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SINAPOMORFIAS S1 – blastóporo origina o ânus, faringe com aberturas ciliadas, clivagem radial, celoma enterocélico tripartido, assinatura única dos genes Hox. S2 – notocorda, fendas faríngeas, endóstilo ou tireoide, cordão nervoso dorsal oco, cauda pós-anal. S3 – crista neural tetrablásticos, porção lateral da placa neural, migram (??), placodes – órgãos sensoriais. S4 – crânio (cartilagem ou osso), encéfalo maior divido em três partes, duplicação do gene Hox, cabeça com órgãos sensoriais complexos. S5 – endoesqueleto, coluna vertebral, faringe recoberta por cartilagem, brânquias. S6 – mandíbulas com dentes, dois conjuntos de nadadeiras (peitorais e pélvicas), sistema circulatório e sensorial, segunda duplicação dos genes Hox, dois bulbos olfatórios, vértebras mais complexas, canal da linha lateral. S7 – ossificação endocondral, nadadeiras sustentadas por lepidotríquias (raios das nadadeiras são ossos dérmicos seccionados), saco gasoso derivado do tubo digestivo (bexiga natatória ou pulmão), opérculo ósseo cobrindo abertura branquial, raios branquistégios. S8 – nadadeiras carnosas/lobadas (exceto a primeira nadadeira dorsal), nadadeira caudal simétrica e trilobada, com lobo central carnoso terminando numa franja de raios, ossos cranianos (presença de um órgão rostral). S9 – dentina e esmalte com padrão circunvolto nos dentes, ausência de contato entre os ossos maxilar e pré-opercular, coração parcialmente dividido, padrão de ossos da caixa craniana típico. AUTAPOMORFIAS A1 – órgão pré-oral muscular e secretório, pares de ductos mesocélicos valvares, complexo glomérulo, coração, estomocorda, corpo tripartido em probóscide, colar e tronco, extensão ventral pós-anal da metacele. A2 – notocorda estende-se até o rostro. A3 – túnica. A4 – um canal semicircular em cada lado da cabeça, abertura nasal única na frente da cabeça. A5 – abertura nasal única situada no topo da cabeça, olhos grandes e bem desenvolvidos, dois canais semicirculares em cada lado da caebça. A6 – esqueleto cartilaginoso, corpo mais leve e flexível, dentículos dérmicos ou escamas placóides, fertilização interna, rostro/focinho que suporta uma boca ventral, vértebras solidas e calcificadas circundando ou substituindo a notocorda, mandíbulas protrusiveis. A7 – acrodina (tipo de esmalte) nos dentes, escamas ganóides (perdida em grupos derivados), nadadeira dorsal única (perdida em alguns grupos, ou multiplicada em outros: duas ou três dorsais separadas). A8 – articulação mandibular dupla, órgão rostral, bexiga natatória ossificada, perda do osso maxilar. A9 – placas dentárias massivas com superfície adornada com cristas radiais de dentina, falsas coanas.
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