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UNIVERSIDADE TECNOLÓGICA FEDERAL DO PARANÁ CÂMPUS DOIS VIZINHOS ENGENHARIA DE BIOPROCESSOS E BIOTECNOLOGIA Felipe Moura Dias RELATÓRIO: COMPETÊNCIA E TRANSFORMAÇÃO DE BACTÉRIA Dois Vizinhos, Paraná Maio 2018 INTRODUÇÃO A competência bacteriana é o processo temporário, no qual a célula passa para se tornar mais suscetível à entrada de DNA’s exógenos. Existem uma gama de variações da técnica com o enfoque em aumentar a eficiência da transformação bacteriana em diferentes células e com diferentes vetores (ZAHA; FERREIRA; PASSAGLIA, 2014) As teorias que justificam a ação de competência das células são três: a absorção de DNA como nutriente, como modelo para reparo de danos nos cromossomos ou para favorecer a troca genética (CHARPENTIER; POLARD; CLAVERYS, 2012). Já no laboratório, temos que a competência é realizada por intermédio de produtos químicos ou de correntes elétricas (YUTIN, 2013). A transformação é o processo no qual, o DNA exógeno é integrado à célula. Existem diferentes formas de induzir a transformação em uma célula, sejam eles biológicos, físicos e químicos. Os métodos biológicos por exemplo, são fortemente empregados em terapias genicas, pois o mesmo é um método integrador, ou seja, o gene introduzido é capaz de integrar-se ao genoma da célula hospedeira. Já os métodos físicos, existem muitos, exemplos deles são, o método: bombalístico, choque térmico, eletroporação, transfecção por laser, microinjeção, etc. Os métodos químicos, temos um dos mais utilizados para a transformação, que é a utilização do método de solução de fosfato de cálcio, por ser barato e de alta eficiência, pode-se citar também outros métodos, como o de lipofecção e de polímeros catiônico. OBJETIVOS Realizar o processo de competência das células de Escherichia coli, seguido da transformação por choque térmico da mesma, utilizando como vetor um plasmídeo. PARTE EXPERIMENTAL As células da E.coli utilizadas, foram cultivas a 37 ºC em 50 ml de meio LB líquido em constante agitação por 3 horas em Erlenmeyer. Então, transferiu-se 2 ml do meio contendo as células para microtubos e centrifugou-os por 10 min a 13.000 x g. Adicionou-se 700 ul da solução A, e imediatamente o transferiu para um cooler contendo gelo, com temperatura próxima de 4ºC. Após, centrifuga-se o microtubo, descartando o sobrenadante, e então, adiciona-se 500 ul da solução B (a mais concentrada). Novamente, mantem-se as células sobre a temperatura de 4ºC por um período de 5 minutos, para reduzir o metabolismo das mesmas. Passados os 5 minutos, centrifugou-se o microtubo por 10 minutos, e descartou-se o sobrenadante, ficando só as células no pellet, e adicionou-se então, a solução B novamente. Solubilizou-se por completo o pellet de células do microtubo com a solução B, retirou-se 200 ul das células competentes e colocou-se em um microtubo estéril, e então adicionou-se 4 ul do plasmídeo de interesse. Após incuba-se por 5 minutos, o microtubo no cooler contendo gelo com temperatura próxima de 4ºC. O processo do choque térmico foi realizado uma vez apenas, ou seja, passou-se a célula que estava incubada a frio, para a incubação a quente na temperatura de 42ºC no banho-maria por 2 minutos, após o término desse intervalo, transferiu-se o microtubo para a incubação a frio, novamente no cooler com gelo; agora por um intervalo de apenas 30 segundos. Passados os 30 segundos, adicionou-se 1 ml do meio LB e manteve-se o microtubo sob agitação na temperatura de 37ºC por 30 minutos. Terminados o intervalo de descanso da célula, centrifugou-se a o microtubo contendo as células por 5 minutos. Em seguida, descartou-se o sobrenadante e adicionou-se uma pequena quantidade meio LB ao microtubo, e semeou-se uma quantidade no meio sólido contendo ampicilina e uma outra quantidade no meio sem ampicilina, com a concentração de ampicilina de 100 ug/ml, semeou-se com o auxílio da alça de Drigalski. Por fim, enrolou-se as placas semeadas com papel filme e incubou-as em estuda a 37ºC por até 24h. RESULTADOS E DISCUSSÃO Meio de cultura LB (Luria Bertani) Foi utilizado o meio de cultura LB (Luria Bertani) devido o mesmo ser um meio específico para manutenção e cultivo de cepas recombinantes de Escherichia coli, pois muitas linhagens de E. coli são deficientes na síntese de Vitamina B, e a peptona contida no meio fornece a vitamina B, e funciona como fonte de carbono e nitrogênio, importantes para o bom crescimento da E. coli, além da peptona, o meio contêm extrato de levedura que fornece suplemento adequado de nutrientes, segundo sites de compra como a LOJALAB e a LABDEL. Parte I – Preparação de competência da E. coli Tornar a E. coli competente, significa que iremos fazer com que a mesma fique em um estado de maior acessibilidade para a entrada do vetor de interesse, por conta disto é necessário que as células de E. coli estejam em condições ótimas, ou seja, com o metabolismo em perfeito funcionamento, e sem nenhuma condição de estresse. Portanto, utilizamos as células de E. coli quando as mesmas se encontravam na metade de sua fase exponencial de crescimento. A adição de soluções divalentes como o CaCl2, em conjunto com um tampão de pH 7,5. teve fundamental importância para neutralizar as cargas negativas da membrana fosfolipídica da célula, e o processo foi feito em duas vezes com uma solução de concentração maior, no entanto, alguns protocolos utilizam soluções de mesma concentração, o objetivo é o mesmo: saturar por completo a membrana, garantindo assim que todas as cargas sejam neutralizadas. A condição inicial no qual foi deixada as células de E.coli é importante para manter as mesmas em condições ótimas, com o perfeito funcionamento do metabolismo, e sem condições de estresse, além de que o tempo de 3 horas, situa-se no que seria parte da metade da sua fase exponencial. A centrifugação das bactérias serve para concentra-las no fundo do microtubo, facilitando o descarte do meio de cultura, que a partir desse momento não existe a necessidade do mesmo para as etapas futuras. A adição da solução A, teve como objetivo neutralizar as cargas da membrana, e a transferência imediata para o cooler com temperatura próxima de 4ºC teve como finalidade diminuir o metabolismo das células, para não ocorrer mortes celulares devido ao estresse e falta de substrato. A adição da solução B, como explicado acima, teve como objetivo saturar por completo a membrana da célula, neutralizando todas as cargas negativas. A partir do momento em que é centrifugado e descartado o sobrenadante, e é novamente adicionado à solução B, possuímos em nosso microtubo células competentes, e desta forma, pode-se iniciar o processo de transformação. Parte ll – Transformação de E.coli A proporção de volume do plasmídeo e de células competentes utilizada, foi devido a mesma gerar bons resultados de transformação. Após a adição dos plasmídeos no microtubo contendo as células competentes, manteve-se o microtubo no cooler para garantir o espalhamento homogêneo das bactérias. O processo de choque térmico é método físico para modificar a célula, o mesmo cria um desbalanço térmico na membrana, auxiliando o bombeamento do DNA exógeno para dentro da célula por meio das zonas de adesão. A adição de 1 ml do meio LB, teve a serventia de proporcionar nutrientes e energia para a incorporação do plasmídeo. O intervalo de 30 minutos é conhecido como descanso, e é um tempo interessantepara que a célula possa incorporar o plasmídeo, antes de colocarmos nossas células transformadas a prova de um antibiótico. Ressalta-se que alguns protocolos não utilizam esse tempo de descanso, e isso depende muito da célula que estamos trabalhando, algumas conseguem incorporar de imediato o plasmídeo ao seu DNA, outras necessitam de um intervalo de tempo para que isso ocorra. A incubação das placas a temperatura de 37ºC e no intervalo de 24h, foi por conta da E.coli ser uma bactéria que possui rápido tempo de geração, portanto as 24h esperadas foi um intervalo suficiente para o crescimento da E. coli. Após esse tempo é possível verificar se houve sucesso na incorporação do plasmídeo na nossa célula, por meio da verificação do meio com antibiótico, caso o mesmo possua alguma colônia de bactéria. Ressalta-se que o antibiótico não possui serventia para descobrir se o plasmídeo realmente ligou-se com o DNA bacteriano, pois a célula pode incorporar o plasmídeo e expressar as informações necessárias para resistir o antibiótico por um curto tempo, sem a necessidade de ligar seu DNA com o plasmídeo. Na presente prática, obtivemos resultados não esperados, pois não houve o crescimento de colônias nas placas contendo ampicilina, portando a transformação não ocorreu, ocorrendo o mesmo com as placas sem ampicilina. Os possíveis motivos para a não ocorrência da transformação são: erros no momento da pipetagem do plasmídeo; a solução divalente possivelmente não despolarizou a célula, fazendo com que a mesma não se tornanasse competente, ou também devido não termos seguido o protocolo 100%. Quanto ao resultado obtido pelas placas não contendo ampicilina, sugere-se que provavelmente a quantidade de células de E.coli utilizadas, era baixa. As imagens a seguir mostram a placa sem o uso de ampicilina e com o uso de ampicilina Figura 1: Placas após 24h em imcubação a 37ºC Sem ampicilina Com ampicilina Fonte: (Acervo pessoal, 2018) Questões 1)O que significa dizer que as bactérias estão competentes? Significa que as mesmas se encontram em condições ótimas, ou seja, com o metabolismo em perfeito funcionamento, e sem nenhuma condição de estresse, além de que, significa também, que sua membrana está totalmente despolarizada, estando em um estado de maior acessibilidade para a entrada do vetor de interesse. 2) Por que as bactérias foram deixadas por 3 horas crescendo a 37°C antes do início da aula prática? Qual a importância desta etapa? A condição inicial no qual foi deixada as células de E.coli é importante para manter as mesmas em condições ótimas, com o perfeito funcionamento do metabolismo, e sem condições de estresse, além de que o tempo de 3 horas, situa-se no que seria parte da metade da sua fase exponencial. 3) Qual a função do Cloreto de Cálcio durante o processo de competência? E por que usamos soluções de CaCl2 em duas concentrações diferentes? A solução de cloreto de cálcio serviu para despolarizar a membrana celular, proporcionando cargas positivas para neutralizar as cargas negativas da membrana. Utilizamos concentrações diferentes, uma de menor concentração e outra de maior concentração, e o motivo foi para despolarizar a membrana celular, e também para que houvesse o mínimo de estresse para a célula ao utilizar a concentração menor, e ao utilizar a solução de maior concentração, proporcionaríamos a saturação da membrana, neutralizando-a por completo. 4) Se eu não tivesse cálcio em meu laboratório, poderia usar outro reagente para o mesmo processo? Sim, qual quer solução que gerem íons divalentes. 5) O resultado obtido foi o esperado? Explique: Não, pois não houve crescimento de colônias nas placas contendo ampicilina, portando a transformação não ocorreu, o mesmo ocorreu com as placas sem ampicilina. Os possíveis motivos que ocasionaram tal resultado, são: • Erros de pipetagem do plasmídeo; • Os plasmídeos poderiam não estar viáveis para a prática; • A solução não despolarizou a célula e a célula não se tornou competente; • Não termos seguido o protocolo 100%; • Problemas no meio de cultura, onde o mesmo não ficou completamente sólido; • A concentração de ampicilina poderia estar muito forte. REFERENCIAS CHARPENTIER, Xavier; POLARD, Patrice; CLAVERYS, Jean Pierre. Induction of competence for genetic transformation by antibiotics: Convergent evolution of stress responses in distant bacterial species lacking SOS? Current Opinion in Microbiology v. 15, n. 5, p. 570–576 , 2012. Informações do Meio de cultura LB (Luria Bertani) - Labdel. Disponível em: <http://www.labdel.com.br/shop/12d9f6-caldo-lb-miller-luria-bertani/>. Acesso em: 01 mai. 2018 Informações do Meio de cultura LB (Luria Bertani) - Lojalab. Disponível <https://www.lojalab.com.br/produto_meio-lb-luria-bertani---frasco-500g_1168>. Acesso em: 01 mai. 2018 YUTIN, N. Brenner’s Encyclopedia of Genetics. 2. ed. New York: ACADEMIC PRESS, 2013. 530-532 p. ZAHA, A.; FERREIRA, H. B.; PASSAGLIA, L. M. P. (Org.). Biologia molecular básica. 5. ed. Porto Alegre: ArtMed, 2014.