Execício de bionformática

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Atividade Bioinformática
Questão 1 - Doença e bactéria misteriosas
Vários pacientes de uma região muito pobre começaram a apresentar febre alta, mal estar e um quadro de tumefacoes ganglionares (bubos) na regiao inguinal. A taxa média de sobrevivência destes pacientes chegava a ser menor que 25%. Amostras de sangue de pacientes que não resistiram à doença foram coletadas e foram detectadas grandes quantidades de bactérias. Uma proteína, cuja seqüência esta abaixo (em vermelho), foi isolada desta bactéria. Uma equipe de estudantes da UFBA, especializados em bioquímica, foi chamada para elucidar o caso.
SDKIIHLSDD SFDTDVLKAS GLVLVDFWAE WCGPCKMIAP ILDEIAEEYE GRLTIAKLNI DDNQGTAPKY GIRGIPTLLL FRDGEVVATK VGALSKGQLK AFLDANL
Utilizando métodos de bioinformática, descubra:
a) Qual é esta proteína?
b) Qual sua função?
c) Descreva a estrutura 3D desta proteína destacando a presença de estruturas secundárias e como elas estão organizadas.
d) Tente fazer alguma correlação entre a estrutura da proteína com sua função.
e) Qual o organismo patogênico em questão, e qual a doença? 
Questão 2 - Proteínas malignas
Durante uma expedição numa ilha da Oceania, alguns médicos se depararam com pacientes que apresentam os seguintes sintomas: ataxia (falta de controle motor), demência, mioclonia (contração muscular involuntária).
Amostras foram coletadas durante a autópsia de vários indivíduos acometidos pela doença. Foram analisadas diversas seqüências de peptídeos (fragmentos de proteínas) e três delas chamaram a atenção dos pesquisadores. As seqüências estão listadas abaixo:
pep1: GGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDR
pep2: YSNQNNFVHDCVNITIKQHT
pep3: DVKMMERVVEQMCITQY
Analise as sequências e responda:
a) De acordo com suas análises, quantas e quais proteínas estão envolvidas na enfermidade? Por quê?
b) Quantos resíduos de aminoácidos compõem a(s) proteína(s)?
c) Qual a estrutura desta(s) proteína(s)? Indique regiões de estrutura secundária e possíveis regiões não estruturadas.
d) Dê seu diagnóstico para doença e seu agente causador.
e) Estude sobre esta doença e tente explicar por que o canibalismo foi associado ao aparecimento da doença.