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BIOLOGIA MOLECULAR Afrânio Farias de Melo Júnior Dario Alves de Oliveira Patrícia de Abreu Moreira CIÊNCIAS BIOLÓGICAS 5º PERÍODO BIOLOGIA MOLECULAR Afrânio Farias de Melo Júnior Dario Alves de Oliveira Patrícia de Abreu Moreira Montes Claros - MG, 2011 Copyright ©: Universidade Estadual de Montes Claros UNIVERSIDADE ESTADUAL DE MONTES CLAROS - UNIMONTES 2011 Proibida a reprodução total ou parcial. Os infratores serão processados na forma da lei. EDITORA UNIMONTES Campus Universitário Professor Darcy Ribeiro s/n - Vila Mauricéia - Montes Claros (MG) Caixa Postal: 126 - CEP: 39.401-089 Correio eletrônico: editora@unimontes.br - Telefone: (38) 3229-8214 Catalogação: Biblioteca Central Professor Antônio Jorge - Unimontes Ficha Catalográfica: REITOR João dos Reis Canela VICE-REITORA Maria Ivete Soares de Almeida DIRETOR DE DOCUMENTAÇÃO E INFORMAÇÕES Huagner Cardoso da Silva CONSELHO EDITORIAL Maria Cleonice Souto de Freitas Rosivaldo Antônio Gonçalves Sílvio Fernando Guimarães de Carvalho Wanderlino Arruda REVISÃO DE LÍNGUA PORTUGUESA Maria Cristina Ruas de Abreu Maia REVISÃO TÉCNICA Josiane Santos Brant PROJETO GRÁFICO Alcino Franco de Moura Júnior Andréia Santos Dias EDITORAÇÃO E PRODUÇÃO Ana Lúcia Cardoso Pereira Andréia Santos Dias Clésio Robert Almeida Caldeira Débora Tôrres Corrêa Lafetá de Almeida Diego Wander Pereira Nobre Jéssica Luiza de Albuquerque Karina Carvalho de Almeida Patrícia Fernanda Heliodoro dos Santos Rogério Santos Brant Sânzio Mendonça Henriques Tatiane Fernandes Pinheiro Tátylla Aparecida Pimenta Faria Vinícius Antônio Alencar Batista Ministro da Educação Fernando Haddad Secretário de Educação a Distância Carlos Eduardo Bielschowsky Diretor de Educação a Distância - DED - CAPES Celso José da Costa Governador do Estado de Minas Gerais Antônio Augusto Junho Anastasia Vice-Governador do Estado de Minas Gerais Alberto Pinto Coelho Secretário de Estado de Ciência, Tecnologia e Ensino Superior Nárcio Rodrigues Reitor da Universidade Estadual de Montes Claros - Unimontes João dos Reis Canela Vice-Reitora da Unimontes Maria Ivete Soares de Almeida Pró-Reitora de Ensino Anete Marília Pereira Coordenadora da UAB/Unimontes Maria Ângela Lopes Dumont Macedo Coordenadora Adjunta da UAB/Unimontes Betânia Maria Araújo Passos Diretor do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS Maria das Mercês Borém Correa Machado Chefe do Departamento de Ciências Biológicas Maria Orminda dos Santos Oliveira Coordenador do Curso de Ciências Biológicas a Distância Afrânio Farias de Melo Júnior AUTORES Afrânio Farias de Melo Júnior Professor da Universidade Estadual de Montes Claros. Mestre em Engenharia Florestal. Doutor em Engenharia Florestal. Dario Alves de Oliveira Professor da Universidade Estadual de Montes Claros . Mestre em Fitotecnia. Doutor em Fitotecnia. Patrícia de Abreu Moreira Professora da Universidade Estadual de Montes Claros. Mestre em Genética. SUMÁRIO Apresentação ..............................................................................................................................09 Unidade 1: Estrutura dos ácidos nucléicos .................................................................................. 11 1.1 Nucleotídeos ................................................................................................................... 11 1.2 Ácido Desoxirribonucléico (DNA) .................................................................................... 12 1.3 Ácido ribonucléico ......................................................................................................... 19 1.4 Referências ..................................................................................................................... 20 Unidade 2: Replicação de dna .................................................................................................... 22 2.1 Replicação do DNA ......................................................................................................... 22 2.2 Processo semiconservativo ............................................................................................... 22 2.3 Origem de replicação ...................................................................................................... 23 2.4 Mecanismos de replicação .............................................................................................. 25 2.5 Enzimas envolvidas na replicação .................................................................................... 27 2.6 Término da replicação ..................................................................................................... 30 2.7 Referências ..................................................................................................................... 33 Unidade 3: Síntese de rna-transcrição ......................................................................................... 34 3.1 Síntese de RNA ............................................................................................................... 34 3.2 A transcrição de organismos procariotos .......................................................................... 36 3.3 Transcrição em eucariotos ............................................................................................... 40 3.4 RNA polimerases nucleares ............................................................................................. 41 3.5 Referências ..................................................................................................................... 42 Unidade 4: Processamento de rna .............................................................................................. 43 4.1 Processamento de mRNA ................................................................................................ 43 4.2 Processamento de rRNA .................................................................................................. 46 4.3 Processamento de tRNA .................................................................................................. 47 4.4 Referências ..................................................................................................................... 48 Unidade 5: Código genético e síntese de proteínas-tradução ...................................................... 49 5.1 Código genético .............................................................................................................. 49 5.2 Síntese de proteínas ........................................................................................................ 50 5.3 Pareamento entre rRNA e mRNA .................................................................................... 55 5.4 Códon de iniciação e tRNA iniciador ............................................................................... 55 5.5 Etapas da síntese protéica ................................................................................................ 55 5.6 Referências ..................................................................................................................... 60 Unidade 6: Organização gênica de procariotos ........................................................................... 61 6.1 Genoma de E. coli ........................................................................................................... 61 6.2 Colinearidade.................................................................................................................. 62 6.3 Distribuição dos genes no genoma de organismos procariotos ......................................... 62 6.4 Elementos genéticos móveis ............................................................................................ 65 6.5Referências ..................................................................................................................... 68 Unidade 7: Organização gênica de eucariotos ............................................................................ 69 7.1 O tamanho dos genomas eucarióticos ............................................................................. 69 7.2 Sequências presentes nos genomas de organismos eucariotos .......................................... 70 7.3 Amplificação gênica ........................................................................................................ 72 7.4 Genes interrompidos ....................................................................................................... 72 7.5 Famílias de genes ............................................................................................................ 73 7.6 Genomas de organelas .................................................................................................... 74 7.7 Referências ..................................................................................................................... 75 Unidade 8: Controle da expressão gênica em procariotos e em eucariotos .................................. 76 8.1 Procariotos ..................................................................................................................... 76 8.2 Referências ..................................................................................................................... 87 Unidade 9: Tecnologia do dna recombinante .............................................................................. 88 9.1 Enzimas de Restrição ....................................................................................................... 88 9.2 DNA Ligase ..................................................................................................................... 90 9.3 Vetores de clonagem ....................................................................................................... 90 9.4 Vetores de expressão ....................................................................................................... 93 9.5 Bancos de DNA............................................................................................................... 94 9.6 Técnicas de hibridização ................................................................................................. 95 9.7 Sequenciamento de DNA ................................................................................................ 96 9.8 Reação em cadeia da polimerase - PCR .......................................................................... 98 9.9 Referências ..................................................................................................................... 100 Unidade 10: Transgênese ............................................................................................................ 101 10.1 Transformação por biobalística ...................................................................................... 101 10.2 Transformação por eletroporação de protoplastos .......................................................... 102 10.3 Transformação por Agrobacterium tumefaciens .............................................................. 103 10.4 Transformação por microinjeção .................................................................................... 104 10.5 Transformação direta ..................................................................................................... 104 10.6 Referências ................................................................................................................... 105 Unidade 11: Marcadores moleculares ......................................................................................... 106 11.1 Marcadores morfológicos .............................................................................................. 106 11.2 Marcadores bioquímicos ............................................................................................... 106 11.3 Referências ................................................................................................................... 110 Unidade 12: Terapia gênica ........................................................................................................ 111 12.1 Vetores utilizados para transferência de genes ............................................................... 111 12.2 Referências ................................................................................................................... 112 Resumo ......................................................................................................................................113 Referências básicas, complementares e suplementares ................................................................ 119 Atividades de aprendizagem - AA ............................................................................................... 121 9 APRESENTAÇÃO Caro(a) acadêmico(a) Seja bem-vindo à disciplina Biologia Molecular do curso de Licenciatura em Ciências Biológicas da Universidade Aberta do Brasil - UAB - Unimontes. A disciplina abordará o estudo da estrutura e funcionamento da molécula responsável por armazenar as informações hereditárias, o DNA, para isso, apresenta os mecanismos pelos quais essas informações são repassadas ao RNA e, finalmente, traduzidas em proteínas necessárias às nossas células. A disciplina Biologia Molecular tem o objetivo de capacitar você, acadêmico do curso de Ciências Biológicas, para conhecer as moléculas envolvidas nas informações genéticas, o material genético em nível molecular, tanto de organismos eucariotos quanto de organismos procariotos, possilitando a compreensão da transferência dessa informação para outras moléculas, para a produção de proteínas. Você entenderá como os genes estão organizados em seres procariotos e eucariotos e como ocorre a regulação da expressão gênica nos mesmos. E mais, você irá conhecer a tecnologia do DNA recombinante e como a informação aprendida, na disciplina, pode ser empregada na ciência, como veremos com os transgênicos e com a terapia gênica. Para uma melhor compreensão desse mundo molecular, o caderno didático de Biologia Molecular foi dividido em unidades. Assim, o material é composto por 12 unidades e, ao final de cada uma das unidades, segue um resumo e Atividades de Aprendizagem com o propósito de auxiliar a aprendizagem do conteúdo trabalhado. Lembre-se sempre que a disciplina Biologia Molecular é parceira das disciplinas Biologia Celular e Genética, as quais já foram cursadas por você, por isso, tenha sempre em mãos o material dessas disciplinas, em caso de dúvida, você terá como esclarecê-la. Os autores. 11 UNIDADE 1 ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLÉICOS Patrícia de Abreu Moreira Olá acadêmicos! Vamos dar início ao estudo da Biologia Molecular relembrando de algumas moléculas importantes estudadas na Biologia Celular: os ácidos nucléicos. Os ácidos nucléicos são macromoléculas que armazenam e transmitem a informação genética entre as células. Vamos ver ainda que essa informação é repassada por meio do código genético e a tradução desse código resulta na síntese de proteínas. Os ácidos nucléicos são heteropolímeros constituídos pela polimerização de nucleotídeos. Existem dois tipos de ácidos nucléicos: o ácido desoxirribonucléico (DNA) e o ácido ribonucléico (RNA). As diferenças entre esses ácidos nucléicos estão nos tipos de nucleotídeos que compõem a macromolécula. 1.1 NUCLEOTÍDEOS Cada nucleotídeo é composto por um grupo fosfato, um açúcar (pentose) e uma base nitrogenada (Figura 01). As bases nitrogenadas podem ser de dois tipos: purinas ou pirimidinas. As bases purinas possuemdois anéis aromáticos, são as bases adenina (A) e guanina (G). As bases pirimidinas, por sua vez, possuem apenas um anel aromático, são conhecidas como citosina (C), timina (T) e uracila (U). Figura 01: Bases nitrogenadas purinas e pirimidinas componentes dos ácidos nucléicos. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. Uma introdução sobre os ácidos nucléicos foi feita durante o estudo do núcleo celular na disciplina Biologia Celular, por isso, volte ao caderno didático dessa disciplina para uma breve revisão. 12 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período Os nucleotídeos são formados por um açúcar que possui cinco carbonos e, por isso, é chamado de pentose. A pentose pode ser do tipo ribose ou ainda desoxirribose. A diferença entre as pentose é devido a presença ou não de um grupo hidroxila (-OH) no carbono 2’ do açúcar. A desoxirribose não possui a hidroxila no carbono 2’, enquanto que a ribose possui (Figura 02). As diferenças entre os dois tipos de ácidos nucléicos, DNA e RNA, residem no tipo da pentose e na composição de bases nitrogenadas da macromolécula (Zaha, 2003). Figura 02: Pentoses componentes dos ácidos nucléicos. Fonte: Adaptado de Stryer et al., 2004. 1.2 ÁCIDO DESOxIRRIBONUCLÉICO (DNA) O DNA é composto por nucleotídeos chamados desoxirribonucleotídeos, pois a pentose que compõe essas moléculas é a desoxirribose. Portanto, o DNA sempre será formado pela desoxirribose. Devemos lembrar que esse açúcar não possui o grupo OH no C2 e, por isso, a molécula de DNA é mais estável que o RNA. Essa pentose faz ligação com o grupo fosfato e com uma base nitrogenada. As bases nitrogenadas que constituem o DNA podem ser purinas A e G ou pirimidinas C e G. É possível perceber então que a base uracila (U) não constitui este ácido nucléico. As bases nitrogenadas são ligadas à pentose por uma ligação denominada β-glicosídica no carbono 1’ do açúcar. A molécula composta apenas pela base nitrogenada ligada ao açúcar, com o grupo fosfato ausente, é conhecida como nucleosídeo. Ao unir-se a um ou até três grupos fosfato (PO4 -) é formado o nucleotídeo (Figura 03) (Zaha, 2003). Biologia Molecular UAB/Unimontes 13 Figura 03 - A) Nucleosídeo formado pela união da base nitrogenada e pentose (em desta- que a ligação β-glicosídica) e, B) Nucleotídeo formado pela união entre o nucleosídeo e grupo fosfato. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. A molécula de DNA será formada pela união dos desoxirribonucleotídeos adjacentes. Essas estruturas formam cadeias que são unidas entre si por ligações fosfodiéster estabelecidas entre o grupo fosfato e o grupo hidroxila (-OH) do carbono 3’ do desoxirribonucleotídeo contíguo (Figura 04). Figura 04: Cadeia de nucleotídeos unidos pela ligação fosfodiéster (em destaque as liga- ções fosfodiéster entre nucleotídeos adjacentes). Fonte: Adaptado de Stryer et al., 2004. Os nucleotídeos componentes da cadeia têm a mesma orientação, ou seja, se o carbono 5’ da pentose estiver voltado para cima, os demais nucleotídeos desta cadeia estarão voltados para a mesma posição. Por causa dessa orientação, as cadeias possuem direcionalidade. Assim, uma extremidade terá um grupo fosfato presente, extremidade 5’, e a outra extremidade terá um grupo OH presente, extremidade 3’ (Figura 04). Por convenção, as cadeias são representadas na orientação 5’ → 3’ e apenas as letras representativas das bases nitrogenadas são indicadas: 5’ ATGCGCGATAGCTAGATCGA 3’ Em 1953, os pesquisadores James Watson e Francis Crick desvendaram a estrutura correta desta molécula: uma dupla-hélice 14 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período formada por duas cadeias de nucleotídeos que se enrolam em torno de um eixo (Figura 05). Vimos que os nucleotídeos adjacentes de uma cadeia são unidos pelas ligações fosfodiéster e essas ligações nas fitas paralelas estão em direções opostas, ou seja, uma fita está orientada na direção 5’ → 3’ enquanto que a outra fita está no sentido 3’ →5’. Por isso, as fitas da molécula de DNA são ditas antiparalelas (Figura 05). Figura 05: Fitas antiparalelas da molécula de DNA. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. Biologia Molecular UAB/Unimontes 15 As fitas antiparalelas são unidas por pontes de hidrogênio, as quais são estabelecidas entre as bases nitrogenadas das cadeias opostas. As pontes de hidrogênio são formadas graças à presença de grupos ceto (C=O) e amino (C-NH2). As bases T e U possuem grupos ceto e podem parear com a base A que contém um grupo amino. As bases nitrogenadas C e G possuem tanto grupos ceto quanto amino e, por isso, podem formar duas pontes de hidrogênio. Uma outra ponte de hidrogênio é formada em todos os pares entre os nitrogênios dos anéis aromáticos das bases. Dessa forma, no DNA teremos o pareamento entre A e T por duas pontes de hidrogênio e entre as bases C e G por três pontes de hidrogênio (Figura 06). Devido ao pareamento supracitado na molécula de DNA fita dupla, teremos sempre a mesma quantidade de bases A e T e a mesma quantidade de bases G e C. Graças ao pareamento, as fitas da molécula de DNA são ditas complementares. Veremos que graças a essa característica, a replicação da molécula de DNA é precisa e a transmissão das informações genéticas às proteínas é possível. Figura 06- Pareamento estabelecido entre as bases nitrogenadas na molécula de DNA. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. Este pareamento que ocorre entre as bases nitrogenadas é fundamental para a manutenção da dupla-hélice. As bases nitrogenadas são estruturas hidrofóbicas enquanto que a pentose e o grupo fosfato são Replicação de DNA: a replicação da fita de DNA é a formação de uma nova molécula feita com base na fita já existente. Agora que você já sabe sobre os pareamentos da molécula dupla de DNA, treine a complementariedade das fitas desenhando uma fita aleatória de DNA, por exemplo, 5’ ATGCGCGATCGATG 3’, e com base na fita apresentada e no pareamento pré- estabelecido faça a fita complementar. 16 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período hidrofílicos. Devido a essa peculiaridade, as bases ficam na parte interna da molécula, enquanto que as estruturas hidrofílicas ficam na parte externa, como se fossem corrimãos de uma escada circular. Além disso, as ligações β-glicosídicas presentes nas fitas antiparalelas não estão opostas diretamente na molécula de DNA, promovendo em sua estrutura a formação de duas cavidades (Figura 07). Através dessas cavidades, as bases nitrogenadas ficam expostas ao meio solvente e podem ser distinguidas quimicamente. Dessa forma, proteínas são capazes de interagir com sequências específicas da molécula de DNA reconhecidas sem o rompimento da cadeia de fita dupla (Zaha, 2003). Figura 07: Cavidades maior e menor na dupla-hélice de DNA. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. Biologia Molecular UAB/Unimontes 17 1.2.1 Desnaturação e reanelamento do DNA A desnaturação da fita dupla de DNA promove a separação das fitas antiparalelas que constituem a molécula e o reanelamento promove a união das fitas antiparalelas previamente separadas. Apesar de parecer um pouco estranho, os atos de separação e união das fitas são completamente normais e, na verdade, fundamentais para que processos como replicação, transcrição e recombinação ocorram. A desnaturação da molécula de DNA pode ser promovida in vitro em solução por meio do aumento da temperatura, titulação com ácidos ou álcalis e por agentes desnaturantes, como a formamida. Os ácidos realizam a separação das fitas complementares, pois protonizam os anéis nitrogenados das bases A, G e C e os álcalis promovem a desnaturação, pois desprotonizam os anéis nitrogenados das bases G e T. A separação das fitas complementares de DNA poderáser acompanhada utilizando-se um espectrofotômetro. Com o comprimento de onda a 260 nm é feita uma medida de absorbância da molécula de DNA, a medida será máxima quando as fitas de DNA estiverem completamente separadas. Esse fenômeno pode ser realizado experimentalmente aumentando a temperatura de uma solução de DNA e, concomitantemente, medindo a absorbância a 260 nm. A abosrbância irá aumentar até o momento em que as fitas antiparalelas estiverem completamente separadas, nesse momento a absorbância é máxima, devido ao efeito hipercrômico, e não irá alterar-se frente ao aumento da temperatura. A temperatura em que encontramos 50% da molécula de DNA desnaturada é conhecida como Tm (Zaha, 2003). Como o pareamento entre as bases G e C é formado por três pontes de hidrogênio, uma maior energia é exigida para romper essas ligações, portanto, são necessárias temperaturas mais elevadas, pH mais alto ou maiores concentrações dos agentes desnaturantes. Dessa forma, a Tm de uma molécula de DNA depende da quantidade de pareamento entre A e T em relação ao pareamento G e C. Consequentemente, quanto maior a proporção de pareamento G e C (índice GC ou GC%), maior será a temperatura necessária para desnaturação da molécula de DNA e, portanto, maior será o valor de Tm. A partir do valor de Tm é possível calcularmos o índice GC: Tm (°C) = 69,3 + 0,41 (GC%) O processo de desnaturação das fitas pode ser revertido, mesmo quando as fitas do DNA estão completamente separadas. Assim, como durante a desnaturação, o processo de reanelamento pode ser acompanhado espectrofotometricamente, visto que à medida que o DNA Transcrição: a transcrição é a formação de uma molécula de RNA feita de acordo com a sequência de desoxirribonucleotídeos do DNA. 18 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período é resfriado lentamente, a absorção a 260 nm diminui. O anelamento normalmente ocorre a uma temperatura 25°C abaixo da Tm. Caso o resfriamento da molécula de DNA ocorra de maneira abrupta, as fitas colapsam e a renaturação pode não ocorrer. 1.2.2 Tipos de DNA A molécula de DNA pode assumir diferentes conformações e três diferentes tipos de estruturas são encontrados in vivo: tipo B, tipo A e tipo Z (Figura 08). Em todas essas formas, as regras de pareamento são mantidas, bem como a informação contida na sequência de nucleotídeos. Figura 08: Tipos de moléculas de DNA. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. O tipo B representa a forma clássica descrita pelos pesquisadores James Watson e Francis Crick e é a forma mais abundante na célula. Caso esse tipo de DNA seja desidratado, a molécula engrossa e diminui o tamanho. Além disso, a cavidade maior torna-se mais estreita e profunda, enquanto que a cavidade menor torna-se mais larga e rasa. Nessas conformações, o DNA é denominado tipo A. Os DNAs dos tipos B e A possuem a base e a Biologia Molecular UAB/Unimontes 19 pentose em lados opostos da ligação β-glicosídica, ou seja, na conformação anti. Esse tipo de DNA não é encontrado em condições fisiológicas, apesar de se acreditar que esse seja o tipo de molécula presente nos híbridos DNA: RNA durante a transcrição. Na presença de altas concentrações de cátions alguns nucleotídeos da molécula de DNA mudam a sua conformação e outra estrutura é encontrada: DNA tipo Z. As bases nitrogenadas pirimidinas conservam a conformação padrão anti, mas as bases nitrogenadas purinas estão do mesmo lado da pentose na β-glicosídica, gerando a conformação syn. As conformações anti e syn se alternam dando um aspecto de zigue-zague na cadeia. Essa molécula é mais fina e alongada e sua cavidade maior desaparece, enquanto que a menor torna-se extremamente profunda em relação ao tipo B (Zaha, 2003). É importante salientarmos que embora a cadeia dupla de DNA seja a forma mais comum na natureza, DNA de fita simples pode ser encontrado compondo o genoma de alguns vírus. Os bacteriófagos M13 e ØX174 são exemplos de vírus contendo DNA de fita simples. 1.3 ÁCIDO RIBONUCLÉICO Figura 09: Ligação fosfodiéster entre nucleotídeos adjacentes formando a fita de RNA. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. 20 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período O ácido ribonucléico, conhecido como RNA, possui semelhanças com a molécula de DNA: ambos são formados pela união de nucleotídeos adjacentes pela ligação fosfodiéster 5’ → 3’. Contudo, na molécula de RNA, a pentose presente é a ribose e a base nitrogenada timina (T) não é encontrada. Apesar disso, a molécula pode ser formada por quatro diferentes bases nitrogenadas: adenina (A), guanina (G), citosina (C) e uracila (U) (Figura 09). Normalmente, a molécula de RNA é fita simples, porém, pareamentos entre C e G e entre A e U podem ocorrer formando estruturas importantes na função do RNA. Diferentes tipos de RNA estão comumente presentes nas células e cada um possui funções específicas. Esses RNAs são classificados segundo a sua função e localização na célula. Os principais tipos de RNAs são mensageiro (mRNA), o ribossômico (rRNA) e o transportador (tRNA). O mRNA transfere a informação genética contida na sequência de nucleotídeos do DNA aos ribossomos, onde ocorre a síntese de proteínas. O rRNA é o componente majoritário dos ribossomos e o tRNA carrega os aminoácidos até o sítio de síntese de proteínas (Zaha, 2003). Figura 10: Tipos de moléculas de RNA. Fonte: Adaptado de Koolman & Roehm, 2005. Além desses RNAs, os eucariotos possuem o RNA heterogêneo nuclear (hnRNA), que é o precursor do mRNA, os pequenos RNAs nucleares (snRNAs) que, quando ligado a proteínas, formam as ribonucleoproteínas, as quais têm papel importante na síntese dos mRNAs e, por último, as ribozimas que possuem funções estruturais ou catalíticas. Biologia Molecular UAB/Unimontes 21 KOOLMAN, Jan e ROEHM, Klaus-Heinrich. Color Atlas of Biochemistry. 2.ed. New York: Thieme, 2005. STRYER, Lubert; TYMOCZKO, John; BERG, Jeremy. Bioquímica. 3.ed. Guanabara Koogan, 2004. ZAHA, Arnaldo (Org.). Biologia molecular básica. 3.ed. Porto Alegre: Mercado Aberto, 2003. 22 UNIDADE 2 REPLICAÇÃO DE DNA Patrícia de Abreu Moreira Agora que conhecemos a estrutura dos ácidos nucléicos, poderemos aprender como ocorre a síntese dos mesmos. Vamos começar com a formação de uma nova molécula de DNA, processo conhecido como replicação. A replicação é muito complexa e requer a participação de muitos componentes. 2.1 REPLICAÇÃO DO DNA Em crescimento acelerado, as bactérias replicam seu DNA continuamente e podem iniciar uma nova replicação antes do término da replicação prévia. Durante o ciclo celular, a célula eucariótica passa por um período denominado intérfase, o qual é dividido em três fases: G1, S e G2. É durante a fase de síntese, fase S, que ocorre a síntese de DNA e a duplicação do material genético. Os mecanismos que governam a replicação, nessas células, ainda não estão completamente compreendidos. É importante ter em mente que a replicação em procariotos ocorre no citoplasma, visto que essas células não possuem núcleo, e a replicação em eucariotos ocorre no núcleo. 2.2 PROCESSO SEMICONSERVATIVO Para que ocorra a replicação da molécula de DNA, as fitas complementares precisam ser desnaturadas e ambas serão copiadas, originando novas moléculas filhas, as quais serão compostas por uma fita parental, que serviu de molde, e por uma fita recém-sintetizada (Figura 11). Novamente, é importante que você se lembre da estrutura das células eucariotas e procariotas para que compreenda a replicação nos dois tipos celulares. Qualquer dúvida, consulte o caderno didático da disciplina Biologia Celular. Volte ao caderno didático da disciplina Genética e faça uma revisão sobre os três mecanismos previamente propostos para explicara replicação da molécula de DNA Biologia Molecular UAB/Unimontes 2323 Figura 11: Replicação de uma molécula de DNA. Fonte: Patrícia de Abreu Moreira. A replicação é semiconservativa, como demonstra o experimento clássico de Meselson e Stahl, em 1958, em que células foram crescidas na presença 15N e, em seguida, foram incubadas em meio contendo 14N. Após uma geração foi possível perceber que o DNA fita dupla continha uma fita com o isótopo pesado (15N) e outra fita com o isótopo leve (14N). Na geração seguinte, existiam, no meio, moléculas de DNA com uma das fitas 15N e a outra fita 14N ou moléculas com as duas fitas contendo 14N (Zaha, 2003). 2.3 ORIGEM DE REPLICAÇÃO A replicação da molécula de DNA ocorre a partir de um ponto inicial conhecido com origem. É na origem que as fitas de DNA se separam e as fitas simples servem de molde para a síntese de uma nova molécula de DNA. Esses pontos já foram descritos em procariotos e eucariotos como sendo regiões ricas em sequências AT. A molécula de DNA de procariotos, bem como de plasmídeos e vírus apresentam apenas uma única origem de replicação, enquanto que organismos eucariotos possuem várias origens. Durante a replicação é possível a observação de diferentes tipos intermediários da molécula, dependendo da posição da origem na molécula de DNA (Figura 12) (Zaha, 2003). Para que não haja dúvidas sobre a replicação semiconservativa, volte ao caderno didático da disciplina Genética e reveja, na Unidade IV, o experimento de Meselson-Stahl em detalhes. 24 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período Figura 12: Tipos intermediários de moléculas de DNA gerados por diferentes origens de replicação. Fonte: Adaptado de Kornberg & Baker, 1992. A bactérica Escherichia coli possui a replicação muito bem estudada, bem como a sua origem única, denominada oriC. Essa região possui uma sequência de 245 pares de bases (pb) fundamental à replicação, pois a mesma possui dois grupos de sequências envolvidos no reconhecimento da origem de replicação: quatro sequências de 9 pb e, à sua direita, três sequências repetidas de 13 pb ricas em AT. Outros organismos procariotos possuem uma origem de replicação semelhante à oriC de E. coli. A proteína iniciadora, DnaA, reconhece sítios específicos nas sequências de 9 pb, acima citadas. No momento da ligação da DnaA a região de 9 pb é formada uma ligação de 20-40 monômeros, uma região da oriC em que o DNA se enrola. Ao ligar-se a essa região a DnaA determina o local de início da replicação, induzindo a abertura das duas fitas de DNA e posicionando uma outra proteína em oriC, a DnaB. O processo de replicação em E. coli é dividido em três etapas: 1. Complexo inicial – durante esta etapa, a DnaA se liga às quatro sequências de 9 pb e, consequentemente, é formada a ligação de 20-40 monômeros e o DNA altera a sua estrutura em oriC; 2. Complexo aberto – nesta etapa ocorre a separação das fitas na região de sequências de 13 pb e proteínas, como HU ou IHF estão envolvidas na estabilização da curvatura da molécula de DNA; 3. Complexo pré-priming – neste momento ocorre a ligação da DnaB nas sequências de 13 pb. Uma outra proteína, DnaC, se liga a DnaB em oriC e esta ligação representa o início da replicação. A proteína DnaB mantém as fitas de DNA dissociadas para que a replicação ocorra. De acordo com as informações obtidas na Unidade I responda: por que as origens de replicação são regiões ricas em sequências AT? Biologia Molecular UAB/Unimontes 25 Nos cromossomos de eucariotos, a caracterização de origens de replicação é dificultada devido à complexidade de seus genomas. Todavia, sequências agindo como origens de replicação, as sequências com replicação autônoma (ARS) foram isoladas em leveduras e alguns fungos filamentosos. Contudo, acredita-se que essas sequências não sejam fundamentais para a replicação em eucariotos, visto que origens de replicação específicas não foram descritas em outros organismos eucariotos (Zaha, 2003). 2.4 MECANISMOS DE REPLICAÇÃO Veremos que os processos básicos de replicação são aplicados a organismos procariotos e eucariotos, assim como a replicação semiconservativa previamente analisada. Já foi visto que a replicação é iniciada em regiões específicas denominadas origens. Em células procariotas essa origem de replicação poderá ser ativada mais de uma vez durante um ciclo celular, mas em células eucariotas apenas uma única vez. A partir da origem, a replicação segue por toda a fita de DNA podendo ocorrer em uma ou até ambas as direções até o término da fita. A forquilha de replicação replica a DNA em apenas uma direção caso essa seja unidirecional, porém, se a replicação for bidirecional duas forquilhas de replicação deixam a origem, replicando o DNA em direções opostas. A adição dos nucleotídeos é realizada por uma enzima denominada DNA-polimerase. Essa enzima adiciona novos nucleotídeos na extremidade 3’OH de um outro nucleotídeo presente na fita de DNA. Portanto, para que essa enzima seja capaz de adicionar novos nucleotídeos é necessário que uma pequena região entre as duas fitas complementares esteja pareada. Como a adição de nucleotídeos é feita sempre pela extremidade 3’ o crescimento da cadeia sempre ocorre no sentido 5’ → 3’. Em E. coli estão presentes três DNA-polimerases. A DNA- polimerase I (pol I) possui três domínios de atividade e é utilizada pela bactéria para replicação e reparo do DNA. A atividade de polimerização 5’ → 3’ está localizada na extremidade carboxiterminal e, em seguida, está a atividade de exonuclease 3’ → 5’. Na extremidade amino-terminal, a enzima possui uma atividade exonuclease 5’ → 3’ (Figura 13). Caso essa enzima seja clivada, ela gera um pequeno fragmento contendo a região amino-terminal (contendo a atividade exonuclease 5’ → 3’) e um outro fragmento denominado fragmento de Klenow, contendo as outras duas atividades da enzima. A atividade exonuclease 3’ → 5’ da pol I permite que a replicação ocorra sem erros, visto que essa região reconhece e cliva um pareamento errôneo na extremidade 3’ da nova fita sintetizada. Essa atividade é conhecida como correção de erro e é capaz de eliminar somente o último Forquilha de replicação: a forquilha de replicação refere- se a todo complexo enzimático que se une a molécula de DNA parental para que uma nova molécula seja sintetizada. 26 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período nucleotídeo adicionado por sua atividade de polimerização 5’ → 3’. Após ter removido o nucleotídeo errado, um novo nucleotídeo poderá ser corretamente adicionado no local (Zaha, 2003). A atividade exnonuclease 5’ → 3’ da pol I remove conjuntos de até 10 nucleotídeos de uma das fitas no sentido oposto da exonuclease de correção de erro. Figura 13- Estrutura da DNA-polimerase I de Escherichia coli. Fonte: Adaptado de Kornberg & Baker, 1992. Além da DNA-polimerase I em E. coli, duas outras polimerases são encontradas, a DNA-polimerase II (pol II) e a DNA-polimerase III (pol III). Essas duas enzimas possuem as atividades polimerase 5’ → 3’ e exonuclease 3’ → 5’, assim como a pol I. Entretanto, a atividade exonuclease 5’ → 3’ é exclusiva da pol I. A principal função da pol II está relacionada aos processos de reparo do DNA. Ao contrário das demais polimerases, a pol III é uma holoenzima formada por 20 ou mais polipeptídeos. Essa é a principal enzima envolvida na replicação da E. coli. A formação da holoenzima pol III inclui uma região denominada core a qual é formada pela subunidade α, em que está localizada a atividade polimerase 5’ → 3’, pela subunidade ε, em que está localizada a atividade exonuclease 3’ → 5’, e pela subunidade θ que, provavelmente, estabiliza a ligação das outras duas subunidades. Além da região core,outras subunidades auxiliares são importantes para a processividade da enzima e a subunidade β induz e mantém as associações entre as subunidades para que a holoenzima seja formada. As DNA-polimerases já foram isoladas em outros microorganismos e apresentam características similares as encontradas nas enzimas de E. coli. É importante lembrarmos-nos da polimerase do Thermus aquaticus, a qual é denominada Taq-polimerase. Essa enzima é estável a 95°C e não possui a atividade exonuclease 5’ → 3’. Essa é a polimerase utilizada nas amplificações de DNA in vitro via PCR (reação em cadeia da polimerase) (Kornberg & Baker, 1992). Os organismos eucariotos apresentam quatro DNA-polimerases localizadas no núcleo. A DNA-polimerase α apresenta-se como uma holoenzima e uma das suas subunidades contém atividade de primase. A PCR: é uma técnica muito utilizada em laboratórios quando a amplificação de uma região do DNA é necessária. Biologia Molecular UAB/Unimontes 27 DNA-polimerase δ é a enzima que possui maior processividade e contém a atividade de exonuclease 3’ → 5’. A polimerase ε provavelmente está relacionada aos mecanismos de reparo do DNA, assim como a DNA- polimerase β. Esses organismos possuem uma polimerase localizada nas mitocôndrias, a DNA-polimerase γ, a qual possui uma alta processividade e atividade exonuclease 3’ → 5’. 2.5 ENzIMAS ENVOLVIDAS NA REPLICAÇÃO Muitas enzimas com funções específicas estão envolvidas no mecanismo de replicação da molécula de DNA, como as polimerases descritas anteriormente. As polimerases dependem da ação inicial de uma enzima denominada helicase, a qual irá romper as pontes de hidrogênio estabelecidas entre as bases nitrogenadas das cadeias complementares de DNA. O movimento da forquilha de replicação está sujeito à abertura das fitas pela helicase. A DnaB, descrita anteriormente, é a helicase responsável pela aberturas das fitas em oriC. As fitas simples precisam ser estabilizadas para que torções não ocorram nessas regiões. As proteínas SSB têm alta afinidade pela fita simples de DNA e, além de evitar as torções, impedem que a região seja degradada pela ação de nucleases. Durante a replicação a molécula de DNA poderá sofrer torções e se transformar em um topoisômero. Topoisômeros são moléculas com sequência e tamanho idênticos, mas que diferem na sua topologia (conformação). Assim, introduções ou remoções de superenrolamentos são necessárias. As topoisomerases são enzimas que catalisam a conversão dos topoisômeros. Essas enzimas são capazes de promover uma quebra transitória nas ligações fosfodiéster onde a topoisomerase se liga covalentemente ao DNA e permite que as fitas do DNA passem umas sobre as outras e dessa forma o superenrolamento da molécula é alternado. Todos os organismos procariotos e eucariotos estudados até o momento possuem topoisomerases. Dois tipos de topoisomerases são observadas, segundo seu mecanismo de ação: topoisomerases do tipo I e topoisomerases do tipo II. As do tipo I quebram apenas uma das fitas do DNA e alteram o número de ligação em passos de uma unidade, já as do tipo II quebram as duas fitas da molécula dupla de DNA e alteram o número de ligação em passos de duas unidades. Em E. coli, encontramos as enzimas topo I e topo III, as quais são topoisomerases do tipo I, e a girase e topo II, as quais são do tipo II. A girase irá induzir torções na molécula necessárias para a abertura das fitas. Já foi mencionado que as polimerases não conseguem iniciar a adição de nucleotídeos sem que haja uma região pareada (fita dupla). Esse pareamento é possível devido a uma sequência de RNA denominada primer, Primase: enzima responsável pela síntese do primer. 28 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período a qual propicia a fita dupla para que a replicação inicie. Portanto, para cada início da síntese das fitas de DNA é necessário a presença de um primer. Após a inclusão do primer novos nucleotídeos serão incorporados a essa sequência pela DNA polimerase e a nova cadeia de DNA será sintetizada. Os primers são sintetizados pela RNA polimerase ou por uma primase e são complementares a regiões próximas ao início da replicação. A primase de E. coli forma um complexo com DNA molde e outras proteínas formando o primossomo. Um fato curioso chama atenção durante o processo de replicação do DNA: as fitas da molécula são antiparalelas, uma possui orientação 5’ → 3’ enquanto a outra possui orientação 3’ → 5’, e as polimerases sintetizam novas fitas apenas no sentido 5’ → 3’. Assim, uma das fitas será sintetizada de forma contínua enquanto a outra será sintetizada de forma descontínua. Dessa forma, a fita contínua precisa de apenas um primer, já a fita descontínua necessita de vários (Figura 04). A fita parental de sentido 3’ → 5’ serve como molde para a síntese da fita contínua e a fita parental 5’ → 3’ é a molde para a fita descontínua. Devido a essa maneira descontínua de síntese vários fragmentos contendo entre 1.000 a 2.000 nucleotídeos em procariotos e entre 100 a 200 nucleotídeos em eucariotos são formados na fita descontínua. Esses fragmentos são conhecidos como fragmentos de Okazaki. Figura 14: Forquilha de replicação do DNA. Fonte: Moreira & Gonçalves, 2009. Assim que ocorre a abertura das fitas em oriC, a forquilha de replicação se movimenta no mesmo sentido no qual a enzima DnaB (helicase) promove o rompimento das pontes de hidrogênio. O primossomo gerado Biologia Molecular UAB/Unimontes 29 é necessário para que os primers da fita descontínua sejam produzidos. Mais adiante, os primers serão retirados da fita de DNA pela pol I por meio da sua atividade exonuclease 5’ → 3’. Os fragmentos de Okazaki da fita descontínua serão unidos graças à ação da enzima ligase que é capaz de catalisar ligações fosfodiéster (Figura 14) (Zaha, 2003). Evidências sugerem que a síntese da fita descontínua ocorra de forma coordenada a síntese da fita contínua. A primase, localizada no primossomo, movimenta-se em direção oposta ao movimento da forquilha, pois ela é responsável pela produção dos primers da fita descontínua. Nesta fita, o movimento da forquilha de replicação origina DNA de fita simples à frente do primossomo e da pol III. Dessa maneira, o primossomo movimenta ao longo dessa sequência de fita simples, até o início do primer, no mesmo sentido da forquilha de replicação. Durante a síntese do novo primer, todavia, o deslocamento da primase se torna oposto ao movimento da forquilha. No DNA ocorre à formação de uma alça e por meio desta o primossomo pode ser utilizado pela fita descontínua para coordenar o movimento deste primossomo no sentido oposto com a replicação simultânea das duas fitas pela pol III (Figura 15). Figura 15: Modelo proposta para a forquilha de replicação para a síntese coordenada das duas fitas. Fonte: Adaptado de Kornberg & Baker, 1992. 30 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período 2.6 TÉRMINO DA REPLICAÇÃO Em E. coli a replicação ocorre em movimento bidirecional e será finalizada quando as duas forquilhas de replicação, movimentando-se em direções opostas se encontram. A região de terminação denomina-se Ter está localizada a 180°C a partir de oriC. No cromossomo circular deste procarioto existem duas regiões de terminação (T1 e T2) específicas para uma direção do movimento da forquilha de replicação. Cada forquilha de replicação necessita passar pela outra para que a replicação seja finalizada (Figura 16) (Zaha, 2003). Figura 16: Término da replicação no genoma circular de Escherichia coli. Fonte: Adaptado de Lewin, 1990. Caso o genoma circular do organismo procarioto possua uma replicação unidirecional, o término desta ocorrerá quando a forquilha de replicação retornar à origem. Em qualquer uma das situações citadas, o términoda replicação em genomas circulares, geralmente, não deve apresentar problemas. Contudo, os genomas lineares precisam resolver a falta de nucleotídeos nas extremidades do DNA após a remoção dos primers (Figura 17). Os organismos que possuem genomas lineares detêm características próprias para resolver o problema da ausência de nucleotídeos nas extremidades ) (Kornberg & Baker, 1992). Biologia Molecular UAB/Unimontes 31 Figura 17: Término da replicação linear com ausência de nucleotídeos nas extremida- des após remoção do primer. Fonte: Adaptado de Kornberg & Baker, 1992. Alguns organismos eucariotos possuem sequências palindrômicas nas extremidades, as quais permitem um pareamento nessa região denominada “grampo de cabelo”. Devido a esse pareamento na extremidade 3’, a replicação pode ser iniciada pois o pareamento atua como um primer. Após a síntese da fita pela polimerase outra enzima específica, denominada nuclease, cliva a fita na sequência palindrômica e, assim, a síntese do DNA pode prosseguir na direção 5’ → 3’ (Figura 18). 32 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período Figura 18: Término da replicação em genomas lineares contendo sequências palindrômicas. Fonte: Adaptado de Kornberg & Baker, 1992. Alguns organismos eucariotos, como vertebrados, protozoários e plantas possuem regiões terminais bastante conservadas repetidas em torno de 20 a 100 vezes, denominadas telômeros. Os telômeros variam pouco entre as espécies e a maioria termina com uma região unifilamentar rica em G no filamento de DNA com a ponta 3’. Em humanos, e outros vertebrados tais como mamíferos, aves, répteis, anfíbios e peixes, a sequência do telômero é TTAGGG, no protozoário Tetrahymena thermophila é TTGGGG e na planta Arabidopsis thaliana é TTTAGGG. Essa sequência não codifica um RNA ou uma proteína. A telomerase reconhece a sequência rica em G na ponta 3’ livre, serve de molde e adiciona unidades teloméricas repetidas no sentido 5’ → 3’, com uma unidade repetida de cada vez. Em seguida, a DNA polimerase finaliza a síntese do filamento complementar a essa sequência inserida (Figura 19). A telomerase é uma enzima transcriptase reversa que utiliza seu molde de RNA para adicionar unidades teloméricas no sentido 5’ → 3’. Caso não houvesse a atividade da enzima telomerase, os cromossomos lineares se tornariam mais curtos a cada replicação, por perda de parte da região telomérica. Com o tempo, os telômeros são totalmente perdidos e as deleções passam a ocorrer sobre regiões codificantes. Esse processo está, provavelmente, associado ao mecanismo de envelhecimento de células, tecidos e do organismo como um todo. Sequências palindrômicas: as sequências palindrômicas são assim chamadas em referência aos palíndromos (como a palavra “arara” que pode ser lida num sentido ou noutro). A sequência CAC, por exemplo, é uma sequência palindrômica. Biologia Molecular UAB/Unimontes 33 Ao contrário das células germinativas e das células-tronco, as células somáticas, em sua grande maioria, não possuem atividade telomerase. Assim, essas células se multiplicam por um número limitado de vezes e morre. Portanto, o comprimento do telômero é reduzido à medida que a idade das células aumenta (Zaha, 2003). Figura 19: Alongamento das extremidades teloméricas pela telomerase. Fonte: Adaptado de Kornberg & Baker, 1992. KORNBERG, Arthur e BAKER, Tania A. DNA replication. 2.ed. New York: Freeman and Company, 1992. LEWIN, Benjamin. Genes IV. 4.ed. Oxford: Oxford University Press, 1990. MOREIRA, Patrícia Abreu e GONÇALVES, Valdeir Dias. Caderno didático de genética. Montes Claros: UAB/Unimontes, 2009. ZAHA, Arnaldo (Org.). Biologia molecular básica. 3.ed. Porto Alegre: Mercado Aberto, 2003. Os vencedores do prêmio Nobel de 2009 foram os pesquisadores americanos Elizabeth Blackburn, Carol Greider e Jack Szostak pelos trabalhos com os telômeros. Acesse o link da revista Veja (http://veja.abril.com.br/ blog/genetica/tag/telomeros/) e leia os comentários, do pesquisador brasileiro Rodrigo Calado, a respeito do assunto. 34 UNIDADE 3 SÍNTESE DE RNA-TRANSCRIÇÃO Patrícia de Abreu Moreira A síntese de RNA é realizada tendo a fita de DNA como molde e ocorre de acordo com a necessidade fisiológica da célula. Esse mecanismo, conhecido como transcrição, inicia e termina em regiões específicas do DNA. A síntese de RNA possui semelhanças com o processo de formação de novas moléculas de DNA. 3.1 SÍNTESE DE RNA Todos os RNAs da célula serão sintetizados pela transcrição. Durante a síntese de RNA, a célula exerce o controle da expressão gênica em que os genes são, discriminadamente, transcritos, e esse mecanismo é regulado por proteínas. A principal forma de regulação da atividade de um gene é a decisão de iniciar ou não a sua transcrição. O mRNA é utilizado na transferência da informação genética armazenada no DNA, durante a síntese de proteína. O rRNA será usado para compor o ribossomo e o tRNA será utilizado para levar os aminoácidos específicos para a cadeia polipeptídica. A transcrição é feita baseada na sequência de nucleotídeos de apenas uma das fitas do DNA. A fita do DNA molde para a transcrição possui orientação 3’ → 5’, já que, como na replicação do DNA, o sentido de crescimento da fita de RNA é 5’ → 3’. As mesmas regras de pareamento da replicação do DNA são aplicadas na transcrição, com exceção do pareamento entre as bases nitrogenadas A e T, pois no RNA, a base T é substituída pela U. Dessa forma, a sequência da fita 3’ → 5’ será complementar à fita RNA sintetizada, enquanto que a fita do DNA de orientação 5’ → 3’ é idêntica ao RNA, sendo as timinas substituídas pelas uracilas. Para qualquer gene apenas uma das fitas de DNA é copiada e sempre a mesma. A fita 5’ → 3’ do DNA é denominada codificadora e, por convenção, a sequência de nucleotídeos de um gene é apresentada por apenas essa fita (Figura 20). É importante lembrar sempre que essa fita não deu origem ao RNA (Zaha, 2003). Biologia Molecular UAB/Unimontes 3535 Figura 20:- Fita codificadora, semelhante ao RNA, e fita molde do DNA usada para sínte- se de RNA. Fonte: Moreira, P.A. A enzima que realiza a síntese do RNA é chamada RNA polimerase (RNAP) e possui várias funções. É a RNAP que reconhece e se liga às sequências específicas de DNA para iniciar a transcrição, desnatura a dupla hélice de DNA para expor a sequências de nucleotídeos a ser copiada, mantém as fitas de DNA desnaturadas, no local da síntese, estabiliza o híbrido DNA: RNA, renatura o DNA na região posterior a da síntese e termina a transcrição com ou sem o auxílio de proteínas (Figura 21). Figura 21: Enzima RNA polimerase ligada à molécula de DNA pra iniciar a transcrição. Fonte: Patrícia de Abreu Moreira. O mecanismo de inserção dos nucleotídeos pela RNAP é o mesmo realizado pela DNA polimerase. Assim, novos ribonucleotídeos serão inseridos na molécula de RNA pela extremidade 3’ OH, portanto, a fita de RNA também cresce no sentido 5’ → 3’. Para ser incorporado à molécula de RNA sintetizada, o ribonucleotídeo faz um pareamento com o desoxirribonucleotídeo da fita molde 3’ → 5’ do DNA, gerando um híbrido momentâneo DNA:RNA. Ao contrário das DNA polimerases a RNAP não necessita de um primer para início da síntese. Vamos lembrar ainda que essa enzima pode sintetizar um primer usado na replicação da molécula de DNA. A bactéria E. coli possui apenas uma RNAP, que é muito bem estudada, e serve como modelo geral para a compreensão das atividades das demais RNAP. A enzima deste procarioto pode ter até duas formas ativas diferenciadas. Uma delas é composta por três subunidades: α, β, β’, as quais formam um complexo α2ββ’ denominado core, que possui atividade de síntese de RNA, tendo uma fita de DNA como molde. Sea 36 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período subunidade σ for incorporada à enzima core, o complexo da holoenzima será formado. Apesar da atividade de síntese da enzima core, apenas a holoenzima é capaz de indicar o ponto correto de início da transcrição, ou seja, a subunidade σ está envolvida no reconhecimento das sequências de DNA, que mostram o local exato de início da síntese (Zaha, 2003). 3.2 A TRANSCRIÇÃO DE ORGANISMOS PROCARIOTOS O processo de síntese de RNA consiste em três etapas: o início, em que há o correto reconhecimento de sequências específicas na fita molde de DNA; o alongamento, em que acontecerá o crescimento da molécula de RNA, por meio da incorporação de ribonucleotídeos; e a terminação, em que a transcrição é finalizada, com auxílio ou não de proteínas, devido à detecção de sequências específicas no DNA. 3.2.1 Início da transcrição Como vimos, o início da transcrição é uma fase crítica no controle da expressão gênica. A holoenzima RNAP está ligada à molécula dupla de DNA e desliza sobre essa, até encontrar a região específica do DNA, que indica o início da transcrição (Figura 02). Essas sequências são denominadas promotores. O primeiro nucleotídeo a ser copiado para a molécula de RNA é conhecido como sítio de início da transcrição e é representado com um +1 na molécula de DNA. A partir dessa posição, os desoxirribonucleotídeos localizados na direção da extremidade 5’ (ou upstream) do DNA recebem sinal negativo e números crescentes. Os desoxirribonucleotídeos localizados na direção contrária, extremidade 3’ (ou downstream), recebem o sinal positivo e números crescentes (Figura 22) (Zaha, 2003). Figura 22: Região de início do DNA, indicativa de início da transcrição. Fonte: Adaptado de Zaha, 2003. Diferentes genes de E. coli foram comparados em busca de sequências comuns que pudessem ser reconhecidas pela RNAP para iniciar a transcrição. As sequências mais comuns encontradas nos genes são denominadas consenso. Em E. coli, o primeiro nucleotídeo a ser transcrito (+1) em seus genes é, geralmente, uma purina (A ou G). Os genes possuem duas sequências altamente conservadas: o consenso TATAAT, na região -10, e o consenso TTGACA, na região -35 (Figura 23). Essas regiões -10 e -35 são separadas por aproximadamente 17± 1 nucleotídeos. A região -10 é conhecida como TATA box ou Pribnow box. Os promotores que Biologia Molecular UAB/Unimontes 37 possuem sequências muito parecidas com os consensos citados aumentam a eficiência de transcrição do gene. A deleção das regiões -35 e TATA box bloqueia totalmente a transcrição e a alteração destas sequências, modificando o consenso que tem a transcrição reduzida ) (Kornberg & Baker, 1992). Figura 23: Sítio promotor de procarioto. Fonte: Moreira,P.A. Os promotores são os locais de reconhecimento no DNA pela RNAP e, como visto, o reconhecimento ocorre apenas se o fator σ estiver ligado à enzima core. A fase de reconhecimento do promotor ocorre em duas etapas: formação do complexo e iniciação abortiva. A ligação da RNAP ao promotor faz com que, inicialmente, o complexo esteja fechado e seja aberto com a separação das fitas do DNA na região -10. O TATA box é uma sequência rica em AT, que são pareamentos mais facilmente rompidos. Em seguida, os dois primeiros ribonucleotídeos são incorporados e ocorre a formação da ponte fosfodiéster entre os mesmos. Até nove ribonucleotídeos podem ser incorporados sem que a RNAP desloque na superfície do DNA. Enquanto o fator σ estiver ligado à RNAP, essa enzima não se desloca sob o DNA e permanece na fase de iniciação abortiva. Após o desligamento do fator σ, a RNAP se movimenta e inicia a fase de alongamento da cadeia. Assim, o fator σ e o promotor ficam livres para iniciar outro ciclo de transcrição e, em um mesmo gene, podemos encontrar, simultaneamente, vários complexos RNAP em diferentes estágios. Alguns genes necessitam de proteínas acessórias para iniciar a transcrição. Essas proteínas fazem o reconhecimento de sequências próximas aos promotores, ou a eles, auxiliando o reconhecimento do início de síntese do RNA (Zaha, 2003). 3.2.2 Alongamento da cadeia Após o desligamento do fator σ, a RNAP modifica-se e passa a ter contato com 30 pb, permanecendo na forma esférica durante a fase de alongamento. Nesse local, 18 pb da fita dupla de DNA serão desnaturados para que a RNAP reconheça a sequência e incorpore os ribonucleotídeos para síntese do RNA. Nesse momento, uma das fitas do DNA não está pareada, enquanto a outra faz um híbrido de até 12 pb com o RNA em formação. Após a síntese, o RNA se desliga do DNA e é liberado, e o DNA é renaturado. 38 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período A inclusão de um ribonucleotídeo à molécula de RNA faz com que o tamanho da região pareada no híbrido DNA: RNA seja reduzido de um nucleotídeo. Dessa forma, um ribonucleotídeo do RNA é liberado da bolha de transcrição. Além disso, um par de bases do DNA, à frente da bolha de transcrição, deve ser desnaturado e o pareamento de um par de bases do DNA, na extremidade oposta da bolha, deve ser renaturado. A RNAP precisa mover-se um nucleotídeo sobre a fita de DNA, para que o sítio de reação da enzima fique em contato com o próximo nucleotídeo na fita molde. O movimento da RNAP pode induzir a formação de superenrolamentos na fita de DNA e, por isso, as topoisomerases, assim como na replicação, são fundamentais para que a síntese de RNA ocorra de forma eficiente. A velocidade da síntese é alterada durante a síntese devido à sequência de nucleotídeos no DNA. Regiões ricas em GC reduzem a velocidade, já que esse pareamento é formado por três pontes de hidrogênio e, por isso, são mais resistentes à desnaturação. Em alguns locais, a transcrição para rapidamente e é retomada em seguida, sem que o complexo seja desfeito. Essas paradas são denominadas pausas. Em procariotos, as pausas podem ser devidas ainda ao acoplamento de processos de transcrição e tradução. As pausas poderão ser utilizadas como mecanismo de controle da expressão. A transcrição tem um baixo índice de erro (10-5) e ainda não foi demonstrado nenhum mecanismo de erro semelhante à atividade 3’ → 5’ de correção de erro da DNA polimerase I, mas já foi demonstrada a presença de atividade de hidrólise de ribonucleotídeos não complementares à fita molde de DNA. A etapa de alongamento do RNA sintetizado continua até que sequências específicas no DNA determinam o término da transcrição (Zaha, 2003). 3.2.3 Término da transcrição Sequências no DNA indicam o fim da síntese de RNA e provocam a desestabilização do complexo de transcrição. O RNA recém-sintetizado participa do término de sua síntese. Em E. coli, dois mecanismos de término da transcrição são conhecidos: terminação rho (ρ) independente e terminação ρ dependente. Aproximadamente 90% da transcrição em E. coli termina independente de ρ. Neste caso, uma sequência na região 3’ do gene sinaliza o final da síntese. Essa sequência invertida está localizada antes do último nucleotídeo ser transcrito e possui uma sequência de andeninas na fita molde (Figura 24). O RNA recém-sintetizado forma uma estrutura de alça (grampo de terminação), devido à região de simetria, que promove uma longa pausa no alongamento da cadeia, por inibição do movimento Biologia Molecular UAB/Unimontes 39 da RNAP. O híbrido DNA:RNA é desestabilizado por essa longa pausa e pelo pareamento A:U, que é um pareamento fraco (Stryer et al., 2004). Figura 24: Grampo de terminação na fita do RNA transcrito. Fonte: Adaptado de Stryer et al., 2004. O deslocamento do RNA recém-sintetizado provoca a ruptura do complexo de transcrição e as fitas complementares do DNA são renaturadas. Esse processo é auxiliado por proteínas denominadas NusA. Acredita-seque o complexo RNAP modifique sua conformação para reconhecimento da sequência específica de terminação e, em alguns terminadores, a proteína γ possa potencializar o término. Na terminação ρ dependente, a formação de estruturas evidentes, como no caso anterior, não ocorre. Cerca de 200 pb antes do último nucleotídeo a ser incorporado estão espalhadas sequências que participam da terminação. Essas sequências são inativas até que a proteína ρ se ligue ao RNA. Apesar do mecanismo da terminação dependente de ρ não estar totalmente esclarecido, sabe-se que, na ausência de RNAP, a proteína ρ tem atividade helicase e separa híbrido DNA:RNA. Na ausência de ρ, a terminação não ocorre. Em procariotos, a transcrição está acoplada à tradução, dessa forma, após a liberação da bolha de transcrição das primeiras regiões do RNA recéns-sintetizadas, ribossomos se ligam a ele e iniciam a tradução. A 40 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período ligação dos ribossomos ao RNA inibe a ligação da proteína ρ, mas essa se liga ao RNA e provoca o término da transcrição, assim que a proteína seja completamente sintetizada na tradução. Na célula, a mesma região do DNA pode ser transcrita e replicada ao mesmo tempo. Se uma região está sendo transcrita, na mesma região de replicação, o complexo RNAP é desfeito. Se o gene é transcrito da direção oposta à replicação, ocorre colisão entre os complexos. Acredita-se que o genoma de E. coli tenha evoluído, de modo a coincidir o sentido da transcrição dos genes com o movimento da forquilha de replicação, para que colisões não ocorressem e um mecanismo não interferisse no outro. 3.3 TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS A transcrição em eucariotos é mais complexa e menos se conhece sobre ela, mas o processo, assim como em procariotos, pode ser dividido em iniciação, alongamento e terminação. O conhecimento deste processo, em eucariotos, é dificultado, visto que o mesmo possui sistemas com diferenciação celular e as diferentes células transcrevem genes diferentes ou em quantidades diferentes. Assim, como em procariotos, a decisão de iniciar, ou não, a transcrição é um passo importante no controle da expressão gênica. Em eucariotos existem cinco RNAPs diferentes envolvidas na síntese de RNAs específicos: A RNAP I (ou A), localizada nos nucléolos, que sintetiza os pré-rRNAs que originam os rRNAs 18 S, 5,8 S e 28 S; a RNAP II (ou B), localizada no nucleoplasma, que sintetiza os hnRNAs e alguns snRNAs; a RNAP III (ou C), localizada no nucleoplasma, que sintetiza os tRNA, rRNA 5 S, RNA 7 S e alguns snRNAs; a RNAP de mitocôndria, localizada na mitocôndria, sintetiza RNAs dessa organela e a RNAP de cloroplasto, localizada no cloroplasto, que sintetiza os RNAs dessa organela vegetal. As RNAPs de eucariotos necessitam dos fatores de transcrição, que são proteínas auxiliares que reconhecem os promotores, se ligam ao DNA e formam um complexo juntamente com outros fatores, com os quais as RNAPs se associam. Os organismos eucariotos possuem elementos promotores upstream e elementos enhancer que regulam a transcrição nesses seres. Os promotores de eucariotos também estão próximos ao sítio de início de transcrição e possuem sequências consenso TATA box (T/A)A(A/T). Pequenas sequências de DNA denominadas enhancers podem ocorrer na região 5’ do gene antes do promotor ou após o terminador ativando a expressão do gene. É importante lembrar que organismos eucariotos possuem um núcleo limitando o material genético (DNA) que está contido nos cromossomos. Assim, a transcrição e a tradução não são acopladas nos Lembre-se que enzimas helicases promovem a quebra das pontes de hidrogênio entre fitas complementares. Tradução: síntese de proteínas que ocorre de acordo com a sequência de nucleotídeos da molécula de RNA. Biologia Molecular UAB/Unimontes 41 eucariotos. Então, para que ocorra a síntese de proteínas, os RNAs precisam ser processados e transportados para o citoplasma através da membrana nuclear (Lewin, 1990). 3.4 RNA POLIMERASES NUCLEARES As enzimas RNAP dos núcleos transcrevem diferentes genes, em locais diversos das células, e necessitam de fatores acessórios distintos. A RNAP I transcreve um tipo de pré-RNA precursor dos rRNAs 18 S, 5,8 S e 28 S. Esse é o RNA mais abundante na célula e sua síntese ocorre no nucléolo. A transcrição de genes realizada com a RNAP I necessita de outras proteínas: a UBF, que interage com regiões de domínio central e domínio upstream; a SL1, que é formada por um fator geral de transcrição (TBP) que está associado a três fatores acessórios (TAFs), que se liga seletivamente ao promotor; e a RNAP I que se liga à sequências de diferentes espécies e deve estar ativada para que o complexo de iniciação seja formado pela ligação à TFIC ou TIFA. A RNAP II sintetiza todos os pré-mRNAs celulares e, apesar de variarem entre os organismos, os promotores dos genes transcritos por essa enzima possuem uma região com sequência conservada TATA box e o sítio de início da síntese. O fator geral de transcrição TFIID reconhece e se liga a essa região. Além disso, os promotores possuem uma região regulatória CAAT box (consenso GGNCAATCT) reconhecida pelo fator de transcrição CTF. Nessa região pode haver uma sequência rica em GC que se liga ao fator de transcrição SP1. Um enhancer ou uma sequência ativadora upstream, em leveduras, pode ocorrer para aumentar a expressão do gene. A RNAP III sintetiza cerca d 10% do RNA celular, do rRNA 5 S, dos tRNAs, do snRNA U6 (participa do processamento do hnRNA) e do RNA 7 S. Diferente dos demais, os promotores para RNAP III se localizam no sítio de início da transcrição e, por isso, são denominados regiões controladoras internas ou ICRs. As ICRs podem ser de dois tipos. Um deles é o promotor para tRNAs, formado por uma região A, localizada entre +8 e +19 (consenso T(A/G)GC-AG(T/C)-GG) e um região B, localizada entre +52 e +62 (consenso GGTTCGA-TCC). O fator TFIIB, composto pelo fator geral TBP e dois TAFs, se liga às regiões A e B após a ligação dessas com o fator TFIIIC. Para iniciar a síntese do tRNA, a RNAP III se liga a esse complexo. O outro tipo de ICR é o promotor de genes de RNA 5S que se localiza entre +50 e +97. Esses promotores são constituídos por uma região A, localizada em +51 (consenso (G/C)(T/C)(T/C)AA-C); um elemento intermediário (IE), localizado em +70 (consenso GC); e a região C, localizada em +79 (consenso (C/T)-G(A/G)TGGG. A RNAP III se liga ao complexo após a ligação do fator TFIIIA, na região C, que irá potencializar 42 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período a ligação de TFIIIC e a ligação de TFIIIB, logo em seguida. Um terceiro tipo de promotor é reconhecido nos genes que codificam o snRNA U6 e o RNA 7S. Esses promotores não possuem as regiões A e C, apesar de uma sequência similar à região A esteja presente. Além disso, esses promotores apresentam uma região rica em AT, localizada em -27, que se assemelha ao TATA box dos promotores para RNAP II. Pouco se sabe sobre a terminação da transcrição nos organismos eucariotos, pois os RNAs sintetizados são alterados para exercerem sua função na célula. Geralmente, essas modificações eliminam a extremidade 3’, mas as três RNAPs terminam a transcrição em regiões do DNA ricas em T (Zaha, 2003). LEWIN, Benjamin. Genes IV. 4.ed. Oxford: Oxford University Press, 1990. STRYER, Lubert; TYMOCZKO, John; BERG, Jeremy. Bioquímica. 3.ed. Guanabara Koogan, 2004. ZAHA, Arnaldo (Org.). Biologia molecular básica. 3.ed. Porto Alegre: Mercado Aberto, 2003. 43 UNIDADE 4 PROCESSAMENTO DE RNA Patrícia de Abreu Moreira Os diferentes RNAs transcritos não se assemelham à molécula de RNA madura e funcional. Esses transcritos primários, como são conhecidos, precisam sofrer modificaçõese a esse mecanismo denominamos processamento de RNA. Os mRNAs são processados em eucariotos, enquanto que os rRNAs e tRNAs são processados tanto em eucariotos quanto em procariotos. Os transcritos primários dos mRNAs dos eucariotos possuem sequências as quais estão ausentes no RNA maduro e, portanto, não codificam nenhuma proteína. Essas sequências existentes nos precursores não são incluídas na forma final do RNA (mRNA, rRNA ou tRNA) são conhecidas como íntron. As regiões do transcrito primário que são mantidas no RNA maduro e que codificam aminoácidos da proteína a ser sintetizada são denominadas éxons. A presença de íntrons é característica do genoma de procariotos (Figura 25) (Zaha 2003). Figura 25: Estrutura de um precursor de RNA formado pos íntrons e éxons. Fonte: Moreira, P.A. 4.1 PROCESSAMENTO DE MRNA A molécula de RNA recém-sintetizada que dará origem a um mRNA é conhecida como transcrito primário, RNA precursor ou pré- RNA. Essa molécula é sintetizada no núcleo e sofre algumas modificações se transformando no mRNA maduro, ou mRNA processado, que será transportado para o citoplasma para conduzir a síntese protéica. Os precursores do mRNA são conhecidos como hnRNA ou RNA nuclear heterogêneo). Essas moléculas se associam às proteínas formando as ribonucleoproteínas nucleares heterogêneas que compõem a matriz nuclear (Zaha, 2003). 44 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período 4.1.1 Adição do cap 5’ É na extremidade 5’ da molécula do hnRNA que acontece a sua primeira modificação: a enzima guanilil-transferase adiciona um resíduo de guanina ao primeiro nucleotídeo do hnRNA e é formado uma estrutura denominada cap. Este primeiro nucleotídeo é trifosfatado e, primeiramente, a fosfo-hidrolase retira um grupamento fosfórico do mesmo. A guanili-transferase realiza uma ligação 5’-5’ entre o grupamento difosfato resultante com uma molécula GTP. Essa estrutura é conhecida como cap e sofre uma metilação (adição do radical CH3) na posição 7 da guanina catalisada pela enzima guanina-7-metil-transferase, resultando no nucleotídeo 7-metilguanilato (Figura 26). A formação deste cap ocorre em todos os RNAs dos organismos eucariotos, exceto em RNAs de organelas. O cap protege a extremidade 5’ de exonucleases e serve para o reconhecimento, pelo ribossomo, do sítio de início da tradução (Zaha, 2003). 4.1.2 Adição da cauda poli (A) Muitos mRNAs possuem uma sequência de resíduos de adenina em sua extremidade 3’, chamada de cauda poli (A). Essa cauda pode ser formada por até 200 resíduos de adenina, não está codificada no DNA e não existe nos demais RNAs. Essa cauda é adicionada ao hnRNA pela enzima poli (A)-polimerase (Figura 26). Figura 26: Precursor de mRNA com algumas estruturas de seu processamento. Fonte: Moreira, P.A. Com exceção das leveduras, os eucariotos possuem uma sequência conservada AAUAAA situada a 11-30 nucleotídeos antes do sítio de poliadenilação, ou seja, antes da região de inserção da cauda poli (A). Uma endonuclease gera um corte na extremidade 3’OH da molécula de hnRNA, provavelmente porque reconhece a sequência AAUAAA, e ocorre a adição da cauda poli (A). Devido a esse mecanismo, essa sequência conservada é chamada de sequência sinal para poliadenilação. Além disso, ribonucleoproteínas (proteínas associadas às snRNAs) são importantes para a clivagem da extremidade 3’ do hRNA. Após a chegada do mRNA contendo a cauda poli (A), essa vai reduzindo com o passar do tempo pela ação de nucleases. Os mRNAs das histonas de mamíferos não possui cauda poli (A) (Zaha, 2003). Biologia Molecular UAB/Unimontes 45 4.1.3 Metilação Muitos mRNAs de organismos superiores sofrem ainda uma metilação no nitrogênio 6 dos resíduos de adenina nos éxons antes da retirada dos íntrons. Acredita-se que o radical metil proteja as porções do pré-RNA que precisam ser conservadas (Zaha, 2003). 4.1.4 Splicing Em seguida à adição do cap, da cauda poli (A) e, quando necessário, a metilação das adeninas, os hnRNAs passam pelo processo conhecido como splicing, que refere-se à excisão dos íntrons e união dos éxons (Figura 27). Os éxons são constituídos por regiões codificantes e também por sequências 5’ e 3’, as quais não são traduzidas, mas compõem a molécula de mRNA maduro (Zaha, 2003). Figura 27: Mecanismo de splicing no precursor de RNA. Fonte: Moreira, P.A. Estruturas complexas denominadas spliceossomos auxiliam no processo da retirada do íntron, após duas reações de transesterificação e união dos éxons. Os spliceossomos são formados pela associação entre proteínas e pequenas ribonucleoproteínas (snRNPs). As snRNPs são associações entre proteínas e moléculas de RNA nuclear (snRNA) ricas em uracila. A retirada dos íntrons e união dos éxons presentes em uma mesma molécula de hnRNA é denominada cis-splicing. Outro tipo de splicing pode ocorrer em alguns organismos, como em Trypanosoma brucei: a formação de um mRNA a partir da união de éxons provindos de RNAs precursores diferentes. Esse mecanismo é denominado trans-splicing (Zaha, 2003). Reação de transesterificação: transferência do fosfato de um açúcar a outro, ou seja, transferência da ligação fosfodiéster. 46 Ciências Biológicas Caderno Didático - 5º Período 4.1.5 Splicing alternativo Existem casos em que o mesmo transcrito primário pode ser processado de diferentes formas e o que era íntron para um mRNA passa a ser éxon para outro mRNA, lembrando que ambos provêm do mesmo RNA precursor. Esse mecanismo, conhecido como splicing alternativo, pode ser célula- específico, como no caso do gene que codifica calcitonina e CGRP. O mesmo transcrito primário é processado de maneira diferente, de forma que na tireóide seja produzido o hormônio calcitonina, que auxilia o rim na retenção do cálcio, e nos neurônios seja produzido o peptídeo relacionado ao gene da calcitonina (CGRP), que está envolvido no sentido da gustação (Figura 28). Figura 28: Mecanismo de splicing no precursor de RNA. Fonte: Moreira, P.A. Finalizado o processamento do RNA precursor, o mRNA maduro é reconhecido por proteínas que auxiliam no transporte dessa molécula do núcleo para o citoplasma, local em que ocorrerá a síntese de proteínas (Zaha, 2003). 4.2 PROCESSAMENTO DE RRNA 4.2.1 Processamento em procariotos Muitas cópias dos genes de rRNA estão espalhadas pelo genoma de bactérias e organizadas em operons (veremos sobre operons na Unidade VI). Neste operons estão presentes pelo menos uma cópia dos genes de rRNA 16 S, 23 S e 5 S, além de genes de tRNA, como veremos a seguir. No transcrito primário formado cada um dos genes está separado do outro por um espaçador. Biologia Molecular UAB/Unimontes 47 No processamento deste transcrito atuarão algumas enzimas para clivagem das subunidades do rRNA: a RNase III cliva o RNA que está em forma dupla nas sequências adjacentes aos rRNAs 16S e 23 S, em seguida, RNases M16 e M23 finalizam o processamento dos rRNAs, respectivamente, 16 S e 23 S. A RNase E produz o precursos do rRNA 5 S também pela clivagem do RNA fita dupla nas sequências adjacentes. A finalização do processamento do rRNA 5 S é feita pela RNase M5 (Zaha, 2003). 4.2.2 Processamento em eucariotos Quatro rRNAs com diferentes coeficientes de sedimentação são encontrados nos eucariotos: 5 S, 5,8 S, 18 S e 28 S. Os três últimos fazem parte de uma única unidade de transcrição realizada pela RNAP I, a qual é clivada por ribonucleoproteínas que modificam a estrutura e resulta na formação dos rRNAs maduros 5,8 S, 18 S e 28 S que vão constituir o ribossomo. Geralmente, a primeira clivagem que ocorre libera o rRNA 18 S, em seguida ocorre outra clivagem, que libera o 5,8S e, por último, a clivagem que libera o 28 S. Em Drosophila e outros dípteros ocorre ainda uma outra clivagem que
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