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Extensões do Equilíbrio de Hardy-Weinberg: Dominância, Alelos Múltiplos e Ligados ao Sexo Genética de Populações Prof. Dr. Rafael Guimarães Departamento de Genética Universidade Federal de Pernambuco rafael.lguimaraes@ufpe.br quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Dominância Completa Genótipos heterozigotos não podem ser diferenciados dos homozigotos dominantes. Como calcular a frequência alélica? ü Assumir que a população está em equilíbrio de Hardy-Weinberg para o lócus Fibrose Cística ü Desordem autossômica recessiva caracterizada por infecções respiratórias; ü Incidência: 1:2000 (Norte Americanos Caucasianos) ü Distinção entre homozigotos normais e heterozigotos – difícil; quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Dominância Completa Fibrose Cística ü Incidência: 1:2000 (Norte Americanos Caucasianos); ü Ou 0,005 ü Calculando a frequência do alelo normal: p = 1- q p = 1 – 0.02 p = 0.98 q = 0.02 üCalculando a frequência genotípica: p2 + 2pq + q2 quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Dominância Completa Uma amostra da população do Estado de São Paulo, constituída de 2.039 indivíduos cujas hemácias foram testadas com um anti-soro anti-D (anti-Rh0) revelou que dentre os indivíduos examinados, 1.848 eram D-positivo e 191 D-negativo. Quais as frequências alélicas? Qual a proporção de indivíduos D-positivos são heterozigotos? P(Dd/D_) = 2pq/ p2 + 2pq quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Sistemas Multialélicos Sistemas Multialélicos – genes com mais de dois alelos. quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Loci com Múltiplos Alelos Contagem de genótipos: üContamos o número de cópias de um alelo somando 2 vezes o número de homozigotos ao número de heterozigotos que possuem o alelo e dividimos essa soma pelo dobro do número de indivíduos. üPara lócus com 3 alelos (A1, A2, A3) e 6 genótipos (A1A1, A1A2, A1A3, A2A2, A2A3, A3A3), calculamos: p = f (A1) = 2 nA1A1 + nA1A2 + nA1A3 2N q = f (A2) = 2 nA2A2 + nA1A2 + nA2A3 2N r = f (A3) = 2 nA3A3 + nA1A3 + nA2A3 2N quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Loci com Múltiplos Alelos Por frequência genotípica: p = f (A1A1) + ½ f (A1A2) + ½ f (A1A3) q = f (A2A2) + ½ f (A1A2) + ½ f (A2A3) r = f (A3A3) + ½ f (A1A3) + ½ f (A2A3) p2 + 2pq + 2pr + 2qr + q2 + r2 = 1 quarta-feira, 23 de janeiro de 13 geno%picas quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Equilíbrio de H-W (Tabela do qui - quadrado) inheritance of this character is more complicated than was assumed or perhaps some of the yellow progeny died before they were counted. Clearly, we need some means of evaluat- ing how likely it is that chance is responsible for the devia- tion between the observed and the expected numbers. To evaluate the role of chance in producing deviations between observed and expected values, a statistical test called the goodness-of-fit chi-square test is used. This test provides information about how well observed values fit expected values. Before we learn how to calculate the chi square, it is important to understand what this test does and does not indicate about a genetic cross. The chi-square test cannot tell us whether a genetic cross has been correctly carried out, whether the results are correct, or whether we have chosen the correct genetic explanation for the results. What it does indicate is the prob- ability that the difference between the observed and the expected values is due to chance. In other words, it indicates the likelihood that chance alone could produce the devia- tion between the expected and the observed values. If we expected 20 brown and 20 yellow progeny from a genetic cross, the chi-square test gives the probability that we might observe 25 brown and 15 yellow progeny simply owing to chance deviations from the expected 20:20 ratio. When the probability calculated from the chi-square test is high, we assume that chance alone produced the difference. When the probability is low, we assume that some factor other than chance— some significant factor—produced the deviation. To use the goodness-of-fit chi-square test, we first de- termine the expected results. The chi-square test must al- ways be applied to numbers of progeny, not to proportions or percentages. Let’s consider a locus for coat color in do- mestic cats, for which black color (B) is dominant over gray (b). If we crossed two heterozygous black cats (Bb! Bb), we would expect a 3:1 ratio of black and gray kittens. A series of such crosses yields a total of 50 kittens—30 black and 20 gray. These numbers are our observed values. We can obtain the expected numbers by multiplying the expected propor- tions by the total number of observed progeny. In this case, the expected number of black kittens is ! 50 " 37.5 and the expected number of gray kittens is ! 50 " 12.5. The chi-square (#2) value is calculated by using the following formula: #2 where means the sum of all the squared differences between observed and expected divided by the expected val- ues. To calculate the chi-square value for our black and gray kittens, we would first subtract the number of expected black kittens from the number of observed black kittens (30 $ 37.5 " $7.5) and square this value: $7.52 " 56.25. We then divide this result by the expected number of black kittens, 56.25/37.5, " 1.5. We repeat the calculations on the number of expected gray kittens: (20 $ 12.5)2/12.5 " 4.5. To obtain the overall chi-square value, we sum the (obser- ved $ expected)2/expected values: 1.5 % 4.5 " 6.0. ! " ! (observed $ expected)2 expected 1"4 3"4 66 Chapter 3 P df .995 .975 .9 .5 .1 .05 .025 .01 .005 1 .000 .000 0.016 0.455 2.706 3.841 5.024 6.635 7.879 2 0.010 0.051 0.211 1.386 4.605 5.991 7.378 9.210 10.597 3 0.072 0.216 0.584 2.366 6.251 7.815 9.348 11.345 12.838 4 0.207 0.484 1.064 3.357 7.779 9.488 11.143 13.277 14.860 5 0.412 0.831 1.610 4.351 9.236 11.070 12.832 15.086 16.750 6 0.676 1.237 2.204 5.348 10.645 12.592 14.449 16.812 18.548 7 0.989 1.690 2.833 6.346 12.017 14.067 16.013 18.475 20.278 8 1.344 2.180 3.490 7.344 13.362 15.507 17.535 20.090 21.955 9 1.735 2.700 4.168 8.343 14.684 16.919 19.023 21.666 23.589 10 2.156 3.247 4.865 9.342 15.987 18.307 20.483 23.209 25.188 11 2.603 3.816 5.578 10.341 17.275 19.675 21.920 24.725 26.757 12 3.074 4.404 6.304 11.340 18.549 21.026 23.337 26.217 28.300 13 3.565 5.009 7.042 12.340 19.812 22.362 24.736 27.688 29.819 14 4.075 5.629 7.790 13.339 21.064 23.685 26.119 29.141 31.319 15 4.601 6.262 8.547 14.339 22.307 24.996 27.488 30.578 32.801 P, probability; df, degrees of freedom. Critical values of the #2 distributionTable 3.4 quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Loci com Múltiplos Alelos Genótipos de uma população de s a p o s l e o p a r d o s f o r a m determinados para o lócus que codif ica a enzima malato desidrogenase. Os seguintes número de genótipos foram observados: a) C a l c u l e a s f r e q u ê n c i a s genotípicas e alélicas para essa população. b) Qual o número de genótipos esperados se a população está em equilíbrio de Hardy- Weinberg? quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Loci Ligados ao X üFêmea possui dois cromossomos X, e portanto, têm dois alelos ligados ao X; üMachos tem apenas 1 único cromossomo X e um alelo ligado ao X; üSuponhamos que existem dois alelos em um lócus ligado ao X (XA e Xa): ØFêmeas – Homozigotas (XAXA ou XaXa) e Heterozigotas (XAXa); ØMachos – Heterozigotos (XAY ou XaY); üEquilíbrio de Hardy-Weinberg – condição primária – p (machos) = p (fêmeas); p = f (XA) = f (XAXA) + ½ f (XAXa)+ ½ f (XAY) Determinação da frequência de XA e Xa por Contagem p = f (XA) = 2 n XAXA + n XAXa+ n XAY 2N fêmeas + N machos q = f (Xa) = 2 n XaXa + n XAXa + n XaY 2N fêmeas + N machos Determinação da frequência de XA e Xa por frequência genotípicas q = f (Xa) = f (XaXa) + ½ f (XAXa)+ ½ f (XaY) quarta-feira, 23 de janeiro de 13 Loci Ligados ao X A cor laranja da pelagem de gatos é devido a um alelo ligado ao X (X0) que é codominante ao alelo para preto (X+). Genó>pos do locus laranja dos gatos foram determinados e os dados ob>dos são: Fêmeas X0X0 = 11 Fêmeas X0X+ = 70 Fêmeas X+X+ = 94 Machos X0Y = 36 Machos X+Y = 112 Calcule as frequências dos alelos X0 e X+ para essa população. quarta-feira, 23 de janeiro de 13 13 Q 1. Um sistema genético é constituído por quatro alelos autossômicos designados pelas letras A, B, C e D. Se em uma população as freqüências desses alelos forem A = 10%, B = 20%, C = 30% e D = 40% quais as freqüências genotípicas esperadas em equilíbrio genético? quarta-feira, 23 de janeiro de 13 14 Q 4. As amostras de sangue de praticamente todos os indivíduos (180) de uma comunidade ribeirinha de Rondônia (Portuchuelo, RO) foram investigadas eletroforeticamente para estudar a distribuição genotípica da fosfatase ácida eritrocitária, tendo-se observado o seguinte resultado: AA = 2; BB = 118; CC = 0; AB = 50; AC = 1; BC = 9 Quer-se saber: as estimativas das freqüências dos alelos A, B e C, e se a distribuição genotípica observada pode ser considerada como representativa de uma população em equilíbrio de Hardy e Weinberg. quarta-feira, 23 de janeiro de 13 15 Q 3. O gene responsável pela produção de distrofina, uma proteína que se localiza na membrana das fibras musculares estriadas e cardíacas das pessoas normais, está localizado no braço superior do cromossomo X, na região Xp21.2. Várias mutações nesse gene podem impedir a produção dessa proteína e, como conseqüência, determinar a distrofia muscular do tipo Duchenne, que afeta os indivíduos do sexo masculino e os impede de atingir a idade reprodutiva. Numa população na qual a incidência dessa heredopatia ligada ao sexo tem incidência igual a 4 por 100.000 nascimentos, quer- se saber qual a estimativa da freqüência de mulheres heterozigotas do gene da distrofina alterado. quarta-feira, 23 de janeiro de 13 • A cor branca (white) dos olhos em drosófila é devida a um gene recessivo ligado ao sexo (Xw) e o tipo selvagem, olhos de cor vermelha, deve-se ao seu alelo dominante (Xw+). Uma população de drosófilas, criada em laboratório, foi encontrada contendo 170 machos com olhos vermelhos e 30 com olhos brancos. 1. Faça uma estimativa das freqüências dos alelos Xw e Xw+ neste conjunto gênico. 2. Qual a percentagem de fêmeas possuindo olhos brancos que podemos prever nesta população, se a mesma estiver em equilíbrio? • 16 quarta-feira, 23 de janeiro de 13
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