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Introdução Bancos de dados de sequências de genes, proteínas, estruturas e genomas. Foco no GenBank (NCBI), visita ao GeneDB (Sanger Center), encontrando uma sequência de um gene de interesse A possibilidade criada pela Internet de se submeter dados on-line a um banco remoto e, de forma oposta, consultar on-line bancos de dados, incentivou a comunidade científica a centralizar em um serviço de acesso público os dados referentes a sequências de DNA e proteínas e, progressivamente, boa parte da informação gerada pelo conhecimento destas sequências. The Bioinformatics Organization é um site educacional e científico de fácil acesso tanto a profissionais de bioinformática quanto ao público em geral. A fim de facilitar a difusão de informações entre as pessoas de todos os níveis educacionais e profissionais. Como a tecnologia está bem avançada na biotecnologia de análise de gene, a identificação de gene é fundamental para desenvolver uma boa pesquisa. Na busca por eles, o destaque será a bactéria Bacillus Thuringiensis. O Bacillus thuringiensis é uma bactéria de solo presente nos mais diversos continentes, gram-positiva, aeróbica, isto é, necessita de oxigênio para sobreviver e, quando as condições ambientais se tornam adversas, pode esporular para sobreviver a estas condições. Tanto na sua fase vegetativa quanto na esporulação, estas bactérias produzem proteínas que têm efeito inseticida. Destas proteínas, as mais conhecidas são chamadas de proteínas cristal, com a denominação Cry, que são produzidas durante a fase de esporulação. Já foram identificadas diversas proteínas que atuam em diferentes ordens de insetos e até já foram descritas proteínas com potencial de controlar nematóides. São mais de 50 diferentes famílias descobertas e organizadas por um código numérico. Como exemplo tem a família Cry1, que atua sobre lepidópteros, a Cry3, que atua sobre coleópteros e a Cry4, que atua sobre dípteros, inclusive utilizada no controle biológico de mosquitos vetores de doenças como a dengue. Objetivo Analisar gene da insulina INS no banco de dados national center for biotechnology information Procedimentos e Resultados 1º Passo Pesquisa o gene, e depois acessar o banco de dados NCIB (Gen Bank) O arquivo foi adquirido no modo FASTA. >gi|315435754|gb|HQ018724.1| Bacillus thuringiensis strain Bt JKSHL1 crystal protein (cry1F) gene, partial cds ACAGGAGGAGATCTCTTACGAAGAACGAATACTGGTACATTTGCAGATATAAGAGTAAATATTACTGGGCCATTATCTCAAAGATATCGTGTAAGAATTCGCTATGCTTCTACGACAGATTTACAATTTTTCACGAGAATCAATGGAACTTCTGTAAATCAAGGTAATTTCCAAAGAACTATGAATAGAGGGGATAATTTAGAATCTGGAAACTTTAGGACTGCAGGATTTAGTACGCCTTTTAGTTTTTCAAATGCGCAAAGTACATTCACATTGGGTACTCAGGCTTTTTCAAATCAGGAAGTTTATATAGACCG 2º Passo Manipulation DNA Filter DNA The Sequence Manipulation Suite: Filter DNA The resulting DNA sequence consists of 317 bases. ACAGGAGGAGATCTCTTACGAAGAACGAATACTGGTACATTTGCAGATATAAGAGTAAATATTACTGGGCCATTATCTCAAAGATATCGTGTAAGAATTCGCTATGCTTCTACGACAGATTTACAATTTTTCACGAGAATCAATGGAACTTCTGTAAATCAAGGTAATTTCCAAAGAACTATGAATAGAGGGGATAATTTAGAATCTGGAAACTTTAGGACTGCAGGATTTAGTACGCCTTTTAGTTTTTCAAATGCGCAAAGTACATTCACATTGGGTACTCAGGCTTTTTCAAATCAGGAAGTTTATATAGACCG 3º Passo The Sequence Manipulation Suite: Reverse Complement Results for 317 residue sequence starting "ACAGGAGGAG". CGGTCTATATAAACTTCCTGATTTGAAAAAGCCTGAGTACCCAATGTGAATGTACTTTGCGCATTTGAAAAACTAAAAGGCGTACTAAATCCTGCAGTCCTAAAGTTTCCAGATTCTAAATTATCCCCTCTATTCATAGTTCTTTGGAAATTACCTTGATTTACAGAAGTTCCATTGATTCTCGTGAAAAATTGTAAATCTGTCGTAGAAGCATAGCGAATTCTTACACGATATCTTTGAGATAATGGCCCAGTAATATTTACTCTTATATCTGCAAATGTACCAGTATTCGTTCTTCGTAAGAGATCTCCTCCTGT 4º Passo The Sequence Manipulation Suite: Restriction Summary Results for 317 residue sequence starting "acaggaggag". Each position is the first base after a cut site on the direct strand of the linear form of the sequence. 5º Passo The Sequence Manipulation Suite: ORF Finder Results for 317 residue sequence starting "acaggaggag". ORF Number 1 on the direct strand extends from base 1 to base 315. acaggaggagatctcttacgaagaacgaatactggtacatttgcagatataagagtaaatattactgggccattatctcaaagatatcgtgtaagaattcgctatgcttctacgacagatttacaatttttcacgagaatcaatggaacttctgtaaatcaaggtaatttccaaagaactatgaatagaggggataatttagaatctggaaactttaggactgcaggatttagtacgccttttagtttttcaaatgcgcaaagtacattcacattgggtactcaggctttttcaaatcaggaagtttatatagac ORF Number 1 translates to give this protein: TGGDLLRRTNTGTFADIRVNITGPLSQRYRVRIRYASTTDLQFFTRINGTSVNQGNFQRTMNRGDNLESGNFRTAGFSTPFSFSNAQSTFTLGTQAFSNQEVYID Conclusão Utilizando o banco de dados GenBank e a ferramenta ORF Finder, obtivemos a sequência de nucleotídeos relacionadas ao gene da Bacillus thuringiensis strain Bt JKSHL1 crystal protein (cry1F) gene, partial cds. Partindo para o site The Bioinformatics Organization utilizamos a ferramenta conhecida como Filtro de DNA para remover dígitos e espaços entre as sequências do DNA tornando-o adequado para outras aplicações. Utilizamos também o Reverse Complement para converte a sequência de DNA na forma reversa. Apesar de todo procedimento parecer ser complexo, ele é de simples entendimento, sendo o mesmo de suma importância para a difusão de informação em escala global entre diferentes níveis de escolaridade e profissionais. Referências: https://www.google.com.br/search?q=national+center+for+biotechnology+information&rlz=1C1AVNE_enBR652BR652&oq=national+center+for+biotechnology+information&aqs=chrome..69i57j0l5.2540j0j7&sourceid=chrome&es_sm=93&ie=UTF-8 acessado em Dezembro de 2015 https://www.google.com.br/search?q=DNA+manipulation&rlz=1C1AVNE_enBR652BR652&oq=dna&aqs=chrome.1.69i57j69i59j0l4.3658j0j7&sourceid=chrome&es_sm=93&ie=UTF-8 acessado em Dezembro de 2015
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