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UNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIA BIO 158 – Biologia Celular e Molecular Lorran de Andrade Pereira 1 Roteiro 07: Organização do material genético A partir da leitura e interpretação do capítulo 4 (p. 195 a 245) de ALBERTS (2010) e do capítulo 28 (p. 734 – 736) de LEWIN (2009), responda as questões propostas para estudo. 1. Caracterize a molécula de DNA de acordo com o modelo proposto por Watson e Crick. Uma cadeia de DNA é um polímero longo e helicpodal composto de duas fitas, não-ramificado, composto de somente quatro tipos de subunidades. Estas são os desoxirribonucleotídeos contendo as bases nitrogenadas adenina (A), citosina (C), guanina (G) e timina (T). Os nucleotídeos na mesma fita são unidos por ligações fosfodiéster covalentes que ligam o carbono 5' de um grupo desoxirribose (açúcar + fosfato) ao carbono 3' do próximo. Todas as bases da molécula de DNA encontram-se no lado de dentro da hélice dupla, com os açúcar- fosfato no lado de fora. Isto exige que as bases de uma fita estejam extremamente próximas das bases das outra, e o encaixe proposto requeira um pareamento específico entre uma grande base purina (A ou G, cada uma com um anel duplo) em uma cadeia, e uma base pirimidina (T ou C, cada uma com um único anel) na outra cadeia. Assim, pares de bases complementares (ou pares de bases Watson-Crick) se formam entre A e T (duas pontes de hidrogênio) e entre G e C (três pontes de hidrogênio), existindo uma regra geral quantitativa de nucleotídeos, onde G=C e A=T. 2. Relacione a estrutura do DNA com a hereditariedade. Um gene carrega informações biológicas de uma forma que deve ser precisamente copiada e transmitida de cada célula para toda sua prole. As implicações do descobrimento da dupla-hélice de DNA foram profundas, porque a estrutura imediatamente sugeriu como a transferência de informações poderia se realizada. Uma vez que cada fita contém uma sequência de nucleotídeos, que é exatamente complementar à sequência de nucleotídeos da outra fita, ambas as fitas carregam a mesma informações genética, e ela pode ser copiada num processo no qual uma fita se separa da outra, e cada uma serve como molde para a produção de uma nova fita complementar. A informações genética é totalmente duplicada, de forma que dias dupla-hélices completas de DNA são formadas, cada uma com a sequência de nucleotídeos idêntica à hélice de DNA parental que servil como molde. Uma vez que cada molécula de DNA filha for terminada, com uma fita original e uma fita recém- sintetizada, o mecanismo de replicações de DNA é chamado semiconservativo. UNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIA BIO 158 – Biologia Celular e Molecular Lorran de Andrade Pereira 2 Como consequência direta do mecanismo de pareamento de bases, torna-se evidente que o DNA carrega informações através da sequência linear de seus nucleotídeos. Cada um pode ser considerado uma letra num alfabeto de quatro letras, que é utilizado para escrever mensagens biológicas em uma forma linear. Organismos diferem um dos outros, porque suas respectivas moléculas de DNA carregam diferentes sequência de nucleotídeos e, portanto, diferentes mensagens biológicas. 3. Relacione a complexidade do organismo com o número de genes, o número de cromossomos e o tamanho do genoma. Os genomas da maioria dos eucariotos são maiores e mais complexos do que os genomas dos procariotos. Porém, o tamanho do genoma de muitos eucariotos não parece estar relacionados à complexidade genética. Por exemplo, a quantidade de DNA nos genomas da salamandra e do lírio é mais de dez vez maior do que a quantidade de DNA do genoma humano, ainda que, obviamente, tais organismos não sejam dez vezes mais complexos do que os humanos. Este aparente paradoxo foi resolvido pela descoberta de que o genoma da maioria das células eucarióticas contém não somente genes funcionais, mas também uma grande quantidade de sequências de DNA que não codificam proteínas. Portanto, a diferença no tamanho dos genomas da salamandra e do humano é causada pela grande quantidade de DNA não-codificador no genoma da salamandra, em vez de uma maior número de genes. A presença de grandes quantidades de sequências não-codificadoras é uma propriedade geral de eucariotos complexos. Assim, o tamanho mil vezes maior do genoma humano, quando comparado com a da E. coli, não é devido somente ao maior número de genes presentes nos humanos. Grande parte da complexidade dos genomas eucariotos é devida à abundância dos vários tipos de sequências não-codificadoras, as quais são responsáveis pela maioria do DNA das células dos eucariotos superiores. 4. Identifique características do genoma humano. O genoma humano contém apenas cerca de 30.000 a 40.000 genes. Parece que somente 1 a 1,5% do genoma humano consiste em sequências codificadoras de proteínas. Aproximadamente 25% do genoma constituem-se de íntrons e mais de 60% se compõem de vários tipos de sequências de DNA duplicado e repetitivo, com o restante correspondendo a pseudogenes, sequências espaçadoras não-repetitivas entre os genes e sequências de éxons presentes nas extremidades 5' e 3' dos mRNAs que não são traduzidas em proteínas. O aumento dos genomas nos eucariotos superiores é, portanto, muito mais devido à presença de grandes quantidades de sequências repetitivas e íntrons, do que a um acréscimo no número de genes. UNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIA BIO 158 – Biologia Celular e Molecular Lorran de Andrade Pereira 3 5. Identifique e analise a funcionalidade de três tipos de sequências de DNA especializadas presentes nos cromossomos eucarióticos. Um gene pode ser definido como um segmento de DNA que é expresso para produzir um produto final, o qual pode ser um RNA (por exemplo, RNAr e RNAt) ou um polipeptídeo. Parte do DNA não- codificador dos eucariotos é responsável pelas longas sequências de DNA que se situam entre genes (sequências espaçadoras). Entretanto, grandes quantidades de DNA não-codificador também são encontradas dentro da maioria dos genes eucarióticos. Tais genes têm a estrutura dividida, nas quais segmentos de sequências codificadoras, denominadas éxons, são separadas por sequências não codificadoras, denominadas íntrons. O gene inteiro é transcrito para produzir uma longa molécula de RNA e os íntrons são, então, removidos pelo splicing, de modo que somente os éxons são incluídos no RNAm. Embora a maioria dos íntrons não tenha função conhecida, eles são responsáveis por uma fração substancial do DNA nos genomas dos eucariotos superiores. A maioria dos íntrons não especifica a síntese de um produto celular, embora tenha constatado que alguns poucos codificam RNAs funcionais ou proteínas. Todavia, os íntrons desempenham papel importante no controle da expressão gênica. A presença dos íntrons permite que os éxons de um gene sejam reunidos em combinações diferentes, resultando na síntese de proteínas diferentes a partir de um mesmo gene. Esse processo chamado de splicing alternativo, ocorre frequentemente nos genes de eucariotos complexos, e pensa-se ser importante na ampliação do repertório funcional dos genes no genoma humano. Uma parcela ainda maior dos genomas eucarióticos complexos consiste em sequências repetitivas de DNA não-codificador. Há os SINEs (elementos dispersos curtos), que são transcritos em RNA mas não codificam proteínas e sua função é desconhecida, e LINEs (elementos dispersos longos), que são transcritos e pelo menos alguns codificam proteínas, porém, da mesma forma que os SINEs, não tem função conhecida na fisiologia celular. Cada molécula de DNA que forma um cromossomo linear deve conter um centrômero, dois telômeros e origensde replicação. Cada cromossomo deve ser capaz de se replicar, e a nova cópia replicada deve, subsequentemente ser separada e dividida corretamente entre as células duas células filhas. Um centro do cromossomo atua como origem de replicação do DNA. Um cromossomo eucarioto contém muitas origens de replicação para garantir a rapidez no processo de replicação. Após a replicação ocorre condensação dos dois cromossomos-filhos ainda unidos, uma segunda sequência especializada de DNA, chamada de Centrômero, permite que cada cromossomo duplicado e condensado seja levado a cada célula-filha. Um complexo proteico chamado cinetócoro é formado no centrômero e liga o fuso mitótico aos cromossomos duplicados, permitindo assim a separação. Há uma terceira sequência especializada de DNA, chamada de telômeros, localizadas nas extremidades dos cromossomos. Os telômeros contém sequências repetidas de UNIVERSIDADE FEDERAL DA BAHIA BIO 158 – Biologia Celular e Molecular Lorran de Andrade Pereira 4 nucleotídeos que permitem que as extremidades sejam eficientemente replicadas e também sinaliza a integridade da molécula de DNA. 6. Descreva a estrutura da cromatina na interfase. O DNA das células eucarióticas está firmemente ligado a pequenas proteínas básicas (histonas) que empacotam o DNA de modo ordenado no núcleo celular. Essa tarefa é essencial, dado o conteúdo de DNA da maioria dos eucariotos. O complexo entre DNA eucarioto e proteínas é denominado cromatina, a qual tipicamente contém cerca de duas vezes mais proteínas do que DNA. As principais proteínas da cromatina são as histonas - proteínas pequenas que contêm uma grande proporção de aminoácidos básicos (arginina e lisina), os quais facilitam a ligação ao DNA carregado negativamente. Existem cinco tipos principais de histonas (H1, H2A, H2B, H3 e H4), que permitem a compactação do DNA. As histonas são proteínas extremamente abundantes em células eucarióticas. A unidade estrutural básica da cromatina, o nucleossomo, é a associação de 200 pares de DNA à um octómero (composto por duas moléculas de H2A, H2B, H3 e H4). Consistente com essa idéia, a microscopia eletrônica revelou que as fibras de cromatina possuem a aparência de um colar de contas, com as contas espaçaas em intervalos de aproximadamente 200 pares de bases. Uma molécula da quinta histona, H1, é ligada ao DNA à medida que é formada cada partícula central do nucleossomo. Em células que estão em interfase (sem divisão), a maioria da cromatina é relativamente descondensada e distribuída por todo o núcleo. Os genes são transcritos e o DNA é replicado durante esse período do ciclo celular, em preparação para a divisão celular. Os genes que estão sendo ativamente transcritos apresentam-se em um estado mais descondensado que torna o DNA mais acessível para a maquinaria de transcrição 7. Caracterize eucromatina e heterocromatina. Eucromatina - são regiões da cromatina em célular que estão em interfase, relativamente descondensadas e distribuídas por todo o núcleo, que são altamente ativas , tendo genes transcritos. Heterocromatina - são regiões da cromatina em células em interfase, que estão em uma forma altamente condensada, semelhante à cromatina das células que se encontram em mitose. Não é transcrita e contém sequências de DNA altamente repetitivas, tais como as sequências presentes nos centrômeros e telômeros.
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