando a investigação da cena do crime. 1) Chegada à cena do crime: Um dos cuidados mais importantes da perícia criminal é a manutenção das evidências físicas e a preservação da cena do crime, que deve ser realizada imediatamente após sua constatação, e é realizado normalmente pela polícia local (Figura 44). a) Anotar o local, a data, o tipo de ocorrência, casas, veículos, eventos ocorridos e elementos envolvidos; b) Não permitir que pessoas, veículos ou objetos saiam da cena do crime, identificando possíveis vítimas e suspeitos; c) Aproximar-se da cena cuidadosamente e verificar a possibilidade de outros crimes ao redor; d) Realizar observações iniciais (olhar, ouvir e cheirar) o ambiente e anotá-los; e) Observar a possibilidade de perigo de explosão e contaminação por materiais perigosos ou tóxicos e, se necessário, chamar policiais especializados para analisar a cena do crime; 60 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 44: Esquema de isolamento da cena do crime. f) Não permitir que pessoas, veículos ou animais se aproximem da cena do crime, evitando contaminações e perigos como explosões; g) Após controlar as situações de perigo e isolar a área, a próxima atenção é chamar socorro médico para dar assistência médica necessária aos feridos, minimizando ao máximo a contaminação da cena do crime; h) Anotar todas as etapas dos cuidados médicos, desde sua hora de chegada até os cuidados prestados; i) Assegurar que evidências como roupas, objetos e manchas encontradas no corpo sejam preservadas pela equipe médica; j) Documentar todos os comentários e testemunhos de pessoas envolvidas ou presentes no local do crime ou ao seu redor; 61 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdosão dados aos seus respectivos autores k) Um oficial da polícia deve sempre que possível acompanhar a vítima para o hospital para garantir a preservação das evidências ou mesmo documentar comentários feitos pelo paciente; l) Lacrar a cena do crime com faixas e adesivos; m) Controlar o fluxo de pessoas, inclusive peritos e outros policiais; n) Se possível, efetuar mensurações e tirar fotografias com escalas, para preservar as evidências – como pegadas, marcas de pneu no chão, etc –, presentes na cena do crime, caso chova, neve ou derreta (se for gelo); o) Não permitir que qualquer pessoa fume, masque chiclete, use o telefone ou banheiro, coma ou beba qualquer coisa, mexa nos vidros e janelas, mude os móveis de lugar, etc. Ou seja, não permitir que mexam em qualquer objeto presente na cena do crime ou ao seu redor; p) Toda a documentação e anotações feitas pelo policial devem ser entregues ao investigador de polícia para posterior estudo e análise. 2) Documentação preliminar e avaliação da cena: a) O investigador de polícia deverá documentar todas as informações recolhidas pelo policial, organizá-las e identificá-las com os dados da região do crime (delegacia, responsável, cidade, estado, etc); b) Continuar a manutenção da cena do crime descrita anteriormente, documentando todas as pessoas que estiverem participando da investigação; c) Definir estratégias para a análise fotográfica e recuperação dos vestígios encontrados na cena do crime. 3) Processando a cena: a) O investigador deverá avaliar e posteriormente solicitar a presença de peritos criminais, de acordo com a especialidade envolvida; b) O controle da contaminação deve ser extremamente rígido, evitando-se o contágio dos profissionais, das vítimas, da cena do crime, dos objetos, etc.; 62 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores c) Utilizar equipamentos de proteção individual (EPI), como luvas (obrigatório), gorros e protetores de sapato (se necessário); d) Todo material utilizado para coleta das evidências deve estar devidamente limpo ou até esterilizado, caso seja para coleta de material biológico, e deve ser corretamente acondicionado (Figura 45); Figura 45: Envelopes e sacos de papel para coleta de evidências e objetos encontrados na cena do crime como roupas, celulares, documentos, etc. e) Toda evidência deve ser corretamente documentada, citando-se a localização, identificação e condições que se encontravam, fotografada com escalas de referência e/ou filmadas antes de ser removida da cena do crime; f) Analisar e verificar a metodologia utilizada para a coleta da evidência. Por exemplo, cada método requer equipamentos e materiais diferenciados para a sua realização. Sendo assim, para fazer a análise de impressões digitais não se utiliza o mesmo equipamento para exame de marcas de mordidas, e assim por diante; 63 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores g) Documentar qualquer intercorrência ou dificuldade havida durante a coleta do material; h) Preservar adequadamente o material coletado com a finalidade de minimizar sua degradação: refrigerado, congelado, local seco, local úmido, etc.; i) Encaminhar para os respectivos laboratórios periciais. 4) Finalizando a investigação da cena do crime: a) Determinar quais evidências foram coletadas; b) Discutir com toda a equipe envolvida na cena do crime as intercorrências e evidências. ------------------FIM DO MÓDULO II----------------- Ate este mes desc nção: O ma e Programa smo. Os cré critos na Bib D aterial deste de Educaçã éditos do co bliografia Con Cu DNA MÓ módulo está ão Continuad onteúdo aqu nsultada. urso A For ÓDU á disponível da. É proibid ui contido sã de rense LO I apenas com da qualquer ão dados a e II mo parâmetro forma de co os seus res o de estudos omercializaçã spectivos au s para ão do utores 65 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores MÓDULO III Estudo da Metodologia Aplicada à Identificação Humana (Cont.) Coleta do Material Biológico As amostras de material biológico devem ser minuciosamente colhidas, seja quando dispostas na cena do crime ou quando forem de indivíduos devidamente identificados. É importante que todas as pessoas que manipulam as amostras tenham conhecimentos específicos baseados na literatura especializada, e ainda possuam treinamento em boas práticas de manipulação em laboratórios forenses, com rígida formação em controle de qualidade (INTERPOL, 2001). Amostras que não estiverem adequadamente identificadas e documentadas podem ser questionadas; aquelas que não forem corretamente coletadas são passíveis de não serem analisadas; outras, se não forem devidamente acondicionadas podem sofrer contaminação e se não forem criteriosamente preservadas pode ocorrer decomposição e deterioração (FBI, 2003). O FBI (1999, 2001) e a INTERPOL (2001) elaboraram normas para os laboratórios forenses que participam da formação dos bancos de DNA internacional, englobando principalmente a metodologia de coleta de evidências biológicas para análise do DNA, assim como aspectos importantes para o treinamento de pessoal que serão descritas adiante. O material biológico presente na cena do crime pode aparentar invisível a olho nu, dessa maneira, utiliza-se reagente como o luminol que não interfere na análise do DNA para detecção de amostras com vestígios de sangue, sendo que reage com o ferro presente na hemoglobina, exibindo uma quimioluminescência (GROSS et al, 1999). Outros kits de reagentes são empregados: aqueles que contém antígeno próstata- específico para sêmen (HOCHMEISTER et al, 1999) e para saliva, o teste de detecção de amilase por Phadebas® (WILLOTT & GRIFFITHIS, 1980) etc. Diversos cuidados devem ser tomados para a documentação das amostras coletadas na cena do crime: fotografar o local de remoção das evidências, realizar anotações da sua disposição e de características pertinentes (SÃO PAULO, 1999; INTERPOL, 2001 ; FBI, 2003; 66 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores BONACORSO, 2005). Amostras de sangue podem ser coletadas dos indivíduos, encontradas em corpos, objetos e superfícies (Figura 46). Qualquer que seja o material biológico a ser coletado, o manipulador deverá utilizar luvas ou pinças estéreis (Figura 46 e 47). A coleta de sangue em indivíduos hígidos deverá ser realizada em dois tubos de 5mL contendo EDTA como anticoagulante, devidamente identificado e a seguir refrigerado. Recomenda-se que os objetos, superfícies ou corpos que possuem as amostras de sangue sejam recolhidos se possível, além de realizar esfregaços nas formas líquidas ou, se secas, umidificar a região com água estéril, seguida de esfregaço. Em ambos os casos aconselha-se esperar secar os esfregaços (Figuras 48 e 49) para depois serem embalados em envelope de papel limpo (Figura 47), evitando que a umidade facilite o crescimento de bactérias e fungos. Amostras desêmen, de saliva e urina, ou de objetos que os contém, podem ser utilizadas e seguem a mesma metodologia descrita anteriormente. Tecidos, dentes, ossos e fios de cabelos também podem servir de fonte de células para análise de DNA (FBI, 2003). A estocagem do material deve ser em refrigerador a 4°C ou em freezer a -20°C, no entanto, para longos períodos, estocar a -70 a -80°C (BUTLER, 2005). 67 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 46: Amostras de sangue sendo coletadas de um objeto perfuro-cortante – faca – frequentemente utilizado em agressões físicas e homicídios. 68 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 47: manipulação de material contendo amostras biológicas com luvas. Figura 48: esfregaço bucal utilizado para a coleta de saliva e células descamadas da mucosa oral, para a extração de DNA. 69 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 49: Coletor estéril apropriado para coleta de materiais biológicos presentes na cena do crime. O armazenamento do material biológico úmido em sacos plásticos deve ser de no máximo 2 horas ou, quando possível, permitir que seque antes do acondicionamento final. Cada tipo de amostra de material biológico (sangue, saliva, osso, dente, etc.) deve ter sua coleta e disposição individualmente descrito (Secretaria de Segurança Pública de São Paulo – SSP-SP, 1999; INTERPOL, 2001). A degradação do DNA de amostras biológicas, utilizadas em investigação criminal, pode ocorrer decorrente de um processo natural de exposição ao meio-ambiente. Luz, umidade, temperaturas elevadas, bem como contaminações bacterianas ou fúngicas levam à degradação química do DNA humano (SCHNEIDER et al, 2004). A comissão de DNA da Internacional Society For Forensic Haemogenetics – ISFH sugeriu algumas recomendações para a análise de DNA pela PCR, incluindo que essa contaminação pode ser evitada, atendendo a certos cuidados durante todo o processo de análise de DNA, que vão desde a coleta e armazenamento do material biológico do qual 70 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores será extraído o DNA, até o próprio local de preparação da PCR. As contaminações das amostras pelos investigadores e pessoas do laboratório podem resultar em uma incorreta interpretação do perfil genético. Dessa maneira, o desenvolvimento e cumprimento de normas de procedimentos e treinamentos específicos para o exame de DNA tornaram-se imprescindíveis (INTERPOL, 2001). Visando o estabelecimento de normas para coleta e exame de materiais biológicos para identificação humana, a Secretaria de Segurança Pública do Estado de São Paulo (SSP-SP) baixou a Resolução SSP-194, em 2 de junho de 1999 (São Paulo, 1999): “Considerando: a) a necessidade de normatizar os serviços periciais relativos à coleta de materiais biológicos para exames de identificação humana, tanto nos locais de crime quanto na pessoa humana, viva ou morta; b) que os procedimentos a serem seguidos pelos órgãos policiais e periciais oficiais devem estar em consonância com os ditames da legislação em vigor, e c) que é imprescindível a correta preservação das amostras para não haver contaminações ou outros prejuízos (p. 104)”. Continuando na mesma Resolução, em seu anexo cita os cuidados que devemos ter para a coleta, armazenamento e análise do material biológico para a extração de DNA. Os cuidados incluem utilização de luvas descartáveis; instrumentos de coleta, armazenamento e análise devem ser estéreis; a documentação completa do vestígio eleito para a coleta, incluindo-se fotografias da região, tipo de armazenamento, entre outros; o armazenamento do material biológico úmido em sacos plásticos deve ser de no máximo 2 horas ou, quando possível, permitir que seque antes do acondicionamento final. Cada tipo de amostra de material biológico (sangue, saliva, osso, dente, etc.) deve ter sua coleta e acondicionamento individualmente descrito. 71 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores EXTRAÇÃO DE DNA A quantidade, a pureza e a integridade do DNA dependem de vários fatores, podendo ser influenciados pelas metodologias aplicadas para a sua extração. Após a coleta do material biológico, o DNA da amostra deverá ser separado de outras substâncias celulares antes de ser examinado. Proteínas celulares, contaminações químicas e microbiológicas diminuem o poder discriminatório das análises utilizando o DNA (BUTLER, 2005; HOFF-OLSEN et al, 1999; JUNG et al, 1991). A escolha do uso de diferentes métodos de extração de DNA está relacionada ao tipo de material envolvido e influencia diretamente o sucesso da análise dos STRs. A maioria dos procedimentos de extração de DNA compreende a lise celular, seguida da remoção das proteínas celulares precipitadas e por fim a precipitação do DNA com sua final eluição. Existem diversos métodos para obtenção de DNA: a extração orgânica, que é a mais tradicional, empregando-se a proteinase K para lise celular e fenol clorofórmio Este material de para a pre por FTA Cada um 2005; BUT Figur eve ser utilizado a ecipitação (Figura 52 a delas po TLER, 200 ra 50: Esque apenas como parâ das prote 2); pela síl ossui suas 05; RAND ma da extraç âmetro de estudo eínas (Figu lica; por p s indicaçõ et al, 1991 ção de DNA 72 deste Programa ura 50); a e precipitação ões, vantag ; SALAZA pelo método . Os créditos dest extração p o salina; e gens e de AR et al, 19 o orgânico. te conteúdo são d pela resina e por tiocia esvantagen 998; HIRAT dados aos seus re Chelex (F anato de g ns (BONAC TA, 2002). espectivos autores Figura 51); guanidina. CCORSO, s 73 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores PROTOCOLO DE EXTRAÇÃO DE DNA DE SALIVA PELO MÉTODO ORGÂNICO (Anzai et al.; 2001). A amostra de saliva coletada e colocada em tubo estéril é submetida à centrifugação para a separação das células de sua parte aquosa, removendo- a. As pontas contendo o algodão dos swabs – que contém a saliva coletada sobre a pele – foram colocadas em um tubo estéril, sendo imediatamente iniciado o processo de extração, sem nenhum preparo prévio. Em seguida, adiciona-se 700μL do tampão de lise para saliva (10mM TRIS pH8,0; 10mM EDTA; 0,1 M NaCl; 2% SDS) e posteriormente 35μl de Proteinase K 20mg/mL. Após agitação, a tampa do tubo deve ser vedada com Parafilm® e incubada por uma noite a 56oC. A seguir, a Proteinase K é inativada a 95oC por 10 minutos, adicionando-se 700μL de fenol tamponado com pH 8,0 e homogeneizando-se com movimentos manuais leves por 5 minutos. Centrifuga-se e o sobrenadante é transferido para outro tubo, utilizando uma micropipeta com ponteira estéril. Acrescenta-se fenol/ clorofôrmio/ álcool isoamílico (25:24:1) na mesma quantidadedo sobrenadante removido, homogeneiza-se, centrifuga-se e remove-se o sobrenadante novamente para outro tubo. Adiciona-se ao sobrenadante cerca de 2 ou 3 vezes o volume recuperado, álcool 100% e 10% do volume em acetato de sódio 5M. Incuba-se durante uma noite a -20oC. No terceiro dia de extração, centrifuga-se a mistura. Dispensa-se o etanol, e ao precipitado adiciona-se 1mL de etanol 70%, homogeneizando-se cuidadosamente. Centrifuga-se e novamente é removido o álcool. Seca-se totalmente o "pellet". Ressuspende-se o "pellet" com 100μL de T.E. (Tris-base 100mM, pH 7,6; EDTA 10mM, pH 8,0). Este material de Figur eve ser utilizado a ra 51: Esque apenas como parâ ma da extraç âmetro de estudo ção de DNA 74 deste Programa pelo Chelex . Os créditos dest x 100®. te conteúdo são d dados aos seus reespectivos autoress Este material de Figur eve ser utilizado a ra 52: Esque apenas como parâ ma da extraç âmetro de estudo ção de DNA 75 deste Programa de amostra . Os créditos dest biológica de te conteúdo são d epositada em dados aos seus re m papel FTA® espectivos autores ®. s 76 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A técnica mais amplamente empregada envolve, em sua primeira fase, a lise celular, seguida de desnaturação ou inativação de proteínas. Com solventes orgânicos o DNA é posteriormente separado de macromoléculas, como as proteínas através de solubilização em água, e em seguida precipitado com etanol. Outras metodologias com o mesmo princípio, inclusive kits comerciais, podem ser utilizadas para cada tipo de amostra biológica. Há diferentes metodologias para a extração de DNA de sangue total (Salazar et al., 1998; Schneider, 1998), de esfregaços vaginais e de amostras de sêmen (Schneider, 1998), de saliva total e de materiais contendo saliva (Walsh D et al., 1992; Sweet et al., 1996; Hochmeister et al., 1998; Anzai et al., 2001, Anzai-Kanto, 2005); de dente humano (Oliveira, 2000), de osso (Hagelberg et al., 1991; Alves, 2000) (Figura 53); de material parafinado (Mesquita et al., 2001), tecidos removidos de cadáveres (Hochmeister, 1998) (Figura 51), entre outros. Figura 53: Cadáver em avançado estado de putrefação, submergido em mar por aproximadamente 1 mês. O material biológico coletado para a extração de DNA foi a cabeça do fêmur e tecido da parte interna do tórax, utilizando a porção interna da amostra para evitar a contaminação do DNA externo. 77 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A quantidade, a pureza e a integridade do DNA dependem de vários fatores como condições da amostra e da conservação, sendo necessário utilizar critérios para escolha da metodologia de extração para cada tipo de amostra (HAGELBERG et al., 1991; HOCHMEISTER, 1998; SALAZAR et al., 1998; SCHNEIDER, 1998; ALVES, 2000; ANZAI et al., 2001; MESQUITA et al, 2001; OLIVEIRA et al, 2002). O DNA pode ser obtido inclusive de células únicas, como as bucais. O isolamento de DNA micromanipulado de cada uma das 226 células utilizadas, a alteração da concentração de iniciadores, a utilização de AmpliTaqGold® e reação de PCR com 34 ciclos, possibilitou que Findlay et al. (1997) obtivessem sucesso ao amplificar o DNA de cada uma dessas células. AmpliTaqGold tem uma estabilidade à temperatura maior do que outras taqs, como a taq polimerase comum. Ao amplificarem individualmente o DNA de cada célula, obtiveram amplificação em 91% (206), sendo que em 50% (114) o perfil genético (7 loci) foi completo, em 64% (144) amplificou-se 4 a 6 loci. Os autores insistem no rigoroso controle da contaminação, posto que mesmo tomando esse cuidado em sua Extração de DNA Do Sangue (Salazar et al, 1998) As amostras de sangue foram submetidas à lise celular com 1000µL do tampão Tris-1 (Tris HCl 10mM pH 8,0, KCl 10mM, MgCl2 10mM EDTA 2mM pH 8,0) contendo Triton X-100 a 2.5%. Após a centrifugação, os núcleos celulares foram lisados com 220µL do tampão Tris-2 (Tris-HCl 10mM pH8,0, KCl 10 mM, Mg Cl2 10mM, EDTA 2mM pH 8,0, NaCl 0,4 M) contendo SDS a 1%. As proteínas foram removidas por precipitação salina com 100% seguindo de lavagem etanol 70%, por 3 vezes. Posteriormente o DNA foi ressuspendido em 100µL do tampão TE (Tris-HCl 10 mM e 1mM EDTA, pH 8,0) e mantidos a –20oC. 78 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores pesquisa obtiveram 28% com alelos adicionais aos verdadeiros alelos, e 11% somente com alelos adicionais. Quantificação de DNA A quantificação do DNA após a sua extração é importante para o aperfeiçoamento da qualidade do produto de DNA resultante da PCR (Internacional Society for Forensic Haemogenetics, 1992). O excesso de DNA em uma amostra de PCR poderá saturar a reação, fazendo com que apareça artefatos de técnica e amplificações inespecíficas que podem dificultar a sua análise. Já a sua falta poderá acarretar a perda de um dos alelos, quando o indivíduo é heterozigoto, ou mesmo na não amplificação dos mesmos (Butler, 2005). A qualidade e quantidade de DNA devem ser examinadas após a extração, além de verificar a possibilidade de degradação (JUNG et al, 1991; HOFF-OLSEN et al, 1999). O DNA pode ser quantificado por espectrofotometria em espectrofotômetro (Figura 54 e 55) a 260 nm, sua pureza pela relação 260/280 nm e a sua integridade pode ser avaliada em géis de agarose. No entanto, esses métodos avaliam a quantidade geral de DNA, seja ele humano ou de outro tipo. Quando se refere às amostras utilizadas em investigação criminal ou passíveis de degradação e contaminação, recomenda-se a utilização da quantificação de DNA de humano (INTERNACIONAL SOCIETY FOR FORENSIC HAEMOGENETICS - ISFH, 1992). 79 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 54: Espectrofotômetro utilizado para quantificação de ácidos nucléicos. Figura 55: Espectrofotômetro utilizado para quantificação de DNA que utiliza apenas 1μL de produto de extração de DNA. 80 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Essa quantificação pode ser realizada por hibridização de uma sonda utilizando- se um determinado lócus (D17Z1) em uma amostra de DNA imobilizada de uma membrana de náilon – dot blot (WALSH et al., 1992; ANDERSEN, 1998), e por kits comerciais como, por exemplo, o AluQuant™ human DNA quantitation system (WAYE et al, 1989; HOFF-OLSEN et al, 1999; MANDREKAR et al., 2001; SCHNEIDER et al, 2004; BUTLER, 2005). Apesar dessas técnicas serem mais complexas e caras que a espectrofotometria, elas quantificam somente o DNA humano, pois possuem sondas específicas para o mesmo. Tal característica pode ser imprescindível em casos forenses que haja a possibilidade de contaminação de DNA externo. No entanto, muitas vezes não é utilizada, pois há a necessidade de 5 a 10μL de produto de DNA, o que muitas vezes não é obtido. Uma metodologia que está substituindo as outras técnicas de quantificação por utilizar pouca quantidade de DNA, serespecífico para DNA e inclusive possibilitando verificar a presença de inibidores da enzima polimerase é a quantificação de DNA por PCR em tempo real. Principalmente em casos forenses que existe ínfima quantidade de DNA, está sendo altamente recomendada. Consiste no emprego de marcadores específicos marcados com fluorescência que são utilizados para a amplificação de regiões do genoma humano. No entanto, para fins didáticos, será explicado após a explicação da reação em cadeia pela polimerase (PCR), pois envolve a amplificação do DNA. A amostra biológica sendo preservada adequadamente e realizada em ótimas condições de extração e quantificação obtém-se quantidades maiores ou menores de DNA (Tabela 3). 81 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tabela 3: Quantidade de DNA extraído de diversos tipos de material biológico (Butler, 2005). Tipo de amostra Quantidade de DNA Sangue total 20000 ~ 40000 ng/mL Mancha de sangue 250 ~500 ng/cm3 Líquido seminal 150000 ~ 300000 ng/mL Esfregaço de material vaginal pós-coito 10 ~3000 ng/esfregaço Fio de cabelo com bulbo 1 ~750 ng/fio Pêlo com bulbo 1 ~10 ng/pêlo Saliva total 1000 ~10000 ng/mL Esfregaço bucal 100 ~1500 ng/esfregaço Urina 1 ~20 ng/mL Osso 3 ~10 ng/mg Tecido 50 ~500 ng/mg 82 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Reação de Amplificação pela Polimerase - PCR Uma tecnologia que revolucionou o campo da biologia molecular foi a PCR, tendo como seu inventor Kary Mullis (Figura 56), recebendo o Prêmio Nobel por essa descoberta (INTERPOL, 2001). A PCR consiste na amplificação seletiva de uma sequência-alvo de DNA específica a partir de uma coleção heterogênea de DNA, empregando-se um par de oligonucleotídeos iniciadores que são complementares a uma certa extensão em ambas as fitas do DNA a ser amplificado (Saiki et al, 1985). Várias sequências de iniciadores de diversas regiões do DNA humano já foram estabelecidas possibilitando a amplificação de seus respectivos STRs nas reações de PCR (Polymeropoulos et al., 1991; Polymeropoulos et al., 1992; Nishimura & Murray, 1992; Li et al., 1993; Moller et al., 1994; Urquhart et al., 1994; Urquhart et al., 1995; Jin et al., 1997). A sequência-alvo de DNA, cuja continuação é originalmente conhecida, é denominada DNA molde. Figura 56: Kary Mullis inventou a PCR, permitindo que sejam amplificados in vitro fragmentos de moléculas de DNA. 83 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A PCR envolve três etapas: desnaturação, hibridização e extensão. A desnaturação ocorre quando a molécula de DNA é aquecida acima da temperatura de 90°C, na qual as pontes de hidrogênio da dupla hélice se rompem, ocorrendo a separação das cadeias complementares. Os iniciadores se ligam especificamente às sequências de DNA complementares no processo de hibridização, mediante uma temperatura que pode variar de 45 a 72°C e deve ser previamente otimizada, estando relacionada à temperatura de melting (Tm), que é medida através de uma fórmula específica que envolve a quantidade de C e G em sua sequência. A prevalência de ligação dos iniciadores ocorre pela sua alta concentração no meio da reação. A enzima termoestável denominada DNA polimerase direciona o posicionamento dos precursores do DNA – dNTP – iniciando a síntese de novas fitas de DNA. Com um novo aumento de temperatura, a enzima DNA polimerase catalisa a reação, incorporando o nucleotídeo na posição terminal do iniciador, complementando as bases do DNA molde, promovendo a extensão da fita (Saiki, 1985, Sambrook et al, 2001) (Figura 57, 58 e 59). 84 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 57: Esquema da reação de PCR, com visualização dos fragmentos. 85 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 58: Representação esquemática da PCR com detalhamentos dos reagentes que a envolvem. 86 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 59: Esquema representativo de exemplo de ciclagem para uma PCR convencional. A PCR é realizada em equipamentos denominados termocicladores que controlam e variam a temperatura automaticamente para cada programa pré-estabelecido pelo pesquisador (Figura 60). 87 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Figura 60: Exemplo de termociclador utilizado para a PCR. A reação de PCR é preparada utilizando-se diversos reagentes que devem possuir concentrações específicas para cada tipo de análise. Atualmente, existem diversos kits de PCR contendo todos os reagentes pré-padronizados que facilitam a utilização da PCR em laboratórios forenses. No entanto, é de grande importância que o pesquisador entenda todo o processo de amplificação e seus reagentes. O reagente que vai direcionar a otimização de cada reação será o primer ou iniciador, que flanqueará a região do DNA a ser copiada, sendo um oligonucleotídeo sintetizado quimicamente e é adicionado à reação em altas concentrações (Butler, 2005). 88 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tabela 4: reagentes utilizados em uma PCR com a respectiva concentração ótima. Reagente Concentração ótima Tris-HCl, pH 8,3 (25°C) 10 a 50 mM Cloreto de Magnésio 1,2 a 2,5 mM Cloreto de Potássio 50 mM Desoxirribonucleotídeos trifosfatados (dNTPs) 200 μM de cada nucleotídeo(dATP, dTTP, dCTP, dGTP) DNA polimerase termoestável 0,5 a 5 U Soro de Albumina Bovina (BSA)* 100 μg/mL Primers ou Iniciadores 0,1 a 1,0 μM DNA 1 a 10 ng de DNA * Não é utilizado em todas as reações As ciclagens da PCR variam de acordo com os reagentes empregados, principalmente com a enzima polimerase, que altera a temperatura de extensão, os primers, que muda a temperatura de hibridização; e com a amostra de DNA, pois apresenta-se em pouca quantidade, podendo aumentar o número de ciclos. Só para ter uma idéia da variação das condições de ciclagem para kits diferentes utilizados em DNA forense foram colocados na tabela 5 exemplos de parâmetros de duas empresas distintas. 89 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tabela 5: Parâmetros utilizados para a ciclagem da PCR em kits de PCR multiplex comercialmente disponíveis no mercado, e que são os mais utilizados mundialmente. Passo do protocolo AmpFlSTR® kits (Applied Biosystems) GenePrint® STR Kits (Promega Corporation) Desnaturação inicial 95°C / 11 minutos 95°C / 11 minutos Quantidade de ciclos 28 ciclos 30 ciclos Desnaturação 94°C / 1 minuto
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