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Estrutura dos vírus genoma capsídeo Figura 1º aula Alguns tem envelope Tudo graças a um Argentino, hehehe Cesar Milstein (o hermano) e George Kohler - (1975) Figura 1º aula O princípio é o mesmo, a metodologia variaFigura 1º aula Figura 1º aula Figura 1º aula Figura 1º aula Figura 1º aula HIVHIV Figura 1º aula Figura 1º aula Figura 1º aula Figura 1º aula Figura 1º aula Função e formação da partícula viral Figura 2º aula Figura 2º aula Agentes físicosGenoma viral Figura 2º aula Agentes físicos Agentes químicos Agentes mecânicos Nucleasses Genoma viral capsídeo Alem disso... Os capsídeos (em alguns casos o envelope) possuem proteínas que se ligam às proteínas das células hospedeiras ativando a infecção. Figura 2º aula E também Em retrovírus Figura 2º aula RNA DNA Como os vírus têm vários alvos, eles tem que adquirir diferentes estruturas estratégicas para poder ser propagar... Capsídeo Helicoidal O vírus do tabaco é o mais usado como modelo de vírus helicoidal. Inicialmente se acreditava que a forma irregular dos monômeros formava um disco e que estes se empilhavam formando o cilindro, mas por Raios X foi mostrado Figura 2º aula mas por Raios X foi mostrado que era uma estrutura helicoidal. Como toda hélice ele pode ser denominado por um valor P obtido a partir da fórmula: µ= nº monômero por volta p = distância por volta O valor P do vírus do tabaco é 16,3. Figura 2º aula Figura 2º aula Porque se usam os arcos? Figura 2º aula Quanto maior a proteína, maior o gene que a codifica Melhor usar muitas subunidades pequenas Figura 2º aula subunidades pequenas que poucas grandes. O tamanho do capsídeo vai ser similar, mas o genoma menor Figura 2º aula Figura 2º aula Figura 2º aula Figura 2º aula Figura 2º aula As partículas de vírus envelopados são formadas por brotamento a partir da membrana da célula hospedeira durante o qual a partícula fica envolvida por uma bicamada lipídica derivada da membrana Figura 2º aula derivada da membrana celular. Em alguns vírus, a montagem da estrutura da partícula e o brotamento acontece simultaneamente, enquanto que em primeiro se forma o capsídeo e depois ele brota levando com ele o envelope. Figura 2º aula Vírus grande (200-400nm) Forma oval ou de “ponte” Possui duas membranas e mais de 100 proteínas No caso do vírus extracelular tem duas membranas e intracelular uma, a membrana externa vem do retículo Poxvirus Figura 2º aula intracelular uma, a membrana externa vem do retículo endoplasmático Figura 2º aula Figura 2º aula Figura 2º aula As técnicas de biomol melhoradas pela virologia molecular hoje permitem a geração de virus recombinantes utilizados para o estudo funcional destes. Ou seja, desde que estes infectam as células (a partir de agora vamos usar a palavra “transdução” para nos referirmos a este fenômeno) até que eles saem destas. Para gerar os vírus recombinantes, células denominadas “empacotadoras” são “transfectadas” com DNA contendo toda a informação para geração de um vírus. Figura 3º aula informação para geração de um vírus. Célula empacotadoraPlasmídeo Vírus Transfecção Transdução Figura 3º aula Complementação Alélica Não alélica Mesmo gene com domínios diferentes para diferentes funções Diferentes genes (mais frequente) Figura 3º aula Mistura fenotípica Figura 3º aula Este fato ocorre naturalmente e é muito usado (artificialmente) na terapia gênica Segundo sequência de DNA e propriedades biológicas divide em três subfamílias Figura 3º aula O genoma da família Herpesviridae possui uma estrutura similar com duas seções Unicas ligadas covalentemente. Figura 3º aula Figura 3º aula Figura 3º aula Figura 3º aula Figura 3º aula Vírus com RNA de fita positiva de plantas A maioria (mas não todos) dos virus RNA de plantas são de polaridade positiva. O modelo mais estudado é o vírus mosaico do tabaco (TMV) com 6,4Kb Possui cap 5’ metilado, mas sem poliA no 3’. Porem nesta última existem estruturas secundárias Figura 3º aula Figura 3º aula Influenza virus As linhagens A e B possuem 8 segmentos de RNA (-), e a linhagem C tem 7. Todos os segmentos estão caracterizados e com exceção dos segmentos 7 e 8, cada segmento codifica um gene Figura 3º aula Os oito segmentos possuem sequências similares nas extremidades 3’ e 5’, necessárias para a replicação; As extremidades são complementares e podem formar panhandle; Figura 3º aula Figura 3º aula O vírus Ty de leveduras não é um vírus estritamente falando e sim um retrotransposon Ele tem um tamanho de aprox. 6 Kb e podem existir ao redor de 6 cópias na maioria das linhagens de Saccharomyces cerevisiae Figura 3º aula Figura 3º aula Figura 3º aula Figura 3º aula No caso do Hepadnavírus e caulimovírus a estratégia é um pouco diferente do HIV. Eles também usa um sistema de transcritase reversa, mas no final da fase infecciosa pois eles são vírus de DNA dupla fita do tipo “gapped” 3 transcritos (3,5; 2,4 e 2,1 Kb) Igual 3’ e diferentes 5’ Figura 3º aula C: proteínas do capsídeo. P: polimerase. S: antígeno de superficie: pre-S1, pre-S2, and S. X: transactivador da transcrição do vírus (e possíveis genes celulares). Experimento conhecido como “Experimento conhecido como “simplesimple burstburst” (” (estoroestoro simples) ou simples) ou ““oneone stepstep growthgrowth curve” (curva de crescimento de um curve” (curva de crescimento de um pasopaso). ). Este experimento permite ver os três passos principais da replicação viral 1- Início da infecção; 2- Expressão e replicação do genoma viral; 3- liberação da partícula viral madura. Figura 4º aula 3- liberação da partícula viral madura. Como é feito o experimentoComo é feito o experimento bacteriófago bactérias Bactérias lavadas (sincronização) Figura 4º aula Centrifugar Misturar Ensaio de placas Procariotos = minutos Eucariotos = horas Figura 4º aula Segundo experimento chave...Segundo experimento chave... bacteriófago bactérias S35P32 Infecção das bactérias com os Figura 4º aula Incubação 24 Hs P32 S35 Coleta de vírus bactérias com os vírus radiativos Figura 4º aula O ciclo de replicação viralO ciclo de replicação viral O ciclo de replicação pode ser dividido em oito etapas (puramente arbitrárias): Reconhecimento/ligação, Penetração, desmontagem, expressão gênica, replicação, montagem, maturação, liberação Figura 4º aula Reconhecimento em Reconhecimento em RinovirusRinovirus Figura 4º aula O receptor em Influenza vírusO receptor em Influenza vírus Figura 4º aula Figura 4º aula Figura 4º aula Figura 4º aula DesmontagemDesmontagem Uma vez dentro, o vírus deve ser desmontado expondo o seu material genético para que a expressão gênica e replicação deste aconteçam. (este processo é pouco estudado e, por tanto, pouco entendido) Figura 4º aula Classe I: DNA dupla fita. Esta classe pode ser subdividida em outros dois grupos: (a) A replicação é exclusivamente nuclear, de modo que a replicação desses vírus é relativamente dependente de fatores celulares, e (b) A replicação ocorre no citoplasma (Poxviridae), caso em que os vírus desenvolveram (ou adquiriram) todos os fatores necessários para a transcrição e replicação do seu genoma e são em grande parte independentes da maquinaria celular. Figura 4º aula Classe II: DNA simples fita. A replicação ocorre no núcleo, envolvendo a formação de um intermediário dupla fita, que serve como molde para a síntese do DNA simples fita. Figura 4º aula Classe III: RNA dupla fita. Esses vírus têmgenomas segmentado. Cada segmento é transcrito separadamente para produzir individual mRNAs monocistrônicos. Figura 4º aula Classe IV: RNA simples fita (+). Estes podem ser subdivididos em dois grupos: (a), vírus com mRNA policistrônico, como com todos os vírus desta classe, o RNA genómico forma um mRNA que é traduzido para formar como produto uma poliproteína, que é posteriormente clivada para formar as proteínas maduras. (B) Vírus com transcrição complexa, têm duas rodadas de tradução (por exemplo, togavírus) ou RNAs subgenômico (por exemplo, tobamovirus) são necessários para produzir o RNA genômico. Figura 4º aula Classe V: RNA simples fita (-). Os genomas destes vírus podem ser divididos em dois tipos: (a) Genomas não segmentados (ordem Mononegvirus), para o qual o primeiro passo a replicação é a transcrição do RNA genómico (-) pela RNA polimerase viral dependente de RNA para produzir mRNAs monocistronic, que também servem de molde para a replicação do genoma subseqüente. (Nota: Alguns destes vírus também podem ter uma organização do tipo ambisense.) (b) genomas segmentados (Orthomyxoviridae), a replicação ocorre no núcleo, onde são gerados mRNAs monocistrônicos para cada um dos genes do vírus. Estes mRNAs são produzidos pela transcriptase do vírus a partir do genoma do vírus. Figura 4º aula Classe VI: RNA simples fita (+) com intermediário de DNA. Retrovírus possuem genomas com RNA (+), entretanto eles são os únicos diplóides e cujo RNA (+) não servem diretamente como mRNA, mas como um modelo para a transcrição reversa que gerará o DNA. Figura 4º aula Classe VII: DNA dupla fita com intermediário de RNA. Este grupo de vírus também depende de transcrição reversa, mas, ao contrário dos retrovírus (classe VI), esse processo ocorre dentro da partícula do vírus durante a maturação. Na infecção de uma nova célula, o primeiro evento que ocorre é o reparo do genoma com lacunas, seguido por transcrição. Figura 4º aula Figura 4º aula Figura 5º aula N codifica uma proteína antiterminadora que atua como um fator ρ (rho) alternativo, para a RNA polimerase da célula hospedeira, modificando sua atividade e permitindo a transcrição a partir de PL e PR. Q é um antiterminador semelhante ao N, mas este só permite a transcrição a partir de PR. Figura 5º aula Figura 5º aula α: mRNAs Imediatamente precoces (IE) que codificam cinco reguladores da transcrição do vírus que atuam em trans; β: (atrasados) mRNAs iniciais que codificam proteínas reguladoras não Figura 5º aula proteínas reguladoras não estruturais e algumas proteínas estruturais menores; γ: mRNAs tardios que codificam as proteínas estruturais mais importantes. Figura 5º aula Figura 5º aula Figura 5º aula Figura 5º aula Figura 5º aula Figura 5º aula CONTROLE TRANSCRICIONAL DA EXPRESSÃO GÊNICA Vírus SV40 (poliomavírus – Classe I) É o grande modelo eucariota Figura 5º aula Figura 5º aula Vírus da leucemia de células T humanas (HTLV) e vírus da imunodeficiência humana (HIV) Figura 5º aula Figura 5º aula Figura 5º aula precoces Figura 5º aula Ativadores transcricionaisFigura 5º aula Figura 5º aula Adenovírus também é modelo para transporte nuclear Não codifica peptídeos Ajuda na saída do mRNA Figura 5º aula Transcrita por RNApol III Um caso similar pode acontecer com as proteínas rev de HIV ou rex de HTLV Figura 5º aula Figura 5º aula Figura 5º aula
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