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QBQ0215- GD – Função de proteínas: Hemoglobina e Enzimas 1. A proteína A tem um sítio de ligação para o ligante X com uma Kd de 10-6 M. A proteína B tem sítio de ligação para o mesmo ligante com uma Kd de 10-9 M. Qual das proteínas tem a maior afinidade pelo ligante X? Explique o seu raciocínio. Converta a Kd em Ka para ambas proteínas. 2. Descreva a estrutura quaternária da hemoglobina, indicando: a) As subunidades que se associam mais fortemente b) O sítio de ligação com o oxigênio c) Além do O2, a hemoglobina também transporta H+ e CO2. Quais os sítios de ligação deles na hemoglobina? Como a ligação da hemoglobina a H+ e CO2 estabiliza o estado T? 3. Sob condições adequadas, a hemoglobina se dissocia em suas quatro subunidades. A subunidade α isolada se liga ao O2, mas a curva de saturação para O2 é hiperbólica e não sigmoide. Além disso, a ligação do oxigênio à subunidade α não é afetada pela presença de H+, CO2 ou BPG. Qual dessas observações revela a fonte da cooperatividade da hemoglobina? Justifique a sua resposta. 4. Como as enzimas ajudam a romper as barreiras energéticas de uma reação? 5. Quais grupos catalíticos contribuem para a catálise enzimática? 6. Quais dos seguintes efeitos ocorreriam se uma enzima catalisasse a reação: (a) Diminuição em Keq; (b) aumento em k1; (c) aumento em Keq; (d) aumento em G‡; (e) diminuição em G‡; (f) G° mais negativo; (g) aumento de k2. 7. O sabor adocicado do milho recém-colhido deve-se ao alto conteúdo de açúcar no grão. O milho comprado em mercados (vários dias depois de colhido) não é tão doce porque 50% do açúcar livre é convertido em amido no primeiro dia após a colheita. Para manter a doçura do milho fresco, depois de debulhado o milho pode ser imerso em água fervente por alguns minutos e então resfriado com água fria. O milho processado desta maneira e mantido congelado mantém a doçura. Qual é a base bioquímica desse processo? 8. A carboxipeptidase, que remove sequencialmente resíduos de aminoácidos carboxiterminais de peptídeos e proteínas, é uma cadeia polipeptídica única de 307 resíduos de aminoácidos. Os dois grupos catalíticos essenciais do sítio ativo são fornecidos por Arg145 e Glu270 (o número subscrito indica a posição do resíduo na cadeia polipeptídica). a) Se a cadeia da carboxipeptidase fosse uma α-hélice perfeita, quão distante (em Angstrom) a Arg145 estaria do Glu270 b) Explique então como os dois resíduos de aminoácidos distantes podem catalisar uma reação que ocorre em uma distância de poucos angstroms.
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