genomica final web high
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genomica final web high


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Web gerado e cujos dados serão processados por um script 
CGI. A Figura BB1 apresenta este script. A biblioteca CGI é usada para produzir o 
Figura 12. Script Perl para a geração de HTML simples.
Figura 13. Script Perl para a geração de HTML usando a biblioteca CGI.
Construindo bancos de dados biológicos 79
conteúdo HTML dos diferentes campos do formulário (textfield, textarea, checkbox, 
radio_group, e submit), bem como para recuperar o valor desses campos. A condição 
da linha 7 do código verifica se o campo chamado botao não está definido. Se não 
estiver definido, o código das linhas 8 a 13 produzirá o formulário HTML, caso já esteja 
definido, o código das linhas 15 a 25 produzirá uma página HTML com o resultado 
do processamento das informações passadas pelo usuário. A Figura 14 apresenta 
o formulário a ser preenchido pelo usuário e a Figura 15 apresenta o resultado do 
processamento desse formulário.
No material suplementar deste livro você encontrará um script CGI Perl que produz 
um formulário HTML. Esse formulário será capaz de receber um arquivo contendo 
uma lista de identificadores de sequência, copiar esse arquivo localmente, buscar no 
GenBank cada uma das sequências e imprimir seus dados no formato FASTA.
Permitindo interação Web com um banco de dados
É possível utilizar informações recebidas por scripts CGI Perl para consultar ou 
atualizar o banco de dados. Para isto, basta combinarmos o recebimento de informações 
de formulários HTML com o uso de bancos de dados dentro de um script Perl.
No material suplementar deste livro você encontrará um script CGI Perl que 
produz um formulário HTML que permite ao usuário escolher qual termo procurar 
no banco de dados.
Figura 14. Script Perl para a geração e processamento de um formulário HTML.
Ciências genômicas: fundamentos e aplicações80
Bibliografias
ALTSCHUL, S; GISH, W; MILLER, W; MYERS, E; LIPMAN, D. Basic local alignment search tool. 
Journal of Molecular Biology. 1990. 215 (3): 403\u2013410.
CHROMATIC. Modern Perl. Onyx Neon Press, pp. 2004, 2012.
BIOPERL. QUICK START, 2013. Disponível em h ttp://www.bioperl.org/wiki/Quick_start . Acessado 
em 24/02/2013
MUSCIANO, C.; KENNEDY, B. HTML & XHTML: The Definitive Guide, 6th Edition. O\u2019Reilly Media, 
pp. 680, 2009.
MySQL. MySQL 5.6 Reference Manual, 2013. Disponível em http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/
en/ . Acessado em 24/02/2013
POE, C.. Beginning Perl. Wrox, pp. 744, 2012.
WEINMAN , W.E.. The CGI Book. New Riders Pub, pp. 304, 1996.
Figura 15. Formulário HTML produzido pelo script da Figura 14.
Figura 16. Página HTML com o resultado do processamento dos dados.
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Genômica comparativa
Francisco Prosdócimi
Leandro Marcio Moreira
Introdução: por que comparar genomas?
Desde que os primeiros genomas começaram a ser produzidos na década de 90 
(Capítulo 2), os pesquisadores perceberam que a informação de um único genoma 
era difícil de ser analisada separadamente. A compreensão da biologia e a busca por 
explicações do tipo \u201cpor que\u201d nos estudos da vida sempre tiveram suas respostas na 
análise comparativa e evolutiva das informações dispostas. Um exemplo que retrata 
bem esta perspectiva tem relação com a evolução do sistema nervoso em primatas 
(Figura 1). Jamais descobriríamos que uma das grandes características da evolução 
humana foi um enorme desenvolvimento do córtex cerebral a partir de nossos 
ancestrais primatas, se não tivéssemos meios de comparar os crânios para percebermos 
as novidades evolutivas que ocorreram ao longo da nossa evolução e da evolução em 
diversos grupos animais. Essas novidades evolutivas percebidas na comparação entre 
clados é conhecida em biologia com o nome de apomorfia.
Atualmente, todo o tipo de informação biológica que tende a responder 
alguma pergunta com relação à motivação de um organismo possuir determinada 
característica baseia-se, essencialmente, na observação da função dessa característica/
órgão/sequência de DNA e a presença ou ausência dessa mesma característica em 
organismos de outros grupos animais.
Nesse mesmo contexto, vale notar a tentativa de alguns cientistas em realizar uma 
analogia da genômica com a anatomia. Portanto, comparar presença ou ausência de 
órgãos em organismos ou presença ou ausência de genes em genomas retratam, de 
forma mais geral, o mesmo tipo de pensamento científico que utilizamos para descobrir 
a evolução do cérebro no desenvolvimento dos primatas.
O conhecimento da anatomia foi de extrema importância para a compreensão geral 
da organização dos organismos biológicos. Lineu, ainda no século XVI, foi capaz de 
Ciências genômicas: fundamentos e aplicações82
realizar categorizações bastante detalhadas da relação de parentesco entre os mais 
diversos grupos de organismos baseado apenas na semelhança ou diferença entre as 
formas básicas dos animais.
É evidente que Lineu cometeu equívocos. No entanto, sua classificação foi e é 
ainda bastante usada como modelo estrutural para a categorização dos organismos 
vivos, tanto no que concerne ao sistema cladístico básico e a divisão dos organismos 
em reinos, filos, classes, ordens, etc., quando ao sistema binomial de classificação 
biológica. Também no século XIX, os grandes naturalistas e exploradores utilizaram 
as informações e as comparações da anatomia/morfologia dos organismos vivos para 
classificar e conhecer diversas novas espécies desconhecidas dos Europeus, que 
passaram a serem descobertas nas Américas e por todo o globo.
Talvez o exemplo de maior repercussão tenha sido correlacionado com a diferença 
entre os bicos dos tentilhões (diversas espécies do gênero Thraupidae). Estas aves 
habitavam diferentes ilhas do arquipélago de Galápagos e foram modelos cruciais 
para Darwin erigir a teoria que viria a ser considerada a base explicativa de toda a 
biologia desde então (Figura 2). Segundo observações do naturalista, os tentilhões 
com diferentes formas de bico tinham também diferentes hábitos alimentares, o que 
o levou a sugerir uma adaptação local de cada pássaro à dieta mais comum em cada 
uma das ilhas, tendo assim o vislumbre intelectual para a descoberta do mecanismo 
de seleção natural.
Diante do que fora anteriormente descrito, fica evidenciado que o conhecimento 
da anatomia de um organismo é importante principalmente porque permite catalogar 
e inferir funções prováveis de órgãos. Tais funções podem ser então comparadas 
Figura 1. Correlação e evolução no tamanho de cérebros entre diferentes vertebrados. Em amarelo 
destacam-se os tamanhos totais aproximados dos cérebros de cada organismo em destaque. A 
referência de tamanho pode ser tomada com base no quadrado pontilhado que possui aresta de 5 
cm. Para tornar a análise mais interessante, procure comparar as dimensões do cérebro entre si, 
mas também com as dimensões corporais relativas das espécies em questão (modelo sombreado 
posicionado ao lado). Observe que nos primatas as dimensões cerebrais são evidenciadas.
Genômica comparativa 83
entre diferentes organismos vivendo em diferentes habitats, competindo de forma 
diferenciada com indivíduos de sua própria espécie ou de outras espécies.
A questão da anatomia versus a genômica precisa, no entanto, ainda ser melhor 
explorada. Assim como os dados de anatomia, os dados de genomas podem ser 
considerados, rigorosamente falando, apenas informações descritivas sobre os 
organismos e não encerram em si mesmos nenhum tipo de informação. Entretanto, 
quando comparamos o número de apêndices motores ou o tamanho e a similaridade 
geral entre formas anatômicas de organismos, conseguimos entender as relações 
evolutivas entre eles, conseguimos criar hipóteses para explicar as diferenças nas 
anatomias e podemos também tentar entender como a seleção natural atuou ao longo 
da evolução daquele organismo de forma a selecionar as variantes mais adaptadas a 
um