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Biologia Molecular da Célula
Lista de Exercícios para Revisão II –
Quais os tipos de mutação?
*Substituição de bases: Alteração de um único nucleotídeo, podendo ser: Transição: Mudança de uma base purínica ou pirimídica por outra de mesma natureza; Transversão: Mudança de uma base por outra de natureza diferente;
* Inserções e Deleções: Adição ou remoção de um ou mais nucleotídeos 
* Repetições Expandidas de Trinucleotídeos: Alteração no número de cópias de repetições expandidas;
Quais os efeitos fenotípicos das mutações?
* Direta: Altera o fenótipo selvagem; 
* Reversa: É uma segunda mutação que restaura o fenótipo selvagem; 
* Mutações Supressoras: Inibe ou suprime o efeito de outra mutação; 
>Intergênica: Gene diferente; 
>Intragênica: Mesmo gene;
O que é tautomeria e qual a sua consequência?
*É o principal tipo de mutação espontânea. É a mudança na posição dos prótons das bases que repercute em alterações físicas ou químicas resultando em formas raras e instáveis, se esta alteração ocorrer num DNA que não está sendo replicado, não há problema, porem se ocorrer durante a replicação de DNA há o estabelecimento de uma mutação, pois a DNA polimerase reconhece a forma rara de maneira equivocada, fazendo um pareamento errado.
Qual o papel da enzima DAM (desoxiadenosina metilase)?
*Ajuda as enzimas do mecanismo de reparo no pareamento errado, onde farão o reparo, identifica a fita que contém erro colocando grupamentos metil, deixando um sinal de metilação. 
O que são sítios AP (apurínicos e apirimidínicos)?
*É o “buraco” (falha) resultante da remoção de bases, onde por exemplo, foram removidas pelas glicosilases as enzimas por apresentarem erro. Sítios AP que é uma abreviatura de sítios apurinicos quando faltam os pares purínicos A-G, ou de sítios apirimidinicos quando faltam as bases C-T. O “buraco” é então, reconhecido por uma endonuclease AP que corta o esqueleto açúcar-fosfato (ligação fosfodiester) deixando um primer final, de onde o DNA polimerase inicia a síntese para substituir o nucleotídeo errado, junto com alguns poucos nucleotídeos adjacentes, ou seja, de modo geral são nesses sítios que o AP nucleasse irão realizar reparo.
Explique de forma resumida o que significa o Dogma Central da Biologia Molecular.
Qual das questões abaixo é falsa? Justifique-a. 
( V ) Em E. coli há 2 regiões conservadas no promotor localizadas a cerca de 10 e 35 nucleotídeos antes do sítio de início da transcrição (upstream);
 ( F ) O RNAm codifica necessariamente uma única “mensagem” ou gene; 
( V ) O RNAm dos eucariotos necessita de processamento para que possa ser traduzido de maneira a codificar um polipeptídio funcional;
( V ) As RNA polimerases eucarióticas não podem iniciar a transcrição sozinhas;
( V ) Fatores de transcrição são proteínas que reconhecem e se ligam à região promotora e são necessárias para que a RNA polimerase inicie a transcrição.
8. O que é colinearidade?
*É a correspondência entre a sequencia de nucleotídeos do DNA e do RNA com a sequencia de aminoácidos de uma proteína. Em eucariotos existe a remoção de íntros (sequência não expressa) onde os exons se juntam, em procariontes não existe essa remoção de íntrons, existindo em procariontes a colinearidade, que é o RNA do mesmo tamanho da cadeia polipeptídica. A cada 3 nucleotídeos temos um códon, e a quantidade de códon é do tamanho do mRNA.
9. Defina códon.
*Trinca de nucleotídeos que codifica um aminoácido de uma proteína. Determina a posição de um aminoácido na síntese de proteínas, e a leitura do DNA é feita em códons.
10. Cite 03 características do código genético.
*Composto por trincas de nucleotídeos (códons)
*Quase universal-códon tem o mesmo significado em todos os organismos
*Não há vírgulas, códons são lidos consecutivamente.
*Os códons codificam aminoácidos.
11. Explique a sequencia de Shine-Dalgarno.
*São sequências de bases de mRNA que ajuda o complexo de iniciação a identificar o códon AUG (códon de inicio) e está localizado à 6 nucleotídeos antes do códon iniciador AUG, sequência conservada AGG AGG. De modo geral essa sequência é exclusiva de procariotos, e guia para que a subunidade menor do ribossomo se ligue ao RNAm e posicione o ribossomo diretamente no códon AUG.
12. Qual a função do anticódon presente no RNAt?
*Reconhecer o códon do RNAm por complementariedade. Onde por exemplo, o complexo de iniciação busca o 1º códon (AUG) que pareia com o anticódon do RNAt. Essa complementariedade (interação) faz com que não haja erro durante a síntese de proteínas, (a menor que haja mutação). De modo geral a adenina do anticódon vai se juntar a timina do códon do mRNA, ou até mesmo a citosina do anticódon vai se ligar a guanina do mRNA.
13. Explique o que são sítios E,P e A e a função de cada um deles.
*São estruturas organizadas presentes no interior dos ribossomos. Onde o sitio A também chamado de aminoacio é o sitio de chegada do RNAt carregado com aminoácido, sendo que o 1º aminoácido (metionina) não se liga ao sitio A e sim ao P, pois o mesmo chega antes do ribossomo ser formado. O sitio P, onde a metionina como 1º aminoácido se liga, faz ligação química entre aminoácidos, (peptidil transferase). E o sitio E é o sitio de saída, onde saem os RNAt’s descarregados.
14. Explique a técnica de PCR.
*Reação em cadeia polimerase: é uma técnica que permite que um fragmento especifico da molécula de DNA seja amplificado milhares de vezes em apenas algumas horas. A partir desta técnica é possível obter-se copias de uma paste do material em quantidade suficiente que permita detectar e analisar a sequencia que é o alvo do estudo. Para a execução da técnica da PCR é preciso que se tenha conhecimento prévio da sequencia de ácidos nucleicos que se deseja amplificar. São reagentes da PCR ¹ taq polimerase ²tampão ³cloreto de magnésio, 4 DNTP> adenina, guanina, citosina e timina, 5 água 6 fluorosforo, logo a PCR permite identificar mutações repetições, polimorfismo e etc. o processo de PCR ocorre em 3 etapas: 1ºDesnaturção em temperatura a 90ºc ocorre a reparação da dupla fita de DNA
2º anelamento ou hidratação em temperatura de 60º a 64ºc, os primers se ligam a sequencia que desejam amplificar, e servem como iniciadores para a enzima polimerase.
3º extensão ou polimerização com o ponto de partida foi identificado, aos 72ºc a taq polimerase liga-se a fita sinalizada pelo primer, completando-a e inicia a sequencia que será replicada, formando novamente uma dupla fita de DNA
15. Qual a diferença entre a PCR convencional e a PCR em tempo real. Explique.
*PCR convencional não apresenta valores quantitativos
*PCR em tempo real surgiu da associação da PCR convencional a um sistema mais rápido e eficiente , ambas utilizam basicamente os mesmo matérias porém a PCR de tempo real acrescenta o Tac man e o cyber green. Tornando-a possibilitada de apresentar resultados quantitativos, pois conseguem avaliar a quantidade de moléculas produzida em cada ciclo. Oferece maiores vantagens mesmo sendo mais cara apresenta maior rapidez, especificidade e quantificações. Ela pode ser chamada de qPCR.