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Enzimas En= Na, Zima= Levedura. O químico alemão Eduard Buchner venceu o Prêmio Nobel de 1907 por seus trabalhos caracterizando o processo de fermentação alcoólica. Ele notou que havia algo na levedura que poderia promover a síntese de etanol a partir da glicose. São proteínas altamente especializadas, com exceção das ribozimas que são RNAs ribossomais, com função de catálise. A catálise consiste na diminuição da energia de atívação de determinadas reações, inclusive no organismo humano, o que acelera a velocidade da reação, mas não altera o equilíbrio químico reacional. A ausência de enzimas aumenta a energia para iniciar uma reação, tornando-a mais lenta. Classificação São classificadas de acordo com o tipo de função que exercem. Oxirredutases: Participam de reações de oxirredução (transferência de elétrons). Hidrolases: Utilizam água para quebrar estruturas. Transferases: Catalisam a transferência de grupamentos, em reações de simples troca. Liases (sintases): Quebram ligações do tipo carbono- carbono para formar duplas. Isomerases: Trocam grupamentos de lugar, gerando isômeros. Ligases: Promove ligações entre compostos. Enzima e Substrato Em geral, a ligação entre o substrato e a enzima se dá por interações não covalentes, em uma região da enzima denominada sítio ativo. Os sítios são tridimensionais e específicos para cada substrato (determina a especificidade da enzima). Modelo chave-fechadura: A enzima é complementar ao seu substrato. Modelo ajuste induzido: A interação da proteína com o sítio ativo promove mudanças de conformação, as quais promovem a ligação do substrato. A enzima muda sua conformação expondo alguns sítios com grupos funcionais específicos, os quais antes não estavam aparentes. Estereoespecificidade: Caso o substrato possua estereoisômeros, apenas um específico para aquela enzima conseguirá se ligar ao sítio ativo. Estereoisômeros são isômeros que têm a mesma conectividade, mas que diferem no arranjo de seus átomos no espaço. Uma vez que os átomos 2 e 3 de um determinado substrato se ligam a uma enzima, apenas o átomo 1 pode complementar essa ligação e não o átomo 4 (apesar deste ser idêntico ao de número 1) Na conversão do piruvato em lactato sempre será produzido apenas L-lactato e não D-lactato ou uma mistura racêmica (mistura com quantidades iguais de dois enantiomeros de uma molécula quiral, cuja a atividade ótica não desvia o plano de luz polarizada nem para a esquerda, nem para a direita) dos dois. Com a mudança do substrato para produto, o sítio ativo da enzima perde a afinidade por ele, o que resulta na liberação do produto no meio. A enzima fica livre para ser utilizada novamente. Bioquímica Júlia Morais de Moura – 143 (2019.2) 27/08/2019 Prof. Pablo Trindade Júlia Morais marca 2 Funcionamento Enzimático E + S ES EP E + P A catálise não afeta o equilíbrio da reação. Logo, o mesmo ponto de equilíbrio de uma reação é atingido com ou sem enzimas. As enzimas quebram a barreira energética entre S e P mais rápido, diminuindo sua energia de ativação (G). A energia necessária para a diminuição provém de interações fracas não covalentes entre substrato e enzima. A necessidade de múltiplas interações fracas explica por que as enzimas (algumas coenzimas) são tão grandes. Perfil energético: 1. Atração entre enzima e substrato. 2. Complexo ES torna-se energeticamente mais favorável. 3. Começa a reação e o ES atinge o estado de transição. Nesse estado, o substrato está ligado próximo aos átomos com os quais reagirá. Se a ligação de ES fosse perfeita, ele estaria energeticamente baixo, o que dificultaria a atingir o estado de transição, desacelerando a reação. 4. A medida que as ligações são rompidas e novas são formadas, o substrato se transforme em produto. 5. O produto é liberado da enzimas, a qual pode se ligar a um novo substrato. O estado de transição é o momento em que a probabilidade de formar o produto ou substrato de novo é igual. Os intermediários da reação (ES e EP) são espécies químicas transitórias formadas e consumidas. Quando uma reação tem várias etapas, a velocidade final é determinada pela etapa (ou etapas) com maior energia de ativação, essa é denonimada etapa limitante de velocidade. A diferença entre a energia dos reagentes e a dos produtos é expressa como variação da energia livre padrão Go. Quando o G é positivo temos uma reação desfavorável, pois precisa de energia e é não espontânea. Já, quando o G é negativos temos uma reação favorável, a qual não precisa de energia para ocorrer, sendo ela espontânea. Quando a reação não é termodinamicamente favorável, ela normalmente se associa com uma que seja. Cofator: Pequenas moléculas que precisam estar presentes para que a enzima exiba sua atividade catalítica plena. Permitem mudanças conformais nas estruturas da enzima. Íons inorgânicos como Fe2+, Mg2+,Mn2+ ou Zn2+. Apoenzima (parte proteica) + Cofator = Holoenzima (enzima cataliticamente ativa) Coenzima: Molécula orgânica ou matalorgânica, como as vitaminas. As enzimas que utilizam o mesmo tipo de coenzima geralmente tem atividade catalítica parecida. Cinética Enzimática E + S ES EP E + P Em baixa concentração de S, a maior parte da enzima está na forma não combinada E. Assim, a velocidade é proporcional à concentração de S, pois o esquilíbrio desloca na direção da formação de mais ES à medida que a concentração de S aumenta. Cinética de primeira ordem. A concentração de E é sempre constante. A Vmáx ocorre quando quase toda enzima estiver na forma de ES e a concentração de E for desprezível. Nessas condições, a enzima está “saturada” com o substrato, e então, um incremento de S não produz efeito na velocidade. Cinética de ordem zero. A Vmáx relaciona-se com o número de renovação enzimática, que é o número de moles de substrato que reagem para formar o produto, por mol de enzima, por mol de tempo. Júlia Morais marca 2 A Vmáx é estima pelo gráfico duplo recíproco de Lineweaver-Burk. Constante de Michaelis (Km): É a concentração de substrato necessária para que a reação alcance a metade da sua velocidade máxima. Está relacionado a afinidade da enzima pelo substrato. Km= afinidade Km= afinidade Glicocinase e Hexocinase: Apesar de catalisarem a mesma reação de fosforilação da glicose para glicose-6- fosfato, elas apresentam perfis cinéticos(Vmáx e Km) distintos. Ambas são expressas diferencialmente entre órgãos e tecidos. Fatores Fatores que a enzima depende para funcionar: Concentração de substrato. Presença e concentração do cofator. Poder catalítico da enzima. Afinidade da enzima pelo substrato (Km). Capacidade de casa unidade enzimática em transformar o substrato ligado ao complexo ES em produto. Fatores que afetam a atividade enzimática: Temperatura: Quanto maior a temperatura, maior a agitação das moléculas e, consequentemente, maior a velocidade. No entanto, após atingir a temperatura considerada ótima (cerca de 37º), os valores extremamente altos de temperatura afetam a estrutura tridimensional das proteínas causando sua desnaturação (perda da atividade biológica). pH: Existe um pH ótimo no qual a distribuição de cargas elétricas da molécula da enzima é idealpara a catálise. Aplicabilidades Enzimas como marcadores de doenças (LDH): Todas as células do organismo apresentam LDH (essencial para conversão de piruvato em lactato). Altas taxas de LDH no sangue indica dano tecidual. A análise de alterações de isoformas específicas de LDH facilitam o diagnóstico de diversas doenças tecido-específicas. Isoenzimas são múltiplas formas de uma enzima que catalisa determinada reação com parâmetros cinéticos diferentes. Isoformas de LDH: M3H (LDH-4) – Rins Placenta e Pâncreas. M2H2 (LDH-3) – Pulmões. MH3 (LDH-2) – Músculo cardíaco e leucócitos. M4 (LDH-5) – Músculo esquelético e Fígado. H4 (LDH-1) – Músculo cardíaco e hemácias. Quimiotripsina: Possui um gráfico hiperbólico quando nos referimos ao perfil de sua atividade enzimática (velocidade). Cataliza a hidrólise de ligações peptídicas, com certa especificidade para resíduos que contém anéis aromáticos nas cadeias laterais. Cliva ligações peptídicas em resíduos de leucina, histidina e glutamina. Por catalizar a hidroles é capaz de acelerar a quebra de ésteres em álcool e água. Aspartato Transcarbamoilase (ATCase): Possui um gráfico sigmoidal, apresentando um ponto de inflexão, quando nos referimos ao perfil de sua atividade enzimática (velocidade). Participa de uma via que produz trifosfato de citidina (CTP) e trifosfato de uridina, que são importantes na biossíntes do RNA e DNA. Enzima alostérica: Regulada moduladores que se ligam em um região que não seja seu sítio-ativo, causando uma mudança conformacional que pode acelerar ou desacelerar a reação. Por isso tem um ponto de inflexão em seu gráfico. Júlia Morais marca 2 Inibidores Enzimáticos Interferem com a catálise, diminuindo ou interrompendo as reações enzimáticas. Reversível: Liga-se a enzima e são liberados em seguida deixando-a em sua condição original. Competitiva: Inibidor apresenta uma conformação semelhante à do substrato e compete com ele pelo sítio ativo da enzima. Se aumentarmos a concentração de substrato a probabilidade de uma molécula de inibidor se ligar a enzima diminui, fazendo com que a reação chegue a sua V da reação aumenta (menor afinidade da E pelo S, pois a E tem maior afinidade pelo i) permanece a mesma. Logo, a inclinação do gráfico de Lineweaver-Burk muda, mas a interseção em y não. Um exemplo é a vastatina, um fármaco que atua como competidor no controle do colesterol. Não-Competitiva: Inibidor se liga a um sítio na enzima diferentes do sítio ativo. Portanto, nã compete com o substrato. No entanto, mesmo que o substrato possa se ligar ao sítio enzimático, não haverá reação, pois o inibidor o modifica. Além disso, o substrato fica preso a em cima, sendo assim “sequestrado”, causando diminuição da V por outro lado, continua o mesmo. Um exemplo é a acetozalamida, um fármaco diurético que atua inibindo a anidrase carbônica nos néfrons. A inclinação do gráfico e a intersecção em y mudam. Inibidores Enzimáticos Interferem com a catálise, diminuindo ou interrompendo e são liberados em a em sua condição original. Inibidor apresenta uma conformação semelhante à do substrato e compete com ele pelo sítio ativo da enzima. Se aumentarmos a probabilidade de uma molécula de inibidor se ligar a enzima diminui, fazendo com que a reação chegue a sua Vmáx. O Km (menor afinidade da E pelo S, pois a E tem maior afinidade pelo i) e a Vmax Logo, a inclinação do gráfico Burk muda, mas a interseção em y não. Um exemplo é a vastatina, um fármaco que atua como competidor no controle do colesterol. Inibidor se liga a um sítio na . Portanto, não compete com o substrato. No entanto, mesmo que o substrato possa se ligar ao sítio enzimático, não haverá reação, pois o inibidor o modifica. Além disso, o substrato fica preso a em cima, sendo assim “sequestrado”, causando diminuição da Vmáx, o Km Um exemplo é a acetozalamida, um fármaco diurético que atua inibindo a anidrase carbônica nos néfrons. A inclinação do gráfico e a intersecção em y mudam. Incompetitivo: O inibidor se liga complexo enzima-substrato, num lugar diferente do sítio ativo. Diminui a V gráfico continua a mesma. Irreversível: Reagem com a enzima produzindo mudando um grupo funcional ou ligando covalentemente. Aspirina (Ácido Acetil Salicí um resíduo de serina da COX da COX-2, a aspirina inibe a produção de prostaglandinas (mediadores inflamatórios) mas permite a produção de mediadores lipídicos protetores. Dissulfiram: Inibe a aldeído desidrogenase causando o acúmulo de acetaldeído. Esse acúmulo gera sintomas como cefaléia, taquicardia, tontura e náuseas, os quais caracterizam o estado de ressaca Por isso, ele é usado para tratar o alcoolismo. O inibidor se liga apenas ao substrato, num lugar diferente do sítio ativo. Diminui a Vmáx e o Km. A inclinação do gráfico continua a mesma. Reagem com a enzima produzindo mudando um grupo funcional ou ligando-se Aspirina (Ácido Acetil Salicílico): Aspirina acetila um resíduo de serina da COX-1 e a inativa. No caso 2, a aspirina inibe a produção de prostaglandinas (mediadores inflamatórios) mas permite a produção de mediadores lipídicos Inibe a aldeído desidrogenase causando o acúmulo de acetaldeído. Esse acúmulo gera sintomas como cefaléia, taquicardia, tontura e náuseas, os quais caracterizam o estado de ressaca. Por isso, ele é usado para tratar o alcoolismo. Júlia Morais marca 2 Modelos Comportamentais de Enzimas Alostéricas Um proteína dimérica pode existir em equilíbrio nos dois estados conformacionais. A maioria delas estado T. Quando o substrato se liga o equilíbrio é deslocado para o lado esquerdo, tendo assim uma enzima ati Modelo Sequencial de Ligação Cooperativa Substrato a uma Enzima Alostérica: O substrato age como um ativador alostérico, pois quando se liga a um sítio ativo, a atividades do outro sítios aumenta. Um exemplo é a hemoglobina. Modelo Sequencial de Ligação Cooperativa do Inibidor a uma Subunidade: O inibidor quando se liga uma subunidade induz a mudança das outras, diminuindo a afinidade da enzima pelo substrato. Ação dos Moduladores Alostéricos Podem ser tanto um inibidor quanto um ativador. Retroinibição ou Feedback Negativo: ou da sequência de reações inibe a enzima está presente no meio em grande quantidade Comportamentais de Um proteína dimérica pode existir em equilíbrio nos dois delas está no Quando o substrato se liga o equilíbrio é deslocado para o lado esquerdo, tendo assim uma enzima ativa. Modelo Sequencial de Ligação Cooperativa do O substrato age como um ativador alostérico, pois quando se liga a um sítio ativo, a atividades do outro sítios aumenta. Um Modelo Sequencial de Ligação Cooperativa do O inibidor quando se liga uma subunidade induz a mudança das outras, diminuindo a afinidade da enzima pelo substrato. Moduladores quanto um ativador. Feedback Negativo: O produto final inibe a enzima, quando ele está presente no meio em grande quantidade. Um exemplo de feedback positivo é o processo inflamatório. ATCase: Enzima que catalisa a reação entre o carbamoil fosfato e o aspartato de reações que possui como seu produto final a citidina trifosfato (CTP), um nucleosídeo necessário para produção de RNA e DNA É uma enzima alostérica aspecto sigmoide e com o aumento do produto final(CTP) de uma sequência de reações inibida. O ATP é seu ativador e o CTP é seu inibidor. Interações Alostéricas Homotrópicas: diversas moléculas idênticas são ligadas a uma proteína. É o caso do aspartato na ATCase. Interações Alostéricas Heterotrópicas: diversas moléculas diferentes são ligadas a uma proteína. É o caso da inibição pelo CTP e a ativação pelo ATP na ATCase. Fosforilação Adição de um grupo fosfato a uma proteína ou outra molécula, realizada por uma enzima chamada de cinase ou quinase. É um dos principais mecanismos de regulação da atividade de proteínas. Pode ativar ou desativar a ação de uma enzima. As ATPases, são enzimas as quais catalisam a decomposição do trifosfato de adenosina em adenosina difosfato e um íon de fosfato livre importantes para o processo de fosforilação fornecendo o fosfato necessário. Bomba de Sódio e Potássio: fornece energia para o transporte de 2 K célula e 3 Na+ para fora da célula. Glicogênio Fosforilase: enzima fosforilase cinase, pois quando está desfosforilada fica menos ativa e quando está fosforilada está mais ativa e passa a clivar glicogênio de forma mais eficaz. Importante também nas sinapses nervosas. Um exemplo de feedback positivo é o processo Enzima que catalisa a reação entre o carbamoil fosfato e o aspartato, a primeira de uma série de reações que possui como seu produto final a citidina , um nucleosídeo necessário para produção de RNA e DNA. É uma enzima alostérica, pois seu gráfico tem o aspecto sigmoide e com o aumento do produto final (CTP) de uma sequência de reações tem sua ação O ATP é seu ativador e o CTP é seu inibidor. Interações Alostéricas Homotrópicas: Quando diversas moléculas idênticas são ligadas a uma proteína. É o caso do aspartato na ATCase. Interações Alostéricas Heterotrópicas: Quando diversas moléculas diferentes são ligadas a uma proteína. É o caso da inibição pelo CTP e a ativação Adição de um grupo fosfato a uma proteína ou outra molécula, realizada por uma enzima chamada de cinase ou quinase. É um dos principais mecanismos de regulação da atividade de proteínas. Pode ativar ou desativar a ação de uma enzima. são enzimas as quais catalisam a decomposição do trifosfato de adenosina em adenosina difosfato e um íon de fosfato livre, também são importantes para o processo de fosforilação fornecendo Bomba de Sódio e Potássio: A fosforilação da bomba fornece energia para o transporte de 2 K+ para dentro da para fora da célula. Glicogênio Fosforilase: É regulada pela ação da enzima fosforilase cinase, pois quando está desfosforilada fica menos ativa e quando está fosforilada está mais ativa e passa a clivar glicogênio de Importante também nas sinapses nervosas. Júlia Morais marca 2 Zimogênios Precursores inativos de uma enzima. Quimiotripsina: É formada no pâncres, mas causaria dano se estivesse ativa. Assim, ela é ativada apenas no intestino delgado, onde participa da digestão de nutrientes. Sua forma final é a α-quimiotripsina, a qual é resultado da auto-clivagem de dois de seus fragmentos. Proteases Enzimas que quebram ligações peptídicas entre os aminoácidos das proteínas. Processo chamado de clivagem proteolítica. Serinoproteases (resíduo serina): Quimiotripsina, elastase e tripsina. Todas possuem estruturas semelhantes. Protease Aspártica (resíduo aspartato): HIV-1 protease. Cisteínoprotease (resíduo cisteína): Papaína, seu resíduo está envolvido no reconhecimento das ligações peptídicas que a protease hidrolisa. Derivada do mamão, ela é usada na indústria alimentícia, como curativo e em culturas de células. Enzimas Racemases Catalizam a inversão estequiométrica de moléculas biológicas. O pirrol-2-carboxilato é um inibidor dessa enzima por ter estrutura química parecida com a da prolina. Aplicabilidade Aspirina x Ibuprofeno: Eles competem entre si, pois a aspirina é um inibidor irreversível que bloqueia o acesso ao sítio catalítico da COX-1, enquanto que o ibuprofeno é um inibidor reversível competitivo. Além disso, o uso prévio de ibuprofeno não permite que a aspirina tenha acesso ao sítio catalítico da enzima. Júlia Morais marca 2
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