C2 - temos um desoxirribonucleosídeo, característico do DNA. A ligação com a base nitrogenada ocorre sempre através da hidroxila do carbono anomérico da pentose. O Fosfato: A adição de um ou mais radicais fosfato à pentose, através de ligação tipo éster com a hidroxila do carbono 5 da mesma, dá origem aos Nucleotídeos. Os grupos fosfato são responsáveis pelas cargas negativas dos nucleotídeos e dos ácidos nucléicos. A adição do segundo ou terceiro grupo fosfato ocorre em seqüência, dando origem aos nucleotídeos di e trifosfatados. O DNA: Está presente no núcleo das células eucarióticas, nas mitocôndrias e nos cloroplastos, e no citosol das células procarióticas. Nas células germinativas e no ovo fertilizado, dirige todo o desenvolvimento do organismo, a partir da informação contida em sua estrutura. É duplicado cada vez que a célula somática se divide. O RNA: Caminhando pela Bioquímica... 28 Atua como uma espécie de "cópia de trabalho", criada a partir do molde de DNA e utilizada na expressão da informação genética. A síntese de uma molécula de RNA a partir de um molde de DNA chama-se "TRANSCRIÇÃO". Nesta transcrição, modificações podem ocorrer sobre a molécula de RNA transcrita, convertendo-a de uma cópia fiel em uma cópia funcional do DNA. COMO AS PROTEÍNAS SÃO FORMADAS? A biossíntese protéica é resultado do processo de tradução da informação contida no material genético da célula; as proteínas são, portanto, a expressão da informação genética. Esta informação flui do DNA para o RNA (linguagem de quatro "letras") e deste para uma cadeia polipeptídica (linguagem de 20 "letras"), no considerado "dogma central" da bioquímica. O processo de tradução requer um CÓDIGO GENÉTICO, através do qual a informação contida em uma seqüência de nucleotídeos de um ácido nucléico é expressa na forma de uma seqüência específica de aminoácidos de um peptídeo. Uma alteração na seqüência original de nucleotídeos leva a uma alteração na seqüência de aminoácidos, potencialmente causando uma doença - às vezes letal ao organismo. Estas "palavras" de três letras são denominadas CÓDONS, e são possíveis 64 tipos diferentes de códons. Os códons são expressos na linguagem do RNA Mensageiro, sempre no sentido 5’ - 3’, e cada códon pode ser traduzido em um aminoácido específico. Três códons sinalizam o término da seqüência polipeptídica, e são ditos de encerramento: UGA , AUG e UAA. O códon AUG codifica a metionina e, em certas condições, a iniciação de uma cadeia polipeptídica, com a metionina como aminoácido amino-terninal. Componentes Necessários para a Tradução o São vários, entre eles: ?? Os Aminoácidos: Devem estar presentes todos os 20 aminoácidos no momento da síntese, inclusive os essenciais; ?? O RNA de Transferência: São as moléculas "bilíngües" do processo, e estão ligadas de forma específica aos aminoácidos nas suas extremidades 3’. Possuem o "ANTICÓDON", ou a seqüência bases complementar e antiparalela ao códon do RNAm. Cada aminoácido pode ser transportado Caminhando pela Bioquímica... 29 por mais de uma molécula de RNAt. São em número de cerca de 50 RNAt no ser humano, para 61 códons diferentes; ?? A hipótese "wobble", ou de oscilação, tenta explicar como um RNAt pode reconhecer mais de um códon; nesta hipótese, o pareamento da primeira base do anticódon (5’) não é necessariamente feita do modo tradicional. Assim, nesta posição, G pode parear com C ou U, e U com A ou G, por exemplo; ?? O RNA Mensageiro: Produzido a partir de um molde de DNA no núcleo da célula, vai ao citosol para ser traduzido em uma seqüência polipeptídica; ?? Ribossomos: São organelas formadas por uma complexa associação entre proteínas e RNA ribossômico, localizadas no citosol na forma livre ou associadas ao retículo endoplasmático, quando sintetizam proteínas que serão "exportadas" da célula. São formados por duas subunidades, uma maior e outra menor, cujas características são expressas em termos de coeficientes de sedimentação, ou "S" (de Svedberg). O ribossomo eucariótico é formado por uma subunidade 60S e outra 40S; o procariótico, por uma subunidade 50S e outra 30S. ?? Compõem um ribossomo: ?? RNAr ? 3 moléculas no procariótico, 4 moléculas no eucariótico ?? Proteínas ribossômicas ? Desempenham várias funções na tradução ?? Sítios "A" e "P" ? São sítios de ligação para as moléculas de RNAt, e estendem-se por ambas as subunidades: ?? Os sítios "A" e "P" cobrem juntos dois códons vizinhos Na tradução, o sítio "A" - de aminoacil - é ocupado pelo aminoacil-RNAt correspondente ao códon posicionado, e especifica o próximo aminoácido a ser adicionado à cadeia peptídica em formação. O sítio "P" - de peptidil - é ocupado pelo peptidil-RNAt, ligado à cadeia peptídica que está sendo sintetizada. ?? Fatores Protéicos: São fatores de iniciação, elongamento e liberação da cadeia polipeptídica que está sendo sintetizada. ?? Fontes de Energia Caminhando pela Bioquímica... 30 A adição de cada aminoácido à cadeia polipeptídica que está sendo sintetizada utiliza 2 moléculas de ATP e 2 de GTP como fonte de energia. Outras moléculas de ATP e GTP são necessárias nos processos de iniciação e liberação da cadeia sintetizada Etapas da Biossíntese Protéica: Ativação dos Aminoácidos: Refere-se à ligação dos aminoácidos ao(s) seu(s) RNAt específico(s). Esta ligação é catalisada pelas AMINOACIL-RNAt-SINTETASES, enzimas que reconhecem os aminoácidos e seus RNAt específicos com grande especificidade. A reação ocorre em 2 etapas, e é dependente de energia. Na primeira etapa, o aminoácido liga-se ao AMP, obtido a partir da hidrólise do ATP e com liberação de Ppi. Na segunda etapa, o AMINOÁCIDO-AMP liga-se à extremidade 3’ do RNAt, liberando o AMP e energia. ?? Iniciação da Cadeia: Depende da presença da subunidade ribossomal 40S, do RNAm, do RNAt com o anticódon de iniciação AUG (metionina), e de uma série de proteínas denominadas "fatores de iniciação", ou eIF, em número de nove, no mínimo, nos eucariontes. o Em etapas: O eIF-2 liga-se especificamente com uma molécula de GTP e com o Met-tRNAi A subunidade ribossomal 40S liga-se ao eIF-3, que a separa e a mantém separada da subunidade 60S, que por sua vez se liga ao eIF-6, com o mesmo propósito O complexo formado em (a) liga-se ao complexo 40S formado em (b), com a ajuda de vários outros fatores de iniciação, e este novo complexo associa-se ao RNAm (complexo de pré-iniciação). A associação do complexo de pré-iniciação com o fator de iniciação eIF-5 e com a subunidade 60S do ribossomo dá origem ao complexo de iniciação propriamente dito. O GTP é hidrolisado e os outros fatores de iniciação são liberados. O complexo de iniciação é, portanto, formado por um ribossomo 80S associado aos eIF-5 e eIF4, ao RNAm corretamente posicionado, e ao RNAt de iniciação também posicionado no sítio "P", com o sítio "A" vazio. Caminhando pela Bioquímica... 31 ?? Elongamento da Cadeia: Depende dos "fatores de elongamento" e do complexo de iniciação o Em etapas: O Fator de Elongamento eEF-1 dirige a seleção do RNAt correto para o posicionamento no sítio "A" do complexo de iniciação. Este posicionamento depende ainda da hidrólise de um GTP e ocorre com posterior liberação do eEF1. Há a formação da ligação peptídica entre os dois aminoácidos adjacentes. A enzima peptidiltransferase, componente da subunidade ribossômica 60S, faz a transferência da metionina inicial do sítio "P" para o aminoácido do sítio "A", formando um dipeptidil-RNAt. O ribossomo move- se - às custas do GTP - na direção 5’-3’ em uma distância de 3 nucleotídeos,