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GENÉTICA – AULA 1 CICLO CELULAR 1. CICLO CELULAR É o mecanismo pelo qual todos os seres vivos se reproduzem que culmina em divisão celular, seja mitose ou meiose. Apresenta inicialmente duas fases: interfase e divisão celular (M). Ao analisar a fase de interfase constataram que existem mais três fases: G1, S e G2. OBS: A fase G é considerada uma fase de espera, enquanto a fase S é de síntese ou duplicação do DNA. Ainda tem uma fase que chamamos de G0, é uma fase quiescente (“dormentes”) da célula, nesta fase a célula não recebe estimulo para iniciar uma nova divisão celular, ficando para realizar exclusivamente sua atividade celular. Função do ciclo celular: crescimento, multiplicação (renovação celular), diferenciação celular (desenvolvimento embrionário), crescimento tumoral e formação de gametas. Para o crescimento celular é necessários carboidratos (energia), lipídeos (membrana), proteínas, ácidos nucleicos e H20. G1- Ocorre o crescimento da célula para manutenção do seu volume, pois há uma intensa síntese de RNA, enzimas e proteínas que acarreta ao aumento do citoplasma e o número de organelas presentes na célula. S- Acontece a síntese do DNA (replicação total do DNA). G2- Há o crescimento da célula para se dividir, a célula sintetiza RNA e proteínas e promove a condensação da cromatina. 2. PONTOS DE CHECAGEM OU CONTROLE No ciclo celular são encontrados pontos de controle com a função de conduzir e regular seus eventos (replicação do DNA, mitose e a citocinese). Para que o ciclo celular ocorra é necessário que cada fase esteja completa antes que o evento seguinte seja iniciado, uma vez que para cada etapa se iniciar requer a conclusão dos eventos da etapa anterior. E se não obedecer um dos pontos de checagem? Caso isso ocorra a célula ficará parada naquela fase. Isso restringe o que? Que a célula passe de uma fase para outra sem ter a competência para isso, sem poder fazer isso. O que não ocorre com a célula tumoral, pois esta não obedece aos pontos de checagem. Seu objetivo é passar rapidamente por todas as fases e logo chegar a fase de divisão celular (M). OBS: Nós temos pontos de checagem sempre de uma fase para outra do ciclo celular. Sendo eles G1 --> S / S --> G2 / G2 --> M. 1º ponto: GI --> S. Relaciona-se com as biomoléculas da célula. As biomoléculas serão proteínas, carboidratos, lipídeos, ácidos nucleicos e H20. Se a célula está crescendo, está restaurando seu volume e o número de organelas para restaurar sua função. Para que isso ocorre é preciso que ela tenha uma nutrição adequada, as organelas são feitas de biomoléculas e o material genético também. Caso não haja o aumento do volume citoplasmático a célula não passara para a fase seguinte. 2º ponto: S --> G2 Ocorre verificação da replicação do DNA. Todo o DNA precisa ser replicado para que a célula passe para a fase G2. Qualquer lesão no DNA, a célula tenta corrigir ou então sofre apoptose. Há uma checagem quanto a natureza, a saúde do DNA. Lesões no DNA levam a restrições na passagem de fase, principalmente na fase S. 3º ponto: G2 --> M O crescimento na fase G2 é para a célula se dividir, para que quando ocorrer mitose a célula possua o tamanho médio. A função é preparação para a divisão, nesta fase há a verificação se os cromossomos estão condensados, degradação da carioteca e se as fibras do fuso mitóticos estão ligadas aos cromossomos. O ciclo celular recebe estímulos do fator de crescimento que por sua vez estimulam aquele tecido a se proliferar, quando o tecido possui necessidade. Existem fatores de crescimento específicos para um determinado tecido e tem alguns que agem em diversos tecidos, porém não há especificidade para uma determinada célula. Para a célula se dividir é preciso que ela receba um sinal. Isso é importante para nós entendermos como ocorre o aparecimento de tumores ou medicamentos bloqueadores, então, existem células que necessitam obrigatoriamente desse sinal para que ela inicie seu crescimento. 3. PROTEÍNAS CONTROLADORAS POSITIVAS DO CICLO CELULAR - CDK (quinase dependente de ciclina) e ciclina. Os controladores positivos fazem com o que ciclo celular prossiga de fase. Portanto, quando a ciclina e CDK aparecem no citoplasma significa que essa célula vai passar de uma fase para outra do ciclo, então vamos ter diversas ciclinas e CDKS especificas de uma fase ou de outra do ciclo. Cada fase vai aparecer uma ciclina e uma CDK, mas a interação não é a mesma. A CDK é uma proteína mais estável no citoplasma; enquanto a ciclina não, pois ela vem, realiza sua função e depois é degradada. Quando a CDK está sozinha apresenta-se na sua forma inativa, mas a partir do momento que ponto de checagem foi respeitado a ciclina aparece no citoplasma. Etapas: CDK encontram-se sozinha no citoplasma em sua forma inativa; a cicilina quando necessária aparece no citoplasma também forma inativa. União da ciclina e CDK formando um complexo ativo. Fosforilação da CDK pela ciclina, tornando o complexo altamente ativo e deixando a célula pronta para mudar sua função biológica. O que é fosforilação? Adição de um fosfato inorgânico na CDK. Quando ocorre a passagem de fase a cíclica e a CDK se desligam e então a ciclina é degradada pelo proteassoma assim como outras moléculas citoplasmáticas; e a CDK perde o fosfato inorgânico e volta a ficar sozinha em sua forma inativa. OBS: A CDK está sempre presente no citoplasma e já a ciclina é produzida no final de cada fase. Há uma CDK para várias ciclinas, pois a CDK possui um tempo maior no citoplasma. 4. PROTEINAS CONTROLADORAS NEGATIVAS DO CICLO CELULAR A função dos controladores negativos consiste em dar tempo para que a célula finalize aquela fase do ciclo celular para então conseguir passar de uma fase para outra. Enquanto os controladores positivos fazem com que a célula passe de uma fase, os negativos seguram a passagem de fase. - WEE 1 quinase Etapas: CDK e ciclina encontram-se no citoplasma isoladas na sua forma inativa. CDK e ciclina se unem e formam um complexo ativo. WEE 1 quinase fosforila a CDK, tornando o complexo inativo. Ele ficará bloqueado até que uma outra proteína CDC 25 apareça e retire o fosfato inorgânico. Após a retirada do fosfato inorgânico da CDK pela CDC 25, o complexo volta para sua forma ativa e a célula prossegue de fase. O complexo ficará para sempre inativo? NÃO, ele recebe um tempo para que a célula se recupere e faça os ajustes necessários para completar sua função, ou seja, o que ela precisava fazer como ponto de controle. A célula basicamente ganha um tempo para terminar sua tarefa, um exemplo são os danos no DNA, que aumentam a quantidade desses controladores no citoplasma. - CKI (inibidor de CDK) Etapas: CDK e ciclina encontram-se no citoplasma isoladas na sua forma inativa. CDK e ciclina se unem e formam um complexo ativo. A CKI interage com o complexo CDK-ciclina tornando-o inativo. A CKI se desliga do complexo CDK-ciclina quando sofre fosforilação por uma outra proteína e então o complexo volta para sua forma altamente ativa. A fosforilação serve na maioria das vezes para mudar a conformação tridimensional das proteínas. Então ela sem o fosfato tem uma afinidade, quando esta fosforilada tem outra afinidade, por isso não se encaixa mais e se solta. 5. PROTEÍNAS RB e E2F Para que ocorra a passagem de fase de G1S é necessário que se tenha uma proteína chamada de fator de transcrição (E2F). E o que é o fator de transcrição(E2F)? É uma molécula que tem um tamanho adequado para conseguir passar pelo poro nuclear, além de possuir uma estrutura com afinidade por uma porção do genoma e ativar a transcrição de proteínas. Quando a proteína RB fica ligada a proteínas E2F o ciclo celular fica parado, bloqueado naquela fase. Então RB junta com E2F vai restringir o ciclo celular daquela fase, neste caso na fase G1. A proteína RB ao ser fosforilada pelo complexo ciclina/CDK perde afinidade pela proteína E2F, deixando E2F livre. E2F é a proteína que estimula a passagem de fase, quando estiver solta/ livre consegue passar pelo poro nuclear, entrar no núcleo e assim se ligar ao DNA. Mas normalmente ele não fica livre e sim ligada a proteína RB, então enquanto está ocorrendo a fase G1 do ciclo celular a proteína RB fica ligada com a E2F, assim que há a passagem de fase, a proteína RB libera a E2F. Assim a E2F sozinha entra no núcleo e se ligar ao genoma, para transcrever as proteínas da 2 fase. No caso agora a fase S do ciclo celular. Quando a proteína RB é fosforilada, vai perder sua afinidade pela E2F, deixando a proteína E2F livre para exercer sua função como fator de transcrição, auxiliando na passagem de fase de G1S. O sinal é a fosforilação e quem fosforila RB é o complexo ciclina/CDK. Quando o complexo fosforila RB, ela perde afinidade por E2F, que fica livre no núcleo, estimulando a passagem de fase. A diferença da fase G1 para a fase s é funcional, na fase G1 a célula tem uma função e na S vai desempenhar outra função. Mas para a célula exercer função é preciso ter um conjunto de proteínas e as proteínas são formadas pela célula a partir da transcrição de um RNA. Exemplo do caderno: A célula se ativa quando o peptídeo sinal se liga ao receptor de crescimento tecidual, esse receptor vai engloba-lo, o receptor é uma proteína, mas mesmo assim ele precisa avisar que algo vai se ligar, essa proteína quando o sinal se liga ela modifica sua configuração o que chama atenção de proteínas que estão no interior da célula, sendo o start. Proteína RB fica no citoplasma ligada a proteína E2F, nele também está presente a proteína CDK. Quando recebe o sinal a célula passa de fase, para essas células cumprir vai ter o ponto de checagem, sendo como por exemplo ter moléculas necessárias para o desenvolvimento da célula, daí o DNA vai formar ciclina. O complexo ciclina/CDK fosforila RB, e daí RB libera E2F, E2F solta entra no núcleo e consegue se liga a uma porção do genoma, agora o DNA vai transcrever um RNAm com as enzimas aqui, mas agora da fase S do ciclo celular. O RNAm sai, nisso a ciclina é degrada e agora o RNA é transcrito na forma de proteínas, proteínas da fase S do ciclo celular. Transcrição: formação de RNA a partir de um modelo de DNA. Retinoblastoma O retinoblastoma é o tumor intraocular mais frequente da infância. As células tumorais têm origem em células primitivas da retina. Em 40% dos casos a doença é dita germinal ou hereditária, com possível histórico familiar e acomete os dois olhos. Nos demais casos os tumores são considerados esporádicos e afetam apenas um único olho. O tumor acomete principalmente crianças menores de três anos de idade. - Retinoblastoma congênito (hereditário) Em cerca de 30% dos retinoblastomas, a alteração no gene RB1 é congênita e está presente em todas as células do corpo (conhecida como mutação da linha germitiva). Se tem uma deficiência na proteína RB, parte do princípio que não pode ter a RB. Imagine a E2F o tempo todo solta, vai estimular a passagem de fase o tempo todo. Quando a proteínas E2F está ligada a RB, ocorre a interrupção do ciclo celular e seu controle. A partir do momento que não tem a proteína RB ou que RB esteja deformada no ponto de não ter afinidade pela E2F, a E2F fica sempre livre, fazendo com que haja a passagem de fase sem que precise da checagem de fase. E se ela sempre passa de fase, chega mais rápido na mitose, proliferando mais, criando o aspecto de tumor. Ou seja, pode ter uma deficiência onde não tem a falta da proteína, mas sim sua uma diminuição; ou ainda pode ocorre um problema no qual RB tem baixa afinidade com E2F, fazendo com que solte E2F de forma mais fácil. P53 e P21 São proteínas que em cascata uma ativando a outra, age como controlador negativo, bloqueando a ação do complexo ciclina/CDK. Desta forma o complexo não fosforila RB, e RB não fosforilada não libera a E2F. Então, quando eu não tenho essas proteínas ou tenho elas malformadas, que elas não conseguem desempenhar suas funções de forma correta, tem-se o aparecimento de células tumorais. Porque elas vão permitir que o dano no DNA permanece, que ele seja progressivo, estando numa célula. Como exemplo um DNA danificado, tendo uma lesão que precisa ser corrigida, desta forma a célula tem que interromper sua função no momento e tentar corrigir essa lesão. Para isso é necessárias proteínas que irão estimular essa parada no ciclo celular, como a P53 que estimula a P21 que bloqueia o complexo ciclina/CDK. Impedindo que ocorra a fosforilação de RB, e que ela se solta da E2F, não tendo assim a passagem de fase. As deficiências nessas proteínas estão ligadas ao aparecimento de tumores, uma vez que elas agem sinalizando erros no DNA. Pois tem contato direto com o dano/lesão no DNA. Tomamos como exemplo uma célula que em seu DNA sofreu mutação, a célula se divide e ao dividir passa de fase, ou seja, passa de fase com a mutação. Agora você tem uma célula normal e uma mutada, agora essa célula vai se dividir novamente e vamos ter mais duas células mutadas. Isso porque essa mutação tinha que ser corrigida e não foi corrigida devido a falta da proteína que identifica a lesão do DNA. Não é ela que causa o tumor, mas sim a lesão, a falta da proteína impede que haja a correção, quando há o acumulo de lesões, acumulo de mutações que levam ao aparecimento de tumores. Por que é mais comum uma neoplasia em pacientes com idades avançadas? Pois cada vez mais tem o acúmulo de mutações, causa lesões que vamos corrigir e outras não, podendo acumular lesões ao longo do ano. GENÉTICA – AULA 2 DNA: ESTRUTURA E REPLICAÇÃO 1. ESTRUTURA DE DNA O ácido desoxirribonucleico (DNA) é a molécula que carrega todas as informações genéticas do organismo, podendo ser encontrado em todas as células nucleadas. Está localizado no núcleo (DNA nuclear ou genômico) e nas mitocôndrias (DNA mitocondrial), os DNAs nuclear e mitocondrial diferem entre si, devido ao DNA mitocondrial possuir menor sistema de reparo, sofrendo assim mais mutações. O DNA nas células eucariotas está contido no núcleo, enquanto nas células procariontes se encontra desprotegido por membrana e fica disperso no citoplasma, também é encontrado em cromossomos, cloroplastos e mitocôndria. O DNA consiste num polímero de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster 3’-5’ (presente entre as hidroxilas ligada ao carbono 3’ e o grupo fosfato ligado no carbono 5’). O DNA apresenta estrutura de dupla-hélice, sendo constituído por duas cadeias intercaladas de nucleotídeos. Cada nucleotídeo é composto por uma base nitrogenada, uma pentose (no caso do DNA, a desoxirribose) e um grupo fosfato. A base nitrogenada liga-se ao carbono 1’ da pentose, a hidroxila ao carbono 3’ e o grupo fosfato ao carbono 5’. Lembrando que o sentido de crescimento do DNA se dá na direção 5’-->3’, pois o DNA polimerase responsável pela síntese de DNA só consegue exercer seu trabalho nesse sentido. Leitura: 3’-->5’ Construção: 5’--> 3’Temos duas classes de bases nitrogenadas, as púricas e pirimídicas. As púricas, adenina e guanina são maiores e apresentam dois anéis em sua estrutura; já as pirimídicas, timina, citosina e uracila são menores e apresentam um anel Obs: A uracila está presente apenas na estrutura do RNA e a timina apenas na estrutura do DNA. O que mantém as duas fitas polinucleotídicas ligadas entre si são pontes de hidrogênio estabelecidas entre bases nitrogenadas complementares. Assim formam-se duas pontes de hidrogênio entre a timina e adenina, e três pontes de hidrogênio entre a citosina e guanina. Essa diferença entre o número de pontes estabelecidas entre as diferentes bases nitrogenadas é importante no estabelecimento da temperatura de desnaturação. Pois quanto mais o número de ligações de hidrogênio maior a energia necessária para a separação das fitas, portanto, quanto mais pares de citosina-guanina, maior a temperatura necessária para a desnaturação. NA dupla-hélice do DNA, as duas fitas são antiparalelas, ou seja, encontram -se em direções opostas: uma tem sentido 5’-3’ e a outra tem sentido 3’-5’ Existem uma informação genética que diferencia um indivíduo do outro que é bem característico. O poder da hereditariedade nunca ninguém havia discutido, mas como essa hereditariedade é transferida só foi descoberta em meados do século XX. Como nosso genoma (sequência de DNA) é bem grande, este material está organizado em proteínas que são conhecidas como histonas. Temos 5 tipos de histonas (h1, h2, h3, h4 e h5) que estão em posições diferentes no genoma e também de cromossomos. Devido o DNA ser aberto e muito extenso, ele acaba sendo colocado nas histonas, então os cromossomos não são formados apenas por DNA, mas sim por DNA + histonas, assim como os ribossomos tem RNA + proteínas. A maior parte dessa molécula de DNA fica em estado silenciado, ou seja, condensada. Porque a maior do nosso genoma não utilizamos, não é ativado; e também porque cada célula ativa pedaços específicos para sua informação, para ativar suas funções. Por um tempo ouvimos falar em DNA lixo (que não usamos), mas hoje sabe-se que esse DNA traz informações evolutivas e que não necessariamente exerce funções dentro das células. No século XX foram feitos muitos experimentos para tentar entender como era o DNA, o experimento de Hershey-Chase comprovou que o DNA era o material responsável pela hereditariedade. Na época havia muitas dúvidas entre os ácidos nucleicos e as proteínas que existiam em grande quantidade nas células, sendo as que expressavam as características. Experimento de Hershey- Chase Foi realizado com bacteriófagos que são vírus simples que possui no seu interior o material genético e no seu exterior uma cápsula de proteínas. Marcaram o envelope que sabiam que tinha material proteico com o enxofre radiativo e outro que tinha DNA bacteriófago marcaram com fosfato radiativo. Daí separaram as colônias de bactérias e infectaram com o vírus bacteriófago. A ideia consistia em que os vírus são hospedeiros obrigatórios e o que permanecesse dentro da célula seria responsável pela replicação do vírus, e o que fosse expelido pela célula não serviria como forma de replicação. Observaram que o material marcado por fora do vírus, durante a infecção não entrou na célula, ou seja, o material proteico não era responsável pela hereditariedade. Já na 2º placa observou que o material genético estava presente na célula e que ele era utilizado para a replicação viral. Com isso definiram que a informação genética era transferida por ácidos nucleicos (DNA) e não por proteínas. Assim ficou definidos 3 características do DNA: O material genético deve conter toda informação complexa (informação para a síntese de RNA e para síntese proteica): pois sabe-se que a sequência de nucleotídeos fornece informações para a construção de RNA e posteriormente para a construção de proteínas. O material genético deve-se replicar fielmente (deve-se replicar sem sofrer grandes variações): porque já sabiam que as células se dividiam e que uma célula mãe gerava duas células filhas, e o vírus quando infectava formava outros vírus então para ter cada vez mais DNA é preciso copiar ele, portanto esse material tem que ter uma estrutura que possa ser copiada. O material genético deve codificar fenótipo (deve levar a expressão de determinadas características): uma vez que essa estrutura necessita sofrer modificações, que são as mutações, foram selecionadas porções diferentes do genoma e que essas porções foram sendo modificadas ao longo do processo evolutivo. Watson e Crick que desvendaram a estrutura do DNA, mostraram uma estrutura tridimensional e descreveram o formato helicoidal do DNA. Ganharam o prêmio Nobel de Medicina e Fisiologia em 1962, conseguiram uma única foto através de difrações de raio x de uma molécula que vista de cima pode-se observar as duas fitas e as pontes de hidrogênio. Como mencionado mais anteriormente, o nucleotídeo é formado por um açúcar + fosfato + base nitrogenada. A base nitrogenada do DNA é a desoxirribose que se diferencia da ribose porque o carbono 2 da pentose do açúcar ao invés de ter OH, tem apenas H, por isso se chama desoxirribose. Já a ribose vai ter o OH no 2 carbono. 2. FUNÇÕES DO MATERIAL GENÉTICO E REPLICAÇÃO - Replicação (estoca e transmite informações). - Expressão gênica (controla o fenótipo). - Mutação (sofre adaptações a fim de se adaptar as modificações ambientais). Replicação A replicação consiste na autoduplicação do material genético, que mantém o padrão de herança ao longo das gerações. Para que a replicação se inicie é preciso que o DNA se descompacte e que suas fitas se separem. Esse processo acontece na fase S do ciclo celular, possui um caráter semiconservativo, visto que uma parte deste DNA vai ser conversado e cria-se uma parte nova, ou seja, a partir da fita vela constrói uma fita nova. E ao final do ciclo celular essas duas fitas de DNA vão ser arrastadas e cada uma vai ser destinada a uma célula diferente, servindo de molde para uma fita nova. Assim temos duas células, no qual a célula mãe e filha vão possui uma fita velha e uma fita nova de DNA cada uma. O processo de separação (abertura) das fitas do DNA é conhecido como bolha ou forquilha de replicação, nesse processo as fitas se separam num único sentido e para isso existem proteínas que auxiliam nessa replicação. A forquilha é uma estrutura aberta no DNA, que precisa ser mantida na sua fita velha para ser confiada a uma fita nova. Proteínas importantes para a replicação: Topoisomerase: é uma proteína que tem a função de quebrar a tensão na fita de DNA (quebra a ligação fosfodiester). Quando começa a desenrolar as fitas para começar a copiar, a fita de DNA precisa estar aberta, porém ela começa a super enovelar na outra ponta, e assim a topoisomerase vem quebrar essa tensão da fita. Sua função consiste em cortar a fita, com a ponta livre é possível desenrolar a fita sem gerar tensão do outro lado. Isso acontece principalmente em bactérias que apresentam o DNA circular, desta forma a topoisomerase consegue manter a fita aberta para que ela seja copiada, possuem sítios de abertura bem definidos (local pré-definido para abertura da fita). Nos eucariotos como o genoma é muito grande abre-se diversas bolhas de replicação ao longo do cromossomo (ou seja, abre-se muitos sítios de replicação) e a função da topoisomerase vai ser praticamente igual, de quebrar a tensão superficial. DNA Helicase: éuma proteína que tem a função de separar as fitas no sentido 5’- >3’, sendo uma proteína bem grande que entra numa das fitas e vai separando-as por força mecânica (quebra as pontes de hidrogênio), para isso acontecer há gasto de energia. SSB: são as proteínas responsáveis por manter a fita esticada (desfazendo o formato helicoidal), ou seja, elas estabilizam a fita aberta, pois é necessário que a fita fique esticada. Para isso acontecer a topoisomerase tem que ir primeiro e cortar a fita, quebrando a tensão; em seguida DNA Helicase entra e separa as fitas e posteriormente as SSBs são responsáveis por manter as fitas abertas e esticadas. A partir do momento que houve o corte da fita, consegue- se separar o que matinha ela paralela, separa as pontes de hidrogênio. DNA primase: consiste num iniciador, pois, não basta apenas abrir a forquilha de replicação é preciso que se tenha um marcador (primer) e que faz isso é a DNA primase. A DNA primase chega no local e identifica a extremidade 3’, em seguida insere um primer (é um pedacinho de RNA) na extremidade 5’. DNA polimerase: identifica o primer e a partir disso começa a polimerização, ou seja, a polimerização só inicia depois que tiver esse RNA iniciador. Utiliza-se o RNA como iniciador devido ele ser diferente do DNA e por isso chama atenção, sendo o lugar que a DNA polimerase consegue reconhecer para iniciar a polimerização, posteriormente o RNA é trocado pelo DNA. A polimerização se dá no sentido 5’-->3’. Resumindo: a topoisomerase vai e quebra a tensão da fita, a DNA helicase tem a função de separar a dupla fita e as SSBs mantém a fita aberta. Quando a fita estiver aberta a DNA primase chega até a extremidade 3’ e coloca um primer de RNA na extremidade 5’, tanto de um lado quanto de outro da forquilha. Em seguida a DNA polimerase identifica a extremidade marcada, estando preparada agora para iniciar a polimerização. A DNA helicase corre pela fita e vai abrindo/separando a fita; no momento 1 abre a fita, no momento 2 abre mais e já no momento 3 ela encontra-se bem aberta. Conforme a DNA helicase percorre a fita, a forquilha vai ficando cada vez maior. Obs: os procariotos têm 3 tipos de DNA polimerase: pol1, pol2 e pol3. Enquanto os eucariotos apresentam 5 tipos de DNA polimerase com funções diferentes. Todas as polimerases são enzimas que constrói DNA que pode ser utilizada para a correção de DNA, edição da fita de DNA, mas a função principal é a síntese de DNA. Momentos da replicação - Momento 1: Forquilha encontra-se aberta, assim DNA primase vai na extremidade 3’ e coloca um primer de RNA na extremidade 5’, com isso a DNA polimerase identifica o primer e polimeriza. - Momento 2: nesta etapa, a DNA helicase abre mais a fita, com isso a DNA polimerase vai continuar polimerizando no sentido 5’-->3’, ela se desliga quando encontrar o outro primer. Ai a DNA primase vem novamente constrói outro primer de DNA, então a DNA polimerase vem e identifica o primer e constrói novamente. Ela consegue corrigir aquela porção de RNA, mas não consegue ligar uma extremidade a outra, deixando uma abertura. A fita continua 5’-->3’ é chamada assim por seu crescimento ser continuo tendo apenas um iniciador e um fragmentos de DNA; já a outra fita é descontinua ou retardada 3’-->5’ tendo vários iniciadores e vários fragmentos de DNA. DNA ligase: tem a capacidade de unir os fragmentos de fitas, uma vez que a polimerase não tem a capacidade de unir as fitas e com isso deixa fragmentos. É uma enzima que utilizando energia (ATP) faz a ligação de um fragmento de Okazaki com outro fragmento de Okazaki. A reação ocorre em 2 passos, o que falta para manter a fita unida é o fosfato, o ATP então doa o fosfato. É uma reação que começa com ATP e termina com AMP, pois vão ser gastos 2 fosfatos na reação, um entra na fita para formara ligação fosfodiester e o outro gera a energia para que a reação aconteça. - Como funciona a DNA polimerase? A DNA polimerase é descrita como uma ‘’mãozinha’’ e possui dois sítios, um de ligação e outro de edição. Ela como qualquer outra enzima não tem a capacidade de pensar “eu tenho aqui uma citosina então preciso de uma guanina para parear com ela’’ não possui capacidade de raciocínio, ou seja, isso acontece ao acaso. - Como ela reconhece que o pareamento foi feito de forma correta? A DNA polimerase vai saber se o pareamento está correto se a fita ficar paralela, desta forma manda a fita seguir adiante para colocar o próximo nucleotídeo. Caso não ocorra o paralelismo como por exemplo não conseguiu formar 3 ou 2 pontes de hidrogênio, daí abre-se uma bolha e forma uma deformação, essa fita vai ser direcionada para o sitio de edição, é feita a clivagem (retirada) desse nucleotídeo e volta para o sitio de polimerização e é inserido um novo nucleotídeo, ocorreu o pareamento a estrutura está paralela, então a fita é mandada embora para que outro nucleotídeo possa ser colocado, até completar a fita. Além de polimerizar é capaz de editar, por isso consegue tirar o primer de RNA e trocar pelo DNA. Como temos 4 bases nitrogenadas a chance da DNA polimerase acertar é de 25% GENÉTICA-AULA 3 TRANSCRIÇÃO E REPLICAÇÃO 1.DIFERENÇAS ENTRE DNA E RNA Existem 3 diferenças entre o DNA E RNA: Quanto ao açúcar (pentose); a desoxirribose (não tem oxigênio no carbono 2) no DNA, já a ribose (possui oxigênio no carbono 2) no RNA. Quanto a base nitrogenada; no DNA temos a timina e no RNA a uracila. O DNA apresenta uma dupla fita e o RNA uma fita simples. O processo de transcrição do RNA requer tantas enzimas quanto o processo de replicação do DNA. Necessita de enzimas para abrir e cortar o sitio, separar a fita e copiá-la. A enzima responsável por copiar a fita de RNA é a RNA Polimerase. Transcrição em procariotos: começa num ponto da fita e é transcrito todo o RNA do início ao fim. Já a transcrição nos eucariotos é coordenada a partir de fatores de transcrição, como a E2F que se liga a uma porção do DNA e estimula a transcrição apenas daquela parte marcada. Por isso um neurônio vai produzir neurotransmissor e uma outra célula do sistema digestório vai produzir enzimas digestivas, pois foram estimuladas as transcrições de diferentes partes do DNA, mesmo que o DNA contenha toda a informação. O DNA eucarioto não é transcrito por completo, apenas a parte que será usada. A célula procariota possui o DNA circular no nucleoíde, aí o RNA vai lá e transcreve todo o RNA da célula, ele se liga aos ribossomos e vai formar as proteínas. Nas células eucariotas como o genoma é extenso, tendo vários genes. Existem sítios onde se ligam o fator de transcrição e transcreve só aquela parte que determina a formação de uma proteína especifica. Dependendo da célula só será transcrito o que ela utiliza. Um sinal externo vai ativa a proteína no citoplasma da célula para gerar um fator de transcrição (proteína que tem a capacidade de passar pelo poro nuclear) que se liga a uma parte do DNA e ativa para que aquela região seja transcrita. Sendo dessa forma que cada célula expressa um receptor diferente e só vai produzir o que é da sua função. 2.TIPOS DE RNA Nós temos 3 tipos de RNA: o mensageiro, ribossômico e o transportador. O momento que eles se juntam forma-se a proteína. RNA Mensageiro: leva a informação do núcleo para o citoplasma, contém a informação necessária para a síntese proteica. Sendo confeccionado por uma RNA polimerase que se liga a fita no sentido 3’-->5’ e vai sintetizar uma fita no sentido 5’-->3’, usando uma fita como molde. O fator de transcrição sempre está antes da região que será transcrita, várias proteínassão recrutadas no momento da transcrição, para separar a dupla fita do DNA, estabilizar a fita aberta e a RNA polimerase faz a polimerização. Vamos ter a dupla fita de DNA, ocorre a formação do primeiro transcrito que é o transcrito primário, é formado por exons e introns. Os intros são regiões que não codificam a proteína, ou seja, não levam informações para a formação da proteína. E os exons são utilizados para produzir a proteína, servindo de molde. O processo de retirada dos intros é chamado de ‘’splicing” (necessário para ter um transcrito secundário). Temos de um lado um exon, no meio intron e do outro lado um exon, onde enzimas especificas farão um laço juntando as extremidades dos exons e deixando o intron de fora. Quando os introns são retirados teremos um transcrito formado apenas pelos exons, que são as regiões que serão usadas para formar a proteína. Os introns são informações que um dia foram utilizadas, não sendo mais úteis. O RNA após todo esse processo, precisa ser protegido, pois se ele chegar dessa maneia no citoplasma será degradado por enzimas que lá estiverem presentes. As proteínas só precisam ser liberadas pelo tempo que a célula está sendo estimulada, desta forma o RNA não pode ficar a vida inteira no citoplasma estimulando a síntese de proteínas. Contudo, para que o RNA dure o tempo que ele necessita para produzir a quantidade exata de proteína ele precisa ser protegido por algo e depois será degradado. É por isso que o RNA ganha em sua região inicial uma proteína chamada CAP que impede que ele seja degradado, e na sua parte final recebe uma cauda de adenina. O RNA vai para o citoplasma, as enzimas começam a degradá-lo pela sua parte inicial, porém não conseguiram devido possuir a proteína CAP na extremidade 5’, então elas começam a atacar a sua parte final que é formada por uma cauda de poli A (adeninas), dando tempo para que o RNA sintetize a proteína que ele necessita, quando acabam as adeninas o RNA começa a sofrer degradação, após a degradação a célula para de sintetizar proteína. Obs: as proteínas formadas no reticulo serão transportadas em vesículas, serão proteínas de membrana ou serão exocitadas. E as proteínas formadas por ribossomos livres no citoplasma vão ficar solúveis no plasma. RNA Ribossômico: é componente estrutural e catalítico dos ribossomos, auxilia o ribossomo na síntese proteica. Ou seja, a proteína é formada por ribossomos, que possui 2 subunidades uma maior e outra menos. A subunidade maior há 3 sítios (E P A) sítios de ligação para o RNAt (2 entradas e uma saída). E a subunidade menor encaixa-se o RNAm. O RNA ribossômico é formado no nucléolo no núcleo (região mais escura), dentro do RNAr tem proteínas que se associam com esse RNA. As 2 subunidades são constituídas de forma independente e posteriormente se unem, mas as duas juntas não conseguem passar pelo poro nuclear, então elas se desconectam e cada uma passa sozinha. -Quando elas vão se reconectar? Quando a subunidade menor se ligar ao RNAm, então elas não ficam unidas para a vida toda, pelo contrário o normal é elas ficarem separadas e só se conectarem quando a fita de RNAm se ligar a subunidade menor. Quando acontece isso a subunidade maior é recrutada e o ribossomo é montado. Nós temos ribossomos que estão livres no citoplasmas e ribossomos que estão aderidos ao reticulo, formando o reticulo endoplasmático rugoso. Sendo necessário compreender que o ribossomo que está no reticulo, eles não moram lá. Ele está no reticulo enquanto estiver traduzindo aquele RNAm. Feito a tradução, naturalmente o ribossomo se desliga do RNA. Tem duas formas de traduzir: ribossomo pode ficar livre no citoplasma ou dentro do reticulo endoplasmático. De qualquer maneira os ribossomos estão livres, só quando o RNAm se liga aos ribossomos que se conectam a subunidade maior e menor. O que direciona para que esse ribossomo fique livre é que ele se ligue ao reticulo. A primeira ponta de proteína que ele começa a produzir, se ela tiver uma afinidade as estruturas que estão ligadas ao reticulo endoplasmático, isso prende a proteína ao reticulo. Temos no reticulo receptores que possuem afinidade por esse peptídeo (peptídeo sinal), quando começa a tradução o receptor reconhece o peptídeo sinal e a proteína começa ser enovelada, formada dentro do reticulo. O ribossomo é montado, inicia-se o processo de tradução e só daí então que essa proteína vai ser escolhida (ficar livre no citoplasma ou ser montada no reticulo). É por isso que o reticulo endoplasmático está colado ao núcleo, assim que o RNAm sai do núcleo, já se inicia o processo de tradução e caso essa proteína tenha que ser construída no reticulo endoplasmático já vai se ligar ali. RNA Transportador: são pequenas moléculas de RNA que funcionam como adaptadores entre os aminoácidos e os códons do RNA mensageiro durante a tradução, transporta os aminoácidos até o local da síntese proteica. Tem o formato de um trevo invertido com 3 loops, sendo o segundo o mais importante pois é onde está localizado o anti- códon. O RNA transportador possui 3 nucleotídeos (anti-códon) que vão parear com 3 nucleotídeos (códon- cada trinca de aa) do RNAm. O anti-códon pareia com o códon devido à similaridade dos nucleotídeos, G-C e A-U, cada códon possui um aminoácido de referência. Exemplo códon: AUG- metionina, então cada vez que aparecer um AUG no RNAm vai ser recrutado o RNAt que está carregando a metionina. Nos eucariotos praticamente todas as proteínas iniciam com o aminoácido metionina (códon AUG). Temos duas entradas de RNAt, um sitio P e o sitio A. Entra os dois transportadores e fazem pareamento de anti-códon com o códon. Acontece em seguida o deslizamento da subunidade menor na subunidade maior, então quando desliza tem o códon AUG (estava ligado no sitio P) passa para frente, e o CAG (ligada no sitio A) vai para a segunda posição. Na sequência GGG vai ocupar a terceira posição. Quando o AUG caminha adiante leva com ele o RNAt referente a ele (metionina), levando do sitio P para o E. Nesse momento ocorre a ligação peptídica entre a metionina e o glutamato (quando o que estava no sitio A vai para o P). O sitio A fica vazio para a entrada do terceiro RNAt que irá parear com o códon GGG (glicina). Acontecendo tudo novamente. -Sitio E: exit (saída). -Sitio P: peptidil, onde acontece a ligação peptídica. -Sitio A: aminoacil, onde o aminoácido encontra-se sozinho. A tradução para quando chega no stop códon (códon de parada), sendo que eles não apresentam nenhum aminoácido. A cadeia polipeptídica é liberada no citoplasma ou no reticulo endoplasmático para exercer sua função de proteínas. Os ribossomos podem se unir e formam poliribossomos, quando tem vários ribossomos traduzindo a mesma proteína. Estão ligados a mesma fita de RNAm cada um numa posição, traduzindo a mesma fita formando a mesma proteína. Podem ser produzidas várias proteínas ao mesmo tempo, utilizando a mesma fita de RNAm.
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