Glossário Biologia Molecular

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GLOSSÁRIO EM BIOLOGIA MOLECULAR
Dar as definições dos termos abaixo utilizados em biologia molecular, utilizando referências bibliográficas.
Atividade exonucleásica: Propriedade da enzima em clivar ligação fosfodiéster no interior de uma molécula de DNA. Exemplo: enzimas de restrição, "tesouras moleculares".
Atividade endonucleásica: Propriedade da enzima de clivar ligação fosfodiéster na extremidade de uma molécula de DNA. Atividade de RNAase e DNAse. Enzimas com essa capacidade são utilizadas para degradar moléculas que não nos interessam.
Extremidade abrupta: Produzida por algumas enzimas de restrição, também chamada de extremidade cega por não apresentar nucleotídeos em cadeia simples.
Extremidade coesiva: Produzida por algumas enzimas de restrição, apresenta um pequeno número de nucleotídeos em cadeia simples e permite a ligação a outro fragmento de DNA pela complementariedade das bases.
Fluorocromo: Corante fluorescente usado para corar amostras biológicas, emite energia luminosa quando excitado por radiação luminosa adequada. Usado para marcações. Usado em PCR em tempo real, Southern-Blot.
Fragmento Klenow: Conserva a capacidade de polimerização e a atividade exonucleotídica no sentindo 3’ – 5’, é a maior parte do fragmento polipeptídico das proteases (que cortam a polimerase I em dois fragmentos).
Transformação bacteriana: A transformação bacteriana é o processo de inserir um vetor, recombinante ou não, numa bactéria. Dado que os vetores conferem em geral novas características à bactéria – tais como a resistência a dados antibióticos -, a bactéria é dita transformada. 
Vetor circular: Vetor fechado, não permite a ligação a um fragmento de DNA. DNA extraído de bactérias, purifica e comercializa. 
Vetor linearizado : Vetor digerido por uma enzima de restrição específica, permite a ligação a um fragmento de DNA compatível com as extremidades. Aberto por uma enzima de restrição.
Quimera: Molécula de DNA recombinante que contém sequências gênicas de origens diferentes. Duas moléculas que tem origens diferentes, como Escherichia coli com insulina (tem seu DNA e o DNA estranho).
Polimorfismo DNA: Variabilidade que existe em uma região do DNA em uma determinada população. Diferenças na sequência de bases sem consequências patológicas diretas. Alelo com frequência na população geralmente >1%. Mutação tem porcentagem menor de polimorfismo. Usado em medicina forense e teste de paternidade: regiões polimórficas são herdadas dos nossos pais.
Transposons: Ou transposão (elemento de transposição ou transpóson) é uma sequência de ácido desoxirribonucleico capaz de se movimentar de uma região para outra em um genoma de uma célula. (Prêmio Nobel de Medicina 1983, descoberto por Barbara McClintock). A possibilidade de se inserirem dentro de genes do próprio organismo pode causar diversas doenças, bem como ser fone de uma nova informação genética.
Promotores eucarióticos: Nos eucariontes, o RNA é produzido no núcleo, e os RNA que codificam proteínas devem ser transportados para o citoplasma para tradução dos ribossomos.  A maioria dos procariontes possui uma única RNA polimerase para transcrição de todos os tipos de RNA, já os eucariontes possuem três RNA polimerase. Cada RNA polimerase é responsável pela transcrição de uma classe específica de genes. O TATA box é um dos principais promotores eucarióticos.
Promotores procarióticos: Seqüências específicas reconhecidas pela RNA polimerase - que direcionam a transcrição de genes. Nos procariotos, o promotor apresenta duas sequências importantes para o reconhecimento, localizadas a -10 e -35 nucleotídeos do ponto de início da transcrição (denominado por convenção como +1).
Operon: É uma organização gênica. Vários genes são necessários ao mesmo tempo para realizar uma determinada atividade e podem estar ligados sob o controle de um único conjunto de genes regulatórios.
Genes estruturais: Conjunto de genes que codificam a síntese de proteínas com funções relacionadas, como várias enzimas de uma determinada via metabólica.
Genes regulatórios: Gene que apresenta papel regulatório, servindo como sítios de ligação para fatores de transcrição e polimerase. Encontra-se a uma determinada distância do operon, tem seu próprio promotor e codifica o repressor.
Melting: Desnaturação, dissociação do DNA em altas temperaturas (90-100 C) ou pH extremos (menor que 3 ou maior que 10).
Códon: Conjunto de 3 bases, específico para um determinado aminoácido.
RNA Splicing: Splicing ou processamento é o processo de remoção de íntrons do RNA mensageiro (no caso, o RNA transcrito primário).
Upstream: "A montante". Para a extremidade 5' da molécula de RNA. Ao considerar o DNA de cadeia dupla, a montante é para a extremidade 5' da cadeia codificadora para o gene em questão.
Downstream: "A jusante". Downstream e upstream se refere à uma região no RNA ou DNA, relaciona-se com 5-3' (direção que a transcrição do RNA acontece). Para a extremidade 3' do RNA. A jusante, no DNA, fica voltado para a extremidade 3'. Devido a natureza antiparalela do DNA, a extremidade 3'da estrutura helicoidal da matriz está upstream do gene e a extremidade 5' está downstream.
Mini satélites:
Micro satélites:
Fingerprinting: Impressão digital do DNA, isto é, a partir da análise do DNA de um organismo, este pode ser identificado ao nível do adulto. Compara fragmentos de DNA, é "tipagem de DNA". É uma técnica muito utilizada na investigação criminal para identificar criminosos a partir de resíduos de DNA (pele, sangue, esperma, cabelos, etc) ou em testes de paternidade para identificar os pais (mãe e pai). A PCR e a eletroforese obtêm padrões de bandas (caso se utilize gel) ou de picos (por sequenciadores automáticos). Os perfis obtidos são comparados com um padrão e os indivíduos são identificados.
Polimerases
Primers ou iniciadores
Anelamento
Plasmídeos
RFLP (polimorfismos de tamanho de fragmentos de restrição)
Gel agarose
Substância Tampão
Gel de poliacrilamida
DNA genômico
DNA plasmidial
Transcriptase reversa