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1º Período APOSTILA DE BIOMOL Volume 2 Biologia Molecular à PCR Feito por: Bruno Aguiar (Turma XXXVII) Conteúdo da Teoria 1. Introdução à Biologia Molecular ............................................................................................. 1 1.1 Nucleotídeos ............................................................................................................................ 1 1.1.1 Grupo fosfato .................................................................................................................... 1 1.1.2 Pentose ............................................................................................................................... 1 ...................................................................................................................................................... 2 ...................................................................................................................................................... 2 1.1.3 Base Nitrogenada ............................................................................................................. 2 1.2 Ligação entre nucleotídeos ................................................................................................... 3 1.3 Características do ADN .......................................................................................................... 3 1.4 Características do ARN ........................................................................................................... 4 1.4.1 ARNm .................................................................................................................................. 4 1.4.2 ARNt .................................................................................................................................... 4 1.4.3 ARNr .................................................................................................................................... 4 1.5 Produto do ADN e ARN: as proteínas ................................................................................... 5 1.5.1 Classes de aminoácidos .................................................................................................. 5 1.5.2 Ligação peptídica ............................................................................................................ 5 2. Replicação do ADN .................................................................................................................. 6 2.1 Características da replicação ............................................................................................... 6 2.2 Enzimas envolvidas na replicação ........................................................................................ 7 2.2.1 Proteína iniciadora............................................................................................................ 7 2.2.2 Topoisomerase................................................................................................................... 7 2.2.3 Helicase .............................................................................................................................. 7 2.2.4 SSB ....................................................................................................................................... 8 2.2.5 Primase ............................................................................................................................... 8 2.2.6 DNA polimerase ................................................................................................................ 8 2.2.7 DNA ligase .......................................................................................................................... 8 2.3 Mecanismos de replicação ................................................................................................... 9 2.3.1 Na fita 3’ → 5’ .................................................................................................................. 10 2.3.2 Na fita 5’ → 3’ .................................................................................................................. 10 2.4 Telômeros ................................................................................................................................ 11 2.4.1 Mecanismo dos telômeros ............................................................................................ 11 .................................................................................................................................................... 11 Feito por: Bruno Aguiar (Turma XXXVII) 2.4.2 Telomerase ....................................................................................................................... 11 3. Transcrição ................................................................................................................................ 12 ........................................................................................................................................................ 13 3.1 ARNm ....................................................................................................................................... 13 3.1.1 Modificação na terminação 5’ .................................................................................... 13 3.1.2 Modificação na terminação 3’ .................................................................................... 13 3.1.3 Splicing .............................................................................................................................. 14 3.2 ARNt ......................................................................................................................................... 14 3.3 ARNr ......................................................................................................................................... 15 4. Tradução ................................................................................................................................... 16 4.1 Ativação do aminoácido ..................................................................................................... 16 4.2 Iniciação ................................................................................................................................. 16 4.3 Alongamento ......................................................................................................................... 16 4.4 Finalização .............................................................................................................................. 17 4.5 Enovelamento ........................................................................................................................ 18 5. Código genético ...................................................................................................................... 19 5.1 Características principais ..................................................................................................... 19 5.2 Traduzindo o material genético .......................................................................................... 19 5.3 Mutações ................................................................................................................................ 21 5.3.1 Espontâneas .................................................................................................................... 21 5.3.2 Induzidas ........................................................................................................................... 21 ....................................................................................................................................................21 Mutações pontuais .................................................................................................................. 21 5.3.3 Neutra ............................................................................................................................... 21 5.3.4 Errônea (missense) .......................................................................................................... 21 5.3.5 Sem sentido (nonsense) ................................................................................................. 21 Mutações de deslocamento ................................................................................................. 21 5.3.6 Frameshift ......................................................................................................................... 21 6. Extração de Ácidos Nucléicos ............................................................................................... 22 7. PCR ............................................................................................................................................. 25 8. Patologias dos seminários ....................................................................................................... 28 7.1 Fibrose Cística......................................................................................................................... 28 7.1.1 Como ocorre ................................................................................................................... 28 7.1.2 Consequências ............................................................................................................... 29 7.1.3 Diagnóstico ...................................................................................................................... 29 7.2 Alzheimer ................................................................................................................................. 29 Feito por: Bruno Aguiar (Turma XXXVII) 7.2.1 Etiologia ............................................................................................................................ 29 7.2.2 Fisiopatologia ................................................................................................................... 30 7.2.3 Estágios da doença ........................................................................................................ 31 7.2.4 Diagnóstico ...................................................................................................................... 32 7.2.4 Tratamento ....................................................................................................................... 32 Feito por: Bruno Aguiar (Turma XXXVII) Esse material foi feito por alunos da instituição e tem o intuito de auxiliar os estudantes de medicina na matéria de Biomol do primeiro período, utilizando como fonte os materiais disponibilizados pela professora Maria Emília e monitores. Obs.: por segurança, use outros métodos de estudo além deste. Feito por: Bruno Aguiar (Turma XXXVII) 2017/1 TEORIA E X E R C Í C I O S 1. Introdução à Biologia Molecular 1.1 Nucleotídeos São formados por nucleotídeos constituidos de: Grupo fosfato Pentose (Açúcar) Base nitrogenada (Púrica ou pirimídica) 1.1.1 Grupo fosfato Se origina da remoção de um átomo de hidrogênio da estrutura do ácido fosfórico ( H3PO4 ) 1.1.2 Pentose É um açúcar cíclico que possui 4 átomos de carbono e um de oxigênio no anel, e com um anexo metil em seu ciclo. Ele se diferencia quando analisado o ARN e ADN. Pentose Pentose Obs.: quando um nucleotídeo não possui grupo fosfato ele se torna um nucleosídeo DEFINIÇÃO GERAL Há um dogma (hoje não completamente válido por causa da transcriptase reversa) da Biologia Molecular, descrito em 1958 por Francis Crick e James Watson, o qual diz que um ADN dá origem a outro ADN e, esse, pode dar origem a um ARN que poderá originar uma proteína. A informação genética é perpetuada por meio das sequências de ácidos nucléicos. Sua função é expressa através das proteínas advindas de suas informações. Nesse ramo da ciência existe uma sequência de estudo dos ADNs, ARNs e proteínas: Estrutura Função Síntese Biologia Molecular é o termo genérico que abrange o estudo da codificação e fluxo da informação genética através do ADN e ARN e sua manipulação em laboratório. Obs.: para saber sobre a história, acesse os slides disponibilizados no portal do aluno. Fonte: Slides da Maria Emília Pentose Pentose Base (púrica) Base (pirimídica) Fosfato Fosfato E X E R C Í C I O S 1.1.3 Base Nitrogenada Existem dois tipos de bases nitrogenadas: Bases púricas: Bases pirimídicas No ácido ribonucleico No ácido desoxirribonucleico A hidroxila extra, presente na ribose, torna a cadeia de ARN mais reativa (inclusive com a própria fita). Sem a presença de hidroxila, no carbono 2’, a molécula de ADN é mais estável por não possuir esse grupo funcional. A contagem dos carbonos se inicia no sentindo do oxigênio à ramificação (nessas imagens em sentido horário) Adenina (A) Guanina (G) Citosina (C) Timina (T) Exclusiva de ADN Uracila (U) Exclusiva de ARN RIBOSE DESÓXIRIBOSE E X E R C Í C I O S 1.2 Ligação entre nucleotídeos Para formar as moléculas de ADN e ARN, é necessário que ocorra ligação covalente entre os nucleotídeos (nt) por meio de pontes de fosfato. 1.3 Características do ADN As fitas de nucleotídeos do ADN são sempre ligadas por meio de ligações de hidrogênio entre bases pirimídicas e bases púricas. Percebe-se que entre uma G e C existe 3 pontes de hidrogênio e entre uma A e T existem apenas 2 pontes. Isso é devido às conformações moleculares que permitem as interações químicas entre bases. Obs.: Há bases púricas e pirimídicas em cada fita. Não confunda de haver apenas púricas em uma fita e pirimídicas em outra. A imagem ao lado permite essa interpretação, porém essa lógica é errada. Guanina Citosina Adenina Timina Púricas Pirimídicas Hidroxila aderida ao carbono 3’ da pentose 1º do nt Fosfato aderido ao carbono 5’ da pentose do 2º nt Ponte de fosfato O sentido das fitas de ARN e ADN seguem uma logica de iniciar em um carbono 5’ (ramificado)do açúcar e finalizar a sequência em um carbono 3’ em um outro açúcar. Por isso dizem que o sentido da vida é de 5’ para 3’. E X E R C Í C I O S Além disso, existe em cada nucleotídeo características hidrofóbicas (bases nitrogenadas) e lipofóbicas (carboidrato e fosfato). A primeira está localizada na partemais interna da molécula, no entanto, as duas últimas estão mais externas. 1.4 Características do ARN É uma molécula intermediária na síntese de proteínas e é composto por apenas uma fita de nucleotídeos (com a troca da Timina por Uracila). Pode possui formas variadas devido sua maleabilidade. 1.4.1 ARNm São responsáveis por transmitir as informações advindas do ADN. 1.4.2 ARNt Transportam aminoácidos para os ribossomos sintetizarem proteínas. 1.4.3 ARNr Têm o objetivo de estruturar o ribossomo com diversas proteínas aderidas ao ARNr. 5’ 3’ 3’ 5’ Outra característica dessa estrutura é a sua formação antiparalela, ou seja: enquanto uma fita está se iniciando em um sentido, a fita complementar se forma em sentido oposto. Obs.: Esta conformação em fitas antiparalelas levará à necessidade de mecanismos especiais para a replicação do ADN, o que será visto em breve. ARNm ARNt ARNr Ribossomo + Aminoácidos + Proteínas ribossomais Processamento E X E R C Í C I O S 1.5 Produto do ADN e ARN: as proteínas Os peptídeos são macromoléculas responsáveis por estruturar a maioria dos componentes do organismo e são constituídas de partículas menores, os aminoácidos. Elas são o produto da expressão genética do ADN ou ARN (dependendo do ser vivo). 1.5.2 Ligação peptídica 1.5.1 Classes de aminoácidos Naturais: o organismo é capaz de sintetizar 12 dos 20 existentes. Ex.: alanina e tirosina Essenciais: o organismo não é capaz de sintetizar e são obtidos na alimentação. Ex.: lisina e isoleucina Aminoácido 1 Aminoácido 2 Ligação peptídica Carboxila Amina Dipepidídeo Quando há ligações entre aminoácidos, dá-se o nome de ligação peptídica. Essa ligação acontece quando as interações químicas entre uma função amina se interage com o grupo carboxila de moléculas diferentes de aminoácidos. Após a reação, acontece uma desidratação e a ligação é feita. E é importante saber que, independe do tamanho da cadeia proteica, sempre terá um grupo amina em uma ponta e carboxila em outra. Água Para outras informações sobre as proteínas, procure o material de bioquímica para aprofundar-se nos conceitos E X E R C Í C I O S 2. Replicação do ADN 2.1 Características da replicação DEFINIÇÃO GERAL Essa característica molecular de se duplicar é o que permite a perpetuação de informações através das gerações. Por meio de fatores e acessórios esse fenômeno é possibilitado. A replicação do ADN se inicia antes da divisão celular e, especificamente nos eucariotos, na fase S da interfase. Essa replicação ocorre de forma bidimensional, a partir de cada origem de replicação. A fidelidade da replicação é muito grande, com uma média de apenas um erro por bilhão de nucleotídeos incorporados após a síntese e correção dos erros durante e imediatamente após a replicação. Envolve três etapas: Iniciação Ampliação/alongamento Término Os homens já são capazes de duplicar o material genético de forma artificial em laboratórios por meio do PCR. As principais enzimas que atuam nesse processo são: Proteína iniciadora Topoisomerase Helicase SSB Primase DNA polimerase DNA ligase A replicação do ADN é semiconservativa, dessa forma, toda fita neoformada do material genética apresenta apenas uma advinda de sua fita mãe. Como pode-se perceber na imagem ao lado, o material advindo da primeira molécula mãe fica em apenas dois segmentos de ADN. As demais fitas são hibridas, por possuírem material doado de outra molécula. Mas, para isso, a dupla hélice do ADN necessita girar e se desenrolar para que enzimas atuem. E X E R C Í C I O S 2.2 Enzimas envolvidas na replicação 2.2.1 Proteína iniciadora 2.2.2 Topoisomerase 2.2.3 Helicase É sintetizada no final de G1 e se ligam aos sítios específicos do ADN, denominados de origens de replicação sequências de nucleotídeos especiais. A ligação promove separação das fitas do ADN expondo pequeno número de bases sem pareamento. Observações: • Número de origens de replicação é variável dependendo da espécie ou do grupo de organismos; • Genoma das bactérias: apenas uma origem de replicação. Obs.: imagine as fitas abaixo na forma helicoidal. Elas estão retilíneas apenas por motivos didáticos Ela é uma proteína anelar que se encaixa no material genético sendo responsável por deixar a fita de ADN retilínea como a imagem do tópico anterior. Aliviando a torção na região onde será feita a replicação. Fragmentos de Okazaki DNA polimerase DNA polimerase DNA ligase RNA primer Primase Topoisomerase SSB DNA polimerase Fita Guia Fita Descontínua Sentido da réplica Braçadeira deslizante Helicase Topoisomerase E X E R C Í C I O S 2.2.4 SSB 2.2.5 Primase 2.2.6 DNA polimerase 2.2.7 DNA ligase Ela é a responsável por se mover entre as fitas duplas cortando-as. Para isso, ela utiliza energia da hidrólise de ATP para separar as fitas da molécula de ADN. SSB Ligam-se a cada uma das fitas impedindo a religação das mesmas. Dessa forma, essas proteínas são responsáveis por dar estabilidade à molécula durante sua replicação. Helicase Primase Catalisa a síntese de ADN por meio de um segmento curto de ARN complementar inserido em determinado ponto do gene, sinalizando onde será o início da replicação. Isso acontece quando, a partir desse seguimento de ARN, são anexados nucleotídeos de ADN. Catalisam adição de nucleotídeos no radical hidroxila da extremidade 3’da cadeia que está se formando. Assim as fitas só podem crescer no sentido 5’ ao 3’. No entanto, elas não quebram as pontes de hidrogênio, apenas alongam uma fita de ADN. DNA polimerase E X E R C Í C I O S 2.3 Mecanismos de replicação No momento da replicação, as proteínas iniciadoras podem se ligar a vários sítios para possibilitar uma área de atividade replicadora muito maior. A partir de cada origem de replicação, forquilhas são formadas (em sentidos opostos possibilitando a replicação bidirecional) entre as fitas, distanciando-as uma da outra. Obs.: As enzimas topoisomerase, helicase, SSB afastam progressivamente as fitas de ADN, permitindo a entrada dos nucleotídeos complementares. DNA ligase Liga os segmentos de nucleotídeos na fita descontínua, mais especificamente, unindo os fragmentos de Okazaki com a adição de um “tampão” de nucleotídeo na região entre os fragmentos. DNA ligase A partir disso, as DNA polimerases entram em ação fazendo a ligação dosnucleotídeos na nova fita de ADN a partir da extremidade 3’ do carbono que possui um OH livre (sempre 5’ → 3’) fazendo os reparos necessários, conforme o ilustrado nesta imagem à direita. Como a DNA polimerase só pode deslizar no sentido 5’ → 3’, adicionar novos nucleotídeos, na extremidade 3’- OH livre, acaba por crescer a fita no sentido da forquilha de replicação e outra no oposto. a outra será produzida em direção oposta ao do deslocamento da forquilha E X E R C Í C I O S 2.3.1 Na fita 3’ → 5’ 2.3.2 Na fita 5’ → 3’ Segmentos polinucleotídicos curtos (RNA primers) se ligam a fita molde: formando um complexo. Enquanto a DNA polimerase se ligará a este complexo deslocará em sentido oposto ao da abertura da forquilha é necessário que periodicamente a DNA polimerase retorne à forquilha de replicação e sintetize um novo trecho de ADN. Existe um nucleotídeo com um OH livre. Uma nova base se liga na fita velha e, em seguida, a polimerase faz a ligação entre os dois nucleotídeos. A síntese do ADN prossegue na direção 5’ → 3’ e, a partir da fita de sentido 3’→ 5’, ocorrerá a formação de fita contínua na mesma direção do movimento da forquilha. Existe um nucleotídeo com um fosfato livre. Uma nova base se liga na fita velha. No entanto, a polimerase não conseguirá fazer a ligação entre os dois nucleotídeos. Formação da fita descontínua ocorre em direção oposta ao movimento da forquilha fita será produzida aos poucos: pedaços denominados fragmentos de Okazaki E X E R C Í C I O S 2.4 Telômeros O ADN linear possui duas extremidades aonde podemos encontrar os telômeros. Elas são regiões não codificantes de proteínas, assim como a região do centrômero. Eles são segmentos de nucleotídeos responsáveis pela proteção do material genético codificante. Obs.: somente células eucariotas possuem telômeros. 2.4.1 Mecanismo dos telômeros Estima-se que os telômeros dos cromossomos humanos percam cerca de 100 pares de base em cada divisão mitótica. Isso representa cerca de 16 sequências repetitivas TTGGGG. Após 125 divisões mitóticas os telômeros desaparecem e as células morrem. Então o encurtamento dos telômeros, associado às divisões celulares, limita o tempo de vida das células somáticas. No entanto, alguns tipos celulares não ocorre o encurtamento dos telômeros, como por exemplo, as células estaminais e células cancerosas. O principal mecanismo de manutenção do tamanho do telômero é o acréscimo de sequências repetitivas pela telomerase 2.4.2 Telomerase A telomerase é uma ribonucleoproteína (RNP) que consiste de uma parte proteica e de uma molécula de ARN. Ela reconhece a sequência do telômero estabelece ligação com o ADN e estende a fita molde na direção de 5' → 3' acrescentando uma nova repetição TTGGGG de cada vez. Além disso, a telomerase possui no seu interior uma fita de ARN que serve de molde para a extensão dos telômeros. De certo modo essa enzima faz uma "transcrição reversa" pois a partir do molde de ARN constrói um novo segmento de ADN na extremidade do cromossomo. Telomerase Nucleotídeo Fita de ARN ADN Divisão celular Telômero Célula Núcleo Cromosso mo “Transcriptase reversa” E X E R C Í C I O S 3. Transcrição É um processo que constitui do reconhecimento pela RNA polimerase de um segmento, na molécula de ADN, chamado de Promotor (região promotora). Nessa região promotora há uma sequência de nucleotídeos denominada TATA Box (TATAAAA), a qual é responsável por ligar a enzima da RNA polimerase em sua fita. DEFINIÇÃO GERAL Consiste da síntese de RNA a partir do DNA. Ela é realizada pela enzima: RNA polimerase Existe RNA polimerase: ADN dependente: transcrição do DNA ARN dependente: replicação do genoma de alguns vírus de ARN Esta enzima reconhece o sítio de iniciação do gene e identifica a cadeia do ADN em que está contido, iniciando a transcrição. Células eucarióticas: uma RNA polimerases para cada tipo de ARN Polimerase I: sintetiza ARN ribossômico Polimerase II: sintetiza ARN mensageiro Polimerase III: sintetiza ARNt e ARNsn (envolvidos em vários processos de manutenção do telômero) Obs.: Outras polimerases sintetizam ARN dentro da mitocôndria e, também, nos cloroplastos. E X E R C Í C I O S 3.1 ARNm Antes de ir para o citosol, o ARNm sofre modificações no núcleo, conhecida como maturação do ARNm (Pré-ARNm). Sequência de modificações: 1) Na terminação 5’ 2) Na terminação 3’ 3) Através do Splicing Obs.: Transcrição ocorre no núcleo e tradução no citoplasma. E o ARNm precisa ser maturado para participar da tradução 3.1.1 Modificação na terminação 5’ Nesse processo há a adição de uma estrutura chamada cap 5’. Sem essa microestrutura, a tradução das proteínas não ocorre, pois os ARNt a reconhece e se liga na estrutura e, além disso, o ribossomo também pode se ligar a ela para que ele possa se mover ao longo do ARNm para que a tradução ocorra. Há, também, indícios de que ela influencie na remoção dos íntrons e na estabilidade físico-química da molécula. o Íntrons: região que “não” codifica do ARN o Éxons: região de suma importância do ARN Mecanismo da modificação 1. Adição de um nucleotídeo extra na terminação 5’ 2. Metilação na base do nucleotídeo recém adicionado 3. Adição de um grupo metil no açúcar de um ou mais nucleotídeos 3.1.2 Modificação na terminação 3’ Ocorre a adição de 50 a 250 adeninas na porção 3’, região conhecida como: cauda polyA. Estes nucleotídeos não são codificados no ADN, mas são adicionados após a transcrição em um processo chamado poliadenilação A importância da adição da cauda polyA confere estabilidade ao RNA, aumentando o tempo pelo qual o ARNm permanece intacto e disponível para a tradução antes da sua degradação no citoplasma. Cap 5’ Calda polyA E X E R C Í C I O S 3.1.3 Splicing Outra grande modificação que ocorre no pré-ARNm é a remoção dos Íntrons pelo processo chamado de Splicing. Estas reações ocorrem em um complexo chamado spliceosomo, que consiste em diversas moléculas de ARN e proteínas conjugadas. 3.2 ARNt Esse emaranhado de nucleotídeos é responsável por transportar aminoácidos para os ribossomos em processo de tradução do ARNm. Em uma visão plana, eles têm um formato de folha de trevo, possuindo anticódon e uma região onde os aminoácidos se ligam. E X E R C Í C I O S 3.3 ARNr É uma das moléculas componentes da estrutura dos ribossomos, auxiliando-o a ter sua forma característica para abrigar a fita de ARNm e ARNt Obs.: Ribossomos eucariontes possuem 4 moléculas ARNr Anotações _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ ______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ E X E R C Í C I O S 4. Tradução 4.1 Ativação do aminoácido Ativação realizada pelo aminoacil-RNAt sintetase, formando um complexo entre ARNt e aa. 4.2 Iniciação A iniciação ocorre graças aos fatores de iniciação. Primeiramente, o ARNm se liga à subunidade 40S (menor) do ribossomo e a proteína é ligada ao cap 5’ (sítio de ligação), formando o complexo de iniciação (pareamento ARNm com ARNt). O primeiro ARNt possui o anticódon UAC (conecta-se ao AUG do ARNm) de um lado e o aa Metionina do outro. O AUG que será o códon de iniciação mais próximo do Cap 5’. Em seguida, a subunidade 60S (maior) do ribossomo liga-se ao conjunto ARNm + ARNt, ficando o ribossomo funcional. 4.3 Alongamento DEFINIÇÃO GERAL O objetivo de todo material genético é que sua função seja de alcançar essa etapa da manutenção vital, que é a tradução das informações advindas dos genes por meio do ARNm (já pronto). Essa é a fase que consiste na transformação de informação em material físico. Tal material são as proteínas. Após a migração do RNAm para o citoplasma ocorre a tradução. Cada aa formados são por causa de 3 nt enfileirados, conhecidos como: códon, Trio ou triplete. Para a tradução ocorrer é necessário que haja uma atividade concomitante entre os seguintes compostos: ARNm + ARNr + ARNt + aa Consiste em 5 fases Ativação do aminoácido Iniciação Alongamento Finalização Enovelamento e processamento pos- transcricional do polipeptideo E (exit), P (peptidil) e A (aminoacil) O metionil-RNAt fica ligado ao sítio P quando o ribossomo se fecha E X E R C Í C I O S A proteína nascente é alongada pela ligação de novos aminoácidos em sua cadeia. O próximo aminoacil-ARNt (complexo de união entre ARNt e aa) pareia ao segundo códon do ARNm entrando no sítio A. Os aminoacil-ARNt acompanhados por um fator de alongamento + GTP. Quando o ARNt encontra o códon correspondente no ARNm, o GTP (Trifosfato de guanosina) é hidrolisado e o fator de alongamento liberado. Após liberação do fator de alongamento, ocorre a ligação peptídica, que é catalisada pela subunidade maior do ribossomo. Nesse instante ocorre transferência da MET para o aminoacil-ARNt no sítio A, enquanto o sítio P fica agora com o ARNt sem aa. Então, ocorre translocação do ribossomo, pois ele se move um códon (3 bases) na direção 3‘. O ARNt vazio desloca-se para sítio E O segundo ARNt possui os 2 primeiros aa no sítio P Próximo aminoacil-ARNt pareia ao segundo códon no sítio A 4.4 Finalização Alongamento da cadeia continua até códon de terminação apareça no sítio A. Códon terminação: UAA, UAG, UGA Não existe anticódons para códons de finalização - Códons de terminação são reconhecidos por fatores de terminação proteicos - RNAm se solta do ribossomo - Subunidades ribossomais se separam Proteína sendo formada Fator de terminação Enovelamento E X E R C Í C I O S 4.5 Enovelamento A proteína necessita ser preparada para que ela possa ser útil ao organismo. Elas podem sofrer muitas adições covalentes pós-transcricionais que modulam a atividade de muitas de suas cadeias. Acetilação Glicosilação Oxidação Ubiquitação ADP-ribosilação Anotações _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ ______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ ______________________________________________________________________________________ E X E R C Í C I O S 5. Código genético 5.1 Características principais O código genético é a relação entre sequência de bases no ADN, transcritas em ARN, para que e a sequência correspondente de aminoácidos na proteína seja expressa. Vários trios podem codificar o mesmo aminoácido, sendo esses trios sinônimos (degenerado). Ex.: a prolina é codificada por CCU, CCA, CCG e CCC 5.2 Traduzindo o material genético DEFINIÇÃO GERAL Uma proposta brilhante sugerida por vários pesquisadores, e depois confirmada por métodos experimentais, foi de que cada três letras (trinca de bases) do ADN corresponderia a uma “palavra”, isto é, um aminoácido. Nesse caso, haveria 64 combinações possíveis de três diferentes aminoácidos. O código genético do ADN se expressa por trincas de bases, que foram denominadas códons. Cada códon, formado por três letras, corresponde a um certo aminoácido. A correspondência entre o trio de bases no ADN, o trio do ARN e os aminoácidos por eles especificados constitui uma mensagem em código que passou a ser conhecida como código genético. Mas, surge um problema. Como são vinte os diferentes aminoácidos, há mais códons do que tipos de aminoácidos. Deve-se concluir, então, que há aminoácidos que são especificados por mais de um códon, o que foi confirmado por meio de experimentos. Dessa forma, diz-se que o código genético é degenerado porque cada “palavra” pode ser especificada por mais de uma trinca. Sinal de iniciação: códon AUG Sinal de terminação: códons UAG, UAA e UGA Sentido da movimentação do ribossomo Sentido da tradução do ARNm E X E R C Í C I O S Ação da RNA polimerase Ação do Ribossomo 5’ 3’ 5’ 3’ TAC AAT GCC GGG C T T CAT AUG UUA CGG CCC GAA GUA 5’ 3’ Cap 5’ MET LEU ARG PRO GLU VAL Calda polyA AUG UUA CGG CCC GAA GUA Movimento do ribossomo E X E R C Í C I O S 5.3 Mutações 5.3.1 Espontâneas Erro natural durante a replicação do ADN. 5.3.2 Induzidas Produzidas por agentes mutagênicos aumentam a taxa de mutação espontânea do ADN (agentes químicos ou radiação). Mutações pontuais São mutações onde há uma troca de nucleotídeo por outro 5.3.3 Neutra Não altera o resultado da tradução, ou seja: há troca de nt, porém, pelo fato de o código genético ser degenerado, o mesmo aminoácido é produzido. Esse fenômeno é também conhecido como mutação silenciosa. 5.3.4 Errônea (missense) A alteração de um nt causa a má formação de proteínas. Um aminoácido trocado pode causar danos macroscópicos de grande magnitude. Ex.: Anemia falciforme (troca da A do códon GAG por U, tornando-o GUG). 5.3.5 Sem sentido (nonsense) Ocorre quando há um códon de parada em local não esperado, interrompendo, assim, a síntese proteica antes do tempo. Mutações de deslocamento Adição ou perda de um ou mais nucleotídeos do gene 5.3.6 Frameshift É uma mutação de inserção e/ou de deleção. Normal Deleção Inserção Transcrição Transcrição Transcrição Deslocamento de Quadro de Leitura E X E R C Í C I O S 6. Extração de Ácidos Nucléicos DEFINIÇÃO GERAL E X E R C Í C I O S E X E R C Í C I O S E X E R C Í C I O S 7. PCR DEFINIÇÃO GERAL E X E R C Í C I O S E X E R C Í C I O S E X E R C Í C I O S 8. Patologias dos seminários 7.1 Fibrose Cística A fibrose cística é uma doença genética autossômica recessiva. A doença ocorre devido a alterações no gene CFTR, que causa um defeito no transporte de íons através da membrana celular, gerando problemas nas secreções corpóreas de um modo geral. 7.1.1 Como ocorre O CFTR facilita o transporte de cloro para dentro e para fora das células. Quando ocorre uma mutação desse gene a sua síntese não é feita corretamente. Diferentes defeitos nessa síntese geram consequências diferentes, como diminuição do número de proteínas ou do numero de proteínas funcionas produzidas, ou até mesmo a ausência da proteína. Com isso a transferência de cloreto de sódio é interrompida, causando desidratação e aumento da viscosidade das secreções, principalmente nos pulmões. Deficiência dos canais de cloro impede a absorção de cloreto devido à exigência de eletroneutralidade, há a absorção de Na+ e água pela célula. Logo, ocorre a desidratação das secreções mucosas, aumentando a viscosidade do muco e obstruindo os ductos, repercutindo em uma reação inflamatória. E X E R C Í C I O S 7.1.2 Consequências Produção de muco espesso e acúmulo nas vias do corpo e em órgãos – como pulmões, pâncreas, fígado e intestino. Nos pulmões, este acúmulo de secreção associa-se ao aparecimento de bactérias que causam infecções graves e constantes, causando inflamação pulmonar e colocando a saúde dos pacientes em risco. A bactéria mais comum nas infecções crônicas de pacientes com Fibrose Cística é a Pseudomonas aeruginosa (Pa), que afeta pulmões e vias respiratórias. Este muco espesso nas vias respiratórias explica o nome popular que a Fibrose Cística recebeu por muitos anos: mucoviscidose. Os principais aparelhos afetados são o respiratório e o digestivo. No respiratório isso ocorre devido ao espessamento do muco pulmonar, que se torna mais difícil de ser eliminado e se torna foco de infecções bacterianas. Já as enzimas pancreáticas e hepáticas têm dificuldade de chegar no aparelho digestivo, gerando problemascomo diarreias, má absorção de nutrientes e dificuldade de ganhar peso. 7.1.3 Diagnóstico Teste do pezinho, porem o exame convencional não inclui o rastreamento dessa doença, só no este ampliado. Teste do suor, que mede a quantidade de cloreto no suor, que é elevada. 7.2 Alzheimer 7.2.1 Etiologia Algumas pessoas são mais vulneráveis à doença do que outras. Porém, é improvável que a doença possa ser originada por uma única causa. Um dos fatores de risco para a DA que merece destaque é a idade. Dado que as pessoas também vivem mais atualmente, o número de indivíduos com a doença de Alzheimer e outras formas de demência tende a aumentar. Estudos sugerem que a doença afeta mais as mulheres do que os homens. No entanto, pode haver erro, porque as mulheres, enquanto grupo, vivem mais tempo do que os homens. Além disso, a DA é autossômica dominante, a incidência é razoavelmente constante dentro da família, pois foi descoberta uma ligação entre o cromossomo 21 e a doença de Alzheimer. E X E R C Í C I O S 7.2.2 Fisiopatologia FATORES QUE DESENCADEIAM A DOENÇA DE ALZHEIMER Formação de emaranhados neurofibrilares O citoesqueleto é formado por microtúbulos, os microtúbulos têm cadeias de proteína Tau que funcionam como uma cola, dando estabilidade e são responsáveis pela manutenção da estrutura dos neurônios. Com a hiperfosforilação da proteína Tau (τ), ocorre a degradação dos microtúbulos, desintegrando o citoesqueleto e formando, consequentemente, um acúmulo de emaranhados neurofibrilares dentro dos neurônios, que causa a perda de função dessas células, entrando em colapso, comprometendo a transmissão de neurotransmissores. Tal fato tem como consequência a morte neuronal. Insuficiência de acetilcolina O acúmulo de novelos neurofibrilares e o acúmulo de placas senis no cérebro, causam a destruição das células que secretam neurotransmissores. Por consequência, ocorre aumento dos níveis de acetilcolinesterase que é a enzima que degrada a acetilcolina. Portanto, acontece a perda sináptica. Neurônio saudável Neurônio doente Proteínas Tau (τ) estáveis Emaranhado neurofibrilar (τ) Microtúbulos Microtúbulos Subunidades de tubulina Microtúbulos desintegrando Acúmulo de emaranhado neurofibrilar O fenômeno do emaranhado neurofibrilar de proteínas Tau acontece dentro do citosol do neurônio E X E R C Í C I O S Obs.: a acetilcolina é um neurotransmissor que funciona como propagador de impulsos nervosos nas fendas sinápticas. A redução da atividade da enzima que produz a acetilcolina reduz a propagação de impulsos. Formação de placas senis ou amiloides A apolipoproteína se liga ao receptor para redistribuir o colesterol e regenerar o sistema nervoso, quando não tem apolipoproteína suficiente, seus receptores se ligam com a APP (proteína precursora amiloide) e gera a clivagem proteolítica incorreta da APP, o que resulta na produção e deposição da substância β- amiloide (Aβ) formando as placas senis. As placas amiloides ou senis, localizada no espaço extracelular, são um agregado de peptídeos amiloide. 7.2.3 Estágios da doença Os sintomas começam na etapa inicial da doença, porém é o estágio mais difícil de se identificar, por ser comumente confundida com sinais da velhice, a DA pode ser dividida em fase inicial, intermediária e avançada. I. Estágio Inicial: Lapsos de memória recente; Alteração do apetite; Teimosia; Mudanças comportamentais (depressão, ansiedade, agressividade, desmotivação); Insônia; desorientação leve de tempo e espaço; Dificuldades de guardar novas informações; Dificuldade em realizar cálculos. II. Estágio Intermediário: Agravamento dos estágios iniciais e: Dificuldade na fala; Repetição; Início da dependência física; Perda de vocabulário; Dependência para atividades diárias; Alucinações visuais e auditivas (paranoias, achar que está sendo roubado, perseguido). III. Estágio avançado: Dependência física total; Incontinência urinária; Incontinência fecal; Problemas de deglutição; Infecções urinarias; Problemas de circulação; Comunicação muito afetada; Perda de memória total; Comportamentos inapropriados. E X E R C Í C I O S 7.2.4 Diagnóstico O diagnóstico da Doença de Alzheimer (DA) é feito por um processo de exclusão e o diagnóstico definitivo só é possível pelo exame neuropatológico, pela observação das placas senis e os emaranhados neurofibrilares no tecido cerebral (post-mortem). O diagnóstico da possível DA é dado pela avaliação neuropsicológica, dada pelo grau de comprometimento da memória e sintomas da doença Exames de neuroimagem: Tomografia computadorizada (TC) e ressonância magnética (RM) de crânio. 7.2.4 Tratamento Não existe um tratamento curativo ou que reverterá a deterioração causada pela doença de Alzheimer, mas existem as opções disponíveis que visam retardar ou estabilizar a evolução dos sintomas cognitivos da doença, utilizando fármacos específicos, sendo que muitos pacientes não se enquadram neste processo. Farmacológico: Os neurolépticos Os antidepressivos Os inibidores das colinesterases Não farmacológico: Métodos de associas fotos para facilitar a memória Orientação para realidade por meio de conversas Normal DA
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