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AMINOÁCIDOS, PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS UNIVERSIDADE FEDERAL DO PIAUÍ - UFPI CENTRO DE CIÊNCIAS DA SAÚDE - CCS DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA E FARMACOLOGIA DISCIPLINA: BIOQUÍMICA Professor: MSc. Rodrigo Barbosa Monteiro Cavalcante TERESINA – PI Proteínas controlam praticamente todos os processos que ocorrem em uma célula, exibindo uma quase infinita diversidade de funções. Enzimas Hormônios Anticorpos Fibras muscularesAntibióticos Penas, teias de aranha, chifres de rinocerontes, venenos de cogumelos, proteínas das lentes dos olhos, proteínas do leite Transportadores AMINOÁCIDOS Proteínas são as macromoléculas biológicas mais abundantes, ocorrendo em todas as células e em todas as partes das células. Também ocorrem em grande variedade; milhares de diferentes tipos podem ser encontrados em uma única célula. As proteínas de cada organismo, da mais simples das bactérias aos seres humanos, são construídas a partir do mesmo conjunto onipresente de 20 aminoácidos. As células produzem proteínas com propriedades e atividades completamente diferentes ligando os mesmos 20 aminoácidos em combinações e sequências muito diferentes. As proteínas são os instrumentos moleculares pelos quais a informação genética é expressa. AMINOÁCIDOS Proteínas são polímeros de aminoácidos, com cada resíduo de aminoácido unido ao seu vizinho por um tipo específico de ligação covalente. Quando um aminoácido é unido a outro ocorre a perda de elementos de água. As proteínas podem ser degradadas (hidrolisadas) em seus aminoácidos constituintes. Todos os 20 tipos de aminoácidos comuns são α-aminoácidos. Eles têm um grupo carboxila e um grupo amino ligados ao mesmo átomo de carbono (carbono α). Diferem uns dos outros em suas cadeias laterais ou grupos R. AMINOÁCIDOS Além desses 20 aminoácidos, há muitos outros menos comuns. •Alguns são resíduos modificados após a síntese de uma proteína; •Outros são aminoácidos presentes em organismos vivos, mas não como constituintes de proteínas. Foram atribuídas aos aminoácidos comuns das proteínas abreviações de três letras e símbolos de uma letra. AMINOÁCIDOS Para todos os aminoácidos comuns, exceto a glicina, o carbono α está ligado a quatro grupos diferentes (centro quiral): um grupo carboxila, um grupo amino, um grupo R e um átomo de H. Os aminoácidos têm dois estereoisômeros possíveis. Os resíduos de aminoácidos em moléculas proteicas são exclusivamente estereoisômeros L. Os resíduos de D- aminoácidos foram encontrados apenas em alguns peptídeos, incluindo alguns peptídeos de paredes celulares bacterianas e certos antibióticos peptídicos. AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem ser agrupados em cinco classes principais com base nas propriedades dos seus grupos R, particularmente sua polaridade ou tendência para interagir com a água em pH biológico (próximo do pH 7,0). Grupos R apolares, alifáticos AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem ser agrupados em cinco classes principais com base nas propriedades dos seus grupos R, particularmente sua polaridade ou tendência para interagir com a água em pH biológico (próximo do pH 7,0). Grupos R aromáticos •São relativamente apolares (hidrofóbicos). •A tirosina e o triptofano são significativamente mais polares do que a fenilalanina, devido ao grupo hidroxila da tirosina e ao nitrogênio do anel indol do triptofano. AMINOÁCIDOS Grupos R polares, não carregados São mais solúveis em água, ou mais hidrofílicos do que aqueles aminoácidos apolares, porque eles contêm grupos funcionais que formam ligações de hidrogênio com a água. AMINOÁCIDOS Grupos R polares, não carregados •A cisteína é prontamente oxidada para formar um aminoácido dimérico ligado de modo covalente chamado cistina, no qual duas moléculas ou resíduos de cisteína são ligadas por uma ligação dissulfeto. •Os resíduos ligados a dissulfetos são fortemente hidrofóbicos (apolares). •As ligações dissulfeto desempenham um papel especial nas estruturas de muitas proteínas pela formação de ligações covalentes entre partes de uma molécula polipeptídica ou entre duas cadeias polipeptídicas diferentes. AMINOÁCIDOS Grupos R carregados positivamente (básicos) •Os grupos R mais hidrofílicos são aqueles carregados positivamente ou negativamente. •Aminoácidos nos quais os grupos R têm uma carga positiva significativa em pH 7,0. Grupos R carregados negativamente (ácidos) Apresentam grupos R com carga negativa final em pH 7,0, cada um dos quais tem um segundo grupo carboxila. AMINOÁCIDOS Aminoácidos incomuns também têm funções importantes Além dos 20 aminoácidos comuns, as proteínas podem conter resíduos criados por modificações de resíduos comuns já incorporados em um polipeptídeo. 4-hidroxiprolina é encontrado em proteínas da parede celular de células vegetais. 4-hidroxiprolina e a 5-hidroxilisina são encontrados no colágeno, proteína fibrosa de tecidos conectivos. 6-N-metil-lisina é um constituinte da miosina (proteína contrátil do músculo). AMINOÁCIDOS Aminoácidos incomuns também têm funções importantes γ-carboxiglutamato é encontrado na proteína de coagulação protrombina e em algumas proteínas que se ligam ao Ca2+ como parte de suas funções biológicas. Desmosina é derivada de quatro resíduos de lisina, encontrada na proteína fibrosa elastina. Selenocisteína é um caso especial. Esse raro resíduo de aminoácido é introduzido durante a síntese proteica, em vez de criado por uma modificação pós-sintética. Contém selênio ao invés de enxofre da cisteína. Na verdade derivada da serina, a selenocisteína é um constituinte de poucas proteínas conhecidas. AMINOÁCIDOS Aminoácidos incomuns também têm funções importantes Alguns resíduos de aminoácidos em uma proteína podem ser modificados transitoriamente, adição de grupos: •Fosforil •Metil •Acetil •Adenilil •ADP-ribosil Para aumentar ou diminuir a atividade de uma proteína. AMINOÁCIDOS Aminoácidos incomuns também têm funções importantes Cerca de 300 aminoácidos adicionais foram encontrados nas células. Eles têm várias funções, mas não são todos constituintes de proteínas. Ornitina e a Citrulina são intermediários-chave (metabólitos) na biossíntese de arginina e no ciclo da ureia. AMINOÁCIDOS Aminoácidos podem agir como ácidos e bases Os grupos amino e carboxila de aminoácidos, em conjunto com os grupos ionizáveis R de alguns aminoácidos, funcionam como ácidos e bases fracos. Quando um aminoácido sem um grupo R ionizável é dissolvido em água em pH neutro, ele permanece na solução como um íon bipolar, ou zwitteríon (do alemão “íon híbrido”), que pode agir como ácido ou base. Substâncias com essa natureza dupla (ácido- base) são anfotéricas e são frequentemente chamadas de anfólitos. Doador de prótons Aceptor de prótons AMINOÁCIDOS Aminoácidos têm curvas de titulação características A titulação ácido-base envolve a adição ou remoção gradual de prótons. •Os dois grupos ionizáveis de glicina (carboxila e amino), são titulados com uma base forte, como NaOH. •O gráfico tem duas fases distintas, correspondendo à desprotonação de dois grupos diferentes na glicina. Essa propriedade é a base para a eletroforese, um método para a separação de moléculas baseado em suas cargas. Esse método é útil na determinação da estrutura de proteínas e ácidos nucléicos. AMINOÁCIDOS Aminoácidos têm curvas de titulação características Em pH muito baixo, a espécie iônica predominante de glicina é a forma completamente protonada +H3N-CH2-COOH. No primeiro estágio da titulação, o grupo – COOH de glicina perde seu próton. No ponto médio desse estágio, estão presentes concentrações equimolares de espécies doadoras (+H3N-CH2-COOH) e aceptoras (+H3N-CH2-COO -) de prótons. Como na titulação de qualquerácido fraco, um ponto de inflexão é alcançado nesse ponto médio onde o pH é igual ao pKa do grupo protonado que está sendo titulado. AMINOÁCIDOS Aminoácidos têm curvas de titulação características Para a glicina, o pH no ponto médio é 2,34, portanto seu grupo –COOH tem um pKa de 2,34. (O pKa é uma medida da tendência de um grupo doar um próton, com essa tendência diminuindo dez vezes à medida que o pKa aumenta em uma unidade: 1,34 – 3,34). À medida que a titulação da glicina prossegue, outro ponto importante é alcançado no pH 5,97. Aqui há outro ponto de inflexão, no qual a remoção do primeiro próton está completa e a remoção do segundo apenas começou. Nesse pH, a glicina está presente em grande parte como o íon bipolar (zwitteríon) +H3N-CH2- COO- AMINOÁCIDOS Aminoácidos têm curvas de titulação características O segundo estágio da titulação corresponde à remoção de um próton do grupo –NH+3 da glicina. O pH no ponto médio dessa fase é 9,60, igual ao pKa para o grupo –NH + 3 A titulação está completa em um pH de cerca de 12, no ponto em que a forma predominante de glicina é H2N-CH2-COO - Obs: Apenas a histidina tem um grupo R (pKa = 6) que fornece um poder de tamponamento significativo próximo do pH neutro normalmente encontrado nos líquidos intracelulares e extracelulares dos animais e bactérias. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Os polipeptídeos que ocorrem biologicamente variam em tamanho de pequenos a muito grandes, consistindo em dois ou três a milhares de resíduos de aminoácidos ligados. Ligação peptídica: duas moléculas de aminoácidos são ligadas de modo covalente por meio de uma ligação amida substituída a fim de produzir um dipeptídeo. •Tripeptídeo •Tetrapeptídeo •Pentapeptídeo... PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS As proteínas podem ter milhares de resíduos de aminoácidos. As moléculas chamadas de polipeptídeos têm massas moleculares abaixo de 10.000, e as proteínas têm massas moleculares mais elevadas. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Nenhuma generalização pode ser feita sobre as massas moleculares de peptídeos e proteínas biologicamente ativos em relação às suas funções. Mesmo os menores peptídeos podem ter efeitos biologicamente importantes. Éster metílico de L-aspartil-L-fenilalanina, o adoçante artificial mais conhecido como aspartame ou NutraSweet. Dipeptídeo sintetizado comercialmente Ex2: Ocitocina (nove resíduos de aminoácidos), secretada pela glândula neuro- hipófise, que estimula as contrações uterinas. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Quão longo é o comprimento das cadeias polipeptídicas em proteínas? Os comprimentos variam consideravelmente. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Algumas proteínas consistem em apenas uma única cadeia polipeptídica, porém outras, chamadas de proteínas multissubunidade, tem dois ou mais polipeptídeos (idênticos ou diferentes) associados de modo não-covalente. Se pelo menos duas são idênticas, a proteína é chamada de oligomérica e as unidades idênticas são chamadas de protômeros. Hemoglobina: proteína multissubunidade. •Tetrâmero de quatro subunidades de polipeptídeos •Dímero de protômeros αβ. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Algumas proteínas contêm duas ou mais cadeias polipeptídicas ligadas covalentemente. As duas cadeias polipeptídicas da insulina são unidas por ligações dissulfeto. Em tais casos, os polipeptídeos individuais não são considerados subunidades, mas são comumente chamados de cadeias. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS Algumas proteínas contêm outros grupos químicos além dos aminoácidos. Proteínas Conjugadas: Proteínas que contêm componentes químicos permanentemente associados além dos aminoácidos. A parte não aminoácido de uma proteína conjugada é normalmente chamada de grupo prostético. •Lipoproteínas: contêm lipídeos ligados de forma covalente. •Glicoproteínas: contêm carboidratos ligados de forma covalente. •Metaloproteínas: contêm íons metálicos firmemente associados (mioglobina, hemoglobina, citocromos). Normalmente, o grupo prostético desempenha um papel importante na função biológica da proteína. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS A estrutura de proteínas: estrutura primária. O que torna uma proteína uma enzima, outra um hormônio, outra uma proteína estrutural e ainda outra um anticorpo? Como elas diferem quimicamente? As distinções mais óbvias são estruturais. Uma descrição de todas as ligações covalentes (principalmente ligações peptídicas e dissulfeto) ligando resíduos de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica é a sua estrutura primária, onde o elemento mais importante é a sequência de resíduos de aa. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS A estrutura secundária se refere a arranjos particularmente estáveis de resíduos de aminoácidos dando origem a padrões estruturais recorrentes. A estrutura terciária descreve todos os aspectos do enovelamento tridimensional de um polipeptídeo. Quando uma proteína tem duas ou mais subunidades polipeptídicas, seus arranjos no espaço são chamados de estrutura quaternária. A estrutura primária determina como a proteína se dobra em sua estrutura tridimensional única, e isso, por sua vez, determina a função da proteína. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS •As proteínas com funções diferentes sempre possuem sequências de aminoácidos diferentes. •Comparando proteínas funcionalmente semelhantes de diferentes espécies, foi descoberto que essas proteínas frequentemente têm sequências de aminoácidos semelhantes. Portanto, uma ligação íntima entre a estrutura primária da proteína e sua função é evidente. A sequência de aminoácidos é totalmente fixa ou invariável para uma determinada proteína? NÃO! Alguma flexibilidade é possível. Estima-se que 20 a 30% das proteínas humanas sejam polimórficas, possuindo variações nas sequências de aminoácidos na população humana. Muitas dessas variações na sequência têm pouco ou nenhum efeito na função da proteína. Porém, as regiões cruciais, essenciais para as funções, são conservadas. REFERÊNCIAS CAMPBELL, M. K. Bioquímica. 3° ed. Porto Alegre: Artmed Editora, 2000. MURRAY, R. K.; BENDER, D. A.; BOTHAM, K. M.; KENNELLY, P. J.; RODWELL, V. W.; WEIL, P. A. Bioquímica Ilustrada de Harper. 29 ed. Artmed, 2014. NELSON, D. L.; COX, M. M. Princípios de Bioquímica de Lehninger. 6 ed. Artmed, 2014.
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