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Ciclo do Ácido Cítrico Ainda na matriz mitocondrial ocorrerá um conjunto de oito reações também conhecidas como Ciclo de Krebs. O acetil-CoA produzido na descarboxilação oxidativa do piruvato se funde ao oxaloacetato e da início ao ciclo. Tem como produtos um FADH2, um NADH e um GTP. Devido o seu caráter metabólico, catabólico e anabólico, é considerado como rota anfibólica, de degradação e construção de substâncias com finalidade de produzir energia suficiente para as atividades desenvolvidas pela célula. Primeira reação: Condensação da Acetil-CoA e Oxaloacetato em Citrato pela citrato sintase, havendo a liberação de Coenzima A. Segunda reação Há um isomerização da molécula de citrato, através de desidratação e hidratação, convertendo-a a isocitrato. Terceira reação O isocitrato sofre uma descarboxilação pela enzima isocitrato desidrogenase, formando o alfa-cetoglutarato. Há liberação de CO2 e formação de um NADH. Quarta reação O alfa-cetoglutarato sofre também uma descarboxilação pela enzima alfa-cetoglutarato desidrogenase, formando Succinil CoA. Dessa descarboxilação é liberado CO2 novamente e essa saída de CO2 é que permite a entrada da Coenzima A para a formação do Succinil CoA; um NADH formado. Quinta reação O succinil CoA sofre fosforilação pela succinil-coA-sintetase, formando succinato. A saída da coenzima A fornece energia e permite a união de um fosfato inorgânico a um GDP, formando um GTP. Succinato-desidrogenase não está na matriz e sim na membrana interna. Participa também da cadeia transportadora de elétrons. Sexta reação Succinato sofre desidrogenação pela Succinato desidrogenase, formando Fumarato. Há redução de FAD em FADH2. FADH2 é formado. Sétima reação Fumarato é hidratado pela fumarase, gerando malato. Oxaloacetato é o último produto formado e um dos dois primeiros reagentes do ciclo .Oitava reação Malato sofre desidrogenação pela malato desidrogenase e forma oxaloacetato, fechando o ciclo; há formação de NADH+H.
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