Prova bio mol ufla resumo

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1.Tecnologia do DNA Recombinante
Conjunto de métodos usados para alterar, analisar, localizar, estudar sequências de DNA
Técnicas coletivas para obter, amplificar e manipular fragmentos específicos de DNA
2. Plasmídeos
Uma origem de replicação, um ou mais marcadores selecionáveis, um ou mais sítios de restrição.
Molécula de DNA circular presente em uma bactéria
3.Enzimas de restrição (chamadas também de endonucleases)
Oriundas de bactérias, cortam o DNA em sequências específicas
Reconhecem e fazem cortes bifilamentares em sequências específicas de nucleotídeos nas moléculas de DNA. (protege a bactéria contra a infecção de DNA estranho)
O número de sítios de restrição está relacionado ao número de fragmentos produzidos quando o DNA é cortado por uma enzima de restrição.
Enzimas de restrição são enzimas que realizam o corte entre nucleotídeos do DNA, Estas podem ser divididas em enzimas de corte raro e frequente. Enzimas de corte frequente -o sítio de restrição possui 4 pb- e enzimas de corte raro -sítio de restrição com 6 pb.
4. Vetor de expressão
Utilizados quando se quer, na clonagem gênica, não apenas replicar o gene, mas... proteína que ele codifica
Garante a transcrição e a tradução do gene exógeno inserido -> sequências adicionais
*Eles contêm sequências de óperon que o DNA inserido seja transcrito e traduzido; Elas também contêm sequências que regulam, ligando ou desligando, o gene desejado.
Os vetores de expressão são vetores de clonagem que possuem todos os elementos genéticos que permitem a expressão de proteínas recombinantes. Se os elementos genéticos permitem a expressão em células bacterianas, este é um vetor de expressão procarioto. Contudo, bactérias não são capazes de processar o RNAm de eucariotos e, neste caso, os insertos a serem utilizados devem ser derivados de bibliotecas de cDNA. 
Os vetores de expressão são utilizados quando a busca de uma determinada seqüência se faz por meio da detecção da proteína por ela codificada. Para isso, o sítio múltiplo de clonagem é inserido próximo à região promotora. 
O RNAm pode, então ser traduzido em proteínas funcionais. Assim, o vetor de expressão possibilita a produção de proteínas diferentes das normalmente produzidas pela célula por meio de um DNA externo.
5. Biblioteca de cDNA
Coleção de clones (conjunto de colônias ou fagos) contendo apenas sequências de DNA que são transcritas em mRNA
6.Clonagem gênica
Formação de muitas cópias gênicas idênticas replicadas a partir... introduzido numa célula hospedeira
Introdução de vetores recombinantes únicos em bactérias receptoras, amplificação dessas moléculas como resultado da tendência natural desses vetores em se replicar.
Conjunto de técnicas que permite o isolamento de fragmentos gênicos. Possibilita o isolamento e multiplicação de genes in vitro para posterior análise/caracterização.#
7. Genoma, transcriptoma e proteoma
Genes, transcritos e proteínas de um determinado organismo (??)
(***não é a resposta literal, tá bem longe disso)
Genômica: campo da genética que tenta compreender o conteúdo, organização, função e evolução da informação genética contida em genomas inteiros.
Genoma: todo DNA existente no organismo 
Genoma de uma espécie: É a informação completa de sequências de DNA de regiões que codificam para genes, e de regiões não codificadoras. Plantas e seres humanos: estima-se que 5% ou menos do genoma correspondem a sequências codificadoras de genes cuja expressão produz proteínas e enzimas com atividade biológica. Ainda não foi estabelecida a função do restante do genoma (95%), o DNA lixo, (Junk DNA); Presume-se que estas sequências teriam papel fundamental em eventos evolutivos, assim como, na regulação da expressão de determinados genes. 
Trascriptômica: Isolar e caracterizar o RNA (ciência que estuda os transcritos) 
Transcritoma: conjunto de transcritos
Proteômica: Isolar e caracterizar proteínas expressas em uma célula ou tecido
Proteoma: Conjunto de todas as proteínas expressas por um genoma
*Um genoma possui vários transcriptomas
- Genômica estrutural: identifica, isola e caracteriza os genes
- Genômica funcional: descreve a função dos genes por meio do conhecimento de como eles interagem, pra definir um fenótipo determinado.
-Genômica comparativa: compara e estuda a evolução do genoma
8.Vetor de clonagem
Possui uma origem de replicação, um ou mais marcadores selecionáveis e um ou mais sítios únicos de restrição
Molécula de DNA estável replicante, em que um fragmento de DNA exógeno pode ser ligado para a introdução em uma célula.
Pra um plasmídeo ser um bom vetor de clonagem, deve: possuir uma origem de replicação, apresentar dois ou mais sítios únicos de clivagem e possuir um gene que codifica um produto que distingue a célula transformada da não transformada.
9. Genômica funcional
Descreve a função biológica dos genes mediante o conhecimento de como eles interagem para definir um genótipo determinado.
Obtenção do mRNA, construção de bibliotecas de DNA complementar (cDNA), clonagem do cDNA em vetores apropriados, biblioteca de cDNA, adquire um número elevado de sequências parciais de genes expressos em uma determinada situação e sequências expressa (EST).
10.Aulas de biologia molecular
Teoria do fluxo da informação
B.
 Para obter clones positivos, digere-se o DNA genômico e de plasmídeo com certa enzima.... seguida, utiliza-se um antibiótico para a seleção. Escolha dentre os pares (enzima e antibiótico) listados abaixo, o mais apropriado e justifique.
Eco RI e Ampicilina
Foi escolhido a ECO RI pois a enzima de restrição usada tem que ser a mesma para cortar tanto DNA genômico quanto de plasmídeo, além disso a enzima tem sítio de restrição nos dois. A Sal I não poderia ser utilizada pois ela cortaria uma pequena parte do gene de interesse, levando a uma perda de função. A ampicilina foi usada pois caso o DNA se recombinasse ao usar o antibiótico as bactérias cresceriam normalmente, pois são resistentes e caso não houvesse a recombinação as bactérias morreriam pois seriam susceptíveis 
C. Explique a sentença: “A estrutura primária dita a estrutura secundária de uma proteína”
A estrutura primária de uma proteína é a sequência linear de aminoácidos que forma a molécula. É a base da identidade de uma proteína. A modificação de apenas um aminoácido, altera a estrutura primária e cria uma proteína diferente.
Tanto o estabelecimento de pontes de hidrogênio como o de outros tipos de ligações dependem da seqüência de aminoácidos que compõem a proteína. Uma alteração na seqüência de aminoácidos (estrutura primária) implica em alterações nas estruturas secundária e terciária da proteína. Como a função de uma proteína se relaciona com sua forma espacial, também será alterada.  Um exemplo clássico é a anemia falciforme. Nessa doença hereditária, há uma troca na cadeia de aminoácidos da hemoglobina (substituição de um ácido glutâmico por uma valina). Isto acaba por determinar mudanças na hemácia, célula que contém a hemoglobina, que assume o formato de foice quando submetida a baixas concentrações de oxigênio. Muitas proteínas são formadas pela associação de dois ou mais polipeptídeos (cadeias de aminoácidos). A maneira como estas cadeias se associam constitui a estrutura quaternária dessas proteínas. 
D. Explique a importância do gene repórter no processo de clonagem gênica
São genes que possuem fluorescências detectáveis e são utilizados na engenharia genética. São inseridos e se ligam ao gene de interesse, reportando a presença deste, através da emissão de fluorescência por exemplo, e sendo detectável através de imunocitoquímica.
o gene repórter é ligado junto com o gene de interesse, e ambos são regulados pelo mesmo promotor
 Um gene-repórter na técnica de engenharia genética (como transgenia), é inserido conjuntamente com outros genes ou sequências de interesse. (A atividade do gene repórter pode ser acompanhada mais facilmente - por exemplo, o gene da aquaporina produz umaproteína fluorescente verde (ela brilha no escuro e produz uma luz esverdeada), se esse gene é colocado junto com um outro gene A, se a célula (ou o organismo) apresentar um brilho esverdeado, então é quase certo que o gene A também estará presente. Então esse gene reporta - daí o nome - a presença de outro gene, que é o de interesse.
Reporta uma informação, mostra indiretamente a expressão de outros genes, associa o gene a uma sequência promotora.
E. A figura abaixo representa um gel cujo o segmento de DNA foi tratado com BamHI?... a partir da observação do padrão de bandeamento, esquematize o mapa de restrição desses ?genes?
 EcoRI BamHI EcoRI
 1300Kb
EcoRI
 700 300 300
BamHI
 900 400
BamHI+
EcoRI 700 200 100 300
Eletroforese:
Separação das proteínas, pela carga, submetidas a um campo elétrico
A velocidade depende da força do campo elétrico da carga total e do tamanho da molécula
PCR: (Reação em Cadeia da Polimerase)
Pode ser realizada in vitro e visa amplificar uma cadeia específica de DNA
Síntese de DNA através da DNA polimerase e do primer que seleciona a sequência que vai ser replicada.
Fases: Desnaturação (dá origem a duas cadeias simples), hibridização (primers hibridam com DNAs molde nas regiões complementares) e extensão (síntese das cadeias complementares por meio da ação da polimerase).
PCR em tempo real (vantagem:ciclo mais rápido, mais específico ; Desvantagem: requer alto treinamento técnico e suporte, alto custo do equipamento)
* É baseado na detecção e quantificação de um sinal fluorescente, gera um sinal que é acumulado e emitido durante a amplificação.
Hibridação Southern(DNA): cliva, fragmenta, transfere pra membrana, desnatura, hibrida, detecta polimorfismo de DNA ou mutação.
Pra quê? -> alteração em 1 nucleotídeo, detecta deleções, rearranjos, inserções, ordena fragmentos de DNA em mapa físico, fragmentos de cromossomo.
Nothern blotting(RNA): desnatura, transfere pra membrane, hibrida
Pra quê? -> ver se tem diferença na expressão, o quanto tem (no mutante tem muito mais sinal porque é mais transcrito), estuda o padrão temporal da expressão durante o crescimento do indivíduo.
Western blotting (proteína): separação e caracterização, desnaturação, transferência pra membrana por força elétrica, proteína alvo identificada e revelação.
Pra quê? -> identificar a proteína alvo, informa o tamanho e a quantidade de proteínas
Aquecer desnatura as proteínas, separando-as por tamanho 
SDS-Page-> gel desnaturante, se tem ponto isoelétrico anulou as cargas e pára.
Eletroforese 2d: Focalização isoelétrica e SDS-Page
DNA arrays: em um cm² coloca todos os genes (microarray-> chip de DNA)
Detecção de mutações gênicas, de polimorfismo, de expressões gênicas em diferentes tecidos sob diversas condições, sequenciamento do DNA e genotipagem.
Slide de CLONAGEM GÊNICA:
Transformação: capacidade das bactérias captarem o DNA do ambiente externo, plasmídeo recombinante é introduzido numa bactéria (“pega o DNA e insere na célula bacteriana pra multiplicar”+-)
O que é transgenia?
Inserção de um ou mais genes de indivíduos diferentes da mesma espécie ou de espécies diferentes num indivíduo receptor.
Como encontrar sequências de DNA numa célula a ser clonada? -> clonar primeiro e depois encontrar.
Uma biblioteca genômica contém todas as sequências de DNA encontradas no genoma de um organismo.
Uma biblioteca de cDNA contém apenas as sequências de DNA que são transcritas em mRNA
Slide Análise Funcional:
A presença de uma região codificadora não necessariamente implica que essa sequência será transcrita e traduzida. A sequência promotora de um gene, assim como, a presença de outras seqüências reguladoras (cis-acting-elements; enhancers; etc), é que irão regular quando, onde e como um gene será transcrito
Sequenciamento: identificar quais são os nucleotídeos e suas funções; permite um mapa físico.
Contig -> conjunto de dois ou mais fragmentos superpostos de DNA formam um trecho continuo de DNA.
Microarranjos: detectar simultaneamente a expressão de muitos genes. Podem ser usados pra comparar níveis de expressão gênica em diferentes células.
Objetivos de um proteoma:
Esclarecer as proteínas envolvidas em diferentes rotas metabólicas dos diversos processos celulares
Identificar novos alvos farmacológicos e marcadores moleculares relacionados a diversas patologias
Caracterização das respostas celulares a determinadas drogas, doenças e mudanças ambientais
*cromatografia, espectrometria, etc...
SÓ PERGUNTAS SEM RESPOSTA:
1.Tecnologia do DNA Recombinante
2. Plasmídeos
3.Enzimas de restrição
4. Vetor de expressão
5. Biblioteca de cDNA
6.Clonagem gênica
7. Genoma, transcriptoma e proteoma
8.Vetor de clonagem
9. Genômica funcional
10.Aulas de biologia molecular
D. Explique a importância do gene repórter no processo de clonagem gênica
B.
 Para obter clones positivos, digere-se o DNA genômico e de plasmídeo com certa enzima.... seguida, utiliza-se um antibiótico para a seleção. Escolha dentre os pares (enzima e antibiótico) listados abaixo, o mais apropriado e justifique.
Eco RI e Ampicilina
C. Explique a sentença: “A estrutura primária dita a estrutura secundária de uma proteína”
E. A figura abaixo representa um gel cujo o segmento de DNA foi tratado com BamLLL?... a partir da observação do padrão de bandeamento, esquematize o mapa de restrição desses ?genes?