Aula 3 proteinas sequencia e bancos de dados

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QBQ0230 – 2010
Aula 3
Proteínas:
estrutura primária e bancos de dados
Regina L. Baldini
baldini@iq.usp.br
bloco 12 inferior, sala 1211
São as proteínas que fazem o 
organismo!
Peptídeos e proteínas
•Cadeias formadas da condensação 
de aminoácidos (resíduos)
•Peptídeos são pequenos (2-30 aa, 
Mw < 10 kDa)
•Proteínas são polipeptídeos, que 
podem também conter
• Mais de uma cadeia polipeptídica
• Cofatores
• Grupos prostéticos
Ligações peptídicas Peptídeos e proteínas são sempre 
representados do N para o C-terminal
Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
Leu-Ala-Tyr-Gly-Ser
Proteínas são 
sintetizadas nos 
ribossomos
(tradução)
a partir de apenas 
20 L-α-aminoácidos 
diferentes 
metilação
Aminoácidos podem sofrer 
modificação pós-tradução
fosforilação
Exemplos:
acetilação
Proteínas têm composição e 
número de aminoácidos 
específicos, que determinam sua 
forma e função
Hemoglobina Proteínas podem ser conjugadas 
a outras moléculas Funções das proteínas
• Catálise:
– Hexoquinase (via glicolítica), DNA polimerase (replicação de DNA)
• Transporte:
– hemoglobina (O2 ), lactose permease (lactose através da membrana)
• Estrutura:
– colágeno (tecido conectivo), queratina (cabelos, unhas, penas, cornos)
• Motilidade:
– miosin e actina (músculo)
• Transdução de sinal e regulação:
• receptores, quinases, fatores de transcrição
• …
• Carga
• Tamanho (peso molecular)
• Afinidade por um ligante
• Solubilidade
• Hidrofobicidade
• Estabilidade térmica
Proteínas podem ser separadas por 
suas propriedades físico-químicas
• Qualitativa 
� determinação perfil de proteínas de 
uma determinada amostra
–eletroforese
• Preparativa
� purificação a partir de uma mistura 
complexa 
–cromatografia
Separação de proteínas Cromatografia
• Fase estacionária
• Fase móvel
�Propriedades 
distintas
Troca iônica
• Separação por 
carga
Filtração em 
gel
• Separação por 
tamanho
Afinidade
• Afinidade por 
ligante
• Ex: Ni e 
histidina
Eletroforese em condições 
desnaturantes (SDS-PAGE)
dodecil-sulfato 
de sódio
(detergente)
Todas 
negativas, 
separação 
apenas por 
tamanho
Gel de proteína corado com 
coomasie blue
Eletroforese bidimensional
carga
tamanho
• Métodos de proteólise e degradação 
química
�Trabalhosos, demorados e nem sempre 
eficientes
• Genômica e proteômica
� dedução a partir da sequência do DNA
� Bancos de dados
� Espectrometria de massa
Como determinar a sequência 
de proteínas?
• NCBI
• KEEG
• Pfam
• SwissProt
• Expasy: portal de ferramentas de 
bioinformática para análise de proteínas
– ....vários outros!
Bancos de dados
• Entrar em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• Procurar em “all databases”: SigX
• Entrar em “Proteins”
• Procurar RNA polymerase sigma factor
SigX [Pseudomonas aeruginosa
UCBPP-PA14] – seguir link
• Fazer Blastp e selecionar alinhamentos
• Construir árvore
Exemplo feito na sala de aula Identificação de proteínas por espectrometria de massa