SLIDE 03 Aminoacidos e peptideos

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Aminoácidos e peptídeos
• Essenciais para a vida por conterem nitrogênio;
• Surgiram nos primórdios da história da vida e foram captados pela 
evolução para uma variedade de propósitos nos sistemas vivos;
• Unidades estruturais (building blocks) que compõem as proteínas.
Compostos que contêm um grupo carboxila e um grupo amino ligados 
no mesmo átomo de carbono (carbono α). 
Aminoácidos
Os carbonos adicionais do grupo R, ligados ao carbono α, são 
designados β, γ, δ, ε, etc. Alternativamente, recebem a designação 
numérica onde o carbono da carboxila é o C-1.
Os aminoácidos 
comuns são 
conhecidos como 
α-aminoácidos e 
diferem-se entre si por 
suas cadeias laterais 
ou grupos R. 
Lisina
Nomenclatura
Os grupos R 
variam em 
estrutura, 
tamanho e carga 
elétrica e 
influenciam a 
solubilidade do 
aminoácido em 
água. 
Classificação pelo grupo R
= guanidina
= imidazol
= indol
Aminoácidos
Os aminoácidos-padrão são
usados na síntese de proteínas, 
sendo que 08 deles não são
sintetizados pelos animais
superiores e precisam fazer
parte da dieta (aminoácidos
essenciais).
Suplemento 
protéico 
disponível 
comercialmente
Aminoácidos essenciais
Aminoácidos aromáticos absorvem luz UV
Absorptividade molar a 280nm:
Triptofano ε (Trp, W) = 5690 M-1cm-1
Tirosina ε (Tyr, Y) = 1280 M-1cm-1
Io = Intensidade de luz incidente
I = Intensidade de luz transmitida
 = Coef. de absorptividade molar
c = concentração da amostra
l = comprimento da cubeta
Fenilalanina tem pico de absorção a 257 nm e  é baixo.
Absorbância
Abs entre 0,3 e 0,7 para 
manter linearidade com 
concentração
Os 20 aminoácidos padrão
Somente os 20 aminoácidos
possuem códons (trinca de
nucleotídeos)
correspondentes.
Dogma central da Biologia Molecular
O código genético é
degenerado. Mais de um
códon para cada
aminoácido.
Cisteína é oxidada sob 
condições brandas para a 
cistina, um dissulfeto. É 
uma reação reversível e 
a ligação formada é 
importante para manter a 
forma de uma proteína
(p.e., ribonuclease 
bovina). 
Cisteína
Cistina
Cisteína
Modificações pós-traducionais aumentam a diversidade de aminoácidos
Pontes dissulfeto
diminuem o ganho
entrópico no processo de
desenovelamento.
Guiam o processo de
enovelamento por
diminuir a ordem de
contato entre
aminoácidos.
Aumentam também a
tolerância de proteínas a
altas temperaturas.
Modificações pós-traducionais aumentam a diversidade de aminoácidos
A prolina é oxidada a 
4-hidroxiprolina, que 
desempenha papel 
essencial no 
enovelamento e 
manutenção da 
estrutura do colágeno.
Prolil-hidroxilase
Modificações pós-traducionais aumentam a diversidade de aminoácidos
Outras modificações pós-traducionais comuns:
Os aminoácidos naturais,
exceto a glicina, são
quirais e têm a configuração
L (relativa ao gliceraldeído)
no carbono α.
R
OH
NH2
O
H
S
Estereoquímica
D-aminoácidos via modificação pós-traducional
H-Tyr-D-Ala-Phe-Gly-Tyr-Pro-Ser-CONH2.
Phyllomedusa hypochondrialis
Deltorfina
L-Ala D-Ala
D-aminoácidos são componentes 
de paredes celulares de bactérias
A um pH intermediário denominado pI (ponto isoelétrico), a
concentração do íon dipolar está no máximo e as concentrações
das formas aniônica e catiônica são iguais.
Forma catiônica Forma aniônica
Iônica dipolar 
(zwitteriônica)
O ponto isoelétrico representa o pH no qual a 
molécula tem carga global zero. Cada 
aminoácido tem um pI caraterístico. O pI é a 
média dos valores dos dois pKa. 
pI de aminoácidos
Efeito similar pode ser causado por grupos químicos nas 
proximidades, p.e, sítio ativo de uma enzima.
Efeito do ambiente químico no pKa
O pKa2 para ionização de um próton do amino grupo protonado da alanina 
é 9,76.
A pH baixo a alanina existe como cátion. O pKa1 da alanina para ionização 
do próton do ácido carboxílico é 2,34 (consideravelmente menor que o 
pKa de um ácido carboxílico normal).
pI = (pKa1 + pKa2)/2 = (2,34 + 9,69)/2 = 6,02 
Forma catiônica
(pKa1 = 2,36)
Iônica dipolar 
(pKa2 = 9,69)
Forma 
aniônica
Forma catiônica
pKa1 = 2,36
Ácido propanóico
pKa = 4,89
Alanina em função do pH
Quando a base é lentamente 
adicionada à alanina 
completamente protonada, um 
pH (pKa1 = 2,34) é obtido, no 
qual a metade dos grupos 
carboxílicos são 
desprotonados. 
Quando mais base é adicionada 
(1 equivalente), o pI (6,02) é 
alcançado e a molécula se 
torna eletricamente neutra.
Quando mais base é adicionada, 
o pH 9,69 é obtido e metade 
dos grupos amônio será
desprotonado. 
A adição de mais base produz 
somente o aminoácido 
aniônico.
Curva de titulação da alanina
Curva de titulação da glicina
Lisina que contém uma 
cadeia básica e apresenta 
um equilíbrio complexo. 
O pI é mais alto por causa 
desses dois grupos 
básicos, sendo a média 
do monocátion (pKa2) e 
o íon dipolar (pKa3).
Forma dicatiônica 
(Lys2+)
Íon dipolar (Lys0)Forma monocatiônica 
(Lys+)
Forma aniônica 
(Lys1-)
Curva de titulação da lisina
Tabela de aminoácidos
Tabela de aminoácidos
Escala de hidrofobicidade dos aminoácidos – um pouco de bioinformática
Utilizando a hidrofobicidade de
aminoácidos pode-se prever a
existência de domínios transmembrana
em proteínas de função desconhecida.
Kyte-Dolittle – partição de aminoácidos em água/octanol
Segmento 
hidrofóbico
Segmento 
hidrofílico
Peptídeos e proteínas resultam 
da polimerização de aminoácidos 
por meio de eliminação de água 
(reação de condensação), 
catalizada por enzimas. A ligação 
CONH formada entre aminoácidos 
se denomina ligação peptídica
(ligação amida).
Em geral, apresentam estrutura 
linear onde uma das extremidades 
da cadeia do polipeptídeo termina 
com um resíduo de aminoácido 
que tem um grupo -NH3
+ livre (à 
esquerda); a outra extremidade 
termina com um resíduo de 
aminoácido que tem um grupo 
CO2
- livre (à direita): senso de 
direcionalidade.
Ligação peptídica
Pauling foi laureado 
com o Nobel de 
Química, em 1954, 
pelo seu trabalho 
relativo à natureza 
das ligações químicas 
e com o Nobel da Paz 
pela campanha contra 
os testes nucleares.
Considerado o pai da 
Biologia Molecular
No final da década de 1930, Linus Pauling e Robert Corey realizaram 
uma série de estudos de raios X de peptídeos cristalinos que levaram ao 
modelo da ligação peptídica que ainda hoje fundamenta a nossa 
compreensão quanto à estrutura das proteínas. 
Peptídeos!
De acordo com o modelo de Linus Pauling e Robert Corey, a ligação
peptídica é melhor descrita como um híbrido de ressonância de duas
formas, onde o oxigênio do grupo carbonila apresenta uma carga parcial
negativa e o nitrogênio da amida apresenta carga parcial positiva
formando um pequeno dipolo elétrico.
Características da ligação peptídica
3,5D
P/ comparação:
(H20) = 1,8D
Os seis átomos em torno da ligação peptídica são coplanares e os grupos 
peptídicos do esqueleto da proteína, com poucas exceções, adotam a 
conformação trans (os grupo R nos átomos de Cα sucessivos encontram-
se em lados opostos).
Características: (1) rotação restrita 
em torno da ligação Co-N, grau de 
liberdade reduzido; (2) coplanaridade 
dos átomos em torno da ligação 
peptídica e (3) a ligação Co-N tem 
comprimento de 0,133 nm, menor 
que uma ligação Cα-N (0,145 nm) e 
maior que uma ligação típica C=N 
(0,125 nm ), ou seja, 40% de caráter 
de ligação dupla. 
Ligações peptídicas rígidas e planares
Ângulos dihedrais
O ângulo de rotação entre o N-C é denominado 
Phi () e e o ângulo entre C-C é denominado psi
()
Determinados ângulos de
rotação resultam em
impedimento estéricoe são
ditos proibidos
Plot de
Ramachandran
para proteínas
em geral.
Polipeptídeos possuem, em geral, peso molecular abaixo de 10.000 e 
proteínas têm peso superior e são compostas por uma ou mais 
cadeias de polipeptídeos
Dipeptídeos
Pentapeptídeo
Oligopeptídeos e polipeptídeos (proteínas)
Alguns peptídeos e proteínas representativos
Alguns peptídeos e proteínas representativos
1. Remoção da célula, purificação 
e solubilização: rompimento 
mecânico da célula (esmagamento ou 
moagem), seguida por filtração ou 
centrifugação para remover as 
partículas insolúveis maiores. Se a 
proteína estiver fortemente associada 
à membrana lipídica, usar um 
detergente ou solvente orgânico para 
remoção dos lipídeos. Solubilização e 
precipitação por adição de íons 
(salting out) pode ser utilizada para 
remoção de proteína indesejáveis.
Técnicas de purificação de peptídeos/proteínas
2. Estabilização das proteínas: quando removida do seu ambiente 
natural a proteína fica exposta a muitos agentes que podem danificá-la. 
Essas influências (pH, temperatura, presença de enzimas degradativas, 
adsorção à superfícies) precisam ser cuidadosamente controladas, em 
especial, quando armazenadas por longos períodos.
3. Ensaios de proteínas: deve-se 
procurar um ensaio específico para 
proteína de interesse, sensível e fácil de 
usar (p.e. reações enzimáticas 
conhecidas, imunoensaios com 
anticorpos). Em geral, produtos 
coloridos ou fluorescentes têm sido 
usados com esse propósito.
4. Técnicas de separação ou 
fracionamento: as várias propriedades 
físico-químicas da proteína são 
exploradas nessa etapa.
5. Identificação: espectroscopia de 
massa (EM), ressonância magnética 
nuclear (RMN) e Raios X são as técnicas 
mais empregadas.
Métodos cromatográficos aplicados a proteínas
Coluna cromatográfica: Leva em consideração 
as diferenças das proteínas em termos de: 
carga, tamanho, afinidade de interação e 
outras. A fase estacionária é constituída de uma 
material poroso e a eluição é realizada com um 
tampão (fase móvel). Baixa resolução.
Cromatografia por exclusão de tamanho 
(filtração em gel). A matriz é um polímero 
“cross-linked” com poros de tamanhos 
selecionados. Proteínas maiores migram mais 
rapidamente, enquanto que proteínas menores 
entram nos poros e eluem mais lentamente.
Cromatografia por afinidade. A matriz é um 
polímero “cross-linked” com um ligante capaz de 
interagir e reter especificamente determinada 
proteína. Após as demais proteínas serem 
removidas da coluna, a proteína de interesse é 
eluída da coluna por uma solução do ligante.
Cromatografia de troca iônica: Leva em 
consideração carga elétrica das proteínas em 
um dado pH. A matriz é um polímero sintético 
carregado (trocador de cátion ou de ânion).
Purificação de proteínas/peptídeos por CLAE
Cromatografia Líquida de Alta Eficiência – fase reversa
Usada como ferramenta de purificação e análise
Desenho esquemático do fluxo de um HPLC
Submissão de proteínas a alta pressão levará a desnaturação.
A coluna correta
Coluna Analítica
4,6 x 250 mm
~200 g de amostra
Coluna preparativa
30-50 mm x 250mm
~50mg de amostra
Coluna Semi-preparativa
10 x 250 mm
~5 mg de amostra
Dimensões e capacidade de amostra
Tamanho da partícula
Quanto menor a 
partícula, maior a 
resolução e maior a 
pressão do sistema.
Fase estacionária
Octadecilsilano é a fase estacionária mais utilizada para separação de peptídeos
O tamanho do hidrocarboneto 
modificará a afinidade pela fase 
estacionária.
C18 – peptídeos
C8 – proteínas de massa 
intermediária – 20 kDa
C4 – proteínas grandes >20 kDa
A detecção
Monitora-se a absorção da ligação peptídica na faixa de 214-216 nm e também a 
presença de aminoácidos aromáticos na faixa de 280nm.
Dado demonstrativo
Separação do pico marcado por meio da aplicação do
material em coluna analítica demonstrando existir
duas moléculas com tempos de retenção distintos.
Diferentes amostras são colocadas nas depressões do 
topo do gel (poliacrilonitrila). As proteínas movem-se 
através do gel quando um campo elétrico é aplicado. 
Após a eletroforese as proteínas podem ser visualizadas 
com azul de Coomassie que interage especificamente 
com proteínas. Cada banda representa uma proteína 
diferente (ou subunidade). 
azul de Coomassie
gel de poliacrilonitrila
Experimento ilustra a purificação da enzima 
RNA polimerase da E. coli. A faixa da esquerda 
representa o extrato bruto e as faixas da direita 
mostram as proteínas presentes em cada 
estágio de purificação. A proteína purificada 
contém quatro subunidades (última faixa).
Determinação de massa molecular por eletroforese
A mobilidade eletroforética de uma proteína em gel SDS poliacrilamida
(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis) depende do
seu peso molecular (Mr). Quando proteínas padrões de peso molecular
conhecidos são sujeitas a uma eletroforese contra uma proteína
desconhecida, pode-se estimar o peso da proteína desconhecida por meio
de um gráfico linear de log Mr das proteínas marcadas versus a migração
relativa durante a eletroforese.
Gel SDS 
poliacrilamida 
Determinação de massa molecular por eletroforese
Géis bi-dimensionais
Focalização isoelétrica de proteínas
Géis bi-dimensionais
Cada ponto corresponde a uma proteína.
Excisão, tripsinização e identificação por MS
Estratégia Proteômica Top-Down.
Lidar com géis é terrível!
Reprodutibilidade baixa
2-D DIGE
2-D Fluorescence Difference Gel Electrophoresis (DIGE)
 Moléculas fluorescentes marcadoras do N-terminal de 
proteínas.
 Correção do problema de variabilidade
 MUITO CARO
 Ainda é necessário trabalhar com gel
Determinação da massa de proteínas íntegras por MS
Ionização por elétrons (EI)
Electrospray (EsI)
Ionização Química a 
Pressão Atmosférica (APCI)
Dessorção/Ionização 
assistida por matriz 
(MALDI)
Tempo de vôo (ToF)
Quadrupolo linear
Armadilha de íons 
linear
Armadilha de íons 3D
Íon cíclotron
Orbitrap
1. Emissor de
electrospray
Produção de 
gotículas carregadas 
na ponta do emissor
2. Região de pressão
atmosférica (o gap)
3. Interface entre 
API e vácuo
Diminuição/subdivisão das 
gotículas
Produção de íons em fase 
gasosa
Reações em fase gasosa
Dessolvatação final de 
íons
Fragmentação (caso 
desejado)
Componentes e processos principais de uma fonte EsI
MALDI – Matrix assisted laser desorption Ionization
Dessorção/Ionização a laser assistida por matriz
Mistura da amostra com compostos capazes de absorver luz. 
Laser incide em um diâmetro de 50 a 200 um. Usa-se um atenuador para ajustar a 
irradiância
Laser vaporiza a amostra
Pulso curto para gerar ablação da camada de matriz sem fornecer energia suficiente para 
degradação.
Modelo simplificado de
funcionamento de uma fonte
MALDI
Processos principais de uma fonte de MALDI
Qualidade do spot indica se a razão analito:matriz está correta.
Placa de MALDI
Matrizes de ionização
Pacote de íons. Múltiplas cargas.
Espécies:
[M+10H]+ até [M+21H]+
Preferencialmente espécies [M+H]+
EsI versus MALDI para analitos de alta massa
MALDI é mais 
adequado para 
misturas
Quadrupolo linear
Vantagens:
I) Alta transmissão
II) Leves, compactos e de baixo preço
III) Possui baixa velocidade de aceleração
IV) Opera em vácuo pobre
V) Permite altas taxas de varredura
Analisador quadrupolar
Uma varredura no 
quadrupolo significa 
um scan em U e V 
em uma razão 
sempre constante.
Se quiser maior 
resolução, a 
varredura resultará 
em uma linha mais 
íngrime e se perderá 
intensidade com 
ganho de resolução
Diagrama de estabilidade de íons em um quadrupolo
Analisador quadrupolarPrincípio simples e intuitivo:
Íons de diferentes relações m/z são separados em relação ao tempo em uma trajetória 
livre de campo e de tamanho conhecido. Se os íons começarem sua jornada ao mesmo 
tempo (ou em uma diferença de tempo suficientemente pequena), os mais leves 
chegarão ao detector antes dos mais pesados.
Tempo de voo
Eel = energia fornecida pelo campo elétrico
q = carga
U = diferença de potencial (campo)
e = carga de um elétron
Z = número de cargas
Mi = massa da partícula
V = velocidade
Energia fornecida pelo campo elétrico é convertida em energia cinética
Analisador de Tempo de voo
Rearranjando:
Como: , logo:
O que é mensurado efetivamente é o tempo de voo de um íon entre o evento de extração
(pulso de aplicação do campo) e a chegada no detector. Por exemplo, um íon C60+• ion,
m/z 720 demorará 27.665 µs para atravessar um campo de 2.0m.
Discriminação entre dois íons se dá pelo t (diferença de chegada dos íons no detector). 
Quanto menor a razão m/z, mais difícil discriminar, pois t será menor. Perda de resolução 
na faixa inferior de massa (abaixo de 50 Da).
Analisador de Tempo de voo
Modo linear versus refletor
Dispersão 
inicial dos 
íons (Delayed
Extraction)
Efeito principal: Correção da dispersão de energia cinética inicial dos íons e aumento do 
tamanho efetivo do tubo
Analisador de Tempo de voo
Mass Spec versus eletroforese pra determinação da massa de proteínas
X
Acurácia está no numeral.
Proteína de ~33kDa é a 
informação obtida.
Massa média permite a detecção de 
eventos regulatórios ou de outras formas 
protéicas devido a acurácia de massa.
Mass Spec Eletroforese
Albumina serosa 
humana
Estratégias de sequenciamento de proteínas
Análise de aminoácidos
(perde informação de 
sequencia).
Edman CPY + MS
Sequenciamento por MS!
Método 
1) Hidrólise total de proteínas
2) Sequenciamento N-terminal e C-terminal
3) Digestão enzimática e sequenciamento por MS
Uma proteína pode ser hidrolisada após refluxo de 24h em HCl 6M e
os seus aminoácidos individualizados podem ser separados e
identificados.
Método 1) Hidrólise total de proteínas
Analisador de Aminoácidos
ou
Espectrometria de Massa
É uma técnica pouco informativa, pois não permite a identificação da proteína
Método 2) Sequenciamento N e C-terminal
Antes de executar qualquer forma de sequenciamento, as proteínas devem ser reduzidas e 
alquiladas.
A insulina humana apresenta 3 pontes dissulfeto e duas cadeias polipeptídicas. Possui duas 
regiões N-terminais e duas regiões C-terminais
A redução de cistinas/pontes dissulfetos é feita com Di-thiotreitol.
Método 2) Sequenciamento N e C-terminal
Como as pontes dissulfeto podem ser re-oxidadas espontaneamente, deriva-se as
cisteínas com um agente alquilante. A iodoacetamida é um agente alquilante propular.
SN2
Após redução/alquilação procede-se a purificação das cadeias polipeptídicas por HPLC.
Análise dos resíduos N-terminais pelo método de degradação de 
Edman - É uma técnica automatizada aplicável para polipeptídeos com 
até 60 resíduos de aminoácidos, onde cada aminoácido é detectado no 
sequenciador à medida que for removido.
Isotiocianato de fenila
Apresenta vantagem sobre o método de Sanger, por remover o resíduo N-
terminal e deixar a cadeia peptídica intacta. 
O resíduo N-terminal reage com isotiocianato de fenila gerando um 
polipeptídeo marcado que sofre tratamento ácido subsequente. 
Polipetídeo marcado
Sequenciamento N-terminal
N
H
N
S
O
R
Intermediário instável
Rearranjo
 N NH
S
O R
Feniltiohidantoína
+
H2NCHCO
R'
+
Polipeptídeo com um resíduo de
aminoácido a menos
Quando o polipeptídeo marcado é tratado com ácido, separa-se um 
intermediário instável (tiazolinona) que se rearranja para formar uma 
feniltiohidantoína (PTH-derivado).
Após purificada por CLAE, os PTH-
derivados podem ser comparados 
com os padrões correspondentes 
ao aminoácido removido.
Tiazolinona
HA
Sequenciamento N-terminal
Os derivados 
fenilisocianatos 
(PTH) são 
comparados com os 
padrões 
correspondentes ao 
aminoácido 
removido.
Análise do resíduo N-terminal 
pelo método de Edman
Sequenciamento automatizado de aminoácidos usando a 
degradação de Edman acoplada à técnica CLAE
Um ciclo de degradação de Edman que se inicia com uma quantidade 
picomolar do polipeptídeo pode ser completada em aproximadamente 
30 minutos. Cada novo ciclo resulta na identificação do resíduo do 
próximo aminoácido presente no peptídeo.
Embora ainda seja uma técnica de grande valor, o sequenciamento N-
terminal requer a purificação total de proteínas, o que é laborioso.
Enzimas denominadas 
proteases catalisam a 
clivagem hidrolítica de 
ligações peptídicas. 
Algumas proteases clivam 
apenas a ligação 
peptídica adjacente a 
resíduos particulares de 
aminoácidos, podendo 
assim clivar o peptídeo de 
forma previsível e 
reprodutível.
Entre as proteases, a 
tripsina catalisa a 
hidrólise apenas das 
ligações peptídicas onde 
o carboxila pertence a 
um resíduo de Lys ou 
Arg, produzindo peptídeos 
menores. 
Análise de resíduos de aminoácidos em porções mais internas da cadeia
Enzimas possuem diferentes especificidades
Clivagens com diversas enzimas permitem a sobreposição de peptídeos e o 
sequenciamento protéico.
Sequenciamento do peptídeo DS 01 por MALDI-MS após sua digestão com a enzima 
carboxypeptidase Y permitiram a determinação do últimos 7 aminoácidos a partir do C-
terminal.
Sequenciamento C-terminal por MS
Enzima Carboxypeptidase Y remove resíduos de aminoácidos um a um a partir do carboxy-
terminal.
Fragmentação de peptídeos por MS
Sequenciamento de peptídeos/proteínas realizado por degradação de EDMAN. Requer
amostras “puras” e em alta concentração.
Fragmentação de peptídeos por espectrometria de massa em experimentos de MS/MS
utilizando colisão de baixa energia (< 100eV) é uma das alternativas. É a base da
proteômica. Requer instrumentos de alta resolução e acurácia.
CID
Seleção de íons Fragmentação Análise de massa dos fragmentos
Experimentos de MS e MSMS
Célula de colisão desligada
Em um experimento de MS, os picos do espectro representam as diferentes moléculas 
na amostra. Não há fragmentação na fonte quando analisadas por EsI e MALDI
Seleção para 
fragmentação!
Experimentos de MS e MSMS
Célula de colisão ligada
Fragmentação de peptídeos
Aumento da energia interna dos íons gera fragmentação primariamente na ligação
peptídica, produzindo duas séries de íons principais: a série y e a série b.
acílio
Séries acessórias
Séries acessórias
As séries são complementares e podem ser utilizadas para sequenciamento tanto N 
C terminal ou C  N terminal.
Y = 163 Da
G = 57 Da
G = 57 Da
L = 113 Da
F = 147 Da
+H2O + H
+
Exemplo de sequenciamento
O
NH2
OH
O
NH
O
NH
O
NH
O
NH
OH
+H
YGGLF
+
556.25
Exemplo de sequenciamento
C
+
O
NH2
OH
Massa do resíduo 
de Y = 163.05 + 1
O
NH2
O
NH
O
NH
O
NH
OH
+H
GGLF
Y
Y
y5y4b1
O
NH2
OH
C
+
O
NH
O
NH2
O
NH
O
NH
OH
+H
+
Exemplo de sequenciamento
Y = 163.05 + G = 57.05 + 1
YG GLF
Y G
YG
y5
y4
y3
b1
b2
Exemplo de sequenciamento
O
NH2
O
NH
OH
+H
+
LF
O
NH2
OH
+H
+
F
y2
y1
O
NH2
OH
O
NH
C
+
O
NH
b3
O
NH2
OH
O
NH
O
NH
C
+
O
NH
YGG
YGGL
O
NH2
OH
O
NH
O
NH
O
NH
C
+ O
NH
YGGLF
b4
b5
Fragmentação de peptídeos
N- para C-terminal
y
b
y
b
C- para N-terminal
Íons imônio
NH2H
O
+
R
2
- CO
NH2
+
H
R
2
Íons marcadores de baixa massa molecular. Servem como uma espécie de “analisador de
aminoácidos”. Indicam sua presença na sequência, porém intensidade não é
proporcional à quantidade de cada aminoácido e não há indicação de sua posição na
cadeia polipeptídica.
imônio
2ª fragmentação
Tabela com massa de resíduo de aminoácido e íons imônios
Homologia de proteínas entre as espécies: Filogenia 
Comparação entre sequência de aminoácidos do citrocromo c
Sequência de aminoácidos nas proteínas das família EF-1α/EF-Tu (fator 
de elongamento de proteínas), mediadoras da entrada do tRNA aminoacila
no sítio livre do ribossomo.
Resíduos invariantes
Substituições conservadoras 
(aa estruturalmente similares)
Humano 
Outras 
espécies
O que fazer com a informação da estrutura protéica?
Ramificações 
principais da árvore 
evolucionária dos 
eucariotos, construída 
a partir do número de 
aminoácidos 
existentes entre as 
moléculas do 
citocromo c de 
diversas espécies.
Síntese de peptídeos em fase sólida (SPPS)
Estratégia geral de SPPS
Resina de poliestireno sólida serve
de suporte para um linker onde
cada aminoácido será adicionado
na orientação C  N sempre
utilizando grupos protetores X, Y´ e
Y´´ para impedir reações
indesejadas.
Fmoc como grupo protetor N-terminal
Síntese de peptídeos em fase sólida (SPPS) pela química Fmoc/tBu
Maximizar o rendimento de
cada acoplamento é
necessário para obter o
produto em grande
quantidade.
Acoplamento mediante carbodiimidas
Gera um derivado de uréia.