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1. Defina aminoácidos. Dê a fórmula geral. É uma molécula orgânica que contém um grupo amina e um grupo carboxila, e uma cadeia lateral que é específica para cada aminoácido. 2. Quantos e como são classificados os aminoácidos (padrão) constituintes de proteínas? Quais são as classes existentes? Dê exemplos. São 20 e são classificados de acordo com os seus grupos R (cadeias laterais). Exemplos: Aminoácidos com cadeias laterais não polares e alifáticas (Prolina), com cadeias laterais aromáticas (Tirosina), com cadeias laterais polares não carregadas (Glutamina), ácidos (ácidos glutâmico) e básicos (Lisina). 3. O que são aminoácidos especiais ou raros em proteínas? Dê exemplos. São aqueles que sofrem modificação na estrutura da cadeia lateral após sua incorporação na cadeia polipeptídica. Ex.: Desmosina e Selenocisteína. 4. O que são aminoácidos essenciais? Liste-os. São aqueles que não podem ser produzidos/sintetizados pelo organismo, mas que são necessários, sendo então obtidos na dieta. São 10: arginina, fenilalanina, isoleucina, leucina, lisina, metionina, serina, treonina, triptofano e valina. 5. a) O que são proteínas de alto valor biológico? Existem diferenças entre o valor biológico de proteínas vegetais e animais? Explique. São aquelas que contêm todos os aminoácidos essenciais em quantidades e proporções ideais para atender às necessidades orgânicas. Os alimentos de alta qualidade proteica são essencialmente de origem animal, enquanto a maioria das proteínas vegetais (lentilhas, feijões, ervilhas, soja, etc) é incompleta em termos de conteúdo proteico e, portanto, possui um valor biológico relativamente menor. b) Nas proteínas vegetais de leguminosas e gramíneas, quais são os aminoácidos que geralmente limitam o valor biológico dessas proteínas? Lisina e metionina. 6. Defina peptídeos. Demonstre a formação de uma ligação peptídica. São pequenas cadeias de aminoácidos unidos por ligações peptídicas. 7. Dê exemplos de peptídeos com atividade biológica. Alguns exemplos de peptídeos naturais (com atividade biológica) são: ocitocina, bradicinina, tireotrofina e encefalinas. 8. As proteínas podem ser classificadas quanto à forma em dois grandes grupos. Quais são? Cite três diferenças básicas entre os mesmos. Explique o porquê das diferenças de solubilidade em H2O entre os dois grupos. Dê pelo menos três exemplos de proteínas pertencentes a cada classe. São classificadas quanto à forma em fibrosas e globulares. Três diferenças básicas entre elas são: 1. As fibrosas tem forma alongada enquanto as globulares tem forma compacta ou esférica. 2. As fibrosas são geralmente insolúveis em água enquanto as globulares são geralmente solúveis em água. 3. As fibrosas têm funções estruturais enquanto as globulares têm funções dinâmicas. As fibrosas são geralmente insolúveis em água, pois têm grande concentração de aminoácidos hidrofóbicos enquanto as globulares são geralmente solúveis em água, pois seus aminoácidos hidrofóbicos localizam-se internamente e os hidrofílicos ocupam a superfície externa. Exemplos: Fibrosas: colágeno, actina e queratina. Globulares: hemoglobina, mioglobina, imuglobina. 9. Como são classificadas as proteínas quanto à composição química? Explique e dê exemplos de cada classe. São classificadas em dois grupos: proteínas simples e proteínas conjugadas. Proteínas simples são aquelas compostas apenas por aminoácidos (ex.: albuminas, globulinas e estereoproteínas). Proteínas conjugadas são aquelas que além de aminoácidos, possuem compostos não proteícos chamados de grupos prostéticos (ex.: glicoproteínas, lipoproteínas e nucleoproteínas). 10. As proteínas desempenham grande variedade de funções nos organismos vivos, apresentando funções dinâmicas como defesa (imunoglobulinas), catálise (enzimas) ou transporte de nutrientes (albuminas) ou estruturais, como as queratinas e o colágeno. O desempenho dessas funções requer que essas proteínas adquiram uma estrutura tridimensional característica. A organização tridimensional de uma proteína, desde a seqüência de aminoácidos, passando pelo enrolamento da cadeia polipeptídica, até a associação de várias cadeias, pode ser descrita em níveis estruturais de complexidade crescente (estrutura primária, secundária, terciária e quaternária). a) Defina estrutura primária de proteínas. Que tipo de ligação mantém esse nível de organização? Que relação existe entre estrutura primária de proteínas e código genético? Que relação tem esse nível estrutural com os níveis de maior complexidade? A estrutura primária é dada pela sequência de aminoácidos ao longo da cadeia polipeptídica (ligações covalentes). São específicas para cada proteína, sendo geralmente determinados geneticamente; sendo formada a síntese de mRNA no núcleo, que se movimenta para o citoplasma e forma a síntese da proteína (DNA -> RNA -> proteína). É o nível estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molécula e determinam a função da proteína. b) Conceitue estrutura secundária de proteínas. Comente os tipos de estruturas secundárias mais conhecidas, especificando as ligações químicas que as mantêm. Faça um esquema desses arranjamentos. Dê pelo menos um exemplo de proteína que apresentam esse nível estrutural em sua conformação. É dada pelo arranjo espacial de aminoácidos próximos entre si na sequência primária da proteína. Os tipos de estruturas secundárias principais são: - Alfa-hélice: enrolamentos da cadeia ao redor de um eixo, presentes na estrutura secundária dos níveis de organização das proteínas. São estruturas cilíndricas estabilizadas por pontes de hidrogénio entre aminoácidos. As cadeias laterais dos aminoácidos encontram-se viradas para fora. Ocorrência: alfa-queratina. - Folhas beta: padrão estrutural encontrado em várias proteínas, nas quais regiões vizinhas da cadeia polipeptídica associam-se por meio de ligações de hidrogénio, resultando em uma estrutura achatada e rígida. Esta é também uma estrutura estável na qual os grupos polares da cadeia polipeptídica associam-se por meio de ligações de hidrogénio um ao outro. As cadeias laterais encontram-se acima e abaixo do plano, alternadamente. Ocorrência: beta-queratina. c) Explique estrutura terciária de proteínas, esquematizando as ligações químicas que mantêm esse nível de organização. Cite exemplos de proteínas em que essa organização se faz necessária para que suas funções sejam desempenhadas. São as interações entre os grupamentos das cadeias laterais (R) dos diferentes aminoácidos que compõem a cadeia polipeptídica. São enovelamento das cadeias. Mantida pelas seguintes ligações químicas: pontes dissulfeto (única covalente), pontes de H, forças de Van der Waals, ligações iônicas, interações hidrofóbicas. Exemplo de proteína em que essa organização se faz necessária para que suas funções sejam desempenhadas: mioglobina. d) O que é estrutura quaternária de proteínas? Que ligações químicas mantêm esse nível estrutural? É a associação de 2 ou mais cadeias polipeptídicas, mantida por ligações químicas de pontes de H, forças de Van der Waals, ligações iônicas, interações hidrofóbicas. 11. Sobre desnaturação protéica responda: a) Conceito de desnaturação protéica. É a perda da estrutura tridimensional da proteína com consequente perda da função biológica. b) Ligações químicas envolvidas no processo e exemplos de agentes desnaturantes. Quando as proteínas sofrem desnaturação não ocorre rompimento de ligações covalentes do esqueleto da cadeia polipeptídica, preservando a seqüência de aminoácidos característica da proteína. Agentes desnaturantes: Aumento de temperatura (cada proteína suporta certa temperaturamáxima, se esse limite é ultrapassado ela desnatura), extremos de pH, solventes orgânicos miscíveis com a água (etanol e acetona), solutos (ureia), exposição da proteína a detergentes, agitação vigorosa da solução proteica até formação abundante de espuma. c) Níveis estruturais proteicos que poderão estar envolvidos na desnaturação. A desnaturação ocorre quando a proteína perde sua estrutura secundária e/ou terciária, ou seja, o arranjo tridimensional da cadeia polipeptídica é rompido. Estrutura quaternária pode ser rompida também. d) O processo de desnaturação é essencialmente irreversível? Justifique. Não. O processo de desnaturação é em sua maioria irreversível, mas existem casos que é possível a renaturação, como no caso da ribonuclease que pode voltar a ter a sua estrutura terciária correta. 12. Considerando o conhecimento já adquirido sobre a relação existente entre estrutura tridimensional e função biológica de proteínas, explique, exemplificando, como a substituição de um resíduo de aminoácido ou mudança de posição na estrutura primária poderá alterar a função biológica de uma proteína (O caso da anemia falciforme pode ser utilizado na resolução desse exercício). Uma substituição de aminoácido ou mudança de posição na estrutura primária pode alterar a função biológica da proteína. Nestes casos de mutações regionais muitas vezes a proteína ganha uma função adicional, além da que ela continua a cumprir. São muito raras, porque normalmente uma mutação reduz ou elimina uma ou mais funções da proteína (nem por isso as mutações têm um sentido evolutivo ou lógico). Um exemplo é o da anemia falciforme, com mutação de um único aminoácido. Ao contrário das hemoglobinas normais, as falcêmicas agregam-se quando desoxigenadas, formando fibras que deformam as hemácias, mas sem perda da capacidade de transportar oxigênio.
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