Biomol Exercícios RESOLVIDOS

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LISTA 9
1. Combine os organismos listados na coluna da esquerda com a quantidade correta de DNA do seu genoma haplóide na coluna da direita.
E. coli (bactéria) 				(1) 1,7 x 108 pb
S. cerevisiae (levedura) 			(2) 4 x 106 pb
D. melanogaster (mosca de fruta) 		(3) 3,9 x 109 pb
H. sapiens (homem) 				(4) 1,4 x 107 pb
	E. coli = 2, S. cerevisiae = 1, D. melanogaster = 4, H. sapiens = 3
2. O núcleo de uma célula humana tem 6μm de diâmetro e a extensão total do DNA dos seus 46 cromossomos somam 1,8m. Como é resolvida a discrepância entre estas duas grandezas? Descreva o modo de compatação do DNA.
	Através do processo de compactação de DNA. Esse processo ocorre através da formação de um complexo chamado cromatina. Num primeiro nível de organização, o DNA é enrolado em volta de partículas proteicas em uma estrutura fibrilar de 10nm de diâmetro (nucleossomos). No segundo nível, a fibra de 10nm de diâmetro é enrolada num arranjo helicoidal, com a participação de proteinas adicionais (H1), originando uma outra fibra com diâmetro médio de 30nm. Finalmente, do terceiro nível de organização em diante, razões de compactação mais elevadas são atingidas com o enovelamento da fibra de 30nm, formando alças que se enovelam em torno de proteínas de plataforma.
3. Quais as características bioquímicas das histonas que compõe os nucleossomos. Quais as principais modificações das histonas que levam à regulação da expressão gênica? Quais os mecanismos moleculares desta regulação?
	Histonas são pequenas proteínas básicas, ricas em aminoácidos básicos (lisina e arginina) que compõem cerca de ¼ do total dos resíduos de aminoácidos. As histonas estão sujeitas à modificação enzimática por metilação, acetilação, ADP, ribosilação, fosforilação, glicosilação e ubiquitinação. Essas modificações afetam a carga elétrica líquida, a forma e outras propriedades das histonas, bem como as propriedades estruturais e funcionais da cromatina, participando na regulação da transcrição. Os mecanismos moleculares da regulação da expressão gênica que alteram a estrutura da cromatina tornando-a acessível são acetilação de histonas, metilação do DNA, fosforilação.
4. Cromatina que é ativa transcricionalmente (eucromatina) tem estrutura dispersa, enquanto cromatina que é inativa (heterocromatina) é compacta. Quando núcleos de células de galinha produzindo globina foram tratados brevemente com DNase pancreática, os genes de globina de adultos foram seletivamente destruídos, mas os genes para globina embrionica e ovalbumina permaneceram intactos. Quando os núcleos de células de oviduto foram tratadas com DNase, os genes de ovalbumina foram destruídos. Explique estes resultados.
	Na galinha adulta, o gene que produz globina de adultos está sob a forma de eucromatina, por alto índice de expressão, enquanto que os genes que codificam globina embriônica e ovalbumina estão sob a forma de heterocromatina, não sendo expressos. Por isso, quando são tratados com DNAase, esta age sobre o DNA mais acessível, ou seja, o que está em forma de eucromatina, enquanto que o DNA sob forma de heterocromatina está compactado com histonas, diminuindo o acesso da DNAase. No segundo experimento, as células de oviduto necessitam da expressão do gene de ovalbumina, ou seja, está sob a forma de eucromatina, possibilitando (pelos mesmos motivos já mencionados) a ação da DNAase.
5. Quais efeitos têm a metilação/desmetilação de bases do DNA (particulamente nas regiões promotoras, ilhas de CpG) na transcrição de genes?
	Os efeitos da metilação/desmetilação de bases do DNA são silenciamento dessilenciamento de genes - proteínas específicas reconhecem o sítio específico CpG metilase e recrutam histonas capazes de tornar o DNA na forma de heterocromatina, silenciando este gene.
6. Caseína é a proteína mais abundante do leite. É produzida em células epiteliais do tecido mamário em resposta a hormônios, incluindo o hormônio polipeptídico prolactina. Tecido mamário em cultura incubado na ausência de prolactina contém cerca de 300 moléculas de mRNA de caseína por célula, enquanto células incubadas na presença de prolactina contém cerca de 30.000 moléculas de mRNA de caseína. No entanto o núcleo de células de tecido mamário em cultura sintetiza somente cerca de 3 vezes mais mRNA de caseína na presença de prolactina. Proponha uma explicação para estes resultados?
Supostamente, o caso demonstra a diferença na produção de caseína, via mRNA, em uma cultura direta de células e uma cultura tecidual, ambas na presença de prolactina (o caso da ausência de prolactina era só pra evidenciar a importância da prolactina na produção da caseína). Assim, podemos desconfiar dos processos de transdução de sinal para o núcleo e o limite da maquinaria de transcrição do DNA. Há, também, a inibição da degradação do mRNA. 
LISTA 10
1. Compare a expressão gênica em bactérias e eucariotos quanto a:
a) grau de acoplamento da transcrição e da tradução.
	O grau de acoplamento da transrição e da tradução em procariotos ocorre praticamente simultaneamente, pois a tradução ocorre logo em seguida da transcrição. Já nos eucariotos a transcrição ocorre no núcleo, juntamente com o amadurecimento do transcrito primário, enquanto que a tradução ocorre no citoplasma, junto aos ribossomos.
b) número de genes representados no transcrito primário.
	Nos eucariotos, um gene codifica somente uma proteína. Já nos procariotos, existem vários genes no operon, onde cada gene codifica uma proteína diferente.
c) número de proteínas resultantes da tradução do mRNA.
	Em procariotos ocorre maior número de proteínas codificadas pela tradução mRNA. Já em eucariotos há um número menor de proteínas codificadas.
d) proporção de seqüências codificadoras no DNA.
	Em procariotos, em cada operon existem vários genes e estas sequências são transcritas e traduzidas. Já em eucariotos, em um gene existem regiões no DNA que são transcritas no transcrito primário, porém, após o amadurecimento do mRNA são retirados (introns), portanto há um menor número de sequências codificadoras.
e) organização de genes em operons.
	Operons só ocorrem em procariotos.
2. Quais as principais características das seqüências de promotores de genes eucarióticos transcritos em mRNAs? 
Promotor é uma sequência de DNA que deve estar em uma posição relativamente fixa em relação ao sítio de início da transcriação (+I) e possui sequência contendo TATA denominada TATA box ou elemento TATA.
Os promotores eucarióticos não funcionam sozinhos. Pelo menos em alguns casos, sua presença é aumentada pela presença de um reforçador (enhancer) que se localiza a uma distância variável dos promotores.
a) Conteituar: fatores de transcrição; 
	São proteínas responsáveis por se ligar a sequências específicas de DNA (promotores) que caracterizam o local de início da transrição e recrutar a RNA polimerase a esses sítios. Em eucariotos o fator reconhece primeiramente o local de início e o TFIID (transcription factor IID) que se liga ao TATA box através de sua subunidade TBP. O TFIIB recruta então o TFIIA seguido pelo TFIIB. Então a RNA polimerase ligada ao TFIIF e TFIIE junta-se ao TFIIH e aos outros fatores, formando o complexo de transcrição.
b) "enhancers" (ativadores) indicando suas funções. Qual a função dos fatores de transcrição e “enhancers”? Exemplifique características estruturais exibidas por fatores de transcrição.
Hélice-volta-hélice: 2 alfa-hélices conectadas por cadeia curta de aminoácidos mantidas em ângulo fixo. Sua função é reconhecer sequência específica de DNA.
Zíper de leucina: facilita a formação de dímeros entre duas proteínas para formar um fator de transcrição funcional.Enhancers ou acentuadores são sequências de DNA que aumentam a afinidade da maquinaria de transcrição por um certo promotor. Essas sequências podem estar localizadas acima (upstream), abaixo (downstream) ou dentro do gene a ser transcrito. Acredita-se que as proteínas que se ligam a enhancers causem uma curvatura no DNA e permitam um acesso maisfácil das proteínas da maquinaria de transcrição a um determinado promotor.
Exemplos de características estruturais exibidas por fatores de transcrição:
Dedo de zinco: consiste de ~30 resíduos de aminoácidos, sendo que 4 deles (4 cisteínas ou 2 cisteínas + 2 histidinas) coordenam um átomo de zinco. Garante a estabilidade do domínio do DNA. Na ausência do zinco, o domínio desdobra-se e torna-se demasiado pequeno para hospedar o núcleo hidrofóbico.
3. Em que consiste o terminal 5' cap do mRNA e qual o seu papel ? Qual a característica do terminal 3' encontrado na maioria dos mRNAs de eucariotos e como eles são formados?
	O terminal 5’cap do mRNA é um resíduo de guanina ligado covalentemente ao primeiro nucleotídeo de hnRNA. Essa estrutura protege a extremidade 5’ da ação de exonucleases e serve para o reconhecimento, pelo ribossomo, no local de início da síntese de proteínas.
	A extremidade (terminal 3’) possui uma sequência de 200 resíduos de adenina na sua extremidade 3’, que é chamada de cauda de poli(A). A cauda de poli(A) protege também da ação de exonucleases e leva ao reconhecimento do final da transcrição do DNA.
	O 5’cap é formado por um resíduo de guanina. É ligado covalentemente ao primeiro nucleotídeo do hnRNA pela enzima guanilil-transgerase. Primeiro a enzima fofo-hidrolase retira um grupamento fosfato do primeiro nucleotídeo (trifosfatado). O grupamento difosfato resultante reage com o fósforo de uma molécula de GTP, resultando em uma ligação fosfato 5’-5’ com o resíduo de guanina estando na posição inversa à dos demais nucleotídeos. O cap sofre então uma metilação na (___?___) 7 da guanina, catalisada pela enzima guanina-7-metil-transferase, resultando no nucleotídeo 7-metilguanilato.
	A extremidade 3’ - cauda poli(A) é uma modificação pós transcricional com relação direta com o término da transcrição, sendo realizado em diversos passos por um grande complexo proteico associado ao domínio ca?boxiterminal da RNAPII.
4. Genes de eucariotos são geralmente constituídos de introns e exons. Estas seqüências são tanto transcritas como traduzidas? A remoção dos íntrons (splicing) tem que ser um processo extremamente preciso. Por que?
	Não, ambas as sequências são transcritas mas não traduzidas, ocorrendo a remoção dos introns e o ligamento dos exons (que serão traduzidos). O splicing deve ser um processo preciso para que se gere um mRNA maduro, necessário para suprir a necessidade da célula naquele determinado momento. Caso o splicing ocorra de maneira diferente, poderá formar mRNA maduros processados diferentemente, o que dará origem a diferentes proteínas, que por sua vez irão executar diferentes funções, ou podem dar origem a proteínas não funcionais.
5. Explique como ocorre o processo de splicing. Que características na sequência do pré-mRNA transcrito definem introns e exons?A troca de G por A em uma junção intron-exon em um alelo do gene da beta-globina humana leva a ocorrência de splicing aberrante. Quais as possíveis consequências deste defeito genético.
		Normal As linhas diagonais 
representam a remoção 
do intron e junção dos exons (retângulos)
 Aberrante
	O processo de exisão de íntrons é também conhecido por splicing. Existem 4 tipos diferentes de introns, os quais são removidos de diferentes formas. Um deles é representado por introns presentes na grande maioria dos mRNAs nucleares cujo splicing é realizado com o auxílio de ribonucleoproteínas que formam um complexo spliceossomil.
	Do ponto de vista químico, a retirada de um intron de uma molécula de hnRNA ocorre em duas etapas: após duas reações de transesterificação (trasnferência de fosfoetil de um açúcar a outro; transferência de ligação de feosfodiéster para unir os exons, liberando o intron).
	O splicing consiste na retirada dos introns de um RNA precursor de forma a produzir um mRNA maduro funcional. A falta ou acréscimo de um único nucleotídeo em um exon pode levar a uma alteração da fase leitura e produção de uma proteína diferente da original. No caso, o gente da beta-globina será expresso de maneira incorreta, o que pode resultar em doenças como a talassemia.
6. Os indivíduos apresentam pequenas diferenças em sua sequência genômica. As diferenças (polimorfismos de uma base, SNP) ocorrem aproximadamente a cada 1000 pares de base (pb). Já existe tecnologia para identificação (mapeamento) dos SNP em genes específicos e os diferentes SNP bem como seus efeitos estão sendo progressivamente catalogados. Especule sobre a vantagem da identificação de polimorfismos humanos na prática médica.
O que é a DGGE?
A electroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) é um método de separação electroforético baseado em diferenças no comportamento de desnaturação de fragmentos de DNA de cadeia dupla.
Importância da DGGE
A DGGE é uma poderosa técnica de análise genética que pode ser usada para detectar directamente modificações de uma única base e polimorfismos em DNA genómico, DNA clonal e DNA amplificado por PCR.
Algumas das mais valiosas utilidades da DGGE na genética humana são a detecção directa de mutações numa única base causadoras de doença, a detecção de polimorfismos com sondas de DNA e a descoberta dos pontos de desnaturação de fragmentos de DNA.
São conhecidos casos em que a DGGE, associada a outras técnicas como a PCR, foi o tipo de análise mutacional directa utilizado na avaliação de fetos em risco de apresentarem deficiência na enzima reductase da dihidropteridina (DHPR). Esta é uma doença hereditária autossómica recessiva causada por mutações no gene QDRP e resulta em hiperfenilalaninémia e deficiência em diversos neurotransmissores no SNC, sendo imprescindível o diagnóstico pré-natal nas famílias afectadas.
A DGGE é também um dos métodos de pesquisa genética de mutações responsáveis pela síndrome de neoplasia endócrina múltipla tipo1 (MEN1), uma doença autossómica dominante, caracterizada por tumores endócrinos da glândula pituitária anterior, glândulas para-tiroides e pâncreas. Esta doença é provocada por mutações do gene MEN1, um gene supressor tumoral.
Uma mutação de células germinativas já conhecida no gene da proteína precursora amilóide bem como mutações novas no gene PS-1 foram detectadas por DGGE em pacientes com doença de Alzheimer.
LISTA 11
1. Quais os papéis da extremidade 3’ cap e da cauda 5’ poli-A do mRNA no controle da tradução em eucariotos? Explique.
	A extremidade poli(A) é o local onde estão presentes cerca de 200 A’s que se enrolam ao redor de várias cópias de uma proteína ligadora. Essa cauda tem a função de atuar como acentuadora da tradução, proteger o mRNA da digestão por nucleases presentes no meio e proporcionar uma maior estabilidade à molécula.
2. Assim como várias proteínas se ligam ao DNA, várias outras reconhecem seqüências e/ou estruturas específicas em RNAs. Dê um exemplo de controle de expressão gênica por proteína ligada a RNA.
3. Explique a via de transporte de proteínas de eucariotos para o meio extracelular.
O endereçamento de proteínas, existente tanto em eucariotos quanto em procariotos, pode ser feito através de sequências sinalizadoras (aminoácidos), pela própria estrutura da proteína ou por modificações pós-traducionais (como Fosforilação). Esses sinais determinam aonde as proteínas devem ir na célula, pois se ligam a receptores em membranas, organelas e outros.
O primeiro passo é a síntese de polipeptídeos, há a transcrição de um trecho do DNA em um RNA mensageiro. Esse RNA se une a um ribossomo e dai ocorre a tradução da sequencia em proteínas.
Em geral, as proteínas são endereçadas para o Núcleo, para o Retículo Endoplasmático, Peroxissomo e para as Mitocôndrias. As membranas, com sua bicamada lipídica, dificultam a entrada/passagem de proteínas, para isso ha adaptações nas células como os Poros no Carioteca do Núcleo, nas Mitocôndrias e as Vias Secretórias e de Transporte.
Como ocorre o tráfego de proteínas nas células?
Na célula ha um intenso fluxo de vesículas parao transporte de substancias de uma organela para outra, como no caso do Retículo Endoplasmático para o Golgi e vice versa. Mas ha também um fluxo de vesículas do meio interno para o externo (e vice versa), na Endocitose e Exocitose.
Endereçamento para o Núcleo – 
Endereçamento para as Mitocôndrias – 
Endereçamento via Vesículas – As proteínas que possuem como destino final lisossomos, membrana celular ou meio extracelular, normalmente, possuem, em sua região amino-terminal, uma sequência sinalizadora ou peptídeo sinal. Uma partícula reconhecedora de sinal (PRS) liga-se ao ribossomo contendo a proteína nascente com o peptídeo sinal e leva este complexo até a membrana do Retículo Endoplasmático, onde existem receptores para PRS.
Apos o término da síntese, ocorre a passagem da proteína para a luz do Retículo Endoplasmático – nele são formadas vesículas (no Retículo Liso) as quais são enviadas ao Complexo de Golgi. Do Golgi são liberadas vesículas que se fundem com a membrana plasmática ou ficam no citosol (lisossomos e Peroxissomos).
O Retículo Endoplasmático e o Complexo de Golgi são sítios de modificações pós-traducionais (que dão função a proteínas e determinam atividades metabólicas), por isso é importante que varias proteínas passem por essas organelas. 
Vias de Secreção de Proteínas
Há transporte do RE para a Membrana e vice versa. Para ocorrer o brotamento de vesículas e sua formação existem proteínas acessórias, como a prot. motora Cinesina (sentido núcleo para membrana) e a Dineina (da membrana plasmática para o Núcleo). Outras substancia essenciais para o transporte são: Clatrina (reveste vesículas atua na endocitose e exocitose); COP I (forma vesículas do Golgi para o RE); e COP II (forma vesículas do RE para o Golgi).
Via de Secreção Constitutiva – as moléculas sintetizadas são secretadas de forma automática, a medida que o golgi libera as vesículas formadas.
Via de Secreção Regulada – as moléculas ficam retidas no citoplasma dentro de suas vesículas transportadoras (ou grãos secretórios), são liberadas apenas quando a célula recebe um sinal, uma substancia indutora. Esse mecanismo permite uma resposta mais rápida da célula, isso é necessário e ocorre em Neurônios, por exemplo. 
4. Como as modificações pós-traducionais podem afetar as proteínas eucarióticas?
Modificação pós-traducional de proteínas é a modificação química de uma cadeia proteica depois de sua tradução.
Uma cadeia proteica nada mais é que uma longa sequência de vinte possíveis aminoácidos. Esses vinte constituintes básicos oferecem um cardápio limitado de funções e constituições proteicas; para aumentar a variabilidade dessas características, a célula frequentemente faz uso das modificações pós-traducionais.
Algumas dessas modificações estendem o conjunto de possíveis funções proteicas pela adição de novos grupos funcionais (grupos heme, acetato ou sulfato) ou de cadeias decarboidratos e/ou lipídios. Essas alterações químicas podem alterar a hidrofobicidade de uma proteína e assim determinar a localização celular desta (por exemplo, proteínas hidrofóbicas tendem a se ancorar em membranas fosfo-lipídicas). Outras modificações, como a fosforilação, são parte de um sistema para controlar o comportamento proteico (por exemplo, ativando ou inativando uma enzima) amplamente utilizado pela célula.
As modificações pós-traducionais conhecidas incluem fosforilação, acetilação, alquilação, metilação, sulfatação, isoprenilação, glicilação, ubiquitinação e formação de pontes dissulfeto.
LISTA 12
1. Qual foi a importância da descoberta que um extrato celular de uma galinha com um sarcoma causava um sarcoma quando era injetado em outra galinha?
	A importância dessa descoberta foi descobrir que os vírus podem servir de vetores para transmissão de câncer de uma célula para outra. Tal fenômeno ocorre da seguinte forma: primeiramente, o vírus libera seu genoma próximo de um protooncogene do hospedeiro. Isso faz com que o vírus, depois da infecção, carregue consigo o protooncogene e “rearranje” com o seu próprio material genético. Ao infectar outra célula, esse vírus pode transmitir esse protooncogene mutado e causar câncer neste hospedeiro.
2. O que são protooncogenes e oncogenes? Que tipos de proteínas estes genes podem codificar?
	Protooncogenes são genes são genes que codificam proteínas envolvidas no ciclo celular. Se estas proteínas sofrerem mutações, podem se tornar oncogenes, que por sua vez são formas mutantes de genes que controlam o ciclo celular. As proteínas que podem ser codificadas por esses genes são fatores de crescimento, proteínas transmembranas (ex.: quinases), proteínas G, receptores. Protooncogenes, quando mutados, têm ganho de função e são dominantes.
3. Como se identifica os genes supressores de tumor? Quais os processos celulares onde estes genes atuam?
	Genes supressores de tumor codificam proteínas reguladoras que normalmente envolvem a divisão celular. Mutações nesses genes são geneticamente recessivas, mas podem levar à formação de tumores. Eles podem ser identificados através da análise das proteínas que o gene supressor de tumor produz, que são p53, p21 e pRb. O gene supressor de tumor codifica a p53, que por sua vez ativa a p21, que se liga ao complexo aciclina2CDK2, impedindo essa quinase de fosforilar a pRb. A pRb desfosforilada se liga à E2F, impedindo a transcrição dos fatores de transcrição do grupo E2F, impedindo a ocorrência do ciclo celular.
4. A proteína c-src é homóloga à proteína viral oncogênica conhecida com v-src e atua como tirosina quinase citossólica, cuja atividade é regulada por fosforilação. Qual a característica de v-src que a torna uma proteína oncogênica.
	A proteína c-src é um protooncogene pois está na sua forma normal. Já a v-src é um oncogene gerado a partir da ação viral. A c-src só é ativada se forforilada (responde a um mecanismo de controle). Já a v-src não responde a esse mecanismo de controle por causa da mutação, não consegue ser desfosforilada por não possuir a região c terminal mantendo-a constitutivamente ativa.
LISTA 13
1. O antígeno que é utilizado na vacina recombinante contra a Hepatite B é uma glicoproteína. Em que tipo de organismo esta proteína recombinante pode ser obtida em sua forma ativa, antigênica? Explique.
	O organismo onde se pode obter a proteína recombinante na forma ativa é na levedura, porque a proteína precisa ser glicosilada e isso só ocorre em eucariotos.
2. Você isolou um cDNA completo que codifica para uma proteína que é um potente estimulador do sistema imunológico. Você agora deseja clonar este cDNA em um vetor de expressão para produzir grande quantidade desta proteína em E. coli.
a) Como você analisaria se a clonagem foi bem sucedida?
	Cresceria a E.coli em um meio x-gal. Se o vetor com a modificação foi inserido corretamente dentro da E. coli, ela não conseguirá metabolizar a galactose e o meio ficará na coloração branca. Caso a inserção do vetor não tenha ocorrido de maneira correta, a colônia ficará azul.
	Outro método é por PCR, onde se desenhariam primers específicos para o gene de interesse. Se a clonagem for bem sucedida haverá ampliação desse gene na PCR.
	Outro método é por eletroforese, comparando o peso do fragmento com o peso molecular padrão.
b) A proteína de seu interesse afeta o crescimento das bactérias. Como você faria para obter grande quantidade desta proteína recombinante?
	Poderíamos mudar o organismo utilizado na clonagem do gene que deve ser resistente à produzida, a (__?__) continuamente a proteína que afeta o crescimento das bactérias.
3. O gene completo (contendo todos os exons e íntrons) do hormônio de crescimento de ratos pode ser expresso em camundongos sob o controle de um promotor indutível por Cd2+. Como podem ser obtidos tais camundongos transgênicos? Quais as suas características? Como você explica o fato da expressão do gene do rato ser expresso perfeitamente em camundongos?
	Para produzir um camundongo transgênico é necessário se obter um geneque expressa o hormônio de crescimento do rato e inserir em um vetor, que é um vírus. Então, o zigoto desses camundongos deve ser infectado com esse vírus, então o camundongo irá produzir esse hormônio. As características do camundongo será o maior tamanho comparado a um indivíduo normal da mesma espécie. O processo da expressão do gene dos dois indivíduos é idêntico, por isso ocorre perfeitamente.
4. Planeje e descreva as etapas de obtenção de cabras transgênicas que possam produzir o hormônio de crescimento humano em seu leite.
	Primeiro, deve se isolar um gene de humano que sintetize o hormônio de crescimento e inseri-lo em um vetor (vírus), então esse vírus deve infestar o zigoto da cabra e ela crescerá expressando esse gene e gerando hormônio de crescimento humano em seu leite.
MAIS TÓPICOS
EMPACOTAMENTO DE DNA
Cromatina é o conteúdo interno do núcleo da célula que não está em divisão. Numa célula eucariótica, quase todo o DNA está compactado na cromatina. O DNA é "empacotado" na cromatina para diminuir o tamanho da molécula de DNA, e para permitir maior controle por parte da célula de tais genes. Grande parte da cromatina é localizada na periferia do núcleo, possivelmente pelo fato de uma das principais proteínas associadas com a heterocromatina ligar-se a uma proteína da membrana nuclear interna. A cromatina é formada a partir da molécula de DNA de dupla hélice complexada com proteínas básicas - as histonas - e proteínas ácidas não-histônicas. As histonas são proteínas simples, solúveis em água.
 Existem quatro níveis de compactação da cromatina:
a) Estrutura primária - Associação da dupla hélice do DNA com um grupo específico de histonas (devido a seus aminoácidos básicos). O octâmero circundado por duas voltas de DNA constitui um nucleossomo. Cerca de 140 bases de DNA estão associadas a cada centro de histonas. Após um segmento de DNA curto (20 a 60 bases), forma-se o centro seguinte de complexo de DNA, e assim por diante, conferindo à cromatina a aparência de contas num cordão. Este primeiro nível de compactação reduz o tamanho da molécula de DNA em 6 a 7 vezes. 
b) Solenóides - A histona H1 tem papel na organização da cromatina ocupando lugar na região entre os nucleossomos, forçando o material a outro tipo de compactação, em estruturas secundárias helicóides, denominadas solenóides. O solenóide corresponde à compactação de 6 a 7 nucleossomos. Essa nova fibra é a unidade fundamental da organização da cromatina. O solenóide é capaz de condensar aproximadamente 1200 bases de DNA.
c) Alças - Com a formação do solenóide, tem lugar a ação de proteínas não-histônicas, que formam estruturas em alças ou domínios. As alças podem ser o início de espessamentos parecidos com nós, denominados cromômeros. À medida que os cromossomos se condensam mais, os cromômeros adjacentes fundem-se em estruturas maiores, que depois se tornam às bandas cromossômicas.
d) Cromossomos - Encontramos essas formas na metáfase, quando há a maior condensação da cromatina. É o enrolamento final, do qual participa a topoisomerase II.
http://biocelnews.blogspot.com.br/2012/10/compactacao-do-dna.html
	2) ONCOGENES E PROTOONCOGENES
Genes que codificam proteínas capazes de controlar a proliferação e divisão celular, tais genes normais (não alterados), constituintes do genoma, são denominados proto-oncogenes. Quando mutados são chamados oncogenes.
As alterações genéticas que levam à ativacção dos proto-oncogenes conferem uma vantagem de crescimento à célula tumoral. A conversão de um proto-oncogene em um oncogene requer apenas um evento mutacional. Essas mutações promovem ganho de função e são dominantes em ação.
No mínimo três mecanismos básicos podem explicar como os proto-oncogenes são convertidos em oncogenes. Estes incluem: mutações em ponto, amplificação gênica e rearranjos cromossômicos. Embora alguns desses mecanismos possam ser mediados por vírus, a maioria é gerada unicamente por eventos intracelulares na ausência de retrovírus.
Essas mutações têm como consequência a ativação constitutiva da função transdutora de sinal da proteína. Cada uma das mudanças de aminoácidos prejudica a habilidade da proteína Ras mutante em sair do seu estado ativo de sinalização. Esses tipos de mutação são, portanto, ativadores dominantes do crescimento celular descontrolado.
http://www.moreirajr.com.br/revistas.asp?fase=r003&id_materia=5869 
https://books.google.com.br/books?id=KI4lcyKdGsAC&pg=PA334&lpg=PA334&dq=proto-oncogene+ganho+de+fun%C3%A7%C3%A3o+dominante&source=bl&ots=mx6Goa7q3K&sig=qwRAIPcqxjfM0g3xw0qKuH9O6DM&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwj5kP6q_9fNAhXBhJAKHRGjC_4Q6AEISjAF#v=onepage&q=proto-oncogene%20ganho%20de%20fun%C3%A7%C3%A3o%20dominante&f=false
	3) CAUDA POLI(A), CAP 5’, SPLICING
A maioria dos RNA’s eucarióticos são alterados de forma a conter uma cauda de poliadenilato na sua extremidade 3’. Nessa cauda estão presentes cerca de 200 A’s, que se enrolam ao redor de várias cópias de uma proteína ligadora. Essa cauda tem a função de atuar como acentuadora da tradução, proteger o mRNA da digestão por nucleases presentes no meio e proporcionar uma maior estabilidade à molécula.
O capacete do RNA é uma modificação que ocorre na sua extremidade 5’. Ele confere a essa molécula uma maior estabilidade, pois protege-a da ação de fosfatases e nucleases. Além disso o cap 5’, como é conhecido esse capacete, aumenta a chance desse RNA ser capturado pelos sistemas eucarióticos de tradução, levando a uma maior produção de proteínas. Deve-se notar que essa alteração não acontece nos RNA’s transportadores e ribossômicos, acontecendo principalmente nos mRNA’s e também nos hnRNA’s.
O splicing consiste na retirada dos íntrons de um RNA precursor, de forma a produzir um mRNA maduro funcional. Essa excisão dos íntrons do mRNA é um evento muito importante e requer uma extrema precisão das enzimas envolvidas no processo. A falta ou o acréscimo de um único nucleotídeo em um exon pode levar a uma alteração da fase de leitura e a produção de uma proteína completamente diferente da original.
http://www2.bioqmed.ufrj.br/prosdocimi/RNA/cap_5'.htm
http://www2.bioqmed.ufrj.br/prosdocimi/RNA/cauda_poli-a.htm
http://www2.bioqmed.ufrj.br/prosdocimi/RNA/splicing.htm
	4) EUCARIOTOS X PROCARIOTOS - SÍNTESE DE PROTEÍNAS
A transcrição em eucariontes é bem mais complexa que em procariontes. Nos eucariontes a transcrição ocorre no núcleo, enquanto a tradução ocorre no citoplasma. Já nos procariontes tal separação celular não existe, sendo os dois processos muito bem acoplados no espaço. A separação temporal e espacial desses dois processos nos eucariontes permite a eles uma melhor regulação da expressão gênica.
Outra diferença é que o transcrito primário de mRNA dos eucariontes, ao contrário dos procariontes, é amplamente processado. O RNA nascente sofre uma série de alterações: aquisição de revestimento (cap) na sua extremidade 5’, cauda poli-A na extremidade 3’ e remoção exata de introns (splicing) para a formação de mRNAs maduros com mensagens contínuas. Alguns mRNAs maduros chegam a ser até dez vezes menores em tamanho que seus precursores.
	Após a transcrição, o RNA resultante é chamado de transcrito primário. Os transcritos primários de RNA mensageiro (mRNA), em procariontes, sofrem pouco ou nenhum processamento após sua síntese e, em geral, são traduzidos ainda durante a sua produção. Entretanto, nos eucariotos, o transcrito primário necessita de algumas alterações para adquirir maior estabilidade e caracterizar a molécula de RNA que irá para o citoplasma ser traduzida. O conjunto dessas alterações necessárias é chamado de processamento do RNA.
	O processamento dos mRNAs em eucariotos é realizado em três etapas principais: Adição do cap 5'; Splicing; Adição da cauda de poliadenilato.
http://www2.bioqmed.ufrj.br/prosdocimi/RNA/transcricao.htm
http://www2.bioqmed.ufrj.br/prosdocimi/RNA/processamento.htm