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Biodiversidade taxonômica e metabólica de micro-organismos IOB-149 Ecologia do Mar Profundo – Outubro/2009 Diversidade microbiana > 500.000 espécies “If we squeeze out any of these insects, we find hundreds or thousands of distinct microbial species.” < 5.000 espécies N. Pace ‘97 1.000.000.000 espécies 5 R E I N O S (Whittaker, 1969) OS 3 DOMÍNIOS (Woese, 1978) DIVERSIDADE MICROBIANA Complexidade de interações Ecossistema Comunidade População Indivíduo Componentes do Ecossistema Substâncias inorgânicas ( Co2, água, amônia, nitratos, etc... Compostos orgânicos: proteínas, carboidratos e lipídeos Fatores físicos: Temperatura, pH, pressão etc... Produtores: organismos autotróficos, em grandes partes plantas verdes, que elaboram alimentos a partir de substâncias inorgânicas Consumidores: organismos heterotróficos, principalmente animais que ingerem outros organismos ou matéria orgânica Decompositores: heterotróficos, principalmente bactérias e fungos, que desintegram compostos complexos de protoplasmas mortos, absorvem aguns produtos em decomposição e liberam substâncias simples que reintegram os ciclos na natureza. Conhecendo a Biodiversidade Métodos baseados em isolamento e cultivo uso de meios e condições de cultivo seletivos caracterização taxonômica e funcional dos isolados detecção de organismos “cultiváveis” Métodos moleculares análise de componentes químicos celulares análise de ácidos nucléicos (RNA e DNA) detecção de organismos não-cultivados análises de padrões característicos da comunidade Caracterização Molecular da Diversidade Extração de ácidos nucléicos da amostra análise do DNA informação sobre a composição de espécies ou “estrutura” de comunidades microbianas análise do RNA informação sobre a atividade metabólica ou “estado funcional” de populações específicas rDNA 16S molécula que vem sendo mais extensivamente empregada em estudos de ecologia molecular microbiana A árvore da Vida: Análises Filogenéticas I. Ferramentas Pré-Moleculares II. Ferramentas Pós-Moleculares Pré Moleculares Análise microscópica não funciona para bactérias... B. anthracis B. japonicum 1923 – Taxonomia Bacteriana : Bergey's Manual of Determinative Bacteriology “espécies” descritas Perspectiva Histórica da filogenia bacteriana: Pré-1977 1925-1965 C.B. van Niel e Roger Stanier Tentativas de classificação Em 1960’s expressam a frustação por não haver classificação satisfatória 1945 - 1965 Nascimento e desenvolvimemto das técnicas de Biologia Molecular 1970’s havia uma geração de microbiologistas formados sem interesse em filogenia 1977 Carl Woese – Um químico comparando isolados usou sequencias de 16S rRNA e descobriu: 1) “Archaea” representa um novo Reino 2) A possibilidade de haver uma ferramenta para análise filogenética universal - A Revolução de “Woese” Diversidade Microbiana 52 Phyla Desde 1987 (26) não cultivados pré-1987 (12) Rappé and Giovannoni. ARM, 57: 369-394 , 2003 Desde 1987 (14) (cultivados) Bacteria, 2003 1.045 billion base pairs 1.2 million new genes 1.800 species 148 new phyla Sargasso Sea: Metagenômica: GOS- Global Ocean Sampling BACTÉRIAS ARQUEIAS http://www.ucmp.berkeley.edu/archaea/archaeasy.html Características Bactérias Arquéias Eucariontes Morfológicas e Genéticas Estrutura celular procariótica Sim Sim Não DNA circular Sim Sim Não Presença de histonas Não Sim Sim Núcleo envolto por membrana Ausente Ausente Presente Ácido murâmico na parede celular Presente Ausente Presente Ligação dos lipídeos de membrana Éster Éter Éster Ribossomos (massa) 70S 70S 80S tRNA iniciador Formilmetionina Metionina Metionina Íntrons na maioria dos genes Não Não Sim Operons Sim Sim Não Plasmídeos Sim Sim Raros Sensibilidade a cloranfenicol, estreptomicina e canamicina Sim Não Não Fisiológicas Metanogênese Não Sim Não Redução dissimilativa de So ou SO4 a H2S, ou Fe +3 a Fe+2 Sim Sim Não Nitrificação Sim Não Não Desnitrificação Sim Sim Não Fixacão de nitrogênio Sim Sim Não Fotossíntese baseada em clorofila Sim Não Sim (cloroplastos) Quimiolitotrofia (Fe, S, H2) Sim Sim Não Vesículas de gás Sim Sim Não Crescimento acima de 80oC Sim Sim Não Representantes psicrofílicos e mesofílicos de Crenarchaeota predominam abaixo da zona fótica O estudo de linhagens isoladas revelou que o grupo é capaz de fazer nitrificação (conversão de amônia a nitrato), processo antes atribuído apenas às bactérias Acidófilas 1,8- 5 Neutrófilas 5-9 Alcalófilas 9-11 não halófilas <0,05% Halófilas x Halotolerantes Halófilas extremas 15 a 25% pH Salinidade( pressão osmótica) - NaCl Halófilas 3 a >15% psicrófilas mesófilas termófilas hipertermófilas Limites de pH Bactérias Limite mínimo Limite ótimo Limite máximo Thiobacillus thiooxidans 0,5 2 –3,5 6 Acetobacter aceti 4 – 4,5 5,4 – 6,3 7 – 8 Staphylococcus aureus 4,2 7,0 – 7,5 9,3 Azotobacter vinelandii 5,5 7,0 – 7,5 8,5 Chlorobium limicola 6,0 6,8 7,0 Thermus aquáticus 6,0 7,5 – 7,8 9,5 Pressão Atmosferas para o crescimento bacteriano Aeróbio Anaeróbio microaerófilos anaeróbio facultativo A diversidade genômica, a dinâmica na evolução de populações envolvida no oceano tem efeitos globais no fluxo de matéria e energia, nos ciclos biogeoquímicos, na composição da atmosfera e manutenção do equilíbrio do clima do planeta. Trabalhando juntos, biologistas moleculares, microbiologistas e oceanógrafos tem hoje novas oportunidades para a evoluir na observação, teoria e metodologia que juntas poderão compreender melhor o sistema da vida no ecossitema marinho. BACTERIA ARCHAEA Habitats microbianos Coluna d’água Os micro-organismos: Dominam os ecossistemas no oceano profundo; Equilibram e mantêm os ciclos biogeoquímicos terrestres Corpo d’água sob a zona fótica Maior massa de água da Terra Maior habitat microbiano aquático “Filtro” entre a camada fótica e o fundo oceânico Altamente diversa quimica e fisicamente (temperatura, profundidade, estratificação vertical T/S) Oceano subsuperficial Água que circula e reside nas rochas da crosta oceânica Não inclui água de poro dos sedimentos Movimento – processos de advecção através de gradientes de temperatura e pressão Repõe a perda pela descarga dos fluidos hidrotermais Recirculação do volume total – 105 a 106 anos (favorece trocas químicas rocha – fluido) Plumas hidrotermais Massas de água derivadas de processos hidrotermais Composição distinta e variável Sinais químicos podem persistir por longas distâncias (quilômetros) http://www.indiana.edu/~g105lab/images/gaia_chapter_13/vents2.gif Assoalho oceânico Sob as plumas – intensa atividade hidrotermal. Ocorre em áreas de processos geológicos ativos: subdução, expansão, formação de crosta. Áreas sem atividade geológica – sedimentação a partir da coluna d’água e neve marinha Sedimentos • Interface sedimento – água • Camada de água adjacente • “Tempestadesbentônicas” • Movimentação da fauna • Carcaças Assoalho oceânico Elevações – expõem áreas de crosta Hotspots vulcânicos no centro de placas tectônicas – montes submarinos Plataforma continental – maiores taxas de sedimentação, camadas mais espessas de sedimento (até 10km) – Planície abissal – taxas menores de sedimentação, expansão do sedimento de fundo que recobre a crosta (profundidade média: 4km) Vulcões de lama, cold seeps, hidratos de gás – seções sedimentares sobre áreas de subdução e margens de convergência Sedimento profundo x Sedimento superficial Menores taxas de atividade microbiana Menor densidade Menor disponibilidade de fontes de carbono e energia Camada superficial – 0- 10cm Camada superior profunda – 10cm-10m Habitats microbianos Exudações termais • Altas concentrações de sulfetos • Gradientes de temperatura • Gradientes de nutrientes • Grande diversidade de habitats • Simbiontes Exudações frias • Altas concentrações de metano e sulfetos • Bactérias e arqueias de vida livre ou simbiontes • Foraminíferos Mantos microbianos e biofilmes Simbiontes METABOLISMO MICROBIANO METABOLISMO Sequência de reações enzimáticas para: • Obtenção de energia (catabolismo) • Manutenção da atividade celular • Crescimento celular (biossíntese) Todos os processos bioquímicos que acontecem em na célula CATABOLISMO • Reações de quebra, ou degradação • Obtenção de energia para síntese • Manutenção da atividade celular • Movimento, transporte através da membrana Metabolismo ANABOLISMO • Reações de biossíntese • Macromoléculas para o crescimento celular FONTE DE CARBONO FONTE DE ENERGIA FONTE DE ELÉTRONS Polissacarídeos Lipídeos Proteínas Macromoléculas Energia biologicamente utilizável Poder redutor Os microrganismos segundo as fontes de carbono e energia ATP Energia para o metabolismo Adição de fosfato à molécula de ADP - Fosforilação • Fotofosforilação – energia luminosa desencadeia a geração de ATP • Fosforilação a nível de substrato - oxidação enzimática resulta na geração de ATP • Fosforilação oxidativa - os elétrons são carreados através de uma cadeia transportadora de elétrons - Quimiosmose ΔG°’= +31,8 KJ Reações geradoras de energia (ATP) Reações de óxido-redução A energia liberada permite a formação de compostos de alta energia, como o ATP Reações em que ocorre a transferência de elétrons de uma molécula para outra. Reações de óxido-redução Reação de oxidação Reação de redução O composto é oxidado – perde elétrons DOADOR DE ELÉTRONS O composto é reduzido – recebe elétrons ACEPTOR DE ELÉTRONS Reações de óxido-redução A glicose foi oxidada (doou elétrons) FONTE DE ENERGIA O oxigênio foi reduzido (recebeu elétrons) ACEPTOR DE ELÉTRONS Glicose + 6O2 6CO2 + 6 H2O Reação de oxidação Glicose 6CO2 12 elétrons + Reação de redução 6 H2O 6O2 12 elétrons + 12 H + + Doadores de elétrons Matéria orgânica Hidrogênio Metano Compostos reduzidos de S Ferro e Manganês reduzidos Amônia CO, compostos metilados Aceptores de elétrons Oxigênio Nitrato Nitrito Óxidos de Mn e Fe Compostos oxidados de S Dióxido de carbono Compostos halogenados Oceano profundo: Variação de energia livre (ΔG) Energia livre – energia que pode ser utilizada pelas células para realização de trabalho G’ = G0’ + RT ln [(A)a (B)b ...] [(C)c (D)d ...] A + B C + D CO2 + 4 H2 CH4 + 2 H2O ΔG o’= -130 a -135 kJ/mol CH4 G’ > 0 - reação endergônica G’ < 0 - reação exergônica • O que é metabolismo? • Qual a diferença entre oxidação e redução? • O que representa o sinal de ΔG? • Todas as reações do metabolismo são de óxido-redução? Grupo Fonte de energia Doadores de elétrons Fonte de carbono Fotoautotróficos Fotoheterotróficos Quimioautotróficos Quimioheterotróficos Luz Compostos inorgânicos (H2O, H2S) CO2 Fotolitotróficos Luz Ligações químicas Ligações químicas Compostos orgânicos Compostos orgânicos Compostos orgânicos Compostos orgânicos CO2 Compostos inorgânicos (H2S, Fe +2, H2, S 0, S2O3, NH3, NO2) Foto-organotróficos Quimiolitotróficos Quimio- organotróficos Adição de fosfato à molécula de ADP - Fosforilação • Fosforilação a nível de substrato - oxidação enzimática resulta na geração de ATP • Fotofosforilação – energia luminosa desencadeia a geração de ATP • Fosforilação oxidativa - os elétrons são carreados através de uma cadeia transportadora de elétrons - Quimiosmose ΔG°’= +31,8 KJ Formas de produção de ATP: • Fermentação – a energia é transportada diretamente do composto para o ADP • Fotofosforilação – energia luminosa desencadeia a geração de ATP • Respiração – compostos orgânicos são oxidados e aceptores de elétrons são reduzidos em uma cadeia de transporte de elétrons ΔG°’= +31,8 KJ Fermentação Na fermentação, a maior parte do carbono é excretada Baixo rendimento energético Substratos e hidrogênio para outras espécies microbianas MATÉRIA ORGÂNICA: POLÍMEROS (proteínas, celulose, amido, lipídios, etc.) UNIDADES: MONO E OLIGÔMEROS (açúcares, aminoácidos, peptídeos) HIDRÓLISE E ACIDOGÊNESE Fungos bactérias e arqueias Neocallismatix sp. Ruminococcus sp. Lachnospira sp. Selenomonas sp. Micro-organismos anaeróbios estritos ou facultativos ÁCIDOS GRAXOS, ÁLCOOIS (propionato, butirato, metanol) Fotofosforilação Fotossíntese Anoxigênica H2S, S 0, S2O3 -2, H2 Bactérias fototróficas H2O Cianobactérias Fotossíntese oxigênica Metabolismo Fototrófico Autotrófico Metabolismo Fototrófico Autotrófico Fotossíntese Anoxigênica Bactérias fototróficas Cianobactérias Fotossíntese oxigênica Clorofila Bacterioclorofila Clorossomas Membranas tilacóides Cianobactérias Fotossíntese oxigênica Fixação de nitrogênio Bactérias verdes do enxofre Bactérias púrpuras do enxofre Fotossíntese Anoxigênica Força proton motriz Fotofosforilação cíclica Bactérias púrpuras do enxofre Exemplos: Chromatium sp., Thiocapsa sp., Ectothiorodospira sp. Chromatium okenii Sedimentos de zonas rasas Mantos microbianos Anaeróbios, iluminados, com altas concentrações de H2S Bactérias verdes do enxofre Exemplos: Chlorobium sp., Chloroflexus sp. Sedimentos intertidais Mantos microbianos Metabolismo semelhante às púrpuras Podem utilizar luz em quantidades baixas Bactérias verdes do enxofre Bactérias púrpuras do enxofre Chromatium Chlorobium Grânulos de enxofre ESTROMATÓLITOS Mantos de micro-organismos fossilizados de procariontes filamentosos e sedimento Cianobactérias Fototróficas anoxigênicas Quimioheterotróficos Centros de reação Pigmentos fotossintetizantes Pigmentos acessórios Clorofila a Pigmentos fotossintetizantes Bacterioclorofila a Pigmentos Carotenoides Pigmentos acessórios Fotoproteção Captação de luz Fototróficas anoxigênicas Ficobilinas Pigmentos acessórios Ficoeritrina Ficocianina Aloficocianina Ficobilissomas Aumentam a eficiência da captaçãode luz Aumentam em número, se a intensidade luminosa for baixa A combinação de diferentes pigmentos: Permite a exploração de um espectro de luz mais amplo Permite que a fotossíntese ocorra em diferentes intensidades de luz Confere fotoproteção em áreas de alta intensidade luminosa Vesículas (cromatóforos) Estrutura fotossintética Bactérias púrpuras sistemas de membranas originados de invaginações da membrana plasmática Lamelas A quantidade de pigmentos varia com a intensidade luminosa Cianobactérias Ficobilissomas Membranas tilacoides Exceto Prochlorococcus Os clorossomos permitem a utilização de luz em intensidades muito baixas – as mais baixas entre os procariontes Bactérias verdes do enxofre Clorossomos Metabolismo do enxofre Respiração Flavoproteínas, quinonas, citocromos Potencial de óxido-redução crescente Geração de ATP - ATPases Gradiente de Prótons – força proton-motriz Respiração aeróbia – oxigênio como aceptor final Oxidação de compostos orgânicos Grande diversidade de substratos e organismos Arqueias e bactérias QUIMIORGANOTRÓFICOS QUMIOLITOTRÓFICOS Utilizam compostos inorgânicos Bactérias nitrificantes Bactérias oxidadoras de sulfeto Metanotróficas Respiração anaeróbia – compostos inorgânicos como aceptor final Metabolismo do Nitrogênio Nitrosomonas Nitrosococcus Nitrobacter Nitrospina Nitrospira Nitrococcus Bactérias nitrificantes Anammox Identificação através do DNAr 16S Planctomicetales -Brocadia anammoxidans Ordem representada por poucos organotróficos, compartimentos delimitados por membranas Araújo, J.C. Metabolismo do Nitrogênio Nitrosomonas Nitrosococcus Nitrobacter Nitrospina Nitrospira Nitrococcus Metabolismo do enxofre Metabolismo do Enxofre Leucothiobactérias Não possuem clorofila. Litoautotróficas (fonte de energia = H2S, S 0; fonte de carbono = CO2) Exemplos: Beggiatoa sp., Achromatium sp. Bactérias respiradoras de enxofre Oxidam várias formas reduzidas de S: H2S, S2O3 -2, SO3 -2, S° Biofilme de Beggiatoa Arqueias respiradoras de enxofre Usam enxofre parcialmente oxidado (S°) para oxidar H2 Aceptores: O2, NO3 - Anaeróbias Pyrodictium occultum Temperatura de crescimento: 105°C Metabolismo do metano Metanogênese MATÉRIA ORGÂNICA: POLÍMEROS (proteínas, celulose, amido, lipídios, etc.) UNIDADES: MONO E OLIGÔMEROS (açúcares, aminoácidos, peptídeos) ÁCIDOS GRAXOS, ÁLCOOIS (propionato, butirato, metanol) ACETATO H2 / CO2 ou FORMIATO CO2, CH4 CO2, CH4 BACTÉRIAS HIDROLÍTICAS E BACTÉRIAS FERMENTADORAS PRIMÁRIAS BACTÉRIAS FERMENTADORAS ACETOGÊNICAS ARQUEIAS METANOGÊNICAS Betaína, Colina, Metionina, Grupos Metoxi Metilaminas, metilsulfetos, metanol CO2, CH4 METANOGÊNESE HIDROGENOTRÓFICA METANOGÊNESE ACETOTRÓFICA METANOGÊNESE METILOTRÓFICA CO2 + 4 H2 CH4 + 2 H2O ΔG o’= -130 a -135 kJ/mol CH4 4 HCOOH 3 CO2 + CH4 + 2 H2O ΔG o’= -119 a -131 kJ/mol CH4 CH3COOH CH4 + CO2 ΔG o’= -32 a -36 kJ/mol CH4 4 CH3OH 3 CH4 + CO2 + 2 H2O ΔG o’= -106 kJ/mol CH4 4 (CH3)3NH + + 6 H2O 9 CH4 + 3 CO2 + 4 NH4 + ΔGo’= -76 kJ/mol CH4 Metanogênese Hidrogenotrófica Força proton motriz Metanogênese Acetotrófica e metilotrófica Fermentações PRINCIPAIS GRUPOS METANOGÊNICOS Grupos Substratos utilizados Methanococcaceae Gênero: Methanococcus A maioria utiliza H2-CO2 e formiato. Methanobacteriaceae Gêneros: Methanobacterium, Methanobrevibacter, Methanosphaera A maioria utiliza apenas H2-CO2. Alguns também utilizam formiato. Methanomicrobiales Gêneros: Methanomicrobium, Methanogenium, Methanoculleus, Methanospirillum A maioria utiliza H2-CO2 e formiato. Methanosarcinaceae Gêneros: Methanosarcina, Methanococcoides, Methanolobus, Methanohalophilus, Methanosaeta Todos utilizam metanol e metilaminas; alguns utilizam acetato e H2-CO2. Os gêneros Methanosaeta e Methanosarcina são os únicos grupos conhecidos capazes de utilizar acetato. Fonte: modificado de ARAÚJO (2001). METANOTROFIA Bactérias metanotróficas Oxidam metano Arqueias metanotróficas Oxidam metano em sintrofia com BRS Aceptor: O2 CH4 + 3 H2O 4H2 + HCO3 - + H+ 4 H2 + SO4 -2 + H+ HS- + 4 H2O www.mumm-research.de Consumo de metano: Bactérias metanotróficas - AERÓBIAS - Metano: fonte única de carbono e energia Methylococcus capsulatus Enzima metano monoxigenase pMMO sMMO CH4 + O2 + NADH + H + CH3OH + H2O + NAD + metano metanol formaldeído Methylococcus capsulatus Halorhodospira - Fototrófico Oxidação anaeróbia do metano Isótopos estáveis + Bibliotecas de clones + FISH 75 – 95% 5 – 25% ANME-1 ANME-2 Desulfosarcinales Bactérias oxidadoras de hidrogênio 6H2 + 2O2 + CO2 (CH2O) + 5H2O Pseudomonas, Alcaligenes, Proeobacteria, Ralstonia Autotróficas aeróbias Bactérias oxidadoras de hidrogênio 2H2 + CO2 (CH2O) + H2O Aquifex Autotrófica anaeróbia Bactérias e arqueias oxidadoras de hidrogênio Utilizam hidrogênio como doador de elétrons Aceptores: O2, NO3 -, NO2 -, N2O, S2O3 -2 Pyrolobus fumarii (113°C) Bactérias oxidadoras de ferro Fototróficas anoxigênicas Quimiolitoautotróficas Utilizam Ferro e Manganês como doadores de elétrons Aceptor: CO2 Gallionella ferruginea Gallionella gardens – Mohns Ridge Interface óxica/anóxica
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